VOLUME 6 NOMOR 2 DESEMBER 2019 ISSN 2548 – 611X

JURNAL
BIOTEKNOLOGI & BIOSAINS INDONESIA

Homepage Jurnal: http://ejurnal.bppt.go.id/index.php/JBBI

KERAGAMAN MORFOLOGI DAN MOLEKULER UBI KAYU

(Manihot esculenta Crantz) HASIL PERBANYAKAN IN VITRO

Morphological and Molecular Diversity of Cassava (Manihot esculenta Crantz)

Resulted from In Vitro Propagation

Fajri Hartanti1, Miftahudin2, N Sri Hartati3*

1
Biologi Tumbuhan, Departmen Biologi, Institut Pertanian Bogor, Bogor, Indonesia
2
Departmen Biologi, Fakultas Matematika dan Sains, Institut Pertanian Bogor, Bogor, Indonesia
3
Pusat Penelitian Bioteknologi, Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia, Bogor, Indonesia
Email: hartati12@yahoo.com

ABSTRACT
In vitro propagation of cassava (Manihot esculenta Crantz) on medium containing plant growth
regulator (PGR) may induce morphological variation. This study aimed to analyze the
morphological and genetic diversity of 13 genotypes of cassava resulted from in vitro
propagation and stem cuttings based on 11 vegetative characters and 7 ISSR markers.
Morphological and genetic characters were scored and used for clustering using NTSYS-pc
2.11a. Roti control and Adira 4 control genotypes that were in vitro propagated without PGR
addition showed different morphological characters with Roti variant and FEC-25 genotypes
that were in vitro propagated with the addition of PGR. Morphological and molecular
characters of 13 genotypes showed high diversity. Clustering analysis based on morphological
characters classified the in vitro propagated and control plants into four groups at 45.6%
similarity. Clustering analysis based on molecular characters classified the plants into three
groups at 66.0% similarity.

Keywords: cassava, diversity, in vitro, ISSR, morphology

ABSTRAK
Perbanyakan tanaman ubi kayu (Manihot esculenta Crantz) secara in vitro menggunakan zat
pengatur tumbuh (ZPT) diyakini dapat menginduksi variasi morfologi. Tujuan dari penelitian ini
adalah untuk menganalisis keragaman morfologi dan molekuler dari 13 genotipe ubi kayu hasil
perbanyakan in vitro dan perbanyakan dengan stek batang berdasarkan 11 karakter vegetatif dan
7 penanda ISSR. Karakter morfologi dan molekuler diskor untuk analisis kelompok menggunakan
program NTSYS-pc 2.11a. Genotipe Roti kontrol dan Adira 4 kontrol yang merupakan hasil
perbanyakan in vitro tanpa penambahan ZPT menunjukkan perbedaan variasi morfologi dengan
genotipe Roti varian dan FEC-25 yang merupakan tanaman hasil perbanyakan dengan
penambahan ZPT. Hasil analisis pada 13 genotipe menunjukkan adanya keragaman yang tinggi.
Hasil analisis kelompok berdasarkan penanda morfologi memisahkan antara genotipe hasil
perbanyakan secara in vitro yang ditambah ZPT dengan tanaman kontrolnya ke dalam 4 kelompok
dengan nilai koefisen similaritas 45,6%. Hasil analisis kelompok berdasarkan penanda molekuler
memisahkan antara genotipe hasil perbanyakan secara in vitro yang ditambah ZPT dengan
tanaman kontrolnya ke dalam 3 kelompok dengan nilai koefisen similaritas 66,0%.

Kata Kunci: in vitro, ISSR, keragaman, morfologi, ubi kayu

Received: 26 September 2018 Accepted: 26 September 2019 Published: 31 January 2020

288

PENDAHULUAN
Ubi kayu (Manihot esculenta Crantz)
merupakan bahan makanan pokok nomor
tiga setelah padi dan jagung. Bagian
tanaman ubi kayu yang dimanfaatkan
sebagai bahan makanan adalah umbinya.
Umbi ubi kayu memiliki nilai nutrisi berupa
karbohidrat, protein, lemak, Fe, Zn, natrium,
kalium, magnesium (Oluwaniyi dan Oladipo
2017), dan beta karoten (Adetoro et al.
2018; Hartati et al. 2012). Selain
dimanfaatkan sebagai bahan makanan, ubi
kayu dapat pula digunakan sebagai bahan
baku pembuatan bioetanol dan sebagai
pakan ternak (Ademiluyi dan Mepba 2013;
Wanapat dan Kang 2015). Konsumsi dan
pemanfaatan ubi kayu yang cukup banyak
menyebabkan tanaman ini banyak
dibudidayakan di berbagai daerah,
diantaranya Lampung, Jawa Tengah, Jawa
Timur, dan Jawa Barat (BPS 2016).
Perbanyakan ubi kayu yang dilakukan
secara generatif menggunakan biji mampu
menghasilkan variasi genetik yang tinggi,
tetapi umumnya perbanyakan tanaman ubi
kayu dilakukan secara vegetatif
menggunakan stek batang (Shigaki 2016).
Perbanyakan tanaman secara vegetatif
lainnya dapat dilakukan melalui teknik kultur
in vitro. Teknik perbanyakan secara in vitro
telah digunakan pada ubi kayu
menggunakan media Murashige dan Skoog
(MS) dengan penambahan beberapa zat
pengatur tumbuh (ZPT) (Khumaida dan
Fauzi 2013) dan media MS tanpa ZPT
dengan modifikasi jenis pemadat juga telah
dicoba pada ubi kayu (Priadi et al. 2008).
Zat pengatur tumbuh 2,4-
Dichlorophenoxyacetic acid (2,4-D) telah
banyak digunakan dalam beberapa studi
untuk melihat adanya variasi pada
tanaman. Contohnya antara lain
pemberian ZPT 2,4-D dengan konsentrasi
1, 2, dan 4 mg/L diberikan pada tanaman
kentang varietas Cardinal, Diamant, dan
Asterix yang dikoleksi pada Tuber Crops
Research Centre (TCRC), Bangladesh
Agricultural Research Institute (BARI) di
Gazipur, Bangladesh. Ketiga konsentrasi
2,4-D yang diberikan mampu
menumbuhkan kalus pada semua varietas
kentang, namun hanya 4 mg/L 2,4-D yang
menunjukkan adanya variasi pada
pertumbuhan kalus (Hoque dan Morshad
J Bioteknol Biosains Indones – Vol 6 No 2 Thn 2019
2014). Pada penelitian lain yang telah
dilakukan, perbanyakan bibit ubi kayu
secara in vitro pada media MS ditambah
dengan 0,5 mg/L Benzyl Amino Purin
(BAP) pada genotipe Roti dan hasilnya
menunjukkan adanya variasi morfologi.
Perubahan morfologi pada planlet kultur in
vitro terjadi sampai subkultur ke-9.
Perbedaan yang secara signifikan mudah
terlihat adalah warna tangkai daun yang
berbeda dengan tanaman asal. Tanaman
hasil kultur in vitro yang memiliki variasi
morfologi selanjutnya disebut sebagai Roti
varian (Hartati et al. 2012). Genotipe lain
telah dicoba, adalah Adira 4 yang memiliki
morfologi berbeda setelah disubkultur
beberapa kali dalam media MS yang
ditambah dengan 0,5 mg/L Picloram.
Tanaman ubi kayu Adira 4 yang memiliki
morfologi yang berbeda dengan tanaman
asalnya selanjutnya disebut FEC-25
(Fitriani et al. 2014).
Munculnya variasi pada tanaman ubi
kayu hasil perbanyakan secara in vitro
dengan penambahan ZPT diduga dapat
menambah variasi keragaman sumber
daya genetik yang bermanfaat dalam
upaya perakitan varietas baru.
Selanjutnya, perlu dilakukan evaluasi
morfologi dan molekuler tanaman hasil
perbanyakan in vitro di lapang. Salah satu
upaya untuk mengetahui keragaman
morfologi adalah dengan melakukan
deskripsi dan karakterisasi terhadap
tanaman hasil perbanyakan in vitro.
Pengkajian keragaman lebih lanjut dapat
dilakukan dengan penanda molekuler.
Beberapa penanda molekuler seperti
RAPD (Randomly Amplified Polymorphism
DNA) (Mahmood et al. 2010), ISSR (Inter
Simple Sequence Repeat) (Vidal et al.
2015), SSR (Simple Sequence Repeat)
(Khan et al 2012) telah digunakan untuk
mendeteksi dan mengidentifikasi
keragaman genetik yang berpotensi variasi
somaklonal pada tanaman hasil
mikropropagasi.
Hasil analisis deskripsi, karakterisasi,
dan pengelompokan genotipe dapat
digunakan sebagai data dasar untuk
membantu pengembangan koleksi inti dan
plasma nutfah yang selanjutnya akan
membantu program pengembangan
varietas dan perakitan varietas baru
berdasarkan sifat unggul yang ditentukan.
289
Keragaman Morfologi dan Molekuler Ubi Kayu... Hartanti et al.

Tabel 1. Nama dan asal daerah 13 genotipe ubi kayu

Genotipe/Simbol
No. Asal Daerah/Koleksi Metode Perbanyakan
tanaman /sampel
1 Adira4 (Adira4) Cibinong, Bogor Stek batang
2 Adira4 kontrol (Adirak4) Cibinong, Bogor Stek batang hasil in vitro tanpa ZPT
3 FEC-25 (FEC25) Wageningen, Belanda Stek batang hasil in vitro dengan ZPT (Picloram)
4 Roti (Roti) LIPI, Bogor Stek batang
5 Roti kontrol (Rotik) LIPI, Bogor Stek batang hasil in vitro tanpa ZPT
6 Roti varian (Rotiv) LIPI, Bogor Stek batang hasil in vitro dengan ZPT (BAP)
7 Adira1 (Adira1) Bogor Stek batang
8 Mentega1 (Ment1) Singaparna, Tasikmalaya Stek batang
9 Mentega2 (Ment2) Sariwangi, Tasikmalaya Stek batang
10 Ubi Kuning (Ubik) NTT Stek batang
11 Gebang (Gebang) Cibinong, Bogor Stek batang
12 Lombok2 (Lomb2) Lombok Stek batang
13 Iding (Iding) Nagrak, Sukabumi Stek batang

Hasil analisis deskripsi, karakterisasi, Bahan tanaman

dan pengelompokan genotipe dapat
digunakan sebagai data dasar untuk
membantu pengembangan koleksi inti dan
plasma nutfah yang selanjutnya akan
membantu program pengembangan
varietas dan perakitan varietas baru
berdasarkan sifat unggul yang ditentukan.
Tujuan dari penelitian ini adalah untuk
menganalisis keragaman morfologi dan
genetik 13 genotipe ubi kayu yang
diperbanyak dengan stek biasa dan hasil
perbanyakan secara in vitro yang
selanjutnya diharapkan dapat digunakan
untuk program pemuliaan tanaman.
BAHAN DAN METODE
Waktu dan lokasi penelitian
Penelitian dilakukan dari bulan Agustus
2014 hingga Juni 2018. Pengamatan
morfologi dilakukan di kebun plasma
nutfah, Cibinong Science Center – Botanical
Garden (CSC-BG) Pusat Penelitian
Bioteknologi, sedangkan analisis molekuler
dilakukan di Laboratorium Genetika
Molekuler dan Modifikasi Jalur Biosisntesis
Tanaman, Pusat Penelitian Bioteknologi,
Lembaga Ilmu Pengetahuan Indonesia (LIPI),
serta Laboratorium Fisiologi dan Biologi
Molekuler Tumbuhan, Departemen Biologi,
Fakultas Matematika Ilmu Pengetahuan Alam
(FMIPA), Institut Pertanian Bogor (IPB),
Bogor.
Bahan tanaman yang diperoleh dari
koleksi kebun plasma nutfah Pusat Penelitian
Bioteknologi LIPI yang digunakan berasal tiga
belas genotipe ubi kayu terdiri dari stek hasil
perbanyakan in vitro tanpa perlakuan ZPT,
stek hasil perbanyakan in vitro dengan
perlakuan ZPT 0,5 mg/L BAP dan Pikloram,
dan hasil perbanyakan dengan stek batang
sebagai pembanding (Tabel 1).
Penanaman dan karakterisasi morfologi
Analisis keragaman 13 genotipe ubi
kayu yang berasal dari berbagai daerah di
Indonesia dan hasil kultur in vitro ditanam di
kebun Koleksi Plasma Nutfah Pusat
Penelitian (Puslit) Bioteknologi – LIPI,
Cibinong Science Center (CSC) – Botanical
Garden (CSC-BG) (Tabel 1). Penanaman
untuk evaluasi morfologi di lapang dilakukan
pada tahun 2014. Sumber bibit yang
digunakan berupa batang tanaman dewasa
berukuran ±5 cm sebagai sumber stek yang
sebelumnya ditanam di kebun pembibitan.
Jarak tanam adalah 80 × 100 cm. Jumlah
tanaman yang dianalisis sebanyak 4 tanaman
untuk setiap genotipe yang diambil dari 4 blok
berbeda.
Karakterisasi morfologi dilakukan
berdasarkan Panduan Pengujian Individual
Kebaruan, Keunikan, Keseragaman, dan
Kestabilan Ubi Kayu Kementerian Pertanian
(PPVT 2007) dengan sebelas karakter
morfologi (Tabel 2).

290
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 6 No 2 Thn 2019

Tabel 2. Karakter morfologi yang digunakan untuk kontaminasi protein dan konsentrasinya diuji
identifikasi keragaman 13 genotipe ubi kayu menggunakan nanospektrofotometer
(Genequant 1300) yang diukur dengan
Jenis Karakter
No.
Morfologi
Jenis Variasi perbandingan panjang gelombang 260/280
1 Sudut cabang 1) 0º, nm (λ260/ λ280).
2) < 25º,
3) 35–50º, Amplifikasi polimorfisme ISSR
4) > 65º Sampel DNA hasil isolasi kemudian
2 Warna batang 1) Hijau abu, diamplifikasi menggunakan 7 primer ISSR
bagian bawah 2) Abu-abu,
3) Cokelat terang, (Tabel 3). Total volume reaksi amplifikasi
4) Cokelat kekuningan, DNA adalah 13 µL, dengan rincian 6 µL
5) Silver Thermo Scientific DreamTaq green PCR
3 Bentuk lobus 1) Lanset, master Mix (2×), 6 µL ddH2O, 2 µL primer 1
2) Lanset eliptik,
3) Pendurate
µM, dan 3 µL dari 50 ng sampel DNA. Reaksi
4 Jumlah lobus 1) 5 lobus, amplifikasi dengan kondisi sbb: predenaturasi
2) 7 lobus, pada 94ºC selama 5 menit, diikuti 35 siklus,
3) 9 lobus denaturasi pada 94ºC selama 30 detik,
5 Warna tulang 1) Hijau kekuningan, annealing hasil optimasi pada suhu 45,7–
daun bagian atas 2) Merah muda,
3) Merah
49,7ºC selama 45 detik; ekstensi pada 72ºC
6 Warna tangkai 1) Hijau, selama 45 detik; dan ekstensi akhir pada
daun bagian atas 2) Hijau muda, 72ºC selama 5 menit, terminasi pada suhu
di batang bagian 3) Merah dengan warna 15ºC selama 5 menit. Alat yang digunakan
atas hijau dekat batang, untuk mengamplifikasi DNA 13 genotipe ubi
4) Merah,
5) Hijau dengan spot
kayu adalah PCR ESCO SwiftTM Maxi model
merah ditangkai tengah, SWT-MY-BLC-7 (Korea). Produk PCR
6) Hijau kekuningan, selanjutnya dielektroforesis dan
7) Merah semburat kuning, divisualisasikan pada UV-transiluminator
8) Hijau dengan merah
(Wisedoc Germany).
keunguan dekat daun
7 Warna tangkai 1) Hijau,
daun bagian 2) Hijau kemerahan, Analisis data
bawah di batang 3) Hijau muda, Hasil karakterisasi morfologi dan
bagian tengah 4) Merah, molekuler berdasarkan penanda ISSR diskor
5) Hijau kekuningan, untuk analisis keragaman genetik dan
6) Merah kekuningan
analisis kelompok. Perhitungan nilai
8 Warna kulit 1) Krem,
luar umbi 2) Cokelat terang,
similaritas dihitung berdasarkan koefisien
3) Cokelat gelap kemiripan data kualitatif. Nilai similaritas
9 Warna lapisan 1) Pink, digunakan untuk mengkonstruksi dendogram
kortek umbi 2) Krem berdasarkan unweighted pair group method
10 Warna 1) Putih, with arithmetic mean (UPGMA)
daging umbi 2) Agak kuning, menggunakan program NTSYS-pc 2.11a,
3) Kuning sedangkan diagram analisis komponen
11 Jumlah 1) Tidak ada,
lekukan umbi 2) Sedikit,
utama (PCA) menggunakan Past3.
3) Sedang,
4) Banyak HASIL DAN PEMBAHASAN

Analisis kualitatif dan kuantitatif DNA
Isolasi DNA dilakukan menggunakan
metode cetyltrimethylammonium bromide
(CTAB). Pengujian kualitatif dilakukan
dengan memvisualisasikan pada agarosa 1%
yang ditambah dengan 5 µL peqgreen
kemudian dielektroforesis pada tangki berisi
Tris base EDTA (TBE) selama 55 menit pada
100 V. Selanjutnya, divisualisasikan pada
geldoc. Rasio kemurnian DNA terhadap
Tiga variasi bentuk lobus daun yang
ditemukan pada 13 genotipe ubi kayu yang
diamati, adalah lanset, lanset eliptik, dan
pendurate. Variasi bentuk lobus daun yang
paling berbeda ditemui pada genotipe
Gebang dengan bentuk pendurate,
sedangkan genotipe lainnya berbentuk lanset
hingga lanset eliptik. Tiga variasi warna pada
warna tulang daun bagian atas, yaitu hijau
kekuningan, merah muda, dan merah.

291
Keragaman Morfologi dan Molekuler Ubi Kayu... Hartanti et al.

Tabel 3. Urutan sekuen DNA primer terpilih yang menghasilkan produk PCR polimorfik

Sekuen Primer (5’-3’) Annealing (ºC) Ukuran Fragmen JP JPP PPP %

(GA)9T 48,7 750–1625 6 3 50,0

(CT)8T 48,7 500–1400 5 4 80,0

(GT)8T 48,7 675–1700 6 2 33,3

(AG)8T 45,7 500–1000 4 2 50,0

(AG)8C 45,7 675–1400 5 4 80,0

(AC)8T 45,7 450–1100 4 3 80,0

(AC)8YA 49,7 250–1300 5 3 60,0

Total 35 21 433,33
Rata-rata 5 3 62

Keterangan:
Genotipe JP= Jumlahmemiliki
yang Pita, JPP= Jumlah
warnaPita Polimorfik,
hijau
kekuningan pada tulang daun bagian atas,
adalah Adira 4, Adira 4 kontrol, Roti, Roti
kontrol. Genotipe dengan warna merah muda
pada tulang daun bagian atas ditemukan
pada FEC-25. Genotipe dengan warna merah
pada tulang daun bagian atas, adalah
Mentega 2, Adira 1, Ubi kuning, dan Lombok
2. Empat genotipe lainnya, yaitu Roti varian,
Gebang, Iding, dan Mentega 1 memiliki
warna tulang daun bagian atas merah muda
dan merah.
Variasi karakter tangkai daun terdapat
pada warna tangkai daun bagian atas di
batang bagian atas dan warna tangkai daun
bagian bawah di batang bagian tengah
(Gambar 1). Berdasarkan hasil pengamatan
warna tangkai daun bagian atas di batang
bagian atas berbeda dengan warna tangkai
daun pada bagian yang lainnya. Hal ini
disebabkan pada tangkai daun di batang
bagian atas belum dewasa, masih ada
perubahan warna. Warna tangkai daun yang
bervariasi dapat dijadikan sebagai pembeda
antar genotipe (Laila et al. 2015). Perbedaan
warna tangkai daun bagian atas di batang
bagian atas salah satunya ditemui pada
genotipe Roti varian dengan warna tangkai
daun merah kehijauan, sedangkan genotipe
Roti kontrol berwarna hijau muda.
Sudut pada batang yang memiliki
cabang bervariasi antara 36-70 derajat.
Genotipe Roti kontrol, FEC-25, Adira 1,
Mentega 1, dan Mentega 2 memiliki tipe
percabangan satu dan dua, sehingga
genotipe tersebut ada yang memiliki sudut
cabang dan ada yang tidak. Variasi warna
terdapat pada batang bagian bawah (Gambar
PPP= Persentase
1). Variasi Pita Polimorfik
warna batang bagian bawah pada
genotipe FEC-25, Roti kontrol, Roti, Roti
varian, Ubi kuning, Mentega 1, Mentega 2,
Lombok 2, dan Gebang adalah cokelat
terang. Genotipe Adira 1 memiliki warna
batang bagian bawah cokelat kekuningan.
Genotipe Iding memiliki warna batang bagian
bawah berwarna silver. Genotipe Adira 4 dan
Adira 4 kontrol memiliki batang bagian bawah
berwarna hijau abu-abu dan beberapa
berwarna abu-abu.
Permukaan kulit luar umbi pada
genotipe Adira 4, Roti kontrol, Roti varian,
Adira 4 kontrol, Adira 1, Lombok 2, Gebang
berwarna cokelat gelap, sedangkan genotipe
FEC-25, Ubi kuning, Roti, Mentega 1, Iding,
dan genotipe Mentega 2 berwarna krem.
Variasi warna lapisan kortek yang
teridentifikasi adalah pink dan krem. Lapisan
kortek berwarna pink terdapat pada genotipe
Adira 4, Adira 4 kontrol, Iding, sedangkan
genotipe lainnya memiliki lapisan kortek
berwarna krem. Pengamatan terhadap warna
daging umbi menunjukkan bahwa terdapat 3
variasi warna, yaitu putih, agak kuning, dan
kuning (Gambar 1).
Keragaman ubi kayu yang
teridentifikasi pada 13 genotipe yang diuji
menunjukkan adanya variasi morfologi.
Varasi morfologi juga ditemukan pada 181
aksesi ubi kayu yang berasal dari seluruh
pulau di Indonesia yang di identifikasi
berdasarkan 19 karakter morfologi (Laila et
al. 2015). Lebih lanjut Derso dan Mahmud
(2018) melaporkan adanya variasi warna
pada daun, tangkai daun, ujung daun, dan
permukaan kulit luar batang yang ditemukan
pada empat varietas ubi kayu di Ethiopia.

292
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 6 No 2 Thn 2019

Genotip

Genotip
Karakter Karakter
e

e
Warna Warna Warna Warna Warna Warna
Tangkai Batang Umbi Tangkai Batang Umbi
Adira-4

Adira-1
Adira-4 kontrol

Mentega-2
Ubi kuning
FEC-25

Gebang
Roti
Roti-kontrol

Lombok-2
Roti-varian

Iding

Karakter warna tangkai daun juga menjadi

Mentega-1

karakter penting dalam membedakan antar

43 aksesi ubi kayu koleksi plasma nutfah di
Ghana (Asare et al. 2011) dan digunakan
sebagai karakter spesifik yang dapat
membedakan 11 genotipe ubi kayu
(Sudarmonowati et al. 2008). Sedangkan
Gambar 1. Variasi morfologi 13 genotipe ubi kayu hasil
in vitro dan kontrol
hasil penelitian Zago et al. (2017) 37 dari 38

293
Keragaman Morfologi dan Molekuler Ubi Kayu... Hartanti et al.
penanda morfologi yang digunakan untuk
menganalisis aksesi ubi kayu di State of Mato
Grosso, Brazil menunjukan variasi.
Pengamatan terhadap variasi morfologi
ubi kayu hasil perbanyakan in vitro pada
genotipe Roti kontrol, Roti varian, Adira 4
kontrol, dan FEC-25 telah dilakukan pada
penanaman pertama oleh peneliti di
Laboratorium Genetika Molekuler dan
Modifikasi Jalur Biosintesis Tanaman, Pusat
Penelitian Bioteknologi, LIPI (Fitriani et al.
2014). Hasil pengamatan morfologi ke-4
genotipe pada penanaman kedua secara
3
Gambar 2. Dendogram 13 genotipe ubi kayu hasil in vitro dan kontrol berdasarkan 11 karakter morfologi yang
dikonstruksi menggunakan UPGMA-NTSYS 2.11a
294
umum sama dengan hasil pengamatan yang
telah dilakukan pada musim tanam pertama.
Hal ini menunjukkan bahwa variasi yang
ditimbulkan akibat pemberian ZPT stabil pada
2 periode penanaman menggunakan stek
batang.
Analisis kelompok 13 genotipe ubi kayu
Hubungan kemiripan pada 13 genotipe
berdasarkan 11 karakter morfologi memiliki
nilai koefisien similaritas 36–100%.
Dendogram menunjukkan 4 kelompok utama
memiliki nilai koefisen similaritas 45,6%
|
 J Bioteknol Biosains Indones – Vol 6 No 2 Thn 2019

(Gambar 2). Kelompok 1 terdiri atas 4
genotipe dan satu tanaman dari roti varian.
Kelompok 2 terdiri atas 5 genotipe (FEC-25,
Mentega 1, Mentega 2, Ubi kuning, Lombok
2). Kelompok 3 terdiri atas 2 genotipe (Adira
1 dan Gebang). Kelompok 4 terdiri atas
genotipe Iding dan 3 tanaman dari genotipe
Roti varian.
Hasil analisis dendogram menunjukkan
bahwa genotipe FEC-25 (Kelompok 2)
terpisah dengan genotipe Adira 4 ataupun
Adira 4 kontrol (kelompok 1). Hal yang sama
terjadi pada genotipe Roti varian (kelompok

Gambar 3. PCA 13 genotipe ubi kayu hasil in vitro dan kontrol berdasarkan 11 karakter morfologi yang dikonstruksi
menggunakan Past3. A: Sudut cabang, B: Warna batang bagian bawah, C: Bentuk lobus, D: Jumlah lobus,
E: Warna tulang daun bagian atas, F: Warna tangkai daun bagian atas di batang bagian atas, G: Warna
tangkai daun bagian bawah di batang bagian tengah, H: Warna kulit luar umbi, I: Warna lapisan korteks
umbi, J: Warna daging umbi, K: Jumlah lekukan umbi

Adira 4 kontrol Adira 4 FEC-25 Roti Roti varian Ubi kuning

1620 pb 1100 pb—

1400 pb 750 pb—
1000 pb 675 pb—
750 pb 450 pb—

Roti kontrol Roti Roti varian

Mentega 2 Mentega 1 Adira 1
1620 pb 1100 pb—
1400 pb 750 pb—
1000 pb 675 pb—
750 pb 450 pb—

(a) (b)

Gambar 4. Profil pita DNA hasil amplifikasi dengan primer (GA)9T (a) dan (AC)8T (b) pada 6 genotipe ubi kayu hasil
perbanyakan secara in vitro

295
Keragaman Morfologi dan Molekuler Ubi Kayu... Hartanti et al.

4) yang terpisah dengan genotipe Roti kontrol
dan Roti (kelompok 1). Hasil ini dapat terjadi
karena adanya perbedaan karakter kualitatif
pada daun, batang, dan umbi. Genotipe FEC-
25 dan Roti varian berbeda secara morfologi
dengan tanaman asalnya. Secara morfologi
genotipe FEC-25 berbeda dengan genotipe
Adira 4 kontrol disebabkan karena karakter
warna batang bagian bawah, warna kulit luar
umbi, dan warna lapisan kortek. Genotipe
Roti varian berbeda dengan genotipe Roti
kontrol disebabkan karena perbedaan pada
karakter warna tangkai daun dan warna
permukaan atas tulang daun. Persamaan
karakter antara genotipe FEC-25 dengan
genotipe Roti kontrol dan Roti adalah karakter
bentuk lobus.
Berdasarkan hasil dendogram,
pengelompokan genotipe ubi kayu tidak
dipengaruhi oleh asal daerah, karena tidak
adanya relevansi dan konsistensi. Genotipe
yang berasal dari Bogor, seperti Adira 4,
Adira 1, dan Gebang tidak terdapat dalam
satu kelompok yang sama, sedangkan

Koefisien similaritas

Gambar 5. Dendogram 13 genotipe ubi kayu hasil in vitro dan kontrol berdasarkan 7 primer ISSR yang dikonstruksi
menggunakan UPGMA-NTSYS 2.11a

296

genotipe Mentega 1 dan Mentega 2 berasal
dari daerah Tasikmalaya terdapat dalam
kelompok yang sama.
Hasil analisis kelompok pada 13
genotipe berdasarkan penanda morfologi
menunjukkan rentang nilai similaritas yang
luas 36–100% (Gambar 2). Rentang nilai
similaritas luas juga terdapat pada beberapa
hasil penelitian yang telah dilakukan
sebelumnya, yaitu nilai koefisien similaritas
0,87–1,00 pada 93 aksesi ubi kayu dari
Malawi yang dikarakterisasi dengan 12
karakter (Benesi et al. 2010) . Sedangkan
studi keragaman genetik dan jarak genetik
pada ubi kayu di Indonesia yang berpotensi
sebagai bahan makanan, industri dan biofuel
berdasarkan karakter morfologi memiliki nilai
variasi setinggi 49,82% (Laila et al. 2015).
Hasil penelitian lainnya menyatakan bahwa
nilai koefisien disimilaritas Euclidean pada 43
aksesi ubi kayu plasma nutfah di Ghana
berkisar antara 0,00–0,43 yang diidentifikasi
berdasarkan 19 karakter morfologi (Asare et
al. 2011), lebih lanjut nilai koefisien
disimilaritas pada 11 genotipe ubi kayu yang
dianalisis berdasarkan 6 karakter morfologi
berkisar antara 0,00–0,25 (Sudarmonowati et
al. 2008).
Hasil analisis PCA membagi 13
genotipe ubi kayu dengan nilai PC 1 dan PC
2 berturut-turut sebesar 26,82 dan 16,22%
(Gambar 3). Diagram PCA berdasarkan 11
ciri morfologi yang telah diamati pada 13
genotipe ubi kayu menunjukkan bahwa
keseluruhan genotipe masih mengelompok
seperti yang digambarkan dendrogram.
Eigen value menunjukkan rasio antara variasi
yang dapat dijelaskan dan tidak dijelaskan
dalam model.
Perubahan atau variasi morfologi pada
genotipe Roti varian dan FEC-25 yang
terinduksi oleh penggunaan ZPT diharapkan
berkorelasi positif terhadap peningkatan daya
hasil, mutu, dan produksinya. Namun,
diperlukan evaluasi dan pengamatan lebih
lanjut untuk memastikannya. Potensi variasi
morfologi perlu dilestarikan sebagai sumber
keragaman genetik yang dapat digunakan
dalam dasar perbaikan tanaman ubi kayu.
Polimorfisme marka ISSR
Lima belas primer ISSR telah
digunakan untuk kajian polimorfisme marka
ISSR pada 13 genotipe ubi kayu dan
diperoleh 7 primer ISSR yang menghasilkan
J Bioteknol Biosains Indones – Vol 6 No 2 Thn 2019
pita polimorf dengan kisaran ukuran 250–
1700 pb (Tabel 3). Keragaman genetika pada
ubi kayu telah dievaluasi pada 13 genotipe
dengan 7 primer ISSR menghasilkan pola
pita yang cukup jelas dan berukuran 250–
1700 pb dengan jumlah pita bervariasi dari 4
hingga 6 pita DNA untuk setiap jenis (Gambar
4). Hasil penelitian lainnya menunjukkan
bahwa 17 jenis tanaman ubi kayu yang
ditanam oleh petani di Mato Groso State
Utara, Brazil menggunakan 15 primer ISSR
menghasilkan pola pita dengan jumlah pita
bervariasi 5 – 12 pita DNA untuk setiap
jenisnya (Tiago et al. 2016).
Secara genetik apabila dibandingkan
pola pita yang terbentuk, tanaman hasil
perbanyakan in vitro memiliki perbedaan
dengan tanaman kontrolnya. Hasil amplifikasi
DNA dengan primer ISSR (GA)9T pada
genotipe roti varian memiliki pola pita
berbeda dengan genotipe kontrolnya pada
ukuran 1400 pb (Gambar 4a) dan ukuran 750
pb berdasarkan primer ISSR (AC)8T pada
ukuran 750 pb (Gambar 4b).
Penggunaan penanda molekuler telah
digunakan untuk mengetahui keragaman
secara cepat dan efisien. Penanda molekuler
mikrosatelit telah digunakan untuk
mengetahui keragaman genotipe ubi kayu
koleksi Brazil (Mezette et al. 2013), , koleksi
Puerto Rico (Rojas et al. 2011), dan untuk
mengetahui stabilitas tanaman ubi kayu hasil
perbanyakan organogenesis (Osena et al.
2017). Lebih lanjut penanda molekuler ISSR
juga telah digunakan untuk mengetahui
tingkat keragaman tanaman ubi kayu hasil
mikropropagasi (Vidal et al. 2015). Penanda
molekuler ISSR lebih spesifik dapat
digunakan untuk menentukkan diversitas
genetik pada populasi ubi kayu di Angola
(Afonso et al. 2019). Penanda ISSR juga
dapat digunakan untuk mengetahui
hubungan antara karakter morfologi dengan
agronomi ubi kayu aksesi Congolese untuk
program pembibitan (Mamba-Mbayi et al.
2014).
Keragaman genetik
Hubungan kemiripan pada 13 genotipe
berdasarkan 7 penanda ISSR memiliki nilai
koefisien similaritas 55–100%. Dendogram
menunjukkan 3 kelompok utama memiliki
nilai koefisen similaritas 66% (Gambar 5). Hal
ini menunjukkan bahwa dendogram yang
terbentuk bersesuaian dengan PCA dengan
297
Keragaman Morfologi dan Molekuler Ubi Kayu... Hartanti et al.

jumlah kelompok 3. Hasil analisis PCA
berdasarkan nilai Eigen value membagi 13
genotipe ubi kayu dengan nilai PC 1 sebesar
48,09% dan PC 2 sebesar 9,91% mendukung
hasil dendrogram. Hasil pengelompokan PCA
yang terbentuk terdiri dari tiga, yaitu
kelompok 1 (12 genotipe selain yang tertera
pada kelompok 2 dan 3), kelompok 2
(genotipe Iding), dan kelompok 3 (1 tanaman
dari genotipe FEC-25, Adira 4 kontrol,
Mentega 1, dan Lombok 2) (Gambar 6).
Hasil analisis dendogram menunjukkan
persentase koefisien similaritas dengan
rentang 55–100% (Gambar 5). Hasil analisis
dendogram tersebut menunjukkan bahwa
genotipe hasil perbanyakan in vitro tidak
semua sampelnya terdapat dalam satu
kelompok. Hal ini menunjukkan bahwa
genotipe hasil perbanyakan in vitro memiliki
variasi secara genetik. Namun, harus diuji
kestabilan dan pada sampel tanaman dan
jumlah penanda yang lebih banyak, karena
penelitian sebelumnya menyatakan bahwa
tanaman ubi kayu hasil organogenesis yang
diamplifikasi menggunakan penanda
molekuler mikrosatelit memiliki pola pita
monomorfik dan memiliki nilai kesamaan
genetik yang tinggi, yaitu 95–100% (Osena et
al. 2017).
KESIMPULAN
Ubi kayu genotipe Roti varian dan FEC-
25 hasil perbanyakan secara in vitro dengan
penambahan ZPT maupun tanaman hasil
perbanyakan secara vegetatif dengan stek
batang memiliki variasi morfologi dan variasi
genetik. Variasi morfologi yang tinggi ditandai
dengan besarnya rentang nilai koefisien
similaritas pada 13 genotipe (36–100%) dan

Gambar 6. PCA 13 genotipe ubi kayu hasil in vitro dan kontrol berdasarkan 7 primer ISSR yang dikonstruksi
menggunakan Past3. A: ISSR (GA)9T 500 pb, B: ISSR (GA)9T 750 pb, C: ISSR (GA)9T 875 pb, D:
ISSR (GA)9T 1000 pb, E: ISSR (GA)9T 1200 pb, F: ISSR (GA)9T 1300 pb, G: ISSR (GA)9T 1400 pb,
H: ISSR (GA)9T 1625 pb, I: ISSR (CT)8T 500 pb, J: ISSR (CT)8T 1000 pb, K: ISSR (CT)8T 1100 pb,
L: ISSR (CT)8T 1300 pb, M: ISSR (CT)8T 1400 pb, N: ISSR (GT)8T 675 pb, O: ISSR (GT)8T 750
pb, P: ISSR (GT)8T 1000 pb, Q: ISSR (GT)8T 1400 pb, R: ISSR (GT)8T 1500 pb, S: ISSR (GT)8T
1625 pb, T: ISSR (GT)8T 2000 pb, U: ISSR (AG)8T 500 pb, V: ISSR (AG)8T 600 pb, W: ISSR (AG)8T
875 pb, X: ISSR (AG)8T 1000 pb, Y: ISSR (AG)8C 675 pb, Z: ISSR (AG)8C 750 pb, 1: ISSR (AG)8C
1000 pb, 2: ISSR (AG)8C 1100 pb, 3: ISSR (AG)8C 1400 pb, 4: ISSR (AC)8T 450 pb, 5: ISSR (AC)8T
675 pb, 6: ISSR (AC)8T 750 pb, 7: ISSR (AC)8T 1100 pb, 8: ISSR (AC)8YA 350 pb, 9: ISSR (AC)8YA
500 pb, 10: ISSR (AC)8YA 750 pb, 11: ISSR (AC)8YA 900 pb, 12: ISSR (AC)8YA 1000 pb, 13: ISSR
(AC)8YA 1100 pb, 14: ISSR (AC)8YA 1300 pb

298

variasi genetik ditunjukkan dengan nilai
koefisien similaritas (55–100%).
UCAPAN TERIMA KASIH
Penelitian ini merupakan bagian dari
kegiatan DIPA Tematik Pusat Penelitian
Biologi LIPI tahun anggaran 2014 dan DIPA
Tematik Pusat Penelitian Bioteknologi LIPI
tahun anggaran 2015. Terima kasih
diucapkan kepada seluruh peneliti dan teknisi
Laboratorium Genetika Molekuler dan
Modifikasi Jalur Biosintesis Tanaman Pusat
Penelitian Bioteknologi, LIPI atas bantuan
teknis selama di Laboratorium serta kepada
Bapak Nanang Taryana dan Nawawi untuk
pemeliharaan tanaman di lapang. Ucapan
terima kasih juga diberikan kepada Direktorat
Jenderal Pendidikan Tinggi (DIRJEN DIKTI)
atas Beasiswa Pendidikan Pascasarjana
Dalam Negeri (BPPDN) Calon Dosen 2013.
DAFTAR PUSTAKA
Ademiluyi FT, Mepba HD (2013) Yield and
properties of ethanol biofuel produced
from different whole cassava flours.
ISRN Biotechnol:1–6. doi:
10.5402/2013/916481.
Adetoro NA, Ogunbayo SA, Akinwale MO
(2018) Evaluation of agronomic
performance of beta-carotene rich
(yellow flashed) cassava varieties in
Nigeria. J Plant Breed Crop Sci 10:273–
280. doi: 10.5897/JPBCS2018.0731
Afonso SDJ, Moreira RFC, da Silva Ledo CA,
Ferreira CF, da Silva Santos V, Muondo
PA (2019) Genetic structure of cassava
populations (Manihot esculenta Crantz.)
from Angola assessed through (ISSR)
markers. Afr J Biotechnol 18:144–154.
doi: 10.5897/AJB2018.16720
Asare PA, Galyuon IKA, Sarfo JK, Tetteh JP
(2011) Morphological and molecular
based diversity studies of some cassava
(Manihot esculenta Crantz.) germplasm
in Ghana. Afr J Biotechnol 10:13900–
13908. doi: 10.5897/AJB11.929
Benesi IRM, Labuschagne MT, Herselman L,
Mahungu N (2010) Ethnobotany,
morphology and genotyping of cassava
germplasm from Malawi. J Biol Sci 10:616–
623. doi: 10.3923/jbs.2010.616.623
BPS (2016) Luas panen ubi kayu menurut
propinsi (ha), 1993–2015. Badan Pusat
J Bioteknol Biosains Indones – Vol 6 No 2 Thn 2019
Statistik. https://www.bps.go.id/
dynamictable/2015/09/09/879/luas-
panen-ubi-kayu-menurut-provinsi-ha-
1993-2015.html. Diakses 11 Januari 2016
PPVT (2007) Panduan pengujian individual
kebaruan, keunikan, keseragaman, dan
kestabilan. Departemen Pertanian
Republik Indonesia, Jakarta
Derso C, Mahmud A (2018) Study on
morphological characters of four
cassava (Manihot esculenta Crantz)
varieties as cultivated in Fafen district,
Ethiopian Somali Regional State. Asian
J Biotechnol Bioresourc Technol doi:
10.9734/AJB2t/2018/42717
Fitriani H, Hartati NS, Sudarmonowati E,
Rahman N, Supatmi, Fatoni A (2014)
Perbanyakan bibit dan evaluasi
produksi ubi kayu varian in vitro dan
mutan hasil radiasi. Laporan Teknik,
Pusat Penelitian Biologi – LIPI
Hartati NS, Fitriani H, Supatmi,
Sudarmonowati E (2012) Karakter umbi
dan nutrisi tujuh genotip ubi kayu
(Manihot esculenta). Agricola 2:101–
111. doi: 10.35724/ag.v2i2.107
Hoque ME, Morshad MN (2014) Somaclonal
variation in potato (Solanum tuberosum
L.) using chemical mutagen. The
Agriculturists 12:15–25.
doi: 10.3329/agric.v12i1.19572
Khan FA, Afzal A, Javed MA, Iqbal Z, Iftikhar
R, Wattoo JI (2012) In vitro
regeneration, detection of somaclonal
variation and screening for mosaic virus in
sugarcane (Saccharum spp.)
somaclones. Afr J Biotechnol 11:10841–
10850. doi: 10.5897/AJB11.4073
Khumaida N, Fauzi AR (2013) Induksi tunas
ubi kayu (Manihot esculenta Crantz.)
var Adira 2 secara in vitro. J Agron
Indones 41:133–139. doi:
10.24831/jai.v41i2.7518
Laila F, Zanetta CU, Waluyo B, Amien S,
Kurniawan A (2015) Early identification
of genetic diversity and distance from
Indonesia cassava potential as food,
industrial and biofuel based on
morphological characters. Energy
Procedia 65:100–106. doi:
10.1016/j.egypro.2015.01.039
Mahmood T, Nazar N, Abbasi BH, Khan MA,
Ahmad M, Zafar M (2010) Detection of
somaclonal variation using RAPD
fingerprinting in Silybum marianum (L.).
299
Keragaman Morfologi dan Molekuler Ubi Kayu... Hartanti et al.
J Med Plant Res 4:1822–1824. doi:
10.5897/JMPR10.060
Mamba-Mbayi G, Nkongolo KK, Narendrula R,
Djim PT, Kalonji-Mbuyi A (2014)
Molecular relatedness and morpho-
agronomic charactreristics of Congolese
accessions of cassava (Manihot
esculenta Crantz) for breeding purpose.
Biotechnol J Int 4:551–565. doi:
10.9734/BBJ/2014/7423
Mezette TF, Blumer CG, Veasey EA (2013)
Morphological and molecular diversity
among cassava genotypes. Pesq
Agropec Bras 48:510–518. doi:
10.1590/S0100-204X2013000500007
Osena G, Amugune NO, Nyaboga EN (2017)
Genetic stability of cassava plants
regenerated through organogenesis using
microsatellite markers. J Plant Sci 5:19–28.
doi: 10.11648/j.jps.20170501.13
Oyenyika SA, Adeloye AA, Adesina BO,
Akinwande FF (2019) Physicochemical
properties of flour and starch from two
cassava varieties. Agrosearch 19:28–
45. doi: 10.4314/agrosh.v19i.3
Priadi D, Fitriani H, Sudarmonowati E (2008)
Pertumbuhan in vitro tunas ubi kayu
(Manihot esculenta Crantz) pada
berbagai bahan pemadat alternatif
pengganti agar. Biodiversitas 9:9–12.
doi: 10.13057/biodiv/d090103
Rojas MM, Correa AM, Siritunga D (2011)
Molecular differentiation and diversity of
cassava (M. esculenta) taken from 162
locations across Puerto Rico and
assessed with microsatellite markers. AoB
Plants:1–13. doi: 10.1093/aobpla/plr010
Shigaki T (2016) Cassava: The nature and
uses. In: Caballero B, Finglas PM,
Toldrá F (ed) Encyclopedia of food and
300
health. Academic Press, Oxford, pp
687–693. doi: 10.1016/B978-0-12-
384947-2.00124-0
Sudarmonowati E, Hartati NS, Sugiharti S,
Rahman N, Fitriani H, Hartati, Wahyuni
(2008) Seleksi tanaman unggul
menggunakan marka RAPD. Laporan
Teknik, Pusat Penelitian Biologi – LIPI
Tiago AV, Rosi AAB, Tiago PV, Carpejani AA,
Silva BM, Hoogerheide ESS, Yamashita
OM (2016) Genetic diversity in cassava
landraces grown on farm in Alta
Floresta-MT, Brazil. Genet Mol Res
15:1–10. doi: 10.4238/gmr.15038615
Vidal AM, Vieira LJ, Ferreira CF, Souza FVD,
Souza AS, Ledo CAS (2015) Genetic
fidelity and variability of micropropagated
cassava plants (Manihot esculenta
Crantz) evaluated using ISSR markers.
Genet Mol Res 14:7759–7770. doi:
10.4238/2015.July.14.2
Vidal AM, Vieira LJ, Ferreira CF, Souza FVD,
Souza AS, Ledo CAS (2015) Genetic
fidelity and variability of micropropagated
cassava plants (Manihot esculenta
Crantz) evaluated using ISSR markers.
Genet Mol Res 14:7759–7770. doi:
10.4238/2015.July.14.2
Wanapat M, Kang S. (2015) Cassava chip
(Manihot esculenta Crantz) as an
energy source for ruminant feeding.
Anim Nutr 1:266–270. doi:
10.1016/j.aninu.2015.12.001
Zago BW, Barelli MAA, Hoogerheide ESS,
Correa CL, Delforno GIS, da Silva CJ
(2017) Morphological diversity of
cassava accessions of the south-
central mesoregion of the State of Mato
Grosso, Brazil. Genet Mol Res 16:1–10.
doi: 10.4238/gmr16039725