-*İMMÜNİTE

Natural killer hücreleri

 Doğal katil (NK) hücreler, T ve B lenfositleri yapan ortak lenfoid progenitörden gelişen
lenfositlerdir.
 NK hücreleri doğumsal immünite hücreleridir ve antijenler için çok çeşitli ve klonlara dağılmış
reseptörler eksprese etmezler.

ANTİJEN-SUNAN HÜCRELER (APC)

 İmmün sistem mikrobiyal antijenleri yakalamaya ve bunları lenfositlere sunmaya özelleşmiş
çeşitli hücre tipleri içerir.

 immün cevapları başlatmak üzere naif T hücrelere protein antijenleri sunan başlıca hücreler olan,
dendritik hücrelerdir (DC).

DENDRİTİK HÜCRELER
 interdijitasyon yapan dendritik hücreler(DC)yüksek miktarlarda class II MHC ve T- hücre ko-
stimulatör molekülleri ekspresse ederler ve antijenleri yakalama ve T hücrelerine sunma
görevi yaparlar.
 Dendritik morfolojili ikinci tip DC'ler folliküler dendritik hücrelerdir (FDC). Bunlar dalak ve lenf
nodlarının lenfoid folliküllerinin germinal merkezlerinde yer alır.

Diğer Antijen-Sunan Hücreler

 Makrofajlar mikropları ve diğer antijen partiküllerini yutar ve T lenfositler tarafından tanınması
için peptidleri sergiler.
 Bu T hücreleri, hücresel bağışıklığın temel reaksiyonu olan mikropların öldürülmesi için
makrofajları aktive eder.
 B hücreleri, peptidleri yardımcı (helper) T hücrelere sunar ve protein antijenlere yanıt olarak
antikor yapımını artıracak uyarılar alır.

EFEKTÖR HÜCRELER
 NK hücreler "stresteki" hücrelere karşı süratle reaksiyon verme yetenekleri nedeniyle ilk sıradaki
efektör hücrelerdir.
 Antikor salgılayan plazma hücreleri humoral immüniteninefektör hücreleridir.
 T lenfositler nötrofiller ve eozinofiller gibi diğer lökositleri aktive eden, dolaşan sitokinler
salgılar ve bütün bu hücre tipleri çeşitli patojenlere karşı savunmada birlikte fonksiyon görür.

LENFOİD DOKULAR
 Organizmanın lenfoid dokuları lenfositlerinin antijen reseptörleri eksprese ettiği üretken (primer)
organlar ve edinsel immün cevapların geliştiği periferik (sekonder) lenfoid organlar olmak üzere
bölünmüştür.
 Üretici organlar timus ve kemik iliğidir ve periferik organlar lenf nodülleri, dalak ile mukozal ve
kutanöz lenfoid dokulardır
 NORMAL İMMÜN YANITLAR
İmmün sistemin fizyolojik fonksiyonu enfeksiyöz mikroplara karşı savunmadır.
 Erken reaksiyon, mikroplara yanıt için hazır olan doğal immünite mekanizmalarıyla sağlanır.
 Bu mekanizmalar epitelyal bariyerleri, fagositleri, NK hücreleri ve plazma proteinlerini
(kompleman sistemi gibi) kapsar.
 Doğal immünite reaksiyonu iltihap olarak ortaya çıkar.

 Edinsel immünite savunma reaksiyonları yavaş gelişir fakat daha güçlü ve spesifiktir.
 Mikroplar ve yabancı antijenler DC’Ier tarafından yakalanır ve antijenlerin naif lenfositler
tarafından tanındığı lenf nodlarına transfer edilir.
 Lenfositler çoğalmak, efektör ve bellek hücrelerine farklılaşmak üzere aktive edilir.

 Hücresel immünite, hücre-ilişkili mikroplarla savaşmak için tasarlanmış, T lenfositlerin

reaksiyonudur.
 Humoral immünite antikor aracılıdır ve ekstrasellüler mikroplara karşı etkilidir.
 CD4+ yardımcı hücreler, antikor yapmak için B hücrelerine yardım eder, yutulmuş mikropları
tahrip için makrofajları aktive eder, lökositlerin döngüsünü uyarır ve protein antijenlere bütün
immün cevapları düzenler.

-*PCR
Gerekli olan reaktifler;
1) Kalıp olarak kullanılacak DNA (genomik DNA)
2) Tek iplikli sentetik DNA oligonükleotid (forward ve reverse primer) [PCR yapılmak istenen gen
dizisini belirler]. 3) Katalizör ( Mg+2 )
4) Distile su
5) Reaksiyonun gerçekleşmesi için ihtiyaç duyulan tampon (buffer)
6) Deoksiribonükleotid trifosfat (dNTPs)
7) Yüksek sıcaklıkta çalışabilecek bir DNA polimeraz (Taq DNA pol.)
8) Gerekmesi halinde çoğaltılacak bölgeye göre farklı kimyasallar (Betain, DMSO vb.)

Hücrelerin Parçalanması -LİZİS

DNA’NIN Çöktürülmesi -PRESİPİTASYON-

 Nükleik asitler deterjandan ayrıştırılır.
 Yüksek konsantrasyonlu tuz çözeltisi kullanılır ( >0,8 M NaCl ).
 Tuz; nükleik asitlerin çökmesi için gereklidir.
 Tamponlama kapasitesi NaCl’den yüksek olan NaOAc tercih edilebilir.
 Bu koşullarda alkolde çözünür olan deterjanlar, nükleik asitler presipite olurken yıkanıp
atılabilirler.
 Sonrasında %70 alkol ile muamele ile de nükleik asitler, geri kalan diğer tuzlardan da
arındırılır.
-P
DNA Ekstraksiyonu
PCR İŞLEMİNİ İNHİBE EDEBİLECEK AJANLAR
SDS
Fenol
Etanol
Sodyum Asetat

Sodyum Klorür PCR işlemi öncesi tüm bu ajanlardan kurtulmuş olmak gerekli
EDTA
Heparin vd.

PCR Döngüsü
PCR üç ana siklusun tekrarlarından meydana gelir:
• Denatürasyon 94-95oC’de çift iplikli DNA’nın ayrılması;
• Annealing (eşleşme) 50-60oC’de primerlerin tek iplik halindeki kalıp DNA’ya bağlanmaları;
• Ekstansiyon (uzama) 72oC’de, primerler ile sınırlandırılmış olan bölgenin polimeraz tarafından
amplifikasyonu.

Wobble Hipotezi (1966)

Bu hipoteze göre kodon-antikodon bağının kurulumunda üçüncü pozisyondaki hidrojen bağı daha
esnektir ve baz eşleşmesindeki kurallara uyma zorunluluğu yoktur.

Bu gevşek baz eşleşmesine “wobble” adı verilmiştir.

Kodlayan RNA olarak sadece mRNA vardır

Diğer tüm RNA’lar kodlamayan RNAlardır(rRNA tRNA snRNA miRNA siRNA)

*Genetik materyal için > Agaroz jel (yatay elektroforez) Proteinler için > SDS-PAGE (dikey
elektroforez)
SDS-PAGE
• Proteinleri kütlelerine göre ayırmaya yarar

• Kullanılan medyum (buffer) poliakrilamid yapıdadır

• İlaveten SDS (sodyum dodesil sülfat) kullanılır

• Yaklaşık 1,5 gr SDS 1gr proteine bağlanır

• Elektrik alanda proteinler ilerler ve bu sayede ayrışma gerçekleşir

WESTERN BLOT: Protein tespiti için kullanılan yöntem.

SOUTHERN BLOT: DNA bakılacaksa kullanılan yöntem.

NORTHERN BLOT: RNA belirlemek için kullanılan yöntem.

-*KALITIM MODELLERİ
PENETRANS DÜŞÜKLÜĞÜ: Penetrans, bir kişinin genetik profiline dayalı olarak herhangi
bir fiziksel özelliği gösterme olasılığını ortaya koyan kavramdır.
Otozomal Dominant Kalıtım Örüntüsüne Sahip Hastalıklar
BİLİNEN ÖRNEKLER:
Akondroplazi
Marfan Sendromu
Nörofibromatöz Tip I
Osteogenezis İmperfekta
OTOZOMAL RESESİF KALITIM
• Mutant gen etkisini, sadece her iki alelde de taşıyan bireylerde gösterir. Tek alelde mutasyon
taşınırsa bu fenotipe yansımaz.
• Hastalığın taşıyıcısı olan ebeveynlerin çocuklarında görülme olasılığı (cinsiyetten bağımsız) her
doğum için %25’tir.
• Aynı ebeveynin çocuklarının taşıyıcı olma olasılığı ise %50’dir.
• Konjenital metabolizma (enzim hastalıkları) bozukluklarının çoğunluğu bu gruptadır.

Bilinen hastalıklardan bazıları:

 Fenilketonüri (PKU) : Klasik fenilketonüri, fenilketonürinin (PKU) ciddi formu olup tedavi
edilmeyen hastalarda ciddi bilişsel kusur ve nöropsikiyatrik komplikasyonlarla karakterize
kalıtsal bir kusurlu amino asit metabolizması hastalığıdır. hastalar çoğunlukla bodur büyüme,
mikrosefali, nöbetler, ürperme, egzama, kusma, küflü koku ve davranış (hiperaktivite) ve motor
bozukluğu içeren ciddi belirtiler ile ilişkili olarak ilerleyici gelişim gecikmesi ile kendini gösterir.
 Kistik Fibröz

X E BAĞLI RESESİF KALITIM

 Erkekler X kromozomu açısından HEMİZİGOT’lar

 Tek X kromozomu taşıdıklarından(erkekler)mutant gen resesif karakterde bile olsa etkisini
fenotipte gösterir
 Kadınlar ise iki adet X kromozomu taşıdıklarından, bu hastalıklar için otozomal resesif kalıtım
modelinin aynı özelliklerini taşırlar
 Hasta erkeğin erkek çocukları, hasta olmaz.
 Ancak hasta erkeğin tüm kız çocukları taşıyıcıdır ve bir nesil sonra erkek torunlarında hastalığın
görülme ihtimali %50’dir
 En bilinen örnek hemofilidir (İngiliz Kraliyet ailesi en tanınmış örnektir).

X E BAĞLI DOMİNANT KALITIM

 Sık görülmez ancak en bilinen örnek X’e bağlı dominant D vitamini raşitizmi’dir.

Y KROMOZOMUNA BAĞLI KALITIM

 Sadece erkeklerde görülen bir kalıtım şeklidir ve çok nadirdir

MİTOKONDRİYEL KALITIM

• Her zaman annesel (maternal) kalıtım gösterir

GENOM TARAMASINDAN HASTALIK GENİ TANIMLANMASINA

• Tüm insan kromozomları genotiplendirilir ve bu veriler bağlantı analizinde kullanılarak bölge ve

gen analizleri uygulanır.

• Genotipleme icin mikosatelit belirteçler ve tek nokta polimorfizimleri (Single Nucleotide

Polymorphism; SNP) yaygın olarak kullanılır.

-*GENOM BOYU ANALİZLER

YÖNTEMLER:
Tüm genom genotipleme (SNP array)
Genomdaki kopya sayısı değişiklikliklerinin analizi (CNV analizi)
Bağlantı analizi
Ekzom dizileme: arayüz ya da ham veri üzerinden doğrudan analiz
Sanger dizileme ile ailesel segregasyon incelenmesi*
Toplum taraması

CRISPR-CAS9 ÖDÜL ALMIŞ*

Bir CRISPR elementi yaklaşık olarak 21-72 baz çifti uzunluğundaki aralık verdirici diziler (spacers)
ile birbirinden ayrılmış yaklaşık olarak 23-47 baz çifti uzunluğundaki tekrar dizilerinden oluşur.

CRISPR dizinlerinin oluşmasının temelinde, daha önceden üretilmiş öncü spacer moleküller ve bu
öncü spacer moleküllerine komşu protospacer adjacent motif (PAM) adı verilen DNA dizilerinin
varlığı yatar.
CRISPR kümelerinde tekrar dizilerinin arasına sokulacak olan spacer’lar tesadüfen seçilmemekte, bu
spacerların CRISPR’lara sokulması virüs gibi genomik saldırıyı düzenleyen dönorların
DNA’sında yer alan PAM’ların tanınması aracılığı ile gerçekleşmektedir.

Tip 2 CRISPR-Cas Sistemi

Cas9 nükleaz,
Non-coding CRISPR RNA (crRNAs)

Trans-activating crRNA (tracrRNA) ve

Öncül crRNA (pre-crRNA) genleridir.