DNA Hasarı (Mutasyonlar)

ve Onarım Mekanizmaları
 Prof.Dr.Berrin ERDAĞ (2020)
 MUTASYON

Genomun nükleotid dizisinde meydana gelen spesifik değişiklerdir.

 MUTASYON
 Mutasyonlar, hücrelerin ölümüne yol açabilecekleri gibi
hücrede
 bir değişikliğe yol açmayabilir
 veya kanser gibi çeşitli patolojik durumlara yol açabilir.

 Çok hücreli organizmalarda germ hücrelerinde meydana

gelen mutasyonlar sonraki jenerasyonu etkiler.

 Somatik hücrelerde meydana gelen mutasyonlar kişiyi etkiler.

 MUTASYONLAR

Mutasyonları arttıran iki mekanizma vardır

1) DNA replikasyonu
2) Mutajenler
 MUTASYONLAR

Mutasyonları arttıran iki mekanizma vardır

1) DNA replikasyonu
 DNA replikasyonu sırasında meydana gelen spontan mutasyonlar.

 Bu mutasyonlara; Mismatches’ler denir. Doğru baz eşlemesi gerçekleşemez (Hatalı

baz eşleşmesi).

 Bu mutasyonlar tamir edilemezse hücrede bir sonraki replikasyonda Mutasyona

dönüşür.
Replikasyon Hataları

Mismatches
Mutasyon
 MUTASYONLAR
2) Mutajenler

 Mutasyonlara yol açan kimyasal veya fiziksel ajanlardır.

 Bu tip mutasyonlar genellikler çift zincirli DNA’nın tek zincirinde
meydana gelir.
Bu zincir mutasyonlu zincir adını alır
(hatalı baz eşleşmesi aşaması yok).

 Tamir edilmez ise, hücrenin bir sonraki replikasyonunda kardeş

zincir de mutasyonlu hale geçer.
MUTAJENLER

Mutasyon
Mutasyon Tipleri

 Nokta mutasyonları

 Kromozomal yapısal değişimler

 Kromozomal sayı değişiklikleri

Mutasyonların Etkileri
 Nokta mutasyonları
 Baz değişimi
 Baz eksilmesi (Delesyonu) veya eklenmesi (insersiyon) mutasyonları

 Genomun kodlanan bölgelerinde meydana gelen nokta

mutasyonunun etkisini değerlendirirken, öncelikle üçlü kodon
dizisinde meydana gelen değişikliklere göre değerlendirme
yapılır.
Nokta Mutasyonlarının Etkisi

Sinonim değişiklikler
 Yeni oluşan kodon aynı amino asidi kodlar. Bundan
dolayı genomun kodlama fonksiyonunda herhangi bir
etki yaratmaz.

 Sessiz mutasyonlardır
 Sinonim Mutasyonlar
DNA C
T
G
RNA G C U U G U U U A C G A A U U A G

G C U U G U U U A C G A A U U
Normal

Ala Cys Leu Arg Ile

G C U U G U U U G C G A A U U
Mutasyonlu

Ala Cys Leu Arg Ile

 Missense Mutation
DNA AC Pirimidin

G Pürin
RNA G C U U G U U U A C G A A U U A G

G C U U G U U U A C G A A U U
Normal

Ala Cys Leu Arg Ile Polar

G C U U G G U U A C G A A U U
Mutasyonlu

Ala Trp Leu Arg Ile Nonpolar

06_19_sickle_cell.jpg
 Nokta Mutasyonlarının Etkisi

Nonsense mutasyonlar (Amber mutasyonlar)

 Bu tip mutasyonlar, amino asit kodlayan kodonu stop kodonuna (amber kodonlar)
değiştirir.

 Sonuçta oluşan yeni protein daha kısadır.

Bu mutasyonun etkisi, sentez edilemeyen amino asitlerin miktarına bağlıdır.
Genellikle protein fonksiyonel değildir.
 Nonsense Mutation
DNA A T
A
RNA G C U U G U U U A C G A A U U A G

G C U U G U U U A C G A A U U
Normal

Ala Cys Leu Arg Ile

G C U U G A U U A C G A A U U
Mutasyonlu

Ala STOP
Nokta Mutasyonlarının Etkisi

Stop kodonunu amino asit kodonuna

değiştiren mutasyonlar
 Protein, C terminal yöne doğru uzar.
Proteinlerde ortaya çıkan uzama çok fazla
değil ise fonksiyona yansıtmadan tolore
edilebilir.

Bununla beraber çok fazla uzama, proteinin

yanlış katlanmasına neden olabileceği için
proteinin fonksiyonunu etkiler.
 Delesyon ve İnsersiyon Mutasyonlarının Etkisi

 Genin kodlanan bölgesinde meydana gelen Delesyon ve İnsersiyon mutasyonlarının

farklı etkileri vardır.
 Delesyona veya insersiyona uğrayan nükleotid sayısı üç veya katları şeklinde ise, kodon
sayısında dolayısıyla amino asit sayısında değişime neden olacaktır.
 Bu tip mutasyonun etkisi, mutasyona uğrayan bölgenin özelliğine bağlıdır; Enzimin aktif
bölgesi içindeyse veya proteinin sekonder yapısını bozuyorsa dramatik etkilere neden
olabilir.
 Delesyon ve İnsersiyon Mutasyonlarının Etkisi

 Diğer yandan delesyon veya insersiyon üç nükleotid ve katları şeklinde

meydana gelmeyebilir. gelmemişse, çerçeve kaymasına yol açar.
(Frameshift=Çerçeve kayması mutasyonları).

 Bu tip mutasyonlar, proteinin fonksiyonunda önemli etkilere sahiptir.

Hücre genomunda her gün spontan veya indüklenen
binlerce hasar oluşmakta; bu hasarlar uygun DNA tamir
sistemleri ile düzeltilmeye çalışılmaktadır.
 Tespit

Sinyalin çoğaltılması

Yanıtsal etki

Hücre siklüsünün Apopitoz Tamir

durdurulması
 DNA TAMİRİ
DNA tamir stratejileri;

1) Direk tamir

2) Hasarlı bölümün çıkartılmasını takiben (Kesip-Çıkarma Tamir

Sistemleri)

3) Çift zincir kırıklarının tamiri (Homolog rekombinasyon ve

Nonhomolog uç birleştirme)

4) DNA Sentezi (DNA Hasar Toleransı)

 Direk Tamir Sistemleri

 Orijinal baz uzaklaştırılmadan gerçekleştirilen tamir mekanizmasıdır.

 Sadece birkaç tip DNA hasarı bu yolla düzeltilir.

 Deaminasyon: Bir molekülden bir amin grubunun
çıkarılması.

 DNA metilasyonu: DNA'ya bir metil grubunun

eklenmesidir.
 Direk Tamir Sistemleri
Alkilizasyon hasarlarının tamiri
 hasarlanmış nükleotideki (metil veya etil). Gurubu içerir.TAMİRİ;
 yapan enzimler;
E. Coli’nin “Ada enzimi”
İnsanlarda MGMT (O6-metilguanin –DNA metiltransferaz) enzimidir;
Guaninin 6. pozisyonundan alkil grubunu uzaklaştırır.

Metilguanin tamir
edilmez ise
sitozin yerine
timin ile eşleşir
 Direk Tamir Sistemleri
İyonizan radrasyonun (UV) etkisi ile oluşan pirimidin dimerlerin tamiri

Fotoreaktivasyon tamir sistemi

 E coli’de bu işi yapan enzim DNA fotoliyaz (diğer bir ismi
deoksiribodiprimidin fotoliyaz) enzimidir.
 görünür ışık ile aktive olan enzim pirimidin dimerlerine bağlanarak
dimeri tamir eder.
 Fotoreaktivasyon tamir sistemi yaygın bir sistemdir fakat üniversal bir
tamir sistemi değildir;
 Prokaryot ve bazı ökaryotlarda (mayalar ve bazı bitki ve hayvan türleri)
bu tamir sistemi vardır.
 (örn, insan) bu tamir mekanizması yoktur.
Kesip-Çıkarma Tamir Sistemleri
 Hem prokaryot hem de ökaryotlarda yaygın olarak kullanılan bir
tamir sistemidir.

 Hasarlanmış bazlar çıkartılır, yerine komplamenter zincir

kullanılarak yenisi sentezlenir.

 Üç tipi vardır

 BER (Base exicision repair)

 1-5 bazlık hasarlı dizinin çıkartılması

 NER (Nucleotide exicision repair)

 Hasarlı bölgeyi içeren 30 bazlık dizinin çıkartılması

 Mistmach tamiri(hatalı eşleşme onarımı)

BER (Base exicision repair)

 Deaminasyonun neden olduğu hasarlar

(Sitozin  Urasile deaminasyonu),

 Oksidasyonun veya İyonizan radrasyonun

neden olduğu minör (bir veya birkaç bazlık)
hasarların tamiri bu mekanizma ile
gerçekleştirilir .
 Deaminasyon: Bir molekülden bir amin grubunun çıkarılması.

 DNA metilasyonu: DNA'ya bir metil grubunun

eklenmesidir.
 BER (Base exicision
repair)
A) örn;bir iplikte urasil sitozinin deaminasyonu ile oluşur.
Tamamlayıcı iplikte ,U karşısında Guannin bulunur.DNA
glikozilaz, urasil bazı ile şeker arasındaki beta-N-
glikozidik bağı kırar ve bazsız deoksiriboz (AP) oluşur.
 BER (Base exicision
repair)
B) DNA glikosilazın
bazı ayırdıktan
sonra oluşan
bölgeye AP bölgesi
(bazsız alan) denir.

AP endonükleaz enzimi, AP bölgesinin

5’ yönündeki fosfodiester bağını keser ve
zincirde gap oluşur.
BER (Base exicision
repair)
 BER (Base exicision
repair)
C) Tek nükleotidlik gap DNA polimeraz
tarafından doldurulur;

D) Gap doldurulduktan sonra DNA ligaz

tarafından fosfodiester bağı
yapılır.guannin karşısına doğru bazın
(sitozin )girmesi saglanır

 Bu süreçlerde rol oynayan başka

proteinlerde vardır; XRCC1, PARP
(poli(ADP-riboz) polimeraz).
NER (Nucleotide exicision repair)
 NER sistemi BER’e göre daha spesifik bir tamir
sistemidir ve daha komplike hasarlar tamir
edilir;
 DNA zincirleri arasında oluşan çapraz bağların
tamiri,
 Büyük kimyasal grupların eklenmiş olduğu
bazların tamiri,
 UV ile indüklenmiş pirimidin dimerlerinin tamiri
(E.Coli’de fotoreaktivasyon tamir sistemi ile
tamir edilen)
 Timin dimerlerinin (NER) mekanizması  4-oluşan boşluk DNA polimeraz ile
ile çıkarılması doldurulur
 1-Hasarlı DNA tanınır  5-Ligaz ile birleştirilir.
 2-timin dimerinin her iki yanından
3’ve 5’ nükleazlar ile kesim yapılır
 3-helikazlar ile bölge açılır hasarlı
bazın da içinde olduğu
oligonükleotid çıkarılır
 NER mekanizmasının işleyişi

 1. Hasarın tanınması(Timin dimerleri)

 2. Protein kompleksinin hasarlı bölgeye
bağlanması
 3. ~24-32 nükleotid uzunluğunda bir
fragmentin hasarı içinde bırakacak şekilde
iki tarafından kesilmesi (insizyon)
 4. Hasarı içeren oligonukleotidin
uzaklaştırılması (degradasyon)
 5. DNA sarmalı üzerinde meydana gelen
boşluğun DNA polimeraz tarafından
doldurulması (polimerizasyon)
 6. Ligasyon
NER (Nucleotide exicision repair)
 NER için en iyi anlaşılmış örnek E. Colinin
“short patch” (kısa yama) tamir sistemidir.
 Genellikle 12 nükleotid uzunluğunda
hasarlı dizi tamir edilir.
Bu tamir sistemine UvrABC tamir sistemi de
denir.
 Ökaryotlarda “short patch” tamir sistemi
yoktur.
 Ökaryotik NER sistemi, UvrABC sisteminden
daha komplekstir ve bu sistem ile homoloji
gösteren protein yoktur.
 UvrABC Tamir Sistemi
 UvrA proteini hasarlanmış
DNA’yı tanır.
 Daha sonra UvrA’ya Uvr B ve
Uvr C katılır.
 Uvr B (3’ ucu)ve Uvr C (5’
ucu), hasarlanmış bölgeyi iki
taraftan keser.
 Helikaz, hasarlanmış
oligonukleotidleri sağlam
zincirden ayırır.
 Boşluk DNA polimeraz ve
Ligaz ile doldurulur.
NER (Nucleotide exicision repair)
 E.coli’nin farklı bir mekanizma ile işleyen
“long patch” tamir sistemi de vardır ve
2 kb’a kadar hasarlı zincirler tamir edilir.
 Ökaryotik NER sistemi de “long patch” tamir
sistemi olarak değerlendirilir ve 24-29
nükleotidlik hasarlar tamir edilir.
NER (Nucleotide exicision
repair)
• NER tamir sistemi ökaryotlarda yaygın
olarak kullanılan bir tamir sistemidir.

• İnsanlarda bu tamir sisteminin

anlaşılması, kalıtsal bir hastalık olan
Xeroderma Pigmentozum hastalarının
araştırılması ile ortaya çıkmıştır; UV aşırı
hassasiyet ve deri kanseri.
Xeroderma pigmentosum / XP

 Kseroderma pigmentosum, doğuştan ve ailevi olarak görülen bir deri hastalığıdır. Hastalık ilk
yaşlarda yüz, el ve el sırtı gibi vücudun güneş etkisinde kalan kısımlarında yanık gibi başlar.
Kırmızı lekeler çil lekesine dönüşür ve zamanla deri, kuru, kabuklu ve damarlı bir hal alır.
Genellikle, 10 yaş dolaylarında melanom, sarkom denilen tümörlere dönüşür. Tedavi için cerrahi
yoldan çıkarılmasına çalışılır.
Mistmach Tamiri

 DNA replikasyon sürecinde, DNA

polimeraz hatalı baz eşleşmesi
yapabilir.
 Budurum, DNA polimerazın
«proofreading» aktivitesi ile düzeltilir.
 Düzeltilemeyenhatalı baz eşleşmeleri
ise Mistmach Tamir mekanizması ile
tamir edilir.
Mistmach Tamiri

 Yanlış eşleşme onarım sistemi,Mistmach tamir

mekanizması, hatalı baz eşleşmesini nasıl
tanır?

Bu mekanizma;Yeni replike
olan DNA yı henüz
metillenmemiş olması
nedeniyle atasal iplikten ayırd
ederek yanlış eşleşmiş bazı
bulur uzaklaştırır.
MutS yanlış eşleşmiş baza
bağlanır.Mut L ve H katılır..
Mut H ,metilasyon noktasının
karşı sına denk gelen yeni
ipliği keser.
 Mistmach Tamiri

1) MutS hatalı baz eşleşmelerini

tespit eder

2)- MutS-DNA kompleksine MutL

bağlanır

3) MutS-MutL kompleksi DNA’da bir

loop yapısı oluşturur

4)- MutH, metile olmamış 5’-

GATC polindrom dizisine
bağlanarak, DNA zincirini bu
noktada keser.
 Mistmach Tamiri

5) ,.
Helikazın mistmatch boyunca
hareket ederek oluşturduğu tek
zincir Ekzonukleaz tarafından
degrade edilir.

6) Oluşan gap DNApol I ve DNA

ligaz tarafından doldurulur
Mistmach Tamiri
 ÖkaryotlardaE.coli MutS ve MutL’nin
homologları vardır.
 Sadece MutH’ın homoloğu yoktur.
 Budurum, hatalı baz eşleşmelerine
yol açan hatalı bazı taşıyan zinciri
ayırma da farklı bir mekanizmanın rol
oynadığını gösterir.
E.coli MutS ve MutL’nin insandaki
homologları
 mutS –
hMSH2
hMSH3 Mutasyonlar
hMSH6 HNPCC (hereditary
nonpolyposis colorectal cancer)

 mutL –
hMLH1
hMLH3
hPMS1
HNPCC (hereditary nonpolyposis
colorectal cancer)
 Otozomal dominant kalıtımlıdır
 Mismatch tamir mekanizması bozuktur.
 DNA kırıklarının tamiri
 Oksidatif hasar sonucu, DNA çift zincirin tek zincirinde oluşan
kırık durumunda; sağlam zincir PARP1 proteini ile kapatılarak
sağlam zincirin yıkılması veya istenmeyen bir rekombinasyona
maruz kalması önlenir.

 Kırık, kesip-çıkarma tamir sisteminde rol oynayan enzimlerce

hasar tamir edilir.
DNA Çift Zincir Kırıklarının Tamiri

 Çift zincir kırıkları, iyonizan radrasyon, bazı

kimyasal mutajenlerin etkileri ile oluşabileceği
gibi DNA replikasyonu sırasında da oluşabilir.
 Ciddi hasarlardır.
 İstenmeyen delesyonların oluşmaması için,
oluşan kırık uçlarının korunması gerekir.
 Nukleusta, bu şekilde hasara maruz kalmış iki
kromozom var ise doğru uçların birleştirilmesi de
önemli bir noktadır.
DNA Çift Zincir Kırıklarının Tamiri

 Organizmaların çoğunda çift zincir

kırıklarının tamirinde kullanılan iki
mekanizma vardır;

Homolog rekombinasyon

Nonhomolog uç birleştirme (NHEJ)

DNA Çift Zincir Kırıklarının Tamiri
Homolog
rekombinasyon tamiri
 Kırık bölgesinin tamirinde
bu kromozomun sağlam
olan homoloğu
kullanılarak hasar tamir
edilir.
 Tamir sürecinde,
rekombinasyon olayında
rol oynayan Rec A ve
diğer proteinler kullanılır.
Rekombinasyon onarımı
 Replikasyon sırasında karşılaşılaşılan
timin dimerleri rep.durmasına yol
açar.bundan dolayı
 Dna polimeraz dimeri atlıyarak
replikasyonu gerçekleştirir.
 Yeni sentezlenen iplikte dimer
karşısına gelen kısım boşluktur.
 Bu boşluk hasarlı olmayan atasal
iplikle rekombinasyon ile doldurur.bu
durum sağlam atasal iplikte bir
boşluk olmasına yol açar.yavru iplik
kalıp olarak kullanılıp polimeraz ve
ligazla boşluk doldurulur.
 Geriye kalan timin
dimeride kesip çıkararak
onarım ile tamir edilir.
DNA Çift Zincir Kırıklarının
Tamiri
Nonhomolog uç
birleştirme

 Bu tip tamir
mekanizmasında, kırık
uçlar bir araya getirilir.

 Sıklıkla,
baz kayıpları
meydana gelir.
DNA tamir defektleri ile ilişkili sendromlar
Translesion DNA Sentezi
 DNA’daki mutasyonlar replikasyonundan önce tamir
edilemez ise DNA polimeraz bu mutasyonlarla karşılaştığı
zaman ilerleyemez ve replikasyon durur.

 Bu gibi durumlarda, farklı bir DNA polimeraz ile alternatif bir

DNA replikasyon süreci devreye girer DNA Hasar Toleransı

 Bu «anlayışı» gösteren DNA polimerazlar vardır (ökaryotik

sistemde en az 5 tip).

 Yine de «Hataya Eğilimli» bir replikasyon durumu söz

konusudur.
Ökaryotik TLS
polimerazlar
Rev1,
Pol ζ,
Pol κ,
Pol η,
Pol ι.
 TEŞEKKÜRLER

Prof. Dr. Berrin ERDAĞ

berrinerdag@aydin.edu.tr