Celbiologie 1 (moleculaire switches belangrijk)

Basis structuur aminozuur (kennen)

Peptide binding tussen de C en N H2O splitst af.

Chaperonnes eiwitten creëren een milieu waarbij de eiwitten uit zichzelf vouwen.
Ze doen de vouwing dus niet maar assisteren.

Alfa-helix en bèta-sheets (lopen anti-parallel) meest voorkomende

vouwingspatronen.

Alle eiwitten hebben actieve sites. Hier kunnen liganten binden non-covalent.

Positieve regulatie: verandert de conformatie van de receptor, waardoor de

actieve binding site beter de stof kan binden.

Receptor heeft 3 effecten:

 Delen
 Differentiëren (functieverandering)
 Doodgaan

Gebeurt via genregulatie.

Remming kan zorgen voor activatie doordat het de remmer van een ander eiwit
kan remmen. Hierdoor wordt het eerst geremde eiwit geactiveerd.

Kinase kunnen de lading van eiwitten veranderen waardoor ze fosfaat binden of

door de structuur van het eiwit te veranderen. Fosfatase doet het
tegenovergestelde.

Fosfaat kan op de bindingssite zitten waardoor het eiwit-eiwit interacties kan

hinderen.

Serine, Threonine en Tyrosine kunnen gefosforyleerd worden want ze zijn

ongeladen en hebben een OH groep aan de R-kant. Een OH groep is nodig om
fosfaat te binden.

Src kinase activatie: leidt tot heel veel celdeling. Bestaat uit 3 delen. SH2 en SH3
komen vrij bij activatie en kunnen een ligant binden met fosfaat. Hierdoor wordt
de active site actief.
MAP kinases (ser/ threonine), Cdks(ser/threonine), Serine kinases en Tyrosine
kinases.

ATP binding:

Kunnen de conformatie ook veranderen. Motoreiwitten bewegen door ATP

binding. En de ABC transporten verplaatst moleculen over het membraan door
ATP.

GTP binding:

Als GTP gebonden is veranderd het eiwit van conformatie en wordt actief.

GEF: guanine nucleotide exchange factor (belangrijk tentamen), haalt

GDP eraf en zorgt dat GTP eraan gaat.

GAP: GTPase-activating protein (belangrijk tentamen)

Ubiquitinatie:

Veel eiwitten worden verkeerd gemaakt of zijn maar voor een bepaalde duur
nodig. 1 type ubiquitin met daarop Lys48 en Lyys63. Bind op een eiwit dat
afgebroken moet worden of dat gerepareerd moet worden.

Hoeveelheid ubiquitin bepaald wat er met het eiwit gebeurt.

Monoubiquitine (histon regulatie) multiubiquitin (endocytosis) en polyubiquitin

(meerder keren de binding van ubiquitin door E1 E2 en E3, hierdoor wordt of
Lys48 of Lys63 verlengt. Als Lys63 verlengd wordt dan DNA repair. Lys48
verlengt dan degradatie.

P53: Eiwit wat gemethelyseerd wordt, geeft aan of een cel in apoptose moet of
dat er nog DNA repair kan plaats vinden. Zijn actief als hun inhibitor geïnhibeerd
wordt.

Signaal sequensen:

Zorgen dat eiwitten op de juiste plek zijn en dat ze aan en uit staan.

Membranen:

Selectief permeabel.

Meest positieve ladingen zitten aan de buitenkant (Na veel meer buiten de cel).

ER en mitochondriën hebben een hoger level van Ca2+ dan het cytoplasma.

Transporters (actief): laat deeltje voor deeltje door. Werkt als een soort
draaideur met een opendeur. Gaan conformatie verandering door als het deeltje
bindt. Zijn ook passieve transporters deze hebben geen energie nodig
veranderen willekeurig van vorm.
Kanaal eiwitten (passief): laat een selectief aantal deeltjes door. Kan open of
dicht zijn afhankelijk van de concentratie in de cel en buiten de cel.

Krachten betrokken bij passief transport:

 Concentratie gradiënt.
 Ladingsverschil.

Natriumglucosepomp: neemt natrium en glucose op (actief transport). Hoge

concentratie glucose aan de binnenkant. Natrium lage concentratie aan de
binnenkant maar wordt door de kalium natrium pomp naar buiten gebracht.

ATP-pompen:

 P-type pomp: ATP staat 1 P af waardoor de conformatie veranderd en er

een geladen stof naar binnen gaat. Bind een nieuwe ATP en als de
gebonden P los laat gaat hij aan de buitenkant weer open.
 ABC-transporter: Bind 2 ATP’s waardoor hij boven open is. ATP’s staan
beide een P af en laten los als ADP’s. Transporter gaat weer onder open.
 V-type proton pomp/F-type ATP synthase. (minder belangrijk)

Kanalen:

Ion-kanalen: kunnen open of dicht. Selectief filter.

Gated op verschillende manieren:

 Voltage-gated: lading membraan

 Ligand-gated: moet een stofje binden
 Mechanically-gated: gebonden aan cytoskelet.

Resting membrane potential:

Natrium kalium pomp: 3x Na+ wordt eruit gepompt en 2x K+ erin. Hierdoor wordt

de lading in de cel lager.

Filmpjes met uitleg in PowerPoint les 2, hoofdstuk 11.

Depolarizatie: positieve ionen komen naar binnen en zorgen voor dat het
membraan positief geladen wordt.

Repolarization: kalium natrium pomp wordt actief en lading gaat naar beneden.

Hyperpolarization: zorgt dat de lading weer gelijk wordt.

Zenuwcellen:

Zenuw en spiercellen hebben specifiek kation kanaal zijn voltage-gated. Nodes of

ranvier.

Chemische signalen: synapse (uiteinde neuron). Neurotransmitters kunnen

opnieuw opgenomen worden als ze niet gebonden zijn. Of ze worden
gedegradeerd.

Reuptake van neurotransmitters: molecuul en co-transport ion gaan gezamenlijk

over de transporter.

Topoloically equivalent: milieu in het organel en cytosol zijn ongeveer gelijk.

Dit geld niet voor de mitochondriën.

Soorten transport:

Gated transport: grote poriën.

Eiwit translocatie: translocatie kanalen

Eiwit moet ongevouwen zijn.

Vesiculair transport: Cargo en membraan eiwitten.

Alleen tussen topoloically equivalent sectoren.

Nuclear import en export:

Karyopherines zijn de transport receptor’s.

NPC (nuclear Pore Complex) 30 verschillende nucleoporines. Kan beide kanten

op. Transporteert kleine stoffen (Ionen) en grote stoffen aka directed trafficking (
diffusie macromoleculen eiwitten tot 60 kD). Voor moleculen groter dan 60 kD
worden NLS (Nuclear Localizaton Signals) gebruikt. Er zijn ook NES (Nuclear
Export singnals).

RAN-GTP en RAN-GDP: RAN GEF activeert GDP tot GTP.

Peroxisomen:

Belangrijk voor oxidatie reactie: Oxidasen, reacties met H2O2 en Bèta-oxidaties.

H2O2 wordt gebruikt voor detoxificatie processen: Catalases en processen in de

oxidatie reacties.

ER (endoplasmatisch reticulum): Ca2+ opslag.

Smooth ER: meer nodig voor detoxificatie. Lipide biosynthese.

Raw ER: meer voor proteïne wegens alle ribosomen.

Microsomes: studie voor ER onderzoek. Celen worden kapot gemaakt en

gehomogeniseerd. Worde in een tube met sucrose concentratie gedaan en
gecentrifugeerd onderin het Raw ER en bovenin het Smooth ER.

SRP (signal recognition particle) leidt de peptide naar de translocator. Zet

hiervoor de reactie op pauze tot binding met translocator.
Er zijn transmembraan eiwitten bij het ER. Deze komen door een ER lumen die
de start transfer sequence en gaat deze afschrijven tot de stop condon (deze zit
halverwege) hierdoor blijft het op het membraan gebonden.

N-linked glycosylatie, High-mannose glycosylatie. Dolichol verankerd de

oligosacharide in het ER membraan.

Calnexin cycles: calnexin zijn lectines. Ze gedragen zich als ankers van
ongevouwen eiwitten. Hier worden ze gebonden aan een glucose van de N-linked
glycosylatie. Hier blijven ze vast tot dat ze goed zijn gevouwen.

UPS (Unfolded Protein Response): niet goed gevouwen eiwitten worden uit het
ER gebracht en afgebroken. N-glycanase (haalt suikerketen eraf). Polyubiquitin
blijft over en wordt afgebroken.

Clathrin triskelion: Eiwit wat bestaat uit 3 heavy chains en 3 light chains. Vormt
een kooi om het vesicle heen. Nodig omdat membraan flexibel is maar maakt
niet uit zichzelf vesicle (bobbels die loslaten).

COPI: terug winnen van eiwitten. Vanaf cis, medail kant van de Golgi. pH in Golgi
is lager waardoor er een andere conformatie is van receptoren.

COPII: Zorgen dat er eiwitten verder gaan. Deze coat gaat er pas op af tijdens
fusie.

PI (phophoinositide): vetzuurketens die in het plasmamembraan zitten. PI is

basisstructuur en aan de OH hexaan keten kunnen fosfaat groepen binden en
deze worden dan aangegeven als PI(3,4)P2 dit betekend dat er aan de 3 en 4de
groep een extra fosfaat groep zit. Deze zorgen dat andere adapter bindingen
plaats kunnen vinden. Cargo receptoren ook nodig om de adapter eiwit te
binden.

BAR domein: al van zichzelf gebogen. Zorgt dat de bobbel wordt gemaakt.

Dynamin: in cytosol aanwezig. Helix-structuur die om de nek (smalle deel

waarmee het vesicles vast zitten aan het membraan). Verandert door GTP
hydrolyse dat het van structuur verandert en knijpt het hiermee af. Het zorgt ook
voor de aantrekking van lipide afbrekende enzymen.

PIP fosfatase: verwijdert PI(3,4,5): verzwakt binding met adaptor eiwitten.

HSP70: uncoating ATPase en verwijderd clathrin.

IRE1:
Red: secretory pathway

Green: endocytic pathway

Blue: retrieval pathway (backflow of components)

Targeting vesicles:

Cargo en cargoreceptor nog steeds aanwezig.

Rab-GTP (zijn meerdere) ook aanwezig bepaald waar het naar toe gaat. Bind aan
een Rab effector.

v-SNARE: eiwit wat een reactie aangaat met de t-SNARE (target). Kan door de
binding van Rab. Maakt trans-SNARE complex.

Door deze bindingen kan er fusie plaats vinden van de vesicle en het target
membraan. Tijdens fusie wordt rad-GDP afgeschreven met GDI. En cargo gaat
het target membraan in.

NSF en accessoir eiwit zorgen samen met behulp van ATP dat de v-SNARE en t-
SNARE los gaan.

dynamin
Golgi:

Endo-H: enzym dat alleen hoge mannose glycosylatie kan knippen en geen
complexe oligosachariden.
Basic signalen ():

Receptoren, signaal moleculen en effectoren.

Tweede messengers:

cAMP, Ca2+ (opgelost), fosfaatlipiden zoals IP3 en diacylglycerol (opgeloste

lipide).
5 manieren van cellulaire communicatie:
Verschillende verhoudingen receptoren maar wel zelfde soort.

GEF: guanine nucleotide exchange factor (belangrijk tentamen), haalt

GDP eraf en zorgt dat GTP eraan gaat.

GAP: GTPase-activating protein (belangrijk tentamen)

GTP betekend aan en GDP betekend uit.

Klasse receptoren:

Enzym-coupled receptors: dimeer zorgt dat de domeinen dicht bij elkaar komen
zodat ze actief worden.

G-protein-coupled receptor: conformatie verander door signaal molecule binding.

G-eiwit bestaat uit verschillende units: Alfa, bèta en gamma. GPCR: activates
trimeric GTP binding protein (G-Protein)
cAMP wordt gesythetiseerd van ATP door adenylyl cyclase

hydrolyseerd (geinactiveerd) door cAMP phosphodiesterases

Cyclisch AMP (cAMP):

<-PKA mechanisme.

AKAP’s: nodig voor

targeting.

PKA fosfoleerd Pi
(negatieve feedback).
Pi hydoleert cAMP.
Mechanisme cAMP. PKA wordt vooral geactiveerd door cAMP.
• CRE: cAMP response element: target sequence

• CREB (CRE-binding) protein  phosphorylated by PKA

• CBP (CREB-binding protein): transcriptional coactivator

Twee inhibitie stappen

kunnen hetzelfde effect
hebben als 1 activator. Dit
wordt veel gebruikt
doordat er meer controle
op het proces is.
(tentamen stof, terug
rederneren)

Intracellulair signaal:

 Specificiteit/precisie:
aantal receptoren
moeten geactiveerd
worden voordat er
activatie plaats vind.
Alle werken met een
threshold waarden
(drempel) waar het
eerst overheen
moet.
 Achtergrond
activiteit
 Signaal variatie
Hoeft voorbeeld niet uit je hoofd te weten maar wel kunnen uitleggen als je het ziet
Signaal integraties: vaak twee signaal moleculen nodig om te binden voor een
downstram signaal.

Vaak heeft 1 signaal meerder effecten:

Sommige receptoren reageren dosis afhankelijk (sigmoidal).

All-or-none of aan of uit ligt eraan of het boven de threshold ligt.

GPCR – phosphoinositides (PI):

Enzyme-linked receptors:
RTK (receptor typsine kinases)

Activatie van RTK’s (tentamen stof):

Dimeer zorgt dat RTK’s bij elkaar komen en fosforylatie plaats vind. Op de
gefosforyleerd plekken binden de activators waardoor de RTK’s geactiveerd zijn.

Ras is een downstream pathway van vele RTK’s. Grb2 bind door een SH2 domein
aan de gefosforyleerde RTK’s (tyrosines). Aan de SH3 domeinen bind Sos (ras-
GEF). Sos zorgt dat GDP eraf gaat en GTP bind waardoor Ras actief wordt.

MAPK pathway is een cascade van kinase (promoting cel division):

Hoeft alleen
de afkortingen te kennen en na kunnen tekenen.
Ras-Raf-Mek-Erk.

Scaffolding eiwitten zorgen dat de kinases dichtbij worden gebracht en ze

daardoor alleen elkaar kunnen fosforyleren.

Jak-STAT pathway.

JAK: Janus Kinase, STAT: Signal Transducer and Activator of Transcription

proteins.

Cytokine bind de JAK via de cytokine receptors, JAK fosfoleren elkaar. SH2 bind
aan de gefosforyleerde receptors. Deze vormen na activatie een transcriptie
regulator complex.
 T
GFβ pathway (wond heling):
NFκB parhway (inflammation):

Moet je kunnen uitleggen.

TNFα bind aan TNFα-receptor, hierdoor wordt het IKK complex gefosforyleerd
(geactiveerd). IκB (inhibitor) met daarop NFκB. Het IKK complex fosforyleerd IκB
hierdoor gaat NFκB van IκB af. NFκB gaat naar de kern en zorgt hier voor gene
transcriptie. IκB gaat naar de proteasome.
DNA loopt schade op, kinases worden geactiveerd. Kinases fosforyleren p53. p53
wordt actief en bind op regulatie regio van p21 gen, deze activeert die. p21
inhibeert de cyclines (CKI).

Cancer critical genes: k-RAS.

Groeifactor activeerd tyrosine.