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    capitulo FUNDAMENTOS DE BIOQUIMICA 1.1. Fundamentos celulares 3 1.2 Fundamentos quimicos 12 1.3 Fundamentos fisicos 21 14 Fundamentos genéticos 28 1.5. Fundamentos evolutivos 31 Con el descubrimiento de la célula, la biologia habia descubierto su dtomo... A partir de entonces el estudio de la célula y el andiisis de su estructura resuité esencial para la caracterizacién de la vida con el objeto de identificar ‘aquellas propiedades comunes y necesarias para la vida de cada una de las células y también, altemativamente, para identificar diferencias asociadas con el desarrollo de funciones especificas. ~Frangois Jacob, La logique du vivant: une histoire de thérécité, 1970 Debemos reconocer, y asi me lo parece, que el hombre, ‘con todas sus nobles cualidades... acarrea todavia en su. estructura fisica el sello indeleble de su humilde origen, Charles Darwin, Te Descent of Man, 1871 ace aproximadamente unos quince o veinte mil millones de afios, el universo nacié de un eataclismo explosive que esparcié particulas subatémicas extremadamente calientes y ricas en energia. En cuestidn de segundos se formaron ls ele metitos mas simples. Al tiempo que el universo se expandia y ‘enfriaba, se condensaba la materia bajo la indluencia de Is gra vedad y se formaban las estrellas. Algunas de ells se hicieron, ‘enomes, explotaron en supernovas y liberaran la energia ne- cesaria para producir elementos mas complejos a partir le la fusion de los nuicleos atémicos muis simples. De este modo apa recieron la Tierra y los elementos quimicos que hoy se entcucn: tran en ella. La vida aparecié hace unos evateo mil millones de ios en forma de microorganismos sencilios dotaios de la ca- pacidad de extraer enengia de los compuestos organicos o de la Iz solar. Esta energia sirvié para sintetizar una ampli varievlad de biomoléculas « partir de los elementos y compuestos mas simples presentes en la superficie de la Terra La bioquinica se pregunta acerca del modo en que miles de diferentes moléculas inanimadas dieron lugar a as comple: {8s propiedades de los organismos vivos. Cuando estas molé- caus se alslan y examinan individualmente cumplen todas las lees fisicas y quimicas que describen el comportamiento de la materia inanimada, del mismo modo que ocurre con todos los proceso que tienen lugar en organismnos vivos. Bl estudio de 1a bioquimica muestra el modo en que las mokéculas inanima: das que constituyen los organismos vivos interaccionan para mantener y perpetuar la vida, rigiéndose por las mismas leves fisicas y quimicas que gobiernan todo el universo, A pesar de ello, los organisms poseen cualidades que los distinguen de otras agrupaciones de materia, :Cudles son las ‘caracteristicas distntivas de los organisms vivos? Un elevado grado de complejidad quimica y de or- ganizacién microseépica. Las intrincadlas estructuras internas celulares estan formadas por miles de moléculas diferentes (Fig. 1a). Cada una posee su propl cia de subunidades caracteristica, una estructura tridi- al tinica e interacciona con uma seleccién Xe espeeifica ce mokéculas de la eélula Sistemas para Ia extracei6n, transformacién y uso de energia del entorno (Fig. 1-1b), que permniten a los organismos constrult y mantener sus complejas estructu: ras y llevar a cabo trabajo mecéinico, quimico, asmético ¥ eléctrico. Contrariamente, la materia inanimada tiende a degradarse hacia un estado mis desordenado, equili- Drindose con su entorno, La capacidad para autorreplicarse y autoensamblar- ‘se (Fig, 1-1c), Una tnica cétula bacteriana colocida en ‘un medio nutriente estéril puede generar mil millones de ‘células“hijas”idénticas a ella en 24 horas, Cada oéhula ccontiene miles de moléculas diferentes, algunas de elas de una gran complejda; a pesar de ello, cada bacteria 2 Capito 1 Fundamentos de bioquimica @ © FIGURA 1-1. Algunas caracterstias de la materia viva (a) En esta seccién fina de tejido muscular de verebado, vista por el iceosco- pio electrénico, se aprecia su organizacién y compleidad microses ia. (b) Un haledn de las pradeas se nutte mediante el consumo de ‘un pequerio pjaro () La reproduccisinbiligica tiene lugar com f delidad cas perecta, ‘es una copia fel 1 original y toda la informacion para su ‘ontenida en el material ger ode la célula original Mecanismos para detectar y responder a las altera- ciones en su entorno, mediante un ajuste constante ‘estos cambios gracias a la adaptacién de sus process ‘quimicos internos. La existencia de funciones definidas para cada uno de sus componentes y la regulacién de las interac- ciones entre ellos. Esto es cierto no Ginicamente para estructuras macroscépicas como hojas y tallos 0 l cora 26n y os pulmones, sino también para est ucturas mi croscépicas intracelulares y para campuestos qi lividuales, iste una relacidn dindnica entre los com: pponentes quimices de un organism vivo; os cambios en uno de los componentes producen cambios compensato- rios en otro, de mado que el conjunto pose un eariecter propio, mds alld del de cada una de sus partes individu Jes. El conjunto de moléculas lleva a cabo un programa {que tiene como resultado final la reproduecién del mistno 1a perpetuacidn de este conjunto de mokéculas; en dei nitiva el resultado final es ka vida Una historia de cambio evolutive, Los organises an sus estrategias vitales heredadas para sobrevivir ituaciones nuevas. El resultado de cones de afios de evolucidin es una enorme diversidad de formas de vida, superficlamente muy diferentes (Fig. 1-2) pero relacionadas a través de sus anicestros comunes, A pesar de estas propiedades comunes de duce que existe u ws que se de uniformidad fundamental en todas las manifestaciones de la vida, existen muy pocas generalizaciones ‘que sean absolutamente correctas para todos los organisinas vivos y bajo todas las condiciones. La diversidad es enorme, La ‘gama de habitats en que viver los organismos tiene su reflejo ‘en fa gama igual peeifcas que tienen lugar en un entorno quimico compartido, Con el objeto de primar la claridad de exposicidn, en este libro usaremos algunas generalizaciones que, aunque no perfectas, resuitan tiles; con frecuencia también comentaremos algunas excepciones que pueden ayudar a aclarar aquellas generaliza ones cientificas, site amplia de adaptaciones bioquimicas es- FIGURA 1-2 Organismos vivos diferentes comparien caracteristicas ‘quimicas comuries. Pajares, bestias, plantas y microorganismos det suelo compatten con el hombre las mismas unidadesestructurales Inisicas proteinas) compuestas por los mismos tipas de subunidades mono rméricas(nuclestdos, aminoscidos) Utlzan los mismos mecanismos las) y los mismos tips de macromokéculas (DNA, RNA, de sintesis de los componentescelulares, comparten el mismo cédigo endtico y descienden de los mismos ancestos evolutives, Detalle {el “arn del Edin, obra de fan van Kesse La bioguimica pretende describir en términos moleculares aquellas estructuras, mecanismos y procesos quiaicos com: partidos por todes los organismos y proporciona los principios de organizacion que subyacen en todas las diversas formas de vida, principios a los que nos referiremos colectivamente como {a logica molecular de la vida. Aunque la bioquimica pro porciona conocimientos y aplicaciones practicas, su preocupa~ cidn itima es el prodigio de la vida misma. Por tanto, en este capitulo introductorio deseribiremos los fundamentos celulares, quimicos, fisicos (termodinamicos) y _seneéticos de la bioquimica y el principio general de la evolucidn: €l desarrollo de las propiedades de las células vivas alo largo de las generaciones. Durante la lectura de este libro puede resultar ‘itil referirse a este capftulo de vez en cuando con el objeto de refrescar la memoria sobre estos terras bisicos. 1.1 Fundamentos celulares ‘La unidad y diversidad de los organismos es evidente incluso a nivel cellar. Los organismos mids pequefios son unicelulares y microscépicos. Los organismos mayores contienen muchos t- ‘pos de e6lulas de tamafio, forma y funciones diferentes. A pesar de estas diferencias obvias, todas las células comparten ciertas propiedades fundamentales, observables a nivel bioquimico. Las células son las unidades estructurales y funcionales de todos los organismos vivos ‘Todlas las oélulas comparten ciertas caracteristicas estructura les (Pig. 1-3), La membrana plasmitien define Ia periferia de la célula, separando su contenido del medio externo. Esté com- puesta por moléculas de lipidos y de proteinas que forman una bbarrera hidrofébiea fina y flexible. Acta como una barrera ala Libre circulacién de iones inorginicos y de la mayor parte de ‘compuestos cargados o polares. Las proteinas de transporte de fa membrana plasmeitica permiten el paso de ciertos iones ¥ ‘moléculas; las receptoras transtriten seftales hacia el interior de la célula; por su parte, los enzimas de membrana participan en. algunas reacciones. Gracias ala interaccién no covalente entre Jas subunidades individuales de lipides y proteinas de la mem- brana plasmatica, la estructura global tiene un elevado grado de flexibilidad que permite que se produzcan cambios en la forma xy el tamafio de la célula. Al crecer la e6lula se insertan en la ‘membrana nuevas moléculas de lipdo y protetna recién sinteti- ‘zadas; la divisiin celular produce dos eélulas, cada una con su propia membrana. El crecimiento y la divisin (fision) celular se producen sin pérdida de la integridad de la membrana. El volumen interno limitado por la membrana celular, el citoplasma (Fig. 1-3), esta compuesto por una dlisolucién, acuosa, el eitosol, y ura variedad de particulas en suspensién ‘con funciones especificas. El citosol es una solucién muy corr entrada que contiene: enzimas y las moléculas de RNA que los codifican; las subunidades monoméricas (aminodcidos ¥ ‘nuclestidos) a partir de las cuales sé forman estas macromoé- coulas; centenares de pequenas moléculas organicas denomina- das metabolites, intermediarios de las rutas biosintéticas y 1.1 Fundamentos celulares 3 Niicleo (eucariotas) ‘onucleoide (baeterias) Contiene material genético: DNA ¥ proteinas asociadas. El nicleo ‘esta rodeado por una membrane. ‘actdan en el transporte, —— '¥ como enzimas. forganlos suspendidos fen el mismo, contrftgncin a 150,000 ¢ | Sobrenndante: cto. > Disshuclon concentraia ; de ezimas, RNA, subunidades monoméricas, metabolites ones inorganicos. wv Pollet: particulasy orga. Tibosomas, grinulos de almacenamieato, mitacondrns,eloroplastos,isesoras, ‘etiala endoplasmic, FIGURA 1-3 Caracteristicas universes de las células vivas. Todas las clulas tienen un nicleo.0 nucleoide, una membrana plasmitica y citoplasma. El etosol es a parte del citoplasma que permanece en el sobrenadante después de una centrifugacién del extracto celular a 150.000 g durante 1 hora. degradativas; coenzimas, compuestos esenciales en muchas reacciones catalizadas enzimdticamente; iones inorganicos; ¥ ribosomas, pequefias partfculas compuestas por proteinas y RNA en las que tiene lugar la sintesis de protefnas. ‘Todas las cétulas tienen, al menos durante una parte de su ciclo vital, un mieleo o un nucleolde, en el que se almacena y replica el gemoma (cl conjunto de genes, compuestos de DNA). El nucleoide bacteriano no se encuentra separado del cito- plasma por una membrana, pero en los organismos superiores ‘el nicleo contiene el material nuclear que se halla englobado ‘en el interior de una membrana doble, Ia envoltura nuclear Las células que poseen envoltura nuclear se denominan ewea- riotas (lel griego eu, “verdadero”, y karyon, “nticleo”); las que no poseen envoltura nuclear —Ias células bacterianas— se denominan procariotas (del griego pro, “antes. 4 Capitulo 1 Fundamentos de bloquimica Las dimensiones celulares estén limitadas or la capacidad de difusién del oxigeno La mayor parte de cétulas son de tamafo microsc6pico. El did- metro tipico de las células animales y vegetales es de unos 5 a 100 jm, y muchas bacterias tienen una longitad de tan sélo 1 42 jam (véase la contracubierta posterior para encontrar in- formacion sobre las unidades y sus abreviaturas). Qué es lo ‘Que limita las dimensiones de una célula? El limite inferior vie- ne probablemente marcada por el mimero minimo de cada luna de las diferentes biomoléculas necesarias. Las células ‘completas més pequefas, los micoplasmas, tienen un dismmetro de 200 nim y un volumen de aproximadamente 10- mb. Un solo ribosoma bacteriano tiene una longitud de aproximada- mente 20 nm en su dimensiGn més alargada, cle modo que un Dequetio miimero de ribosomas ocupan ya una fraccién signifi cativa del volumen de una cétula de micoplastra, Bl limite superior del tamafto celular viene marcado por la ‘velocidad de difusin de las moléculas disueltas en sisternas, ‘acuosos. Por ejemplo, una eélula bacteriana que depende de ‘eacciones que consumen oxigeno para la produceion de st. ‘energia debe obtener el oxigeno molecular del medio en el que se encuentra mediante difusién a través de su membrana plas ‘matica. La célula estan pequetlay la relaciin entre el area de Su superficie y su volumen tan grande, que e! O, alearza con facilidad todas las partes de su citoplasma por difusién. Sin ‘embargo, al aumentar el tamafo de la célula, desciende la re- Jacion superficie'volumen hasta llegar al punto en que su me- tabolismo consume O, a una velocidad superior a la cel suri- nistro mediante difusion. En esta situacién, el metabolismo ue requiere O, se hard imposible cuando el tamatio celular ‘reaca por encima de un determinado punto, que representara, el te6rico limite superior del tamafto de la célula, Los seres vivos se clasifican en tres dominios ‘Todos los organismos vivos pertenecen a uno de los tres gran ‘des grupos (reinos o dominios) que representa las tres ratnas, de la evolucién a partir de un progenitor comiin (Fig. 1-4). Desde un punto de vista bioquimico se puede distinguir entre dos grandes grupos de procariotas: las arquebacterias (del ariego arche, “origen”) y las eubaeterins (del griego eu, “ver ‘dadero”). Las eubacterias habitan en el suelo, en las aguas: superficiales y en los tejidos de otros organismos vivos © en descomposicidn. La mayor parte de las bacterias mejor esta- diadas, incluyendo a Escherichia coli, son eubacterias. Las arquebacterias se han descubierto mas recientemente y estin ‘mucho menos caracterizadas bioquimicamente, La mayor parte de ellas habitan en maedios muy extremos. Las pruebas ‘de que se dispone sugieren que las arquebacterias V las eubac- terias civergieron pronto y constituyen dos dominios distintos, Namados también Archaea y Bacteria. Todos los organismos ‘eucariéticos, que constituyen el tercer dominio, Bucarya, evo- Jucionaron a partir de la misma rama que dio origen a los Ar- cchaea; las arquebacterias estn, por tanto, mis estrechamente relacionadas con los eucariotas que con las eubacteria. FIGURA 1-4 ilogenia de los tres dominios de la vida. Las relaciones flogendtcas se iustran 3 menudo mediante un “érbo! genealigica” de este ‘ipo, Larelacion evoluiva entre dos organismos srs tanto mis estrecha cuanto menotes sean los punts de amificacin entre ellos. FIGURA 1-5 Los omganismos pueden clasiticarse segrin su fuente principal de energa luz solar © compuestos quimicos axidabes) y su fuente de carbone para la siness de material cella Dentro de los dominios de Bacteria y Archaea existensub- grupos que se isting por sus habitats Enos habitats aeré- bcos, con abundanteoxigeno, raichos onginismos reskentes obtienen su energia mediante la transferencia de electrones desde las mokéculas de combustible al oxigeno, Otros ambien- tes son anaerdbicos,privados le oxigeno, lo que obliga a que Jos microorganisms adaptados a ellos oblengan st eneraia mediante la transferencia de electrones hacia enitrato (gene- rando Nz), sulfato (generando HS) 0 CO2 (generando CH,). Muchos de los onganismos que han evolucionado en estos an- Dientes son anaerobios obligados que moririan por expos ci6n al oxigeno Los organismos pueden clasiearse a partir de su forma de obtener la energia ye carbono que necesitan ara a sinte- ‘sis de material celular (Fig. 1-5). Se pueden establecer dos ampli categorias a partir de as fuentes de energia: ks foté- trofos (del griego trophe, “wutricién") recolectan y utilizan la Juz solar, mientras que los quimiétrofos obtienen su energia 8 partir de la oxidaci6n de combustibles quimicos. Todos los Aquimistrofos necesitan una fuente de nutrientes ongénicos puesto que no pueden fijar CO, en forma de compuestos orga- hicos. Los fot6rofas pueden divkise, a su vez, entre ls que pueden obtener todo el carbeno necesario a partir de COx (autétrofos) y los que requieren nutrientes organics Chete- rétrofos). Ningin quimidtrofo puede obtener sus dtomos de carbono exchisivamente del CO, (es deci, ro existen aut fos en esta categoria) pero ls qumiitrofos pueden ser dasifi- cauios seg un citerio diferente: se combustible que oxidan es inorgitnico (litétrofos) u orginico Corgandtrofos). 1.1. Fundamentos celulares, 5 jemplos: Bjemplos: ‘Birla ‘La muyortade hidrégeno ‘Todos los eucariotas: ‘no fiterofion La mayoria de los organismos conocidos se encuentran dentro de una de estas cuatro amplias categorias ~autétrofos 0 Ieterdtrofos entre los organistos fotosintéticos;litétrofos u forgantrofos entre aquellos que oxidan compuestos quimi- ‘cos-. Los procariotas disponen de diversas alternativas gene- rales para la obtencién de carbono y energia. Por ejemplo, Escherichia coli es un quimioorganoheterdtrofo, necesita ‘compuestos orginicos del medio ambiente como combustible -¥ como fuente de carbon. Las cianobacterias son fotolitoauté- trois; uliizan a luz solar como fuente de energia y conwierten €1 CO. en biomoléculas. Las individuos de la especie humana somos quimioorganoheterotrofos, como : coli, Escherichia coll es ta célula procaristica ‘mejor estudiada Las eélulas bacterianas comparten ciertas caracteristieas es- tructurales comunes, pero también presentan especializacio- nes especificas de grupo (Fig. 1-6). La eélula de . coli tiene aproximadamente 2 jm de longitud y un poco ments de 1 yam de didmetro, Posee una membrana extema protectora y una ‘membrana plasmatica interna que engloba el citoplasma y el nucleoide. Entre las membranas interna ¥ externa se sitia una capa fina pero resistente de peptidoglucanos que proporcionsa ala célula su forma y rigidez caracteristicas. La membrana plastica y las capas que la rodean constituyen la envoltura celular. En el dominio Archaea, a rigidez es conferida por una polimero diferente (pseudopeptidoglucano). Las membranas plasmaticas de eubacterias consisten en una fina bicapa de Copitulo 1 Fundamentes de bloquimica Ribosomas Las ribosomas bacterianos son més pequefios ‘que los eucaristico, pero llevan a eabo la misma funcign: ‘intesis de proteinas a partir de un RNA mensajero. Nucleoide Contiene una ‘unica y simple molécula larga yeireular de DNA. Bacterias gram-negativas Bacterias gram-positivas ‘Membrana externa; [No bay membrana externa; capa de peptidoglucanos. capa de peptidaghucanae mds groesa, Arquebacterias Bacterias gram-negativas, No hay membrana externa; ‘apa de peptidoglucanos "capa de peptidoglucanos: ind resistente;voluminoso externa a la membrana sistema demembranas plasmatica. {nternas que eantiene Digmentos ftosintéticos. FIGURA 1-6 Caracterstcas estructurales comunes de las eélulas bbacterianas. A causa de diferencias en Ia estructura dela envotura co- lula, algunas eubacteis retienen la tincin de Gram (am pasitivas) otras no (gram negatvas. E. col es gam negativa Las cianobacte ras son también eubacteria, pero se distinguen por ss voluminoso sistema de membranas intemas, en el que se localizan los pigments fotorireticos. Pee a que las ervoltucascelulae de las arquebacteras y las eubactesias gramm-postvas parecen similares al microscopio elec- luGnico, la estructura de os ipidos de membrana y de los polsacsti- dos de a envitura cellar son muy diferentes en esos organisms. ‘moléculas de lipido en la que se insertan proteinas. Las mem- Dbranas arquebacterianas tienen una arquitectura similar, aun- ‘que sus lipidos difieren de los presentes en eubacteria. El citoplasma de £. coli contiene unos 16,000 ribosomas, miles de copias de cada uno de los miles de enzimas diferen- tes, numerosos metabolitos y cofactores y una variedad de io nes inorginicos. El nucleoide contiene una tnica molécula circular de DNA y el citoplasma contiene uno o més segmen- tos circulares de DNA de tamafto mucho menor que reciben el nombre de plésmidos. En la naturaleza, algunos plismidos conileren resistencia a toxinas y antibidticos presentes en el ‘medio, En el laboratorio, estos segmentes de DNA son muy adecuados para la manipulacidn experimental y resultan de ‘extrema utildad para el genético molecular. La mayor parte de bacterias existen como céulas indivicua- Jes, aunque en algunas especies bacterianas tienden a asociarse ‘en racimos o flamentos ¢ ine!uso algunas (las mixobacterias) _moestran un primitivo comportamiento social Las células eucariéticas poseen diversos orgénulos ‘membranosos que pueden aislarse para su estudio [Las oélulas eucarioticas tipicas (Fig, 1-7) son mucho mayores que las células procariéticas -tienen normalmente un dime tuo de 5a 100 am y un volumen celular que es entre mil y un milion de veces superior al de las bacterias~. Las caracteristi- cas distintivas de los eucariotas son el nicleo y los orgfnulos rodeados de membrana que llevan a cabo funciones especif- cas; mitocondrias, reticulo endoplasmatico, complejos de Golgi y lisosomas. Las células vegetales contienen ademis vacuolas y cloroplastos (Pig, 1-7) Bn el citoplasma de muchas células tambien se observan grénulos 0 goticulas que contienen nu- tientes de reserva como almidén o grasas, En Jo que constituy6 un importante avance bioquimico, Albert Claude, Chistian de Duve y George Palade desarrolla- ‘ron métodos para la separacién de orgénulos citosélicos —un ‘paso esencial para el aislamiento de biomoléculas y otras com- ponentes celulares y para la investigacin de su estructura y funeldn-. En un procedimiento de fraccionamiento celular pico (Fig. 1-8) se disgregan cétulas o tejidos en solucién me- diante una homogeneizacién suave, que rompe la membrana celular pero respeta la integridad de la mayoria de los orga nnulos. A continuacién se centrifuga cl homogenado, proceso en el que organulos como el nticleo, las mitocondrias y Ios liso- 1.1 Fundamentos celulares 7 Citoesqueleto: soporte structural de las elulas, & {acilita el movimiento de orgénulos Hivos: deurada los restos intracelulares —— ——— Fesicua de transporte: transporta Lipidos y proteinas entre el RE, complejo do Golgi ¥ Ia membrana plasmatica, ‘Reticulo endoplasmtico liso (REL): lugar de sintesis de lipidos -y metabolisin de firmacos ‘Bavoltura nuclear: segrega la cromatina (DNA + proteins) del ctoplasma, Nucleolo: lngar de la sintesis de RNA ribossmico ‘Membrana plasmatica: separa Inedlula de #a entorno, regula ‘el movimiento de materiales hacia dentro y fuera dela esa (Geimulas de almidon: almacén ‘temporal de ghicidos producto de la fotosintesis lacie donde iene gar la sintesis de ATP que aprovecha Tn energia de la luz Pared celular confiere forma _yTigidex; protege a la eslula ‘del hinchamiento osmétieo Pared celular de una ostula adyacente Glioxicor: eontione las enzimas ddl ciclo del glioxilato FGURA 1-7 Estructura de la célula eucaridtica. ilustracién esquematica de los ®) Célula vegetal dos principales tipos de céula eucaridtica: fa) una céula animal represenvativa y (@) una célula vegetal represenatva. Las células vegetal tienen aproximadamente entre 10 y 100 jm de didmeto ~son mais grandes que las céluas animales, que presentan tipicamente un intevalo de 5a 30 wm, Las estructura rotuladas en ojo son exclusivas de clulas animales ode células vegetal, 8 Capitulo 1 Fundamentos de bioquimica soras sedimentan a velocidades diferentes a causa de su dife- rente tamafo, Al tener diferente densidad especifica “flotan’ a niveles distintos en un gradiente de densidad. La centrifugacion diferencial permite obtener un fraccio- ‘namiento grosero inicial del contenido citoplasmatico, que puede purificarse con mas precision mediante una centrifu- {gaci6n isopicnica (“misma densidad”). Mediante esta metodo- logia, los orgainulos de densidad diferente (resultado de las (0.000 9.1%) Hl sobrenadante Seon « > seeerfpaciin 8 ‘muy alta velocidad 0.000 2.3) peverinoman (Sighs) El petet ctiene (ragmentos deretculo (aeaay endoplasmic), SPE ‘esiculat Bi pelet peqwetas —coniene rman, diferentes reiaciones entre cantidad de lipidos y protetnas en ceada clase de orgénulo) se separan en un gradiente de densi- dad. Recogiendo cuidadosamente el material de cada region del gradiente y observindolo al microseapio, el bioguimico puede establecer la posicién de cada orginulo y purificarlo para su estudio posterior. De esta manera se supo, por ejem- plo, que los lisosomas contienen enzimas degradativos, que las ‘itocondrias contienen enzimas oxidativos y que los cloro- FIGURA 1-8 Fraccionamiento subcelular de un tjido. En primer l= {gar se homogeneiza mecdnicamente un tejido, como por ejemplo el hhigado, para romper las célulasy dspersar su contenido en un medio acuoso. EI medio de sacarosa tiene una presin osmética similar ala de los orginulos; con eso evita a difusién de agua hacia et interior de 4s crgiulos, lo que provocaria su hinchamiento y explosin. (a) Las particulas en suspensién de diferente tamafio se pueden separar por Ccenitifugacién a diferentes velocidades o bien b) es posible separar partculas con diferente densidad medhante centugaciin isopienia, En la centiugacin isopicnica se Vena un tubo de censfuga con una disolucién, cuya densidad aumenta desde la superficie hasta el fon do; para producir este radiente de densidad se dsuelve un slut ta como sacarosa a diferentes concenraciones. Cuando se depasita una mezcla de orginulos sobre este gradiente de densidad y se centrifuga tubo a alta velocidad, los orgénulosineviduaes sedimentan hasta {que su densidad se corresponde exactamente con la del gradient, Entonces puede recogerse cada capa separadamente plastos contienen pigients fotosintéticos, Bl aislamiento de un orgginulo enti nun cierto enaima suele ser el pr: mer paso en la purfieacién de dicho enima, cdo El citoplasma se organiza gracias al citoesqueleto yes altamente dindmico La microscopia electréniea filamentos de proteina que se entrecru riética yforman una trama tridimensional ¢ interconectada, el eltoesqueleto. Existen tres clases principales de Mamentos citoplasméticas ~Ios flamentos de actina, los microtdbulos y Jos flamentos intermeddios (Fig. 1-9)~ que differen en anchura (entre 6 y 22 nm), composicidn y funeién especifica. Todos ellos proporcionan estructura y organizacién al eitoplasma rmauitienen la forma de la ehula. Las flamentos de actina y los rmicrotbulos colaboran también en el movimiento de los org nulos 0 en el movimiento celular global. Cada tipo de componente citoesquelético esta compuesto por subunidades simples de proteina que polimerizan para for- ‘mar filamentos de grosor uniforme. Estos filamentos no son cestructuras permanentes, sino que estén en constante fucttia- cidn entre su forma monomérica y su forma estructa f li ci6n celular no esté fjada rigidame sino que varia en gran medida durante la mitosis, la citoquine- permite observardistintos tipos de nentos. St localiz @ FIGURA 1-9 Los tes tipos de flamentos citoplasmsticos. Los pane: les superiores muestran células epitlites fotografiadas después de tun tratamiento con anticuerpos que se une a y tien espe 1 (a) flamentos de actna que dan lugar a “fibeas de est el centro de la célulay (€) intermedios que se extienden por todo el citoplasma. Los antcuerpos 1.1 Fundamentos celulares 9 sis, el desplazamiento ameboide o a causa de los cambios en la forma de la eélula. La regulacion de la formacién, disgregacion ylocalizacion dle los diversos tipos de flamentos corre a cargo dde otras proteinas encargaudas de unir o entrelazar los flamen- tos 0 de desplazar orgfinulos citoplasmaticos. De este breve repaso de la estructura celular podemos ex: traer la idea general de que la célula eucariéitica est formada por una trama de Gras estructurales y un complejo sistema do compartimientos limitados por membranas (Fig. 1-7), Las kunentos se desagregan para reestructurarse en otro lugar distinto, Las vesculas membranosas brotan de un onginulo y s¢ fusionan con otro. Los orgamulos se mueven por el cito- plasma a lo largo de filamentos de proteina gracias a la energia de motores proteicos. EI sistema endomembranoso segrega procesos metabiiicas especificos v aporta las superficies en. las que tienen lugar ciertas reacciones enzimaticas. La exeet- tosis y la endocitosis, mecanismos de transporte (hacia exterior y el interior de las células, respectivamente) que itn plican fusion y fisién de mernbranas, permiten la comunicacion centre el citoplasma y su medio externo mediante la seerecidn de sustancias proccidas en la olla y a eaptacion dle materia. les extracelulares. A pesar de su complejidad, la organizacion del citoplasma lejos de ser un producto del azar. El movimiento y la pos ion de Jos orgiinulos ¥ de los elementos de citoesqueleto es: que reconocen especificamente actina, tubulina © proteinas de fils mento intermedio se ijan covalentemente a un compuesto fluores cente, Cuando se visualiza la célula al micrascapio de fuorescencla, slo son vsibles las estracturas teAidas, Los panels infriores tran cada tipo de flamers a , by o de barrio (). roscopi electronica de tansmision 10 Capitulo. Fundamentos de bloquimica ‘un sometidos a una estrecha regulacién y en el transcurso de la Vida de Ia célula eucariética se producen importantes reor ganizaciones finamente orquestadas, como la mitosis. Las interacciones entre citoesqueleto y orginulos son reversibles, de tipo no covalente y estan sujetas a regulacién en respuesta a diversas sefiales intra- y extracelulares, (a) Algunos de los aminoscidos de las proteinas “GE uf ‘Alanina ‘Serina coo” Las células construyen estructuras supramoleculares Las macromoléculas y sus subunidades monoméricas son de tamafio muy diferente (Fig. 1-10). Una molécula de alanina ‘mide menos de 0,6 nm. La hemoglobina, proteina transporta- dora de oxigeno en los eritrocitos (gl4bulos rojos), contiene ‘cerca de 600 subunidades de aminodeido formando cuatro lar- 8 cadenas que se pliegan de forma globular se asocian en estructuras de 5,5 nm de didmetro, Las proteinas son, a st vez, mucho menores que los ribosomas (cayo didmetro es de aproximaddamente 20 nm), orginulos de tamafio muy inferior al de las mitoconciias, que miden aproximadamente 1000 ran de didmetro. Existe, pues, una gran diferencia entre las biomolé- cculas simples y las estructuras celulares que pueden obser- ‘arse al microscopio 6ptico. La Figura 1-11 dustra la jerarquia estructural en la organizacién celular. FIGURA 1-10 Los compuestos orginicos a partir de los cuales se {forman la mayoria de los componentes celulares: ef ABC dela bio= ‘quimica, (a Seis de los 20 aminaicidos a partir de los cuales se cons. tnuyen todas ls proteinas as cadena laterales se destacan en 10s}; (6) las cinco bases nitrogenads. dos azicares de cinco carbonos y et ‘cido foséxico a partir de los cuales se consiruyen todos los Scidos ‘ucleicos(€) cinco componentes de lipidos de membrana y (d) o-gla- ‘co, el azicar del cual se der'van la mayor pate de los gkicidos. Ob- ‘sérvese que el cidofosférico es un componente tanto de los Scidos ‘nucleicos como de los ipidos de membrana. (©) Algunos componentes de los lipidos a oun be fe | f u pi i a Pared |FOURA 1-11. Jerarquia estructural en la organizacién molecular de Jas células. En esta élula vegeta, el ndcleo es un organulo que con- ‘ene diversos tipos de complejes supramolecular, entre ellos los ‘cromosomas. Los cromosomasestin formados por macromoléculas {Las subunidadtes monoméricas de proteinas, cides nuclei- ‘005 polisacdtidos se unen mediante enlaces covalentes. Sin ‘embargo, en complejos supramoleculares, las macromoliculas ‘se mantienen uridas mediante interacciones no covalentes anucho mas débiles, indviduaimente, que Jos enlaces covalen- tes-. Entre las interacciones no covalentes se cuentan los enls- ‘ees de hidrégeno (entre grupos polares), las interacciones ‘Gnicas (entre grupos cargados), las interacciones hidrofabicas {entre grupos no polares en solucién acuosa) y las interaccio- snes de van der Waals, todas ellas de energia bastante menor “que lade los enlaces covalentes (Tabla 1-1). En el Capitulo 2 se describe la naturaieza de estas interacciones no covalentes. Los -complejos supramoleculares se estabilizan gracias al gran ni- “mero de interacciones no covalentes que se establecen en ellos -Fque son las responsables de sus estructras tinions, ‘Los estudios in vitro podrian no detectar ‘nteracciones importantes entre moléculas ‘Uno de los métodos para entender un proceso biol6gica con- ‘siste en el estudio de las moléculas purificadas in vitro (en et ‘terior del tubo de ensayo), evitando la interferencia con otras ‘moléculas presentes en la célula intacta -es decir, in vivo-. ‘Arpesar de que esta metodologia ha resultaclo muy ttl, debe- ‘mos recordar que el interior de una célula es muy diferente del ‘entomo que pueda haber en un tubo de ensayo. Los compo- _nentes “interferentes” que se eliminan mediante purificacion, ‘pueden resultar erticos para la funcién biolégica o para la re- _gulicin de la actividad de la motécula purificada. Por ejemplo, ps estndios in vitro de enzimas puros se evan a cabo normal _mente a concentraciones muy bajas ¥ en soluciones acuosas en. Nivel & celular de DNA y muchas protenas diferentes. Cada tipo de mactomolécula ‘se construye 2 partir de subunidades simples, como por ejemplo el 'DNA, que estéformado por nucletidos (desoxiribonucledtidos en realidad. agitacién constante. En la célula, el erwima se encuentra di- suelto o suspendido en un citosol de textura parecida a un gel ¥.acompatado de miles de proteinas diferentes, algunas de las cuales se unen al enzima y varian su actividad. Algunos enzi- ‘mas forman parte de complejos multenzimaticos en los que los TABLA 1-1 _Energias de enlace en biomoléculas comunes Ener de Ever de dtsociacion dlsccocén Tipo de del enlace* Tipode — del enlace* enlace (ki/mol) eniace: (ki/mol) Enlaces simples. Enlaces dobles o-+ 70 C=O 12 HH c=N 615 PO c=Cc 611 cH P=0 502 NH co Enlaces triples cc c=c 816 S-+H N= 930 CN cs N-O ss ‘Caro mays nga neces pa asc on) Gl ic, mb ete eerie 12 Capitulo 1 Fundamentos de bloquimica ‘eactivos son canalizados de un enzima a otro sin que leguen a tener contacto con el disolvente. La difusién se halla dismi- ‘uida en el denso citosol y la composicién del mismo varia en ‘us distintas regiones. Resumiendo, una molécula determinada puede actuar de modo muy diferente en la célula que in vitro. Uno de los retos de la bioquimica es comprender la influencia de In organizacién celular y las asociaciones supramoleculares en la funcion de enzimas y otras biomoléculas ~comprender la Funcidn tanto in vivo como in vitro. ‘RESUMEN 1.1 Fundamentos celulares © Todas las células estan rodeadas por una membrana plasmatica, poseen un citosol que contiene ‘metabolites, coenzimas, iones inorginicos y enzimas ¥¥ boseen un conjunto de genes contenidos en un ‘ucleoide (procariotas) 0 un nilcleo (eucariotas). © Los fot6trofos utilizan la luz del sol para realizar trabajo; los quimiétrofos oxidan combustibles ‘mediante Ia transferencia de electrones a buenos Aaceptores electronicos: compuestos inorgénicos, compuestos organicas u oxigen molecular. ‘© Las células bacterianas contienen un citosol, un nucleoide y plasmidos. Las células eucaristicas tienen un nicleo y estén multicompartimentadas, ‘on ciertos procesos confinados en: orgsimuls especificos, los cuales pueden ser separados ¥¥ estudiados de modo aislado. @ Las proteinas del citoesqueleto se asocian formando largos filamentos que confieren forma y rigidez las cétulas y son el soporte para el movimiento e los orsinulos a través de la oétul, © Los compiejos supramoleculares se mantienen estables mediante interacciones no covalentes y dan lugar a estructuras de diversos tamafis, algunas de ellas visibles al microscopio 6ptico, Interacciones ‘importantes en el medio celular pueden perderse a causa de la eliminacion de moléculasindividuales de estos complejos para su estudio in vitro. 1.2 Fundamentos quimicos La bioquimica tiene como objetivo explicar en términos quitni- ‘cos las estructuras y funciones biologicas. Uno de los enfoques. que se han mostrado més productivos para la comprension de Jos fenémenos bioligicos parte de la purifcacién, a partir de or- ‘ganismos vivos, de comporientes quimicos individuales, como pueden ser las proteinas, para caracterizar sus propiedades cestructurales y quimicas. A finales del siglo xvut los quimicos egaron ala conciusién de que la composiciin de la materia viva era sorprendentemente diferente de la del raundo inanimado. Antoine Lavoisier (1743-1794) observ6 la relativa simplicidad 3000 Poiisacaridos: 3 5 pido 2 20 ‘Subunidades monoméricas intermediarios 2 500 lones inorganicos 1 20 ‘tructuras supramoleculares, dando lugar a unidades funciona les tales como los ribosomas. En la Tabla 1-2 se muestran las Drincipales clases de biomoléculas de la bacteria E col. ‘Las proteinas, largos polimeros de aminosicidos, constt ‘yen, excluyendo el agua, la fraccidn celular mas importante, Al- ‘unas proteinas tienen propiedades cataliticas y actian como ‘enzimas, otras sirven como elementos estructurales, receptores de seftales 0 transportadores que acarrean sustancias especi eas hacia 0 desde el interior de las células. Las proteinas son ‘quizé las biomoléculas mis versétiles. Los éeldos nucleicos, DNA,y RNA, son polimeros de nuclestidos. Almacenan y trans. miten la informacion genética y algunas moléculas de RNA de- Sempenan papeles estructurales y cataliticos en complejos ‘supramoleculares. Los polisaeéridos, polimeros de aziicares ‘simples como la glucosa, tienen dos funciones:sirven como alma- ccén de combustibles energéticos y como elementos estructura {es extracelulares que proporcionan sitios de Njacién especficos Dara determinadas proteinas. Las polimeros mds cortos de azi- ‘ares (oligosacéridos) actian como sefiales especiticas cuanlo '¢ presentan unidos a proteinas 0 lipids de la superficie celular. Los lipides, derivacos grasos 0 aceitosos de hidrocarburos, sirven como componentes estructurales de las mernbranas, re. serva de combustible rico en energia, pigmentos y sefales in- tracelulares. En proteinas, dcidos nucleicos y polisacéiidos e! ‘numero de subunidades monoméricas es muy grande: la masa molecular relativa de las proteinas oscila entre 5000 y mas de 1 millon, es de hasta varios miles de millones en acidas nucei- cos y del orden de millones en polisacéridos como el almidén. {Las moléculas individuales de ipido son mucho més pequefias (M, 750 a 1500) y no se consideran macromoléculas, Pero la asociacién no eovalente de un gran nmero de moléculs de pido produce la formacién de estructuras de gran tamago. Las ‘membranas cefilares se construyen a partir de enormes agrega- dos no covalentes de moléculas de lipidos ¥ de proteinas, Las proteinas ¥ los cidos nucleicos son moléealas in- formativas: cada proteina y cada dcido nucleico pose una secuencia caracteristica rica en informacion. Algunos oligosa- Chridos de estructura ramificada y formados por sels 0 més aziicares diferentes son también moléculas portadoras de Iinformacién y acttian en la superficie celular externa como Puntos altamente especificos de reconoeimiento en muchos Drocesos celulares (como se describird en el Capitulo 7). Laestructura tridimensional se describe en términos de configuracién y conformacién Los enlaces covalentes y los grupos funcionales de las biomo- Jéculas son de importancia central para su funcién, al igual que Ja distribuctén de los tomos de una biomolécula en el espacio tridimensional (su estereoquimica). Los compuestos de car- bono existen normalmente como estereoisémeros, molécu Jas que contienen los mismos enlaces quimicos pero con una estereoquimica diferente, es decir, con diferente configura l6n o relacion espacial entre sus étomos constituyentes. Las interacciones entre las biomoléculas son invariablemente es tereoespecifieas, lo que implica que las moléculas que inter: actian deben tener una estereoquimica concreta, ‘La Pigura 1-17 muestra tres formas de ilustrar la estruc- tura estereoquimica de moléculas simples. El diagrama en. 0. on No! i HN-O—Ht Hen © a © @ ©) w FIGURA 1-17. Representacién de moléculas. Tes maneras de repre- sentar la estructura del aminoscide alanina. (a) Férmola estructural en perspectiva: el simbolo (=) representa un enlace en el que el tomo del extrema mis ancho se proyecta hacia el exterior del plano del popel y hacia e lector; el simbolo (—~-) representa enlaces que es- ‘in dingidos hacia la parte posterior del plano del papel. ¢b) Modelo de bolas y vaillas, donde se observan ls longitudes relatives de los enlaces y los énguios de enlace. () Modelo espacial lena, en el que ‘eda Stomo se presenta con su radio de van der Waals. ee U-eis Retinal w perspectiva especifica la estereoquimica de forma no ambigua, pero los ényulosy las distancias de enlace se representan me~ jr con modelos de bolas y varillas. En los modelos espacial- ‘mente lenos e radio de cada aiom es proporcional a st radio ‘de van der Waals os contomes del modelo defen e espacio ‘ocupadio por la maléeuta La configuracion es el resultado de la presencia de (1) en- laces bles, alrededor de los cuales no existe libertad de rota- in, 0 (2) eentros quiales, alrededor de ls cules los grupos susttuyentes se disponen segin una secuenciaespecifica. La caracteristca que identifica alos ismeros configuracionales que no pueden ser interconvertidos sin roruper temporal- ‘mente uno o mis enlaces covalentes. La Figura 1-18a muestra las configuraciones del cido maleico de su isomero, el cdo fumarico. Bstos compuestos son Ks6meros geométricos 0 is-trans;liieren en la dsposiciin de sus grupos sustituyen- tes con respecto al doble enlace que no posee capacidad de rotacién (del latin cis, “a este lado” “Ios grupos se encuentran ‘en el mismo lado del enlace doble; trans, “al otro lado" los ‘grupos se hallan en lndos opuestas) Ecco maleio es el is6- :mero cis y el cio fumarico es el trans; cada uno de ellos es ‘un compuesto bien desinido que puede ser aislado y purif- ‘ado, teniendo cada uno de ellos sus proplas caracteristicas ‘quimicas. Un sitio de unin (por ejemplo, en un enzirua) que ‘sea complementario para una de estas moléculas no lo sera para la ota, lo cual explica por qué estos dos compuestos the- 1.2. Fundamentos quimicos 17 FIGURA 1-18 Configuraciones de isimeros geométricos. (2) Los i= _meros como el icido maleico y el Scido fumsrico no pueden inter- converse sin la rotura de enlaces covalentes, proceso que consume ‘mucha energia.(b) En la retina de los vertebredos, el paso iicial de proceso de deteccin de la luz es Ia absorcin de la luz visible por parte del 11-cisretnal. La energia de la luz absorbida(apeoximada- ‘mente 250 Kimo!) converte el 11-cé-etinal en todo-rans-etnal, lo ‘que produce variacioneseléctricas en las eulas de la retina que dan lugar al impuiso nervioso. (Obsérvese que en los modelos de bolas y ‘arias de los retinales se omen los Stomos de hidedgeno.) aoe ‘nen papeles biol6gicos diferentes a pesar de ser quimicamente muy parecidos. En el segundo tipo de isomeria configuracioral, los cua- ‘ro sustituyentes diferentes unidos a un étomo de carbono te- ‘raédrico pueden ordenarse en el espacio de dos maneras siferentes (tener dos configuraciones, Fig. 1-19), dando lugar 44 dos estereoisémeros con propiedades quimicas similares o idénticas, pero que differen en algunas propiedades fisicas y ‘boligicas. Se dice que un stomo de carbono con cuatro susti- tuyentes diferentes es asimétrico y las carbonos asimétricos se denominan eentros quirales (cel griego chires, “mano”). ‘Una molécula con un solo carbono quiral puede tener dos es- tereoisémeros, mientras que puede haber 2” estereoisémeros ‘cuando los carbonos quirales son dos o mAs (7). Algunos este- reoismeros son imagenes especulares uno del otro; son los amados enantiémeros (Fig. 1-19). Las parejas de estereo- {sémeros que no son imagenes especulares entre si se denomi- an diastereémeros (Fis. 1-20), ‘Tal como observé Louis Pasteur (Recuadtro 1-2), los enan- Lidmeros tienen propiedades quimicas cas icénticas pero se di- ferencian en una propiedad fisica caracteristica, su interaccin, ‘con Ia luz polarizada. En soluciones separadas, los dos enan- {Uémeros rotan el plano de la luz polarizada en dlirecciones ‘opuestas, pero soluciones equimolares de los dos enantiome- ‘os (mezelas racémicas) no provocan rotacién éptica. Los compuestos sin centros quirales no rotan la huz polarizada, 18 Capitulo 1 Fundamentos de bioquimica i Derpaced aaa Ihacerrotar peri Se ‘cial rou ponl eens i epee Moléeula XB) | Serena Se @ ef . ¢ ; ig FIGURA 1-19 Asimetria molecular: moléculas quirales y aquirales. (4) Cuando un stomo de carbone tee custo susttuyenes diferentes, (A.B, X,1, 6805 pueden disponerse de dos maneras diferentes, que ‘dan lugar a dos moléculas no superponibles, send cada una de elas {a imagen especular de la otra enantimeros) Estos dtomos de car- ‘bono asimétricos se denominan tomos quirales 0 centros quitales () Cuando alrededor det tomo de carbono tetraédrico se disponen Sricamente tes susttuyentes diferentes (es deci, hay dos susituyentes ‘quales), solamente es posible una configuacién espacial y la molé- ‘ula es simétrica 0 aquiral En este caso la molécula puede superpo- nerse a su imagen especular: la molécula de la izquierda,rotando en sentido contrario a las agujas del rel (cuando se mira hacia abajo por el eje vertical que une Ay C), da lugar a la molécula del espe, ‘Dada la importancia de la estereoquimica en las reaccio- nes entre biomoléculas (como se verd més adelante), el bio- {quimico debe poder denominar y representar la estructura de las biomoléculas de modo que su estereoquimica quede defi- rida sin ambigdedad. El sistema de nomenclatura RS es el mas ‘iti para compuestos con més de un centro quiral. En este sis tema se asigna una prioridad a cada uno de los grupos unidos ‘8 un carbono quiral. La prioridad para algunos sustituyentes ‘comuunes es la siguiente. —OCH, > —OH > —NH, >—COOH > —cHO> —CH,OH > —CH, > —H Seqiin el sistema RS, el étomo quiral ha de mirarse de ‘modo que el grupo de prioridad més baja (4 en el dingrama de |a pagina siguiente) quede situado en direccién optesta al ob- sservador. Sila prioridad de los otros tres grupos (1 a 3) dismi- rmuye segtin el sentido de las agyjas del relej, a configuracion, sera (R) (del latin rectus, “derecha") y si vaen contra del sen ‘Diastereémerus (imagenes no especulares) FIGURA 1-20 Dos tpos de estereoisimeros. Hay cuatro butanos di: ferentes2-bisusttuidos (n=2 carbonos asimétricos, por consiguiente 2" = 4 esterooixémeros). Cada uno de ellos se muestra en un recua- ‘dr0.como una formula en perspectiva y como un mado de boas y vila, el cual se ha rtado para permite que el lector vea todos Jos s7upos. Algunos pares de estereoisémeros Son imagenes especulares ‘uno del oto, siendo por tanto enantimeros. Otros pares no son im Benes especulares y recibem el nombre de diasteredmeros. Rize yee Louis Pasteur y la actividad éptica: In vino, veritas Louis Pasteur fue, en 1843, el primero en en- contrar una explicacion correcta para el fend- meno de la actividad éptica. Investigando sobre el sedimento eristalino que se acuraulaba ‘en los barriles de vino (una forma del deido tar- tirico denominada dcido paratartérico, también ‘conocido como dcido racémico, del atin race- ‘mus “racimo de wa"). Util unas pinzas muy finas para separar dos tipos de cristales cuya forma era idéntica pero de los que cada uno de ellos era la imagen especular del otro. Ambos posefan todas las propiedades quimicas del fio tartarico pero, al disolverlos, uno de ellos hacia rotar la luz polarizada hacia la izquierda (levégiro) y et ‘otro hacia fa derecha (dextrégiro). Pasteur deseribise inter- pretd el experimento de este modo: En los cuerpos isomérieas, los elementos y las proporcio- nes en las que estén combinados son los mismo, tan s6lo Ja disposicidn de los étomas es diferente... Sabemos, por tun lado, que las disposiciones moleculares de los dos éci- dos tartricos son asimétricas y, por el otro, que estas dis posiciones son absolutamente idénticas, a excepeién de que exhiben asimetria en direcciones opuestas. {Se en- ‘euentran los étomos del ciclo dextro agrupados en forma de una espiral dextrogira, situados en el dpice de un te- traedro irregular, o bien ordenados segtin ésta 0 aquella disposicién asimétrica? No lo sabemos.* BIoQui Louis isteur 1622-1895 1.2. Fundamentos quimicos 19 pRActici Ahora podemos dar una respuesta, Los es- tutios cristalograficos con rayos X confirmaron en 1951 que las formas levogira y dextrogira del ‘4cido tartrico son entre ells imagenes especu- lares y permitieron establecer la configuracién absoluta de cada una de elias (Fig. 1). Se ha uti- lizado la misma metodologia para demostrar ‘que, aunque el aminofcido alanina existe en dos formas enantioméricas (denominadas y 1), en las proteinas la alanina se presenta solo fen una de las formas (el isémero 1; véase Capi tulo 3) HOO, OOH HOOK, ome Wg, You nog SH Acido 2R.AR-tartérien Acido (28,88}tartarien (dextrogiro) \devegiro) FGURA 1 Pasteur separd cristales de dos estereoisémeros del icido tartirico y demosté que las dsoluciones de los dos compuestos ‘or separado daban lugar al mismo grado de rotacién de luz polari- ada pero en direcciones opuestas, Mis tarde se demostré que las formas dextrégia y levigira de Pasteur correspondlian a ls formas isoméricas (R.A) y (5.5) aqut mostradas. Enel texto se describe el sistema de nomenclatura RS. *xtaido de la conferencia de Pasteur en la Société Chimique de Paris en 1887, citada en DuBos,R.(1976) Louis Pasteur: Fee Lance of Science, p. 95, Charles Serbners Sors, New York tido de las aguas del relaj la configuracién sera (S) (del latin, sinister, “izquierda”). De esta manera cada carbono quiral es amado (R) o (S) y la presencia de esas designaciones en el, ‘nombre del compuesto proporciona una descripeidn inequi- ‘voca de la estereoquimica de cada centro quiral Levigiro ®) ‘s En el Capitulo 3 se describe otro sistema de nomenclatura, el sistema n yt, Una moléeula con un solo centro quiral (como et sliceraldehido) recibe un nombre no ambiguo con cualquiera de los dos sistemas. eno Gi0., no-¢-H = (0, exon CHLOH ‘-Gliceraldehido (S)0 <0 MiEndergénico (b) Rjemplo quimico Reaceién 2 ateesane een shocsa fntita 6 ADP Coordenada de reaccién FIGURA 1-26 Acoplamiento energético en procesos quimicos y me- cinicos, (a) EI movimiento descendente de un objeto libera energia ppotencial capaz de producir trabajo mecsnico. La energia potencial liberada pore! movimiento descensienteesporténeo, un proceso exer Bénico (rosa), puede acoplase al movimiento endergénico ascenden- te de otro objeto (azul. (b) En la reaccién 1 la formacién de glacosa ‘6 foslato a partir de glucosa yfosatoinorginico(P) da lugar a un pro- dacto con una energia superior a la de los reactivos. La AG es positiva Para esta reaccién endergsnica. En la reacclén 2, la rotura exerpéinica ‘de adenosinatifosiato (ATP) puede hacer posible una reaccidn ender .6nica cuando ambas estén acopladas, La reaccién exergénica tiene luna variacién de energia libre (AC;) grande y negativa, mientras que €en la reaccicn endlergénica la vaiacién de energia libre (AC;) es mis [Pequefia de valor postvo. La tercerareaccidn representa la suma de las reacciones 1 y 2, y la variacn en su energia libre AG, es la sua, aritmitica de AG, y AG;. Dado que el valor de AG; es negativo, la re accion global es exergénica y espontinea. En Jos organismos vivos una reaccién exergénica se puede acoplar a una endergénica para hacer posibles ciertas reaccio- nes que de otro modo serian desfavorables, La Figura 1-266 ilustra este principio para la conversién de ghucosa en glucosa 6-fostato, el primer paso de la oxidacidn de glucosa. El camino ‘mis simple para producir glucosa 6-fosfato es: Reaccién 1: Glucosa + P; —+ glucosa 6-fosfato (endergéniea; AG, es positiva) Pes a abreviatura para el fosfato inorgsinico HPO? No des- cribiremos ahora en detalle, sino mas adelante, la estructura 28 Capitulo 1. Fundamentos de bioquimica de estos compuestos.) Esta reaccién no ocurre esponténea- mente porque AG es positiva. Una segunda reaccion muy ‘exerg6nica puede tener lugar en todas las células: Reaccién 2; ATP —+ ADP + P, (exergénica; AG, es negativa) Estas dos reacciones comparten un intermediatio comin, P,, ‘que se consume en la reacci6n I y se produce en la reaccién 2 ‘Las dos reacciones pueden, por tanto, acoplarse en la forma de una tercera reaccién que se puede escribir como la summa de las reacciones 1 y 2, omitiendo el intermediario comin, P, de los dos lados de la ecuacién: Reaccién 3: Glucosa + ATP —> glucosa 6-fosfato + ADP Puesto que se libera mas energia en la reaccion 2 que la con- ‘sumida en la reaccién I, la varinciin de energia libre en la reac- ‘l6n 8, AGo, es negativa, lo que hace posible que la sintesis de ‘slucosa 6-fostato transcurra a través de la reaccién 3. El acoplamiento de reacciones exergénicas con otras en dergénicas a través de un intermediario compartido es bésico para los intercambios energéticos en los sistemas vivos. La hi- > 1, AG es grande y negativa; cuando Ky << 1, AG" es grande y positiva. Es posible deducir con un simple vistazo a una tabla de valores de K.4 0 de AG" cusles son ls reacciones que tenderin a produce y cules no. Hay que decir que as constantes termodindmicas como AG° muestra donde se halla el punto de equilibria fal de la reaccin, pero nada nos dicen acerca de a velocidad can que se alcarza (ase Capitulo 6) Los enzimas facilitan las secuencias fe reacciones quimicas ‘Todas las macromoléculas biol6gicas son mucho més inesta- bles termodinémicamente que sus subunidades monoméricas, ‘aunque sean, no obstante, estables cinéticamente: su degra- dacién no catalizada ocurre tan lentamente que, en la escala de tiempo aplicable a los organisms, estas moléculas son e- tables. Si précticamente todas las reacciones quimicas celula- res tienen lugar a una velocidad significativa es gracias a Ia presencia de enzimas ~biocatalizadores que provocan un gran Jneremento en la velocidad de reacciones quiimicas especificas ‘sin consumirse en el proceso. La trayectoria de una reaccién entre reactivo(s) ¥ produc to(6) transcurre de manera précticamente invariable a través de una barrera energética, denominada barrera de activacién (Rg 1-27), que debe ser superada para que tenga lugar la re- accion. La roturay formacién de enlaces implica generalmente _y de manera previa la distorsién de los enlaces existentes, lo {que genera un estado de transicién de mayor encrgia libre que reactivos 0 productos. El punto més alto en un diagrama de coordeniadas de reaccién representa el estado de transicién yy la diferencia de energia entre un reactivo en su estado fun- ‘damental y en su estado de transicién se denomina energia de activacién, AG". Los enzimas catalizan reacciones pro- porcionando un entomo més confortable para el estado de tansiciGn: una superficie complementaria a su estereoqut mica, polaridad o carga. La unién de un enzima al estado de transicidn es exergénica y la energia lberada por esa unin re- duce la energia de activacion de la reaccién, incrementando ‘de modo muy importante su velocidad. ‘Una contribucién adicional a la catdlisis ocurre cuando dos 0 més reactivos se unen a la superficie del enzima en sitios ccercanos y en una orientacién estereospecifica que favorece la rreaccién, Gracias a esta disposicién se incrementa en varios

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