LAPORAN PRAKTIKUM KIMIA MEDISINAL

(Pemodelan Struktur Kimia 3D, Optimasi Geometrid dan Perhitungan

Energi)

Disusun Oleh:
Nama : Nilo Arya Shinta
NPM : 191FF03083
Kelas : 2 FA 2

FAKULTAS FARMASI
UNIVERSITAS BHAKTI KENCANA BANDUNG
2020
 1. Optimasi Mekanika Klasik Gentamisin

2. Energi Optimasi
Zero-point vibrational energy 1956872.7 (Joules/Mol)
467.70380 (Kcal/Mol)
Warning -- explicit consideration of 52 degrees of freedom as
vibrations may cause significant error
Vibrational temperatures: 22.42 29.27 42.10 55.65 84.50
(Kelvin) 86.99 98.55 116.75 133.69 139.89
188.08 201.09 230.20 252.42 311.83
330.32 345.29 348.81 376.22 393.13
409.69 440.09 441.42 444.78 454.24
463.20 470.35 476.11 483.27 504.77
515.24 540.43 561.42 576.80 595.71
603.58 622.41 635.17 644.02 653.13
709.25 737.85 741.29 749.08 756.61
773.30 789.73 824.81 842.14 849.18
887.89 890.32 906.18 916.41 949.56
960.05 967.83 999.78 1017.74 1049.08
1081.54 1114.09 1133.99 1172.84 1211.08
1238.56 1306.64 1341.97 1410.10 1418.94
1431.38 1443.32 1464.50 1557.50 1564.60
1570.21 1595.98 1600.77 1602.15 1608.42
1626.53 1644.12 1663.03 1673.03 1688.53
1696.09 1733.31 1745.64 1771.40 1776.23
1788.09 1797.16 1812.97 1818.76 1839.18
1865.61 1872.30 1882.30 1902.43 1909.11
1912.69 1938.12 1939.94 1971.04 1979.75
1989.84 1996.97 1999.40 2003.35 2005.72
2023.20 2029.89 2036.43 2046.97 2067.00
2073.72 2082.18 2094.50 2101.01 2102.80
2124.23 2137.19 2146.17 2150.74 2156.66
2165.71 2166.85 2176.59 2178.84 2188.68
2196.15 2206.97 2230.78 2232.98 2250.74
2252.78 2270.33 2275.31 2282.83 2289.14
2315.46 2317.49 2321.33 2348.38 2352.98
2364.46 2377.26 2392.16 2419.90 2423.03
2443.96 2461.20 2489.10 2495.52 2521.37
2533.16 2540.94 2556.41 2569.63 2571.98
2573.00 2590.11 2606.70 2662.59 2680.70
2711.52 2727.91 2743.88 2747.45 2751.14
 2773.13 2783.88 2829.47 2843.48 2861.07
2883.39 2925.44 3103.05 4082.41 4084.73
4093.98 4094.76 4140.16 4147.61 4156.72
4157.19 4187.98 4197.49 4198.78 4203.14
4205.46 4211.19 4212.58 4214.69 4218.19
4226.22 4230.09 4234.83 4236.60 4238.55
4241.52 4244.20 4244.20 4245.47 4245.85
4247.59 4249.02 4251.36 4251.78 4252.55
5196.35 5203.25 5209.87 5251.40 5251.66
5298.09 5301.71 5306.71 5380.17 5381.96
5383.50

Zero-point correction= 0.745333

(Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy= 0.773673
Thermal correction to Enthalpy= 0.774617
Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.685394
Sum of electronic and zero-point Energies= 0.871547
Sum of electronic and thermal Energies= 0.899887
Sum of electronic and thermal Enthalpies= 0.900831
Sum of electronic and thermal Free Energies= 0.811607

E (Thermal) CV S
KCal/Mol Cal/Mol-Kelvin Cal/Mol-Kelvin
Total 485.487 112.256 187.786
Electronic 0.000 0.000 0.000
Translational 0.889 2.981 44.377
Rotational 0.889 2.981 37.518
Vibrational 483.710 106.295 105.891
Vibration 1 0.593 1.986 7.130
Vibration 2 0.593 1.986 6.600
Vibration 3 0.593 1.984 5.879
Vibration 4 0.594 1.981 5.326
Vibration 5 0.596 1.974 4.499
Vibration 6 0.597 1.973 4.442
Vibration 7 0.598 1.969 4.196
Vibration 8 0.600 1.962 3.863
Vibration 9 0.602 1.954 3.598
Vibration 10 0.603 1.951 3.509
Vibration 11 0.612 1.923 2.935
Vibration 12 0.615 1.914 2.807
Vibration 13 0.622 1.891 2.550
Vibration 14 0.627 1.873 2.376
Vibration 15 0.646 1.816 1.986
Vibration 16 0.652 1.796 1.882
Vibration 17 0.657 1.779 1.803
Vibration 18 0.659 1.775 1.785
Vibration 19 0.669 1.743 1.652
Vibration 20 0.676 1.723 1.576
Vibration 21 0.683 1.702 1.505
Vibration 22 0.696 1.663 1.385
Vibration 23 0.697 1.661 1.380
Vibration 24 0.698 1.656 1.367
Vibration 25 0.703 1.644 1.332
 Vibration 26 0.707 1.631 1.300
Vibration 27 0.711 1.622 1.275
Vibration 28 0.713 1.614 1.256
Vibration 29 0.717 1.604 1.232
Vibration 30 0.728 1.574 1.162
Vibration 31 0.733 1.559 1.130
Vibration 32 0.746 1.522 1.057
Vibration 33 0.758 1.491 0.999
Vibration 34 0.767 1.468 0.959
Vibration 35 0.778 1.440 0.912
Vibration 36 0.782 1.428 0.894
Vibration 37 0.793 1.399 0.850
Vibration 38 0.801 1.380 0.822
Vibration 39 0.807 1.366 0.803
Vibration 40 0.812 1.352 0.784
Vibration 41 0.849 1.266 0.676
Vibration 42 0.868 1.222 0.627
Vibration 43 0.870 1.216 0.621
Vibration 44 0.876 1.204 0.608
Vibration 45 0.881 1.193 0.597
Vibration 46 0.892 1.167 0.571
Vibration 47 0.904 1.142 0.546
Vibration 48 0.930 1.089 0.498
Vibration 49 0.942 1.063 0.476
Vibration 50 0.948 1.053 0.467
Vibration 51 0.977 0.996 0.421
Vibration 52 0.979 0.992 0.418
Q Log10(Q) Ln(Q)
Total Bot -315.258562 -725.909664
Total V=0 27.570299 63.482960

3. Optimasi Hartree-fock Gentamisin

4. Energi Hartree-fock Gentamisin

Zero-point vibrational energy 1891907.8 (Joules/Mol)
452.17683 (Kcal/Mol)
Warning -- explicit consideration of 61 degrees of freedom as
vibrations may cause significant error
Vibrational temperatures: 18.64 26.27 36.45 55.72 61.97
(Kelvin) 86.35 99.51 107.41 113.55 142.57
149.53 168.05 194.06 210.54 216.24
 267.08 271.80 289.17 295.17 314.69
322.83 336.63 338.33 350.77 352.20
358.78 378.41 384.62 423.83 432.77
442.79 452.59 467.52 474.13 481.45
486.49 500.68 514.00 524.80 541.93
554.53 574.38 581.55 584.94 616.25
629.74 644.38 663.17 676.68 689.36
698.54 704.95 714.18 745.44 759.79
771.42 781.04 816.14 846.41 864.91
888.45 901.96 928.16 950.67 953.97
976.66 998.88 1050.69 1052.73 1158.05
1167.39 1243.73 1253.56 1259.56 1296.63
1323.87 1363.79 1384.82 1423.37 1436.77
1463.27 1476.13 1482.19 1490.98 1503.12
1525.35 1533.66 1550.22 1554.65 1568.76
1584.47 1592.67 1593.88 1606.55 1628.28
1637.09 1654.18 1670.15 1686.53 1694.30
1694.85 1703.21 1705.17 1709.29 1719.08
1741.48 1745.69 1763.51 1771.14 1780.43
1807.32 1814.89 1817.48 1831.81 1842.37
1852.22 1859.40 1864.01 1891.21 1907.72
1918.21 1926.65 1936.29 1951.39 1962.04
1969.42 1974.05 1982.79 1999.11 2029.78
2033.66 2065.47 2073.94 2081.73 2090.79
2093.54 2113.68 2122.57 2129.06 2137.67
2146.48 2152.80 2157.15 2169.80 2177.24
2182.22 2187.34 2191.23 2197.71 2219.17
2222.99 2231.39 2232.64 2235.46 2245.91
2260.38 2263.80 2267.19 2274.26 2290.87
2320.80 2323.30 2366.97 2377.51 2386.59
2387.86 2388.88 2392.20 2402.06 2402.48
2409.89 2412.44 2417.28 2418.87 2463.38
2465.19 2641.87 2697.63 2699.48 4434.91
4485.45 4486.46 4516.79 4534.65 4540.69
4558.05 4575.38 4592.40 4607.37 4611.58
4612.61 4629.44 4637.92 4647.63 4651.48
4655.21 4656.80 4668.33 4673.14 4683.43
4685.79 4696.34 4711.40 4715.82 4727.20
4741.84 4758.09 4786.44 4789.08 4794.45
4812.66 5235.54 5246.61 5295.24 5346.32
5348.36 5349.03 5395.42 5408.86 5439.32
5540.83 5590.42

Zero-point correction= 0.720590

(Hartree/Particle)
Thermal correction to Energy= 0.754087
Thermal correction to Enthalpy= 0.755032
Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.655619
Sum of electronic and zero-point Energies= -1606.847328
Sum of electronic and thermal Energies= -1606.813830
Sum of electronic and thermal Enthalpies= -1606.812886
Sum of electronic and thermal Free Energies= -1606.912299

E (Thermal) CV S
 KCal/Mol Cal/Mol-Kelvin Cal/Mol-Kelvin
Total 473.197 130.611 209.232
Electronic 0.000 0.000 0.000
Translational 0.889 2.981 44.377
Rotational 0.889 2.981 37.518
Vibrational 471.419 124.649 127.337
Vibration 1 0.593 1.987 7.497
Vibration 2 0.593 1.986 6.815
Vibration 3 0.593 1.985 6.165
Vibration 4 0.594 1.981 5.323
Vibration 5 0.595 1.980 5.113
Vibration 6 0.597 1.973 4.457
Vibration 7 0.598 1.969 4.177
Vibration 8 0.599 1.966 4.027
Vibration 9 0.600 1.963 3.918
Vibration 10 0.604 1.950 3.472
Vibration 11 0.605 1.946 3.379
Vibration 12 0.608 1.935 3.153
Vibration 13 0.613 1.919 2.875
Vibration 14 0.617 1.907 2.719
Vibration 15 0.618 1.902 2.668
Vibration 16 0.632 1.859 2.271
Vibration 17 0.633 1.855 2.239
Vibration 18 0.638 1.838 2.124
Vibration 19 0.640 1.833 2.086
Vibration 20 0.646 1.813 1.970
Vibration 21 0.649 1.804 1.924
Vibration 22 0.654 1.789 1.848
Vibration 23 0.655 1.787 1.839
Vibration 24 0.659 1.773 1.775
Vibration 25 0.660 1.771 1.768
Vibration 26 0.662 1.764 1.735
Vibration 27 0.670 1.741 1.642
Vibration 28 0.672 1.733 1.613
Vibration 29 0.689 1.684 1.448
Vibration 30 0.693 1.672 1.413
Vibration 31 0.698 1.659 1.374
Vibration 32 0.702 1.646 1.338
Vibration 33 0.709 1.626 1.285
Vibration 34 0.712 1.616 1.262
Vibration 35 0.716 1.606 1.238
Vibration 36 0.718 1.599 1.221
Vibration 37 0.726 1.579 1.175
Vibration 38 0.732 1.560 1.134
Vibration 39 0.738 1.545 1.102
Vibration 40 0.747 1.520 1.053
Vibration 41 0.754 1.501 1.018
Vibration 42 0.765 1.472 0.966
Vibration 43 0.769 1.461 0.947
Vibration 44 0.771 1.456 0.939
Vibration 45 0.790 1.409 0.864
Vibration 46 0.798 1.388 0.834
Vibration 47 0.807 1.366 0.802
Vibration 48 0.819 1.337 0.763
Vibration 49 0.827 1.316 0.737
Vibration 50 0.836 1.296 0.712
Vibration 51 0.842 1.282 0.695
Vibration 52 0.846 1.272 0.684
Vibration 53 0.852 1.258 0.667
Vibration 54 0.873 1.210 0.614
Vibration 55 0.883 1.188 0.592
Vibration 56 0.891 1.170 0.574
Vibration 57 0.898 1.155 0.559
Vibration 58 0.923 1.102 0.510
Vibration 59 0.945 1.057 0.470
Vibration 60 0.959 1.029 0.448
Vibration 61 0.977 0.995 0.421
Q Log10(Q) Ln(Q)
Total Bot -301.562947 -694.374345
Total V=0 29.884574 68.811774

5. Energi HOMO-LUMO Mekanika Klasik

Energi HOMO = Tidak ada (-)
Energi LUMO = Tidak Ada (-)

6. Energi HOMO-LUMO Mekanika kuantum (Hartree-Fock)

Energi HOMO = -0,33785

Energi LUMO = 0,22715

7. Visualisasi HOMO-LUMO
8. Spektrum IR Gentamisin

9. Analisis Termokimia
 Perhitungan mekanika klasik
a) Energi pada optimasi geometri = energi elektronik (Eele)
o Eele = 0.12621360 a.u.
b) Energi dalam molekul pada suhu 0 K (E0K) = Eele + Zero-Point Correction to Energy
o E(0k) = 0.12621360 + 0.745333
= 0.871547 dyne
c) Energi pada suhu 298.15 K (E298.15K) = E0K + thermal correction to energy
o E298.15K = 0.871547 + 0.773673
= 1.64522 a.u.
d) H = Eele + thermal correction to enthalpy
o H = 0.12621360 + 0.774617
= 0.9008306 a.u.

 Perhitungan Termokimia HF
a) Energi pada optimasi geometri = energi elektronik (Eele)
o Eele = -1607.56791727 a.u.
b) Energi dalam molekul pada suhu 0 K (E0K) = Eele + Zero-Point Correction to Energy
o E(0k) = -1607.56791727 + 0.720590
= -1606.847328 dyne
c) Energi pada suhu 298.15 K (E298.15K) = E0K + thermal correction to energy
o E298.15K = -1606.847327 + 0.754087
= -1606.09324 a.u.
d) H = Eele + thermal correction to enthalpy
o H = -1607.56791727 + 0.755032
= -1606.812886 a.u.
PEMBAHASAN
Pada praktikum kali ini dilakukan Pemodelan Struktur Kimia 3D, Optimasi Geometri dan
Perhitungan Energi pada Gentamisin. Pemodelan struktur kimia 3D menggunakan aplikasi GaussView
dan Gaussian 09W. setelah memodelkan struktur 3D Gentamisin hal yang dilakukan selanjutnya yaitu
Optimasi Geometri. Optimasi geometri bertujuan untuk menghitung energi terendah dari suatu molekul
untuk mengetahui keadaan paling stabil dari molekul tersebut. Untuk menentukan optimasi geometri dan
perhitungan energi,dapat dilakukan dengan cara menekan calculate > Gaussian Calculate Setup,
kemudian pilih type opt+freq > mechanics > submit dan save data. pada saat menentukan perhitungan
energi dengan menggunakan metode mekanika klasik/molekul sangat cepat, karena perhitungan
energinya hanya ditingkat atom, tidak sampai pada tingkat elektronnya. Setiap melakukan perhitungan
energi, kita mendapatkan 2 file yaitu file chk dan file log. File Log adalah data yang digunakan untuk
mengetahui total energy. Dari perhitungan menggunakan metode mekanika klasik diperoleh Zero-point
correction sebesar 0.74533, Thermal correction to Energy 0.773673, Thermal correction to Enthalpy
0.774617, Thermal correction to Gibbs Free Energy 0.685394, Sum of electronic and zero-point Energies
0.871547, Sum of electronic and thermal Energies 0.899887, Sum of electronic and thermal Enthalpies
0.900831 dan Sum of electronic and thermal Free Energies 0.811607. Mekanika klasik tidak dapat
digunakan untuk menentukan nilai HOMO dan LUMO, karena energi HOMO dan LUMO merupakan
energi pada tingkat elektron. Senyawa atau molekul apapun jika dihitung dengan mekanika klasik maka
tidak akan ada hasil energi molekulernya.
Selain menggunakan metode mekanika klasik untuk menentukan energi, kita juga dapat
menggunakan metode lain, yaitu Mekanika kauntum. Pada saat menggunakan metode Mekanika kuantum
dibutuhkan waktu yang sangat lama, karena perhitungan Hartree-Fock sampai pada tingkat elektron,
berbeda dengan mekanika klasik yang perhitungannya hanya sampai pada atom. Pada perhitungan
Hartree-Fock juga terdapat 2 file yaitu file chk dan file log. Nilai energi terdapat pada file log. Nilai
energi pada Hartree-Fock berbeda dengan nilai energi pada mekanika klasik. Pada perhitungan energi
menggunakan Hartree-Fock diperoleh zero-point correction sebesar 0.720590, Thermal correction to
Energy 0.754087, Thermal correction to Enthalpy 0.755032, Thermal correction to Gibbs Free Energy
0.655619, Sum of electronic and zero-point Energies -1606.847328, Sum of electronic and thermal
Energies -1606.813830, Sum of electronic and thermal Enthalpies -1606.812886, dan Sum of electronic
and thermal Free Energies -1606.912299. Dari hasil perhitungan menggunakan Hartree-Fock, diperoleh
nilai energi HOMO sebesar -0,33785 dan Energi LUMO sebesar 0,22715. HOMO merupakan oerbital
molekul terisi dan berenergi tertinggi, sedangkan LUMO adalah orbital molekul kosong berenergi
terendah. Dari molekul Gentamisin terdapat 383 orbital.
Pada metode mekanika molekuler (klasik) diperoleh energi terendah (Eele) yaitu 0.12621360,
sedangkan pada metode mekanika kuantum nilai energi terendah diperoleh sebesar -1607.56791727.
Untuk Energi dalam molekul pada suhu 0 K (E0K) metode mekanika klasik yaitu 0.871547 dan pada
metode mekanika kuantum -1606.847328. Energi Mekanika klasik pada suhu 298.15 K (E298.15K)
sebesar 1.64522 dan pada mekanika kuantum pada suhu 298.15 K sebesar -1606.09324. Nilai H pada
energi mekanika klasik sebesar 0.9008306 dan nilai H pada mekanika kuantum sebesar -1606.812886.
kita juga dapat menganalisis spektrum IR Gentamisin dengan menggunakan aplikasi Avogadro.
Spektroskopi inframerah merupakan suatu metode yang mengamati interaksi molekul dengan radiasi
elektromagnetik yang berada pada daerah panjang gelombang 0,75-1000 μm atau pada bilangan
gelombang 13.000-10 cm−1. Pada analisis spektrum IR menggunakan Avogadro diperoleh spektrum

terendah yaitu nilai wavenumber = 12,96 cm−1dan nilai laju = 0,115 km/mol. Sedangkan, untuk nilai

tertinggi yaitu nilai wavenumber = 3885,54 cm−1 dan nilai laju = 34,093.

KESIMPULAN
Dari hasil praktikum dapat disimpulkan bahwa, aplikasi GaussView dan Gaussian 09W dapat
digunakan untuk memodelkan struktur kimia Gentamisin. Untuk optimasi energi dan perhitungan
frekuensi dapat digunakan beberapa metode, seperti metode mekanika molekuler dan mekanika kuantum.
Namun, pada Metode mekanika molekuler hanya dapat menghitung tingkat atomnya saja, sedangkan
pada metode mekanika kuantum diperoleh perhitungan hingga tingkat elektron. Pada metode mekanika
molekuler diperoleh nilai terendah Gentamisin yaitu 0.12621360 dan nilai terendah metode mekanika
kuantum (Hartree-Fock) Gentamisin yaitu -1607.56791727. nilai HOMO (High Occupied Molecular
Orbital) dari mekanika kuantum yaitu -0,33785 dan nilai LUMO (Lowest Unoccupied Molecular Orbital)
yaitu 0,22715. Nilai terendah dari spekrtum IR Gentamisin yaitu 12,96 cm−1 dan nilai tertinggi spektrum

IR Gentamisin yaitu 3885,54 cm−1 .

DAFTAR PUSTAKA
Sastrohamidjojo,H.,1991,Spektroskopi, Liberty, Yogyakarta
Harno D Pranowo, Kimia Komputasi, Jurusan Kimia FMIPA UGM, Yogyakarta.