Univerzitet u Sarajevu

Prirodno-matematički fakultet
I ciklus studija, smjer Genetika

Seminarski rad

Evolucija genoma primata

predmet: Molekularna evolucija

Profesor: Student:

prof.dr. Lada Lukić Bilela Čomor Lejla

Sarajevo, 2019
Sadržaj

UVOD.....................................................................................................................................................1
1. Porijeklo i evolucija primata..............................................................................................................2
1.1. Divergencija primata...................................................................................................................3
2. Genomske razlike unutar primata.....................................................................................................4
2.1. Razlike u sekvencama sa jednom kopijom..................................................................................4
2.2. Male insercije i delecije..............................................................................................................5
2.3. Razlike u broju kopija i promjene u genskim familijama.............................................................5
2.4. Segmentalne duplikacije.............................................................................................................6
3. Genetička varijacija unutar različitih vrsta primata...........................................................................6
3.1. Razlike u genskoj ekspresiji........................................................................................................7
4. Uloga pozitivne selekcije u evoluciji primata.....................................................................................8
5. Epigenom...........................................................................................................................................9
Zaključak..............................................................................................................................................10
Literatura.............................................................................................................................................11
UVOD
Smatra se kako su preci primata preživjeli veliko izumiranje prije 65 miliona godina,
te kako su se „moderni primati“ kao što su lorisi( natporodica Lorisoidea) i
tarsijeri(natporodica Tarsioidea) pojavili već prije 50 miliona godina i započeli adaptivnu
radijaciju. Iako danas u red primata ubrajamo samo 200 vrsta, tijekom adaptacije red je
vjerojatno brojao preko 6000 vrsta.

Poznati fosilni ostaci dosad su pomogli rekonstruirati do 180 danas izumrlih vrsta
primata,na temelju čega se došlo do zaključka kako su se primati razvili iz ishodišne skupine
pleziadapiforma, čiji se predstavnici opisuju kao „sisavci slični primatima“. Skupina
uključuje 11 porodica i cijeli niz izumrlih vrsta koje su živjele tijekom paleocena i eocena. To
su bile male životinje, kretale su se pomoću sva četiri uda i imale su ruke i noge prilagođene
za penjanje, a iako je raznolikost vrsta unutar ove skupine velika, razlike su uglavnom u
veličini zubala i tjelesnoj građi.

Današnje tehnologije za sekvenciranje DNK otvorile su nove puteve za proučavanje

genoma nehumanih primata. Dok je glavni fokus istraživanja genomike ljudska genetika i
njen odnos prema bolesti, istraživači istoveremeno provode usporednu genomiku primata.

Postoje dva osnovna motiva za detaljno proučavanje genoma nehumanih primate :

primjena tih informacija u istraživanjima primate kao modela za analizu bolesti kod ljudi, te
komparativne evolucijske analize koje rekonstruiraju historiju i mehanizme genetske
promjene, sa posebnim naglaskom na porijeklo ljudskog genoma. Jedan neočekivani ishod
novih genomskih podataka za velike majmune (čimpanze, gorile, bonobe i orangutane) i ljude
je nova perspektiva procesa specijacije i divergencije (Rogers i Gibbs, 2014).

Kako novi genomi primate postaju sekvencirani i upoređeni u kontekstu filogenije

primate, znanstvenicima je data neviđena prilika da rekonstruiraju evolucijsku historiju
svakog baznog para ljudskog genoma (Marques-Bonet i sar. 2009). Usporedbom geoma
primate otkriveno je da su bazni parovi pogođeni genomskom strukturnom varijacijom
(INDEL mutacije, duplikacije, delecije, insercije) više nego promjene pojedinačnih
nukleotida. Takve se promjene događaju prvenstveno unutar kompleksnih područja genoma
primate.
 Usporedba sekvenci genoma primate, dala je nove uvide u molekularne mehanizme
koji su doprinijeli hromosomskoj evoluciji unutar naše vrste, te njihov uticaj na
rekombinaciju i njihov odnos pri prirodnoj selekciji unutar primata (Rogers i Gibbs, 2014).

1. Porijeklo i evolucija primata

Smatra se kako su preci primata preživjeli veliko izumiranje prije 65 miliona godina,
te kako su se „moderni primati“ kao što su lorisi( natporodica Lorisoidea) i tarsijeri
(natporodica Tarsioidea) pojavili već prije 50 miliona godina i započeli adaptivnu radijaciju.

Poznati fosilni ostaci dosad su pomogli rekonstruirati do 180 danas izumrlih vrsta
primata, na temelju čega se došlo do zaključka kako su se primati razvili iz ishodišne skupine
pleziadapiforma, čiji se predstavnici opisuju kao „sisavci slični primatima“. Skupina
uključuje 11 porodica i cijeli niz izumrlih vrsta koje su živjele tijekom paleocena i eocena. To
su bile male životinje, kretale su se pomoću sva četiri uda i imale su ruke i noge prilagođene
za penjanje, a iako je raznolikost vrsta unutar ove skupine velika, razlike su uglavnom u
veličini zubala i tjelesnoj građi. Nalazi lubanje pokazuju kako se radi o vrstama koje
naseljavaju arborealna staništa, ne toliko razvijenog vida kao što je to slučaj u današnjih
primata.

Poznato je da su do eocena već bile razvijene dvije velike grupe primata – Omomydae
i Adapidae, zajedno s precima skupine Anthropoidea čiji je predstavnik otkriven 1992. u
Alžiru – Algeripithecus minutus. Za Omomydae se smatra kako su to bile male noćne
životinje koje su se pretežno hranile voćem i preci su današnjih lemura.

Od fosilnih nalaza poznat je nalaz vrsta Altiatlasius koulchii i Shoshonius cooperi. Za

Adapidae se smatra kako su preci lemura i lorisa, hranili su se lišćem, voćem i malim
insektima. 1994. u Kini su pronađeni fosilni nalazi ranih primata koji su imali karakteristike
obje ove skupine, a neki od nalaza uključivali su i zube identične onima kakve danas imaju
tarsijeri, što navodi na zaključak kako su današnji tarsijeri zapravo ţivi fosili. Nerazjašnjeno
ostaje još podrijetlo grupe Anthropoidea, za koju se danas smatra da je evolucijski bliža
skupini omomida. Kao najstarijeg antropoida često se predstavlja vrsta Algeripithecus
minutus, koja je ujedno i najjači dokaz teorije kako su prvi antropoidi evoluirali u Africi u
vrijeme eocena, iako se u posljednje vrijeme pojavljuje sve više fosila i na području Azije.
Azijsko ili afričko porijeklo tek treba utvrditi (Gunnell i Miller 2001).
 Smatra se da je tijek evolucije primata ostao preslikan u odnosima i razvoju današnje
četiri velike skupine primata. Tijekom eocena razvili su se prosimijani, a prema fosilnim
dokazima i prvi antropoidi, koji su ostali rijetki i izolirani. U oligocenu započinje evolucija
antropoida, što uključuje pretke majmuna Starog i Novog svijeta. Smatra se da su se njihovi
preci razvili u Africi, nakon čega je mala skupina prešla Atlantski ocean i u Americi osnovala
izoliranu granu, iz koje su evoluirali Platyrrhini.

Majmuni Starog svijeta evoluirali su u miocenu, iako su odvedeniji oblici bili rijetki.
Uočljivo je da je tijekom evolucije primata došlo do povećanja veličine i volumena mozga,
razvoja inteligencije, kao i socijalnih oblika ponašanja. Treba spomenuti da, gledano u okviru
evolucije primata, čovjek nije razvio neke nove osobine, već su sve čovjekove karakteristike
zapravo produžetak istih koje su se razvile tijekom evolucije primata. Sve razlike koje
možemo uočiti razlike su u stupnju razvoja, a ne u obliku.

1.1. Divergencija primata

Molekularne analize danas živućih primata mogu nam dati okvirno vrijeme
divergencije pojedinih skupina primata. Arnason et al. (1998) i Arnason i Janke (2002)
objavili su radove u kojima su koristili analizu gena na mitohondrijskoj DNK kako bi odredili
približno vrijeme divergencije pojedinih skupina primata. (Slika 1.)

Na slici je vidljivo da je do divergencije između hominida i ostalih natporodica došlo

prije oko 32 miliona godina, dok se evolucijsko odvajanje između čovjekolih majmuna i
azijskih majmuna (predaka današnjih orangutana i gibona) odvijalo prije oko 27 miliona
godina. Prije 14 miliona godina odvojili su se preci gorila od zajedničkog pretka čimpanze i
čovjeka. Rod Homo razdvojio se od roda Pan prije oko 11 miliona godina.

Slika 1 Procijenjeno vrijeme divergencije skupina primata na osnovu molekularnih analiza. Brojevi
označavaju vrijeme u milionima godina.
2. Genomske razlike unutar primata
Usporedbe određenih sekvenci genoma među vrstama omogućuju istraživačima da
izravno identificiraju genomske elemente koji su zajednički i koji su specifični za određenu
vrstu. Već dugi niz godina zna se da sljedovi koji kodiraju proteine pokazuju veću sličnost
između vrsta primate nego intronske i intergenske sekvence.

Dosadašnja istraživanja su također pokazala da se veliki dio gena koji kodiraju

ljudske protein nalazi u većini ili čak svim primatima. Ali detaljna usporedba svih
komponenti genoma donedavno je bila nemoguća. Istraživači se sada mogu baviti temeljnim
pitanjima koja se odnose na sadržaj i funkciju genomskih obilježja kod više vrsta, čime se
osigurava novi uvid u genetsku osnovu fenotipske sličnosti i razlika između ljudi i drugih
primata (Rogers i Gibbs, 2014).

2.1. Razlike u sekvencama sa jednom kopijom

S vremenom, genomi akumuliraju mutacije koje mogu kroz selekciju postati fiksne
razlike po čemu se ta određena vrsta može razlikovati od svojih bliskih srodnika.
Divergencija u sekvencama s jednostrukim kopijama pojavljuje se postojano između genoma
primate, ali ne jednakom brzinom. Usklađivanje sekvenci među vrstama pokazuje da se
razlike u parovima između vrsta prilično dobro podudaraju sa evolucijskim vremenima.

Diferencijacija sekvence čimpanze procjenjuje se na 1,1-1,4%, a vrijeme odvajanja

čovjeka od loze čimpanze ostaje pomalo kontraverzno, ali se smatra da datira između prije 5
do 9 miliona godina (Slika 2) (Langergraber i sar. 2012).

Slika 2 Filogenetsko stablo primate. Dijagram pokazuje evolucijske odnose za koje su sekvence genoma
objavljenje, dostupne ili u toku. Odabrane linije označavaju genomske značajke od interesa, ili neočekivane
genomske osobine.
2.2. Male insercije i delecije
Iako je razlika u sekvencama genoma između ljudi i čimpanzi nedavno procjenjena na
1,4-1,5% to je tačno samo za supstitucije nukleotida u područjima gdje se dva genoma mogu
izravno poravnati. Kao što je Roy Britten prvi primijetio, male insercije i delecije (<100 bp)
objašnjavaju više ukupnih nukleotidnih razlika među blisko srodnim vrstama, nego promjene
u jednoj bazi. I humani genomi i genomi čimpanze svaki sadrža 1,5% jedinstvene sekvence
prvenstveno zbog malih indel mutacija. Ove razlike među vrstama nalaze se češće u
instronskim i međugenskim područjima nego u egzonima koji kodiraju proteine, prvenstveno
zato što će indel mutacije u kodirajućim regijama imati negativan uticaj na funkciju proteina.

Na primjer, samo indeli koji uključuju više od tri nukleotida ne inducirjau pomake
okvira čitanja koji rezultiraju značajnim promjenama u aminokiselinskoj sekvenci proteina.
Dostupne informacije pokazuju da su male indel mutacije bolje tolerirane u nekodirajućim
regijama. Međutim, kako se danas identificira sve više nekodirajućih regija s funkcionalnim
značenjem, neki indeli u bočnim ili međugenskim segmentima dobili su na važnosti za
razumijevanje promjena koje utječu na pojačivače i druge regulatorne sekvence koje utječu
na ekspresiju gena i fenotipske razlike među vrstama (Rogers i Gibbs, 2014).

2.3. Razlike u broju kopija i promjene u genskim familijama

Većina gena za kodiranje ima homologe 1:1, među ljudima, velikim majmunima i
majmunima iz starog svijeta, ali sadržaj gena nije identičan među vrstama. Pojedine genske
familije su se smanjile u pojedinim lozama. Na primjer, 1.358 gena identificirano je kao nova
duplikacija u rezusnom genomu u usporedbi s humanim. Grozd HLA gena, koji je kritičan za
odgovor na patogene, kao i na druge imunološke procese, ekspandiran je u makaka u odnosu
na ljude (Daza-Vamenta i sar. 2004). Drugi zanimljivi slučajevi su promjene u genima
transkripcijskih faktora s cink-prstenom, koji pokazuju dobitke i gubitke koji razlikuju ljude,
čimpanze i orangutane, kao i izraženu ekspanziju gena koji sadrže DUF1220 proteinske
domene kod ljudi 18-20, što bi moglo biti povezano s ekspanzijom veličine mozga kod naše
vrste (O'Bleness i sar. 2012).
2.4. Segmentalne duplikacije
Segmentalna duplikacija (tj. hromosomska područja> 1 kb koja su> 90% identična drugim
segmentima u istom genomu) značajan su aspekt strukture i dinamike genoma primata.
Umnožavanje i brisanje tih segmenata je aktivno u ljudskom genomu. Neke od tih mutacija
su naizgled neutralne, ali mnoge dovode do štetnih posljedica i bolesti (Stankiewicz i Lupski
2010). Baš kao što duplikacija po segmentima stvara varijacije među ljudima, oni su
pokretači evolucijskih promjena kod genoma primata. Oko 5% genoma ljudi i čimpanza, te
3,8% genoma orangutana, sastoji se od segmentnih duplikata (Marques-Bonet i sar. 2009).
Genomi ljudskih i velikih majmuna obogaćeni su raspršenim dupliciranjem, nakon što su
doživjeli interval nakon odstupanja od majmuna iz starog svijeta kada je proizvodnja novih
duplikata bila osobito aktivna. Mnoge ekspanzije specifičnih genskih familija koje kodiraju
proteine proizlaze iz segmentnih duplikacija. Neki geni unutar segmentnih duplikata
pokazuju dokaz pozitivne selekcije koja djeluje na kodiranje, kao i broj kopija. Među velikim
majmunima, neki od tih događaja ekspanzije dogodili su se kao neovisni paralelni događaji u
različitim linijama, jačajući tumačenje da su te genomske promjene često rezultat pozitivne
selekcije za oboje, kako broj kopija gena tako i sekvence gena (Marques-Bonet i sar. 2009).

3. Genetička varijacija unutar različitih vrsta primata

Individualni projekti genoma primata procijenili su da postoje genetske varijacije
unutar vrsta, pri čemu se u tim projektima uzimao veliki broj uzoraka i populacijskih
parametara koji se koriste za kvantificiranje varijacija. Ranije studije analizirale su manji broj
uzoraka ili samo mali dio frakcije genoma i u većini slučajeva takvom analizom ne-ljudske
vrste su imale veće varijacije genoma.

Dok veliki broj velikih majmuna imaju visoku raznolikost unutar vrste, geografski su
rezus majmuni mnogo šire distribuirani, sa većim brojem postojećih populacija. Kao dio
projekta za sekvenciranje genoma rezus majmuna, DNA iz rezus majmuna kineskog i
indijskog porijekla sekvencirana je za 150 kb iz pet genomskih regija. Gustoća SNP-ova je
bila značajno viša nego što je nađeno u ljudskim populacijama. Samo se jedna trećina SNP-
ova dijelila između dvije geografske populacije, što ukazuje na to da je većina varijacija
vezana za određenu geografsku regiju (Hernandez i sar. 2007).
 Slični rezultati dobijeni su i u istraživanju 3´ UTR regije u malom broju makaka.
Međutim, količina funkcionalno značajnih varijacija unutar pojedinih vrsta još nije jasna.
Značajan broj ne-sinonimnih supstitucija za koje se predviđa da mogu biti štetne
identificirane su čak i u malom broju rezus majmuna.

Međutim, nedavna usporedba varijacija kodiranja proteina između ljudi i rezus

majmuna nije pokazala veliku razliku između vrsta. Moguće je da rezus majmuni i drugi
nehumani primati odvajaju veće ukupne varijacije unutar vrste u usporedbi s ljudima, ali
imaju jednake razine štetnih varijacija (Marques-Bonet i sar. 2009).

3.1. Razlike u genskoj ekspresiji

Alan Wilson i njegove kolege predvidjeli su prije mnogo godina da velili dio
adaptivno značajnih fenotipskih promjena koje razlikuju jednu vrstu od druge su zapravo
rezultat promjene u ekspresiji gena, a ne mutacija u sljedovima koji kodiraju proteine.

Najnovije informacije o komparativnoj ekspresiji gena primate u skladu su sa ovim

predviđanjem. Vjerovatno je da veliki dio adaptivne evolucije uključuje promjene u
vezivanju transkripcijskih faktora, što je prilagodba povezana i sa evolucijom proteina.

Ipak, usporedbe ekspresije gena preko primata su se već pokazale vrijednima. Razlike
u ekspresiji gena kod ljudi, čimpanza i rezus majmuna su pod uticajem prirodne selekcije.
RNK sekvenciranje iz jetre ljudi i drugih sisavaca, uključujući 11 primata, pronašlo je jake
dokaze za pozitivnu selekciju. u brojnim eksprimiranim genima . Rezultati ove studije
pokazuju velike promjene koje utječu na gene uključene u funkciju peroksizoma, kao što su
GGH, PEX7 i HACL139.

Uzorci metilacije DNA u prefrontalnom korteksu razlikuju se među ljudima i

čimpanzama i koreliraju s razlikama u ekspresiji gena (Zeng i sar 2012). Trostruka
usporedba pokazuje veću ukupnu sličnost u ekspresiji gena između čimpanzi i ljudi u
usporedbi s gorilama, što odgovara ukupnoj filogeniji. Studije ekspresije gena nedavno su
proširene i na divlje populacije babuna, što ima izvanredan potencijal za buduća otrkića
(Rogers i Gibbs, 2014).
4. Uloga pozitivne selekcije u evoluciji primata
Kod primata, opisano je da se mnoštvo gena razvija adaptivno, obilježeno povećanim
evolucijskim tempom i naglašenim omjerom sinonimnih i nesinonimnih supstitucija. Obratiti
ćemo pažnju na tri primjera pozitivne selekcije na gene lizozima i gene za određivanje
veličine mozga, što djeluje na kognitivni potencijal i praiv razliku među primatima.

Kod sisara, lizozim obično djeluje u području želuca, suzama, slini, mlijeku itd. i
učestvuje u borbi protiv bakterija. Vrste iz porodice Colobinae razlikuju se od ovog općeg
obrasca jer je kod njih lizozim služio za probavu lišća i trave bogate celulozom. To ukazuje
na nedostatak adaptivne lizozimske evolucije u lozi porodice Colobinae.

Primati, a posebno ljudi, razliku se od ostalih sisara jer imaju povećanu relativnu
veličinu mozga. To se posebno odnosi na moždanu koru, posebno onih regija mozga koje
pokazuju potencijal za kognitivne funkcije. Primarna ili istinska mikrocefalija (MCPH) je
kongenitalni neurorazvojni ljudski poremećaj praćen blagom do teškom mentalnom
retardacijom, sa oko 65% smanjenom veličinom mozga. Pacijenti s MCPH sliče ranim
hominidima. Ovi nalazi su doveli do pretpostavke da primarna mikrocefalija predstavlja
atavizam evolucijskog starog stanja.

MCPH se nasljeđuje kao autosomno recesivno svojstvo, sa šest mapiranih lokusa do danas, tj.
među ostalim mikrocefalin (MCPH1), i povezana abnormalna mikrocefalija(ASPM)
(MCPH5).

Istraživanja na mikrocefalinu i ASPM ukazuju na ponovljena razdoblja ubrzane

evolucije sekvenci i pozitivne selekcije između antropoidnih predaka i ljudi (Slika 2), dok do
sada nisu pronađeni statistički
dokazi za pozitivnu selekciju
izvan primata. Prema tome,
adaptivne promjene
mikrocefalina i ASPM-a doista
su doprinijele ekspanziji mozga
(Herlyn i Zischler 2006).

Slika 3. Molekularna evolucija ASPM (a) i mikrocefalina (b). Crvene loze ističu razdoblja pozitivne
selekcije.. Crna linija označava negativnu selekciju.
5. Epigenom
Ogromna složenost epigenetskih promjena i njihova prostorno-vremenska raspodjela
u razvijajućem višestaničnom organizmu čini rasplitanje epigena teškim zadatkom.

Metilacija C-ostataka u CpG dinukleotidima je ključna epigenetička modifikacija koja

regulira sve vrste temeljnih staničnih procesa i time je odgovorna za mnoge bolesti povezane
s nepravilnim obrascima metilacije. Uzorci metilacije DNA utječu na razvoj embrija,
stabilnost hromosoma, transkripciju, strukturu hromatina, inaktivaciju jednog X hromosom u
homogametnom spolu i genomskom utiskivanju (Murrel i sar. 2005).

Očito je da genetika primata daje značajan doprinos u proučavanju anatomija ljudskog

genoma, npr. dupliciranje serijskih segmenata ili distribucija repetitivnih DNK sekvenci. Na
razini transkriptoma potrebne su komparativne analize kako bi se odredila prisutnost velikog
broja vrsta koje nisu kodirajuće RNK (ncRNA) vrste, npr. mikroRNA, anti-sens transkripti i
druge transkripcijske jedinice bez velikih otvorenih okvira čitanja. Interferencija RNK,
supresija gena, utišavanje gena, utiskivanje i demetilacija DNK vjerojatno su povezani s
ovom vrstom RNK koja ih naglašava kao potencijalno važne modulatore transkriptoma. S
obzirom na široku fenotipsku varijabilnost unatoč genetskoj sličnosti primata, sve pojave koje
potiču funkciju gena bit će primarne mete budućih genetskih istraživanja primate (Herlyn i
Zischler 2006).
Zaključak
Napredak u tehnologijama sekvenciranja genoma stvorio je nove mogućnosti za
usporednu genomiku primata. Skupovi genoma objavljeni su za nekoliko primata, s
analizama nekoliko drugih u tijeku. Cjelokupni skupovi genoma za velike majmune pružaju
izvanredne nove informacije o evolucijskom porijetku ljudskog genoma. Genomski podaci za
nehumane primate pružaju vrijedan uvid u genetske sličnosti i razlike među vrstama koje se
koriste kao modeli za istraživanja vezana za bolesti.

Smatra se kako su preci primata preživjeli veliko izumiranje prije 65 miliona godina,
te kako su se „moderni primati“ kao što su lorisi( natporodica Lorisoidea) i tarsijeri
(natporodica Tarsioidea) pojavili već prije 50 miliona godina i započeli adaptivnu radijaciju.

Molekularne analize danas živućih primata mogu nam dati okvirno vrijeme
divergencije pojedinih skupina primata. Arnason et al. (1998.) i Arnason i Janke 2002.
objavili su radove u kojima su koristili analizu gena na mitohondrijskoj DNK kako bi odredili
približno vrijeme divergencije pojedinih skupina primata.

Postoje dva osnovna motiva za detaljno proučavanje genoma nehumanih primate :

primjena tih informacija uDanašnje tehnologije za sekvenciranje DNK otvorile su nove
puteve za proučavanje genoma nehumanih primata. Dok je glavni fokus istraživanja
genomike ljudska genetika i njen odnos prema bolesti, istraživači istoveremeno provode
usporednu genomiku primata.

Usporedbe određenih sekvenci genoma među vrstama omogućuju istraživačima da

izravno identificiraju genomske elemente koji su zajednički i koji su specifični za određenu
vrstu. Već dugi niz godina zna se da sljedovi koji kodiraju proteine pokazuju veću sličnost
između vrsta primate nego intronske i intergenske sekvence.
Literatura
1. Arnason U., Gullberg A., Janke A. (1998) Molecular Timing of Primate Divergencesas
Estimated by Two Nonprimate Calibration Points. Journal of Molecular Evolution, 47:718-
727.

2. Arnason U., Janke A. (2002) Mitogenomic analysis of eutherian relationships. Cytogenet.

Geome Res, 96:20-32.

3. Daza-Vamenta R., Glusman G., Rowen L., Guthrie B., Geraghty DE. (2004) Genetic
divergence of the rhesus macaque major histocompatibility complex. Genome Res,14:1501–
1515.

4. Gunnel G.F., Miller E.R. (2001) Origin of Anthropoidea: Dental Evidence and Recognition
of Early Anthropoids in the Fossil Record,With Comments on the Asian Anthropoid
Radiation. American Journal of Physical Anthropology, 114:177-191.

5. Herlyn H., Zischler H. (2006) Primate Genomes. Genome Dynamics, 17–32.

6. Hernandez RD., et al. (2007) Demographic histories and patterns of linkage disequilibrium
in Chinese and Indian rhesus macaques. Science, 316:240–243

7. Langergraber KE., et al. (2012) Generation times in wild chimpanzees and gorillas suggest
earlier divergence times in great ape and human evolution. Proc Natl Acad Sci U S,
109:15716–15721.

8. Marques-Bonet T., Ryder OA., Eichler EE. (2009) Sequencing primate genomes: what
have we learned? Annu Rev Genomics Hum Genet, 10:355–386.

9. Mueller KL., Hoon MA., Erlenbach I., Chandrashekar J., Zuker CS., Ryba NJP. (2005)
The receptors and coding logic for bitter taste. Nature, 434:225–229.

10. O'Bleness MS., et al. (2012) Evolutionary history and genome organization of DUF1220
protein domains. G3 (Bethesda), 2:977–986.

11. Rogers J., Gibbs R.A. (2014) Comparative primate genomics: emerging patterns of
genome content and dynamics. Nat Rev Genet, 15(5): 347–359.

12. Stankiewicz P., Lupski JR. (2010) Structural variation in the human genome and its role
in disease. Annu Rev Med, 61:437–455.