Professional Documents
Culture Documents
Miftahussurur-HELICOBACTER PYLORI INFECTION IN INDONESIA
Miftahussurur-HELICOBACTER PYLORI INFECTION IN INDONESIA
1
Helicobacter pylori Introduction
• A spiral-shaped, gram-negative bacterium is a causative pathogen of
various gastroduodenal diseases, including gastritis, peptic ulcers, gastric
cancer, and mucosa-associated lymphoid tissue lymphoma.1
1Peek RM, et al. Nature reviews Cancer (2002), 2Fox JG, et al. (2007), 3Ferlay J, et al. International journal of cancer (2010). 2
45
Indonesia South
Korea
35
Japan
30
cancer
25 Bhutan China
Vietnam
20
Turkey
Kazakhstan
15
Iran
10 Singapore Malaysia
India Jordan
Banglades
5 Pakista UAE h
Thailand
n Kuwait
0
0 20 40 60 80 100
Prevalence of H. pylori infection
3
Summary for prevalence of H. pylori infection in Indonesia
Study Average age
Author Area n Test Positive rate
period (range)
Abdullah 1998-1999 Jakarta 125 50.3 (18-82) RUT Antrum 68% (85/125)
Corpus 4% (5/125)
Culture *
Histology
Syam 2001 Jakarta 63 42.4 (16-73) HpSA 66.7%(42/63)
RUT 4.8%(3/63)
Histology 11.1%(7/63)
Tokudome 2003 Yogyakarta 91 ♂ 48.0 UBT ♂ 4% ♀ 0%
♀ 46.6 Serum Ab ♂5% ♀ 4%
Syam 2003-2004 6 cities 550 44.98 (15-82) Histology 10.2% (56/550)
X X
X
X
1 2 3 3 5
4 4
Genotyping Immunohistochemistry 5
http://i.istockimg.com/file_thumbview_approve/54520746/3/stock-illustration-54520746-stomach-symbol-on-black-background-clean-vector.jpg
modification
Method
1
2 5
3
in addition to a low H. pylori infection rate, the low incidence of gastric cancer in Indonesia might be
attributed to less virulent genotypes in predominant strains, which are characterized by the East-Asian-
type-cagA with a 6-bp deletion and EPIYT motif, a high proportion of m2, dupA negative or short type
dupA, and the jhp0562/β-(1,3)galT double positive genotype.
Syam AF, Miftahussurur M, Makmun D, Nusi IA, Zain LH, Zulkhairi, et al.
8
Risk factors and prevalence of Helicobacter pylori in five largest islands of Indonesia: A preliminary study. PLoS One. 2015;10(11):1–14.
• In Indonesia, endoscopy services are limited and studies about gastric mucosal status by using
pepsinogens (PGs) are rare. We measured PG levels, and calculated the best cutoff and
predictive values for discriminating gastric mucosal status among ethnic groups in Indonesia. We
collected gastric biopsy specimens and sera from 233 patients with dyspepsia living in three
Indonesian islands. When ≥5.5 U/mL was used as the best cutoff value of Helicobacter pylori
antibody titer, 8.6% (20 of 233) were positive for H. pylori infection.
• PG I and II levels were higher among smokers, and PG I was higher in alcohol drinkers than in
their counterparts. PG II level was significantly higher, whereas PG I/II ratios were lower in H.
pylori-positive than in H. pylori-negative patients. PG I/II ratios showed a significant inverse
correlation with the inflammation and atrophy scores of the antrum. The best cutoff values of PG
I/II were 4.05 and 3.55 for discriminating chronic and atrophic gastritis, respectively. PG I, PG II,
and PG I/II ratios were significantly lower in subjects from Bangli than in those from Makassar
and Surabaya, and concordant with the ABC group distribution; however, group D (H. pylori
negative/PG positive) was the lowest in subjects from Bangli.
• In conclusion, validation of indirect methods is necessary before their application. We confirmed
that serum PG level is a useful biomarker determining chronic gastritis, but a modest sensitivity
for atrophic gastritis in Indonesia. The ABC method should be used with caution in areas with a
low prevalence of H. pylori.
Miftahussurur M, Nusi IA, Akil F, Syam AF, Wibawa IDN, Rezkitha YAA, et al.
Gastric mucosal status in populations with a low prevalence of Helicobacter pylori in Indonesia. PLoS One. 2017;12(5). 9
ANALYSIS OF RISKS OF GASTRIC CANCER BY GASTRIC
MUCOSA AMONG INDONESIAN ETHNIC GROUPS
15
LATAR B E LAKAN G
• Gastritis kronis merupakan penyakit yang relatif umum. Penyebab utama adalah
infeksi H. pylori (Kayaçetin, 2014).
• Dispepsia termasuk dalam 10 penyakit terbanyak pada pasien rawat inap dan
rawat jalan di rumah sakit di Indonesia (Makmun, 2014),
16
LATAR B E LAKAN G
• Peran mikrobiota lambung dalam perkembangan penyakit lambung semakin
jelas (Sheh, 2013).
Prevalensi H. pylori di Indonesia yang rendah memungkinkan
untuk menganalisis peran mikrobiota lambung pada gastritis
• Komposisi mikrobiota lambung dipengaruhi oleh usia, pola diet dan etnik
(Chong, 2015).
• Indonesia terdiri dari ratusan etnis dengan diet khas yang dapat
mempengaruhi komposisi mikrobiota lambung.
• Indonesia merupakan populasi ideal untuk menganalisis
perbandingan komposisi mikrobiota lambung antar etnik
17
LATAR B E LAKAN G
• Mikrobiota lambung dapat menginduksi reactive oxygen dan nitrogen species
melalui enzim detoksifikasi yang membatasi produksi nitric oxide (Sheh, 2013).
Hal ini akan dapat memicu peningkatan sitokin pro inflamasi yang memicu
peradangan pada sel epitel lambung (Cao, 2015).
• Berbagai produk bakteri non-H. pylori mungkin dapat bertahan di lambung sebagai
stimulator antigenik yang disebabkan infeksi H. pylori dan koinfeksi ini dapat
meningkatkan perkembangan gastritis atrofi (Sanduleanu et al., 2001).
• Mikrobiota lambung : Lactobacillus, Bifidobacterium dan Saccharomyces dapat
mencegah terjadinya adesi, kolonisasi dan pertumbuhan H. pylori di mukosa
lambung (Zaman et al., 2010).
• Dilaporkan ada perbedaan signifikan keragaman mikrobiota usus diantara
kelompok etnis Cina, Eropa dan Amerika (Liao et al., 2018). 18
LATAR B E LAKAN G
• Sebagian besar studi mikrobiota dan H. pylori dengan model hewan dan dibatasi oleh metode
menggunakan feses (Brooks, 2018).
komposisi mikrobiota yang dapat menghambat atau mendukung kolonisasi
intragastrik H. pylori belum atau tidak dapat dipahami secara komprehensif.
• Dengan perkembangan biologi molekuler dan teknik identifikasi bakteri 16Sr RNA, komposisi flora
lambung secara bertahap dapat dianalisis lebih detail.
Next generation sequencing dengan strategi metagenomics cukup menjanjikan untuk
mendapatkan informasi flora lambung yang lebih rinci dan menunjukkan bahwa sejumlah besar
bakteri selain H. pylori ada di lambung
19
Ekstraksi DNA dan Amplifikasi PCR dari 16s rRNA
• DNA library divalidasi menggunakan sistem bioanalisis MCE-202 MultiNA
(Shimadzu, Kyoto, Jepang) dan sistem QuantFluor dsDNA (Promega
Corporation, Madison, WI, USA)
• Akhirnya, pooled 5 pM of DNA library didenaturasi dengan 0,2N NaOH dan
dicampur dengan PhiX Control v3 (Illumina Inc., CA) pada 15% dari konsentrasi
akhir seperti yang dijelaskan dalam prosedur Illumina.
• Paired-end sequencing dilakukan dengan NGS MiSeq platform (Illumina Inc.,
CA) dengan kit MiSeq Reagent versi 3 (2 × 300 bp Paired-End Reads) (Illumina
Inc., CA).
• 16s rRNA gen DNA library sampai dengan Paired-end sequencing dilakukan di
Global Oita Medical Advanced Research Center for Health, Oita University, Yufu,
Jepang.
20
1. Karakteristik Umum Subjek Penelitian
• 784 Sampel biopsi :
97 sampel biopsi dieksklusi karena hasil histologi tidak lengkap
687 sampel biopsi dilanjutkan untuk diteliti
• 41 sampel dieksklusi karena hasil status H. pylori yang bertentangan yaitu adanya perbedaan
hasil antara histologi, kultur dan 16s rRNA.
• 137 sampel tersisa (tabel 5.3) dianalisis pada tahap berikutnya terdiri dari :
27 H. pylori positif dan 110 H. pylori negatif
79 laki-laki dan 58 perempuan
rerata usia 48,34±14,8 tahun Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695 22
3. Hubungan Infeksi H. pylori dengan komposisi
mikrobiota lambung
• Didapatkan α-diversity yang secara signifikan lebih rendah pada sampel H. pylori positif (n = 22)
dibandingkan dengan sampel H. pylori negatif (n = 110) (semua p <0,001)
• Kelompok H. pylori positif memiliki jumlah OTU yang lebih rendah yang berarti menunjukkan keragaman
yang lebih rendah dibandingkan dengan sampel H. pylori negatif.
• Kelompok H. pylori positif juga memiliki skor Pielou’s index untuk evenness yang lebih rendah, berarti
menunjukkan dominasi oleh satu atau lebih OTU. 23
• Analisis PERMANOVA dari Bray-Curtis distance matrix mendukung hasil tersebut bahwa terhadap
pengelompokan berbeda dari H. pylori positif dibandingkan dengan kelompok H. pylori negatif
terutama terkait dengan perbedaan dalam komposisi mikroba (R2 = 0,248, p <0,001).
24
Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
3. Hubungan Infeksi H. Pylori dengan Komposisi
Mikrobiota Lambung
• Kelimpahan relatif Family Helicobacteraceae (74,6%) pada sampel H. pylori positif
• Families Streptococcaceae (25,9%), Prevotellaceae (13,5%), dan Veillonellaceae (10,8%) pada kelompok
H. pylori negatif.
• Pada tingkat spesies, H. pylori memiliki kelimpahan relatif 76,2% pada kelompok H. pylori-positif.
• Pada kelompok H. pylori negatif,
Prevotella melaninogenica memiliki kelimpahan relatif 23,5%,
Rothia mucilaginosa memiliki kelimpahan relatif 19,5%,
Veillonella dispar memiliki kelimpahan relatif 18,6%, dan 25
Haemophilus parainfluenzae memiliki kelimpahan relatif 7,2%.
Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
4. Hubungan Etnik dengan Komposisi Mikrobiota
Lambung
• Didapatkan perbedaan signifikan dalam α-diversity (semua P <0,001) di antara kelompok etnis
yang berbeda.
• Analisis berpasangan menunjukkan kelompok etnis Timor (n = 9), Bali (n = 7), dan Papua (n = 9) memiliki α-
diversity yang secara signifikan lebih rendah dari etnik Jawa (n = 30), Dayak (n = 12), Cina (n = 11), Bugis (n =
33), dan Batak (n = 26)
26
4. Hubungan Etnik dengan Komposisi Mikrobiota
Lambung
• Dalam kelompok H. pylori negatif , tidak ada perbedaan yang signifikan dalam α-
diversity (p >0,05).
• Tetapi analisis dengan β-diversity mendapatkan hasil yang signifikan saat dikaitkan
dengan kelompok etnis berdasarkan analisis PERMANOVA dari Bray-Curtis
dissimilarity matrix (p = 0,023, R2 = 0,086). Hasil ini menunjukkan OTU dominan di
beberapa kelompok etnis 27
Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
4. Hubungan Etnik dengan Komposisi Mikrobiota Lambung
28
• Analisis LEfSe menunjukkan hubungan antara kerusakan mukosa lambung dengan OTU H. pylori dan
Helicobacter sp.(masing-masing skor LDA = 4,83 dan 3,69)
• Analisis ANOVA mengkonfirmasi jumlah berlebih dari H. pylori dan Helicobacter sp. pada kelompok gastritis dibandingkan
kelompok normal (masing-masing p <0,001 dan p = 0,012).
• Pada kelompok H. pylori negatif, kerusakan mukosa lambung berkaitan dengan Lactobacillus sp., Paludibacter sp.,
Dialister sp., dan Scardovia sp. (masing-masing skor LDA = 3,86, 3,56, 3,52 dan 3,52)
• Didapatkan perbedaan bermakna α-diversity antar kelompok pra-kanker (gastritis atrofi dan intestinal
metaplasia), gastritis, dan mukosa normal (semua p <0,001).
• Keragaman terendah diamati pada kelompok prakanker, diikuti kelompok gastritis dan mukosa normal.
• Pada kelompok H. pylori-positif, α-diversity signifikan lebih rendah pada kelompok prakanker dibanding dengan
kelompok gastritis (p = 0,02, p = 0,023, dan p = 0,012, masing-masing).
• Pada kelompok H. pylori negatif, evenness berkurang pada kelompok gastritis dan prakanker dibandingkan
dengan mukosa normal (p = 0,067)
• Analisis LEfSe menunjukkan kelompok pra kanker berhubungan dengan Corynebacterium sp. dan Rothia
dentocariosa (skor LDA = 3,56 dan 3,47), dan kelompok gastritis berhubungan dengan Paludibacter sp. (skor LDA
= 3,43)
• Terdapat 2 sampel dengan H. pylori positif secara histologi tetapi tidak terdeteksi dengan
16s rRNA mungkin disebabkan H. pylori berkoloni tidak merata di seluruh bagian lambung.
• Sampel biopsi untuk analisis histologis dan mikrobiota pada penelitian ini diambil tidak di
lokasi yang sama persis walaupun berasal dari lokasi lambung yang sama, sehingga ada
kemungkinan densitas berbeda diantara kedua spesimen tersebut.
• Analisis H. pylori dengan 16s rRNA mempunyai sensitifitas yang lebih tinggi dibandingkan
dengan analisis histologi sehingga mungkin terjadi negatif palsu (Peek, 1995; Ramírez-
Lázaro, 2011).
• Pada penelitian ini α-diversity pada sampel H. pylori positif signifikan lebih
rendah dibanding dengan sampel H. pylori negatif.
- Status infeksi H. pylori adalah faktor penting menentukan keanekaragaman
mikrobiota lambung, sehingga proporsi Helicobacteraceae akan menjadi paling
tinggi pada kelompok H. pylori positif (Andersson, 2008; Bik, 2006).
Hal ini berarti bahwa H. pylori mampu berkolonisasi secara berkelompok, bersifat
homogen dan lebih dominan dibandingkan dengan bakteri lainnya.
Koloni H. pylori yang terbentuk akan mampu memenangkan persaingan dan
menekan pertumbuhan koloni bakteri lainnya.
• Tidak ditemukan perbedaan signifikan dalam α-diversity antar kelompok etnis yang
berbeda pada kelompok H. pylori negatif.
• Perbedaan ini lebih mungkin dijelaskan oleh prevalensi H. pylori yang lebih tinggi
pada kelompok etnis ini seperti yang dijelaskan pada penelitian sebelumnya
38
(Miftahussurur, 2016; Syam, 2015) Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
4. Hubungan Etnik dengan Komposisi Mikrobiota Lambung
• Delapan etnik dalam penelitian ini mempunyai pola diet yang berbeda.
• Keterlibatan 8 etnik pada penelitian ini cukup baik karena secara garis besar39dapat
mewakili pengaruh pola diet di masyarakat indonesia. Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
5. Hubungan Keparahan Gastritis dengan Komposisi
Mikrobiota Lambung
• Hasil penelitian ini tentang keparahan gastrtis ( kriteria dari Update Sydney System)
- Gastritis terdiri dari gastritis akut (31,39%) dan gastritis kronik (45,26%),
- Gastritis atrofi (38,69%),
- Intestinal metaplasia (2,92%).
• Penelitian keparahan gastritis di masyarakat Indonesia di 19 kota Indonesia
- Gastritis akut (16,9%, 178/1053),
- Gastritis kronik (36,3%, 350/1053)
- Gastritis atrofi (28,9%, 305/1053),
- Intestinal metaplasia (2,8%, 30/1053) (Miftahussurur, 2019).
• Pada studi ini, analisis menunjukkan faktor mikrobiota berhubungan dengan kerusakan
mukosa lambung dan bahwa H. pylori serta Helicobacter sp. memiliki efek terbesar terhadap
kerusakan mukosa lambung.
• Indonesia memiliki prevalensi rendah infeksi H. pylori tetapi prevalensi tinggi kasus dispepsia
(Makmun, 2014; Miftahussurur, 2019; Syam, 2015).
Oleh karena itu, ketika menganalisis hubungan antara mikrobiota lambung dan keparahan
gastritis harus difokuskan pada subjek dengan H. pylori negatif. 40
• Haemophilus parainfluenzae
dari pasien lambung yang achlorhydric dapat meningkatkan akumulasi nitrit yang
merupakan prekursor senyawa N- nitroso yang bersifat karsinogenik dapat
terbentuk di saluran pencernaan melalui kombinasi reaksi kimia dan enzimatik,
dan semakin lama berlangsung, semakin besar kecenderungan karsinogen
terbentuk (Gantuya, 2019).
• Pada penelitian ini jumlah Haemophilus parainfluenzae rendah yaitu hanya
sebesar 7,2% pada kelompok H. pylori negatif.
• Studi lebih lanjut tentang mikrobiota lambung pada etnik dengan resiko kanker
lambung yang tinggi dibutuhkan untuk mengkonfirmasi peran Haemophilus
parainfluenzae sebagai salah satu agen pencetus kanker lambung di masyarakat
Indonesia.
42
Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
KESIMPULAN
1. 178 sampel biopsi subjek penelitian berasal dari 12 senter Gastroentero -Hepatologi di
Indonesia, mencakup 8 etnik . H. pylori positif (konfirmasi histologi dan
imunohistokimia atau kultur) : 16,3% (29/178) .
Derajat keparahan dikelompokan menjadi kelompok gastritis ( akut dan kronis) dan
kelompok pra kanker.
Analisa selanjutnya menggunakan 137 sampel biopsi karena 41 sampel terdapat
ketidak sesuaian hasil histologi , imunohistokmia dan kultur
2. Lima peringkat terbesar komposisi mikrobiota lambung yaitu famili Helicobacteraceae,
Streptococcaceae , Prevotellaceae, Veillonellaceae dan Micrococcaceae.
Famili Helicobacteraceae memiliki kelimpahan relatif sangat tinggi pada kelompok
H. pylori positif, mewakili lebih dari tiga perempat dari total keluaran famili.
3. Komposisi mikrobiota secara signifikan lebih rendah pada sampel H. pylori positif
dibandingkan dengan sampel H. pylori negatif .
Streptococcaceae, Prevotellaceae, dan Veillonellaceae merupakan tiga genus bakteri
dengan kelimpahan tertinggi dalam kelompok H. pylori negatif.
43
Miftahussurur M, Helicobacter, 2020 Aug 1;25(4):e12695
KESIMPULAN
4. Etnik mempunyai hubungan dengan komposisi mikrobiota lambung pada
masing-masing kelompok etnis, yaitu Streptococcus sp. adalah spesies
dominan dalam spesies H. pylori negatif dari etnis Timor, Sphingomonas
yabuuchiae dominan pada orang-orang dari etnis Papua, dan Bulledia sp.
dominan pada etnis Jawa.
45