PRINCIPLES OF MICROBIOLOGY and

FERMENTATION TECHNOLOGY in
BIOTECHNOLOGY
1. Introduction
2. Micro-organisms importance in biotechnology processes.
3. Strain improvement; mutation, recombination, protoplast fusion.
4. Microbial growth kinetics; principles of batch, fed-batch and
continuous fermentation processes; sterilisation of culture media;
stirring, mixing and aeration of fermentation cultures.
5. Laboratory scale production of an enzyme with applications in the
food industry.
6. Scale-up of fermentation processes.
7. Protein recovery and purification
MIDTERM EXAM
APPLICATIONS of BIOTECHNOLOGY to
FOOD PRODUCTS
8. Bacteria-based products; dairy, meat, fish and vegetable products,
vinegar and additives.
9. Yeast-based products; food yeasts, alcoholic beverages and bread.
10. Other microbial based products: enzymes, microbial biomass
protein (MBP), additives and “smart foods”
11. Kuis !!! , then Transgenic Organisms
12. Testing and analysis of genetically modified (GM) foods; protein-
based methods to detect the transgene product
13. DNA-based methods to detect the transgene or associated
marker or regulatory sequences.
14. Safety evaluation of novel food products. Benefits and risks of GM
foods
FINAL TERM EXAM
12, 13, 14. Pangan GMO
FOOD INDUSTRIAL BIOTECHNOLOGY

12, 13, 14. Pangan GMO

Dr. Rini Triani

DEPARTEMENT OF FOOD TECHNOLOGY

FACULTY OF ENGINEERING
PASUNDAN UNIVERSITY
Learning outcomes

• Mahasiswa mengetahui dan memahami jenis- jenis

produk pangan yang dibuat melalui GMO
• Mahasiswa mengetahui jenis dan analisis pangan
GMO berdasarkan analisis protein dan DNA
• Mengetahui keamanan produk pangan GMO
• Mengetahui keuntungan dan resiko produk pangan
GMO
Diskusi kelompok dan presentasi
singkat

Kelompok
1. Jenis- jenis produk pangan yang dibuat melalui GMO
beserta metode pembuatannya
2. Metode deteksi GM Food berdasarkan analisis
protein (+keunggulan & kelemahan metode deteksi)
3. Metode deteksi GM Food berdasarkan analisis DNA
(+keunggulan & kelemahan metode deteksi)
4. Keuntungan dan resiko produk pangan GMO
 Tanaman GM/Transgenik

• Dicirikan dengan insersi set gen-gen ke dalam

genome nya.
• Gen-gen baru ditranslasikan dan protein-protein
baru diekspresikan / dibentuk
• Hal ini memberikan ciri baru pada tanaman
tersebut.
 Sifat yang telah
Contoh tanaman Modifikasi
dimodifikasi
Mengandung provitamin
Gen dari tumbuhan narsis, jagung, dan bakteri Erwinia disisipkan
Padi A (beta-karotena) dalam
pada kromosom padi.[15]
jumlah tinggi.[15]
Jagung, kapas, Tahan (resisten) terhadap Gen toksin Bt dari bakteri Bacillus thuringiensis ditransfer ke dalam
kentang hama.[16] tanaman.[15][16]
Gen untuk mengatur pertahanan pada cuaca dingin dari
Tahan terhadap cuaca
Tembakau tanaman Arabidopsis thaliana atau dari sianobakteri (Anacyctis
dingin.[15]
nidulans) dimasukkan ke tembakau.[15]
Proses pelunakan tomat Gen khusus yang disebut antisenescens ditransfer ke dalam tomat
diperlambat sehingga untuk menghambat enzim poligalakturonase (enzim yang
Tomat tomat dapat disimpan lebih mempercepat kerusakan dinding sel tomat).[16] Selain menggunakan
lama dan tidak cepat gen dari bakteri E. coli, tomat transgenik juga dibuat dengan
busuk.[17] memodifikasi gen yang telah dimiliknya secara alami.[17]
Mengandung asam
oleat tinggi dan tahan
terhadap herbisida glifosat.
[15][18] Dengan demikian, Gen resisten herbisida dari bakteri Agrobacterium galur CP4
Kedelai dimasukkan ke kedelai dan juga digunakan teknologi molekular
ketika disemprot
untuk meningkatkan pembentukan asam oleat.[15][18]
dengan herbisida tersebut,
hanya gulma di sekitar
kedelai yang akan mati.

Contoh tanaman lain yang telah dimodifikasi: ubi jalar, papaya, kanola, melon, bit gula,
plum, gandum,
 Tanaman Transgenic - Contoh
• Bt cotton
– Cotton plants / Tanaman kapas (katun)
menjadi resisten terhadap serangga
lepidopteran
• Round-up ready soybean
– Tanaman kedelai resisten terhadap
glyphosate
• Golden rice
– Bulir padi yang mengandung beta-carotene
Kel 1: Jenis-jenis produk pangan yang dibuat
melalui GMO beserta metode pembuatannya

Golden Rice (rekombinasi DNA)

• Teknik transformasi bulir beras berwarna putih menjadi keemasan karena
mengandung beta-carotene (gen beta-carotene dari bunga daffodil ke
endosperma beras). Beta-carotene dapat diubah menjadi vitamin A di dalam
tubuh untuk menguatkan gizi. Metode yang digunakan adalah rekombinasi
DNA, dengan cara:
1. Gen penghasil beta karoten (Erwinia Uredovora) dimasukkan ke
dalam plasmid agrobacterium
2. Agrobakterium dimasukkan ke cawan petri yang mengandung embrio
beras untuk mentransfer gen pembuat beta-karoten
3. Beras transgenic melakukan penyilangan dengan strain beras yang
dibutuhkan.
Kel 1: Jenis-jenis produk pangan yang dibuat
melalui GMO beserta metode pembuatannya
Sapi Transgenik
• Hewan transgenik dapat dibuat dengan mikroinjeksi DNA, dimana dilakukan
injeksi langsung suatu gen terpilih dari spesies yang sama ataupun berbeda
ke dalam pronukleus ovum yang telah dibuahi. Langkah perlakuannya yaitu:
• Sel telur yang telah dihasilkan dari proses super ovulasi dan fertilisasi in vitro
diinjeksikan dengan gen asing.
• Untuk mempertahankan posisi sel telur digunakan tabung kecil.
• Proses injeksi larutan yang berisi copy gen asing (transgen) kedalam
pronukleus betina dilakukan dengan menggunakan jarum yang sangat halus.
• Selanjutnya sel telur diintroduksikan ke oviduk betina pengganti / induk
angkat.
Kel 1: Jenis-jenis produk pangan yang dibuat
melalui GMO beserta metode pembuatannya

Tomat Transgenik (Rekombinasi DNA)

• Tomat hasil rekayasa genetika yang memiliki umur simpan
segar yang lama, dapat diciptakan dengan menyisipkan gen
antibeku dari ikan flounder, yaitu jenis ikan di antartika yang
dapat bertahan hidup dalam kondisi yang dingin.
• Metode yang digunakan yaitu rekombinasi DNA dengan cara
memindahkan gen antibeku (genantisenescence) dari
kromosom di dalam sel ikan flounder yang dapat menghambat
enzim poligalakturinase (enzim yang mempercepat kerusakan
dinding sel tomat) yang kemudian disisipkan pada DNA bakteri
E. coli.
• Setelah itu maka tomat diinfeksi dengan bakteri tersebut.
Kel 1: Jenis-jenis produk pangan yang dibuat
melalui GMO beserta metode pembuatannya

Jagung transgenik

• Perbaikan genetic jagung bertujuan untuk mengatasi kendala pertumbuhan

tanaman, terutama cekaman lingkungan biotik dan abiotic.
• Salah satu metode yang dapat digunakan untuk rekayasa genetika yaitu
dengan karbid silicon yaitu teknologi transfer gen dimana suspense sel
tanaman inang dicampur dengan serat karbid silicon yang mengandung DNA
plasmid dari gen yang diinginkan, kemudian dimasukkan ke dalam tabung
mikro dan dilakukan pemutaran dengan vortex.
• Serat silicon karbida berfungsi sebagai jarum injeksi mikro (microinjection)
untuk memudahkan perpindahan DNA ke dalam sel tanaman jagung
transgenic yang fertile
• Selain itu, metode transfer gen dapat dilakukan dengan cara elektroforasi
(Electroporation). Metode ini menggunakan protoplas sebagai inang.
Dengan bantuan polyetilen glikol (PEG), DNA interest terpresipitasi dengan
mudah dan kontak dengan protoplas.
• Setelah dilakukan elektroforasi dengan voltase yang tinggi, permeabilitas
protoplas menjadi lebih tinggi, sehingga DNA melakukan penetrasi kedalam
protoplas.
Jagung transgenik
 Metoda Deteksi GM Food

GM food tidak dapat dibedakan dari non- GM food dengan mata biasa

==
Deteksi GM Food

Latar Belakang – Kegunaan Deteksi GM Food

• Bagi masyarakat umum, Deteksi GMO ini berfungsi agar para konsumen atau
pengguna maupun masyarakat mengetahui apakah makanan yang mereka
konsumsi merupakan GM Food atau bukan
• Bagi Developer GM Food, Deteksi ini bertujuan untuk menguji kemurnian
dan jaminan penggabungan sifat-sifat baru produk, dan menelusur lokasi
modifikasi gen
• Bagi pemerintah, Deteksi ini bertujuan Untuk menguji ketaatan terhadap
peraturan yang berlaku dan untuk menyelesaikan perkara hukum yang
terkait pangan GM
Metode Deteksi GM Food

Hal-hal yang diperlukan:

1. Target molecules
• DNA atau protein

2. Molekul penangkap
• Untuk DNA: primers and probes
• Untuk proteins: antibodies

3. Bahan referensi / rujukan

• Kontrol Positive dan negative
• Bahan Kalibrasi untuk pengukuran /
kuantifikasi
Kel 2: Deteksi GM Food berdasarkan Uji
Protein
Deteksi GM Food berdasarkan uji protein
1. ELISA
• Prinsip kerja:
1. Antigen atau antibody yang hendak diuji, ditempelkan pada permukaan yang berupa microtiter
2. Selanjutnya antibody atau antigen spesifik yang telah ditautkan dengan suatu enzim signal
dicampurkan ke atas permukaan tersebut, sehingga dapat terjadi interaksi antara antibody
dengan antigen yang bersesuaian
3. Kemudian ke atas permukaan tersebut dicampurkan suatu substrat yang dapat bereaksi
dengan enzim signal
4. Pada saat substrat tersebut dicampurkan ke permukaan, enzim yang bertaut dengan antibody
dan menimbulkan sinyal dapat dideteksi
5. Dimana hasil akhirnya signal yang berwarna biru menandakan bahwa produk tersebut yaitu
GM Food dan signal berwarna merah bukan merupakan GM Food
Kel 2: Keunggulan & kekurangan ELISA

1. ELISA
• Keunggulan:
1. Metode nya relative sederhana
2. Relatif ekonomis (hanya digunakan satu jenis antibody)
3. Tingkat sensitifitas yang cukup tinggi
• Kekurangan:
1. Hanya menggunakan antibody monoclonal (hanya mengenali satu antigen)
2. Dapat terjadi kesalahan berupa control negative (kesalahan pengujian, kontaminan dari
lingkungan pengujian)
3. Reaksi antara enzim signal dan substrat berlangsung relative cepat (sehingga pembacaan
harus dilakukan dengan cepat)
Kel 2: Deteksi GM Food berdasarkan Uji
Protein
Deteksi GM Food berdasarkan uji protein
Lateral flow strip
2. Lateral Flows Striptest (LFS)
• Prinsip kerja:
1. Sampel dihaluskan (agar dapat digunakan untuk alat
LFS/dibaca)
2. Dihomogenkan dan ditambah buffer
3. Diuji menggunakan strip test sebagai indikatornya
4. Jika pada strip test terdapat garis control line dan test
line, maka hal tersebut menandakan bahwa itu positif
mengandung GM Food. Sedangkan jika hanya salah satu
garis yang terlihat antara control line atau test line, maka
menandakan bahwa hasilnya negative (tidak terdapat
GM Food)
5. Jika tidak terdapat garis apapun, (kedua garis tidak
terlihat), maka menandakan prosedur pengujian salah.
Kel 2: Keunggulan & kekurangan LFS

2. Lateral Flows Striptest (LFS)

• Keunggulan:
1. Hasil yang diperoleh mempunyai validitas tinggi
2. Proses cepat
3. Harganya relative murah
• Kekurangan:
1. Hanya dapat menguji satu sampel dalam satu kali test
2. Memilki resiko yang tinggi
3. Sensitifitas rendah
Kel 3: Deteksi GM Food berdasarkan Uji
DNA
Deteksi GM Food berdasarkan uji DNA (Kuantitatif)

1. Microarray
• DNA Microarray merupakan sebuah lempengan chips yang berukuran sangat
kecil yang berisi ratusan hingga ribuan gen dalam bentuk DNA. DNA
microarray dapat digunakan secara serentak.
• Prinsip kerja:
1. Mengukur hibridisasi RNA (mRNA dan cDNA) yang ada di dalam chip tersebut
2. Biasanya pembacaan ekspresi gen menggunakan DNA microarray ini menggunakan 2
sampel yang berbeda. mRNA dari kedua sampel tersebut dipisahkan / diisolasi lalu
diletakkan ke dalam sebuah chip microarray yang nantinya akan diberi suatu penanda
yang menghasilkan warna yang berpendar (fluorescent).
3. Nantinya sampel akan discan dan hasilnya akan dianalisis oleh computer.
Kel 3: Keunggulan dan Kekurangan
Microarray

1. Microarray
• Keunggulan:
1. Dapat mengetahui ekspresi gen
2. Dapat digunakan untuk analisis kuantitatif
• Kekurangan:
1. Membutuhkan waktu yang lama
2. Relatif mahal dan membutuhkan banyak bahan
Kel 3: Deteksi GM Food berdasarkan Uji
DNA
Deteksi GM Food berdasarkan uji DNA (Kuantitatif)

2. Polymerase Chain Reaction (PCR)

• Suatu teknik sintesis dan amplifikasi DNA secara invitro
• Pada proses PCR dibutuhkan enzim DNA polymerase, deoksinukleotida trifosfat
(dNTP), sepasang primer oligonukleotida spesifik dan sampel yang akan diuji.
• Perbanyakan DNA dengan PCR membutuhkan tiga tahap yaitu: Denaturasi DNA
(proses pemisahan DNA menjadi untai tunggal), Annealing (proses penempelan
primer), dan elongasi (proses pemanjangan urutan DNA).
• Tahap tersebut terjadi berulang-ulang, sehingga dihasilkan DNA dalam jumlah
berlipat ganda hanya dalam waktu relative singkat.
• Dibutuhkannya zat pewarna fluorescence seperti SYBR green dan
probe/penanda.
 GM ANALYSIS FLOW CHART

NON GM FOOD STANDARD GM FOOD

(-ve Control) REFERENCE MATERIAL
(+ve Control)

DNA Extraction

DNA Purity

PCR Amplification

DNA Electrophoresis

Interpretation & Documentation

Kel 3: Keunggulan dan Kekurangan PCR

2. Polymerase Chain Reaction (PCR)

• Keunggulan:
1. Memiliki spesifisitas tinggi
2. Sangat cepat dalam memberikan hasil (hari yang sama)
3. Mudah di set-up
• Kekurangan:
1. Sangat mudah terkontaminasi
2. Biaya peralatan dan reagen yang mahal
3. Teknik prosedur yang kompleks dan bertahap.
 Persamaan & Perbedaan Deteksi GM Food
berdasarkan uji DNA & Protein
uji DNA
• Tidak dapat digunakan pada sampel
yang tidak mengandung DNA
• Memerlukan standarisasi metode
sampling dan ekstraksi
• Memerlukan laboratorium yang lengkap
untuk data yang akurat
• Memerlukan informasi detil tentang gen
yang diinsersi
• Memerlukan materi rujukan
• Sangat sensitive sehingga sering
terjadi false positif
• Memerlukan waktu yang relative lama
• Umumnya menjawab secara kualitatif
uji Protein
• Tidak dapat digunakan pada sampel
yang tidak mengandung protein
• Memerlukan standarisasi metode
sampling dan ekstraksi
• Memerlukan materi rujukan
• Memerlukan informasi tentang protein
yang diekspresikan oleh gen yang di
insersi
• Waktu pengerjaan yang singkat - 5
hingga 20 menit untuk LFS strips; 24
jam untuk ELISA
• Jawaban bisa kuantitatif ataupun
kualitatif
Kel 4: Keuntungan dan Resiko Produk GM
Food
Keuntungan
Rekayasa genetic dapat membantu
1. meningkatkan produktivitas tanaman dan
2. mengubah sifat tanaman menjadi lebih tahan terhadap hama dan
serangan penyakit tanaman serta
3. dimanfaatkan juga untuk memperbaiki varietas tanaman pertanian seperti
buah, sayur, rempah, dll
Kel 4: Keuntungan dan Resiko Produk GM
Food
Resiko / Kerugian
1. Terganggunya keseimbangan ekosistem ketika terjadi dominasi hasil
rekayasa genetika.
Hama dan penyakit tanaman akan berpindah ke lading konvensional sehingga mau tidak mau
petani konvensional harus beralih menjadi pengguna tanaman transgenic yang harganya
relative mahal. Selain itu makhluk hidup seperti kupu-kupu dan lebah dapat menjadi punah
sebagai akibat dari sisa tanaman transgenic yang toksik terhdap materi genetic mereka.
2. Dapat menimbulkan berbagai gangguan kesehatan apabila dikonsumsi
oleh manusia:
Produk GM Food dapat menimbulkan alergi yang tidak diketahui sebelumnya. Contohnya
kacang brazil sebagai salah satu produk GM Food, telah ditarik dari peredaran karena
menyebabkan alergi pada konsumen akibat adanya modifikasi gen tertentu pada kacang
tersebut
3. Dapat menurunkan efektifitas pestisida:
hal ini disebabkan oleh rekayasa gen yang menjadi stimulant pada gen-gen pada hama baru
sehingga hama baru akan menjadi lebih kuat
Resources:
U.S. Department of Energy Office of Science. Genetically Modified Food
and Organisms. (2012). Human Genome Project. Accessed December 29,
2012.
Damery, P, et al. The Debate on Labeling Genetically Modified Food.
(2011). Accessed December 29, 2012.
Food and Agriculture Organization of the United Nations. Weighing the
GMO Arguments. (2003). Accessed December 29, 2012.
References

• Holban, A. M & Grumezescu, A. M. (Eds.) (2018)

• Advances in Biotechnology for Food Industry. Handbook of Food
Bioengineering, Volume 14.