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CH 5
CH 5
CH05 蛋白質功能
歐亞書局
5. 1 蛋白質與配位基的可逆性結合:氧結合
蛋白質
5. 2 蛋白質與配位基間的互補性交互作用:
免疫系統與免疫球蛋白
5. 3 蛋白質分子間的交互作用受化學能調節
:肌動蛋白、肌球蛋白與分子馬達
氧氣能與血基質輔基結合
多細胞生物體中—特別是那些必須利用鐵離子的攜氧
能力將氧傳送到較遠距離的生物體中—鐵通常與帶有
血基質(heme 或 heam)輔基的蛋白質結合。
血基質由一個複雜的有機環狀結構原卟啉(
protoporphyrin)所組成,其中鍵結了一個亞鐵態(
Fe2+)的鐵原子(圖5-1)。
圖5-1 血基質。血基質存在於肌紅蛋白、血紅蛋白及很多其他蛋白質中,
這些蛋白質統稱為血基質蛋白質(heme proteins)。血基質是由原 IX 這個
複雜的有機環結構組成,其中鍵結了一個亞鐵態(Fe2+)的鐵原子。(a)卟
啉(原卟啉 IX 只是其中的一種)是由四個吡咯(pyrrole)環藉由亞甲基
(methene)為橋,連結而組成,在標示 X 的位置可以有一個或多個位置可
由其他取代基取代。(b) 和 (c) 為兩種血基質表示方法(衍生自 PDB ID
1CCR)。血基質的鐵原子有六個配位鍵:四個與平面的環系統鍵結,而 (d)
另外二個垂直於卟啉環。
兩個配位鍵中的其中一個被組胺酸殘基側鏈上的氮原
子所占據,另一個則是與氧氣分子(O2)鍵結的位置
(圖5-2)。
圖5-2 血基質的側面圖。此圖顯示兩個垂直於環系統的亞鐵離子配位
鍵。其中一個配位鍵被組胺酸殘基占據,有時稱此組胺酸為近端組胺
酸(proximal His)。另外一個配位鍵則是氧結合部位。其餘的四個配
位鍵則位於卟啉環系統的平面,並與卟啉環鍵結。
這條多肽是由八個 α 螺旋二級結構段,以彎曲胜肽鏈
銜接而成(圖 5-3)。
Ka 代表的是結合常數(association constant)。
Ka 值愈大表示兩者親和力愈高。
這個平衡值 Ka 亦等同 PL 複合物進行正向反應(結合
)及逆向反應(解離)時,兩者之間速率的比例。結
合速率以速率常數 ka 來代表,而解離速率則以速率常
數 kd 來代表。
現在我們由商數 θ(蛋白質上被配位基占據的結合位
置的比例)的觀點來考慮結合平衡:
舉例來說,當血基質包埋於肌紅蛋白結構中時,血基
質與不同配位基之間的專一性會有所改變(圖 5-5a)
。
圖5-5 肌紅蛋白的血基質與配位基結合時的空間效應。(a)氧與血基質結
合時,氧分子內鍵軸與配位鍵會形成一個夾角,這樣的結合方式正好能
適應肌紅蛋白的立體構形。(b)一氧化碳與游離的血紅素結合時,一氧化
碳的鍵軸垂直於卟啉環平面。當一氧化碳與肌紅蛋白內的血基質結合時,
一氧化碳被迫以傾斜的方式結合,因為垂直地結合會受到 His E7立體空
間上的阻礙,此效應也就減弱了一氧化碳與肌紅蛋白的結合。
動物血液中的氧氣幾乎都是靠紅血球內的血紅蛋白來
運送。
紅血球是由稱為血球原細胞(hemocytoblasts)的前驅
幹細胞分化而成。
紅血球主要的功能為攜帶血紅蛋白。
分析肌紅蛋白的氧結合曲線可知(圖 5-4b),肌紅蛋
白對於氧濃度的少量變化並不敏感,因此適合作為儲
存氧氣的蛋白質。
血紅蛋白是四聚體蛋白質,具有四個與多肽鏈連接的
血基質輔基。成人的血紅蛋白有由二種球蛋白組成,
二條 α 鏈與二條 β 鏈。
血紅蛋白四級結構的另一特色是不同次單元間的強力
交互作用。
圖5-11 氧分子與去氧血紅蛋白結合時,血基質附近胺基酸側鏈構形的改
變。(衍生自 PDB ID 1HGA 和 1BBB)當血基質與氧結合時,螺旋 F 位
置的位移被認為是觸發 T → R 轉變的原因之一。
在肺部血紅蛋白必須有效地與氧結合(肺內氧分壓
pO2 約 13.3 kPa),並且在組織中釋放氧氣(組織氧
分壓 pO2 約 4 kPa)。
肌紅蛋白或其他與氧結合為雙曲線圖形的蛋白質並不
適合提供這種功能,原因圖解於圖 5-12。
血紅蛋白能克服上述的問題,是因為當更多的氧分子
結合上血紅蛋白時,它便會由低親和狀態(T 狀態)
轉換成高親和狀態(R 狀態)。
圖5-13 與配位基協同性結合時,
多次單元蛋白質產生結構變化。
蛋白質每個部位的結構穩定性並
非全然一致,圖中為一個假設性
的二聚體蛋白質,具有高(藍
色)、中(綠色)和低(紅色)
穩定區域。配位基結合部位是由
高和低穩定的兩種片段所組成,
因此對於配位基的親和力相對偏
低。配位基的結合會導致蛋白質
的構形改變,而使得蛋白質從低
親和狀態轉變為高親和狀態,此
為一種誘導配合現象。
生化學者雖然對血紅素 T 與 R 狀態十分了解,然而對
T → R 轉換如何發生則仍需進一步加以研究。其中兩
種模型大大地影響了學者對協同性結合問題的思維模
式。
第一種模型: MWC 模型(MWC model)或協同性模
型(concerted model)(圖 5-15a)。
第二種模型:連續性模型(sequential model)(圖 5-
15b) 。
圖5-15 協同性配位基結合蛋白質活化態與非活化態間互換作用的兩種主
要模型。雖然這些模型可以適用於各種協同性結合蛋白質,包括第 6 章
提到的各種酵素,但是這兩種模型起初是被用來解釋血紅蛋白的協同作
用,故圖中以四個次單元來表示。(a) 在協同性或全有全無模型(MWC
模型)中,假設所有次單元都以同一種構形存在,即皆為 ○(低親和力
或非活化態),或皆為 □(高親和力或活化態)。依據○ 與 □ 之平衡
K1 ,當一個或多個配位基分子(L)與蛋白質結合後會將平衡式導向 □
態。陰影部分表示配位基與次單元結合者。(b) 在連續性模型中,各次單
元可能為 ○ 態或 □ 態,因此可能會有許多的構形組合。
此反應由大量存在於紅血球中的碳酸酐酶(carbonic
anhydrase)所催化。
這種 pH 值與二氧化碳濃度對血紅蛋白與氧結合及釋
出氧的影響稱為波耳效應(Bohr effect).
圖 5-16 pH 值對血紅蛋白與氧結合時所造成的效應。肺臟血液 pH 值約
為 7.6,在組織中約為 7.2。通常測量血紅蛋白結合能力實驗的 pH 值是在
7.4。
可用另一種平衡式來表現血紅蛋白的結合過程:
鐮刀型細胞貧血症發生於從雙親身上遺傳到導致鐮刀
型血球的血紅蛋白等位基因的個體上。這些病患的紅
血球數量較少且不正常。
鐮刀型紅血球等位基因在非洲的某些地方十分常見。
針對這個發現的研究指出,在異型合子型的個體對致
死型瘧疾產生輕微但顯著的抗性。
氧與血紅蛋白的結合是異位且具協同性的。當氧與其
中一個結合部位結合後,會引起血紅蛋白構形的改變
,進而影響其他結合部位──這是一種異位性調節作
用的範例。次單元之間的交互作用導致 T 狀態與 R狀
態彼此的轉換;協同性結合可以用 S 型結合曲線描述
,並以 Hill 圖分析。
抗原與抗原結合部位之間的化學互補性;影響互補性
的因素有結合位的形狀和帶電分子、非極性分子及氫
鍵形成的官能基的分布位置。
肌肉中的主要蛋白質是肌球蛋白與肌動蛋白
肌肉收縮的力量是由肌球蛋白與肌動蛋白交互作用所
造成的。
肌球蛋白具有六個次單元:二條重鏈及四條輕鏈。
骨骼肌由許多平行成束的肌纖維(muscle fibers)所
組成
每條肌纖維含有約 1,000 條肌原纖維(myofibrils),
直徑為 2 微米,肌原纖維是由大量規則排列的粗絲與
細絲外加其他蛋白質組成的複合體(圖 5-29)。
在肌原纖維之外圍繞著扁平的膜囊系統稱為肌質網(
sarcoplasmic reticulum)。
A 帶也被一條細線一分為二,此細線構造稱為 M 線
(M line)或 M 盤(M disk),
一個完整的收縮單元包含了粗絲束以及兩端相間的細
絲束,稱為肌小節(sarcomere)。
肌動蛋白與肌球蛋白的交互作用也包含許多微弱作用
力的參與。
當肌球蛋白未結合 ATP 時,其頭部的一側會緊密地
與肌動蛋白結合(如圖 5-31 所示)
當肌球蛋白與 ATP 結合,並將 ATP 水解成 ADP 與磷
酸根時,肌球蛋白的構形會發生協同性且週期性的變
化:釋放結合在頭部的 F-肌動蛋白次單元,然後與細
絲上另一個較遠端的次單元發生結合。.
圖 5-31 肌肉收縮的分子機制。 伴隨
著 ATP 的水解反應循環,肌球蛋白頭部
構形的改變會造成肌球蛋白與肌動蛋白
次單元解離,然後與下一個序位的次單
元結合。在此過程中,肌球蛋白的頭部
在肌動蛋白組成的纖維上滑動,將粗絲
陣列拉引入細絲陣列中(見圖 5-30)。