Genetica 1 les 1

Chromosoom
Bestaat uit twee chromosoomarmen met hiertussen een centromeer. Wanneer het DNA
verdubbeld is (na de S-fase en voor de celdeling) zijn er twee zusterchromatiden. Dit zijn
exacte kopieën van het chromosoom, die met elkaar verbonden zijn door het centromeer.
Tijdens mitose en tijdens meiose II (maar niet meiose I) worden de zusterchromatiden
opgesplitst en komt elk chromatide in één van de dochtercellen terecht. Die heeft dan weer
één kopie van het chromosoom.

De plek van het centromeer leidt tot de indeling in metacentrisch (centromeer in het midden),
submetacentrisch (centromeer zit tussen het midden en één van de eindjes), acrocentrisch
(centromeer zit bijna aan het eind) en telocentrisch (centromeer zit aan het uiteinde).

Haploïd of diploïd
Het aantal verschillende chromosomen in een organisme geven we aan met n. Bij de mens
(homo sapiens): n=23. (= aantal chromosomen in haploïde cel) Het aantal chromosomen dat
een cel bevat van elke soort wordt weergegeven als
1 = haploïd
2 = diploïd
Dus: normale (somatische cellen) van de mens zijn diploïd, dus 2n=46 en n= 23. Er zitten
dus 2 x 23 = 46 chromosomen in een somatische cel.
Geslachtscellen (eicellen, spermacellen) zijn haploïd, dus 1n en n = 23, dus er zitten 23
chromosomen in een menselijke geslachtscel

[filmpje dia 18]

Veel organismen hebben

- somatische cellen die diploïd zijn en
- geslachtscellen die haploïd zijn.
Uitzonderingen:
- Bacteriën en virussen hebben vaak maar één chromosoom
 - Sommige organismen (schimmels, gisten, planten) zijn het grootste deel van hun
levenscyclus haploïd
- Sommige organismen (o.a. sommige planten en amfibieën) zijn polyploïd (3n, 4n, 5n,
etc)
[filmpje dia 21]

Homologe chromosomen
Homologe chromosomen zijn chromosomen die tijdens de meiose met elkaar recombineren
(synapsis) en over het algemeen identiek zijn wat betreft de genen die erop zitten en de plaats
van het centromeer.
Wat wel verschillend is: de allelen voor elk aanwezig gen.

Biparentele overerving:
één paternaal homoloog chromosoom (van je vader)
één maternaal homoloog chromosoom (van je moeder).

Karyogram: overzicht van de chromosomen tijdens een celdeling

Autosomen: alle chromosomen behalve de geslachtschromosomen.

Locus (meervoud loci)

Allelen: twee varianten van hetzelfde gen
Locus: de plaats waar dit gen zich bevindt

Mitose en celcyclus
Mitose: ‘gewone’ celdeling
Twee hoofdstappen:
Karyokinese: verdeling van het genetisch material en deling van de celkern
Cytokinese: deling van de rest van de cel

IPPMAT: interfase, profase, prometafase, metafase, anafase, telofase

[oefening dia 33, 39] [filmpje dia 38, 45]

Disjunctie
Het scheiden van twee zusterchromatiden (tijdens anafase)

Meiose I: de homologe chromosomen vormen

paren (synapsis). In de mitose gebeurt dit niet.
Metafase 1: de chromosoomparen liggen naast
elkaar in het equatoriaal vlak (als tetrades). In
de mitose liggen alle chromosomen op één
vlak.
In de reductionele deling belandt van elk
homoloog chromosoompaar één chromosoom
in elke dochtercel. Deze dochtercellen zijn nu
haploïd, maar elk chromosoom bestaat nog uit
twee zusterchromatiden (dyades). Ze hebben
van elk chromosoom er maar één. Na de
mitotische deling zijn wel alle chromosomen
aanwezig (diploïd), maar van elk chromosoom
maar één zusterchromatide.
In de tweede meitosiche deling worden de
chromosomen die overgebleven zijn
opgesplitst in zusterchromatiden. De cellen
blijven haploïd.
Mitose
- ‘gewone celdeling’
- 1 celdeling (mitose)
 - Al het genetisch materiaal wordt onveranderd overgedragen aan de dochtercellen
- De dochtercellen zijn diploïd
Meiose
- Vindt alleen plaats in geslachtscellen (zaadcellen en eicellen)
- 2 celdelingen (meiose I en meiose II)
- Voor de eerste deling vindt er recombinatie plaats (crossing over)
- In de eerste deling halvering van het aantal chromosomen (dochtercellen zijn haploid)
- In de tweede deling worden de zusterchromatiden van elkaar gescheiden
- Na de hele meiose noemen we cellen gameten (geslachtscellen)
- Het mogelijk aantal combinaties van verdelingen van de chromosomen in de gameten
n
is 2

Mitose:
1 celdeling: IPPMAT: profase, prometafase, metafase, anafase, telofase
De cellen die ontstaan zijn dochtercellen. Zij zijn net als de originele cel diploïd.
Meiose:
2 celdelingen (meiose I en meiose II)
Meiose I: profase I, metafase I, anafase I, telofase I

leptonema, zygonema, pachynema, diplonema, diakinese

Meiose II: profase II, metafase II, anafase II, telofase II
- Cellen die ontstaan na meiose noemen we gameten
- Gameten zijn haploïd (1n), terwijl gewone cellen diploïd zijn (2n)
- Tijdens Meiose I vindt er crossover plaats tussen de homologe chromosomen

Je hoeft de namen van de substadia in profase I van de meiose niet exact te kennen, maar wel
weten dat er verschillende stadia zijn en wat er globaal gebeurt.
Je moet wel weten wat de verschillen en overeenkomsten zijn tussen de mitose, meiose I en
meiose II.
Je moet weten wat gameten zijn, wanneer de cellen haploïd worden tijdens meiose en
wanneer er crossover plaats vindt.

Meiose 1: profase 1
Je hoeft niet de verschillende stadia uit je hoofd te kennen en wat er exact in elke situatie
gebeurt. Je moet wel kunnen uitleggen wat er globaal gebeurt tijdens profase 1 van de meiose
(het vormen van het synaptomenteel complex, het verstrengelen van het DNA, het vormen van
de tetrades en chiasmata) en uit kunnen leggen welk deel van welke chromosomen in de
dochtercellen terecht komen na meiose I.

Synapsis
Vorming van het synaptomenteel complex:
het paren van homologe chromosomen, waarbij homologe gebieden van het DNA bij elkaar
komen te liggen.
Tetrade: structuur van zuster-chromatiden en niet-zusterchromatiden van homologe
chromosomen
Chiasmata: plaatsen waar het DNA verstrengeld is en waar crossingover heeft
plaatsgevonden.

Meiose II: (PMAT) (meiose I (IPMAT)

n.b. Tussen meiose I en meiose II kan een hele lange tijd zitten
Let goed op hoe de chromosomen en zusterchromatiden verdeeld worden tijdens meiose I en
meiose II. Houdt ook in de gaten hoe de chromosomen liggen tijdens de metafases.
Let goed op hoe de chromosomen en zusterchromatiden verdeeld worden tijdens meiose I en
meiose II. Houdt ook in de gaten hoe de chromosomen liggen tijdens de metafases.

[opdracht dia 52, 53,55]

Je moet uit kunnen leggen wat de verschillen zijn tussen spermatogenese en oogenese. Je
moet weten wat de polaire lichamen zijn. Je moet begrijpen waarom deze ontstaan.

[oefening dia 60, 61, 62]

De productie van zaadcellen in de testis van de man noemen we de spermatogenese. De

productie van eicellen in de eierstokken van de vrouw noemen we oogenese
Les2
[oefening dia 5, 6, 7, 8, 9, 10]

Geen koppeling
We kijken naar de overerving van twee verschillende genen.
Van het eerste gen zijn er twee allelen A en a. Van het tweede gen zijn er ook twee allelen
aanwezig: B en b.
Gen A zit op chromosoom 1 en gen B zit op chromosoom 2.

Gen = een stuk DNA dat codeert voor een eiwit of een RNA met een bepaalde functie.
Allelen zijn varianten van dat gen.

Koppeling
Van het eerste gen zijn er twee allelen A en a. Van het tweede gen zijn er ook twee allelen
aanwezig: B en b.
Beide genen zitten op hetzelfde chromosoom.

- Genen zijn gekoppeld wanneer zij op hetzelfde chromosoom zitten en samen

overerven.
- Wanneer genen volledig gekoppeld zijn, dan komen in de gameten alleen de (non-
crossover) parentele genotypes voor.
- Wanneer genen niet gekoppeld zijn, dan komen zowel de parentele als de
recombinante genotypes voor in de gameten.

[filmpje dia 18]

Tijdens meiose vindt er crossover plaats tussen de non-sister chromatiden.

Hierdoor ontstaan chromosomen die delen van beide originele chromosomen bevatten.

Koppeling en crossover
Nu kijken we weer naar de situatie waarbij de twee genen op hetzelfde chromosoom zitten
(linkage vertonen).
Maar dit keer vindt er soms ook crossover plaats:
- Welke gen-combinaties kunnen de gameten hebben?
AB en ab, maar ook Ab en aB komen voor.
Hoe vaak Ab en aB voorkomen hangt af van hoe vaak er crossover plaatsvindt.
Ab en aB noemen we recombinante of crossover gameten (zie figuur).
Hoe vaker er crossover plaats vindt, des te meer crossover gameten je zult krijgen
Aan de hand van de frequentie van het voorkomen van de verschillende gameten kun je
bepalen of genen gelinkt zijn of niet.

Symbolen in de genetica
Er zijn verschillende manieren om genen op te schrijven:
A en a a+ en a + en a
+ is een wildtype allel (dus zonder een plus is een mutant allel)
Doorgetrokken streep: genen zijn gekoppeld
A B ++
a b ab
Dit organisme heeft van gen A een dominant en een recessief allel
Dit organisme heeft van gen B een dominant en een recessief allel
Beide genen zijn niet gekoppeld (links) of wel gekoppeld (rechts)
P = ouders
F1 = eerste generatie kinderen
F2 = tweede generatie kinderen
X = worden gekruist

[oefening dia 23]

Les 3

Complete linkage
- Alleen parentale, non-crossover (non-recombinante) gameten
- Tussen 2 genen doordat ze dicht bij elkaar zitten
- F1 x F1 = unieke ratio

single crossover
Hoe verder genen van elkaar verwijderd zijn, hoe meer crossovers er op zullen treden.
Crossover en genlocatie

- Hoe dichter twee genen bij elkaar zitten op een chromosoom, hoe kleiner de kans dat
er crossover tussen deze genen plaats vindt.
- Dus hoe groter het percentage recombinanten gameten, des te verder de genen van
elkaar af zitten.
- Dit gegeven gebruiken we om de locatie van genen op chromosomen in kaart te
brengen (chromosomal mapping). Hiervoor rekenen we met het koppelingratio
(linkage ratio)

Er ontstaan nooit meer dan 50% recombinante genen, omdat 50% van de non-sister
chromatiden niet aan crossover meedoen (parental gametes). 50% wordt bijna nooit bereikt
(vrijwel altijd minder).

Mapping
Mapping met 3 genen
-bepalen van de afstand en volgorde
- 3 kruizingen, 1 voor elke combinatie. % in F2 bepaalt de afstand en volgorde
- verste afstand: buitenste genen
- tussenin: afstanden kun je bepalen

Waarom bepaald de relatieve afstand

het % crossover?
- Crossovers zijn random: veel
minder kans op crossover

Wanneer je de volgorde niet weet:

1. Bepaal de afstand tussen
gen A en B 40 cM
gen A en C 10 cM
gen B en C 50 cM
2. Bepaling volgorde:
genen het verst van
elkaar weg liggen,
zitten aan de buitenkant
3. Bepalen afstand middelste:
gen A zit 10 cM van C af en 40 cM van B
Of: kijken naar dubbele crossovers

Dubbele crossovers
3 genenparen ----- elk 2 allelen
- Hoe dichter 3 genen bij elkaar, des te kleiner de kans op SCO’s
- De kans op een DCO is het product van de kansen op elk van de SCO´s
Voorbeeld:
SCO tussen A en B: PSCO = 0,20
SCO tussen B en C: PSCO = 0,30
PDCO = 0,20 * 0,30 = 0,06 (is 6 op 100).

De kans op een DCO is dus altijd veel kleiner dan de

kans op een SCO.
Genen dicht op elkaar  kans op DCOs erg klein 
veel kruisingen nodig om die kans te bepalen

Three-point mapping
Volgorde bepaling
Methode 2
1. Volgorde bepaling
- de combinatie die het minst voorkomt hoort bij de DCO en vergelijken met de
noncrossovers (NCO)
- Kijken welke allel ‘verspringt. Deze zit in het midden
2.Vaststellen onderlinge afstand in cM
genafstand = SCO + DCO x 100%
totaal
Of: eerst percentages uitrekenen, en dan %SCO + %DCO (per twee genen)
3.Opstellen van de genenkaart

Les 4

[oefening dia 4, 10]

Interferentie
Interferentie (I) is de remming van nieuwe crossovers wanneer er vlakbij al een crossover is
opgetreden.
Positieve interferentie: dubbelcrossovers worden geremd (I > 0)
Negatieve interferentie: dubbelcrossovers worden bevorderd (I <0)
Bij positieve interferentie DCO observed < DCOExpected
DCOExpected = SCO1 x SCO2
Coïncidentie coëfficiënt (C) = DCOobserved .
DCOexpected
Interferentie (I) = 1- C (positief getal = positieve interferentie)

[oefening interferentie dia 13,14]

Les 5

[oefening dia 3,4,5,6]

Wanneer genen meer dan 50 cM van elkaar af liggen, kun je geen onderscheid meer maken
tussen gekoppelde genen met crossover en ongekoppelde genen.

Hoe verder twee genen van elkaar af liggen, hoe onbetrouwbaarder de meting
- Meerdere crossovers tussen twee genen
- Het optreden van crossovers is gebaseerd op kansen  Poisson verdeling
Hoe verder genen van elkaar af liggen, hoe meer je de afstand onderschat

Men kan al:

- Bepalen in welke volgorde genen op het chromosoom zitten
- Bepalen wat de afstanden tussen de genen op het chromosoom zijn
Maar,
- hoe weet je nu zeker of twee genen gekoppeld zijn of niet? LOD score
-op welk chromosoom zitten nu welke genen? Somatische cel hybridisatie (heet ook wel
synteny testing)
LOD is een Statistische methode om te bewijzen of genen gekoppeld zijn of niet bij kleine
populaties, of bij grote afstanden tussen genen op een chromosoom
- Bereken de waarschijnlijkheid dat twee genen niet gekoppeld zijn
- Bereken de waarschijnlijkheid dat twee genen wel gekoppeld zijn met crossover
- Deel deze kansen op elkaar en neem er de log-waarde van
Dit is de log of the odds, oftewel de LOD score
LOD > 3,0 waarschijnlijk gekoppeld
LOD < -2,0 waarschijnlijk niet gekoppeld
Wordt ook gebruikt om te controleren of bepaalde genen gekoppeld zijn met DNA markers

Somatische cel hybridizatie

[oefening dia 17]

Nieuwe ontwikkelingen
DNA markers: kleine fragmenten DNA waarvan de sequentie en de locatie bekend zijn
- Restriction fragment length polymorphisms (RFLPs)
- Microsatellieten (korte, zich herhalende sequenties die in lengte variëren per locatie
waar ze zitten)
Single nucleotide polymorphisms (SNPs)
- Human Genome Project

Crossover is echt een uitwisseling van chromatiden

Recombinatie tijdens mitose
Soms treedt er ook recombinatie op tijdens de mitose: mitotische recombinatie
Ongebruikelijk: er is geen synapsis tijdens mitose, maar de zusterchromatiden liggen wel bij
elkaar
Meiotische recombinatie: - zichtbaar in de nakomelingen
- treedt minstens één keer op per tetrade
Mitotische recombinatie: - als het al voorkomt, dan bij minder dan 1 % van de mitotische
delingen (parasexuele cyclus)
Haploïde organismen [dia 25??]
1. Meiose vindt plaats in het ascus (een zak-achtige structuur)
2. De haploïde producten (tetrade) blijven in de ascus bij elkaar
3. Er treedt mitose op: ascosporen , de volgorde van de tetrade blijft gehandhaafd
Een tetrade betekent hier wat anders dan bij meiose in diploïden!

Gen-centromeer mapping

Berekenen van de afstand tussen het gen en de centromeer (d)

d = 0,5 (second-division segregant asci) x 100 %
totaal aantal asci

65 first-division segreganten
70 second-division segreganten

Bereken d
d = 0,5 * 70 x 100 %= 25,9 %
135

Stappenplan ordered tetrad analysis mapping the centromere

• Kijk per gen!
• Kijk waar de 2 allelen van elkaar gescheiden worden  eerste delingssegregatie
• Kijk waar de crossovers zitten  tweede delingssegregatie

[oefening dia 30 tm 33]

Les 6

[oefening dia 3 tm 19]

Overerving van autosomen

- Y-chromosoom is volledig van de mannelijke lijn afkomstig het wordt van vader op
zoon doorgegeven.
- Mitochondrieel DNA wordt van moeder op dochters én zonen overgedragen

Geslachtschromosomen: chromosomen die verschillen

tussen de beide geslachten (in de mens X en Y)
Ook de autosomale chromosomen bevatten genen die
belangrijk zijn voor de geslachtsbepaling, maar in
principe bepaalt de aan- of afwezigheid van het Y-
chromosoom het geslacht.

Homo sapiens: diploïd, n = 23, waarvan één paar

geslachtschromosomen.
Vrouwen hebben twee X-chromosomen, mannen een X
en een Y chromosoom
Notatie bij afwijkingen: totaal chromosoomnummer,
afwijkend chromosoomsamenstelling

Geslachtsafwijkingen
Cytogenetische afwijkingen van de
geslachtschromosomen: komen relatief vaak voor (1 op
de 400 geboorten)
Meest voorkomend: trisomie
47,XXY = Klinefelter syndroom (ook 48,XXXY;
49,XXXXY; 48,XXYY; 49, XXXYY)
47,XYY = XYY syndroom
47,XXX = trisomie X of triplo-X (ook 48,XXXX en 49,XXXXX)
Minder voorkomend:
45,X = Turner syndroom (kan ook ontstaan door partiële X deleties of mozaïek 45,X/46,XY
of 45,X/46XX) 1 op 2000 vrouwelijke geboorten

Klinefelter syndroom 47,XXY

Symptomen:
- lange armen, benen, handen en voeten
- Normale mannelijke geslachtsorganen, maar verminderd functioneel (weinig
testosteron)
- Meestal onvruchtbaar
- Soms borstontwikkeling (gynecomastia), wat kan leiden tot borstkanker

Turner syndroom 45,X

Symptomen:
- Vrouwelijke geslachtsorganen, maar vaak onvruchtbaar, onderontwikkelde borsten
- Vaak kort postuur
- Brede nek door extra huidplooien
- Lymfatisch oedeem
Mozaïek: vroeg in de ontwikkeling zijn er twee cellijnen ontstaan door een fout bij een
mitotische deling (zie les 7 dia 9, niet in alle van het lichaam mist een chromossoom)
- 45,X/46,XY of 45,X/46,XX
- Er is onderscheid tussen maternale Turner (X-chromosoom van de moeder mist) en
paternale Turner (X of Y-chromosoom van de vader mist)
- 70% van de geboortes met Turner syndroom is paternaal en maar 30% is maternaal.

Trisomie X 47,XXX
- Blijft vaak onopgemerkt
- Mogelijke symptomen: Minder ontwikkelde secundaire geslachtskenmerken,
onvruchtbaarheid, ontwikkelingsachterstand
- 48,XXXX (tetra-X) en 49,XXXXX (penta-X): vaak sterkere symptomen
- Ontdekt dat het vaker voorkomt onder gevangenen dan onder niet-gevangenen.
- Maar: er zijn ook veel mannen met XYY die een volstrekt normaal leven leiden
- Symptomen: Bovengemiddelde lengte, grotere kans op persoonlijkheidsstoornissen en
gedragsproblemen

Nondisjunctie: het niet goed scheiden van chromosomen tijdens meiose I of meiose II
[fimpje dia 32]

Disjunctie: het scheiden van de twee zusterchromatiden (tijdens anafase).

Zusterchromatiden worden na scheiding dochterchromosomen.

[oefening dia 35]

Les 7

[oefening dia 14 tm 17]

Ontwikkeling geslachtsorganen
Foetus is eerst hemafrodiet
Na 5 weken ontstaan de gonadale primordia, de gonadal ridges die gekoppeld zijn aan de
nieren.
Er zijn twee structuren aanwezig, de Wolffian ductussen en de Mullerian ductussen. Bij
vrouwen ontwikkelen de Mulleriaanse ductussen zicht tot eiileiders, baarmoeders en
eierstokken. De Wolffiaanse ductussen verdwijnen langzaam weer. Bij mannen ontwikkelt
juist de Wolfiaanse ductussen zich en verdwijnen de Mulleriaanse ductussen weer. Langzaam
worden zo uit dezelfde structuur de mannelijke en vrouwelijke organen op verschillende
manieren ontwikkeld.

- Aanwezigheid van het Y-chromosoom initieert

de ontwikkeling van de mannelijke
geslachtsorganen
- én het remt de ontwikkeling van de
vrouwelijke geslachtorganen
- Vrouwelijke foetus: in de 12e week van de
foetale ontwikkeling beginnen de
geslachtscellen (oogonia) al aan meiose I. De
primaire oocyten gaan daarna een ‘rustfase’ in
tot aan de puberteit
- Mannen: primaire spermatocyten ontstaan pas
in de puberteit (dus geen foetale meiose I)

Het Y-chromosoom
SRY: sex determining region Y
- Het SRY: wordt actief in embryo’s na 6-8 weken
- Gebied codeert voor eiwit: testis-determining factor (TDF) een soortgelijk eiwit
komt voor in alle zoogdieren
- Mannen met XX en geen Y: blijken het SRY gen op een X-chromosoom te hebben
(de la Chapelle / XX male syndroom) – mannelijke geslachtsorganen maar
onvruchtbaar
- Vrouwen met XY: blijken soms het SRY gen te
missen op het Y-chromosoom (syndroom van
Swyer – wel baarmoeder, niet vruchtbaar)
- of zijn ongevoelig voor androgenen (wel SRY
aanwezig, maar toch ontwikkeling van
vrouwelijke geslachtsorganen)

werking TDF

MSY (male specific region of Y)

X-transposed region (+ 15%)
 ooit afgeleid van het X- chromosoom (nog 99% identiek)
 bevat 2 genen die ook op het X-chromosoom voorkomen
X-degenerative region (+ 20%)
 lijkt minder op het X-chromosoom
 bevat 27 genen en een aantal pseudogenen
 deze genen lijken op X-chromosomale genen
 14 van deze genen worden ook afgelezen (incl. SRY)
Ampliconic region (+ 30%)
 bevat genen voor testes ontwikkeling die uniek zijn voor Y
 60 transcription units uit 9 genfamilies
(meerdere kopiën = amplicons van elk gen)
 genen in 7 segmenten over het euchromatine
Hele MSY: palindromen maken DNA reparatie mogelijk van zusterchromatiden

Androgen insensitivity syndrome

- Genotype = 46,XY
- SRY is aanwezig
- Maar: de receptor van androgenen (m.n. testosteron en 5-hydroxytestosteron) is defect.
- Gen voor deze receptor zit op het X-chromosoom
- Gevolgen: vrouwelijk uiterlijk, maar geen baarmoeder en eierstokken. Translocatie op
SRY

[oefenvragen dia 30,31]

Ratio mannen vs vrouwen

XX of XY: 50% kans op beide in theorie
Sex ratio:
- Primary sex ratio aantal jongens vs meisjes die verwekt worden
- Secondary sex ratio aantal jongens vs meisjes die geboren worden
 in VS (blank) 1.06 en 1.025 (Afro-Amerikaans)
 Korea 1.15
- Primary sex ratio: moeilijk te meten, maar is waarschijnlijk nog hoger (1.20 tot 1.60)
- Produceren mannen evenveel X- als Y dragend sperma?
zijn X- en Y-gameten even beweeglijk/snel en even levensvatbaar in de baarmoeder?
Zijn eicellen even ontvankelijk voor X- en Y-dragend sperma?

Dosis compensatie
Mannen: één X-chromosoom
Vrouwen: twee X-chromosomen
- Genetische compensatie om te zorgen voor gelijke expressie van X-genen:
- Barr bodies geïnactiveerd X-chromosoom (zeer gecondenseerd DNA)
Maar waarom geven al die trisomieën voor X en Y en monosomiën (Turner) dan toch
afwijkingen?
- Misschien gebeurt de inactivatie niet direct?
- Misschien wordt niet het gehele X-chromosoom geïnactiveerd?

X-inactivatie
- X-inactivatie is een epigenetisch proces
- DNA methylatie: het koppelen van methylgroepen aan
DNA zonder de baseparenvolgorde te veranderen.
- Niet alle genen van het geïnactiveerde X-chromosoom
worden niet
meer

afgeschreven:
- met name op de p-arm blijven sommige
genen nog actief

De Lyon hypothese
Welk X-chromosoom wordt er geïnactiveerd?
Vachtkleur is X-chromosomaal bepaald in katten
Lapjeskatten: vrouwelijke katten waarbij op verschillende plaatsen verschillende X-
chromosomen zijn geïnactiveerd

Kleurenblindheid: heterozygote vrouwen hebben mozaïek-netvliezen, waarbij op sommige

stukken wel en op andere stukken geen kleurenblindheid optreedt.

Mechanisme
Hoe kan een cel één chromosoom inactiveren en de andere niet?
Hoe ‘onthoudt’ een cel welk chromosoom het inactiveert?  epigenetica/imprinting
Het X-chromosoom heeft een X-inactivation center (Xic)
 dit stuk wordt alleen van het geïnactiveerde chromosoom afgeschreven
 Bevat regulatoire eenheden en 4 genen
 Eén gen: X-inactive specific transcript (XIST) is cruciaal voor X-inactivatie
XIST:
Bevat geen ORF (er wordt geen eiwit van het RNA gemaakt)
Het XIST-RNA bedekt het X-chromosoom in een soort ‘kooi’ en werkt bovendien als
transcriptie factor en inactiveert hiermee het chromosoom.

X-inactivation center
Xic bevat vier genen en verschillende regulatoire eenheden
XIST:
Bevat geen ORF (er wordt geen eiwit van het RNA gemaakt)
Het XIST-RNA bedekt het X-chromosoom waarvan het wordt afgeschreven in een soort
‘kooi’ en werkt bovendien als transcriptie factor en inactiveert hiermee het
chromosoom.
Xite en Tsix
Twee andere non-coderende genen die betrokken zijn bij de X-inactivatie.
Deletie of Xist: geen inactivatie

[oefenvraag dia 45]

Les 8
Chromosoomafwijkingen
- Afwijking in het totaal aantal chromosomen
- Deletie/duplicatie van genen/chromosoomsegmenten
- Herschikking van genetisch materiaal tussen chromosomen

Ploïditeit [dia 7]
Haploïd: een organisme heeft van elk chromosoom één exemplaar (1n)
Diploïd: een organisme heeft van elk chromosoom twee homologe chromosomen (2n)
Aneuploïdie: een organisme heeft één of meerdere chromosomen verkregen of verloren, maar
niet een complete set (dus hij niet 1n, maar ook niet 2n)
Euploïdie: Een extra set haploïde chromosomen
Polyploïdy: Meer dan twee complete sets zijn aanwezig (triploïd, tetraploïd)

[oefening dia 8, 9]

Monosomie: 2n - 1
Enige bekende monosomie in mensen: Turner 45,X
Je hebt bij monosomieën altijd nog een intact chromosoom over, waarom is dat niet
voldoende?
Mogelijke oorzaken:
- te lage ‘dosering’ van genexpressie van dat chromosoom (haploinsufficiëntie)
- mogelijke recessieve mutaties worden niet meer gecompenseerd door een normaal kopie op
het andere chromosoom
In planten/drosophila komt monosomie soms wel voor, maar heeft ook dan negatieve
gevolgen

Trisomie: 2n + 1
Doorgaans iets minder ernstige gevolgen dan monosomieën
Hoe groter het chromosoom, des te problematischer een trisomie is

Meiotische deling bij trisomie

Normaal bivalent complete synapsis tussen beide chromosomen
In trisomie trivalent gedeeltelijke synapsis tussen de drie homologen
bivalent + univalent

Trisomie in mensen:
- Geslachtschromosomen 47,XXX (zelfs 48,XXXX en 49,XXXXX)
47, XYY (48,XXYY en
49,XXXYY)
 47, XXY (48,XXXY en 49 XXXXY)
- Down syndroom [dia 17,19] trisomie 21 47,21+
- Syndroom van Patau [dia 20] trisomie 13 47, 13+
- Syndroom van Edwards [dia 21] trisomie 18 47,18+

[oefening dia 18]

Aneuploïdie en voortplanting
- Ongeveer 20% van alle bevruchtingen leidt tot een spontane miskraam
- Bij ongeveer 30 % van deze spontane miskramen is sprake van een afwijkend
chromosoomaantal (minstens 6 % van alle bevruchtingen).
- Bij miskramen: vaak een trisomie, soms een monosomie (meestal 45,X)
- Andere monosomieën zijn waarschijnlijk zo ernstig dat deze miskramen zo vroeg
plaatsvinden dat ze niet opgemerkt worden.
- Er is dus een zeer gevoelige balans in de juiste hoeveelheid genetische informatie die
aanwezig moet zijn, is er iets meer of iets minder aanwezig, dan leidt dat tot grote
problemen.

Ploïditeit
- Veel ‘lagere organismen’ zijn polyploïd, zoals platwormen, bloedzuigers en zoutwater
garnalen. Ook veel reptielen zijn polyploïd.
- Xenopus longipes: dodecaploïd (12n)
- In mensen is triploïdie (en soms tetraploïdie) een veelvoorkomende oorzaak van
miskramen.
- Triploïde en tetraploïde baby’s worden soms geboren, maar leven doorgaans slechts
heel kort.

[oefening dia 24]

Polyploïditeit

Autopolyploïdie
Triploïdie
- Nondisjunctie van alle chromosomen tijdens een meiotische deling (diploïde gameet)
 - Twee spermacellen bevruchten één eicel
- Kruizen van een diploïd met een tetraploïd
Triploïde organismen ondergaan een chaotische meiose en produceren vaak geen
gebalanceerde gameten.
Tetraploïdie
- Chromosoomreplicatie die niet gevolgd wordt door een deling
- Kan ook ontstaan door koude of hitte shock van meiotische cellen
- Blootstelling aan colchicine van mitotische cellen

Colchicine
Colchicine remt de vorming van spoeldraden
Na het verwijderen van cholchicine maken cellen de deling niet af, maar beginnen opnieuw
met de interfase

Polyploïdie in voedsel
Pitloos fruit is vaak triploïd
 Bananen, druiven, watermeloen, sommige appels, aardappelen, etc
Polyploïditeit zorgt vaak voor grotere vruchten en wordt dan ook veel gebruikt in de
voedselindustrie:
Er bestaan 10n aardbeien (decaploïd), de commerciële aardbeien zijn meestal
octoploïd.
 Alfalfa, koffie, pinda’s, appels  groeien beter en geven meer vruchten
Mogelijke oorzaken:
Polyploïde cellen blijven langer in G1 (de fase waarin de
cellen groeien)
Polyploïde cellen hebben een andere cytoskelet-opbouw

Allopolyploïdie
- Twee verschillende organismen maken hun eigen
gameten aan en worden met elkaar gekruist
- Er ontstaat een onvruchtbare hybride cel: er zijn
geen homologe chromosoomparen
- Het chromosoom wordt verdubbeld. Nu zijn er wel
‘homologe chromosoomparen’. Dit noemen we
amphidiploïd (= allotetraploïd)
 - De ontstane gameten hebben de chromosomen van beide soorten
- Komt bijna uitsluitend voor bij planten en niet bij dieren

Amfidiploïden hebben eigenschappen van beide oudersoorten

Nuttige toepassing: maken van nieuwe hybrides van tarwe en rogge
- tarwe: veel eiwitten, hoge opbrengst
- rogge: veel lysine, kan goed
groeien in suboptimale
omstandigheden

Somatische cel hybridisatie:

Gebruikt voor
- chromosoommapping
- maken van alloploïde planten
-

Endopolyploïdie
Autopolyploïdie: extra chromosoomsets van het eigen genoom
Allopolyploïdie: extra chromosoomsets van andere organismen
Endopolylploïdie: sommige cellen in een diploïd organismen die polyploïd zijn
Levercellen in gewervelden zijn vaak 4n, 8n of 16n
 Maagdarmkanaal in muggenlarven zijn 16n
 Speekselklieren in waterlopers bevatten soms wel 1024 tot 2048 kopiën van elk
chromosoom (soms meer dan 40 000 chromosomen in totaal!)
Het nut: er zijn vaak veel kopiën van bepaalde genproducten nodig in deze cellen.

[oefenvragen dia 37, 38, 39]

Deleties
Deletie (deficiëntie) ontbreken van een stuk DNA
Terminale deleties Deleties aan het eind van een chromosoomarm
Intercalaire deleties Deleties uit het midden van een chromosoom
Deleties en volgende celdelingen:
 het deel van het chromosoom dat het centromeer bevat blijft doorgaans behouden
 het deel zonder centromeer gaat verloren bij mitose of meiose
Tijdens synapsis van een heterozygoot voor het defect:

Pseudodominantie
Er zijn twee soorten effecten van een deletie
directe symptomen door het ontbreken van een gen
(haploinsufficiëntie)
pseudodominantie recessieve eigenschappen op het nog
aanwezige chromosoom worden dominant doordat de
dominante allelen missen

Les 9

Chromosoomafwijkingen
- Deleties Verwijdering van een stuk van een chromosoom
- Duplicaties Verdubbeling van een stuk van een chromsoom
- Inversies Omkering van een stuk van een chromosoom
- Translocaties verplaatsing van een deel van een chromosoom naar
een nieuwe locatie in het genoom
 Niet- reciproke Een deel van één chromosoom gaat naar een ander
chromosoom
reciproke twee chromosoom armen worden met elkaar verwisseld

Ontstaan
Door het breken van chromosomen en verkeerd repareren van de ‘gebroken’ chromosomen
Breken gebeurt spontaan of door straling/chemicaliën

Duplicatie
Ontstaan door ongebalanceerde crossover tussen
homologe chromosomen tijdens de synapsis
Wat zijn de gevolgen van deze ongelijke crossover voor
de 4 gameten die hieruit ontstaan? 

Net als bij deleties zal er bij meiose bij een heterozygoot
voor de aberratie een compensatie loop ontstaan tijdens
synapsis

Duplicaties hebben belangrijke consequenties:

- Er ontstaat genetische redundantie (genen die niet per sé nodig zijn)
- Duplicaties kunnen leiden tot fenotypische variatie  pseudogenen
- Duplicaties zorgen voor genetische variatie in evolutie

Genetische redundantie; het hebben van meerdere kopiën van één gen
Sommige genen moeten erg vaak afgeschreven worden omdat het genproduct veelvuldig
nodig is.
Extra kopieën van deze genen kunnen helpen om voldoende RNA te leveren
Er zijn vele kopieën van deze genen aanwezig (rDNA)
 Deletie van deel van de 130 genen die coderen voor rRNA in Drosophila leidt tot
problemen met groei, levensvatbaarheid en borstelgrootte
Voorbeeld:
Ribosomaal RNA (rRNA) is nodig om alle eiwitten te maken.

Acrocentrische chromosomen
Korte arm (p-arm) bevat voornamelijk rDNA

Nucleolar organizer region (NOR)

De genen voor rRNA (rDNA) liggen op een speciale plek: nucleolar
organizer region (NOR).
Het NOR is geassocieerd met het nucleolus, het centrum voor
ribosoomproductie.
In de eicel van Xenopus laevis (kikker) zijn er 400 redundante rDNA
genen aanwezig
 Kennelijk is dat niet genoeg voor eicellen:
Deze genen worden gekopieerd en vormen nieuwe NORs
(micronucleoli).
 Soms zijn er wel 1500 microniculeoli aanwezig in een eicel!

Gen duplicatie
Meerdere kopieën van één gen: een genenreservoir
- Er kunnen genen ontstaan die op elkaar lijken, maar verschillende eiwitten produceren.
trypsine  chymotrypsine
myoglobine  hemoglobine
- Van heel veel genen komen meerdere kopieën voor op het chromosoom

[oefening dia 12, 13]

Inversies
Het omkeren van een deel van een chromosoom

Pericentrische inversie: centromeer

wordt ook omgekeerd
Paracentrische inversie: centromeer
is niet betrokken bij de inversie

Pericentrische inversies veroorzaken

- Veranderde armlengtes van de p- en q-
arm van het chromosoom

Inversie tijdens gemeetvorming

Bij een heterozygote inversie kan er geen
synapsis plaats vinden,
tenzij er een inversie loop ontstaat

vc
[dia 20]

Inversie en crossovers
- Doordat crossovers leiden tot niet-levensvatbare gameten, lijkt het alsof crossover
geremd wordt door de aanwezigheid van inversies
- Er is sprake van onderdrukking van het verkrijgen van crossover producten,
doordat 50% van de gameten na crossover niet effectief zijn.
- De niet-crossover gameten kunnen echter wel leiden tot zygoten en kunnen daardoor
wel overgedragen worden.

Gevolgen van inversies

- De mate van expressie van een gen kan veranderen door de veranderde locatie
 dit kan leiden tot veranderde fenotypes
- Door inversie kan een volgorde van bepaalde combinatie van allelen bewaard blijven:
Stel, ABcDEf geeft een beter fenotype dan AbCdeF, abcdEF, etc.
 Als door inversie de hele set genen omgedraaid wordt, vindt er geen recombinatie binnen
dit set genen meer plaats (vanwege de onderdrukking van het verkrijgen van crossover
producten).
 Als de inversie dus plaatsvindt met de volgorde ABcDEf, blijft deze combinatie behouden
en hebben de nakomelingen hier profijt van.

Translocaties
Translocatie; verplaatsing van een deel van een chromosoom naar een nieuwe locatie in het
genoom

Net als bij inversies gaat er geen genetische informatie verloren en komt er niets bij.
Reciprook: DNA van het ene chromosoom komt op een ander chromosoom en vice versa.

Translocatie en meiose
Na translocatie vindt er synapsis plaats tussen de vier betrokken chromosomen
Bij de gameten kunnen de beide getranslokeerde chromosomen samen of apart in gameten
terecht komen.
Dit kan leiden tot ongebalanceerde gameten.

Gevolgen van translocaties

Zygoten met ongebalanceerde translocaties leiden vaak niet tot levensvatbare nakomelingen.
Dit heet semisteriliteit
 Consequenties voor reproductieve fitheid
 Ongebalanceerde translocaties kunnen ook leiden tot gedeeltelijke monosomieën en
trisomieën (aangeboren afwijkingen)

Robertsoniaanse translocatie
- Vaak voorkomend: Robertsoniaanse translocatie
- Komt voor bij de acrocentrische chromosomen (13, 14, 15,
21 of 22).
- De lange armen van twee acrocentrische chromosomen
transloceren vlak bij het centromeer.
Gevolgen:
 Het grootste deel van twee chromosomen bevindt zich nu op één chromosoom. Het
kleine rest-stukje gaat verloren.
 Dragers van zo’n translocatie hebben doorgaans één chromosoom minder, zonder dat
dat direct gevolgen heeft.
 Voor verdere nakomelingen zijn er echter wel gevolgen.

Robertsoniaanse translocaties vinden alleen maar plaats tussen acrocentrische chromosomen

Acrocentrische chromosomen: Op de p-arm zit alleen rDNA
Notatie translocatie
t(14;21) t = translocatie
eerste chromosoom = ontvanger
tweede chromosoom = donor

Robertsoniaanse translocatie: lange armen van twee acrocentrische

Chromosomen komen aan elkaar te zitten.
De p-arm van één van de chromosomen gaat verloren.
Verlies van DNA: alleen een beetje rDNA. Een drager van zo’n translocatie
heeft wel maar 45 chromosomen!

[oefening dia 31]

Familair Down Syndroom [dia 32]

- Bij deze vorm van Downsyndroom is er geen sprake van een ‘echte’ trisomie 21.
- In plaats daarvan heeft er een robertsoniaanse translocatie plaats gevonden tussen
chromosoom 21 en 14.
- Hierbij ontstaat een chromosoom 14 met een deel van de q-arm van chromosoom 21:
de 14/21, D/G translocatie.
- Het resterende chromosoom 21 gaat verloren. Personen met deze translocatie zijn
fenotypisch normaal, hoewel ze maar 45 chromosomen hebben!
- Het nageslacht heeft echter een grotere kans op het Down-syndroom of drager van de
translocatie te zijn.

Breekbare chromosomen
Fragile sites: Sommige plekken op het chromosoom zijn extra gevoelig voor breken (vooral
wanneer bepaalde chemicaliën zoals foliumzuur afwezig zijn in het kweekmedium)
- Deze plekken kleuren niet goed aan met bepaalde kleuringen.
- Waarschijnlijk zijn deze stukken minder dicht verpakt.
- Sommige fragile sites zijn in verband gebracht met veranderde fenotypes (zoals
kanker, geestelijke handicaps).

Fragile X syndroom [dia 34]

Ook wel Martin-Bell syndroom
- Dominant X-chromosomaal,
- Maar komt vaker voor bij mannen (1:4000) dan bij vrouwen
(1:8000)
- Bij vrouwen is maar 30% met dit chromosoom verstandelijk
gehandicapt, bij mannen 80%.
- Penetrantie is niet volledig

Gen in dit gebied: FMR-1: bevat een trinucleotide repeat (CGG).

De lengte van dit repeat correspondeert met de symptomen van het syndroom:
normaal 6-54 repeats
‘dragers’ 55 – 230 repeats
syndroom meer dan 230 repeats
Bij veel repeats wordt het FMR-1 gen gemethyleerd en daarmee geïnactiveerd, wat leidt tot
symptomen.
FMR-1 codeert voor FMRP (fragile X mental retardation protein), een RNA-bindend eiwit dat
in de hersenen tot expressie komt.

- Bij ‘dragers’ zijn de repeats instabiel: zij kunnen hun nakomelingen langere repeats
meegeven dan zij zelf hebben. Bij normale individuen (tot 54 repeats) gebeurt dat niet.
- De toename van het aantal repeats per generatie heet genetische anticipatie.
- Verlenging die leidt tot het syndroom gebeurt alleen bij de moeder.

[oefening dia 37, 38]

Les 10

Detectie van genetische ziekten

Karyotypering: bv. Cri du chat syndroom …

FISH
Fluorescence in situ hybridization (FISH) = bekijken van fluorescent gelabelde chromosomen
onder de microscoop
Wat je kunt detecteren: Trisomie/monosomie

Recombinante DNA technologie: twee betekenissen

1. Een DNA molecuul dat in het lab gemaakt is door meerdere DNA sequenties van
verschillende bronnen samen te voegen
2. De technologie die gebruikt wordt om deze moleculen te bestuderen en te maken (het
bredere vakgebied)
In de natuur kunnen ook recombinante DNA moleculen ontstaan (door crossing over of door
inversies/deleties/inserties), maar die noemen we doorgaans niet zo.

Genetica: of erfelijkheidsleer is de wetenschap die erfelijkheid probeert te beschrijven en

verklaren.

Restrictie enzymen worden door bacteriën gemaakt (bescherming tegen virussen)

- Een restrictie enzym bindt aan een recognition sequence.
- Hierna knipt het enzym beide strengen door. Hierdoor ontstaan
restrictiefragmenten.
De recognition sequence:
- Kan variëren qua lengte
- Is vaak een palindroom
- Verschil tussen blunt en sticky ends

Recombinatie van DNA

1. DNA extractie en zuivering
2. Knippen met behulp van restrictie enzymen
3. Fragmenten kunnen aan elkaar geplakt worden (ligatie) bijvoorbeeld een gen wordt in
een vector (plasmide) geplakt.
 4. Nieuw gemaakte recombinante DNA wordt naar een gastheercel overgebracht
(transformatie)
5. DNA wordt in de gastheercel gerepliceerd en overgedragen aan dochtercellen, zodat
een populatie ontstaat die het gekloonde DNA bevat.
6. DNA wordt uit de gastheercel gehaald, opgezuiverd en geanalyseerd
7. Transcriptie van het recombinante DNA tot mRNA. Translatie van het mRNA naar
een recombinant eiwit.

[oefening dia 20]

Resrictie analyses
- Restrictiemappen worden gebruikt om de DNA volgorde te analyseren.
- Een stuk DNA wordt geknipt met enkele enzymen en combinaties van enzymen.
- Hieruit kun je een restrictiekaart (restriction map) opstellen

Restrictie kaarten
Waarom:
Vroeger: voor heel veel doeleinden, omdat sequencen nog niet (goed) mogelijk was.
Nu:
- snelle analysemethode (sequencen incl. opsturen van DNA duurt vaak ongeveer een
week)
- niet alle plasmides kunnen door middel van blauw-wit screening gecheckt worden
- Ook met clonemanager stel je uit heel veel opties zelf een restrictiekaart samen.

The bla gene, encoding beta-lactamase, confers resistance to ampicillin

Southern blot
Techniek waarbij
- een fragment met een bepaalde DNA sequentie kunt analyseren op grootte
- Fragmenten met een specifiek gen kunt identificeren na restrictieanalyse.
Southern blotting stappen
1. DNA gel elektroforese
2. Hybridizatie met gelabelde probe
Bijvoorbeeld handig wanneer je één gen terug wilt vinden in het menselijk genoom.

In the Southern blotting technique, samples of the DNA to be probed are cut with restriction
enzymes and the fragments are separated by gel electrophoresis. The pattern of fragments is
visualized and photographed under ultraviolet illumination.
Then the gel is placed on a sponge wick that is
in contact with a buffer solution and covered
with a DNA-binding membrane.
Layers of paper towels or blotting paper are
placed on top of the membrane and held in place
with a weight. Capillary action draws
the buffer through the gel, transferring the
pattern of DNA fragments from the gel to the
membrane. The DNA fragments on the
membrane are then denatured into single
strands and hybridized with a labeled DNA
probe. The membrane is washed to remove
excess
probe and overlaid with a piece of X-ray film for
autoradiography. The hybridized fragments
show up as bands on the X-ray film.
DNA in de gel moet denatureren om enkelstrengs DNA te maken.
DNA probe heeft de complementaire sequentie van het gen waarnaar je op zoek bent en is
radioactief gelabeld.

[oefening dia 34]

Stappenplan. Van gel naar restrictiekaart:

1. Tel de lengte van alle fragmenten op de gel: zijn er ‘dubbele’ bandjes?
2. Hoeveel knipsites zijn er voor elk enzym?
3. Teken de lengte van de fragmenten voor elke knipsite
5. Begin met het kortste of langste fragment (maakt niet uit) van een restrictieenzym met één
knipsite en teken deze op de kaart
6. Teken alle mogelijkheden voor het volgende restrictie-enzym in.
7. Bepaal welke van deze mogelijkheden overeenkomt met de grootte van de fragmenten op
de gel.

[oefening dia 37!!!!!]

Les 11

[oefening dia 4, 5]

Southern blot: DNA

Northern blot: met mRNA
Northern blot is nuttig voor het bepalen van de expressie van bepaalde genen, of bijvoorbeeld
alternative splicing van mRNA.
n.b. Western blot: met eiwitten

Genomic sequencing
Three point-mapping (hoofdstuk 5) en restrictieanalyses (hoofdstuk 13) zijn manieren om
genen te mappen.
Maar veel accuratere techniek: sequencen.
- Wordt steeds goedkoper en sneller
- Je krijgt wel heel veel extra informatie. Moet je die allemaal analyseren?

Verschillende methoden
Sanger sequencing:
- één sequentie tegelijkertijd
- relatief lange stukken (700 nucleotiden)
- gemakkelijk voor te bereiden
Next generation sequencing/third generation:
- heel veel sequenties tegelijkertijd (high throughput)
- relatief korte stukjes
- lange voorbereiding + analyse
2nd generation: PCR en dan vaak detectie met fluorescentie/licht
3rd generation: single-molecule en dan vaak niet-fluorescente meetmethode
Sanger sequencing: Ontwikkeld door Frederick Sanger (winnaar van twee Nobelprijzen!)
1. DNA wordt enkelstrengs gemaakt
2. Eén primer wordt toegevoegd (geen twee zoals bij PCR!)
3. DNA polymerase en de vier deoxyribonucleotide trifosfaten (dATP, dCTP, dGTP en
dTTP) worden toegevoegd
4. Het sample wordt opgesplits in vieren en aan elk deel wordt nog een beetje gelabelde
dideoxynucleotide (ddATP, ddCTP, ddGTP of ddTTP) toegevoegd (in elk van de vier
monsters maar één van deze)
5. DNA synthese vindt plaats. Verlenging stopt wanneer een dideoxynucleotide wordt
ingebouwd (mist 3 ’OH groep voor de volgende reactie)

Sanger sequencing: één stuk DNA per reactie

Next generation sequencing:
- heel veel sequence reacties parallel
- tot 200 keer sneller dan Sanger sequencing
- veel goedkoper

Verschillende systemen:
Roche 454 System pyrosequencing
+ langste reads (700 bp)
- duur
- onbetrouwbaar bij meer dan 6 gelijke bp
AB SOLiD System ligation-based sequencing
+ meest accuraat
- langzaam
- hele korte reads
Illumina Genome Analyzer bridge amplification en fluorescent dye sequencing
(workflow)
+ grootste output
+ laagste kosten
- kortere reads
- minder accuraat

[filmpje dia 24]

(Een andere ontwikkeling: desktop sequencing

 Ion Torrent: Personal Genome Machine (PGM)
 Illumina: MiSeq)
SNP’s (single nucleotide polymorphisms); zijn verschillen van één nucleotiden

Met behulp van restrictie analyse kunnen wetenschappers mutaties identificeren die
gerelateerd zijn aan bepaalde ziekten, als deze mutaties in een restrictie site zitten.
Tests voor ziekten als:
• Sikkelcelziekte; Mutatie van één enkele aminozuur in de -globine keten van
hemoglobine.
- Drager van één gemuteerd gen: bescherming tegen malaria
- Twee gemuteerde genen: sikkelcelanemie.
• Cystic Fibrosis: taaislijmziekte
• Huntington
• Hemofilie
• Spier dystrofie
• Darmkanker en borstkanker.
Gebruik voor prenatale diagnostiek, om dragers te identificeren en om de ontwikkeling van
een ziekte in volwassenen te kunnen voorspellen.

RFLP = restriction fragment length polymorphism

Analyse van verschillende lengtes van restrictiefragmenten.
Procedure:
1. Isolatie van DNA (eventueel PCR om het gen te amplificeren)
2. Restrictie met het restrictieenzym
3. Gel electroforese
4. Southern blot
5. Hybridizatie met probe die over de restrictiesite heen ligt
6. Analyse: is de restrictiesite aanwezig of niet?
Slechts 5-10 procent van alle puntmutaties kan mbv RFLP analyse gedetecteerd worden:
andere puntmutaties vallen niet binnen een restrictiesite.

Aandachtspunten:
- Sommige ziekten komen pas op latere leeftijd tot uiting
- Soms ontstaat er een nieuwe mutatie die bij de ouders dus niet aanwezig is
- Soms is de afstand tussen de probe en de gezochte mutatie zo groot dat daartussen
crossing over plaats kan vinden

[oefening dia 34]

Dia 35 legenda stamboom

Les 12 werkcollege

Opdrachten vanaf dia 5