Moleculaire biologie

Samenvatting hoofdstuk I
Gram+ >< Gram-
STOP => UAG ( amber), UAA (ochre), UGA (opaal)
START => AUG, GUG, UUG
Eubacteria + eukaryota => endosybiose-theorie
aminozuren hebben zowel D- als L-vorm, enkel L-vorm wordt ingebouwd in
eiwitten
degeneratie in code, voorkeuze voor code verschillend voor elk organismen
cDNA = gecomplementeerd DNA =>  omzetting mRNA naar DNA
ATP = universele E-bron => zelfde intermediair metabolisme
nucleïnezuursequentie: L -> R, 5ʼ-P -> 3ʼ-OH, bovenaan
sense-streng (Watson) = te coderen streng, antisense-streng (Crick)
=waarop wordt gekopieerd
! TE KENNEN BEGRIPPEN ! => in-trans werken, complementatietest,
knockout- mutatie, cistron, ORF, polysoom
E.coli => 4300 genen, 4.6 mjln bp, M9-medium
Samenvatting hoofdstuk II: Algemene eigenschappen van DNA
3 postulaten => extreem belangrijk
depurinatie =  verbreken van verbindingen tussen purine en deoxyribose ->
behandeling zuur => Feulgen ( S7-8 )
experiment Feulgen belangrijk ( S7-10 ) => belangrijk !!
Metabolisch stabiel => organisch component met een hoge halfwaardetijd
Belangrijke experimenten voor bewijs dat DNA drager is van genetische
informatie => Feulgen, Neuraspora Crassa, C-thymidine
Griffith en Avery -> bewijs voor bacteriën, UDP-gluceronzuur
dehydrogenase
Hersey en Chase -> bewijs universeel, T2-fagen met S35 en P32 ( zie
notaʼs)
virussen bevatten veel gemodificeerde nucleotiden
DNA = aromatische basen (=  ring) + deoxyribosesuiker + fosfaatgroepen (=
negatief geladen)
5 basen = adenine, guanine, thymine, cytosine, uracil
basen + suiker = nucleoside = adenosine, guanosine, uridine, cytidine,
thymidine
Pyrimidine = enkelvoudige, heterocyclische 6-ring met N op positie 1 & 3
ringstructuur wordt eerst gesynthetiseerd, dan op suiker geplakt
vermijden van inbouw van dUTP => activatie herstelmechanisme
zie schema  pg 4 fotoʼs
Purine = bicyclische base, bestaand uit pyrimidine + imidazole ring
wordt rechtstreeks op suiker gesynthetiseerd uit glycine, aspartaat, CO2
enz.
zie schema pg 4 fotoʼs
aminogroep van de basen fungeren als H-brug donor, carbonyl- en
stikstofatomen op de ring als H-brug acceptor
hierdoor vormen ze sterke bruggen die verschillende basen tegenover elkaar
verbinden => hierdoor vormen ze een rigide, plenaire structuur => uniforme
stapeling, afscherming
RNA bevat Beta-D-ribose, bron voor purines en pyrimidines bevat 
fosforibosyl pyrofosfaat ( = 5-fosfo-alpha-D-ribose difosfaat)
vorming van fosforibosyl pyrofosfaat uit ribose-5-fosfaat, ATP-fosforibosyl
transferase staat in voor balans ( achterkant pg 6)
Op positie 1ʼ van deze suiker zit pyrofosfaat gebonden, dit zorgt voor de
nodige energie voor de aanhechting ( pyrimidines) of synthese ( purines)
van de basen
DNA bevat Beta-D-2-deoxyribose => wordt gevormd door Beta-D-ribose te
reduceren m.b.v het enzym ribosenucleotide reductase
deoxyribose beschermt beter tegen ribozymen dan ribose
Suiker heel flexibel, meerdere configuraties mogelijk
incorporatie van ongewone nucleotiden kan op 3 verschillende manieren
gebeuren
1. artificiële incorporatie van een base-analoog = een al aangepaste base,
sterk lijkend op 1 van de 5 basis basen, wordt geïncorporeerd in het DNA
2. incorporatie van een enzymatisch gewijzigde nucleotiden = base wordt
ingebouwd in het DNA en dan gewijzigd, lijkt niet meer op basis basen
3. modificatie van het DNA = hele DNA-structuur wordt gewijzigd
zie pg 7 cursus voor meer detailvoorbeelden
voordeel van ingebouwde ongewone nucleotiden in het DNA
Bij fagen: bescherming tegen eigen nucleasen, signalisatie voor
transcriptie en invloed op packiging van faag DNA
 Bij bacteriën :  bescherming tegen eigen restrectie-enzymen, helpt bij
initiatie van nieuwe replicatieronde, DNA herstel, DAM-methylatie helpt
bij transcriptie, helpt bij transpositie en conjugatie
polynucleotiden worden met fosfodiester bindingen aan elkaar verbonden =>
fosforylgroep veresterd het ene suiker via de 3ʼ hydroxylgroep en de andere
via de 5ʼ hydroxylgroep
Tautomerisatie = verandering positie waterstofatoom binnen moleculen met
de breking en herschikking van waterstofbruggen tussen de verschillende
moleculen
Slangengif exonuclease werkt samen met pancreas endonuclease voor een
afbraak van 3ʼ-OH kant en een 5ʼ-P kant
Milt exonuclease werkt samen met Micrococcus endonuclease voor een
afbraak van 3ʼ-p kant en een 5ʼ-OH kant
Transitiemutaties ( A = G of C = T ) frequenter dan transversies ( Pu = Py )
CG-rijke verbindingen hebben een hogere smelttemperatuur dan AT-rijke
verbindingen door het aantal H-bruggen ( 3 ipv 2 )
Kleine groef ( 13 A° ) is toegankelijk voor B-sheets, grote groef ( 21 A° )
toegankelijk voor zowel B-sheets als A-helixen
B-DNA is afhankelijk van basensamenstelling:  AT-rijke sequenties hebben
een nauwere groef dan CG-rijke sequenties
hoe vochtiger het milieu, hoe minder bewegingen in het DNA
draaiing langs de glycosidische binding  => propeller twist ( 10° tot 20°
normaal, bij hoog AT-gehalte tot 30° )
Verschuivingen per basenpaar t.o.v elkaar
Twist en slide zijn de meest voorkomende, rotatie vind telkens plaats
rond lokale verticale as die door het centrum van de basenparen loopt
rol is een rotatie langs de lengte-as, met een variatie van de hoeken
tussen -10° en +20°, positief indien de opening is gericht naar de kleine
groef
zie functie en voorkomen Z-DNA s88
1. ontwinding
2. regulatie van transcriptie
3. fasering van nucleosomen
4. afstandseffect
Eiwit-DNA interacties zijn onderverdeeld n 2 klassen => sequentie-
afhankelijke herkenning  >< sequentie-onafhankelijke herkenning
 interacties vinden plaats in de groeven van de helix
functionele groepen op de zijkant van de basen
eiwit ondergaan op basis van hun lading ook interacties met de negatief
geladen suiker-fosfaat backbone => positief geladen aminozuren
Verschillende soorten interacties => electrostatische interacties, H-
brugvorming, hydrofobe interacties, VdW-interacties
sequentie specifieke herkenning => oppervlakte complementaire aan
specifieke karakteristieken van DNA-helix, contact met DNA (10-20bp)
Grotendeels unieke eiwit-DNA interacties, maar vaak terugkerende motieven
HTH
zinkvinger motief
Two stranded Beta-sheet motief
leucine zipper motief
HLH 
macronucleus >< micronucleus
megakaryocyten => gespecialiseerde polyploïde cellen
DNA = polyanion => neutralisatie gebeurd door toevoeging  van poly-aminen
(= putrescine, cadaverine, spermidine), Mg2+ en/of Ca+, basische eiwitten
zie pg 30-31
voorwaarde voor een eiwit om een structurele rol te spelen
1. Voldoende aanwezig en op regelmatige plaatsen op het genoom te
binden
2. mutaties in eiwitten moeten genoomstructuur -en functies verstoren
Lineair DNA kan vrij roteren, covalent gesloten circulair DNA (cccDNA ) is
topologisch gefixeerd
Lk =  linkage getal = aantal windingen dat 1 streng maakt
Tw = twist = aantal keren dat de ene DNA-streng om de andere streng windt
=> rechtsdraaiend is positief
Wr= Writh = aantal superwinding of supercoiling
Lk = Tw + Wr
plectonemisch >< toroïdaal
Delta-Lk = Lk - Lk0  
Linkage verschil < 0 => negatief supergewonden
linkage verschil > 0 => positief supergewonden
Positief supercoiling => DNA draait naar rechts en steeds strakker
negatief supercoiling => DNA draait naar links en losser
Samenvatting hoofdstuk III: DNA replicatie
Twee systemen die inbouw van dUTP voorkomen  => voorkomt activering
herstelmechanismen
Ung =  uracil-N-glycosylase => knipt uracil base uit DNA waardoor er
een lege apurine plaats ontstaat; Ung-  mutant
dut = dUTPase ; defficientie in zowel ung-  als dut-  betekent een inbouw
van fouten van 1/10
voor de aanmaak van een nucleïneketen zijn Mg2+ nodig, kan vervangen
worden door Mn maar is meer mutageen
energierijke precursoren katalyseren DNA-synthese, dus exotherme reactie
=> omzetting van pyrofosfaat  naar fosfaat geeft -7 kcal/mole aan vrije
energie
staart-groei wordt gebruikt mechanisme wordt gebruikt voor de synthese
van DNA, andere mechanisme is niet compatibel met proeflezing
meten vaan DNA polymerase activiteit => conversie van radio-actieve
dNTPʼs met TCA
bacterieel enzym kan eukaryoot DNA repliceren en omgekeerd => meeste
polymerases werken universeel
vereisten voor suiker en base
Ribonucleosidetrifosfaat wordt niet in vivo geïncorporeerd, maar kan
worden ingebouwd als Mg wordt vervangen door Mn
arabinose-analoog wordt in zekere maten aanvaard, maar moet worden
omgezet; wordt gebruikt als chemotherapeuticum
base kan veel verandering ondergaan zolang H-bruggen goed kunnen
worden gevormd
5-fluorouracil wordt in chemotherapie gebruikt tegen tumoren, heeft een
remmende werking op groei van de cel
F-dUMP remt thymidylaat synthesase => gebrek aan thymine (
thymineless death )
Bromouracil wordt gebruikt als identificatie voor snelgroeiende weefsels
en cellen, maakt gebruik van antilichamen
verdere aanpassingen van basen: substitutie op 5-cytosine, hypoxanthine
PolA-gen codeert voor alle polymerasen in prokaryoten zoals E.coli
Pol I maakt nucleïnezuurketens gelijkaardig aan DNA, maar geen DNA  => o.a
testen met gevoelig product voor ssDNA S1-enzym ( zie pg 8-9)
Pol I voornaamste  functie  => excision-repair, verwijdering van RNA-primers
bestaat uit 3 delen => 5ʼ->3ʼ pol activiteit + 3ʼ->5ʼ exonucl. activiteit (=
klenow-fragment), 5ʼ->3ʼ exonucl. activiteit
groot domein =5ʼ->3ʼ pol activiteit
 klein domein =3ʼ->5ʼ exonucl. activiteit; bevat bindingsplaats voor NMPʼs
en voor 2 divalente metaalionen
Niet-correcte basenparing leid tot drastische vermindering van
reactiesnelheid = kinetische selectiviteit
Polymerases kunnen ook ribo- en deoxyribonucleotiden van elkaar
onderscheiden dmv sterische exclusie => geen ruimte voor extra OH
drie structurele domeinen  van het Klenow-fragment
handpalm domein: opgebouwd uit een Beta-sheet en bevat primaire
elementen van het katalytisch centrum. Hierin bevinden zich 2 divalente
metaal-ionen ( Mg2+ of Zn2+ ), eerste ion reduceert affiniteit van 3ʼOH
voor H, tweede coördineert de negatieve ladingen en stabiliseert het
gevormde PPi. Vervult ook rol van proeflezing
Vinger domein: neemt gesloten conformatie aan bij correcte
basenparing, nauwer omsluiting helpt bij het correct positioneren van
dNTPʼs tov de katalytische metaalionen. Veroorzaakt een knik van 90° in
de fosfodiëster ruggengraat van template => enkel eerste base wordt
blootgesteld aan AC
duim domein: zorgt voor behoud van correcte positie van primer in AC en
voor behoud van sterke associatie tussen DNA polymerase en zijn
substraat  => verhoogt processiviteit
processiviteit = gemiddeld aantal nucleotiden dat aangehecht wordt telkens 
het enzym zijn substraat bindt (pol I = 20-100, Pol III = +/- 50 000)
omzetting van basenparen in tautomere vorm => foute basenparing
verkeerde inbouw van nucleotiden wordt verwijdert door de exonucleasen,
kan ook door omkering van polymerisatie maar foute nucleotide kan opnieuw
worden ingebouwd
Pol III maakt gebruik van enkele helper-eiwitten => DNA pol III holo-enzym
=> verhoogt processiviteit naar 50.000
Bezit enkel 3ʼ->5ʼ exonucl. activteit, proeflezing-activiteit  en polymerase-
activiteit  wordt gedaan door twee verschillende polypeptideketens
zie tekeningen voor verschillende delen van Pol III en stappen voor het
opladen van DNA op het polymerase
Pol II ( polB-gen, DinA) en Pol IV spelen een rol in replicatie-herstart na DNA-
schade, rol werd pas duidelijk na aanmaak dubbelmutanten
Pol IV en V maken deel uit van Y DNA polymerasen => error prone , helpen
bij resistentie tegen antibiotica
Primase ( gecodeerd door dnaG) => RNA-pol die RNA-primers aanmaakt (1-
3 bp) aan OH3ʼ van ssDNA
werd ontdekt door de studie van DNA replicatie bij bacteriofagen =>
soms replicatie in aanwezigheid van rifampicine
in tegenstelling  polymerasen voor tRNA en mRNA heeft primase GEEN
specifieke sequentie nodig om aan te starten
aangezien DNA synthese altijd van 5ʼ->3ʼ is, zal er een leading en een
lagging streng ontstaan
lagging streng => okazaki fragmenten ( 1000 bp tot 2000 bp  in
bacteriën, 100-400 bp in eukaryoten)
Experiment met 3H-thymidine met snelle en trage piek was bewijs voor
bestaan van de twee strengen
mbv Dnase digest kon men bewijzen dat primers sequentie onafhankelijk
waren
RNA polymerasen hebben geen corrigeerfunctie, maar kunnen gemakkelijk
herkend en verwijdert worden uit het DNA
Helicasen => scheiden DNA strengen van elkaar mbv ATP, starten ter hoogte
van de replicatievork
binden aan ssDNA een glijden volgens een bepaalde richting (=
polariteit), die wordt bepaald door de streng waarop ze binden
typische hexamere structuur die een ring vormt rond één van de
strengen (= hoge processiviteit), mechanisme gelijkaardig aan Beta-klem
DnaB eiwit in de vorm van hexameer, samen met 6 monomere oplader-
eiwitten DnaC + 6 ATP => vormt complex DnaC-ATP  <-> DnaC-ADP
Scheiden van de strengen volgens een stappencyclus, nog niet helemaal
duidelijk
SSBʼs ( = single-strand binding proteins) = HD (= helix destabiliserende
eiwitten) = UPʼs ( = unwinding proteins) => binding op net gescheiden
strengen en stabiliseren de strengen zodat ze afgelezen kunnen worden door
polymerasen
binden zowel aan DNA als coöperatief => strekken het DNA uit
energie die vrijkomt na binding zorgt voor het smelten van de helix door
helicasen
SSBʼs binden niet-sequentiespecifiek (bedekken 8-10 bp), vormen geen
H-bruggen maar eerder electrostatische interacties met P
partiële denaturatiemap kan worden bekomen voor specifieke DNAʼs
 soms polymerase-specifiek vb. Gen32 van faag T4, gp32
SSBʼs binden RNaseH en stimuleren ook de activitei hiervan
SSB bindt ook RNA  maar enkel zijn eigen mRNA en inhibeert translatie
brengt replisoom in goede conformatie voor DNA polymerasen en werkt
secundaire structuren weg
Beschermt  ssDNA tegen nuclease en andere schade
SSBʼs bevorderen homologe recombinatie door te binden met ssDNA
tijdens strengverplpaatsing
topoïsomerasen = lossen topologische problemen van het DNA op door ze
een andere topologische toestand te laten aannemen
bij replicatie en transcriptie dient DNA ontwonden te worden om
overschrijving van bp toe te laten
uitsmelten van DNA veroorzaakt een het verwijderen van een winding =>
veroorzaakt een positieve superheliciteit ( overwinding) voor het
enzymecomplex en een negatieve superheliciteit ( onderwinding) achter
het enzymecomplex dat over het DNA beweegt
Topoïsomerase type I ( topo I en topo III) => maken een knip in 1 streng
en hebben géén ATP nodig
1. relaxatie van negatieve superwindingen
2. canteren enkelstengige DNAʼs
3. decanteren van dubbelstrengige DNAʼs
4. knopen/ontknopen ssDNAʼs
topoïsomerase type II ( topo IV en gyrase) => maken een knip in beide
strengen mbv ATP
1. vormen van negatieve superwindingen
2. decanteren dubbelstrengige DNAʼs
3. knopen/ontknopen dsDNAʼs
4. relaxeren positief gewonden DNA
Topo I beperkt onderwinding in DNA, werkt ook samen met gyrase om de
algemene supercoiling status van het DNA te behouden
Novobiocine inhibeert bacterieel DNA Gyrase => blokkeert ATP-binding  en
verknipping van DNA strengen
eukaryoye topoïsomerase inhibitoren worden gebruikt in chemotherpeutica
DNA ligasen = > ligeren okazaki fragmenten terug aan elkaar mbv ATP
maken geen blunt eindjes, maar sticky eindjes
initiatie, elongatie en terminatie van DNA replicatie
replicon = al het DNA dat gerepliceerd wordt vanuit 1 ori
replicator = volledige set aan cis-werkende DNA sequenties die
voldoende zijn om de replicatie initiatie in gang te steken
iniator eiwit = herkent een DNA element in de replicator en zorgt voor de
replicatie initiatie => sequentie-specifieke  DNA-bindend eiwit
binden specifieke DNA-sequenties, verstoren en ontwinden
nabijgelege DNA en interageren met bijkomende factoren nodig voor
initaitie
OriC => DnaA-box: 5x 9-meer  + 3x 13-meer AT-rijk motief (DUE= DNA
unwinding elements) => binding voor initiatoreiwit DnaA 
ATP reguleert DnaA => DnaA-ATP vormt complex en verstoord het
DNA samen met het HU, IHF en Fis eiwit
DnaA rekruteert op zijn beurt DnaB helicase en DnaC helicase lader
topo II is verantwoordelijk voor de positieve superwindingen te
verwijderen, topo I voor de negatieve superwindingen te verwijderen
terminatie wordt veroorzaakt door ter sites => Tus eiwit herkent sites en
door zijn anti-helicase werking stopt activiteit van DnaB
Enkel de leading streng bereikt de ter site, de lagging streng stopt
50-100 tal bp voor de ter site
replicatie initiatie  wordt op verschillende manieren gecontroleerd
DNA zit vastgehecht aan membraan => mesosomen
verschillende methylatietoestanden voor en na replicatie => Dam
methylase ( voor elke A in GATC)
binding met SeqA voorkomt methylatie => zie gevolgen pg 35 cursus
RIDA = regulatory inactivation of DnaA
circulaire chromosomen worden van elkaar gescheiden door type II
topoïsomerasen ( topo IV)
verdere verstrengeling wordt voorkomen door condensines (MukB)
te gebruiken
lineaire chromosomen moeten de lagging streng terug kunnen aanvullen
dat er geen DNA verloren gaat
1. switchen van lineair naar circulair chromosoom
2. Initiërend eiwit gebonden aan 5ʼ uiteinde
3. hairpin structuur op het einde
4. vormen van concatameren (= RDR)
5. Variable repetitieve einden
 RNaseH verwijdert grootste deel van de primer, pol I verwijdert laatste
RNA basen gebonden aan DNA
periseptale annulus -> septum
soms vind er homologe recombinatie tussen chromosomen plaats =>
wordt voorkomen door site-specifieke recombinatiesysteem Xer
single-copy plasmiden vs multicopy plasmiden, narrow host vs broad host
par systeem => twee trans-werkende delen ParA en ParB, één cis-werkend
deel parS
addiction systeem => stabiel gif en labiel antigif, als plasmiden weg zijn zal
het antigif sneller degraderen dan het gif en de cel sterft
Samenvatting hoofdstuk IV: DNA mutaties, herstel en recombinaties
2 bronnen van mutaties => inaccuraatheid van DNA replicatie; chemische
beschadiging van genetisch materiaal
Aard van de mutaties
transities ( Py-> Py of Pu -> Pu) en transversies ( Pu -> Py of Py -> Pu)
=> transversies meestal gevaarlijker
inserties en deleties van 1 of meerdere bpʼs  => frameshift mutaties,
komen vaak voor in gebieden met kort repeterende sequenties
leaky mutations => behouden een deel van hun activiteit, meestal bij
functies van levensbelang
reverterende mutaties => WT fenotype wordt hersteld
direct repeats => herhalingen met dezelfde oriëntatie, inverted repeats
=> herhalingen met een verschillende oriëntatie
Stille mutatie = geen verandering van aminozuur, missense mutatie =
verandering van aminozuur, nonsens mutatie = inbouw stopcodon
In DNA bevinden zich bepaalde hotspots met een verhoogde kans op
fouteninbouw en mutaties
Herhalingen van di-, tri- of tetranucleotide sequenties zijn verhoogd
gevoeliger voor mutaties => moeite met het juist kopiëren van sequentie
=> slipsynthese, herhalingen verdwijnen of komen bij
proeflezing en mismatch herstel systeem voorkomen grosso modo van
fouten
mismatch repair systeem bestaat uit enkele eiwitten die nauw samenwerken
 eerst zal MutS het DNA scannen voor mismatches op basis van
verstoring van de helix. MutS omarmt het DNA en zal een
conformationele verandering ondergaan wanneer het een verstoring
vind. MutS zal dan MutL recruteren
MutL zal op zijn beurt MutH recruteren ( 2 moleculen ). MutH is een
endonuclease dat zal knippen in een van de strengen. Meestal is het al
aanwezig op één van de DNA-strengen en wacht het tot het geactiveerd
wordt door MutL
het knippen van één van de twee strengen zal de helicase UvrD
activeren, die de streng verder zal ontwinden. Verschillende exonuclease
zullen afhankelijk van de oriëntatie het DNA verder afbreken => 5ʼ kant
gebruikt exonuclease IV of Pol I, 3ʼ kant gebruikt exonuclease I of X
Pol III zal dan de gaten weer vullen en ligase zal de keten weer covalent
sluiten
keuze van de streng wordt bepaald door Dam methylase en het
hemigemethyleerd DNA => methyl- directed mismatch repair systeem
DNA beschadiging
deaminatie => verlies van de aminegroep; meest frequente deaminatie is
van cytosine dat verandert in uracil, adenine en guanine kunnen oo,
worden omgezet in hypoxanthine en xanthine. Verklaart ook waarom
thymine wordt verkozen boven uracil
depurinatie => hydrolyse van N-glycosidische binding waardoor er een
abasische plaats ontstaat
alkylatie => transfer van methyl of ethylgroepen naar reactieve plaatsen
op de basen en de fosfaat backbone; zuurstof op C6 guanine is hiervoor
kwetsbaar en resulteert in een transversie
reactieve zuurstof intermediairen ( O2-, H2O2 en OH- ) of radicalen vallen
basen aan; oxoG is een veelvoorkomende mutatie en treed vaak op bij
menselijke kankers
UV licht kan fotochemische fusie veroorzaken tussen twee naast elkaar
gelegen pyrimidines => thymine dimeren
base analogen en DNA intercalerende stoffen kunnen zich tussen de
basen plaatsen en fouten induceren tijdens de replicatie
BER ( = base excision repair) is een systeem dat doormiddel van DNA N-
glycosylasen de glycosidische binding tussen de suiker en de beschadigde
basen zal hydrolyseren => AP nucleasen zullen verder de DNA streng voor
de polymerase afbreken en de beschadigde plaats wordt gehersynthetiseerd
N-glycosylasen scannen DNA-strengen voor distortie en zullen de basen dan
naar buiten draaien ( base flipping)  In een specificiteitbepaalde pocket
Dcm is een cytosine methylase die een kleine hoeveelheid cytosine
methyleert tot 5-methylcytosine => deze plaatsen zijn hotspots voor
mutagenese, voornamelijk voor deanimatie => wordt hersteld door VSP (
very short patch repair systeem) mbv Vsr endonuclease, MutS en MutL
specifiek herstellingsysteem voor oxidatieve beschadiging 8-oxoG: MutM,
MutY en MutT werken onafhankelijk van elkaar
MutM enzyme is een N-glycosylase die specifiek 8-oxoG zal
wegknippen. Beschadigd stuk zal verder worden gedegradeerd door
exonuclease en gehersynthetiseerd door DNA pol I . MutM word
opgereguleerd in geval van oxidatieve stress
MutY is een specifieke N-glycosylase die de foute A tov 8-oxoG zal
verwijderen. MutY werking hetzelfde als MutM
MutT een fosfatase die 8-oxoGTP omzet tot 8-oxoGMP en zo inbouw
voorkomt
gealkyleerde basen kunnen hersteld worden door specifieke N-glycosylasen
op een gelijkaardige wijze als andere DNA beschadigingen. Kunnen ook
hersteld worden door methyltransferasen ( Ogt en Ada)
fotochemische fusie kan worden hersteld door fotoreactivering => DNA
fotolyase zal gebruikmaken van lichtenergie voor het verbreken van de
verbinding tussen de twee pyrimidines
NER ( = nucleotide excision repair) is een algemeen herstelysteem dat de
meeste DNA fouten kan herstellen, wordt voornamelijk uitgevoerd door 4
eiwitten: UvrA, UvrB, UvrC en UvrD => induceerbaar door UV-bestraling
UvrA ( 2 kopijen) en B vormen een complex en scannen het DNA => UvrA
detecteert distortie van DNA en UvrB smelt DNA uit en rekruteert UvrC
UvrC (= endonuclease) knipt langs veide kanten van de fout, UvrD 
ontwindt DNA
DNA pol I en ligase herstellen de rest
din genen ( damage induced) => activatie na DNA schade: voornamelijk Uvr
genen, polymerasen, gene die celdeling uitstellen en genen die zorgen voor
translesionale DNA synthese
SOS respons wordt veroorzaakt door SOS genen die worden onderdrukt
door LexA repressor
RecA (protease) gebonden aan ssDNA zal zelf binden aan LexA =>
verknipt zichzelf en geeft din genen vrij
dubbelstrengige breuk herstel systeem ( DSB = double strand break repair
pathway ) => gebruikt informatie van zusterchromosomen om fouten te
herstellen
RecBCDS en RecFOR zijn twee recombinatiesystemen die gebruikt worden
bij DNA beschadiging
DenV is een N-glycosylasen en DNA endonuclease verantwoordelijk voor
DNA herstel in bacteriofagen => gelijkaardig aan bacteriele herstelsystemen
homologe recombinatie >< niet-homologe recombinatie (= site-specifieke
recombinatie) => zie vereisten pg 15
belangrijkste stappen die de meeste recombinatiemodellen
gemeenschappelijk hebben
1. alignering van homologe DNA sequenties
2. introduceren van DNA breuken ( in één of beide strengen)
3. streng invasie => fysische verbinding tussen twee DNA moleculen =
Holliday junction
4. branch migration
5. verknippen van de Holliday junction  => resolutie stap
verknipping van duplexen kan op twee verschillende manieren