Professional Documents
Culture Documents
Materi2 Webinar8
Materi2 Webinar8
Alanagreh et al,
Pathogens 2020, 9, 331;
doi:10.3390/pathogens90
50331
Bagaimana mendeteksi
virus SARS-CoV-2?
Serologi
Metode molekuler
RNA extraction
Reporting results
Post- Intra-
analytic Analytic Real time PCR
Result analysis
Potential preanalytical vulnerabilities in the laboratory diagnosis
of coronavirus disease 2019 (COVID-19) using (real time) reverse
transcription polymerase chain reaction (rRT-PCR).
Collection of
inappropriate or
inadequate
Inadequate material for
procedures for quality or volume
specimen (e.g. swab)
collection, handling, Presence of
transport and storage interfering
substances
Lack of
Manual
identification/ (pipetting)
mis Preanalytic errors
identification
Saat interpretasi pastikan untuk melihat grafik PCR dan riwayat pasien
Hasil Interpretasi
Seluruh target gen terdeteksi Positif SARS CoV 2
Seluruh target gen tidak terdeteksi Negatif SARS CoV 2
Tidak semua target gen terdeteksi, contoh: Probable/Inconclusive
Dari 2 target hanya 1 gen yang terdeteksi
Dari 3 target hanya 1 atau 2 gen yang terdeteksi
Lippi et al.: Vulnerabilities in the diagnosis of COVID-19 Clin Chem Lab Med 2020; aop
% Positif SarsCov-2 pada berbagai spesimen RT-PCR
Sebaran
Alat TCM
Sebaran Lab TCM Covid-19 di 341
421 Fasyankes
Covid-19
Kabkota
Sumatera 91 Kabkota
Jawa 106 Kabkota
Bali & Nusa Tenggara 31 Kabkota 413 Rumah Sakit
Kalimantan 27 Kabkota
Sulawesi 51 Kabkota 7 B/BLK, BTKL
Maluku & Maluku Utara 17 Kabkota
Papua & Papua Barat 18 Kabkota 1 RSDC Wisma
Atlit
Xpert Xpress SARS-CoV-2
Cartridge
GeneXper
t
Penyimpanan 2-280C
Lid hanya dibuka bila uji sudah siap dilakukan Jangan
gunakan cartridge yang basah atau bocor
self-contained, kontaminasi silang antar spesimen
<<
Cartridge
Kontrol terdiri dari:
Xpert Sample Processing Control (SPC):
Xpress Spesimen diproses dengan adekuat
SARS-CoV- Monitor adanya inhibitor reaksi RT-PCR
Memastikan bahwa kondisi reaksi RT-PCR (temperature
2 dan waktu) sesuai untuk reaksi amplifikasi
Reagen RT-PCR berfungsi
24
PENGEPAKAN/PENGIRIMAN
3. Masukkan seluruh spesimen dimasukkan ke dalam
cool box yang berisi Ice pack yang terlebih dahulu
dibekukan. Suhu pengiriman dijaga 2-8°C
4. Ice packs sebaiknya ditempatkan pada sisi kiri-
kanan (ditambahkan juga bagian atas-bawah jika
memungkinkan).
5. Harus dapat dipastikan bahwa spesimen tetap
terjaga kondisi suhunya tetap dingin saat diterima di
laboratorium
26
Alur Pemeriksaan dengan TCM
GeneXpert Xpert Xpress SARS-CoV-2
• Penyebab :
o Cara pengumpulan dan
penyimpanan spesimen tidak sesuai
prosedur.
o Kualitas spesimen yang buruk
ERROR
SARS-CoV-2: NO RESULT
Penyebab :
Kendala teknis pada katrid atau
mesin TCM
NO RESULT
SARS-CoV-2: NO RESULT
Penyebab :
Gangguan koneksi atau listrik
Pemeriksaan dihentikan secara
manual oleh operator
SARS-CoV-2 Presumptive positive
Uji Kualitas
Limit of Detection (LoD) Xpress SARS-C0V-2 dibandingkan
Live SARS-CoV2
Alat Pelindung Diri
Pemeriksaan spesimen
Masker N95
Sarung tangan tidak bertepung
(non-powdered gloves)
Jas lab bukaan belakang (gown)
Pengaman mata (goggles) atau
pelindung muka (face shield)
Penutup kepala (cover head)
Penutup sepatu (cover shoes)
Contoh APD di layanan kesehatan untuk COVID-19.
Sumber: Presentasi pencegahan dan pengendalian infeksi (PPI) untuk
Novel Coronavirus (COVID-19), Hindra Irawan Satari, Pokjanas
Pencegahan dan Pengendalian Infeksi, Kemkes RI
risk assessment
BSL 2
Sarana yg perlu diperhatikan Ventilation system
terkait SARS CoV 2: • Mechanical ventilation
• BSC : Minimal Class II A systems that provide an
• Autoclave : pengolahan inward flow of air without
limbah recirculation to spaces
• Untuk pengaturan udara outside the laboratory
Portable Hepafilter
www.CDC.Gov/24-7
WHO. Laboratory biosafety manual. 20
Sarana yg perlu diperhatikan
• Pra analisis:
1. SPO pengumpulan spesimen
2. SPO pengelolaan spesimen
3. SPO pemeriksaan TCM
4. SPO penyimpanan reagensia dan katrid
5. SPO Keamanan dan Keselamatan Kerja
6. SPO Pengelolaan Limbah
7. SPO Pencatatan dan Pelaporan
Prioritas:
a. ODP, PDP, Follow up
b. OTG :
1) OTG Nakes yang merawat pasien COVID-19
2) OTG dengan hasil rapid test positif (+)
3) OTG kontak dekat dengan pasien COVID-19
konfirmasi positif (+)
Alur Pemeriksaan TCM untuk Terduga COVID-19 (PDP/ODP)
Pemeriksaan TCM
Pengulangan untuk
hasil Invalid, Error, dan
Negatif Invalid, Error, No Result Positif No Result Hanya
diperbolehkan satu
kali.dengan sampel
yang baru
Apabila hasil
Pemeriksaan ulang TCM pengulangan tetap
tidak berupa hasil
positif atau negatif,
maka tetap laporkan
hasil pemeriksaan TCM
untuk tindak lanjut oleh
dokter pengirim
Negatif Positif
48
Alur Pemeriksaan TCM untuk kasus konfirmasi
Kasus konfirmasi