Polyanthum (Wight) Walp.) Is A Plant That Contains A Lot of Secondary Metabolites

Fatimah: Pemodelan Farmakofor, Skrining Virtual, Dan Penambatan Molekul Senyawa Metabolit
Dalam Ekstrak Daun Salam (Syzygium polyanthum (wight) walp.) Sebagai Senyawa Antihipertensi
Pharmacophore Modeling, Virtual Screening, And Molekular Docking

Metabolite Compound From Salam Leaf Extract (Syzygium polyanthum
(wight) walp.) As Antihipertensive Compound
Pemodelan Farmakofor, Skrining Virtual, Dan Penambatan Molekul

Senyawa Metabolit Dalam Ekstrak Daun Salam (Syzygium polyanthum
(wight) walp.) Sebagai Senyawa Antihipertensi
Diah Siti Fatimah1*, Shella Widiyastuti1, Dede Jihan Oktaviani1, Quinzheilla Putri
Arnanda1, Shinta Lestari1, Saqila Alifa Ramadhan1, Sandra Megantara1
1
Fakutas Farmasi, Universitas Padjadjaran, Sumedang, Jawa Barat 45363,
Indonesia
*
Email: diah16001@mail.unpad.ac.id
ABSTRACT
Hypertension is a non-communicable disease that affects many people of the world

with the role of angiotensin converting enzyme (ACE). Salam leaves (Syzygium
polyanthum (Wight) Walp.) is a plant that contains a lot of secondary metabolites
that have antihypertensive activity. The purpose of this study was to determine the
active compounds of salam leaves which have antihypertensive activities. The
method that used was in silico technique which consists of pharmacophore
modeling, virtual screening, and molecular docking of secondary metabolites in
salam leaves. The parameters that used in this study were fit pharmacophore
score,% hit rate,% yield, Area Under Curve (AUC) value, Rule of Five Lipinski
value, Gibbs energy, and Root Mean Square Deviation (RMSD) value. The results
of pharmacophore model validation showed a pharmacophore fit score of 48.49; hit
rate of 88.80%; AUC 100% of 0.82; and an EF1% value of 1.1. The results of
pharmacophore modeling of the active group showed that there are three hydrogen
acceptor groups. The results of virtual screening with gallic acid showed a hit rate
of 100%, pharmacophore fit score of 48.03%, and fulfilled all Lipinski's Rule of
Five criteria. The results of molecular docking of gallic acid with ACE receptors
obtained the best affinity at ∆G = -6.1 kcal/mol and RMSD 0.00. This showed that
gallic acid has a less affinity for ACE receptors compared to enalaprilate with ∆G
= -9.1 kcal / mol.
Keywords: pharmacophore, hypertension, molecular docking, virtual screening,

Syzygium polyanthum (Wight) Walp.
Corresponding Author: Diah Siti Fatimah
Address: Fakutas Farmasi, Universitas Padjadjaran, Sumedang, Indonesia, 45363
Email: diah16001@mail.unpad.ac.id
91
Jurnal Farmasi Galenika Vol. 7 No.2
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
ABSTRAK
Hipertensi merupakan penyakit tidak menular yang banyak diderita masyarakat

dunia dengan adanya peran dari angiotensin converting enzyme (ACE). Daun salam
(Syzygium polyanthum (Wight) Walp.) merupakan tumbuhan yang banyak
mengandung golongan metabolit sekunder yang memiliki aktivitas sebagai
antihipertensi. Tujuan dilakukan penelitian ini adalah untuk mengetahui senyawa
aktif pada daun salam yang memiliki aktivitas sebagai antihipertensi. Metode yang
dilakukan adalah teknik in silico yang terdiri dari pemodelan farmakofor, skrining
virtual, dan penambatan molekular terhadap metabolit sekunder dalam daun salam.
Parameter yang digunakan dalam penelitian berupa pharmacophore fit score, % hit
rate, % yield, nilai Area Under Curve (AUC), nilai Lipinski’s Rule of Five, energi
Gibbs, dan nilai Root Mean Square Deviation (RMSD). Hasil validasi model
farmakofor menunjukkan nilai pharmacophore fit score sebesar 48,49; hit rate
sebesar 88,80% ; AUC100% sebesar 0,82; dan nilai EF1% sebesar 1,1. Hasil
pemodelan farmakofor dari gugus aktif menunjukkan bahwa terdapat tiga gugus
akseptor hidrogen. Hasil skrining virtual dengan asam galat menunjukkan hit rate
100%, nilai pharmacophore fit score sebesar 48,03%, dan memenuhi semua kriteria
Lipinski’s Rule of Five. Hasil penambatan molekul ligan asam galat dengan reseptor
ACE diperoleh afinitas terbaik pada ∆G = -6,1 kkal/mol dan RMSD 0,00. Hal ini
menunjukkan bahwa asam galat memiliki afinitas yang kurang baik terhadap
reseptor ACE dibandingkan dengan enalaprilat dengan ∆G = -9,1 kkal/mol.
Kata kunci: farmakofor, hipertensi, penambatan molekular, skrining virtual,

Syzygium polyanthum (Wight) Walp.
PENDAHULUAN dapat mencapai angka di atas 90

mmHg (Harvey, 2012).
Hasil riset kesehatan dasar pada tahun
2018, menunjukkan bahwa terjadi Keadaan hipertensi sangat berkaitan
peningkatan trend PTM (Penyakit erat dengan Renin Angiotensin
Tidak Menular) pada masyarakat Aldosterone System atau RAAS. Pada
Indonesia dibandingkan dengan tahun sistem RAAS, renin yang berasal dari
2013 dimana 34,1% penduduk sel juxtaglomelural ginjal bekerja
Indonesia tercatat mengalami dengan mengaktifkan angiotensinogen
hipertensi. Hipertensi merupakan (enzim yang ada di hati) menjadi
suatu kondisi ketika tekanan darah angiotensin I, angiotensin I akan
sistolik mencapai angka di atas 140 berubah menjadi angiotensin II
mmHg dan tekanan darah diastolik dengan bantuan angiotensin
92
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
converting enzyme (ACE) yang Farmakofor merupakan posisi

meningkatkan tekanan darah geometrik tiga dimensi dari gugus-
(Bartunek and Vanderheyden, 2013). gugus yang terdapat di dalam suatu
ligan yang membentuk suatu pola
Salam atau Syzygium polyanthum
yang unik yang dapat dikenali oleh
(Wight) Walp. merupakan tanaman
reseptor secara spesifik yang
dari suku myrtaceae yang sudah turun
bertanggung jawab terhadap proses
temurun digunakan oleh masyarakat
pengikatan ligan dengan suatu
Indonesia sebagai bahan ramuan obat
reseptor dan aktivasi dari reseptor
tradisional dengan khasiat diantaranya
tersebut (Thomas, 2007). Tujuan
yaitu mengurangi dislipidemia
dilakukannya pemodelan farmakofor
terutama hipertrigliseridemia,
yaitu untuk melihat bagaimana tingkat
menurunkan kadar LDL, dan
kemiripan antara senyawa serta
berpotensi dalam menurunkan kadar
modifikasinya dengan ligan standar
asam urat (Elfahmi et al., 2014;
dengan dilakukan skrining virtual
Harismah dan Chusniatun, 2016).
menggunakan model 3D farmakofor
Kandungan kimia daun salam meliputi berbasis fitur yang tervalidasi
beberapa metabolit sekunder seperti (Dermawan et al., 2019).
tanin, alkaloid, flavonoid (rutin dan
LigandScout merupakan sebuah
kuersetin), steroid, dan triterpenoid
software yang berbasis pada operasi
(Kusuma et al., 2011). Selain itu,
system linux yang bekerja dengan
ekstrak daun salam juga diketahui
membuat farmakofor suatu kompleks
mengandung senyawa fenolat seperti
ligan dan protein, yang
asam galat, katekin, asam kafeat, dan
memungkinkan untuk secara cepat dan
eugenol (Lelono et al., 2009). Daun
transparan memperoleh farmakofor
salam memiliki beberapa aktivitas
3D dari data struktural
farmakologis diantaranya yaitu
makromolekul/ligan kompleks
antioksidan, antidiabetes,
(Funkhouser, 2007).
antihipertensi, antimikroba, antidiare,
antikanker, antitumor, penurun lipid, Oleh karena itu, dilakukan penelitian
penghambat flak gigi, dan dengan tujuan untuk membuat dan
acethylcholin-esterase inhibitor menentukan farmakofor dari suatu
(Ismail dan Ahmad, 2019). kompleks ligand-protein yang terdapat
93
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
di DUD.E (a Databse of Useful 3. Tahapan Penelitian

Decoys Enchanced) dude.docking.org,
Tahapan yang dilalui dalam penelitian
dengan meggunakan software
ini mencakup:
premium LigandScout 4.1 (Wolber
and Inte:Ligand GmbH). a) Preparasi Reseptor
Struktur reseptor Angiotensin I-

Converting Enzyme (PDB ID: 1UZE)
METODE PENELITIAN
yang digunakan pada penelitian ini
1. Alat diunduh dari situs Protein Data Bank
(PDB) yang kemudian dipisahkan
Perangkat keras yang digunakan
dengan ligan dan air serta
adalah personal computer dengan
ditambahkan muatan.
spesifikasi AMD A9-9420e Radeon
R5, 5 Compute Cores 2C+3G 1,80 b) Preparasi Ligan
GHz, RAM 4,00 GB, dan System type
Ligan standard enalaprilat diperoleh
64-bit Operation System x64-based
dari hasil pemisahan dengan reseptor
processor. Perangkat lunak yang
Angiotensin I-Converting Enzyme.
digunakan adalah perangkat lunak
Sedangkan, ligan kuersetin, kuersetin
AutoDockTools 1.5.6, perangkat lunak
glikosida, asam galat, katekin, rutin,
BIOVIA® Discovery Studio 2017,
eugenol didesain dengan
perangkat lunak ChemBioOffice Ultra
menggunakan perangkat lunak
2010, perangkat lunak premium
ChemBioOffice Ultra 2010 dan
LigandScout 4.09.1 (Wolber and
dilakukan optimasi.
Inte:Ligand GmbH), dan perangkat
lunak PyRx 0.8. c) Preparasi Database Active/Decoy
Senyawa Uji
2. Bahan
File database active dan decoys
Bahan yang digunakan meliputi
diunduh pada website
database decoy dan active dari file
http://dude.docking.org/targets
unduhan dari website DUDe dari
dengan tipe reseptor ACE. Database
reseptor ACE serta senyawa uji
active dan decoys yang sudah diunduh
kuersetin dan ligan standar dengan
dipreparasi masing-masing menjadi
format sdf.
100 dan 400 senyawa. Kemudian,
94
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
ligan standar enalaprilat yang sudah masing-masing senyawa dengan

dalam model 3D disiapkan dalam ClusterID yang sama dipilih satu
format mdl mol/sdf (mol.sdf) dengan senyawa dengan type ‘training’ dan
menggunakan perangkat lunak yang lainnya ‘ignore’. Setelah
BIOVIA® Discovery Studio. Setelah melewati proses ‘Create
itu, database masing-masing senyawa Pharmacophore’ akan didapatkan
dipreparasi dengan perangkat lunak model farmakofor dan disimpan
LigandScout 4.09.1 dengan dengan format .pmz.
memastikan pada bagian ‘type’ berupa
f) Virtual Screening
‘training’ untuk database active dan
decoys, serta ‘test’ untuk senyawa uji Skrining dilakukan terhadap senyawa
dan ligan standar. Kemudian simpan uji yang sudah dipreparasi, kemudian
database dengan format .ldb. screening dilakukan dengan perangkat
lunak LigandScout 4.09.1 dan
d) Validasi Metode Komputasi
memasukkan database senyawa uji
Validasi meliputi validasi metode (ditandai warna hijau) dan decoys
penambatan molekul yang dilihat dari (ditandai warna merah) dan kemudian
nilai Root Mean Square Deviation running.Setelah selesai akan
(RMSD) hasil penambatan ulang (re- didapatkan senyawa yang hit.
docking) ligan standard dan validasi
g) Simulasi Penambatan Molekul
pemodelan farmakofor yang dilihat
(Docking Simulation)
dari nilai AUC dan EF dari kurva
Receiver Operating Characteristic Penambatan molekul dilakukan
(ROC) hasil skrining 100 actives set dengan menggunakan perangkat lunak
dan 400 decoys set. PyRx. Hasil docking kemudian
divisualisasi dengan menggunakan
e) Pemodelan Farmakofor
perangkat lunak Autodock dan
Pemodelan farmakofor dilakukan menggunakan perangkat lunak
terhadap ligan standar enalaprilat. BIOVIA® Discovery Studio untuk
Pada perangkat lunak LigandScout melihat interaksi antara reseptor dan
4.09.1 dilakukan minimisasi senyawa, ligan. Hasil binding affinity dipilih
kemudian dilakukan cluster untuk dari nilai yang paling negatif yang
mendapat beberapa cluster. Dari
95
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
menunjukkan konformasi ligan http://www.rcsb.org/ dengan kode

dengan reseptor yang paling stabil. yang merupakan Angiotensin
Converting Enzyme pada manusia
yang terkompleks dengan ligan
HASIL DAN PEMBAHASAN antagonisnya (enalaprilat) yang
diunduh dengan format berkas .pdb.
Hasil
Pada preparasi ligan terdiri dari
1. Hasil Preparasi Reseptor dan preparasi ligan standar enalaprilat dan
Ligan ligan uji kuersetin, kuersetin-3’-O-
glikosida, asam galat, rutin, katekin,
Struktur reseptor yang digunakan pada
dan eugenol. Kompleks reseptor
penelitian ini adalah reseptor
1UZE dengan ligan standar enalaprilat
Angiotensin Converting Enzyme/ACE
dapat dilihat pada Gambar 1, dan hasil
yang diunduh dari situs Protein Data
komputasi kandidat ligan uji dapat
Bank (PDB) melalui
dilihat pada Tabel 1.
Gambar 1. Kompleks Reseptor Angiotensin Converting Enzyme (PDB ID: 1UZE)

dengan Ligan Standar Enalaprilat
96
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
Tabel 1. Hasil Komputasi Kandidat Ligan Uji

No Nama Rumus Struktur BM Aksepto Donor
. Molekul Molekul r Ikatan Ikatan
Hidroge Hidroge
n n
1. Kuerseti C15H10O 302.2 2 2
n 7 3
g/mol
2. Kuerseti C21H19O 463.4 3 3

n-3’-O- 12 g/mol
Glikosid
a
3. Asam C7H6O5 170.1 3 4

Galat 2
g/mol
4. Katekin C15H14O 290.2 5 4

6 7
g/mol
97
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
5. Rutin C27H30O 610.5 6 7

16 g/mol
6. Eugenol C10H12O 164.2 1 1

2 g/mol
Tabel 2. Hasil Validasi Docking

Grid Box Cluster Ref. Energi Ikatan Ikatan
Kode Ikatan Residu
RMSD RMSD Ikatan Hidro- Π-
PDB X Y Z Π- Π Asam Amino
(Å) (Å) (ΔG) gen Kation
1UZE 40,5 37,5 43,4 0 1,82 -9,1 6 - 1 Val518, Glu411,
6 4 4 His387, His513,
His383, Ala354,
His353, Phe512,
Lys511, Phe457
2. Hasil Validasi Metode dengan penambatan ulang ligan

Penambatan Molekul (Docking) standar yang sudah dipisahkan dari
reseptornya menggunakan perangkat
Validasi metode penambatan molekul
lunak PyRx. Validasi ini juga disebut
(docking) dilakukan untuk
dengan istilah re-docking. Hasil
membuktikan serta memastikan
validasi metode penambatan molekul
bahwa metode yang digunakan
(Docking) dapat dilihat pada Tabel 2.
memenuhi syarat validitas dan dapat
digunakan untuk pengujian molekul 3. Hasil Validasi Pemodelan
lainnya serta meminimalisir Farmakofor
kesalahan.Validasi metode Hasil validasi dapat dilihat pada kurva
penambatan molekul dilakukan Receiver Operating Characteristic
98
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
(ROC) dimana sumbu x merupakan

laju senyawa decoy dan sumbu y
adalah laju senyawa actives. Nilai
AUC (Area Under Curves) dan EF
(faktor pengayaan) yang didapatkan
dari kurva menunjukkan kemampuan
tambatan untuk membedakan ligan
asli dalam banyak senyawa umpan.
Gambar 2. Hasil Pemodelan
Semakin tinggi nilai AUC dan EF Farmakofor
maka semakin baik kinerja Keterangan: bulatan merah
merepresentasikan akseptor ikatan hidrogen
penyaringan virtual. Hasil yang
diperoleh 444 hit yang merupakan 5. Virtual Screening
kumpulan ligan terbaik dengan nilai Hasil pengujian menunjukkan bahwa
AUC sebesar 0,82 dan nilai faktor dari semua metabolit yang diujikan,
pengayaan (EF) adalah 1,1 sehingga asam galat merupakan satu–satunya
dikatakan valid. metabolit sekunder yang dapat hit
dengan reseptor ACE 3bkl dengan
4. Hasil Pemodelan Farmakofor nilai pharmacophore-fit sebesar
Pemodelan farmakofor dilakukan 48,03% yang dapat dilihat pada
dengan menggunakan perangkat lunak Gambar 3 dan 4, dan karakteristik
LigandScout 4.09.1 yang dapat dilihat pemodelan farmakofor asam galat
pada Gambar 2. dengan reseptor ACE dapat dilihat
pada Tabel 3.
Gambar 3. Hasil Skrining Model Farmakofor dengan Asam Galat (3D)
99
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
Gambar 4. Hasil Skrining Model Farmakofor dengan Asam Galat (2D)
Tabel 3. Karakteristik Pemodelan Farmakofor Asam Galat dengan Reseptor ACE

# Heavy # Rot.
cLogP # Rings MolWt # Acceptors # Donors
Atoms Bonds
12 5 0.27 1 170.12 5 3
Tabel 4. Hasil Simulasi Docking Asam Galat dengan Reseptor

Senyawa Cluster Ref. Energi Ikatan Ikatan Ikatan Residu
RMSD RMSD Ikatan Hidroge Π- Π Π- Asam Amino
(Å) (Å) (ΔG) n Kation
Asam 0 1,82 -6,1 4 - - Ikatan Hidrogen
gala LEU A: 139 ASN A:
85
Ikatan Hidrofob
GLU A: 143 SER A:
516
LEU A: 140 ARG A:
124
TYR A: 62 ASN A:
136
LEU A: 82 LEU A:
81
ASN A: 66 ASN A:
70
100
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
6. Simulasi Penambatan Molekul Berdasarkan hasil visualisasi, dapat

(Docking Simulation) terlihat bahwa asam galat mimiliki
ruang-ruang berwarna biru yang
Hasil penambatan senyawa asam galat
merupakan atom pendonor hidrogen
dengan reseptor 1UZE Angiotensin
dan juga satu ruang warna merah
converting enzyme, diketahui bahwa
menunjukkan atom penerima
semua senyawa memiliki energi ikatan
hidrogen. Selain itu juga terdapat
yang baik karena nilai berada pada
ikatan hidrofob yang digambarkan
angka minus. Nilai energi ikatan daun
dengan bola berwarna hijau. Adapun
salam diperoleh sebesar -6,1 dengan
residu asam amino penting dari asam
jumlah ikatan hydrogen sebanyak 4
galat dengan reseptor ini adalah leu a:
dan dengan nilai RMSD 0,0 dimana
139 asn a: 85 yang berperan dalam
nilai tersebut yang merupakan hasil
ikatan hidrogen, dan glu a: 143, ser a:
RMSD terbaik dari proses docking
516, leu a: 140, arg a: 124, tyr a: 62,
yang dilakukan (nilai berada di tabel
asn a: 136, leu a: 82, leu a: 81, asn a:
paling atas). Hasil simulasi Docking
66, dan asn a: 70 yang berperan dalam
asam galat dengan reseptor dapat
ikatan hidrofob seperti yang terlihat
dilihat pada Tabel 4.
dalam Gambar 5.
Gambar 5. Interaksi Asam Galat dengan Reseptor ACE
101
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
Pembahasan atom hidrogen polar dan muatan

Kollman dilakukan agar sesuai dengan
1. Preparasi Reseptor
lingkungan docking sehingga dapat
Struktur reseptor yang digunakan pada dilakukan kalkulasi yang tepat. Hasil
penelitian ini adalah reseptor dari proses ini yaitu reseptor yang
Angiotensin I-Converting Enzyme disimpan dalam berkas dengan format
(PDB ID: 1UZE) yang dipilih sebagai .pdbqt.
reseptor untuk target obat hipertensi
2. Preparasi Ligan
karena reseptor tersebut memiliki nilai
resolusi 1,82 Ă, dimana nilai resolusi Preparasi ligan terdiri dari preparasi
tersebut termasuk dalam kategori baik ligan standar dan ligan uji. Ligan
karena kurang dari 2 Ă. Apabila standar yaitu enalaprilat diperoleh dari
reseptor memiliki nilai resolusi lebih proses pemisahan struktur 1UZE
dari 2 A, maka jarak antara ligan dan dengan menggunakan perangkat lunak
reseptor semakin jauh sehingga tidak BIOVIA® Discovery Studio.
selektif. Struktur 1UZE dapat Sedangkan preparasi untuk ligan uji
membentuk kompleks dengan ligan yaitu kuersetin, kuersetin-3’-O-
antagonisnya (enalaprilat) dan dapat glikosida, asam galat, rutin, katekin,
mengikat molekul air, sehingga dan eugenol dibuat dan dimodelkan
sebelum melakukan docking harus struktur 2Dnya dengan menggunakan
menggunakan perangkat lunak perangkat lunak ChemBioOffice Ultra
BIOVIA Discovery Studio 2017 untuk 2010, kemudian dilakukan optimasi
penghilangan air dan ligan untuk geometri srukturnya menjadi 3D
memisahkan ligan dan reseptor awal. dengan menggunakan Chem3D.
Hasil dari proses ini yaitu struktur Setelah itu, berkas disimpan dengan
makromolekul yang telah terpisah format .pdb. Dalam pengubahan
dengan ligan dan disimpan dalam berkas dengan format .pdbqt.
berkas dengan format .pdb. Pada dilakukan dengan menggunakan
struktur makromolekul yang program AutoDockTools 1.5.6,
dihasilkan, selanjutnya ditambahkan sehingga diperoleh ligan yang siap
dengan atom hidrogen polar dan untuk dilakukan penambatan molekul.
muatan Kollman pada program
AutoDockTools 1.5.6. Penambahan
102
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
3. Validasi Metode Penambatan yang terdapat pada sisi aktif dari

Molekul (Docking) reseptor angiotensin I-converting
enzyme yaitu Val518, Glu411,
Dalam penelitian ini ligan standar
His387, His513, His383, Ala354,
yang digunakan yaitu enalaprilat dan
His353, Phe512, Lys511, dan Phe457
reseptornya yaitu reseptor Angiotensin
yang membentuk interaksi antara
I-Converting Enzyme. Validasi ini
ligan-reseptor berupa 6 ikatan
didasarkan pada Root Mean Square
hidrogen dan 1 ikatan π-kation.
Deviation (RMSD) terbaik yang
memenuhi persyaratan < 2Å sehingga 4. Validasi Pemodelan Farmakofor
perlu dilakukan optimasi jarak terlebih
Validasi metode pemodelan
dahulu untuk menentukan nilai
farmakofor dan skrining dilakukan
RMSD. Penentuan daerah ikatan (grid
terlebih dahulu untuk memastikan
box) dilakukan untuk membatasi
reabilitas dari farmakofor dengan
ruang pencarian konformasi ligan
perangkat lunak LigandScout 4.09.1.
pada proses docking. Grid box yang
Validasi ini dilakukan terhadap
dihasilkan dari penambatan ulang
serangkaian tes set yang terdiri dari
enalaprilat terhadap reseptor
actives set (kumpulan ligan aktif saat
angiotensin I-converting enzyme yaitu
ditambatkan pada reseptor) dan decoys
x= 40,56; y= 37,54; dan z= 43,44
set (ligan yang memiliki kemiripan
dengan nilai RMSD yaitu 1,82 Å
secara struktur dengan actives set
sehingga dapat dikatakan bahwa
tetapi tidak aktif saat ditambatkan
metode penambatan molekul valid.
pada reseptor).
Selain itu, dapat dilihat pula dari
energi bebas Gibbs (∆G) yang mana Total senyawa yang digunakan pada
semakin kecil nilainya menunjukkan validasi pemodelan farmakofor yakni
bahwa konformasi yang terbentuk 500 senyawa yang terdiri dari 100
stabil. Energi bebas Gibbs (∆G) yang actives set dan 400 decoys set yang
dihasilkan dari penambatan ulang diperoleh dari Database of Useful
enalaprilat terhadap reseptor Decoys (DUDe). Hasil validasi dapat
angiotensin I-converting enzyme yaitu dilihat pada kurva Receiver Operating
-9,1 kcal/mol yang artinya konformasi Characteristic (ROC) dimana sumbu
yang terbentuk stabil. Terdapat x merupakan laju senyawa decoy dan
beberapa residu asam amino krusial sumbu y adalah laju senyawa actives.
103
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
Nilai AUC (Area Under Curves) dan yang terdapat pada daun salam seperti
EF (faktor pengayaan) yang kuersetin, asam galat, rutin, katekin
didapatkan dari kurva menunjukkan dan eugenol, asam galat untuk melihat
kemampuan tambatan untuk senyawa yang dapat hit dengan
membedakan ligan asli dalam banyak reseptor ACE 3bkl. Hasil pengujian
senyawa umpan. Semakin tinggi nilai menunjukkan bahwa dari semua
AUC dan EF maka semakin baik metabolit yang diujikan, asam galat
kinerja penyaringan virtual. Hasil merupakan satu–satunya metabolit
yang diperoleh 444 hit yang sekunder yang dapat hit dengan
merupakan kumpulan ligan terbaik reseptor ACE 3bkl dengan nilai
dengan nilai AUC adalah 0,82 dan pharmacophore-fit sebesar 48,03%.
nilai faktor pengayaan (EF) adalah 1,1 Hasil skrining model farmakofor asam
sehingga dikatakan valid. galat menunjukkan bahwa asam galat
memiliki tiga gugus akseptor hidrogen
5. Pemodelan Farmakofor
dan juga satu gugus yang bermuatan
Pemodelan farmakofor dilakukan negatif terionisasi yang akan
dengan menggunakan perangkat lunak bertanggung jawab terhadap aktivitas
LigandScout 4.09.1 yang bertujuan farmakologisnya. Hasil ini memiliki
untuk dapat mengidentifikasi bagian kemiripan terhadap ligan standar
dari ligan standar yaitu enalaprilat enalaprilat yang memiliki tiga gugus
yang bertanggung jawab terhadap akseptor elektron dengan nilai
aktivitas farmakologi. Hasil pharmacophore-fit sebesar 48,49%.
pemodelan farmakofor menunjukkan
Hasil pemodelan farmakofor asam
adanya tiga gugus akseptor hidrogen
galat menunjukkan bahwa asam galat
yang bertanggung jawab terhadap
memenuhi syarat dari Lipinski’s Rule
aktivitas farmakologis dari enalaprilat
of Five (tidak lebih dari 10 akseptor
dengan nilai pharmacophore-fit
hidrogen, tidak lebih dari 5 donor
sebesar 48,49% dan hit rate sebesar
hydrogen, rotatable bond kurang dari
88,80%.
15, log P kurang dari 5, dan berat
6. Virtual Screening molekul kurang dari 500) dan juga
karakteristik seperti yang tertera pada
Virtual screening dilakukan terhadap
Tabel 3.
berbagai senyawa metabolit sekunder
104
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
7. Simulasi Penambatan Molekul Hasil penambatan yang didapatkan

(Docking Simulation) pada aplikasi PyRx selanjutnya di
visualisasikan menggunakan
Setelah proses validasi, dilakukan
perangkat lunak AutoDockTools 1.5.6.
tahapan penambatan molekul dengan
Setelah di visualisasi menggunakan
menggunakan aplikasi PyRx. Aplikasi
AutoDockTools 1.5.6. maka dapat
PyRx adalah perangkat lunak yang
terlihat dengan jelas ikatan yang
merupakan kombinasi dari beberapa
terbentuk antara reseptor dan ligan.
perangkat lunak lain seperti AutoDock
Ikatan yang dapat terlihat adalah
Vina, AutoDock 4.2, Mayavi, Open
ikatan hirdrogen dan ikatan hidrofob
Babel, dan lainnya yang dapat
yang merupakan interaksi van der
melakukan proses penambatan lebih
waals. Ikatan hidrogen dapat dilihat
cepat jika dibandingkan dengan
dari ruang biru dan merah yang
penambatan menggunakan software
berdekatan dalam struktur ligan
AutoDock.
dimana ruang berwarna biru
Penambatan molekul dilakukan pada merupakan atom pendonor hidrogen
senyawa asam galat yang sebelumnya dan ruang warna merah menunjukkan
pada tahap pemodelan farmakofor atom penerima hidrogen. Kemudian,
telah terbukti hit dengan reseptor untuk ikatan hidrofob dapat terlihat
ACE. Reseptor yang digunakan adalah jelas setelah visualisasi 2D dimana
reseptor 1UZE Angiotensin converting ikatan hidrofob akan digambarkan
enzyme yang telah di preparasi dan sebagai bola hijau pucat yang tidak
digunakan untuk validasi sebelumnya. terikat dengan ligan namun memiliki
Penambatan molekul dimulai dengan interaksi van der waals dengan ligan.
menekan tombol start pada bagian
Dari hasil penambatan senyawa asam
Vina Wizard pada aplikasi PyRx.
galat dengan reseptor ACE 1UZE,
Kemudian dilanjutkan dengan
diketahui bahwa semua senyawa
memasukkan molekul reseptor dan
memiliki energi ikatan yang baik
ligan yang telah di preparasi.
karena nilai berada pada angka minus.
Kemudian, pada bagian Run Vina di
Nilai energi ikatan daun salam
tekan tombol “maximize” untuk
diperoleh sebesar -6,1 dengan jumlah
memaksimalkan koordinat kotak grid
ikatan hydrogen sebanyak 4 dan
yang terbentuk.
dengan nilai RMSD 0,0 dimana nilai
105
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
tersebut yang merupakan hasil RMSD DAFTAR PUSTAKA

terbaik dari proses docking yang
Bartunek J, Vanderheyden M. 2013.
dilakukan (nilai berada di tabel paling
Translational Approach to
atas).
Heart Failure. New York:
KESIMPULAN Springer.
Penelitian ini menunjukkan bahwa Dermawan D, Sumirtanurdin R,

asam galat merupakan senyawa aktif Dewantisari D. 2019. Molecular
pada daun salam yang memiliki Dynamics Simulation of
aktivitas sebagai antihipertensi Estrogen Receptor Alpha
terhadap reseptor Angiotensin Against Andrografolid as Anti
converting enzyme dengan Breast Cancer. Indonesian
menunjukkan hit rate 100%, nilai Journal of Pharmaceutical
pharmacophore fit score sebesar Science and Technology
48,03%, dan memenuhi semua kriteria 6(2):65-76.
Lipinski’s Rule of Five.
Elfahmi, Woerdenbag H, Kayser O.
Namun,hHasil penambatan molekul
2014. Jamu: Indonesian
ligan asam galat dengan reseptor ACE
Tradisional Herbal Medicine
menunjukkan afinitas terbaik pada ∆G
Towards Rational
= -6,1 kkal/mol dan RMSD 0,00 yang
Phytopharmacological Use.
artinya asam galat memiliki afinitas
Journal of Hebal Medicine 4:51-
yang kurang baik terhadap reseptor
73.
ACE dibandingkan dengan enalaprilat
dengan ∆G = -9,1 kkal/mol. Funkhouser, T. 2007. Protein-Ligand
Docking Methods. New Jersey:
Princeton University.
UCAPAN TERIMA KASIH
Harismah K, Chusniatun.
Penulis mengucapkan terimakasih Pemanfaatan Daun Salam
sebesar-besarnya kepada Bapak Dr. (Eugenol polyantha) sebagai
Sandra Megantara, M.Farm., Apt. Obat Herbal dan Rempah
selaku pembimbing yang telah Penyedap Makanan. WARTA
membimbing dan membantu kami LPM 19 (2):110-118.
dalam penyusunan penelitian ini.
106
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469
Harvey, RA. 2012. Pharmacology. 5th

Edition. Philadelphia:
Lippincott Williams dan
Wilkins.
Ismail A, Ahmad WANW. 2019.

Syzygium polyanthum (Wight)
Walp.: A Potential
Phytomedicine.
Pharmacogn J 11(2):429-438.
Kusuma IW, Kuspradini H, Arung ET,

Aryani F, Min YH, Kim JS, et al.
2011. Biological Activity
and Phytochemical Analysis of
Three Indonesian Medicinal
Plants, Murraya koenigii,
Syzygium polyanthum, and
Zingiber purpurea. J Acupunt
Meridian Stud 4: 75-79.
Lelono RA, Tachibana S, Itoh K.

2009. In vitro Antioxidative
Activities and Polyophenol
Content of Eugenia polyantha
Wight Grown in Indonesia. Pak
J Bio Sci 12:1564-1570.
Thomas, E. 2007. Identification and

Preliminary Structure Activity
Relationship. Journal Of
Natural Product
7(8):1278-1282.
107
p-ISSN 2406-9299
e-ISSN 2579-4469

Polyanthum (Wight) Walp.) Is A Plant That Contains A Lot of Secondary Metabolites

Uploaded by

Document Information

Original Title

Copyright

Available Formats

Share this document

Share or Embed Document

Sharing Options

Did you find this document useful?

Is this content inappropriate?

Copyright:

Available Formats

Polyanthum (Wight) Walp.) Is A Plant That Contains A Lot of Secondary Metabolites

Uploaded by

Copyright:

Available Formats

Fatimah: Pemodelan Farmakofor, Skrining Virtual, Dan Penambatan Molekul Senyawa Metabolit

Pharmacophore Modeling, Virtual Screening, And Molekular Docking

Pemodelan Farmakofor, Skrining Virtual, Dan Penambatan Molekul

Hypertension is a non-communicable disease that affects many people of the world

Keywords: pharmacophore, hypertension, molecular docking, virtual screening,

Hipertensi merupakan penyakit tidak menular yang banyak diderita masyarakat

Kata kunci: farmakofor, hipertensi, penambatan molekular, skrining virtual,

PENDAHULUAN dapat mencapai angka di atas 90

converting enzyme (ACE) yang Farmakofor merupakan posisi

di DUD.E (a Databse of Useful 3. Tahapan Penelitian

Struktur reseptor Angiotensin I-

ligan standar enalaprilat yang sudah masing-masing senyawa dengan

menunjukkan konformasi ligan http://www.rcsb.org/ dengan kode

Gambar 1. Kompleks Reseptor Angiotensin Converting Enzyme (PDB ID: 1UZE)

Tabel 1. Hasil Komputasi Kandidat Ligan Uji

2. Kuerseti C21H19O 463.4 3 3

3. Asam C7H6O5 170.1 3 4

4. Katekin C15H14O 290.2 5 4

5. Rutin C27H30O 610.5 6 7

6. Eugenol C10H12O 164.2 1 1

Tabel 2. Hasil Validasi Docking

2. Hasil Validasi Metode dengan penambatan ulang ligan

(ROC) dimana sumbu x merupakan

Gambar 3. Hasil Skrining Model Farmakofor dengan Asam Galat (3D)

Gambar 4. Hasil Skrining Model Farmakofor dengan Asam Galat (2D)

Tabel 3. Karakteristik Pemodelan Farmakofor Asam Galat dengan Reseptor ACE

Tabel 4. Hasil Simulasi Docking Asam Galat dengan Reseptor

6. Simulasi Penambatan Molekul Berdasarkan hasil visualisasi, dapat

Gambar 5. Interaksi Asam Galat dengan Reseptor ACE

Pembahasan atom hidrogen polar dan muatan

3. Validasi Metode Penambatan yang terdapat pada sisi aktif dari

7. Simulasi Penambatan Molekul Hasil penambatan yang didapatkan

tersebut yang merupakan hasil RMSD DAFTAR PUSTAKA

Penelitian ini menunjukkan bahwa Dermawan D, Sumirtanurdin R,

Harvey, RA. 2012. Pharmacology. 5th

Ismail A, Ahmad WANW. 2019.

Kusuma IW, Kuspradini H, Arung ET,

Lelono RA, Tachibana S, Itoh K.

Thomas, E. 2007. Identification and

You might also like