‫جامعة كربالء‬

‫كلية العلوم‬

‫أنموذج خطة البحث المقترحة لطلبة الدراسات العليا‬

‫اسم الطالب ‪ /‬الطالبة ‪ :‬هدى ناجح حسن‬

‫التاريخ ‪:‬‬ ‫التوقيع ‪:‬‬

‫القســم ‪ :‬علوم الحياة‬ ‫العلوم‬ ‫الكليــة ‪:‬‬

‫دكتوراه‬ ‫ماجستيرـ‬ ‫الشهادة المراد الحصول عليها ‪:‬‬

‫التخصص العام ‪ :‬علوم الحياة‬

‫التخصص الدقيقـ ‪ :‬علوم الحياه‬
‫العنوان‪ :‬كيله الطب‪ /‬جامعه كربالء‬ ‫اسم المشرفـ الرئيسي ‪ :‬ا‪.‬د مهند محسن العتيبي‬
‫االختصاص‪ :‬احياء مجهريه‬

‫التاريخ ‪:‬‬ ‫التوقيع ‪:‬‬

‫العنوان‪ :‬قسم علوم الحياه‪/‬كليه العلوم ‪ /‬جامعه كربالء‬ ‫المشرف المشتركـ ‪ :‬ا‪.‬م‪.‬د كوكب عبد هللا حسين‬
‫االختصاص‪ :‬وراثه احياء مجهريه‬

‫التاريخ ‪:‬‬ ‫التوقيع ‪:‬‬

 ‫جامعة كربالء‬
‫كلية العلوم‬

‫عنوان البحث المقترح‬

‫‪The role of colibactin production in the development of Inflammatory bowel‬‬
‫‪diseases‬‬

‫‪ -1‬خالصة البحث المقترح (ال يزيد عن ‪ 250‬كلمة)‬

‫(تشمل فكرة الدراسة و إجراءات مبسطة عن طريقة العمل و األدوات والنتائج المتوقعة)‬

‫تهدف هذه الدراسة في ايجاد عالقة ما بين سمومـ الكوليبكتين المنتجة من بعض فلورا االمعاء وتطورـ امراض التهاب‬
‫االمعاء‪.‬‬
‫ادوات الدراسة ‪:‬‬
‫يتم جمع عينات وهي عبارة عن عينات برازمن اكثر من ‪ 50‬شخص تشمل كل من المرضى المصابين بالتهاب االمعاء‬
‫واشخاص اصحاء ككونترول‪.‬‬
‫حيث يتم الكشف عن وجودـ الجين المسؤول النتاج الكوليبكتين في عينة البراز بواسطة تقنية تفاعل البلمرة المتسلسل ثم يتم‬
‫عزل وتشخيص بكتريا االيكواليـ من البراز ومعرفة اذا كانت هي المسؤولة عن انتاج التوكسين من خالل الكشف عن‬
‫وجود الجين المنتج له بواسطة تقنية (‪.)PCR‬‬

‫من اجل التاكد من دور هذه السموم في حدوث المرض يتم عمل اختبارات حيوية من خالل اصابة عدد من الفئران‬
‫المختبرية بالبكتريا المنتجة للسم ‪ ،‬وبعد فترة من االصابة وظهور االعراض يتم عمل مقاطع نسيجية المعاء الفئران‬
‫المصابة وايضاـ عمل مقاطع نسيجية لفئران غير مصابة للمقارنة ككنترول ‪.‬‬
 ‫جامعة كربالء‬
‫كلية العلوم‬

)‫ كلمة‬250 ‫ الخالصة باللغة اإلنجليزية (ال يزيد عن‬-2

The idea of this study is to find the role of gut microbiota to develop Inflammatory bowel
diseases through the production of colibactin toxin.

Stool samples will be collected from more than 50 participate , including both patients
.with inflammatory bowel disease, and healthy people as control

We will use different types of media (blood agar , nutrient broth and MacConky agar). And
different types of chemical and biological materials.PCR primers , Electrophoresis and other
requirements for this processes and mouse model for in vivo experiment.
 ‫جامعة كربالء‬
‫كلية العلوم‬

) ‫ ( يوضح االساس النظري للبحث المقترح‬: ‫ الجزء النظري‬-3

The inflammatory bowel diseases (IBD); Crohn’s and Ulcerative colitis, result from an
altered host response to intestinal flora. Recurrent inflammation with ulceration and tissue
restitution confers an increased risk of cancer in both UC and Crohns. (Jawad et al.,2011)

Risk factors that further increase the risk of IBD-related colorectal cancer(CRC) include
disease duration, extent and severity, the presence of inflammatory pseudopolyps, coexistent
primary sclerosing cholangitis, and a family history of CRC.( Stidham & Higgins .,2018).

Approximately 20% of cancers are considered to be a consequence of infection by bacteria

and/or viruses typically classified as pathogens. However, many cancers occur in tissues
highly exposed to microbiota (commensal microbes), suggesting that microbes that are not
typically thought of as pathogens might be involved in promoting carcinogenesis. Through
the action of various microbial structural components and microbial gene
products/metabolites, the intestinal microbiota, which mainly consists of bacteria, plays an
essential role in gut homeostasis. However, the chronic carriage of commensal bacteria
producing metabolites or toxins that directly insult the host DNA and/or are responsible for
chronic inflammatory stress represents an important factor for chronic damage of epithelial
cells and constitutes a potential etiologic component of sporadic colorectal cancer (CRC)
( Dalmasso et al.,2014).

Colibactin is a secondary metabolite encoded by the pks gene island identified in several

Enterobacteriaceae, including some pathogenic Escherichia coli (E. coli) commonly enriched
in mucosal tissue collected from patients with inflammatory bowel disease and colorectal
cancer. E. coli harboring this biosynthetic gene cluster cause DNA damage and
tumorigenesis in cell lines and pre-clinical models.( Dougherty & Jobin.,2021)

The pks locus which carry the colibactin production genes is most likely horizontally
acquired by E. coli. It can also be found in other members of the Enterobacteriaceae, such as
Klebsiella pneumoniae, Enterobacter aerogenes, and Citrobacter koseri (Putze et al. 2009).
 ‫جامعة كربالء‬
‫كلية العلوم‬

) ‫(استعراض الدراسات والنتائج السابقة‬ : ‫ الدراسات السابقة‬-4

1. Colonization of the Human Gut by E. coli and Colorectal Cancer Risk by Mathilde
Bonnet et al.,2013.
2. Relationship between Escherichia coli and colon cancer by Shoroug A Al-Harbi and
Awatif A. Al-Judaibi (2020).

3. Prevalence and pathologic effects of colibactin and cytotoxic necrotizing factor-1 (Cnf
1) in Escherichia coli: experimental and bioinformatics analyses by Morgan et al.,2019

4. The bacterial genotoxin colibactin promotes colon tumor growth by modifying the
tumor microenvironment by Dalmasso et al.,4014.
5. Gut Microbiota and Colon Cancer: A Role for Bacterial Protein Toxins? By Fiorentini
(2020).

6. Jawad, N., Direkze, N., & Leedham, S. J. (2011). Inflammatory bowel disease and
colon cancer. Inflammation and Gastrointestinal Cancers, 99-115.
 ‫جامعة كربالء‬
‫كلية العلوم‬

5- ) ‫(توضح خطة البحث و جدول زمني إلنجاز البحث ومكان البحث و األدوات الالزمة النجاز البحث‬: ‫إجراءات البحث وأدواته‬

1. Samples size at least 50 .

2. Stool samples are collected from patients with IBD and healthy
individuals.
3. Extractin of DNA from stool .
4. Colibactin gene detection by PCR.
5. Isolation and identification of E. coli from the stool sample.
6. Detection of colibactin gene byPCR in isolated bacteria.
7. The bacteria with the positive production to the toxin will injected
orally to the mice after determine the LD50.
8. Detection of cytokine production ( TNF-α and IL-10) in infected
mouce.
9. After a period of infection (2-3) weeks and first appearance of IBD
symptoms . Histopathological examination of the gut will be done and
comparison it with tissue sections from uninfected control .

:Places of performing the research

University of Karbala /Department of biology

Karbala hospital labs

The expected time for this research :

2 years
 ‫جامعة كربالء‬
‫كلية العلوم‬

)‫(اإلضافة العلمية التي سيحققها البحث‬ : ‫ النتائج المتوقعة من البحث‬- 6

Although the role of bacterial protein toxins in the Infamatory bowel diseases and colorectal
cancer production onset and progression is still under debate,

I expected there is a releationship between them and that what I want to prove it through the
research.
 ‫جامعة كربالء‬
‫كلية العلوم‬

)‫ ( إتباع إسلوب علمي موحد لسرد قائمة المصادر‬: ‫ المصادرـ‬-7

references

 Dalmasso, G., Cougnoux, A., Delmas, J., Darfeuille-Michaud, A., & Bonnet, R. (2014). The bacterial
genotoxin colibactin promotes colon tumor growth by modifying the tumor microenvironment. Gut
microbes, 5(5), 675-680.
 Dougherty, M. W., & Jobin, C. (2021). Shining a Light on Colibactin Biology. Toxins, 13(5), 346.
 Jawad, N., Direkze, N., & Leedham, S. J. (2011). Inflammatory bowel disease and colon
cancer. Inflammation and Gastrointestinal Cancers, 99-115.
 Putze J, Hennequin C, Nougayrede JP, Zhang W, Homburg S, Karch H, Bringer MA, Fayolle C,
Carniel E, Rabsch W, et al. 2009. Genetic structure and distribution of the colibactin genomic island
among members of the family Enterobacteriaceae. Infect Immun. 77:4696–4703.

 Stidham, R. W., & Higgins, P. D. (2018). Colorectal cancer in inflammatory bowel disease. Clinics
in colon and rectal surgery, 31(03), 168-178.
 ‫جامعة كربالء‬
‫كلية العلوم‬

‫غير موافق‬ ‫موافق‬ ‫لجنة االمتحان الشامل‪:‬‬

‫تاريخ الجلسة العلمية ‪2021/12/21 :‬‬
‫اعضاء اللجنة ‪:‬‬
‫أ‪.‬د‪ .‬عبد النبي جويد عبد (رئيسا)‬
‫التوقيع‪:‬‬
‫التاريخ‪:‬‬
‫أ‪.‬م‪.‬د‪ .‬محمد فوزي كنبر‬ ‫أ‪.‬د‪ .‬ذكرى عدنان جواد‬
‫التوقيع‪:‬‬ ‫التوقيع‪:‬‬
‫التاريخ‪:‬‬ ‫التاريخ‪:‬‬
‫أ‪.‬م‪.‬د‪ .‬علي عطية عبد‬ ‫أ‪.‬م‪.‬د‪ .‬ابتسام عباس ناصر‬
‫التوقيع‪:‬‬ ‫التوقيع‪:‬‬
‫التاريخ‪:‬‬ ‫التاريخ‪:‬‬

‫أسم رئيس القسم ‪ :‬أ‪.‬م‪.‬د خالد علي حسين‬

‫التوقيع ‪:‬‬
‫التاريخ ‪:‬‬

‫المصادقة ‪:‬‬
‫غير موافق‬ ‫موافق‬ ‫مجلس الكليــــــــة ‪:‬‬
‫تاريخهــــا ‪:‬‬ ‫رقم الجلسة ‪:‬‬

‫أسم عميد كلية ‪ :‬أ‪.‬م‪.‬د جاسم حنون هاشم العوادي‬

‫التوقيع ‪:‬‬
‫جامعة كربالء‬
‫كلية العلوم‬

‫التاريخ ‪:‬‬