Recent Harmful Algal blooms 

(HABs) Events in Indonesia
By
Hikmah Thoha
Research Center for Oceanography, Indonesian Institute of Science
Indonesia

WESTPAC Workshop on the Development of a Research Strategy for Harmful Algal Blooms
“What We Know, and What We Do Not Know on HABs”
19‐21 December 2016
Institute of Oceanography, Nha Trang, Vietnam
Outline

❶ Recent HABs event in Indonesia: 1990 – 2015
❷ Difficulties and Scientific subject needed on 
Facing the HABs Problem in Indonesia
❸ Scientific activities
❹ Expectation to WESTPAC‐HAB and TMO project

WESTPAC Workshop on the Development of a Research Strategy for Harmful Algal Blooms
19‐21 December 2016
Institute of Oceanography, Nha Trang, Vietnam
 Recent HABs Event in Indonesia: 
❶ 1990 – 2015

Year Causative species Groups Type of HAB Location Impacts

1991 Trichodesmium erythraeum Cyanobacteria Red tide Jawa Sea ‐
1992 Gymnodinium sp./ Gonyaulax sp. Dinoflagellates Red tide Manokwari, Papua
1992 Gonyaulax sp. Dinoflagellates Red tide Jakarta bay
1993 Noctiluca scintillans Dinoflagellate Jakarta bay
1993 Pyrodinium bahamense var. compressum Dinoflagellates Kao Bay, Halmahera
1994 Pyrodinium bahamense var. compressum Dinoflagellates Ambon Bay
1995 Noctiluca scintillans Dinoflagellates Ambon Bay
1995 Trichodesmium sp. Cyanobacteria Ambon Bay
1996 Chaetoceros sp. Diatoms Ambon Bay
1997 Alexandrium affine Dinoflagellates Ambon Bay
1997 Gonyaulax spinifera Dinoflagellates West Sumatera
1997 Trichodesmium thiebautii Cyanobacteria Jakarta bay
1998 Chaetoceros spp Diatoms Ambon Bay
1999 Pyrodinium bahamense var. compressum Dinoflagellates Lampung Bay
2012 Pyrodinium bahamense var. compressum Dinoflagellates Toxin production Ambon Bay Health problem
2012 Chaetoceros spp. Diatoms Bloom Ambon Bay Oxygen depletion, fish kills
2012 Nitzcshia spp. Diatoms Bloom Ambon Bay Oxygen depletion, fish kills
2012 Other diatoms Diatoms Bloom Ambon Bay Oxygen depletion, fish kills
2012 Cochlodinium polykrikoides Dinoflagellates Lampung Bay
2013 Cochlodinium polykrikoides Dinoflagellates Lampung Bay
2015 Unknown Unknown Red tide Ai Island, Banda
2015 Coscinodiscus spp. Diatoms Bloom Jakarta Bay Oxygen depletion, fish kills
2015 Alexandrium spp. Dinoflagellates Bloom Jakarta Bay Oxygen depletion, fish kills
 Recent HABs Event in Indonesia: 
❶ 1990 – 2015

Kao Bay, Halmahera

Manokwari, Papua
Fish kills in Jakarta Bay (Nov 2015) 
caused by Coscinusdiscus spp. & 
Alexandrium spp.
Ambon Bay

Lampung Bay Ai Island, Banda

Jakarta Bay
Fish kills in Lampung Bay 
(2012) caused by 
Cochlodinium polykrikoides

Fish kills in Ambon Bay (2012) caused 
by Pyrodinium bahamense var. Red tide in Ai Island, Banda (2015)
compressum
 Difficulties and Scientific subject needed on 
❷ Facing the HABs Problem in Indonesia

Difficulties on facing the HABs problem in Indonesia
‐ Late response, no early warning system, limited fund to perform monitoring 
activities of the development of the HABs species in the bay
‐ Lack of laboratory equipment, difficulty in culturing the HABs species, lack of 
expertise of taxonomists.
‐ No routine shellfish toxicity monitoring activities.
Scientific subject necessary to solve the problem
‐ HABs causative species monitoring activities in time frame to specify and predict the 
HABs occurrence in specific condition
‐ Cysts beds study to map the distribution of bloom initiation area
‐ Culture and shellfish toxicity study to see the development and toxicity of the HABs 
species
WESTPAC Workshop on the Development of a Research Strategy for Harmful Algal Blooms
19‐21 December 2016
Institute of Oceanography, Nha Trang, Vietnam
❸ Scientific Activities
Year 2013 – 2015, study:
Diversity of the phytoplankton and cyst responsible of Harmful Algal Blooms 
(HABs) in Indonesia with a special focus on the species Alexandrium sp., 
Cochlodinium polykrikoides and Pyrodinium bahamense var. compressum
Publications:
 T. Sidabutar, H. Thoha, M. D. Bayu, A. Rachman, O. R. Sianturi, N. Fitriya, Muawanah, H. 
A. Mulyadi, S.Likumahua, E. Masseret (2016). Occurrences of Pyrodinium bahamense 
blooms related to cyst accumulation in the bottom sediments in the bays at Ambon, 
Lampung and Jakarta, Indonesia. Harmful Algae News (52) 8‐9, Unesco publication. 
 H. Thoha, A. Rachman, T. Sidabutar, N. Fitriya, M. D. Bayu, Muawanah, M. Iwataki, K. 
Takahashi, E. Masseret (2015). First record of the harmful dinoflagellate Cochlodinium 
polykrikoides in Lampung Bay, Indonesia. Harmful Algae News (50) 14‐15, Unesco 
publication. 
 H. Thoha, Muawanah, M. D. Bayu, T. Sidabutar, A. Rachman, O. R. Sianturi, N. Fitriya, 
Sugestiningsih, K. Takahashi, M. Iwataki, E. Masseret (2016) Dinoflagellate cysts 
distribution in the modern sediments of Lampung bay (Sumatra, Indonesia): a focus on 
the toxic species Cochlodinium polykrikoides, Pyrodinium bahamense var. compressum
and Alexandrium sp.. Asian CORE‐COMSEA Seminar on Coastal Ecosystems in Southeast 
24‐26 February 2016. AORI The University of Tokyo Kashiwa, Japan.
❸ Scientific Activities
Year 2013 – 2015, study:
Diversity of the phytoplankton and cyst responsible of Harmful Algal Blooms 
(HABs) in Indonesia with a special focus on the species Alexandrium sp., 
Cochlodinium polykrikoides and Pyrodinium bahamense var. compressum
Next Publications:
 Resting cysts distribution and genetic characterization of the harmful dinoflagellate Cochlodinium
polykrikoides Margalef (Gymnodiniales, Dinophyceae) in recent sediments from Lampung Bay 
(Sumatra, Indonesia), submitted for Oral Presentation by Mariana D Bayu in the 10th WESTPAC 
International Scientific Conference (April 2017), Qindao, China. Applying Travel Support & Young 
Scientist Travel Grant.
 Distribution of Dinoflagellate Cysts in Modern Sediments of Ambon Bay, Indonesia: focus on three 
potentially toxic invasive HAB species Alexandrium sp., Pyrodinium bahamense var. compressum and 
Cochlodinium polykrikoides, submitted for Poster Presentation in in the 10th WESTPAC International 
Scientific Conference (April 2017) , Qindao, China.
WESTPAC Workshop on the Development of a Research Strategy for Harmful Algal Blooms
19‐21 December 2016
Institute of Oceanography, Nha Trang, Vietnam
❸ Scientific Activities

Year 2016, study:
The expansion of toxic dinoflagellate Alexandrium pacificum/tamarense and 
Cochlodinium polykrikoides from Asia to the Mediterranean Sea.

Oksto Ridho Sianturi Fellowship Granted for foreign researcher Ifremer
Training activities:
‐ Cysts extraction
‐ Sediment culture experiment
‐ Cysts culture experiment
‐ DNA Extraction
‐ Molecular identification of Alexandrium and Cochlodinium

WESTPAC Workshop on the Development of a Research Strategy for Harmful Algal Blooms
19‐21 December 2016
Institute of Oceanography, Nha Trang, Vietnam
❸ Scientific Activities

Next Project (2017): 
Study of Phytoplankton Diversity responsible of Harmful Algal Blooms (HABs)
in Cirebon and Makassar Sea, Indonesia
with a special focus on the species Alexandrium sp., Cochlodinium polykrikoides and 
Pyrodinium bahamense var. compressum

WESTPAC Workshop on the Development of a Research Strategy for Harmful Algal Blooms
19‐21 December 2016
Institute of Oceanography, Nha Trang, Vietnam
❸ Scientific Activities

Indonesian Researcher who study on HABs:
‐ Sem Likumahua, M.Si (RCDS‐LIPI): monitoring activities
‐ Muawanah (BPBBL): monitoring activities
‐ Untung Sugiharto, A.md (BATAN): Shellfish toxicity monitoring using RAB
‐ Sutanti, S.Pi & Novi Megawato, S.Pi (BATAN): Scanning Electron Microscope

WESTPAC Workshop on the Development of a Research Strategy for Harmful Algal Blooms
19‐21 December 2016
Institute of Oceanography, Nha Trang, Vietnam
❸ Scientific Activities

Laboratory equipment availability:

‐ Inverted microscope (RCO‐LIPI)
‐ Scanning Electron Microscope 
(BPPT)
‐ Memmert HPP 260 Culture 
Chamber (RCO‐LIPI)
‐ Polymerase Chain Reaction 
(PCR) machine (RCO‐LIPI).

Inverted microscope  Memmert HPP 260 Culture Chamber

WESTPAC Workshop on the Development of a Research Strategy for Harmful Algal Blooms
19‐21 December 2016
Institute of Oceanography, Nha Trang, Vietnam
 Expectation to WESTPAC‐HAB and 
❹ TMO projects

More research collaboration between institutions
and
Capacity building for young scientists (Training course)

WESTPAC Workshop on the Development of a Research Strategy for Harmful Algal Blooms
19‐21 December 2016
Institute of Oceanography, Nha Trang, Vietnam
THANK YOU