POST-TRANSLATION

(PROTEIN MODIFICATION)

MOLECULAR BIOLOGY
(WEEK 10)
MODIFIKASI PROTEIN
 Proses dimana ribosom menggunakan kode
genetik u/ mentranslasi mRNA menjadi
polipeptida. Setelah polipeptida disintesis,
protein biasanya dimodifikasi sebelum menjadi
‘mature” dan protein aktif. Modifikasi ini

dikenal dengan post translational

modification.
 POST-TRANSLATION
● Polypeptide/protein transport
● Polypeptide/protein processing/modificatio
● Peptide deletion
● Signal peptide removal
● Activation by deletion (peptidases: trypsin, chymotrypsin)
● Multisteps modification: insulin, penycyllin G acylase
● N terminal modification
● formil-residue removal (prokaryote)
● metionine-residue removal (eukaryote) O O O
● C terminal modification H2N CH C HN CH C HN CH C OH
● R-amino acid modification
● phosphorylation R1 R2 R3
● phosphoserine → - charge addition
● phosphotreonine → + charge addition
● phosphotyrosine → Ca2+ binding of casein
● Carboxylation:
● asp → asp-COOH
● glu → glu-COOH
● methylation: lys → lys-methyl
● Glycosylation:
● addition of carbohydrate to asn, ser, thr → proteoglycan/glycoprotein
● addition of prosthethic (cofactor, coenzyme) groups:
● addition of biotin to asetil-CoA carboxylase
● addition of heme to sytochrome C
● formation of disulfide bond → (native) conformation→protect from denaturation
 PROTEOLISIS / Proteolysis
• Protein tertentu disintesis dalam bentuk “inactive” (zimogen).
Pengaktifan enzim ini melibatkan protease untuk memecah ikatan
peptida tertentu.
• Proses modifikasi ini biasa digunakan u/ modifikasi enzim
pencernaan pada usus kecil.
 DELESI PEPTIDA / Peptide deletion

Chymotrypsin activation
Trypsin activation Chymotrypsinogen inactive
1 245
Trypsinogen (inactive)

1 6 7 245 Trypsin
Val-(Asp)4-Lys-Ile π-chymotrypsin active
enteropeptidase 1 13 16 245
Arg Ile
Chymotrypsin
Val-(Asp)4-Lys
Ser14-Arg15
Trypsin (active) Thr147-Asn148
7 245 α-chymotrypsin active
Ile
1 13 16 146 149 245
Leu Ile Tyr Ala
A B C
DELESI PEPTIDA / Peptide deletion
 SIGNAL PEPTIDE REMOVAL

Signal peptidase adalah proteolytic enzime yang berperan u/ mendegradasi

signal peptide
 POST-TRANSLATION
MODIFICATION FOR
PROTEOLYSIS MODEL:
MUTISTEP MODIFICATION → ex: Converting preproinsulin to insulin

preproinsulin is the
inactive that is secreted
into the ER.

Post-translational
processing clips the N-
terminal signal sequence
and forms the disulfide
bridges.

Lastly, the polypeptide is

clipped at two positions
to release the intervening
chain C.

This and active insulin are

finally packaged into
secretory granules for
storage.
 AMINO ACID SEQUENCE OF INSULIN
http://www.chem.uwec.edu/Chem406/Webpages/Ying/overview.htm

Chemically, insulin is a small, simple protein. It consists of 51 amino acid, 30 of which

constitute one polypeptide chain, and 21 of which comprise a second chain. The two
chains are linked by a disulfide bond.
 LOCATION SPESIFIC-MUTISTEP MODIFICATION

+ COO-
H3 N

CORTICOTROPIN (ACTH) β-LIPOTROPIN

α-MSH γ-LIPOTROPIN β-MSH β-ENDORPHIN

 FOSFORILASI / Phosphorylation

= Penambahan gugus fosfor ke asam amino tertentu seperti serin,

treonin, tirosin yang ditemukan pada rantai polipeptida dengan
menggunakan enzim protein kinase.
• Tipe modifikasi ini berperan dalam siklus sel dan transduksi sinyal.
• Fosforilasi juga dapat meningkatkan karakter hidrofilik dari
protein.
 METILASI / Methylation
= Penambahan gugus metil (CH3) pada asam amino dengan enzim
metiltransferase.
• Metilasi meningkatkan karakter hidrofobik amino
• Metilasi digunakan dalam regulasi epigenetik yaitu regulasi
ekspresi gen.
PRMTs (protein
arginine methyl-
transferase)

MMA
(monomethyl-
arginine)

aDMA (asymmetric
dimethylarginine)

sDMA (symmetric
dimethylarginine)
 GLIKOSILASI / Glycosylation
• Dikenal sebagai “major ways” dalam modifikasi polipeptida.
• Proses ini melibatkan penambahan komponen gula ke protein.
• Konformasi ini mempengaruhi konformasi protein dan “folding”.
Contoh : protein membran yang bertindak sebagai reseptor.
 POST-TRANSLATION: GLYCOSYLATION IN ER

Completed
Endoplasmic reticulum protein NH +
3
Sugars NH3+
NH3+
NH3+
-OOC

Glycosylation

3’

Signal sequence continues to completion Ribosome

dissociates
GLYCOSYLATION
GENERAL MECHANISM OF GLYCOSYLATION

Asn amino acid in protein

GLUCOSE TRANSFERASE

N-linked glycosylated protein

Steps in the glycosylation of a typical mammalian N-
linked oligosaccharide in the Golgi complex
• Video 1 tentang Glikosilasi dapat dilihat di
new LMS
TYPE OF GLYCOSYLATION

● O-linked oligosaccharides

● N-linked oligosaccharides
MODIFIKASI GUGUS N- DAN C- TERMINAL
 N-ASETILASI / N-acetylation
• Transfer gugus asetil pada nitrogen asam amino. Proses ini terjadi ketika ribosom
mentranslasi rantai polipeptida pada sebagian besar sel eukariot. Ketika translasi
sedang berlangsung, asam amino pertama (metionin) biasanya dilepaskan dan
digantikan oleh gugus asetil.
• Modifikasi ini berperan penting dalam ekspresi gen. Cth: Protein Histon yang
berperan untuk mengubah DNA menjadi kromatid dapat mengalami asetilasi
yang menurunkan kemampuannya untuk melipat (fold) dan mempersiapkan DNA
untuk transkripsi
 LIPIDASI / Lipidation
• Proses dimana komponen lipid ditambahkan pada polipeptida.
• Biasanya protein tersebut menjadi protein dalam membran,
misalnya membran RE, membran mitokondria atau membran
plasma.
• Proses modifikasi ini meningkatkan karakter hidrofobik protein
yang pada akhirnya meningkatkan afinitas protein ke membran.
PROTEIN FOLDING
CONTROL & MECHANISM OF PROTEIN FOLDING (TERTIARY STRUCTURE)
on-pathway folding off-pathway events irretrievable accidents

molten
globule

chaperone protease
catalysis pathway

correctly
folded
protein chaperone catalysis
dischard by
hsp70 machinery proteolysis

hsp60-like machinery
ribosome correctly folded protein
 THE IMPORTANCE OF PROTEIN FOLDING (TERTIARY STRUCTURE)
● Polarity
● Solubility
● Position of functional
groups 2.5 nm
● Shape

Subsequent interaction
mixture of secondary structure in the tertiary protein structure
Vesicular transport
• Endocytosis : materials (senyawa) yang terdapat di cairan
ekstraseluler dilingkupi oleh vesikel dan disekresikan menuju
intraseluler
• Exocytosis : materials (senyawa) yang terdapat di cairan
intraseluler dilingkupi oleh vesikel dan disekresikan menuju
extraseluler
• Endocytosis (receptor-mediated) : molekul menuju ke area di
membran plasma dimana terdapat atau menempelnya reseptor
protein pada permukaan sel. Hanya yang “match” dengan bentuk
reseptor yang akan berikatan dengan reseptor. Reseptor pada
membran sel yang berikatan dengan molekul akan membentuk
lembah dan akhirnya membentuk vesikel di dalam sel. Reseptor
protein yang baru dibentuk kembali untuk menggantikan reseptor
digunakan untuk membentuk vesikel.
• Vesikel terdiri dari material yang akan ditranspor menuju
membran plasma dengan diarahkan oleh sitoskeleton
GLYCOSYLATION
• Video 2 tentang protein modification di Badan Golgi di lihat di new LMS
TERIMA KASIH