Do pocz�tku czerwca o_o

podpisywa� pliki imieniem i nazwiskiem

t.krupnik@biol.uw.edu.pl

Folding � modele powstawania struktury bia�ka

Autor: Zuzanna Tabisz

Uniwersytet Warszawski,
Wydzia� Biologii

Skr�t

Przegl�d najpopularniejszych modeli foldingu: the framework model, the hydrophobic

collapse model i the nucleation-condensation model. Postuluj� one kolejno, �e
folding rozpoczyna si� dzi�ki formowaniu struktury drugorz�dowej i nast�pnie
trzeciorz�dowej stabilizuj�cej ca�e bia�ko, dzi�ki rozpadowi niepolarnych cz�ci
�a�cucha aminokwas�w i oddzia�ywaniom hydrofobowym, oraz swego rodzaju po��czenie
dw�ch wcze�niejszych � zachodzenie obu zjawisk w tym samym czasie. Ponadto
poruszony jest te� temat paradoksu Levintha. Om�wienie ka�dego z modeli oparte jest
o przyk�ady przeprowadzonych bada�.

Wst�p

Struktura przestrzenna bia�ek mo�e by� okre�lana na 4 poziomach � pierwszorz�dowa,

drugorz�dowa, do kt�rej zaliczane s� g��wnie a-helisy i b-kartki,kt�re formuj�
domeny i subdomeny, trzeciorz�dowa, stworzona z domen drugorz�dowych, stabilizowana
przez wi�zania i oddzia�ywania oraz czwartorz�dowa , bia�ka zbudowane z kilku
podjednostek. Pierwszorz�dowa struktura � sekwencja aminokwasowa- okre�la docelow�
struktur� bia�ka oraz spos�b w jaki osi�ga ono swoj� struktur�, zwany foldingiem-
�sk�adaniem si� bia�ka. Jednak podobne sekwencje aminokwasowe nie zawsze sk�adaj�
si� w ten sam spos�b. Konformacja zale�y r�wnie� od �rodowiska i miejsca w jakim
zachodzi folding. Je�li chodzi o szczeg�y tego procesu, zaproponowano kilka modeli
wed�ug kt�rych mo�e zachodzi� sk�adanie si� bia�ek w struktury o wy�szej
rz�dowo�ci. Ka�dy z tych modeli: the framework model, the hydrophobic collapse
model i the nucleation-condensation model, jest charakterystyczny dla r�nych
bia�ek. Celem pracy jest om�wienie modeli sk�adania si� bia�ek(1).

The framework model (inaczej diffusion-collision model) zak�ada, �e sk�adanie

bia�ek zaczyna si� od formowania struktury drugorz�dowej(Mechanism of protein
folding) niezale�nie od struktury trzeciorz�dowej i przed uzyskaniem ostatecznej
trzeciorz�dowej struktury. Formowanie si� struktur drugorz�dowych nie musi
zachodzi� tylko w jednym miejscu �a�cucha � zazwyczaj zachodzi w paru r�nych
miejscach. Dzi�ki temu, przez tworzenie lokalnych interakcji korzystnych
energetycznie model ten osi�ga optymizacj� entalpii oraz szans� na szybsze
�sp�acenie� kosztu entropii(1).
Model ten daje r�wnie� rozwi�zanie dla paradoksu Levinthala ,kt�ry m�wi o tym, �e
losowe znalezienie w�a�ciwego foldu bia�ka w�r�d wszystkich mo�liwych konfiguracji
w przypadku wi�kszo�ci bia�ek zaj�oby d�u�ej ni� wiek
wszech�wiata(https://www.pnas.org/content/89/1/20.short). Dzieje si� to w ten
spos�b, �e z g�ry ustalona struktura drugorz�dowa zmniejsza liczb� kombinacji jakie
struktura bia�ka mo�e przyj��.
Dowodami wspieraj�cymi ten model s� badania spektroskopi� NMR bia�ka BBL o
strukturze a-helisy � po podgrzaniu bia�ko najpierw traci wi�zania pomi�dzy
�a�cuchami bocznymi tworz�cymi struktur� trzeciorz�dow�, a wi�zania stabilizuj�ce
struktur� drugorz�dow� s� tracone o wiele p�niej. Innym przyk�adem potwierdzaj�cym
zgodno�� tego modelu z rzeczywisto�ci� s� badania przeprowadzone przez K.W.Plaxco,
K.T Simons i D.Baker. Wskazuj� one, �e bia�ka charakteryzuj�ce si� g��wnie
powi�zaniami sekwencyjno-lokalnymi (takimi jak w przypadku a-helisy czy b-
harmonijki) maj� tendencj� do szybszego fa�dowania(2).

Wed�ug kolejnego modelu � hydrophobic collapse model � g��wn� rol� w foldingu

bia�ek odgrywa efekt hydrofobowy. Oddzia�ywania hydrofobowe indukuj� rozpad
niepolarnych cz�ci bia�ka, w taki spos�b , �e tworz� cz�ciowo z�o�on� struktur�.
Nast�pnie formowane s� struktury drugorz�dowe,i dzi�ki temu wcze�niejszemu
ograniczeniu mo�e powstawa� odpowiednia struktura trzeciorz�dowa � docelowy fold .
Interesuj�cym jest fakt, �e po obni�eniu pH bia�ka zwykle pozostaj� w tej samej
cz�ciowo z�o�onej strukturze. Wa�nymi czynnikami w tym modelu s� r�wnie�
oddzia�ywania elektrostatyczne determinuj�ce docelow� struktur� oraz po�rednie
foldy powodowane oddzia�ywaniami termodynamicznymi, kt�re s� mniej stabilne(1).
Jednym z bada� przeprowadzonym na Harvard University by�o u�ycie symulacji Monte
Carlo kt�re wykaza�y, �e w przypadku kiedy oddzia�ywania pomi�dzy indywidualnymi
aminokwasami s� silne , folding zachodzi przez gwa�towny rozpad do formy
po�redniej, i dopiero po czasie zachodzi przej�cie do docelowej formy bia�ka, a gdy
oddzia�ywania s� s�abe gwa�towny rozpad nie jest obserwowany, za to docelowy fold
jest osi�gany bezpo�rednio(https://pubs.acs.org/doi/pdf/10.1021/bi00009a038?
casa_token=CtrHe638ja0AAAAA:J1bfcUBkO8VZSYtbF5gWNHNnG2jWFCNruLikIVZuy6kx9338j2A0gSc
bei08gbg_lnb_1TQpQNe5K58).

Ostatnim z omawianych modeli b�dzie the nucleation-condensation model. Jest to

swego rodzaju po��czenie dw�ch poprzednich modeli, poniewa� postuluje on, �e rozpad
spowodowany przez efekt hydrofobowy i formowanie struktury drugorz�dowej zachodz� w
tym samym czasie. Struktury te s� stabilizowane w ten sam spos�b jak opisany
wcze�niej � przez formowanie si� niepolarnego rdzenia bia�ka i oddzia�ywa�
struktury trzeciorz�dowej. Jedn� ze znacz�cych r�nic pomi�dzy tymi modelami jest
stabilizacja foldu, kt�ra ma miejsce jeszcze w czasie tworzenia si� struktury
drugorz�dowej(1). Przyk�adem bia�ka kt�rego folding zachodzi wed�ug tego modelu
jest inhibitor chymotrypsyny (CI2). Jak inne bia�ka sk�adaj�ce si� w ten spos�b
jest ma�e, i posiada elementy, kt�re tworz� si� tylko w przej�ciowym stadium
foldingu (https://www.pnas.org/content/92/24/10869.short). Dzi�ki badaniu wczesnych
faz foldingu takich bia�ek, zauwa�ono,�e fragmenty struktury w stanie
zdenaturowanym nie oddzia�uj� mi�dzy sob� symultanicznie co skutkowa�o stworzeniem
niekompletnego foldu, co dowodzi konieczno�� wyst�powania tych proces�w w tym samym
czasie(https://pubs.acs.org/doi/abs/10.1021/jacs.7b01540?casa_token=7WfM8AQA6-
kAAAAA:ebV3zOsksd8AjOQaDGyAo_lvgJvmoO-iNfluAeydV8IeIkBfeQp0QowjXRhDpKE-
bniSS_funGJagT0#).

Dyskusja

Modele przedstawione powy�ej obserwowane s� tylko w niekt�rych bia�kach, niekiedy

s� te� specyficzne dla danych bia�ek. To sugeruje, �e nie istnieje jeden
uniwersalny mechanizm foldingu bia�ek, a raczej zbi�r mo�liwych sposob�w w kt�re
bia�ka osi�gaj� swoj� docelow� struktur�. Dalsze badania w tym obszarze mog�
pozwoli� na przewidywanie struktur bia�ek znaj�c jedynie ich sekwencj�
aminokwasow�, zapobieganie chorobom powodowanym przez nieprawid�owy folding bia�ek,
oraz projektowanie bia�ek o zupe�nie nowych funkcjach.

Referencje

1. A. Kessel, N. Ben-Tal, �Introduction to Proteins?: Structure, Function, and

Motion, Second Edition. Vol. Second edition.�, Chapman & Hall/CRC Mathematical &
Computational Biology Series. Boca Raton, FL: Chapman and Hall/CRC, 2018

2. K.W. Plaxco, K.T. Simons, D. Baker, Contact order, transition state placement
and the refolding rates of single domain proteins, J Mol Biol, 1998