STUDI KEKERABATAN PADI HASIL PIRAMIDISASI BERDASARKAN MARKA

MOLEKULER DAN FENOTIPIK

(Study of Relationship Rice Piramyding base on Molecular and Phenotypic Marker)

Reisyi Rinola Tambunan1, Nono Carsono2, Santika Sari2,

1
Alumni, Program Magister Agronomi Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran,
Bandung, Jawa Barat, Indonesia
2
Laboratorium Pemuliaan Tanaman dan Teknologi Benih Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran,
Bandung, Jawa Barat, Indonesia
e-mail koresponden: n.carsono@unpad.ac.id

ABSTRACT
This research is aimed to know some of genetic diversity information from some genotypes
from pyramiding. Laboratory of Plant Breeding and Seed Technology, Faculty of Agriculture,
Universitas Padjadjaran has been succeeded collecting of 28 rice genotypes from pyramiding
those have some superior characters. The source of this collection is the most required in
developing of superior variety, especially to get and to determine agronomic and morphology
character. From those 28 collections has been researched to determine relationship based on
molecular and phenotypic marker. This research was using cluster analysis based on observ-
able characters. The result of grouping based on molecular marker show that in similarity
level of 57% two group has been formed. First group consist of parent genotypes of SP87-4,
#22, #23, #24, #19, #25, #26, #28, and #27, PP48-3 parent, #10, #11, #12, #13, #21, #9, #20,
#16, #17 and #15. While second group consist of parent genotypes of IP1585 and CAKA41,
#1, #2, #3, #4, #5, #14, #6, #7, #8 and #18. While grouping from phenotypic marker show
that 4 group has been formed. First group consist of parent genotypes of SP87-4, PP48-3, #15,
#16, #10, #17, #25, and #26. Second group consist of parent genotypes IP158-5, CAKA41,
#9, #4, #6, #18, #1, #8, #3, #5, #14, #2, and #7. Third group consist of #13, #12, #27, #21,
#22, #11, #19, #24, #20, and #23. And fourth group consist of 1 genotype that is #28.
Key words : molecular marker, pyramiding rice, Relationship.

ABSTRAK
Identifikasi sifat-sifat penting yang terdapat pada padi hasil piramidisasi perlu dilakukan
agar dapat diketahui potensinya dalam program pemuliaan. Laboratorium Pemuliaan
Tanaman dan Teknologi Benih Fakultas Pertanian Universitas Padjadjaran telah berhasil
mengkoleksi 28 genotip padi hasil piramidisasi yang memiliki beberapa karakter unggul.
Sumber koleksi ini sangat diperlukan dalam perakitan varietas unggul, terutama untuk
mendapatkan serta menentukan karakter agronomi dan morfologi. Melalui 28 koleksi tersebut
telah dilakukan penelitian untuk mengetahui hubungan kekerabatan berdasarkan marka
molekuler dan fenotipik. Penelitian menggunakan analisis cluster berdasarkan karakter-
karakter target yang diamati. Hasil pengelompokan berdasarkan marka molekuler
memperlihatkan bahwa pada tingkat kemiripan 57% terbentuk dua kelompok. Kelompok
pertama terdiri dari genotip tetua SP87-4, #22, #23, #24, #19, #25, #26, #28, #27, tetua PP48-
3, #10, #11, #12, #13, #21, #9, #20, #16, #17 dan #15. Sedangkan kelompok kedua terdiri dari
genotip tetua IP1585 dan CAKA41, genotip #1, #2, #3, #4, #5, #14, #6, #7, #8 dan #18.
Sedangkan hasil pengelompokan berdasarkan marka fenotipik memperlihatkan bahwa
terbentuk 4 kelompok. Kelompok pertama terdiri dari genotip tetua SP87-4, PP48-3, genotip
#15, #16, #10, #17, #25, #26. Kelompok kedua terdiri dari genotip tetua IP158-5, CAKA41,
genotip #9, #4, #6, #18, #1, #8, #3, #5, #14, #2, #7. Kelompok ketiga terdri dari genotip #13,
#12, #27, #21, #22, #11, #19, #24, #20, #23 dan kelompok keempat terdiri dari satu genotip
yaitu genotip #28.
Kata Kunci : Hubungan kekerabatan, marka molekuler, padi piramidisasi,
 PENDAHULUAN
Upaya pengembangan Varietas Unggul Baru (VUB) dalam rangka mencapai
swasembada beras nasional, dapat dilakukan melalui perakitan varietas padi unggul baru yang
memiliki beberapa karakter unggul dalam satu tanaman padi. Karakter unggul yang
dikembangkan dapat berupa salah satu atau lebih dari karakter utama yang digunakan petani
untuk memilih benih padi yang akan ditanam (Sudana, 2010). Kultivar padi yang memiliki
karakter komponen hasil tinggi, berumur genjah, memiliki mutu beras tinggi dan/atau
aromatik, serta tahan terhadap wereng coklat, sangat diharapkan oleh petani dan konsumen.
Namun, masih sedikit sekali kultivar yang memiliki beragam keunggulan tersebut sehingga
belum mampu melengkapi kebutuhan/keinginan konsumen dan petani.
Saat ini sudah sangat memungkinkan bagi pemulia tanaman untuk menggabungan
banyak gen ke dalam satu genotip tanaman, salah satunya dengan menggunakan teknik
piramidisasi. Melalui piramidisasi, gen-gen target dapat digabungkan. Singh et al., (2001)
berhasil menggabungkan gen Xa4, xa5, xa13, Xa21 serta gen Xa5, Xa13 dan Xa21
(Narayanan et al., 2002 dan Joseph et al., 2004) untuk ketahanan terhadap penyakit Blight
pada padi. Penggabungan gen Pi(2)t, Piz5, Pi(t)a untuk ketahanan penyakit Blast pada padi
(Hittalmani et al., 2000). Penggabungan gen Gm2, Gm6 (Katiyar et al., 2001) Gm1, Gm4
(Kumaravadivel et al., 2006) untuk ketahanan Gall-midge pada padi. Penggabungan gen
Bph1 and Bph2 untuk ketahanan BPH (Sharma et al., 2004). Namun kebanyakan teknik
piramidisasi yang telah dilakukan untuk satu patogen/hama dengan strain/biotipe yang
berbeda, yang mana berbeda dengan penelitian ini. Penelitian ini telah berhasil
menggabungkan beberapa karakter unggul diantaranya komponen hasil tinggi (bobot bulir
tinggi, jumlah malai banyak, malai panjang), berumur genjah, kualitas mutu beras baik
(kandungan amilosa sedang dan aromatik) serta memiliki ketahanan terhadap hama wereng
cokelat ke dalam satu genotip unggul baru dengan karakter morfoagronomi yang unggul..
Dimana, kombinasi gen diperoleh dengan menyilangkan beberapa genotip tetua dengan
karakter unggul diantaranya Sintanur, Pandan wangi, IR64, PTB33, Ciapus, Kitaake, genotip
SP87-4 (Sintanur x PTB-33), PP48-3 (Pandanwangi x PTB-33), IP158-5 (IR64 x PTB-33),
dan CAKA41 (Ciapus x Kitaake).
Piramidisasi gen cukup sulit jika dilakukan dengan menggunakan metode pemuliaan
konvensional karena 2 gen atau lebih sulit diidentifikasi dan ditransfer melalui pendekatan
konvensional (Joseph et al. 2004; Sundaram et al. 2009; Rajpurohit et al. 2011). Namun,
ketersediaan marka molekuler yang terpaut dengan masing-masing gen target membuat
identifikasi tanaman dengan 2 atau lebih gen target, memungkinkan untuk dilakukan (Singh
et al., 2001). Marka molekuler adalah salah satu teknologi yang dapat membantu analisis
keragaman genetik dan mengkonfirmasi gen target secara efektif dan efisien karena dapat
meningkatkan reliabilitas (keterhandalan), tidak dipengaruhi faktor lingkungan dan fenomena
epistasis (Collard and Mackill, 2010 ; Bahagiawati, 2012). Sehingga dapat diketahui
keberhasilan piramidisasi dalam menggabungkan beberapa gen. Selain itu, evaluasi secara
fenotipik juga diperlukan karena individu yang terseleksi dengan marka molekuler belum
tentu memiliki karakter agronomi yang diharapkan. Evaluasi fenotipik dilakukan meliputi
pengamatan karakter morfoagronomis untuk mengetahui apakah karakter yang diinginkan
terekspresi pada genotip hasil piramidisasi.
Padi hasil piramidisasi yang telah terintroduksi dan terkonfirmasi memiliki beberapa
gen target, selanjutnya dianalisis hubungan kekerabatan berdasarkan analisis kemiripan
genetik. Menurut Weeden dan Wendel (1989), analisis kemiripan genetik berdasarkan
karakter agronomi dan morfologi mempunyai beberapa kelemahan seperti pengaruh faktor
lingkungan yang cukup besar, dan interaksi gen dominan resesif, namun setidaknya
analisis ini tetap dapat menggambarkan adanya variabilitas genetik, oleh karena itu juga
analisis kekerabatan dilakukan berdasarkan marka molekuler. Sehingga dapat diketahui
informasi tentang ciri khas karakter dari tiap kelompok genotip yang terbentuk. Sistem
pengelompokan (clustering) diketahui dapat membantu dalam mengidentifikasi dan
menganalisis penampilan kultivar (Bennett, 1997). Penelitian ini bertujuan untuk
mendapatkan informasi hubungan kekerabatan dari 28 genotip padi hasil piramidiasi melalui
marka molekuler dan fenotipik, yang kemudian dapat digunakan sebagai bahan rekomendasi
dalam menentukan genotip potensial untuk selanjutnya dapat dikembangkan lebih lanjut
sebagai program pemuliaan.

BAHAN DAN METODE

Penelitian ini menggunakan 28 genotip F1 di hasil piramidisasi dan empat genotip
tetua piramidisasi yang telah terseleksi secara molekuler dan fenotipik, diantaranya genotip
SP87-4 (Sintanur x PTB-33), PP48-3 (Pandanwangi x PTB-33), IP158-5 (IR64 x PTB-33),
dan CAKA41 (Ciapus x Kitaake) (Tabel 1).
Tabel 1. Daftar genotip tetua dan hasil piramidisasi yang digunakan dalam penelitian ini
 Genotip Hasil Persilangan Generasi
Tetua SP87-4 Sintanur x PTB-33 F4
Tetua PP48-3 Pandan Wangi x PTB-33 F4
Tetua IP158-5 IR64 x PTB-33 F4 Ekstraksi DNA
Tetua CAKA41 Ciapus x Kitaake F2 menggunakan
#1 CAKA41 x PP48-3 1A F1
metode metode CTAB
#2 CAKA41 x PP48-3 2A F1
(Cetyl #3 CAKA41 x PP48-3 3A F1
#4 CAKA41 x PP48-3 4A F1
#5 CAKA41 x PP48-3 5A F1
#6 CAKA41 x PP48-3 6A F1
#7 CAKA41 x PP48-3 7A F1
#8 CAKA41 x PP48-3 8A F1
#9 PP48-3 x CAKA41 1A F1
#10 PP48-3 x CAKA41 1B F1
#11 PP48-3 x CAKA41 2B F1
#12 PP48-3 x CAKA41 3B F1
#13 PP48-3 x CAKA41 4B F1
#14 CAKA41 x SP87-4 1A F1
#15 SP87-4 x CAKA41 1B F1
#16 SP87-4 x CAKA41 2B F1
#17 SP87-4 x CAKA41 3B F1
#18 SP87-4 x PP48-3 1B F1
#19 SP87-4 x PP48-3 2B F1
#20 SP87-4 x PP48-3 3B F1
#21 PP48-3 x SP87-4 1B F1
#22 PP48-3 x SP87-4 2B F1
#23 PP48-3 x SP87-4 3B F1
#24 PP48-3 x SP87-4 4B F1
#25 PP48-3 x IP158-5 1B F1
#26 PP48-3 x IP158-5 2B F1
#27 PP48-3 x IP158-5 3B F1
#28 PP48-3 x IP158-5 4B F1

trimethylammonium bromide) (Doyle & Doyle, 1987 dengan modifikasi). Pengujian kualitas
DNA dianalisis dengan menggunakan 0,8-1% gel elektroforesis pada tegangan 100V selama
30 menit dan divisualisasi melalui UV transiluminator untuk melihat baik atau tidaknya
kepekatan dan kejelasan DNA. Amplifikasi DNA dilakukan menggunakan mesin Polymerase
Chain Reaction (PCR) dengan komponen PCR berupa 9,5 μL KAPA2G1M Fast Ready Mix
DNA polymerase (0,25 U), dNTPs (0,2 Mm), MgCl2 (1,5 Mm)), 1 μL primer forward dan
reverse, serta 1 μL template (20 ng DNA). Analisis molekuler menggunakan 11 marka
molekuler yang terkait erat dengan karakter target. Produk hasil amplifikasi PCR,
dielektroforesis menggunakan 1,5% - 3% gel agarose atau 8% Polyacrylamide Gel
Electrophoresis (PAGE) dalam larutan buffer 0,5X TBE yang di running pada durasi waktu
dan besaran tegangan listrik tertentu. Hasil visualisasi DNA dideteksi melalui UV
transiluminator dan sebagai standard digunakan 100 bp DNA ladder (Promega) untuk
menetapkan ukuran pita hasil amplifikasi DNA.
Tabel 2. Marka molekuler yang digunakan dalam penelitian ini
Marker Linked Chr. Primer sequences PCR Ref
to Forward Reverse product size

RM282 GW3 3 gctccacctgcttaagcatc tgaagaccatgttctgcagg 162-226bp Hai-mei et al.

(2011)
RM259 qPN1 1 tggagtttgagaggaggg cttgttgcatggtgccatgt 162bp Gramene
(2016)
RM3600 LP1 9 tgcccacacatgatgagc aacgggcaagagatcttctg 130bp Gramene
(2016)
RM3701 SP1 11 gagctagagggaggaggtgc ttgactgatagccgattggg 174bp Gramene
(2016)
RM7601 Hd2 6 gcctcgctgtcgctaatatac cagcctctccttgtgttgtg 133bp Komiya et al .
(2008)
RM19414 Hd3 6 gtcagaacttcaacaccaagg ctgtatagcttgatctaggagtagc 504bp Anas et al.,
2004 (not
published)
RM190 Wx 6 ctttgtctatctcaagacac Ttgcagatgttcttcctgatg 104-124bp Chen et al.
(2008)
SSIIa Wx 6 caaggagagctggagggggc acatgccgcgcacctggaaa 300bp and Jin et al.
500 bp (2010)
RM586 Bph3 6S acctcgcgttattaggtaccc gagatacgccaacgagatacc 271bp Jairin et al.
Bph 4 and 6 (2007a)
RM8213 Qbph4, 4 and agcccagtgatacaaagatg gcgaggagataccaagaaag 177bp Sun et al.
Bph17(t) 4S (2005)
IFAP and Aromatc 8 5’cataggagcagctgaaatatatacc 3’ 257bp
ESP (fgr) Bradbury et
5’ttgtttggagcttgctgatg 3’ 257bp
al., 2005b
INSP and Non 8 5’ ctggtaaaaagattatggcttca 3’ 355bp
EAP aromatic
5’ agtgctttacaaagtcccgc 3’ 355bp
Marka molekuler diamati melalui pola pita DNA dengan bantuan software Genetools.
Skoring dilakukan dengan skoring alel, jika terdapat alel target maka diberi skor 1, dan jika
tidak maka diberi skor 0. Marka fenotipik diamati melalui pengamatan karakter
morfoagronomi, diantaranya karakter komponen hasil yaitu tinggi tanaman, jumlah anakan
total, jumlah anakan produktif, jumlah gabah total per malai dan bobot 100 biji dan diberi
skoring berdasarkan standar International Rice Research Institute (IRRI) and International
Board for Plant Genetic Resources (IBPGR; 1980). Pengamatan karakter umur genjah
melalui pengamatan umur bunting, umur keluar malai, umur berbunga dan umur panen.
Karakter Aromatik diamati berdasarkan uji sensori menggunakan KOH 1,7% (Sood dan
Siddiq, 1978). Dan karakter tahan wereng cokelat diamati berdasarkan kerapatan trikoma
menggunakan mikroskop binokuler dengan perbesaran 40 x 10.
Analisis hubungan kekerabatan antara tetua dan 28 genotip piramidisasi dilakukan
menggunakan menggunakan software XLSTAT2016 untuk membentuk matrik similarity
shared allele distance dengan koefisien Jaccard sebagai pembentuk jarak genetik untuk
marka molekuler dan koefisien korelasi pearson untuk marka fenotipik. Kemudian dilakukan
pengelompokan atau clustering dengan metode Unweighted Pair Group Method with
Arithmetic Averages (UPGMA). Hasil pengelompokan digambarkan sebagai sebuah
dendogram untuk mengetahui kekerabatan diantara genotip hasil piramidisasi.

HASIL DAN PEMBAHASAN

Hubungan Kekerabatan Tetua dan Hasil Piramidisasi Berdasarkan Marka Molekuler
Analisis kekerabatan berdasarkan marka molekuler divisualisasi dengan metode
Underweight Pair Group Method of average linkage (UPGMA) dengan koefisien Jaccard (J)
menggunakan software XLSTAT2016. Metode UPGMA digunakan untuk mengklasifikasikan
individu tanaman kedalam grup atau klaster. Analisis klaster bertujuan untuk mengelompokan
genotip berdasarkan kemiripan karakteristik yang dimilikinya, sehingga dapat digunakan
untuk seleksi genotip padi dengan karakter yang diinginkan, serta untuk melihat hubungan
tingkat kekerabatan antar genotip, ditunjukkan dengan dendrogram. Dendogram hasil analisis
klaster berdasarkan marka molekuler dapat dilihat pada Gambar 1. Karakteristik genotip
dalam suatu klaster memiliki tingkat kemiripan yang tinggi, sedangkan karakteristik antar
genotip pada satu klaster dengan klaster lain memiliki tingkat kemiripan yang rendah. Dengan
kata lain, keragaman dalam satu klaster minimun, sedangkan keragaman antar klaster
maksimum (Mattjik et al., 2006).
 Dendrogram

0.96 0.91 0.86 0.81 0.76 0.71 0.66 0.61 0.56

Similarity
Gambar 1. Dendogram marka molekuler terkait karakter bobot bulir, jumlah malai, panjang malai, umur genjah,
kandungan amilosa sedang, aromatik dan tahan wereng cokelat berdasarkan kemiripan genetik
menggunakan software XLSTAT 2016.
Dendogram menunjukkan bahwa koefisien kemiripan antar tetua dan hasil
piramidisasi yang diamati berkisar antar 1 – 0,56. Pada tingkat kemiripan 60% terbentuk tiga
kelompok. Kelompok pertama terdiri dari 19 genotip yaitu genotip tetua #11, #10, #12, #13,
#19, #25, #26, #28, #9, #27, #23, #22, #24, SP87-4, #21, PP48-3, #20, #17 dan #16.
Kelompok kedua terdiri dari 1 genotip yaitu genip #15. Dan kelompok ketiga terdiri dari 12
genotip yaitu genotip #1, CAKA41, #2, #3, #4, #5, #6, #18, #8, #7, #14, dan IP158-5. Santoso
(2002) mengatakan individu yang diklasifikasikan dalam satu kelompok memiliki kemiripan
satu dengan lainnya, sedangkan individu yang berada pada kelompok yang berbeda memiliki
jarak genetik yang lebih jauh dibandingkan individu dalam satu kelompok yang sama.
Berdasarkan dendogram terlihat bahwa genotip tetua SP87-4 dan PP48-3 terdapat
dalam 1 kelompok sama yaitu kelompok pertama. Hal ini menunjukkan bahwa kedua genotip
tetua tersebut memiliki jarak genetik yang dekat dan memiliki tingkat kemiripan yang tinggi,
salahsatunya sama-sama memiliki karakter aroma. Begitu juga genotip hasil piramidisasi #24
dan #21 memiliki jarak genetik yang dekat dengan tetua SP87-4 dan genotip #20 memiliki
jarak genetik yang dekat dengan tetua PP48-3. Genotip tetua IP158-5 dan CAKA41 terletak
pada satu kelompok yag sama yaitu kelompok ketiga yang menandakan bahwa kedua genotip
tersebut memiliki kemiripan satu dengan lainnya, namun memiliki jarak genetik yang lebih
jauh dengan tetua SP87-4 dan PP48-3 karena berada pada kelompok yang berbeda. Genotip
#1 paling mendekati tetua CAKA41, terlihat dari jarak yang berdekatan. Semakin banyak
persamaan karakter yang dimiliki maka semakin besar nilai similaritasnya, yang menandakan
hubungan kekerabatan yang semakin dekat. Sebaliknya, semakin banyak perbedaan karakter
yang dimiliki maka semakin kecil nilai similaritasnya, yang menandakan semakin jauh
hubungan kekerabatan antar genotip yang dibandingkan.

Hubungan Kekerabatan Tetua dan Hasil Piramidisasi Berdasarkan Marka Fenotipik

Hubungan kekerabatan antar genotip dapat diukur berdasarkan kesamaan sejumlah
karakter dengan asumsi bahwa karakter yang berbeda tersebut disebabkan karena adanya
perbedaan susunan genetik dan faktor lingkungan. Analisis kekerabatan berdasarkan marka
fenotipik divisualisasi dengan metode UPGMA dengan koefisien korelasi pearson
menggunakan software XLSTAT2016. Pengelompokan berdasarkan data tinggi tanaman
(cm), jumlah anakan total, jumlah malai total, panjang malai (cm), jumlah bulir/malai
(butir/malai), bobot bulir/malai (gram), bobot 100 butir (gram), bobot bulir bernas per rumpun
(gram), umur bunting (HST), umur keluar malai (HST), umur berbunga (HST), umur panen
(HST), data aroma dengan uji sensori dan jumlah kerapatan trikoma. Dendogram analisis
klaster berdasarkan marka fenotipik dapat dilihat pada Gambar 2.
 Dendrogram

0.99 0.97 0.95 0.93 0.91 0.89 0.87 0.85 0.83

Similarity
Gambar 2. Dendogram hasil analisis marka fenotipik terkait tinggi tanaman (cm), jumlah anakan total, jumlah
malai total, panjang malai (cm), jumlah bulir/malai (butir/malai), bobot bulir/malai (gram), bobot
100 butir (gram), bobot bulir bernas per rumpun (gram), umur bunting (HST), umur keluar amlai
(HST), umur berbunga (HST), umur panen (HST), data aroma dengan uji sensori dan jumlah
kerapatan trikoma.

Dendogram menunjukkan bahwa koefisien kemiripan antar tetua dan hasil

piramidisasi yang diamati berkisar antar 1 – 0,83. Pada tingkat kemiripan 95,5% terbentuk
empat kelompok. Kelompok pertama terdiri dari 8 genotip yaitu genotip tetua #15, SP87-4,
PP48-3, #16, #25, #10, #17, #26. Pada kelompok ini, terdapat 2 genotip tetua SP87-4 dan
PP48-3, dimana varietas Sintanur dan Pandan wangi merupakan varietas lokal aromatik yang
memiliki karakter agronomi yang serupa, ditandai dengan berada pada satu kelompok yang
sama. Hal ini juga ditandai dengan kemiripan karakter yang dimiliki genotip-genotip pada
kelompok pertama, yaitu bobot bulir per rumpun, bobot bulir bernas per rumpun, bobot 100
biji, bobot pulir per malai, jumlah bulir per malai, panjang malai, jumlah anakan total, jumlah
malai total, jumlah trikoma, aromatik dan umur panen
Kelompok kedua terdiri dari 13 genotip yaitu #5, #3, #14, #8, #1,#6, #4,CAKA41,
#18, #7, #2, #9, IP158-5 yang menunjukkan bahwa genotip-genotip tersebut memiliki
hubungan yang erat, dan ditandai dengan kemiripan pada karakter umur bunting, umur keluar
malai, umur berbunga dan umur panen. Selain itu terdapat juga kemiripan pada panjang
malai, bobot bulir per malai, bobot 100 bulir dan aromatik.
Kelompok ketiga terdiri dari 10 genotip yaitu #27, #12, #21, #22, #13, #24, #19, #11,
#20, #23 yang menunjukkan bahwa kemiripan tertinggi pada karakter umur bunting, umur
panen, umur berbunga, diikuti oleh panjang malai, aromatik dan jumlah trikoma. tinggi
tanaman, jumlah anakan total, dan bobot 100 bulir. Dan kelompok keempat terdiri dari 1
genotip yaitu #28. Genotip ini berada dalam kluster yang terpisah dengan genotip hasil
piramidisasi lainnya, oleh karena itu dalam melakukan persilangan genotip ini, dapat
dijadikan salah satu tetua dan dapat disilangkan dengan genotip lain yang memiliki jarak
genetik yang jauh. Salah satu karakter yang khas dari genotip #28 adalah memiliki anak total
terbanyak yaitu 111 batang/rumpun. Pengelompokan pada penelitian ini didasarkan pada data-
data karakter kuantitatif. Menurut Satoto dan Suprihatno (1998) serta Nghia et al. (1999) sifat
kuantitatif yang diamati secara visual dipengaruhi oleh lingkungan, dan masing-masing
genotip mempunyai respon yang berbeda terhadap daya dukung lingkungan. Sehingga
penggunaan karakter yang lebih banyak dapat mencerminkan kemiripan antar genotip.

KESIMPULAN DAN SARAN

Kesimpulan
1. Piramidisasi dapat menggabungkan beberapa karakter ke dalam satu genotip baru unggul.
2. Berdasarkan dendogram marka molekuler, pada tingkat kemiripan 0,60 terbentuk tiga
kelompok.
3. Berdasarkan dendogram marka fenotipik, pada tingkat kemiripan 0,955 terbentuk empat
kelompok

DAFTAR PUSTAKA

Bahagiawati. 2012. Kontribusi teknologi marka molekuler dalam pengendalian wereng

cokelat. Pengembangan Inovasi Pertanian 5:1–18.
Balai Besar Penelitian Tanaman Padi. 2011. Deskripsi Varietas Padi. Badan Penelitian dan
Pengembangan Pertanian. Kementerian Pertanian.
Collard, B.C.Y. and D.J. Mackill, 2010. Marker-assisted selection: an approach for precision
of plant breeding in the twenty-first century. Phil Trans. R. Soc. B 363:557-572.
Doyle, J.J. and J.L. Doyle. 1987. Isolation of plant DNA from fresh tissues. Focus 12 :
13-15.
Francis, D.M., H.L. Merk and D.N. Covert. 2013. Gene pyramiding using molecular markers.
United Stated. The Ohio State University and University of Nebraska-Linconl. Melalui
http://www.extension.org/. [24/04/2016].
IBPGRI-IRRI Rice Advisory Committee. 1980. Descriptors for Rice (Oryza sativa. L).
International Rice Research Institute and International Board for Plant Genetic
Resources. Philippines. 21 p.
IRRI. 2009. The Quality Characteristic of Milled Rice are Classified Both Physically and
Chemically. http://www.knowledgebank.irri.org/rkb/index.php/quality-characteristics-
of-milled-rice [24/04/2016].
Lan, W., and W. Chao. 2011. Application of molecular marker assisted selection in gene
pyramiding and selection of new cultivars. Journal of Northeast Agricultural
University 18(1) : 7984.
Mattjik, A.A., dan I.M Sumertajaya. 2006. Perancangan percobaan dengan Aplikasi SAS dan
Minitab Edisi ke-2. IPB Press. Bogor
Prayoga, G.I. 2013. Analisis karakter fisiologis tetua dan aplikasi marker assisted selection
(MAS) pada generasi padi F2 dalam perakitan kultivar padi harapan tahan wereng
cokelat. Tesis. Tidak Dipublikasikan.
Santoso, S. 2002. Buku Latihan SPSS Statistik Multivariat. Elex Media Komputindo. Jakarta.
342p.
Sood, B.C. and E.A. Siddiq. 1978. A rapid technique for scent determination in rice. Indian J
Genet Plant Breed 38 : 117-124