Molekularna sistematika

Molekularna sistematika je grana sistematike koja proučava

filogenetske odnose između organizama na osnovu informacija
iz genetičkog materijala (RNK,DNK) ili proteina. Takođe, često
se koristi i mitohondrijalna DNK. Kod biljaka se analizira
hloroplastna DNK.
Na taj način dobijaju se informacije o evolucijskim putevima,
vezama i odnosima organizama.
Tehnike i primene
Svaki živi organizam sadrži DNK, RNK i proteine. U principu,
organizmi koji su u uskoj vezi imaju visok stepen usaglasnosti
u molekulskoj strukturi ovih supstanci, dok molekuli srodnih
organizama obično ispoljavaju određene različitosti.
Očekivanje da će konzervirane sekvence, kao što
je mitohondrijska DNK, akumulirati mutacije tokom vremena, a
pod pretpostavkom konstantne stope mutacija,
daje molekularni sat za datiranje divergencije. Molekularna
sistematika koristi takve podatke da se izgradi „stablo odnosa”
koji pokazuje verovatnu evoluciju različitih organizama.
Najčešći pristup je poređenje homologih sekvenci gena
pomoću tehnike poravnjavanja sekvenci za identifikaciju
sličnosti.
Još jedna primena molekularne filogenije je u DNK
barkodiranju, pri čemu se vrsta pojedinih organizama
identifikuje pomoću male
sekcije mitohondrijske ili hloroplastne DNK.
Primena ovih tehnika može se videti u vrlo ograničenoj
oblasti genetike čoveka, kao što je sve popularnije genetičko
testiranje kako bi se utvrdilo nečije roditeljstvo, kao i nova
grana krivične forenzike koja je fokusirana na dokazima koji su
poznati kao genetički otisak prstiju.

Teorijska osnova
Rani pokušaji molekularne sistematike se
nazivaju hemotaksonomija, a koristili su
proteine,enzime, ugljene hidrate i druge molekule koristeći
tehnike kao što je hromatografija. Ovi su u poslednje vreme u
velikoj meri zamenjeni DNK analizom, koja se bavi tačnom
iderntifikacijom sekvenci nukleotida ili baza u sekvencama
DNK ili RNK ekstrahovanih pomoću različitih tehnika.
U principu, oni se smatraju superiornim, za evolucijski studije,
jer se delovanje evolucije u krajnjoj tačci odražava na genetičke
sekvence. Danas je još uvek dug i skup proces sekvencioniranja
celokupne DNK organizma (genoma). Međutim, sasvim je
moguće da se utvrdi redosled definisanog prostora
određenog hromozoma. Tipske molekularno-sistematske analize
zahtevaju poznavanje redosleda od oko 1.000 parova baza. Na
bilo kojem lokusu, određena sekvenca baza koje nalaze u datom
položaju može se razlikovati između organizama. Posebna
sekvenca pronađena u datom organizmu se naziva
njegov haplotip. U principu, jer postoje četiri vrste baze, od
1.000 parova, može se dobiti 41000 različitih haplotipova.
Međutim, za organizme unutar pojedine vrste ili u grupi
povezanih vrsta, empirijski je utvrđeno da samo manjina lokusa
ne pokazuje nikakve varijacije uopšte i većina varijacija je u
korelaciji, tako da je broj nađenih različitih haplotipova
relativno mali.
U molekularno-sistematskoj analizi, haplotipovi se utvrđuju na
određenom području genetičkog materijala. Zato se koriste
značajni uzorci jedinki ciljne vrste ili drugih taksona , ali mnoge
sadašnje studije se temelje na jednoj individui. Tako su nađeni i
haplotipovi blisko povezanih jedinki različitih taksona.
Konačno, određeni su haplotipovi manjeg broja jedinki iz
definitivno različitih taksona: ovi su navedeni kao vanjske
grupe. Tada su poređene sekvence baza u haplotipu. U
najjednostavnijem slučaju, razlika između dva haplotipa se
procenjuje brojanjem lokusa na kojima imaju različite baze: ovo
se naziva broj zamena (druge vrste razlika između haplotipova
može doći, na primer je insercija (umetanja) jednog
dela nukleinskih kiselina u jedan haplotip koji nije prisutan u
drugom). Razlika između organizama obično se ponovno
izražava kao postotak odstupanja, deljenjem broja zamena
brojem analiziranih parova baza, i uzima se da je ova mera
nezavisna od lokacije i dužine dela DNK koji je sekvenciran.
Jedan stariji i sad zamenjeni pristup je bio da se utvrdi razlika
između genotipova jedinki prema DNK-DNK hibridizaciji.
Smatralo se da je prednost korištenje hibridizacije, a ne
sekvenciranje gena, da je ona bila bazirana na celom genotipu, a
ne na pojedinim delovima DNK. Moderne tehnike poređenja
sekvenci, prevazilaze ovaj prigovor upotrebom više sekvenci.
Kada se utvrde razlike između svih parova uzoraka,
rezultirajuća trouglasta matrica razlikâ se podvrgava nekom
obliku statističke klasterske analize, i
rezultirajući dendrogram se pregleda kako bi se videlo da li su
uzorci raspoređeni na očekivani način, prema polaznoj ideji o
taksonomiji grupe, ili ne. Za svaku grupu haplotipa koji su
sličniji jedni drugima, nego što je bilo koji od njih sličan sa bilo
kojim drugim haplotipom može se reći da sačinjavaju kladus.
Raznim statističkim tehnikama može se proceniti pouzdanosti
pozicije haplotipa u evolucijskom stablu.

Ograničenja molekularne sistematike

Molekularna sistematika je u osnovi ima kladistički pristup: ona
pretpostavlja da klasifikacija mora odgovarati filogenetskom
poreklu, i to da svi važeći taksoni moraju biti monofiletski.
Nedavno otkriće opsežnih horizontalnih prenosa gena među
organizmima, zadaje značajne komplikacije molekularnoj
sistematici, ukazujući na to da različiti geni unutar istog
organizma mogu imati različitu filogeniju.
Osim toga, molekularna filogenija je osetljiva na pretpostavke i
modele na kojima počiva. Oni se suočavaju sa problemima kao
što su atrakcija dugih grana, zasićenost i problem uzimanja
uzoraka taksona. To znači da se, primenom različitih modela,
mogu dobiti upadljivo različiti rezultati za isti skup podataka.