Необходимостта от революционна организация е осъзната от българите
в Македония и Тракия. Революционерът Даме Груев и негови съмишленици (д-р Христо Татарчев, Иван Хаджиниколов, Петър Попарсон, Антон Димитров, Христо Батанджииев) поставят на 23 октомври 1893 г. началото на нова революционна организация, наречена Български македоно-одрински революционен комитет. Впоследствие се налага името Македоно-одринска революционна организация (ВМОРО).
Нейните цели се оформят в следващите няколко години, като
първоначалните идеи и организационни принципи са възприети от българското национално освободително движение отпреди Освобождението. Най-първата цел на организацията е постигането на реформи в европейските османски вилаети. Според устава и правилника на организацията тя си поставя за цел постигането на пълна автономия на всички земи, които са населени с българи. Революционните дейци се страхуват от директно присъединяване на Македония към Българското княжество и затова е изготвен план по модела на Източна Румелия. Македония трябва да стане автономно княжество, което само да поиска да се присъедини към България.
Централният комитет е със седалище Солун, а главен орган е
конгресът. Изгражда се четнически институт тясно свързан с т.н. селски милиции, които се активизират само в случаите, когато се предприемат по- големи акции.
През 1902 г. в Устава са нанесени корекции. Извоюването на
политическа автономия за Македония и Одринска Тракия остава цел на организацията. В борбата за нейното постигане обаче могат да вземат участие не само българи, но и всички останали недоволни в тези области. Внесените поправки вероятно са направени от тактически съображения с цел да не се изключват от борбата и другите народностни общности в областите. Въпреки това до края на своята дейност ВМОРО си остава чисто българска. Националните и религиозните противоречия и вражди на Балканския полуостров са твърде силни и в тези области се сблъскват интересите на България, Сърбия, Гърция и Турция. За бъдещето на освободителното движение от особена важност са връзките и взаимодействието на ВМОРО с Българската държава и легалната организация на македоно-одринските дружества. Наред с ТМОРО многобройната македонска емиграция в България също се заема със създаване на организация, която да защитава интересите на останалите в Турция българи.
На 19 март 1895 г. е създаден Върховен македонски комитет в София,
който под ръководството на Трайчо Китанджиев, обединява дружествата и комитетите на бежанците от Европейската част на Османската империя в България. ВМК разчита на помощта на българското правителство, монарха и обществото. Първоначално се използват мирни пропагандни средства, но по- късно се възприемат методите на въоръжената борба и четническо движение.
В края на XIX век ВМОК възприема разбиранията на БМОРК и започва
да координира дейността си с тях, тактиката за постигане на тяхната обща цел постоянно обаче ги разединява. Понякога се достига до сблъсъци между четите на ВМОРО и ВМОК. Зад тези сблъсъци стои желанието за лидерство в движението за лидерство – ВМОК желае да подчини ВМОРО.
В началото на XX век под натиска на Османската империя, Австро-
Унгария и Русия са предприети репресивни мерки срещу ВМОК. Това довежда до забрана дейността на комитета. Освен това движението в княжеството се разединява. През 1902 се образуват два комитета – единият е за продължаване на сътрудничеството с вътрешната организация, а другият е за активни действия в Македония, които да предизвикат държавите подписали Берлинския договор да го преразгледат. Вътрешната организация се изказва против прибързани въоръжени действия, докато не населението не бъде подготвено.