Epigenetika u psihologiji

Temeljni epigenetički
mehanizmi
Različite definicije epigenetike

• Conrad Hall Waddington: epigenetika istražuje mehanizme koji

objašnjavaju zašto jedinke istog genotipa imaju različit fenotip
koji se nasljeđuje kroz generacije
• Fenomen nasljednih promjena u ekspresiji gena ili staničnom fenotipu
uzrokovanih mehanizmima koji ne obuhvaćaju promjene nukleotidnog
slijeda molekule DNA (Wikipedia)
• Promjene u transkripcijskoj aktivnosti gena kroz modulacije kromatina,
a koje nisu uvjetovane promjenama u sekvenci DNA
• Molekularno-mehanistička definicija epigenetike:
cjelokupna promjena kromatina koja zajednički ostvaruje i propagira
različiti uzorak ekspresije i utišavanja gena istoga genoma

• Više o definiciji i percepciji epigenetike:

https://www.nature.com/articles/nature05913
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6557588/
2
Kromatin = DNA + proteini
• Ukupna dužina DNA u jednoj ljudskoj stanici iznosi skoro 2 m
• Promjer jezgre ~ 5 mm
• DNA je u jezgru „upakirana” višestrukim namatanjem
• Pakiranje (kondenzaciju) DNA omogućuju različiti proteini:
- histonski proteini - H1, H2A, H2B, H3, H4
- nehistonski proteini
• Kondenzacijom DNA nastaje kromatin
• Daljnom kondenzacijom iz kromatina nastaje kromosom

• http://sites.sinauer.com/cooper7e/video0601.html

• http://sites.sinauer.com/cooper7e/animation0601.html
3
Kondenzacija DNA
• Osnovnu strukturnu jedinicu
kromatina čini nukleosom
• Nukleosom nastaje
omatanjem DNA oko
histona čime nastaje
vlakno debljine ~ 10 nm
• Kromatin se dalje
kondenzira namatanjem
u vlakno debljine ~ 30 nm
(sadrži oko 6 nukleosoma
po navoju)
• Daljnjim namatanjem
kromatin se kondenzira u
strukture viših redova sve
do visokokondenziranih
metafaznih kromosoma
http://www.genetika.biol.pmf.unizg.hr/pogl15.html
106
https://www.scribd.com/doc/72793558/Cooper-Stanica-3-Izdanje
107
6
Kondenzacija kromatina za
vrijeme mitoze: metafazni
kromosomi (slika dobivena
pretražnim elektronskim
mikroskopom uz umjetno
obojenje).

7
 Omatanjem oko histona,
lanac DNA se skratiti
do 10.000 puta.

http://www.nature.com/scitable/topicpage/epigenetic-influences-and-disease-895
http://www.nature.com/scitable/spotlight/epigenetics-26097411
Stupanj kondenzacije kromatina mijenja se
tijekom života stanice

• Između dviju dioba (u interfazi staničnog ciklusa):

- eukromatin: dekondenziraniji dio kromatina
→ transkripcijski aktivan
- heterokromatin: kondenziraniji dio kromatina
→ transkripcijski neaktivan (slabije aktivan)

• Ulaskom stanice u mitozu, kromatina se izrazito kondenzira

kako bi se olakšala pravilna raspodjela genetičkog materijala
u stanice kćeri → nastaje kromosom
- ovako zgusnuta DNA ne može više služiti kao kalup za
sintezu RNA - transkripcija privremeno potpuno prestaje

9
Kromatin pruža platformu za označavanja
genetičke informacije – „što i kada čitati”
• Stupanj kondenziranosti kromatina (fizička struktura kromatina)
određuje transkripcijsku aktivnost u danom segmentu DNA
• U slučaju visokokondenziranog kromatina, transkripcijska mašinerija
ne može pristupiti genu i gen se slabije prepisuje (utišan je)
• Stupanj kondenziranosti kromatina ovisi o "epigenetičkim oznakama”

• Najvažnije epigenetičke oznake:

- metilacija DNA
- acetilacija histona

10
Metilacija DNA
• Glavni epigenetička oznaka na molekuli DNA
• Uključena u regulaciju tkivno-specifične
ekspresije gena, inaktivaciju kromosoma X,
genomski utisak (imprinting)
• Podrazumijeva vezanje metilne skupine (CH3)
na citozine koji tipično prethode gvaninima
u lancu DNA - tzv. CpG dinukleotidi
- izuzetak: u mozgu je identificirana metilacija
citozina koji prethode i drugim nukleotidima
• CpG otoci (CpG islands, CGI) – područja DNA
bogata CpG dinukleotidima, obično smještena
u promotorskim regijama gena
• DMRs (differentially methylated regions) – genomske regije s različitim
metilacijskim statusom između različitih stanica, tkiva ili jedinki
• https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3521964/
11
• Oko 70% gena sadrži CpG otoke u svojim promotorskim regijama
• Metilirani CpG otoci u promotorskim regijama gena otežavaju
pristup transkripcijskim aktivatorima i/ili pospješuju vezanje tzv.
transkripcijskih represora → utišavanje transkripcijske aktivnosti

12
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5983821/

tamno plavi kružići – metilirana DNA

TA – transkripcijski aktivator

TR – transkripcijski represor

13
• Promotori transkripcijski aktivnih gena u pravilu su nemetilirani
• Metilacije ostalih dijelova genoma može imati različite efekte na
transkripcijsku aktivnost gena (pojačavati je ili smanjivati)

• Za dodavanje i micanje metilnih skupina te interpretiranje

metilacijskih obrazaca odgovorne su posebne vrste proteina
prisutne u jezgri stanice - "writers", "erasers" i "readers"
14
Dodavanje metilne skupine na DNA
• Dodavanje metilne skupine na DNA je proces kataliziran enzimima
DNA metiltransferaze (DNMTs)

• Postoje dvije skupine DNA metiltransferaza:

a. odgovorne za de novo uspostavu metilacijskog obrazca
- DNA metiltransferaza 3A (DNMT3A)
- DNA metiltransferaza 3B (DNMT3B)
- DNA metiltransferaza 2 (DNMT2)
b. odgovorne za de novo uspostavu metilacijskog obrazca
- DNA metiltransferaza 1 (DNMT1)

• DNMT3A, DNMT3B i DNMT2 dodaju metilne skupine na potpuno

nemetiliranu DNA
• DNMT1 dodaje metilne skupine na hemimetiliranu DNA nastalu
replikacijom DNA prije diobe stanice

15
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3521964/ 118
DNMT1 – "održavajuća" metiltransferaza
– dodaje metilne skupine na novosintetizirani lanac DNA

DNMT1

119
Mutacije ili delecije gena za DNMT izazivaju letalitet

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5983821/ 120
• Osim aktivnosti DNMT, za proces metilacije DNA neophodan je i
S-adenozil-metionin ili SAM - univerzalni donor metilne skupine
• Kao izvori metilne skupine služe različiti mikronutrijenti – npr.
aminokiselina metionin, folna kiselina, vitamini B6 i B12, kolin
• Važnost uravnotežene prehrane - naročito tijekom trudnoće
kad se uspostavlja fetalni epigenom

https://www.encyclopedie-environnement.org/en/health/epigenetics-how-the-environment-influences-our-genes/
121
https://teach.genetics.utah.edu/content/epigenetics/print/YourEnvironmentYourEpigenome.pdf
20
Demetilacija DNA - micanje metilne skupine s DNA

• Demetilacija DNA se može odvijati pasivno ili aktivno

• Pasivna demetilacija se događa tijekom diobe stanica ako je
odsutna ili inaktivna DNMT1 – ne dodaju se metilne skupine
na novosintetiziranu DNA
• Aktivna demetilacija je katalizirana enzimima iz obitelji TET
(eng. ten-eleven translocation methylcytosine dioxygenase)
– TET 1, TET2, TET3
• Demetilacija DNA je posebno naglašena tijekom formiranja spolnih
stanica (gametogeneze) i tijekom ranog embrionalnog razvoja kada
dolazi do globalnog (na razini čitavog genoma) sniženja metiliranosti
DNA – važnost u epigenetičkom reprogramiranju

21
Metilacija DNA tijekom razvoja organizma
• Razvoj sisavaca prate dva vala "epigenetičkog reprogramiranja",
tj. dva vala globalne demetilacije i ponovne metilacije DNA
• Jedan val globalne demetilacije DNA započinje nakon oplodnje,
a završava neposredno prije implantacije
− ponovna metilacija DNA usmjerava diferencijaciju i sazrijevanje
različitih vrsta stanica i tkiva
− npr. tijekom neurorazvoja, metilacija DNA usmjerava razvoj multi-
potentnih stanica prema zrelim neuronima i glija stanicama
• Drugi val globalne demetilacije događa se tijekom gametogeneze
− demetiliraju se stanice embrija koje su predodređene da postanu
preteče spolnih stanica (PGC, primordial germ cells)
− ponovna metilacija DNA usmjerava sazrijevanje PGC u zrele spolne
stanice sposobne za obavljanje složenih funkcija oplodnje
• Neki geni zaobilaze epigenetičko reprogramiranje – imprintani geni
22
 https://en.wikipedia.org/wiki/Reprogramming

• Između oplodnje i stadija blastociste događa se prvi val globalne

demetilacije DNA, a nakon implantacije kreće remetilacija DNA
• Stanice embrija koje su predodređene da postanu preteče spolnih
stanica (PGC) ponovo prolaze demetilaciju DNA
• Tijekom razvoja PGC u zrele spolne stanice uspostavljaju se metilacij-
ski obrazci koji ovisi o spolu nositelja - različiti metilacijski obrazci se
uspostavja kod spermija i jajne stanice
23
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6731191/

• Imprintani ili utisnuti geni (isprekidana linija) ne prolaze kroz

proces demetilacije nakon oplodnje → zadržavaju metilacijski
obrazac kao u roditeljskom genomu

24
https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0098299712000817
127
Imprintani (utisnuti) geni
• Utisnuti (imprintani) geni zaobilaze epigenetičko reprogramiranje i
ostaju metilirani (utišani) kao u roditeljskom genomu → jedinka ima
smo jednu aktivnu kopiju imprintanog gena
• Oko 1% ljudskih gena je imprintano - veliki broj njih uključen je
u regulaciju rasta, razvoja i metabolizma
• Budući da imprintani geni imaju samo jednu aktivnu kopiju,
(nemaju "back-up"), posebno su osjetljivi na mutacije ili
epigenetičke promjene
• Fenomen genomskog imprintinga može se vidjeti na primjerima
genetičkih grešaka (mutacija) u području imprintanih gena
– primjer sindroma Prader-Willi i Angelman - imaju istu genetičku
podlogu, a vrlo različite simptome ovisno o tome je li genetički
defekt dobiven od majke ili oca

26
Sindrom Prader-Willi vs. sindrom Angelman
• Oba sindrom imaju istu genetičku osnovu - deleciju jednog malog dijela
15. kromosoma
• Deletirani dio kromosoma sadrži gene SNRPN, NDN i UBE3A
• SNRPN i NDN su imprintani (utišani) na majčinom kromosomu,
a UBE3 je imprintan (utišan) na očevu kromosomu
• Prader-Willi sindrome
- nastaje ako je delecija prisutna na kromosmu dobivenom od oca
→ nedostaju aktivne kopije gena SNRPN i NDN (utišani kod majke)
- simptomi: mentalna zaostalost, pretilost, kompulzivno jedenje
• Angelman sindrome
- nastaje ako je delecija prisutna na kromosmu dobivenom od majke
→ nedostaje aktivna kopija gena UBE3 (utišana kod oca)
- simptomi: poteškoće s govorom, epileptični napadaji, trzajni pokreti,
vječno nasmiješen izraz lica
27
Metilacija DNA u odrasloj dobi
• Procesi metilacije i demetilacije DNA najdinamičniji su tijekom
embrionalnog razvoja organizma, ali obrazci metilacije DNA
mijenjaju se i u postnatalnom životu i u odrasloj dobi

• U odrasloj dobi metilacija DNA ima ulogu u:

- procesima učenja i pamćenja – pokazano je da neuralna aktivnost
potiče aktivnu metilaciju i demetilaciju raznih gena u hipokampusu
i drugim regijama mozga
- procesima starenja – „epigenetički (DNA-metilacijski) sat”
seminar:
Dynamic DNAMethylation DuringAging:A"Prophet" ofAge-Related Outcomes
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6387955/

- prilagodbi organizma na različite okolinske čimbenike

- razvoju multifaktorijalnih bolesti (npr. tumori)

28
Modifikacije histonskih proteina
• Podrazumijevaju posttranslacijske modifikacije (PMT) histonskih
proteina, tj. vezanje različitih (malih i većih) molekula na specifične
aminokiseline u sastavu histona
- male molekule: acetilacija, fosforilacija, metilacija, glikozilacija...
- veće molekule (peptidi): ubikvitinizacija, sumonizacija
• Vezanje ovih molekula određuje hoće li dotični dio kromatina zauzeti
transkripcijski aktivno (relaksiranije) ili neaktivno (kondenziranije)
stanje → remodeliranje kromatina

• Kao i za epigenetičke oznake na DNA, postoje enzimi odgovorni za

dodavanje, brisanje i čitanje epigenetičkih oznaka na histonima

29
Pisači (writers), brisači (erasers) i čitači (readers)
postranslacijskih modifikacija (PMT) histonskih proteina

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4380191/ 30
Acetilacija histonskih proteina
• Najpoznatija histonska modifikacija

• Podrazumijeva vezanje acetilne skupine (-COOH) na aminokiselinu

lizin u sastavu histonskih proteina (post-translacijska modifikacija)
• Enzimi odgovorni za dodavanje acetilne skupine:
histonske acetiltransferaze – HAT

• Enzimi odgovorni za micanje acetilne skupin:

histonske deacetilaze - HDAC

• https://en.wikipedia.org/wiki/Histone_acetyltransferase
• https://en.wikipedia.org/wiki/Histone_deacetylase

31
Acetilacija histona dovodi kromatin u manje kondenzirano
stanje te posljedično povećava transkripcijsku aktivnost u
tom dijelu genoma

https://www.whatisepigenetics.com/chromatin-remodeling/
32
Dinamika histonske acetilacije / deacetilacije

https://en.wikipedia.org/wiki/Histone_acetylation_and_deacetylation
33
Sinergija metilacije DNA i acetilacije histona

- Metilirana DNAprivlači HDAC i MBD proteine

(methyl-CpG-binding domainproteins) koji
olakšavaju vezanje dr. represora transkripcije
→ zatvorena struktura kromatina i posljedično
utišavanje ekspresije gena

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6471069/

34
Epigenetički orkestar:
regulacija ekspresije
gena multiplim
epigenetičkim
mehanizmima

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3521964/
137
Regulacija ekspresije gena multiplim epigenetičkim
mehanizmima

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6627869/

36
Regulacija gena pomoću ne-kodirajućih RNA
• Ne-kodirajuće RNA (ncRNA) su funkcionalne RNA molekule koje se
prepisuju s DNA, ali se ne prevode u proteine - zauzimaju puno veći
dio genoma od kodirajućih RNA
• Regulatorne ncRNA kontroliraju ekspresiju gena - strukturu kromatina,
uređivanje mRNA, izrezivanje introna, degradaciju mRNA, translaciju
• Mogu se podijeliti u duge (>200 nukleotida) i kratke (<30 nukleotida)

37
Funkcije regulatornih ncRNA

https://www.whatisepigenetics.com/non-coding-rna/
38
• lncRNA (long non-coding RNA) kontroliraju strukturu kromatina i
posljedično transkripciju, također služe kao prekursori kratkih ncRNA
• Kratke ncRNAs: miRNAs (microRNA), siRNAs (short interfering RNAs)
(piRNAs (piwe-interacting RNAs)
• miRNA se komplementarno vežu na ciljane mRNA i potiču njihovo
cijepanje/degradaciju i/ili koče njihovu translaciju u proteine →
postranskripcijsko utišavanje gena
• siRNA isto potiču degradaciju specifičnih mRAN te također induciraju
stvaranje heterokromatinskih struktura
• piRNA stvaraju komplekse s tzv. piwi proteinima i zajedno s njima
reguliraju kromatin

39
Eksperimentalna manipulacija epigenetičkih oznaka

• Farmakološki - spojevima koji inhibiraju aktivnost DNMT

(npr. azacitidin, zebularin)

• Genetičke metode kojima se ciljano degradira mRNA za DNMT

• Novije ciljane tehnologije bazirane na CRISPR/Cas9 sustavu

Seminar:
Pharmacological manipulation of DNAmethylation normalizes maternal behavior,
DNAmethylation, and gene expression in dams with a history of maltreatment.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6034089/

40
Čimbenici koji mijenjaju
epigenom
Različiti čimbenici utječu na epigenetičke oznake
→ način kako okolina modulira ekspresiju gena
• socijalne interakcije
• psihološki stres
• prehrana
• diurinalne i sezonske varijacije
• različiti patogeni (virusi, bakterije)
• toksične kemikalije
• sredstva ovisnosti
• ekonomski status
• fizička aktivnost
• mikrobiom
• lijekovi
• alternativna medicina
• svemirsko zračenje

https://www.encyclopedie-environnement.org/en/life/epigenetics-genome-and-its-environment/
144
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4207041/ 145
Čimbenici koji utječu na epigenom
• Neki su štetni - ometaju tijelo i um stvarajući neravnotežu koja može
rezultirati razvojem bolesti ili psihološkog poremećaja – npr.:
- psihološki stres – istraživanja ukazuju na nepovoljne učinke stresnog
hormona kortizola na epigenetičke oznake tijekom gametogeneze,
intrauterinog razvoja, nakon rođenja i kroz cijeli život
- nizak socioekonomski status
- sjedilački način života
- izloženost toksičnim kemikalijama
- sredstva ovisnosti (nikotin, kokain)

• Neki su korisni - djeluju povoljno na zdravlje i ponašanje – npr.:

- fizička aktivnost – hormoni koji se oslobađaju tijekom fizičke aktivnosti
mogu modificirati epigenetičke oznake i utjecati povoljno na kogniciju,
epigenom igra ulogu i u preferencijama prema fizičkoj aktivnosti
- mikrobiom - korisne crijevne bakterije

146
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6462638/ 147
• Prehrana utječe
na epigenom
modificirajući i
fenotip pojedinca
i transgeneracijski
fenotip

• Različite multi-
faktorijalne bolesti
(pretilost, dijabetes,
srčane bolesti,
hipertenzija, tumori,
psihijatrijski
poremećaji, i sl.)
povezane su s
promjenama
epigenoma

https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6275017/ 148
• Okolina putem utjecaja na epigenom oblikuje ljudsko zdravlje
• Bolje razumijevanje utjecaja raznih čimbenika na epigenom može biti od
koristi za njihovo učinkovitije usmjeravanje prema dobrobiti za zdravlje

149
Transgeneracijsko epigenetičko nasljeđivanje
• Prijenos epigenetičkih oznaka stečenih u jednoj generaciji na
sljedeće generacije
→ roditeljsko iskustvo i odgovor na izloženost okolniskim
čimbenicima može utjecati na fenotip potomaka bez
odgovarajuće promjene u sekvenci DNA
• Dobro dokumentirano i relativno često kod biljaka, gljiva i nekih
jednostavnih životinja (npr. oblića)
• Pokazano i kod sisavaca
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/31634674
 Maternal Paternal
environment environment
Intergeneracijski vs.
transgeneracijski efekti

• Ako su okolinskim
čimbenicima izloženi i
roditelji i njihove Inter-
zametne stanice → generational
intergeneracijski efekti
Inter-
• Transgeneracijski efekti generational
→ samo oni koji se
mogu naći u generacija- Trans-
ma koje nisu bile generational
izložene čimbenicima
koji su izazvali epi- Trans-
genetičku promjenu generational

Li & Casanueva (2016)

Essays Biochem
Heard & Martienssen (2014) Cell
Transgeneracijsko nasljeđivanje kod ljudi
• Glad u Nizozemskoj ("Dutch Hunger winter")
– jedinstvena prilika za proučavanje učinaka
malnutricije tijekom trudnoće na sljedeće
generacije
• Njemačka okupacija dijelova Nizozemske i
blokada transporta hrane – studeni 1944.
do svibanj 1945.
• Pogođeno 4.5 miliona ljudi, 22.000 smrtnih
slučajeva

• F1 generacija pogođena tijekom intrauterinog života

→ niska porođajna težina
→ povećan rizik za razvoj dijabetesa i pretilosti u odrasloj dobi
• F2 generacija - djeca F1 izloženih muškaraca
→ povećan neonatalni adipozite
→ lošiji zdravstveni ishodi u kasnijem životu
Mehanizmi prijenosa

Li & Casanueva. Essays Biochem. 2016;60:191-202

Seminari (1)
Associations with early-life socio-economic position in adult DNAmethylation
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3304522/
Epigenetic influence of stress and the social enviroment
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC4021821/
Effects of early social deprivation on epigenetic statuses and adaptive behavior of
young children: a study based on a cohort of institutionalized infants and toddlers
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6435191/
DNAmethylation mediates the effect of maternal cognitive appraisal of a disaster in
pregnancyonthe child’s C-peptide secretion in adolescence: Project Ice Storm
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5798828/
Caloric restriction delays age-related methylation drift
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5599616/
Epigenetic determinants of space radiation-induced cognitive dysfunction
https://www.nature.com/articles/srep42885

54
Seminari (2)
EpigeneticAging in Major Depressive Disorder
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6094380/
Epigenetics in Human Obesity and Type 2 Diabetes
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6509280/
Lasting Epigenetic Influence of Early-Life Adversity on the BDNF Gene
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3056389/
Physical Exercise as an Epigenetic Modulator of Brain Plasticity and Cognition
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC5705447/
Dynamic DNAMethylation DuringAging:A“Prophet” of Age-Related Outcomes
https://www.frontiersin.org/articles/10.3389/fgene.2019.00107/full
Pharmacological manipulation of DNAmethylation normalizes maternal behavior,
DNAmethylation, andgeneexpression in damswith a history of maltreatment
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6635500/

55