Biohem parc 2

Aminoacil trna
Prilikom vezanja aminokiseline za tRNA dolazi do aktivacije aminokiseline što je neophodno za
formiranje peptidne veze. Tačnost vezanja aminokiseline I tRNA kontrolira enzim aminoacil-
tRNA sintetaza.

Obrada mrna na oba kraja

    Na 5'- kraju eukariotska mRNA nalazi se struktura kape sastavljena od preokrenutog 7-metil
gvanozina koji je neuobičajenom 5'-fosfat-5'-fosfat vezom povezan sa prvim transkribiranim
nukleotidom
«Kapa» ima ulogu u prepoznavanju početka translacije od strane inicijacijskog faktora
(ribosomski protein). 
Na 3'-terminusu nalazi se druga sekvenca koja se ne prevodi, poli (A) rep, sastavljen od 20-200
ostataka adenin nukleotida.
Poli A rep povećava intracelularnu stabilnost mRNA. 

Lac operon odsustvo glukoze

Kada je u hranjivom mediju odsutna glukoza, aktivira se enzim adenilat-ciklaza koji prevodi
ATP u c-AMP, potom se stvara kompleks CAP-c-AMP koji se veže na sekvencu DNA na
promotorsko mjesto (ovo je pozitivna regulacija) te olakšava vezanje RNA polimeraze za
promotor I promoviše transkripciju. Kako je prisutna laktoza, bazalni nivo beta-galaktozidaze
posreduje u prevođenju laktoze u njen izomer alolaktozu koji će, kao induktor, vezati se za lac
represor… inaktivan represor. Ekspresija tada započinje, a koncentracija beta-galaktozidaze se
poveća za 10 na 3. U ovom slučaju transkripcija je maksimalna.

Eikozanoidi
Eikozanoidi su derivati polinezasićene masne kiseline - arahidonske. Sintetišu se u skoro svim
ćelijama organizma. Biološko dejstvo eikozanoida: djelovanje na nervne završetke koji učestvuju
u prenosu bola, konstrikcija ili dilatacija mišića u plućima, inhibicija gastrične sekrecije,
povećanje protoka krvi u bubrezima, kontrakcija ili relaksacija mišića uterusa, vazokonstrikicija
ili vazodilatacija, agregacija trombocita. Eikozanoidi djeluju lokalno: brzo se razgrađuu, ne
deponuju se u ćeliji, ciljna ćelija se nalazi u blizini mjesta sinteze.
5' 3' egzonukleaza
Egzonukleaza bakteriofaga lambda- uklanja nukleotide s 5’ krajeva dupleksa radi izlaganja
jednolančanih 3’ krajeva
Primarna uloga DNA polimeraze I nije u replikaciji, nego u temeljitom čišćenju tokom
replikacije, rekombinacije i popravljanja DNA. 

Ove posebne funkcije vezane su za 5’→ 3’egzonukleaznu aktivnost enzima.

Kada se domen koji ima 5’→3’ egzonukleaznu aktivnost ukloni sa enzima, preostali fragment
(Mr 68000) naziva se veliki Klenow fragment koji ima očuvanu polimeraznu aktivnost i
aktivnost kontrolnog čitanja.

Pomoću 5’- 3’ egzonukleazne aktivnosti intaktne DNA polimeraze I može se sintetizirati

segment DNA (ili RNA) koji se može spariti sa lancem kalupa.

Ovaj proces se naziva translacija zarezivanjem (nick translation).

Translacija zarezivanjem je veoma važna za popravak DNA molekule i za uklanjanje RNA

primera tokom replikacije.

Većina DNA polimeraza nema 5’ → 3’ egzonukleaznu aktivnost.

Procesom translacije zarezivanjem lanac RNA ili DNA koji je sparen sa kalupom istovremeno se
razgrađuje 5’ → 3’ egzonukleaznom aktivnošću DNA polimeraze I i zamjenjuje pomoću
polimerazne aktivnosti istog enzima. 

Ove aktivnosti su važne u procesu popravka DNA i uklanjanju RNA primera tokom replikacije.

Kinetika prenosa glukoze

Primjer olakšanog transporta je prijenos glukoze u eritrocit. Karakterizira ga brzina i
specifičnost, saturacijska kinetika, podložnost kompetitivnoj inhibiciji, podložnost hemijskoj
inaktivaciji. Olakšani transport glukoze događa se bez rotacije molekula glukoze. Mnogobrojne
grupe proteina režu OH – grupe glukoze i zatvaraju izlaz kako bi oslobodili ulaz u ćeliju. To je
aktivni transport sličan otvorenim vratima.

Lektini,
Lektini su proteini koji se vežu za ugljikohidrate sa velikim afinitetom i specifičnošću. Ovi
proteini učestvuju u: ćelijskom prepoznavanju, signaliziranju, adheziji i intracelularnom
usmjeravanju novosintetiziranih proteina.
Sijalinska kiselina nalazi se na krajevima oligosaharidnih lanaca mnogih glikoproteina plazme i
na taj način štiti proteine od razgradnje u jetri. Na plazmalemi jetrenih ćelija nalaze
asijaloglikoproteinski receptori(lektini) .Enzim sijalaza nalazi se na površini krvnih sudova.

*Na slici su predstavljeni selektini. Familija membranskih lektina koji posreduju u ćelijskom
prepoznavanju i adheziji.Na mjestu infekcije P-selektin na površini endotelijalnih ćelija kapilara
stupa u interakciju sa specifičnim oligosaharidom glikoproteina cirkulirajućeg T limfocita. T
limfocit usporava i kotrlja se niz endotel kapilare. Druga interakcija između integrinske molekule
sa membrane T ćelije i adhezionog proteina na endotelnoj ćeliji, zaustavlja T-ćeliju, što je
preduslov za ekstravazaciju.

Neki bakterijski patogeni imaju lektine koji dovode do adhezije bakterija na ćeliju domaćina ili
do ulaska toksina u ćeliju npr. Helicobacter pylori prijanja na unutrašnju površinu želuca.
* Na slici su predstavljene uloge oligosaharida u prepoznavanju i adheziji na površinu ćelije.
Oligosaharidi sa jedinstvenom strukturom koji su komponente različitih glikoproteina ili
glikolipida na vanjskoj površini plazmaleme sa velikom specifičnošću i afinitetom stupaju u
interakciju sa lektinima u ekstracelularnoj sredini.
Virusi koji inficiraju životinjske ćelije, kao virus influence, vežu se za glikoproteine na ćeliji,
čineći pri tome prvi korak infekcije.
Bakterijski toksini, kao toksin kolere ili velikog kašlja, vežu se na površinski glikolipid prije
ulaska u ćeliju.
Neke bakterije, kao Helicobacter pylori, prvo prijanjaju za, a onda koloniziraju ili inficiraju
životinjsku ćeliju.
U plazmalemi određenih ćelija, selektini posreduju interakcije ćelija-ćelija. Takve su interakcije
T limfocita sa endotelnim ćelijama zida kapilara na mjestu infekcije.
Manoza-6-fosfatni receptor/lektin trans Goldži mreže veže se za oligosaharide lizozomskih
enzima i usmjerava ih u lizozome.

5'-3' endonukleazna aktivnost,

Enzimi koji razgrađuju nukleinske kiseline nazivaju se nukleaze ili DNaze, ako su specifične za
DNA
Endonukleaze razgrađuju DNA lanac na bilo kojem mjestu pri čemu se molekula cijepa na manje
fragmente
Endonukleaza koja uklanja nukleotide sa 5' kraja tRNA zove se RNaza P (ribonukleaza P), a sa
3' kraja nukleotide cijepa enzim RNaza D (ribonukleaza D).
pojam transformacije
Transformacija je postupak kojim kompetentne ćelije primaju plazmidnu DNA. Kompetentne
ćelije ne sadrže plazmide. Uzgajaju se u LB Medijumu. Postoji transformacija temperaturnim
šokom i elektroporacija.
gdje se odvija metilacija DNK u kojim bazama
Metilacija se odvija na citozinu. Metilirani citozin je uglavnom prisutan u tzv. CpG ostrvima, u
blizini ili u samim promotorskim regijama. Metilacija je mehanizam za regulaciju ekspresije
gena, tokom difrencijacije, pogotovo u fetalnom periodu
Akvaporini
Akvaporini su članovi velike grupe membranskih proteina. Formiraju kanale i omogućavaju
protok vode u ćeliji mnogo brže nego putem difuzije kroz fosfolipidni sloj.
Uloga: Akvaporin transporteri vode kroz membranu. Više od deset različitih akvaporina
pronađeno je u ljudskom tijelu, a nekoliko bolesti, kao što su kongenitalna katarakta i nefrogeni
dijabetes insipidus, povezano je s oštećenom funkcijom ovih kanala. To su tetrameri iz 4 jednake
podjedinice – transmembranskih puteva stvore pore: molekule vode u kanalu prethodno vežu sa
H-vezama. Veliki AK ostaci (Phe, Cys, His, Arg) duž pore omogućavaju prolazak malih
molekula kao sto je H2O.

restrikcijski enzimi,
Su enzimi koji prepoznaju tačno određeni slijed nukleotida od 4 do 8 baza u dvolančanoj DNA
i kidaju oba lanca dvostruke uzvojnice. Tip II – kidaju DNA unutar samog mjesta prepoznavanja
koji ima dvostruku rotacijsku simetriju (palindrom). Dio restrikcijsko modifikacijskog sistema
bakterija za zaštitu od strane DNA.
Lektini
Lektini su proteini koji se vežu za ugljikohidrate sa velikim afinitetom i specifičnošću. Ovi
proteini učestvuju u: ćelijskom prepoznavanju, signaliziranju, adheziji i intracelularnom
usmjeravanju novosintetiziranih proteina
Modifikacija mRNA
Lac operon u E.Coli
Metiliranje je dodavanje metilne skupine proteinu, obično kod ostataka lizina ili arginina, veže
se na azot i kisik proteina. Donator metila je S-adenosilmetionin (SAM). Enzim za to je
metiltransferaza. Metilacija ostataka lizina u histonima DNA je važan regulator strukture
hromatina.
5'-3' egzonukleaza
Eikozanoidi sta su i antiinflamantorni nesteroidni lijekovi (inhibiraju)
Eikozanoidi su derivati polinezasićene masne kiseline - arahidonske. Sintetišu se u skoro svim
ćelijama organizma. Nesteroidni antiinflamatorni lijekovi inhibiraju djelovanje ciklooksigenaze
(onemogućavaju sintezu prostaglandina).
Glukoza se transportuje putem olakšanog transporta karakterizira ga brzina i specifičnost,
saturacijska kinetika, podložnost kompetitivnoj inhibiciji, podložnost hemijskoj inaktivaciji.
Olakšani transport glukoze događa se bez rotacije molekula glukoze. Mnogobrojne grupe
proteina režu OH – grupe glukoze i zatvaraju izlaz kako bi oslobodili ulaz u ćeliju. To je aktivni
transport sličan otvorenim vratima.

Olakšani transport 4 karakteristike mehanizma

Karakterišu ga:
- brzina i specifičnost
- saturacijska kinetika
- podložnost kompetitivnoj inhibiciji
- podložnost hemijskoj inaktivaciji
Npr. Glukoza u eritrocit
Transformacija
Transformacija je postupak kojim kompetentne ćelije primaju plazmidnu DNA. Kompetentne
ćelije ne sadrže plazmide. Uzgajaju se u LB Medijumu. Postoji transformacija temperaturnim
šokom i elektroporacija.

Akvaporini
Akvaporini su članovi velike grupe membranskih proteina. Formiraju kanale i omogućavaju
protok vode u ćeliji mnogo brže nego putem difuzije kroz fosfolipidni sloj.
Uloga: Akvaporin transporteri vode kroz membranu. Više od deset različitih akvaporina
pronađeno je u ljudskom tijelu, a nekoliko bolesti, kao što su kongenitalna katarakta i nefrogeni
dijabetes insipidus, povezano je s oštećenom funkcijom ovih kanala. To su tetrameri iz 4 jednake
podjedinice – transmembranskih puteva stvore pore: molekule vode u kanalu prethodno vežu sa
H-vezama. Veliki AK ostaci (Phe, Cys, His, Arg) duž pore omogućavaju prolazak malih
molekula kao sto je H2O.
Glikozaminoglikani su familija linearnih polimera sastavljena iz ponavljajućih disaharidnih
jedinica ( komponente su ekstracelularnog matriksa). Jedan od dva monosaharida je uvijek ili N-
acetilglukozamin ili N-acetilgalaktozamin; u većini slučajeva drugi monosaharid je uronska
kiselina (obično D-glukuronska ili L-iduronska).
U glikozaminoglikane ubrajamo: Hijaluronska kiselina (sadrži do 50000 osnovnih disaharidnih
jedinica, formira bistru, jako viskoznu otopinu koja služi kao lubrikant u sinovijalnoj tečnosti
zglobova, ulazi u sastav ekstracelularnog matriksa hrskavice i tetiva, očne vodice i dr., doprinosti
čvrstoći i elastičnosti hrskavice i tetiva zbog snažnih interakcija sa drugim komponentama
matriksa ); Hondroitin sulfat (doprinosi čvrstoći na istezanje hrskavice, tetiva, ligamenata i zida
aorte); Keratan sulfat (ne sadrži uronsku kiselinu i njegov sadržaj sulfata varira, nalazi se u
rožnatim strukturama: nokti, kosa...); Heparin (sadrži iduronsku kiselinu i manji dio glukuronske
kiseline, ima mnogo ostataka sulfatne kiseline, prirodni je antikoagulans- veže se za protein
antitrombin koji se potom veže za trombin, proteazu neophodnu za zgrušavanje krvi).
Glikozaminoglikani se vežu kovalentno za ekstracelularne proteine (membranske ili sekretorne)
pri čemu nastaju proteoglikani. Udio glikozaminoglikana dominira. Proteoglikani su glavne
komponente vezivnog tkiva kao što je hrskavica
apoptoza fizioloski,
APOPTOZA je prirodan proces, desava se zbog nase dobrobiti, moze biti fizioloska i patoloska.
Zahvacene su pojedinacne celije. Ona je ovisna o potrosnji energije. Ćelije se skupljaju, a integritet
membrane je odrzan.U apoptozi imaju ulogu mitohondrije i citohrom C. Nema curenja lizozomskih
enzima.To je reguliran proces. U njemu se vrsi aktivacija specificnih proteaza. Mrtve ćelije su ingestirane
od strane okolnih ćelija

apoptoza i nekroza razlike

APOPTOZA je prirodan proces, desava se zbog nase dobrobiti, moze biti fizioloska i patoloska.
Zahvacene su pojedinacne celije. Ona je ovisna o potrosnji energije. Ćelije se skupljaju, a
integritet membrane je odrzan.U apoptozi imaju ulogu mitohondrije i citohrom C. Nema curenja
lizozomskih enzima.To je reguliran proces. U njemu se vrsi aktivacija specificnih proteaza.
Mrtve ćelije su ingestirane od strane okolnih ćelija. Nekroza nije prirodan proces, štetna je.
Uvijek je patološka i nekrozom se unistavaju grupe ćelija. Za nekrozu nije potrebna energija.
Ćelija otiče( bubri) a integritet membrane je izgubljen. Unekrozi nema uloge mitohondrija.
Curenje lizozomskih enzima je prisutno.Proces nije reguliran, nema aktivacije proteaza a mrtve
ćelije su ingestirane od strane neutrofila i makrofaga.
Navedite barem tri osobine po kojima se apoptoza razlikuje od nekroze!

- Apoptoza je prirodna, nekroza nije

- Apoptoza može biti fiziološka ili patološka, dok je nekroza uvijek patološka
- Apoptoza zahvata pojedinačne ćelije, a nekroza grupe ćelija
- Za apoptozu je potrebna energija, za nekrozu nije
- U apoptozi dolazi do skupljanja ćelije, a u nekrozi do bubrenja ćelije
- U apoptozi je održan integritet membrane, u nekrozi je izgubljen

nukleosomi,

1.
Na slici je prikazan nukleosom. To je prvi nivo u strukturnoj organizaciji eukariotske
hromosomske DNA . Histoni su prisutni u hromatinu svih eukariotskih ćelija. Imaju
relativnu molekulsku masu između 11.000 i 12.000 i veoma su bogati baznim
aminokiselinama argininom i lizinom (koji čine jednu četvrtinu aminokiselinskih ostataka
ovih proteina). U eukariotskim ćelijama se nalazi pet glavnih klasa histona, koji se
razlikuju po aminokiselinskom sastavu i molekulskoj masi. Histoni H3 svih eukariota su
gotovo identični po aminokiselinskoj sekvenci, što ukazuje na strukturnu očuvanost
njihove funkcije. Slično je i sa histonima H4. Histoni H1, H2A i H2B imaju manju
sličnost aminokiselinskih sekvenci kada su u pitanju različite eukariotske veze. Perlice
predstavljaju komplekse histona i DNA. Perlica svakog nukleosoma sadrži 8 histonskih
molekula: po 2 H2A, H2B, H3 i H4. Nukleosomi su organizirani u sturkture koje se
nazivaju 30 nm vlakna. Oko srži nukleosoma, koji čini histonski oktamer, obavijen je
segment DNA dužine 146 baznih parova (bp). Polinukleosomi se sastoje od više
nukleosoma povezanih sa linker DNA. Ovaj segment DNA je dug od 20 do 90 bp.
Čvrsto savijena DNA oko histonskog oktamera u nukelosomu zahtijeva uklanjanje
jednog zavoja u dvostrukoj uzvojnici DNA. Kada se proteinska srž nukleosoma veže in
vitro na relaksiranu cirkulatornu DNA, vezivanje uvodi negativni supernavoj. Zbog toga
 su topoizomeraze neophodne za nastajanje hromatina iz prečišćenih histona i cirkulatorne
DNA.

akvaporini, odgovoreno
eikozanoidi Eikozanoidi su derivati polinezasićene masne kiseline - arahidonske. Sintetišu se u
skoro svim ćelijama organizma. Biološko dejstvo eikozanoida: djelovanje na nervne završetke
koji učestvuju u prenosu bola, konstrikcija ili dilatacija mišića u plućima, inhibicija gastrične
sekrecije, povećanje protoka krvi u bubrezima, kontrakcija ili relaksacija mišića uterusa,
vazokonstrikicija ili vazodilatacija, agregacija trombocita. Eikozanoidi djeluju lokalno: brzo se
razgrađuu, ne deponuju se u ćeliji, ciljna ćelija se nalazi u blizini mjesta sinteze.

slike kiselina i znacaj dvostruke strukture u membrani

to su strukture s mnogo funkcija u ćeliji, barijera za toksične molekule, potpomažu nakupljanje
hranjivih tvari * osiguravaju prijenos energije olakšavaju kretanje ćelija, sudjeluju u
reprodukciji, utječu na prijenos signala, posreduju u interakcijama između ćelija

procesiranje rRNA
Prekurzor 30S RNA se metilira na specifičnim bazama. Cijepanjem se oslobađaju prekurzori
rRNA i tRNA. U tačkama 1, 2 i 3 cijepanje se odvija pomoću enzima Rnaza III, Rnaza P i Rnaza
E. Konačni produkti 16S, 23S i 5S nastaju djelovanjem specifičnih nukleaza.

45S prekurzor se metilira na 2'-OH skupini riboze. Serijom enzimskih cijepanja nastaju 18S,
5,8S, i 28S rRNA. Reakcije cijepanja zahtijevaju RNA molekule nađene u nukleolusu koje se
nazivaju male nukleolarne RNA (snoRNA) koje djeluju u kompleksima sa proteinima sličnim
splajsozomima. 5S rRNA se sintetizira odvojeno.
metiliranje , koji enzimi ucestvuju, i koji ak ostaci se metiliraju
Metiliranje je dodavanje metilne skupine proteinu, obično kod ostataka lizina ili arginina, veže
se na azot i kisik proteina. Donator metila je S-adenosilmetionin (SAM). Enzim za to je
metiltransferaza. Metilacija ostataka lizina u histonima DNA je važan regulator strukture
hromatina.

Prilikom vezanja aminokiseline za tRNA dolazi do aktivacije aminokiseline što je

neophodno za formiranje peptidne veze. Tačnost vezanja aminokiseline i tRNA kontrolira
enzim aminoacil-tRNA sintetaza.
Transdukcija signala Transdukcija signala predstavlja protok signala kroz membranu (protok
elektrona kroz membranu lipida). To se dešava procesom difuzije, tako što male čestice
difunduju kroz ćelijsku membranu.
Transdukcija signala-signal pretvaranje
Primjeri signalizacije: prenos nervnih signala, odgovor na hormone i faktore rasta, slika (vizija),
miris (miris), okus, regulacija ciklusa ćelije

ip 1,3,4 – neam pojma šta hoće ovde

IP3 vezuje na specifični receptor na endoplazmatskom retikulumu, otpušstajući Ca2+, a sa

diaglicerolom aktivira protein kinatu C na površini ćelijske membrane.
Inozitol 1,4,5 trifosfat Imaju ključnu ulogu u različitim funkcijama kao što su: rast ćelije,
apoptoza, migracija, endocitoza i ćelijska difernecijacija.
inozitol trifosfat Aktiviraju ga inozitol receptori za oslobađanje kalcija u citoplazmi. Inozitol
trifosfat zajedno sa diacilglicerolom je sekundarni glasnik koji učestvuje u prenosu signala i
lipidnoj signalizaciji u biološkim ćelijama

Metilacija u DNA
Histonske metiltransferaze dodaju metiline skupine na argininske (arginin- metiltransferaze) I
lizinske (lizin-metiltransferaze) ostatke. Lizinski ostaci mogu prihvatitit, jedan, dva il tri metina
ostatka, dok arginin može biti samo mono- i dimetiliran (simetrično ill asimetrično). lako ove
modifikacije ne mijejaju naboj histona, mijenjaju hidrofobni karakler i cijelokupnu velčinu
modificiranih ostataka. Razlicita stanja metilacije prepoznaju razillciti efektomi proteini, te su
povezani sa izrazitim regulatomim funkcljama.
Kod metilacije argininskih ostataka, asimetrična dimetilacija histona H3R2 (H3R2me2) uzrokuje
nemogućnost vezanja određenih efektornih proteinskih kompleksa na histon H3K4me3, što je
povezano s aktivnom transkripcijom. Obrnuto,, simetrična dimetilacija argininskih ostataka
povećava učinak vezanja određenih efektora na H3K4me3.
Lizin se može metilirati jednom, dvaput ili tri puta lizin-metiltransferazama. Metilacija lizina
igra središnju ulogu u djelovanju histona s proteinima. Metilna grupa sa lizina može se ukloniti
lizin-demetilazama.
Palindrom i ogledalo sekvence
 Na gornjoj slici su predstavljene palindrom sekvence, a na donjoj slici ogledalo sekvence.
Palindromska sekvenca – dijelovi DNA sa inverznim ponavljanjima baznih sekvenci
na suprotnim lancima dvostruke uzvojnice. Odlikuju se dvostrukom simetrijom i
komplementarne su same sa sobom unutar svakog lanca i stvaraju forme ukosnice.
Ogledalo sekvence – inverzno ponavljanje na svakom individualnom lancu dvostruke
uzvojnice. Nisu komplementarne unutar lanca i ne grade forme ukosnice.
Ove sekvence utiču na funkciju i metabolizam segmenta DNA u svojoj neposrednoj
blizini.

Fosforilacija nečeg
Za histone ima dole ispod
Predstavite strukturu glikogena i označite tipove veza u ovoj makromolekuli. Koja je uloga
glikogena u ljudskim tkivima ?
 Glikogen je, kao i amilopektin polimer podjedinica glukoze povezanih α-1-4 vezama, a
na mjestima grananja stvaraju se α-1-6 veze. Glikogen je mnogo više razgranat (jedna
grana na 8 do 12 ostataka) i mnogo kompaktniji od škroba.

Služi kao energetska rezerva u životinja, gljiva i bakterija.

Šta je drugi genetski kod i koja mu je funkcija ?

interakcija izmedju aminoacil trna sintetaze i trna naziva se drugi genetski kod-odrzavajuci
njegovu kritičnu ulogu u održavanju tacnosti i sinteze proteina

Kako objašnjavate činjenicu da gen za ovoalbumin sadrži 7700 bp, a mrna za ovoalbumin
sadrži 1872 baze ? Pojasnite
Gen ovalbumina posjeduje 8 egzona koji kodiraju ovalbumin mRNA kodirajucu sekvencu. Ovih
8 egzona je odvojeno od strane 7 introna, koji su nekodirajuce sekvence i transkriptuju se u
ovalbuminsku mRNA. Tokom spajanja pre-mRNA u jezgri 7 introna koje cine 5828 (76%) pre-
mRNA, uklanjaju se i egzoni se spajaju dajuci zrelu mRNA duzine 1872 nukleotida.
Pojasnite efekat prisustva glukoze na aktivnost laktoza operona u E. Coli ?
Kada je u hranjivom mediju prisutna glukoza neće se aktivirati enzim adenilat-ciklaza koji
prevodi ATP u c-AMP, slijedi da se ne može formirati ni kompleks CAP-c-AMP koji bi
favorizirao inicijaciju translacije (jer taj kompleks olakšava vezanje RNA polimeraze za
promotorsko mjesto). Međutim, pošto je u ovom slučaju prisutna laktoza,a ćelija posjeduje
bazalni nivo ß-galaktozidaze čijim posredstvom se laktoza konvertuje u njen izomer alolaktozu
(signalna molekula-induktor, veže se za lac represor I izaziva njegovu konformacijsku promjenu
zbog čega taj alosterički protein disocira sa operatora). Dakle, transkripcija nije favorizirana od
strane kompleksa CAP-c-AMP ali postoji nizak nivo ekspresije te vrlo malo transkripcije

Koji su enzimi odgovorni za metilaciju DNA i koliko ih je identificirano u sisara ?

DNA-metiltransferaze (DNMT) su grupa enzima koji su odgovorni za metilaciju DNA. Do danas
su identificirana četiri enzima DNMT kod sisavaca: DNMT1, DNMT2, DNMT3a i DNMT3b.
DNMT1 održava metilaciju DNA za vrijeme replikacije tako što kopira uzorak metilacije s
roditeljskog lanca DNA na novosintetizirani lanac.
Šta je rearanžiranje gena i kod koje skupine gena je značajno kao oblik genske ekspresije ?
Kretanje DNA sa jedne lokacije na drugu u genomu, pri čemu nastaju različiti proteini. Primjer:
VDJ rekombinacije tokom nastajanja antitijela.
Koji je efekat fosforilacije histona ?
Fosforilacija histona može direktno regulirati dinamiku nukleosoma mijenjajući naboj histona.
Fosforilacija serinskih, treoninskih i tirozinskih ostataka na histonima uzrokuje stvaranje
negativnog naboja, što može rezultirati u odbijanju naboja između negativno nabijene DNA I
negativno nabijenih ostataka.

Uloga dna ligaze u procesu replikacije dna molekule ? Pojasnite !

DNA ligaza katalizira nastajanje fosfodiesterske veze između 3' hidroksilnog kraja jednog
fragmenta DNA na sporom lancu i 5' fosfatne grupe drugog Okazakijevog fragmenta.
U reakciji se stvara nova fosfodiesterska veza na račun druge fosfodiesterske veze. Prvi i drugi
korak dovode do aktivacije 5' fosfata u urezu. AMP (od ATP u eukariota ili NAD* u E. coli)
prenosi se na lizinski ostatak enzima, a zatim na 5' fosfat u urezu. U trećem koraku 3'-OH grupa
vrši napad na fosfat i zamjenjuje AMP. Pri tom se obrazuje fosfodiesterska veza i povezuje
DNA.
Pojasnite efekat nedostatka glukoze na E. Coli.
Kada je u hranjivom mediju odsutna glukoza, aktivira se enzim adenilat-ciklaza koji prevodi
ATP u c-AMP, potom se stvara kompleks CAP-c-AMP koji se veže na sekvencu DNA na
promotorsko mjesto (ovo je pozitivna regulacija) te olakšava vezanje RNA polimeraze za
promotor I promoviše transkripciju. Kako je prisutna laktoza, bazalni nivo beta-galaktozidaze
posreduje u prevođenju laktoze u njen izomer alolaktozu koji će, kao induktor, vezati se za lac
represor… inaktivan represor. Ekspresija tada započinje, a koncentracija beta-galaktozidaze se
poveća za 10 na 3. U ovom slučaju transkripcija je maksimalna. – OVO JE U SLUČAJU DA JE
PRISUTNA LAKTOZA !!!
Kada su odsutna I glukoza I laktoza
Nema ekspresije jer je aktivan represor

Metiliranje, na kojim dijelovima dnka metiliranje.

Eukariotska dnk
Transformacija Transformacija je postupak kojim kompetentne ćelije primaju plazmidnu DNA.
Kompetentne ćelije ne sadrže plazmide. Uzgajaju se u LB Medijumu. Postoji transformacija
temperaturnim šokom i elektroporacija.
5'3' enzim
Endonukleaza koja uklanja nukleotide sa 5' kraja tRNA zove se RNaza P (ribonukleaza P)

Restrikcijske endonukleaze Enzimi koji razgrađuju nukleinske kiseline nazivaju se nukleaze ili
DNaze, ako su specifične za DNA
Endonukleaze razgrađuju DNA lanac na bilo kojem mjestu pri čemu se molekula cijepa na manje
fragmente

Glikoproteini su konjugati karbohidrata i proteina u kojima su karbohidratni dijelovi manji i strukturno

raznovrsniji nego glikozaminoglikani u proteoglikanima. Udio ugljikohidrata kreće se od 1% do 70% mase
glikoproteinske molekule.

Karbohidrat se veže preko svog anomernog karbona O-glikozidnom vezom za –OH u Ser ili Thr ostatku ili
N- glikozidnom vezom za amidni nitrogen u Asn ostatku.

N-vezani oligosaharidi sadrže zajedničku pentasaharidnu srž koja se sastoji iz tri manoze i dva ostatka N-
acetilglukozamina.
DNA polimeraza I - temeljito čišćenje tokom replikacije, rekombinacije i popravljanja
DNA
- 5’ → 3’ egzonukleazna aktivnost koja služi za uklanjanje klice
i popravak molekule DNA
5’→3’ egzonukleazna aktivnost enzima je smještena na posebnom manjem,
strukturnom domenu enzima. Kada se ovaj domen odvoji proteazom
subtilizinom, ostaje veliki (Klenow) fragment, koji posjeduje 5’→3’ polimeraznu
aktivnost I 3’ → 5’ egzonukleaznu aktivnost.

DNA LIGAZA POVEZUJE KRAJEVE DNA

Razdvojene lance stabiliziraju proteini za stabilizaciju jednolančane DNA

(SSB).

Enzimi primaze sintetiziraju RNA klicu prije nego što DNA polimeraza otpočne
sintezu DNA.

Djelovanjem DNA polimeraze, sintetišu se novi lanci.

Djelovanjem DNA polimeraze I uklanja se klica RNA, koja se popunjava sa

DNA; u kičmi DNA ostaje rez u obliku prekinutog fosfodiesterskog veza.

Enzimi ligaze zatvaraju rez, odnosno uspostavljaju fosfodiestersku vezu.

IF-3 sprječava povezivanje 30S i 50S podjedinice prije stvaranja inicijalnog

kompleksa.
IF-1 veže se za mjesto A i sprječava vezanje tRNA na mjesto A u fazi inicijacije.
Apoptoza u fiziološkim uslovima
programirana destrukcija tokom embriogeneze
involucija tkiva ovisnih o hormonima
gubitak ćelija u proliferirajućim ćelijskim populacijama
eliminacija štetnih limfocita koji prepoznaju vlastito tkivo
smrt ćelija radi remodeliranja tkiva

U patološkim uslovima

oštećenje DNA
- nakupljanje pogrešno svijenih proteina
- smrt ćelija u određenim infekcijama
- patološka atrofija u parenhimalnim organima

Ćelije odgovaraju na oštećenje DNA povećanjem ekspresije p53, koji je snažan pokretač
apoptoze.

Postoje tri oblika kaspaza:

1) Inflamatorne (aktivatori citokina)

2) inicijacijske,
3) izvršne (egzekucijske, efektorne).

• Aktivatori citokina su manje poznati, (kaspaze 1, 4, 5, 11,12, 13), a potiču drugi oblik
ćelijske smrti (piroptozu).

• Inicijatori (kaspaze 2, 8, 9, 10) se nalaze uzvodno na kaskadi aktivacije kaspaza, a mogu

biti individualno aktivirane mnogim apoptotskim signalima u sklopu različitih
mehanizama u procesu umiranja.

• Jednom aktivirane mogu inicirati kaskadu kaspaza aktivirajući

nizvodno izvršne kaspaze, koje su uključene u regulaciju i izvršenje
apoptoze .
• Izvršne kaspaze (kaspaze 3, 6, 7) mogu cijepati brojne stanične
supstrate, uključujući strukturne proteine koji su dio citoskeleta
(aktin) i ovojnice jezgara (laminini), stanične enzime potrebne za
obnavljanje DNA i za homeostazu stanice.

• Od svih izvršnih kaspaza najbolje je proučena kaspaza–3 i

predstavlja središnju molekulu na križanju svih poznatih apoptotskih
mehanizama.
Citohrom C se otpušta iz mitohondrija u stanicama koje prolaze apoptozu na
poticaj niza podražaja, uključujući tvari koji oštećuju DNA, inhibitora kinaze i
aktivatora staničnih površinskih receptora za smrt.

Apaf–1 je protein koji veže citochrom C pri čemu nastaje apoptosom.

In genetics, complementary DNA (cDNA) is DNA synthesized from a single-stranded RNA (e.g.,
messenger RNA (mRNA) or microRNA (miRNA)) template in a reaction catalyzed by the enzyme reverse
transcriptase. cDNA is often used to clone eukaryotic genes in prokaryotes.

Reverzna transkriptaza je enzim koji služi za generisanje komplementarne cDNA sa RNA. Inkubacija
mRNA s enzimom reverzna transkriptaza dovodi do pretvaranja jednolančane mRNA u dvolančanu DNA
poznatu kao cDNA.

Obrada eukariotske mRNA

Eukariotska mRNA se modificira na oba kraja.

Na 5’ kraj dodaje se tzv. Kapa 7-metilgvanozina prije nego što završi sinteza primarnog transkripta.
Splicing se javlja prije ili nakon koraka poliadenilacije (dodavanje poli (A) repa na 3’ kraj). Ove
modifikacije štite mRNA od djelovanja razgradnih enzima.
Ion channels are pore-forming membrane proteins that allow ions to pass through the channel pore. ...
Ion channels are present in the membranes of all cells. Ion channels are one of the two classes of
ionophoric proteins, the other being ion transporters.
Holesterol –unutar ćelije sluznice životinja-holesterol smanjuje fluidnost membrana na umjerenim
temperaturama smanjujuci flosfolipidno kretanje. Ima razlicite ucinke na fluidnost membrane pri
razlicitim temperaturama. Onemogucava kretanje fosfolipida cime se povecava cvrstoca membrane. Pri
visim temperaturama( pr. 37) ogranicava kretanje kretanje fosfolipida i stvara se veća čvrstoća ali manja
fluidnost dvosloja. Svojim umetanjem sprečava čvrsto vezivanje fosfolipida a povećava fluidnost
membrane. Na visokim temp ograničava pokretanje lanca masnih kiselina fosfolipida, cineci vanjski dio
membrane manje fluidnim i smanjuje propusnot za male molekule. Na niskim temperaturama,
onemogućuje međudjelovanje lanca masnih kiselina, holesterol sprjecava smrzavanje membrane i
odrzava njihovu fluidnost.

1. Restrikcijske endonukleaze tip II- cijepaju DNA na sppecifičnim mjestima I tako

nastaje setmanjih fragmenata DNA
Reverzna transkriptaza- sintetizira DNA kopiju na osnovu RNA molekule
DNA ligaze imaju ulogu u povezivanju manjih fragmenata DNA sa pogodnim vektorom za
kloniranje.

2. Sinteza Okazakijevih fragmenata (+nacrtati i obilježiti)

Sinteza tromog lanca- ovaj lanac se sintetiše u vidu kraćih fragmenata koji se nazivaju
Okazakijevi fragmenti.
Primaza sintetizira klicu, a zatim DNA polimeraza III na klicu dodaje dezoksiribonukleotide.
DnaB protein-helikaza i DnaG protein- primaza grade primosom.
Dna polimeraza III je dimer građen od dvije katalitičke srži. Jedna katalitička srž kontinuirano
katalizira vodeći lanac, a druga sintetizira jedan po jedan Okazakijev fragment po svijenoj petlji
sporog lanca. Odvijanje DNA pomoću helikaze dovodi do asocijacije primaze i sinteze kratke
klice RNA . Nova β klizeća štipaljka se smješta na klicu pomoću kompleksa koji utovara
štipaljku polimeraze III. Kada se sinteza Okazakijevog fragmenta završi, replikacija se
zaustavlja, a β klizeća štipaljka disocira. Ista sržna podjedinica polimeraze III veže novu
štipaljku i započinje sintezu novog Okazakijevog fragmenta.
Kada se sinteza O.fragmenta završi, uklanja se njegova RNA klica i zamjeni sa DNA.
Uklanjanje klice i popunjavanje nastalog jaza vrši DNA polimeraza I , a rez koji preostaje
popunjava DNA ligaza. DNA ligaza katalizira stvaranje fosfodiesterske veze između 3'OH
kraja jednog fragmenta DNA na sporom lancu i 5' fosfata drugog Okazakijevog fragmenta.

3. Tačne tvrdnje o DNA

Dijametar uzvojnice je 2 nm. Susjedne baze nalaze se na rastojanju 0,34 nm duž ose uzvojnice
i zarotirane su jedna u odnosu na drugu za 36 stepeni. Struktura uzvojnice se ponavlja nakon
svakih deset ostataka u pojedinačnom lancu. To znači da dužina jednog navoja uzvojnice
iznosi 3.4 nm.

4. Eikozanoidi
Eikozanoidi (prostaglandini, tromboksnani i leukotrieni) su derivati polinesazićenih masnih
kiselina koje sadrže 20 C atoma, parakrini su hormoni izuzetno snažnog djelovanja. Uključeni
su u reproduktivni sistem, zapaljenje, groznica i bol povezan sa povredom ili bolešču, u
formiranju ugruška krvi i regulaciju krvnog pritiska, u lučenje želudačnih kiselina.
Prostaglandin je petougljični prsten porijeklom iz lanca arahidonske kiseline (nezasićena).
Učestvuje u procesima regulacije. Neki prostaglandini stimuliraju kontrakcije glatkih mišića
maternice tokom menstruacije. Utiče na protok krvi ka određenim organima, ciklus buđenja...

5. RNA polimeraze
RNA polimeraza I- nukleolus- sintetiše prekursor za 18S, 5,8S i 28S rRNA
RNA polimeraza II-nukleoplazma- sintetiše prekursore iRNA i specijaliziranih RNA snRNA
RNA polimeraza III-nuleoplazma- sintetiše tRNA i 5S rRNS
RNA polimeraza II je veliki enzim sastavljen od 12 podjedinica. Ne može sam započeti
transkripciju nego ga vodi grupa transkripcijskih faktora označeni kao TFII.
TBP (TATA vezujući protein)- specifično prepoznaje TATA boks

6. Za stvaranje 1 peptidne veze neophodno je utrošiti više od 4 energetski bogate veze:

-hidroliza ATP i pirofosfata (potrebni su za akrivaciju aminokiselina i vezanje za tRNA)
- jedan GTP ( hidrolizira se u inicijaciji)
-dva GTP ( hidroliziraju se u elongaciji).
Znaci, najmanje 122kJ/mol (4* 30,5 kJ/mol ) energije fosfodiesterskih veza je potrebno za
stvaranje jedne peptidne veze koja ima standardnu slobodnu energiju hidrolize od -21 kJ/mol.

7. Sindekan (+proteoglikani)

Na slici je prikazana struktura proteoglikana- integralnog membranskog proteina

sindekana.
Sindekan je sržni protein plazmatske membrane na čijem su aminoterminusnom domenu
(ekstracelularno) kovalentno vezana tri lanca heparan sulfata i dva lanca hondroitin sulfata.
Glikozaminoglikani se vežu kovalentno za ekstracelularne proteine (membranske ili
sekretorne) pri čemu nastaju proteoglikani. Udio glikozaminoglikana dominira. Proteoglikani
su glavne komponente vezivnog tkiva kao što je hrskavica.

1. Napiši reakciju nastajanja aminoacil-tRNA pomoću aminoacil tRNA sintetaza za

klase II.
Aktivaciju aminokiselina vrši tRNA. 20 različitih aminokiselina esterificira se s odgovarajućom
tRNA u citosolu. Reakciju esterifikacije omogućavaju enzimi aminoacil-tRNA sintetaze, čija
aktivnost ovisi o koncentraciji jona Mg2+.Princip reakcije koju katalizira aminoacil-tRNA
sintetaza je:

aminokiselina + tRNA + ATP ↔(Mg2+ na strelici) aminoacil-tRNA + AMP + PPi

2. Koji faktori učestvuju u elongaciji i napiši ulogu.

Kod prokariota, su neophodna tri elengaciona faktora za translaciju: EF-Tu, EF-Ts, EF-G.
EF-Tu  posreduje ulaz aminoacil tRNK u slobodno mjesto ribozoma. Kompleks- aminoacil-
tRNA-EF-Tu GTP vezuje se za A mjesto na 70S inicijacijskog kompleksa. GTP se hidrolizira, a
kompleks EF-Tu GDP se odlobađa sa 70S ribosoma.
EF-Ts služi kao guaninski faktor razmjene nukleotida za EF-Tu, tako što katalizuje GDP
otpuštanje sa EF-Tu.
EF-G (translokaza) služi da bi se ribosom kretao duž iRNA.

3. Šta je transdukcija signala? Kakvu ulogu ima inozitol 1,4,5 trifosfat i diacilglicerol?
Transdukcija signala-signal pretvaranje
Primjeri signalizacije: prenos nervnih signala, odgovor na hormone i faktore rasta, slika (vizija),
miris (miris), okus, regulacija ciklusa ćelije...
IP3 vezuje na specifični receptor na endoplazmatskom retikulumu, otpušstajući Ca2+, a sa
diaglicerolom aktivira protein kinatu C na površini ćelijske membrane.

6. Odgovori na pitanja!
a) Pojasni ulogu inicijalnog faktora 3 (IF3)
IF – 3 sprječava povezivanje 30s i 50s podjedinica prije stvaranja inicijalnog kompleksa, zatim
se za 30s podjedinicu veže mRNA.
b) PojasniuloguShine – Dalgano sekvenca
Konsenzusna sekvenca je inicijalni signal sastavljen od 4-9 purinskih ostataka udaljenih 8-13
nukleotida od 5'' kraja inicijalnog kodona. Ova purinska sekvenca se sparuje sa
komplementarnom sekvencom koja je bogata pirimidima u blizini 3'' kraja sa 16s rRNA na 30s
ribozomskoj jedinici.
1. Koji proces je predstavljen na slici? Dopunite sliku odgovarajućim oznakama i
pojasnite!

- Na slici je predstavljeno stvaranje heterotetramera. Inicijatorske prokaspaze posjeduju

prodomenu koja im omogućava regrutovanje drugih prokaspaza, koje onda
dimeriziraju. Obje molekule prokaspaza podliježu cijepanju putem autokatalize. To
vodi ka uklanjanju prodomene i cijepanju linker regije između velike i male
podjedinice enzima. Kao rezultat cijepanja nastaje heterotetramer.
- prodomena
- velika podjedinica mala podjedinica

2. Predstavite i označite strukturu amilopektina (odnosno glikogena)!

 Glikogen je, kao i amilopektin polimer podjedinica glukoze povezanih α-1-4 vezama, a
na mjestima grananja stvaraju se α-1-6 veze. Glikogen je mnogo više razgranat (jedna
grana na 8 do 12 ostataka) i mnogo kompaktniji od škroba.

3. Šta je anoikis?
Anoikis je oblik apoptoze koji nastaje usljed odvajanja ćelije od ekstracelularnog
matriksa.