4/27/2020

VIETNAM NATIONAL UNIVERSITY HCMC

UNIVERSITY OF SCIENCE
CHEMISTRY FACULTY – DEPARTMENT OF ORGANIC CHEMISTRY

CHEMISTRY OF NATURAL PRODUCTS

Ph.D Nguyễn Trí Hiếu 1

TÀI LIỆU THAM KHẢO

1
 4/27/2020

GIỮA KỲ: 40%

- Hình thức: trắc nghiệm + tự luận
THI CUỐI KỲ: 60%
- Hình thức: tự luận + trắc nghiệm

LỊCH SỬ PHÁT TRIỂN

2
 4/27/2020

• 2900 B.C., Ebers Papyrus ( nhà y học người Ai cập) liệt kê

700 loại thuốc từ thực vật.
• 2600 B.C., những cư dân vùng Lưỡng Hà ( Mesopotamia)
đã sử dụng tinh dầu Cupressus sempervirens (Cypress)
and Commiphora species (myrrh) trị cảm, ho và viêm .
• 1100 B.C., một tài liệu về y học Trung Quốc có tên Wu Shi
Er Bing Fang mô tả 52 bài thuốc cổ truyền. Trong sách y
học của Thần Nông (Shennong Herbal, ~100 B.C.) mô tả
365 bài thuốc và trong tài liệu Tang Herbal (659 A.D.)
trình bày 850 bài thuốc).
• Nhà y học nổi tiếng Hy Lạp, Dioscorides, (100 A.D.),
Theophrastus (~300 B.C.) ghi chép lại những bài thuốc từ
cây cỏ
5

CHỨA
CHẤT GÌ?

3
 4/27/2020

Catharanthus roseus

Madagascar

4
 4/27/2020

England

China

Cocaine

Brazil Erythroxylum coca

Epibatidine

Ecuador
10
Epipedobates tricolor

5
 4/27/2020

Taxus brevifolia
Taxol (Paclitaxel)

Hypericin
11
Hypericum perfolatum

HỢP CHẤT THIÊN

NHIÊN LÀ GÌ?

12

6
 4/27/2020

NATURAL
ORGANIC
COMPOUNDS

13

NATURAL ORGANIC CHEMISTRY

PRIMARY METABOLITES SECONDARY METABOLITES

14

7
 4/27/2020

15

VAI TRÒ CỦA HỢP CHẤT TỰ NHIÊN?

- Bảo vệ sinh vật khỏi sự tấn công của kẻ thù hay các yếu tố gây bệnh
- Hấp dẫn côn trùng gây thụ phấn cho hoa, điều hòa sinh trưởng, hormone
giới tính, ức chế viêm nhiễm, dẫn động thần kinh…
- Có chức năng nào đó chưa được biết đến

Aquilaria Nepenthaceae 16

8
 4/27/2020

Natural
products

17

18

9
 4/27/2020

• 39% diện tích là rừng

• 13.000 loài thực vật
• 10.000 loài đã được
xác định
• 4000 loài được xem
như cây thuốc

19

20

10
 4/27/2020

CÔNG VIỆC CỦA NHỮNG NHÀ NGHIÊN CỨU HCTN:

• LỰA CHỌN ĐỐI TƯỢNG

NGHIÊN CỨU

• PHÂN LẬP CÁC HCTN

TINH KHIẾT

• XÁC ĐỊNH CẤU TRÚC

• THỬ NGHIỆM HOẠT TÍNH

SINH HỌC

• ĐIỀU CHẾ CÁC DẪN XUẤT

• BÁN TỔNG HỢP HAY

TỔNG HỢP TOÀN PHẦN

• (KHẢO SÁT QUÁ TRÌNH

SINH TỔNG HỢP)
21

22

11
 4/27/2020

LỰA CHỌN ĐỐI TƯỢNG NGHIÊN CỨU

• Hướng ứng dụng: hương liệu, dược phẩm, phẩm

màu, thuốc bảo vệ thực vật…
• Loại hợp chất: terpenoid, flavonoid, xanthonoid,
alkaloid, steroid…
• Thực vật, động vật, nấm hay vi sinh vật
• Thu mẫu, phân lập
• Định danh

23

24

12
 4/27/2020

PHÂN LẬP CÁC HCTN TINH KHIẾT

• Điều chế cao: sử dụng các phương pháp ly trích

Soxhlet

25

Chưng cất
hơi nước

Trích bằng CO2 siêu tới hạn

Trích bằng vi sóng

26

13
 4/27/2020

Máy li tâm

Máy đông cô

Máy cô quay 27

• Phân lập các HCTN: các phương pháp sắc ký

SKBM (thin layer chromatography)
SK cột (column chromatography)
SK hiệu năng cao HPLC (High Performance Liquid Chromatography)
SK cột nhanh MPC (Mini-pressure) / FC (Flash Chromatography)
SK từng phần li tâm CPC (Centrifugal Partion Chromatography)

TLC 28

14
 4/27/2020

CPC

HPLC

MPC

29

XÁC ĐỊNH CẤU TRÚC CÁC HCTN TINH KHIẾT

• Sử dụng các phương pháp phổ hiện đại (UV,
IR, NMR, MS, Xray, CD)

Máy đo phổ NMR Máy đo phổ MS 30

15
 4/27/2020

Máy đo phổ IR

Máy đo phổ X-ray

UV (Ultra Violet)

31

IR (Infrared)

32

16
 4/27/2020

NMR (nuclear magnetic resonance)

1H NMR 33

13C NMR 34

17
 4/27/2020

COSY (COrrelation SpectroscopY)

35

HMQC (Heteronuclear multiple-quantum correlation)

36

18
 4/27/2020

HMBC (Heteronuclear multiple-bond correlation)

37

MS (Mass Spectrometry)

38

19
 4/27/2020

HR-MS (High resolution MS) 39

40

20
 4/27/2020

X-RAY

41

CD (Circular dichroism)

42

21
 4/27/2020

Atomic-scanning probe microscopy technique

43

XÁC ĐỊNH CẤU TRÚC KHÔNG PHẢI ĐIỀU DỄ DÀNG

Morphin, moät chaát giaûm ñau trích töø laù caây thuoác
phieän ñöôïc coâ laäp töø naêm 1804 nhöng maõi ñeán
naêm 1925 ngöôøi ta môùi coù theå xaùc ñònh hoaøn
toaøn caáu truùc cuûa noù. Töông töï, caàn hôn 100 naêm
ñeå xaùc ñònh caáu truùc cuûa cholesterol.

44

22
 4/27/2020

KHẢO SÁT QUÁ TRÌNH SINH TỔNG HỢP

• Phương pháp đánh dấu đồng vị (isotop labeling)
+ Đồng vị phóng xạ: 14C và 3H
+ Đồng vị bền: 12C, 13C, 1H, 15N và 18O
• Phương pháp “cho ăn” (metabolic flux analysis)

Tác chất được

Xác định vị trí các
dán nhãn bằng Thực hiện phản
đồng vị trong cơ
cách thay thế một ứng hoặc cho
cấu sản phẩm bằng
vài nguyên tử vào môi trường
NMR, MS, IR hoặc
quan trọng bằng nuôi cấy
chu kỳ phân rã
đồng vị của chúng

45

46

23
 4/27/2020

47

48

24
 4/27/2020

49

50

25
 4/27/2020

51

THỬ HOẠT TÍNH SINH HỌC

• Kháng khuẩn
• Kháng nấm
• Kháng oxi hóa
• Kháng viêm, khối u
• Kháng ung thư
• Kháng virus
• Kháng tiểu đường, stress, Alzheimer, Parkison
…
52

26
 4/27/2020

53

54

27
 4/27/2020

In vitro

55

56

28
 4/27/2020

57

58

29
 4/27/2020

59

60

30
 4/27/2020

61

62

31
 4/27/2020

63

In vivo

64

32
 4/27/2020

In silico

65

66

33
 4/27/2020

Machine learning

Computer-Aided Drug Design (CADD) Pro. Regina Barzilay (MIT)

Halicin

67

Matt OConnor
(Reboot.ai)

68

34
 4/27/2020

Chemistry of natural products

• Phân loại HTCN dựa trên cấu trúc và tính chất
hóa học
• Nhận biết các nhóm HCTN
• Khảo sát cấu trúc các HCTN
• Tìm hiểu về con đường STH các HCTN
• Tổng hợp hóa học các HCTN
• Mối liên hệ giữa cấu trúc và hoạt tính

69

PHENOLIC COMPOUNDS

STEROIDS

TERPENOIDS

ALKALOIDS

70

35
 4/27/2020

• Biết được cơ chế hình thành của các HCTN trong

cơ thể sinh vật
• Các yếu tố ảnh hưởng đến quá trình sinh tổng
hợp
• Hiểu thêm về cấu trúc cũng như vai trò của các
HCTN.

71

• HCTN được STH trong nhiều bộ phận (cơ quan)

khác nhau của sinh vật
• Kiểu mẫu của HCTN phụ thuộc vào từng loài,
từng giai đoạn phát triển và trạng thái sinh lý của
sinh vật
• Một số HCTN chỉ được tìm thấy ở một số bộ phận
(cơ quan) chuyên biệt
• Những dạng HCTN khác nhau do sự quy định của
những gen mã hóa những enzyme STH, những
yếu tố di truyền và những protein vận chuyển.
• HCTN tồn tại trong mô hay tế bào tùy vào tính ái
nước hay ái dầu

72

36
 4/27/2020

(tế bào mủ)

(không bào)

(nguyên sinh chất)

(tế bào chất)
(nhân)
73

(long mao)
(nhựa/mủ cây)

(tế bào tinh dầu)

(biểu bì)

(ty thể)

(lỗ hỗng)

(màng tế bào)

(mô lưới)

74

37
 4/27/2020

75

76

38
 4/27/2020

77

78

39
 4/27/2020

79

80

40
 4/27/2020

• Quá trình STH các HCTN trải qua một chuỗi các phản
ứng
• Thường được xúc tác bởi các enzyme và coenzyme
• HCTN được tạo nên từ các tiền chất khác nhau và
qua các trung gian.
• Tiền chất là một phân tử đóng vai trò như chất nền
và chuyển đổi thành sản phẩm bởi các enzyme
• Tiền chất cũng có thể là sản phẩm
• Chất trung gian có thể là tiền chất cho một sản phẩm
khác

81

82

41
 4/27/2020

83

• HCTN được STH từ một hoặc kết hợp nhiều con đường trên.
• Nhiều HCTN còn mang một hay nhiều phân tử chất trao đổi
bậc 1 như các gốc đường.

84

42
 4/27/2020

• Quá trình STH các HCTN xảy ra trong cơ thể sinh vật ở
nhiệt độ cơ thể, trong môi trường không dung môi và
thường đòi hỏi sự hiện diện của xúc tác acid-base
• Phản ứng trong quá trình STH (in vivo) thường được
so sánh với các phản ứng trong phòng thí nghiệm (in
vitro). Tuy nhiên chúng có một số biệt tính được quy
định bởi các enzyme.
• Hầu hết các enzyme đều kết hợp với một số
coenzyme/cofactor hay carbohydrate
• Enzyme là chất hữu cơ phức tạp có bản chất là
protein, được tế bào tổng hợp có vai trò xúc tác cho
các phản ứng sinh tổng hợp xảy ra trong cơ thể sống.

85

Phân loại enzyme

Glycosyltransferases Gắn nhóm đường vào

86

43
 4/27/2020

• Nhiều enzyme ngoài phần protein gọi là apoenzyme

thì còn có các thành phần khác không phải enzyme
gọi là cofactor.
• Cofactor có thể là chất vô cơ thường là các ion kim
loại như sắt, đồng, kẽm… hoặc có thể là chất hữu cơ,
thường được dẫn xuất từ các vitamin. Trong trường
hợp này, các cofactor hữu cơ được gọi là các
coenzyme.

87

ATP

88

44
 4/27/2020

Coenzyme A

89

NAD(P)+/NAD(P)H, FAD/FADH2, FMN/FMNH2

90

45
 4/27/2020

91

Phản ứng oxi hóa - hoàn nguyên

92

46
 4/27/2020

93

94

47
 4/27/2020

95

96

48
 4/27/2020

Phản ứng alkyl hóa

97

98

49
 4/27/2020

99

Galantamine
100

50
 4/27/2020

101

Phản ứng chuyển vị aldol hóa – ngưng tụ Claisen

102

51
 4/27/2020

103

Phản ứng chuyển vị Wagner-Meerwein

104

52
 4/27/2020

105

106

53
 4/27/2020

107

108

54
 4/27/2020

109

110

55
 4/27/2020

111

112

56
 4/27/2020

ÔN TẬP
1. HCTN là gì? Đặc tính của nó?
2. Ứng dụng của HCTN? Cho ví dụ cụ thể.
3. Vai trò của HCTN đối với sinh vật?
4. Hóa học sinh thái là gì?
5. HCTN đóng vai trò gì trong hóa học sinh thái? Cho ví dụ
cụ thể trong từng mối liên hệ.
6. Sinh tổng hợp (STH) HCTN là gì?
7. Trình bày sơ đồ tóm tắt quá trình STH các HCTN từ các
chất trao đổi bậc 1.
8. Các phản ứng quan trọng trong STH các HCTN
9. Các loại enzyme và coenzyme tham gia vào quá trình
STH các HCTN
10. Các tiền chất tạo ra HCTN (alkaloid, phenol, terpenoid,
steroid)
113

TERPENOID
• Terpene (từ “turpentin”) là những
hydrocarbon tự nhiên được tạo thành
bởi sự kết hợp các đơn vị isopren.

Turpentin (nhựa thông)

• Terpenoid (isoprenoid) là những terpene mang những

nhóm chức khác.
• Hơn 35.000 chất đã được tìm thấy trong tự nhiên từ
thực vật bậc cao, nấm, địa y, tảo, vi khuẩn và động vật.

114

57
 4/27/2020

Phân loại
TÊN SỐ CARBON SỐ ĐƠN VỊ C5
Hemiterpenoid 5 1
Monoterpenoid 10 2
Sesquiterpenoid 15 3
Diterpenoid 20 4
Sesterterpenoid 25 5
Triterpenoid 30 6
Sesquarterpenoid 35 7
Tetraterpenoid 40 8
Polyterpenoid > 40 >8
115

Danh pháp
• Danh pháp IUPAC + tên thông thường
• Có nhiều khung sườn với tên gọi và cách đánh
số khác nhau
• Hợp chất chứa vòng lacton -> hậu tố “olid”
• exo- và endo-

• ent-, abeo-, nor-, homo-, seco-, friedo-, des-

116

58
 4/27/2020

Để hiểu rõ cấu tạo phân tử của các terpenoid cần lưu ý đặc
biệt về hóa học lập thể. Cấu tạo của các hợp chất này
cũng liên quan mật thiết với hoạt tính sinh học của chúng.

Một số đđ về HLT thường gặp là hiện tượng đồng phân.

VD đồng phân vị trí: α-pinen (1.131) và β-pinen (2.8)
VD đồng phân E, Z: neral hay citral b (1.60, đồng phân Z) và
geranial hay citral a (1.105, đồng phân E).

117

Đối với terpenoid có vòng, thường xuất hiện đồng thời đồng
phân cis-trans và đồng phân quang học.
VD: menthol có trong tinh dầu bạc hà.
Với 3C* => có 8 đg phân cis-trans và đồng phân quang học.

118

59
 4/27/2020

Các phân tử có cầu nối có thể làm vòng cyclohexan ở

dạng ghế bị biến dạng.
VD: camphor, do có cầu 1,4 vòng nên cyclohexan tồn tại ở
dạng tàu. Khi hydrogen hóa nhóm ceton người ta thu được
đồng phân exo- và endo- ứng với hai alcol khác cũng có
trong tinh dầu long não là borneol và isoborneol.

11
9

Abietane Ent-abietane

120

60
 4/27/2020

121

Friedo-: sự chuyển vị của một nhóm –CH3

122

61
 4/27/2020

123

Con đường sinh tổng hợp terpenoid

• Các đơn vị isopren (5C) thường kết hợp theo quy tắc
đầu-đuôi

• Trong tự nhiên, các đơn vị 5C tạo nên terpenoid là

isopentenyl diphosphat (IPP) và dimethylallyl
diphosphat (DMAPP)

• Hai con đường STH: mevalonat (MVA, 1950s) và

methylerythritol phosphat (MEP, 1980s) 124

62
 4/27/2020

125

Organism Pathways
Bacteria MVA or MEP
Archaea MVA
Green Algae MEP
Plants MVA and MEP
Animals MVA
Fungi MVA

126

63
 4/27/2020

Monoterpenoid
• Dễ bay hơi, có mùi thơm, thành phần chính trong
tinh dầu của nhiều loại thực vật
• Sử dụng rộng rãi làm hương liệu
• Nhiều monoterpenoid là chất dẫn dụ hay bài tiết của
côn trùng
• Phân loại: mạch hở hoặc vòng, hydrocarbon và chứa
nhóm chức

127

Tricyclen
Teresantalol
128

64
 4/27/2020

129

130

65
 4/27/2020

131

Pyrethrin
Acid chrysanthemic Pyrethrolone

Từ loài cúc pyrethrum (Chrysanthemum cinerariaefolium)

132

66
 4/27/2020

133

Iridoid

Nepeta cataria (Labiatae/Lamiaceae) Olea europea (Oleaceae) 134

67
 4/27/2020

135

136

68
 4/27/2020

137

138

69
 4/27/2020

Sesquiterpenoid
• Chứa 15 carbon, chiếm 25% các terpenoid
• Chủ yếu trong các loài thực vật bậc cao
• Hydrocarbon và chứa nhóm chức, mạch hở
hoặc mạch vòng

Bách
xù
(Juniper
us)

139

Gossypium herbaceum

Artemisinin
Artemisia annua L. Tu Youyou
(Nobel 2015) 140

70
 4/27/2020

141

142

71
 4/27/2020

143

144

72
 4/27/2020

Diterpenoid
• Chứa 20 carbon, chủ yếu trong các loài thực
vật bậc cao
• Thường chứa nhóm chức, mạch hở hoặc vòng

145
(Gibberella fujikuroi) Taxus wallichiana

146

73
 4/27/2020

147

148

74
 4/27/2020

149

Sesterterpenoid
• Ít phổ biến, chủ yếu được tìm thấy trong nấm
và sinh vật biển

150

75
 4/27/2020

Bipolaris

151

Sesquarterpenoid

Cryptomeria japonica

B.subtilis
152

76
 4/27/2020

Triterpenoid
• Phân bố nhiều trong thực vật, số ít trong động vật
• Thường tồn tại dưới dạng vòng (3-5 vòng)
• Saponin triterpenoid là nhóm có ý nghĩa thực tế
lớn nhất, được tìm thấy chủ yếu trong các loài
thực vật như họ Nhân Sâm (Araliaceae).

Panax gingsen 153

154

77
 4/27/2020

155

156

78
 4/27/2020

157

158

79
 4/27/2020

159

160

80
 4/27/2020

Saponins from Panax gingsen 161

Tetraterpenoid
• Những terpenoid chứa 40 C, còn gọi là carotenoid được tạo
thành từ sự kết hợp đầu – đầu của 2 đơn vị GGPP qua
trung gian phytoen và các nối đôi liên hợp đều có cấu hình
trans. Tìm thấy chủ yếu ở thực vật và một số loài vi sinh vật

162

81
 4/27/2020

Tetraterpenoid được chia làm 2 nhóm chính: caroten và

xanthophyll, trong đó 2 đơn vị 10 C ở hai đầu mạch có thể
đóng vòng tạo thành vòng 5 hoặc 6. 163

- Caroten là những tetraterpenoid chỉ chứa hydro và

carbon với ba dạng vòng cuối dây phổ biến là -, - và -
- Xanthophyll là những caroten mang oxygen

164

82
 4/27/2020

165

166

83
 4/27/2020

• Vitamin A là nhóm chất chuyển hóa quan trọng của

carotenoid, được hình thành do sự oxy hóa giảm cấp.
• Vitamin A1 (retinol) và vitamin A2 (dehydroretinol) là hai
vitamin A quan trọng đối với động vật có vú. Thiếu vitamin
A dẫn đến suy giảm thị lực, thoái hóa giác mạc. Vitamin A
có nhiều trong trứng và các sản phẩm từ sữa.
• Carotenoid được xem là chất kháng oxy hóa hiệu quả đối
với cơ thể với khả năng loại bỏ các gốc tự do oxygen và
peroxyl (C-O-O), làm giảm sự phá hủy tế bào, giúp ngăn
ngừa ung thư.
• Carotenoid còn được làm chất màu thực phẩm, chất phụ
gia cho thức ăn gia súc…

167

168

84
 4/27/2020

Polyisoprenoid
• Sự kết hợp liên tiếp những đơn vị IPP với nhau tạo
thành polyisoprenoid hay polypren với khối lượng phân
tử lớn. Mũ cao su (từ cây cao su Hevea brasiliensis) và
mủ gutta-percha (từ cây Palaqium gutta) là hai polymer
chính từ thiên nhiên.
• Mủ cao su (rubber): CTTQ (C5H8)n với n > 5000 và nối
đôi có cấu hình cis, có tính đàn hồi và dẻo, có nhiều
ứng dụng trong công nghiệp.
• Mủ gutta-percha: n > 100.000, nối đôi có cấu hình
trans, cứng và giòn.

169

Palaqium gutta 170

85
 4/27/2020

• Việc tạo thành nối đôi cis hay trans là do sự mất đi HR

hoặc HS từ carbon C-2 trong IPP

• Những alcol polyisoprenoids (isoprenol) gần đây đang được

chú ý, bao gồm hai loại: polyprenol và dolichol. Alcol
polyisoprenoid có cấu trúc là những isoprenoid tạo thành
bởi sự kết hợp đầu-đuôi của những đơn vị IPP (n > 100) với
một nhóm hydroxy ở cuối mạch.
• Có 3 cách sắp xếp các nối đôi trong alcol polyisoprenoid: di-
trans-poly-cis, tri-trans-poly-cis và trans-poly.
171

• Những polyprenol thường được tìm thấy trong vi khuẩn và

mô thực vật, trong khi những dolichol được tìm thấy trong
mô động vật có vú và men. Dạng alcol tự do hoặc ester.
• Alcol polyisoprenoid đóng vai trò quan trọng trong việc STH
các glycoprotein và quá trình alkyl hóa protein. Những
dolichyl phosphate có khả năng tạo ra sự “tự sát” của tế
bào bạch cầu, giúp kiểm soát độ thấm thấu và lưu chất của
màng tế bào.

172

86
 4/27/2020

Tổng hợp toàn phần terpenoids

173

174

87
 4/27/2020

175

176

88
 4/27/2020

177

1950 from fungi Clitopilus passeckerianus

178

89
 4/27/2020

179

Tổng hợp acid gibberellic

180

90
 4/27/2020

181

182

91
 4/27/2020

183

Câu hỏi ôn tập Terpenoids

1. Phân loại terpenoids, mỗi loại cho ví dụ cụ thể (tên chất,

công thức, nguồn gốc và tác dụng sinh học)
2. Trình bày hai con đường STH terpenoids: MEP và MVA.
3. Sự phân bổ hai con đường STH terpenoids trong sinh vật
4. Các tiền chất tạo ra các nhóm terpenoids? Các tiền chất này
được hình thành như thế nào? (GPP, FPP, GFPP, GGPP…)
5. Việc tạo thành các dẫn xuất monoterpenoids từ cation -
terpinyl
6. Sự đóng vòng và cấu trạng của các triterpenoids.
7. Phân tích các terpenoids thành những đơn vị C5
8. Các tiền tố được sử dụng trong danh pháp của terpenoids
9. Chuyển vị Wagner – Meerwein
184

92