Opgave 1

To forskellige, spontane mutationer i kinase-domænet af EGFR (G719S og L858R) kan

forårsage lungekræft. Tabellen nedenfor viser resultatet af kinetiske målinger af aktiviteten af
EGFR for vildtype (WT) og de to mutanter.

EGFR-variant kcat (s-1)

WT 0.026
G719S 0.280
L858R 1.335

Spørgsmål 1. Forklar med afsæt i funktionen af EGFR og aktivitetsmålingerne hvorfor

mutationerne kan forårsage kræft.

Når EGFR-receptoren aktiveres, rekrutteres proteinet Grb2, hvilket kan analyseres in vitro via
et pull down-eksperiment med varianter af receptorerne fra lungeceller fra raske personer (WT)
samt personer med lungekræft (L858R).

Spørgsmål 2. Forklar hvorfor L858R er i stand til at trække meget Grb2 med ned mens WT
kun trækker en lille mængde Grb2 ned.

For at forstå hvordan L858R-mutationen ændrer kinase-aktiviteten bestemmes

krystalstrukturer til høj opløsning.

Spørgsmål 3. Hent strukturerne af WT (2ITX) og L858R (2ITV) kinase-varianterne i PyMOL

og foretag en strukturel overlejring. Hvor ses den største strukturelle forskel og kan denne
forklare hvorfor L858R er mere aktiv?

Tabellen nedenfor viser affinitetsmålinger mellem EFGR-varianterne og lægemidlet Gefitinib,

der benyttes i behandlingen af visse typer lungekræft.

EFGR-variant KD (nM)
WT 53.5
G719S 123.6
L858R 2.6

Spørgsmål 4. Forklar hvorfor patienter med L858R-mutationen, men ikke patienter med
G719S-mutationen responderer positivt på behandlingen med Gefitinib.

1
Opgave 2
Umiddelbart efter coronavirus trænger ind i en celle translateres to tredjedele af RNA-
genomet til polyproteinerne pp1a og pp1ab, der indeholder to proteaser. Proteaserne kløver
pp1a og pp1ab til 16 ikke-strukturelle proteiner. Det er lykkedes forskere at udvikle ligander,
der hæmmer den primære protease. Brug følgende kommandoer til at hente den biologiske
enhed af den primære protease i PyMOL:

fetch 6M0K, type=pdb1, async=0

split_states 6M0K

Spørgsmål 1. Udbyg dette til et script, der farver protein hvidt, fremhæver liganden i
spacefill, viser active site rester som sticks (Cys145, His41 og Glu166) og farver dem gule.
Hæmmer liganden proteasens aktivitet via binding til det aktive site eller dimer interface?

Polyproteinet pp1ab translateres som en forlængelse af pp1a, hvor en RNA-struktur

(frameshift stimulation element, FSE) bremser ribosomet og i visse tilfælde fører til et -1
skifte i læserammen, så ribosomet undgår et stopkodon og kan fortsætte translationen af det
længere protein. I figuren herunder vises: (a) RNA-strukturdiagram for SARS-CoV-2 FSE
vist med stem farver, 3D-struktur vist som cartoon med (b) stem-farver og (c) regnbue-farver
fra 5' (blå) til 3' (rød).

3'
Stem 2
Stem 1 J3/2

Stem 3
5'

Spørgsmål 2. Beskriv RNA-strukturen af elementerne Stem1, Stem2, Stem3 og J3/2.

3D-strukturen i panel b og c ovenfor giver en mulig forklaring på hvordan ribosomet bremses

og foretager et -1 skifte i læserammen. Strukturen kan studeres nærmere i PyMOL ved at
hente PDB-filen 6XRZ og følge RNA-kædens forløb.

Spørgsmål 3. Hvilke strukturelementer danner en "ring" omkring 5' enden? Foreslå en

mekanisme hvormed FSE blokerer og skubber ribosomet én position tilbage i læserammen.

2
Nedenfor ses et sekvens-alignment af FSE-elementet fra SARS-CoV2 med sekvenser fra
lignende vira med eksempler på co-varierende baseændringer i Stem1 og Stem2 markeret
med røde og fede bogstaver:

Spørgsmål 4. Hvor mange forskellige typer co-varierende baseændringer er der på de

markerede positioner i Stem1 og Stem2? Hvorfor ses typisk deletioner/indsættelser på 3 baser
i denne RNA-struktur?

3
Opgave 3
Studier med enkelt-molekyle FRET af et protein indeholdende et fluorofor-par (FRET-par)
med en Förster-afstand på R0 = 60 Å viser at enzymet skifter imellem to konformationelle
tilstande med FRET-effektiviteter på henholdsvis 0,2 og 0,8. Tilstanden med FRET-
effektivitet 0,2 betegnes Enz1 mens tilstanden med FRET-effektivitet 0,8 betegnes Enz2,
hvorved hastigheds- og ligevægtskonstanter defineres som følger:

Spørgsmål 1. Hvor stor forskel er der på afstanden imellem donor og acceptor mellem Enz1
og Enz2?

Nedenfor ses et repræsentativt enkelt-molekyle FRET-eksperiment for systemet.

Spørgsmål 2. Giv et begrundet estimat for K.

Eksperimentet gentages nu for en mutant af enzymet, hvilket giver nedenstående resultat.

Spørgsmål 3. Angiv ud fra dette om k1, k-1 og K hver især er større, mindre eller omtrent
uændret for mutanten relativt til vildtype-enzymet. Begrund dit svar.

Eksperimentet gentages nu for vildtype-enzymet i tilstedeværelse af en inhibitor, som vist

nedenfor.

Spørgsmål 4. Giv med udgangspunkt i disse data en forklaring på hvordan inhibitoren virker.

4
Opgave 4
Et bakterielt toksin binder til receptorer i tarmvæggen hvorefter det endocyteres. Toksinet
katalyserer ADP-ribosylering af G-protein-koblede receptorers S-subunit, hvilket medfører
en overproduktion af cyklisk AMP (cAMP), som igen leder til udskillelse af klorid-ioner,
bikarbonat og vand. Strukturen af toksinet viste at det er en oligomer, der er vist sammen med
monomeren nedenfor.

Spørgsmål 1. Angiv toksinets foldningsklasse og beskriv den oligomere tilstand.

Toksinet binder til specifikke saccharider på den glykosylerede endocytose-receptor. Figuren

herunder viser strukturen af toksinet med et bundet monosaccharid fra to synsvinkler.
Kulstofatomer i toksinet og saccharidet er vist i henholdsvis grønt og gult og
hydrogenbindinger er vist som blå stiplede linjer.

Spørgsmål 2. Angivet hvilket specifikt monosaccharid, der er bundet til receptoren, herunder
konfigurationen omkring det anomere kulstof.

Strukturen af toksinet er også bestemt i kompleks med et trisaccharid som vist nedenfor, hvor
de tre saccharider er mærket henholdsvis A, B og C.

5
Spørgsmål 3. Beskriv glycosidbindingerne mellem A og B samt mellem B og C med
angivelse af de indgående kulstofatomer og konfigurationen.

Figuren ovenfor til højre viser bindingen af trisaccharidet inklusive de omgivende

vandmolekyler (røde kugler) og hydrogenbindinger (blå stiplede linjer). I et forsøg blev der
designet to mutanter med henholdsvis en enkelt mutation (H18A) og en dobbeltmutation
(H18A / H94A), hvorefter dissociationskonstanten for binding til trisaccharidet blev målt.

Toksinvariant Målt KD
Vildtype 10 mM
H18A > 50 mM
H18A / H94A ingen binding

Spørgsmål 4. Forklar de observerede bindingskonstanter.

6
Opgave 5
Gennem de sidste ca. 50-70 år er der sket en kolossal ophobning af syntetisk fremstillet
plastik som affald i naturen. Dette nedbrydes meget langsomt, i visse tilfælde af enzymdrevne
processer. Strukturerne af de mest udbredte klasser af plastik er vist nedenunder.

Spørgsmål 1. Hvorfor er det en udfordring for enzymer at nedbryde disse stoffer ud fra et
kemisk perspektiv? Hvilke stofgrupper må forventes at være hhv. sværest og lettest at
nedbryde og hvorfor?

Der er ikke desto mindre identificeret forskellige enzymer der (om end langsomt) nedbryder
forskellige typer plastik. Nogle af disse produceres af mikroorganismer der vokser på en
losseplads med primært PET-plastik. Ét sådant enzym (en PETase) nedbryder PET til MHET,
mens et andet (en MHETase) nedbryder MHET til PTA og EG, som vist nedenfor.

Strukturen af MHETase er bestemt i nærvær af stoffet benzoat (se nedenfor). MHETase kan
deles op i to domæner, en lysegrå del, som er næsten identisk med PETase og en mørkegrå
del der ikke findes i PETase. Dvs. MHETase kan beskrives som PETase (lysegrå) med låg
(mørkegrå).

7
Spørgsmål 2. Hvorfor kan benzoat binde til det aktive site i MHETase? Hvilken enzymklasse
forbindes sidekæderne i det aktive site normalt med og hvorfor findes de i MHETase?

Spørgsmål 3. MHETase har en meget lav kcat. Forklar hvorfor det giver mening at
MHETasen har et låg-domæne i modsætning til PETasen.

Man fremstiller nu et
hybridenzym bestående af
en MHETase og en
PETase forbundet med en
8-aminosyrerest linker.
Dets evne til at danne TPA
måles og sammenlignes
med de isolerede enzymer
med følgende resultat.

Spørgsmål 4. Forklar de tre enzymers forskellige aktivitetsniveauer ud fra disse data.