Bài chuẩn bị thi giữa kỳ (90') Những chương chọn lọc của Hóa học các hợp chất

hợp chất thiên nhiên

(Selected chapters of Chemistry of Natural Products)
Học kỳ I, năm học 2022-2023
Khoá: Ngành: Hóa hữu cơ
Họ và tên: Ngày - tháng - năm:

Chương 2: Hóa học liên kết peptide

Câu 1: Viết trình tự các peptide sau với ký hiệu một chữ cái của amino acid?

Câu 2: Hexapeptide IRGERA là vùng kháng nguyên của một loại virus gây bệnh. Hãy biểu diễn cấu trúc của
peptide này, dạng đồng phân đối quang ent-IRGERA và dạng đồng phân cấu tạo đảo ngược AREGRI?
Câu 3: Bảng sau liệt kê 3 peptide được dẫn xuất từ một protein lớn hơn. Bao gồm cả các đầu N và C xác
định điện tích của các peptide ở pH 7.3? Peptide đầu tiên liên kết tốt hơn với một bề mặt tích điện âm hay
dương ở pH 7.3?

1
Câu 4: Dạng sức căng allyl nào là quan trọng nhất với các góc xoắn phi () hoặc psi () trong protein? Hãy
vẽ một đoạn peptide biểu diễn ở cấu dạng với góc xoắn phi = 0o và các tương tác không gian không thuận lợi
cho miền này trên biểu đồ Ramachandran? Hãy vẽ một đoạn peptide với cấu dạng với góc xoắn phi = 0o và
các tương tác không gian không thuận lợi cho miền này trên giản đồ Ramanchandran?

Câu 5: Giả thiết hệ liên hợp pi của sclerotioramine là phẳng và tiếp nhận cấu dạng làm giảm sức căng allyl.
Xác định nhóm ethyl ở mặt cùng phía hoặc khác phía nhóm acetoxy?

Câu 6: Các liên kết nào trong discodermolide có các cấu dạng giới hạn do sức căng allyl A1,3 ?

Câu 7: 1) Một phương pháp tạo liên kết disulfide với peptide chứa cysteine là khuấy peptide qua đêm với
20% (v/v) dimethylsulfoxide. Hãy giả thiết cơ chế của chuyển hóa xúc tác bởi acid này?

2) Giả thiết cơ chế khử hóa liên kết disulfide bằng phosphine trong nước? Giả thiết sự chuyển proton xảy ra
qua xúc tác base.

Câu 8: Lysyl oxidase xúc tác sự oxi hóa mạch nhánh lysine thành imine.
1) Giả thiết cơ chế xúc tác acid tạo thành liên kết ngang imine từ một amine và nhsom chức imine?

2) Giả thiết cơ chế xúc tác acid sự tạo thành một liên kết ngang aldol từ hai nhóm chức imine?

Câu 9: Carbonyl sulfide (O=C=S) được giả thiết là một tác nhân ghép cặp trong tổng hợp peptide. Giải thiết
cơo chế tạo thành dipeptide sau?
2
Câu 10: Trong điều kiện base aspartame có thể đóng vòng tạo thành vòng sáu cạnh diketopiperazine. Giả
thiết cấu trúc diketipiperazine được tạo thành từ aspartame? Dẫn xuất neotame của aspartame không tạo
thành diketopiperazine. So sánh cấu trúc của hai hợp chất này để giải thích vì sao sự đóng vòng xảy ra chậm
với neotame?

Câu 11: Protein hedgehog hoạt động có vùng hoạt động liên kết ester với cholesterol được tạo thành từ sự
phân cắt tự xúc tác. Giả thiết cơ chế tạo thành chất liên hợp hedgehog-cholesterol xúc tác bởi base tương tự
như sự sự cắt nối intein?

Câu 12: Giả thiết cơ chế loại nhóm bảo vệ mạch nhánh của Glu(t-Bu) và Asp(t-Bu)?

Câu 13: Giả thiết cơ chế loại nhóm bảo vệ mạch nhánh của các amino acid sau sử dụng TFA/i-Pr3 SH/H2O
95:2,5:2,5 (v/v/v)?

3
Câu 14: Giả thiết cơ chế chuyển hóa mạch nhánh tryptophan trong các điều kiện phân cắt peptide/tách loại
nhóm bảo vệ?

Câu 15: Triethylamine thường được dùng để deproton hóa đầu N ammonium của peptide sau khi loại nhóm
bảo vệ đầu N-Boc bằng acid. Hai dạng phản ứng mạch nhánh có thể giảm hiệu suất peptide chung trong
bước sử dụng base này. Đầu tiên ở bước dipeptide peptide chứa glycine và proline có thể chịu phản ứng tự
phân cắt thành diketopiperazine. Thứ hai các peptide có tất cả các chiều dài chịu phản ứng doubling. Ví dụ
nếu như dipeptide +H3 N-Gly2 -CO2H được phân cắt từ nhựa sau khi xử lý với base, có đến 1% tetramer +H3N-
Gly4 -CO2H có trong hỗn hợp sản phẩm. Giả thiết cơ chế các phản ứng phụ này?

Câu 16: Giả thiết cơ chế phân cắt tripeptide sau từ nhựa Rink AM sử dụng TFA/i-Pr3SiH/H2O 95:2.5:2.5
(theo thể tích)?

Câu 17: Các gốc tyrosine được tạo thành từ các liên kết ngang dityrosine trong sự có mặt của các gốc tự do.
Giả thiết cơ chế của phản ứng dimer hóa này?

4
5