SKRYPT:

Reakcje chemiczne związków biologicznych:

aminokwasy i peptydy
Spis treści
Struktura i klasyfikacja aminokwasów .................................................................................................... 2
Aminokwasy jako jony dwubiegunowe i amfolity. Zdolność aminokwasów do przyjmowania i oddawania
protonów ................................................................................................................................................ 2
Wiązanie peptydowe ............................................................................................................................... 3
Oznaczanie N- i C- końca łańcucha polipeptydowego .............................................................................. 3
Mostki dwusiarczkowe w białkach .......................................................................................................... 5
Naturalne peptydy o aktywności biologicznej........................................................................................... 5
Niebiałkowe funkcje aminokwasów ........................................................................................................ 6
Aminy biogenne ..................................................................................................................................... 6
Modyfikacje potranslacyjne aminokwasów w białkach ............................................................................ 7
Uszkodzenie struktury białek przez reaktywne formy tlenu .................................................................... 10
Doświadczenia. Reakcje chemiczne aminokwasów. ............................................................................... 12

1
Struktura i klasyfikacja aminokwasów
Aminokwasy posiadają:
• Grupy funkcyjne:
o Aminową (-NH2)
o Karboksylową (-COOH)
• Łańcuch boczny QUIZLET - Aminokwasy

Na podstawie budowy łańcucha bocznego aminokwasy możemy podzielić na:

• Polarne (hydrofilowe) – seryna, treonina, cysteina, tyrozyna, asparagina, glutamina
o Aminokwasy kwasowe (dodatkowa grupa karboksylowa) – kwas asparaginowy, kwas
glutaminowy
o Aminokwasy zasadowe (dodatkowa grupa aminowa) – lizyna, arginina, histydyna
• Niepolarne (hydrofobowe) – glicyna, alanina, walina, leucyna, izoleucyna, metionina,
fenyloalanina, tryptofan, prolina
o Iminokwas (*) - Prolina (drugorzędowa grupa aminowa)

Aminokwasy można również podzielić na egzogenne i endogenne.

Stereochemia aminokwasów
Wszystkie aminokwasy oprócz glicyny są optycznie
czynne (posiadają węgiel asymetryczny).
Aminokwasy budujące białka, u większości
organizmów mają konfigurację L--aminokwas.

Aminokwasy jako jony dwubiegunowe

i amfolity. Zdolność aminokwasów do przyjmowania i oddawania protonów
Dzięki obecności grupy aminowej i karboksylowej aminokwasy są związkami amfoterycznymi – mają
zdolność do przyłączania i oddawania protonów w różnych środowiskach:
• W środowisku silnie kwaśnym zachowują się jak kwasy i mogą oddawać protony
• W środowisku zasadowym zachowują się jak zasady i mogą przyłączać protony.

Definicja punktu izoelektrycznego (pI), formy jonowe aminokwasów w różnym

pH
Punkt izoelektryczny (pI) – wartość
pH środowiska, przy której cząsteczka
aminokwasu ma wypadkowy ładunek
równy zero (taka sama liczba ładunków
dodatnich jak i ujemnych – postać jonu
obojnaczego).

Punkt izojonowy – wartość pH środowiska, przy której liczba protonów związanych z grupami -NH2 jest
równa liczbie protonów odczepianych od grupy -COOH (dla aminokwasów punkt izojonowy jest równy
izoelektrycznemu, ale nie dla białek)

2
Wiązanie peptydowe
Powstawanie wiązania peptydowego
Wiązanie peptydowe to wiązanie amidowe powstające w
wyniku reakcji kondensacji 2-ch cząsteczek aminokwasów
(grup aminowej z karboksylowej), której produktem ubocznym
jest woda.

Geometria wiązania peptydowego

Wiązanie peptydowe ma długość 0,132 nm (wartość pośrednia między długością wiązania C-N i C=N).
Charakter wiązania podwójnego hamuje rotację wiązania peptydowego, które staje się płaskie. W
płaszczyźnie wiązania leżą 2 atomy węgli  i 4 atomy uczestniczące w tworzeniu wiązania.

Występują dwie formy mezomeryczne wiązania peptydowego (rezonansowe):

• Trans – występuje najczęściej, atom H grupy -NH- w pozycji trans względem atomu O grupy
karbonylowej
• Cis – występuje w przypadku połączeń proliny, atom H grupy -NH- w pozycji cis względem atomu
O grupy karbonylowej

Oznaczanie N- i C- końca łańcucha polipeptydowego

Oznaczanie N-końcowej pozycji łańcucha polipeptydowego
1) Metoda Sangera:
• Odczynnik: 2, 4 – dinitrofluorobenzen (DNFB) w środowisku zasadowym, reaguje również z
innymi grupami funkcyjnymi aminokwasów (jest to powód utrudnień w selekcji aminokwasów w
mieszaninie ekstrakcyjnej)
• Przebieg:
1. Powstanie żółto zabarwionych dinitrofenylowych pochodnych aminokwasów (DNP –
aminokwasy)
2. Hydroliza kwasowa → w mieszaninie wolne aminokwasy, N-końcowy DNP- aminokwas,
pochodne DNP-innych aminokwasów
3. Ekstrakcja eterem

2) Metoda dansylowania:
• Odczynnik: chlorek dansylu/dabsylu
• Przebieg:
1. Powstanie dansylowanego polipeptydu
2. Hydroliza kwasowa → w mieszaninie wolne aminokwasy i dansylo-aminokwas (DNS-
aminokwas)
3. Dwuwymiarowa chromatografia cienkowarstwowa mieszaniny
4. Identyfikacja DNS-aminokwasów (silna fluorescencja w świetle nadfioletowym)

3
3) Degradacja Edmana:
• Odczynnik: izotiocyjanian fenylu reaguje w środowisku lekko zasadowym
• Przebieg:
1. Poddanie działaniu silnego kwasu na addukt fenylotiocarbonylo-peptydu
2. N-końcowy aminokwas odłącza się jako pochodna tiazolinowa (pozostała część łańcucha
nienaruszona)
3. Selektywna ekstrakcja pochodnej tiazolinowej do rozpuszczalnika organicznego
4. Poddanie działaniu kwasu
5. Powstaje stabilna pochodna fenylotiohydantoinowa (PTH)
6. Oddzielenie pochodnej za pomocą chromatografii lub elektroforezy
7. Identyfikacja spektrofotometryczna (290 nm)

4) Aminopeptydazy:
• Odczynik: aminopeptydazy (enzymy, egzopeptydazy), słabe rozwiązanie ze względu na dużą
swoistość enzymów oraz ich różną aktywność

Oznaczanie C-końcowej pozycji łańcucha polipeptydowego

1) Hydrazynoliza:
• Odczynnik: bezwodna hydrazyna (NH2- NH2) w T = 90C przez 20 – 100 godzin w środowisku
lekko kwaśnym
• Przebieg:
1. Powstanie aminoacylowych pochodnych hydrazyny (hydrazydów) aminokwasów, których
grupy aminowe były zablokowane w wiązaniu peptydowym oraz wolnego C-końcowego
aminokwasu
2. Brak fajnych reakcji do identyfikacji aminokwasu C-końcowego 

2) Karboksypeptydazy:
• Odczynnik: karboksypeptydazy (enzymy, egzopeptydazy)
• Rodzaje:
1. Karboksypeptydaza A – szeroka gama odcinanych aminokwasów C-końcowych
2. Karboksypeptydaza B – odcina tylko aminokwasy C-końcowe zasadowe (lizynę i argininę)

Skład aminokwasowy polipeptydów i białek

1) Etap – zniszczenie wszystkich wiązań peptydowych
• Hydroliza kwasowa – 6 M HCl w próżni, T = 100-120C przez 24h; wada: zamienia kwaśne
aminokwasy w ich amidy, reakcję często powtarza się kilkukrotnie
• Hydroliza zasadowa – 4 M NaOH T = 100C przez 4-8h; jeszcze bardziej wadliwa i gorsza niż
kwasowa – nie warto strzępić ryja na tę metodę
• Hydroliza enzymatyczna – mieszanina kilku enzymów o niskim stężeniu
o Chymotrypsyna – rozszczepia wiązania peptydowe po stronie karboksylowej aminokwasów
aromatycznych – fenyloalaniny, tyrozyny i tryptofanu
o Trypsyna - rozszczepia wiązania peptydowe po stronie karboksylowej aminokwasów
zasadowych – argininy, lizyny i histydyny
o Elastaza - rozszczepia wiązania peptydowe aminokwasów alifatycznych – waliny, alaniny,
glicyny, izoleucyny i leucyny
2) Etap – rozdzielenie i identyfikacja wolnych aminokwasów
• Chromatografia jonowymienna
• HPLC

4
Mostki dwusiarczkowe w białkach
Mostki dwusiarczkowe –powstają w
wyniku reakcji pomiędzy dwiema
resztami cysteiny

Należy rozerwać mostki

dwusiarczkowe jeśli chce się
zsekwencjonować łańcuch
polipeptydowy jedną z dwóch metod:

1) przy pomocy utleniania cysteiny (nieważne czy tworzy

mostek czy nie) kwasem nadmrówkowym (HCOOOH –
kozak kwas) do kwasu cysteinowego.

2) redukcja mostków do tioli, a następnie reakcja z

czynnikiem alkilującym, aby nie doszło do odtworzenia
się mostków disiarczkowych (kwasem jodooctowym).

Naturalne peptydy o aktywności biologicznej

Aktywności peptydów:
• hormonalna:
o oksytocyna
o wazopresyna
• antyoksydacyjna:
o glutation
• pobudzająca:
o karnozyna
o anseryna
• antybiotyki:
o penicylina
o aktynomycyna D

Dużo bezsensownego gadania, które sprowadza się do glutationu:

Glutation (GSH – gamma-glutamylocysteinyloglicyna) –

kwas glutaminowy + cysteina + glicyna

Wiązanie peptydowe pomiędzy grupą gamma-karboksylową

w łańcuchy bocznym kwasu glutaminowego i grupą -
aminową cysteiny.

Silny przeciwutleniacz – odtwarza grupy tiolowe -SH w białkach, chroniąc je tym samym przed
utlenieniem

5
Niebiałkowe funkcje aminokwasów
Prekursory w syntezie innych cząsteczek np.:
• tryptofan → serotonina, melationina
• tyrozyna → dopa, dopamina, noradrenalina; tyroksyna i trójjodotyronina
• kwas glutaminowy → kwas gamma-aminomasłowy (GABA)
• glicyna → porfiryny (hem)
• arginina → tlenek azotu
• ornityna i S-adenozylometionina → poliaminy
• kwas asparaginowy, kwas glutamionowy i glicyna → nukleotydy

Aminokwasy niebiałkowe:
• rośliny:
o allicyna
• zwierzęta:
o tauryna
o beta-alanina

Przemiany aminokwasów w wyspecjalizowane produkty

Aminy biogenne
Aminy biogenne – produkty dekarboksylacji aminokwasów obojętnych i zasadowych, zwężają naczynia
krwionośne i podwyższają ciśnienie (poza histaminą). Dzielimy je na:
• aminy alifatyczne
o monoaminy
o poliaminy
▪ arginina → ornityna → putrescyna → spermina → spermidyna
▪ spermina i spermidyna (największe ilości w osoczu nasiennym i gruczole krokowym)
odpowiadają za proliferację i wzrost komórek

QUIZLET – Aminy biogenne

6
 ▪ wielokrotny ładunek dodatni poliamin pozwala im na odziaływanie z cząsteczkami
ujemnymi takimi jak kwasy nukleinowe przez co mogą one regulować ekspresję
genów i syntezę białek
• katecholowe
• aminy heterocykliczne

Modyfikacje potranslacyjne aminokwasów w białkach

1) Acetylacja
• Ulegają:
o -aminowe grupy polipeptydów i białek
o Grupa -aminowa łańcucha bocznego lizyny
• Odwracalna:
o Acetylacja łańcuchów bocznych lizyny
• Nieodwracalna:
o Modyfikacja N-końcowego aminokwasu w
białkach
• Donor:
o Acetylo-CoA
• Enzym:
o N-acetylotransferaza

2) Acylacja
• Przyłączenie cząsteczki nasyconego kwasu tłuszczowego
• Rodzaje:
o Mirystylacja – przyłączanie kwasu mirystynowego wiązaniem amidowym do grupy
aminowej N-końcowej glicyny
o Palmitylacja – przyłączanie kwasu palmitynowego wiązaniem estrowym do grup
hydroksylowych w łańcuchach bocznych treoniny, seryny (wiązanie tioestrowe w
przypadku cysteiny)
• Znaczenie:
o Zakotwiczenie białek w dwuwarstwie lipidowej
o Odziaływanie z receptorami błonowym

7
3) Hydroksylacja
• Utlenianie poprzez przyłączanie grup hydroksylowych
• Ulegają:
o Prolina
▪ 4-hydroksyprolina
▪ 3-hydroksyprolina
o Lizyna
▪ 5-hydroksylizyna
o Fenyloalanina
• Enzym:
o Hydroksylazy w obecności żelaza,
tlenu, -ketoglutaranu i witaminy C

4) Fosforylacja
• Odwracalne przyłączenie grupy fosforanowej do grupy
hydroksylowej w łańcuchu bocznym
• Ulegają:
o Seryna (najczęściej)
o Treonina (rzadziej)
o Tyrozyna (najrzadziej)
• Enzymy:
o Kinazy (fosforylują)
o Fosfatazy (defosforylują)
• Znaczenie:
o Aktywacja lub dezaktywacja enzymów i białek
wewnątrzkomórkowych
o Zmienianie właściwości fizykochemicznych białek

5) Karboksylacja
• Przyłączenie grupy karboksylowej
do substratu
• Ulegają:
o Kwas glutaminowy
• Zachodzi w:
o Białkach kaskady
krzepnięcia krwi
o Białkach tkanki kostnej
• Przebieg:
o W wątrobie przy pomocy gamma-glutamylokarboksylazy w obecności witaminy K
powstaje kwas gamma-karboksyglutaminowy
o Kwas gamma-karboksyglutaminowy chelatuje kationy wapnia
o W protrombinie dzięki temu możliwe jest jej odziaływanie z fosfolipidami błony
komórkowej płytek krwi → przekształcenie w trombinę → fibrynogen przekształca się w
fibrynę

8
6) Metylacja
• Wymiana atomu wodoru na grupę
metylową (w ujęciu biochemicznym)
• Ulegają:
o Arginina (1 lub 2 grupy)
o Lizyna (1, 2 lub 3 grupy)
o Kwas glutaminowy (1
grupa)
• Donor:
o S-adenozynometionina

7) Glikozylacja
• Przyłączenie łańcucha oligosacharydowego do łańcucha
polipeptydowego → utworzenie glikoproteiny
• Typy wiązań:
o O-glikozydowe
▪ Grupa hydroksylowa seryny lub treoniny +
GalNAc
o N-glikozydowe
▪ Grupa amidowa asparaginy + GlcNAc

• Przykładowe glikany:

8) Glikacja (glukacja)
• Proces nieenzymatyczny pomiędzy grupą karbonylową monocukru redukującego, a
pierwszorzędowa wolną grupą aminową białka
• Ulegają:
o Białka o wysokiej zawartości wolnych grup aminowych (lizyny i argininy) o stosunkowo
krótkim czasie półtrwania

9
 • Przebieg:
o 1 etap:
▪ Powstaje niestabilna zasada
Schiffa – podwójne
wiązanie między węglem
C1 monocukru a azotem
grupy aminowej białka z
wydzieleniem cząsteczki
wody
▪ Odwracalna reakcja
o 2 etap – przegrupowanie
Amadori:
▪ Powstaje stabilny produkt
ketozoamina
o Końcowy produkt N-1-
deoksyfruktozo-białko
• Białka po glikacji ulegają reakcjom Maillarda (inne reakcje) i powstają nieodwracalne końcowe
produkt glikacji
• Hemoglobina i albumina ulegają glikacji
o Oznaczanie glikowanej hemoglobiny i albuminy służy jako parametr w diagnostyce
hiperglikemii (albumina lepsza bo ma krótszy okres półtrwania)

Uszkodzenie struktury białek przez reaktywne formy tlenu

Uszkodzenia oksydacyjne powodują zmiany strukturalne w łańcuchach peptydów, co upośledza ich
funkcjonowanie. Zaleca się stosowanie diety bogatej w przeciwutleniacze…

Najczęściej strukturę białka niszczą:

• Rodnik wodorotlenowy OH
• Rodnik białkowy B
• Nadtlenkowy rodnik białkowy BOO
• Anionorodnik nadtlenkowy białka BOO-

Prolina i aminokwasy alifatyczne

Prolina:
1) Hydroliza cząsteczki proliny
2) Oderwanie fragmentu peptydu -RCOOH
3) Reakcje pośrednie – przekształcenie pierścienia proliny w pochodna N-glutamylową

10
Aminokwasy aromatyczne
Histydyna:
1) W obecności tlenu następuje utlenienie pierścienia
2) Destrukcja pierścienia w wyniku dezaminacji i/lub dekarboksylacji
3) Reszty histydyny zmodyfikowanie do endonadtlenków ulegają przemianom do reszt asparaginowych

Tyrozyna:
1) W obecności tlenu następuje utlenienie pierścienia
2) Powstaje dimeryczna forma - bityrozyna

Połączenia bityrozynowe mogą powstawać pomiędzy:

• Dwoma łańcuchami polipeptydowymi – intermolekularne mostki bityrozynowe
• W obrębie jedno łańcucha polipeptydowego - intramolekularne mostki bityrozynowe

Aminokwasy siarkowe
Cysteina:
1) Utlenienie grup tiolowych cysteiny
2) Powstanie mostków disiarczkowych oraz sulfe-, sulfi- i sulfonowych tlenków

11
Metionina:
1) Trudniejsze utlenienie
2) Powstają związki siarki na wyższych stopniach utlenienia – sulfotlenki

Doświadczenia. Reakcje chemiczne aminokwasów.

Acylacja grupy aminowej

Bezwodniki i chlorki kwasowe bardzo dobrze acylują grupę aminową aminokwasów. W wyniku tej
reakcji powstają N-acylo pochodne. Acetanilid wytrąca się jako biały, krystaliczny osad.

Reakcje grupy -aminowej

Aminy/grupy aminowe aminokwasów + aldehydy → iminy (zasady Schiffa).

12
Deaminacja grup aminowych. Reakcja Van Slyke’a
Aminokwasy zawierające wolne grupy aminowe w obecności kwasu azotowego ulegają deaminacji z
wydzieleniem azotu cząsteczkowego.

• Deaminacja aminokwasów:

• Deaminacja mocznika

Reakcja aminokwasów z ninhydryną

Wszystkie -aminokwasy, oprócz proliny i hydroksyproliny reagują z ninhydryną dając purpurowy jon.

13
Prolina i hydroksyprolina w reakcji z ninhydryną dają związek barwy żółtej.

Reakcja ksantoproteinowa
Aminokwasy aromatyczne w obecności stężonego kwasu azotowego (V) ulegają nitrowaniu (żółte
zabarwienie), a następnie w środowisku zasadowym przechodzą w pomarańczowo zabarwione sole
aminokwasów.

Wykrywanie cysteiny
Cysteina i cystyna po podgrzewaniu w środowisku silnie zasadowym (wcześniej hydroliza białka)
przekształcają się w kwas pirogronowy.

Reakcja biuretowa
W środowisku zasadowym jony Cu2+ łączą się z wiązaniami peptydowymi białek dając kompleks o
barwie fioletowej.

14