4.

NÜKLEİK ASİTLER
Canlı hücrenin çoğalması için önce kalıtsal bilgisini kopyalaması gerekir.

Ters transkripsiyon

Hücrede kopyalama:

1. DNA’dan DNA (Replikasyon)

2. DNA’dan RNA (Transkripsiyon)
3. RNA’dan DNA (Ters transkripsiyon)

Moleküler Biyolojinin Merkezi Dogması

 GENETİK BİLGİ AKIŞI (Santral Dogma)
Bir genin kopyasının çıkması ve proteine dönüşümü

Bilinen dogma Genişletilmiş dogma

 4. NÜKLEİK ASİTLER
•Nükleotidlerin polimerleridir.

Nükleotidin üç bileşeni
 Nükleik Asitler
DNA işlevi:
-Genetik bilgiyi kodlama ve deşifre etme
-Genetik bilgi deposu
-Kendini eşleme ve aktarma
-RNA sentezini kontrol ederek protein sentezini
kontrol eder.

RNA işlevi;
-Protein sentezinde aracı moleküllerdir
-Diğer
Nükleik asit (DNA), ilk kez 1869’da Friedrich Miescher tarafından nükleustan izole edildi
(nüklein).

Akyuvarlar ve balıkların sperm hücrelerinden nükleik asitleri ayırmıştır.

Ayrılan bu maddelerin, o zamana kadar hücrelerde bulunduğu bilinen maddelerden çok farklı
olduğunu görmüştür.

Asit özelliği gösteren bu maddelerde çok miktarda fosfor bulunmaktadır. Hücrenin

çekirdeğinde bulundukları için bu maddelere nükleik asit adı verilmiştir
 4. NÜKLEİK ASİTLER
• Genetik bilginin depolanması ve ifade edilmesinde kullanılmaktadır.
• Nükleik asitleri
 DNA "DeoksiriboNükleik Asit"
 RNA "RiboNükleik Asit"

• Nükleik asitler birçok nükleotidlerin meydana getirdikleri polimerlerden ibarettir.

• Nükleotidler hidroliz edildiklerinde heterosiklik aminler olan purin ve pirimidinler ile,
pentoz şeker ve fosforik asit ünitelerine parçalanırlar.
Nükleik asitler nasıl çalışır?
= Yaşamın sarmalları

•Genetik Bilgi Akışı?

•Nükleik Asitler ve Moleküler Bileşenleri,
– *Nükleotid işlevleri
– *DNA Yapısı, İşlevi
– *RNA tipleri ve işlevleri
– (mRNA, tRNA, rRNA ve snRNA)

Fosfodiester bağ
DNA (DeoksiriboNükleik Asit)
DNA (DeoksiriboNükleik Asit)

Hidrojen Bağlar
Pirimidin-Pirimidin
G C
Aralık yetersiz

Purin - Purin
Verici Alıcı DNA çift sarmalı,
Aralık çok grup grup
antiparaleldir.
Purin - Pirimidin

Aralık uygun

A T
Nükleotit yapısı
 Nükleotidlerdeki azotlu bazlar
 Nükleotidlerdeki azotlu bazlar, pürin ve pirimidin bazlarıdır.
 Pürin ve pirimidinler heterosiklik bileşiklerdir.
 Benzen yapısındaki karbon atomlarından ikisinin yerine azot atomlarının geçmesiyle
pirimidin halkası oluşmaktadır;
 Pirimidin ve imidazol halkalarının kondense olmalarıyla da pürin halka sistemi
meydana gelmektedir.

Genetik bilgiyi özgün

baz dizileri oluşturur.
 Nükleotidlerdeki azotlu bazlar
 Sitozin (C ), Timin (T) ve urasil (U), nükleotidlerde bulunan üç önemli pirimidin
bazıdır
 5-Metilsitozin ve 5-Hidroksimetilsitozin ise doğada nadiren bulunan pirimidin
bazlarıdırlar.
 Nükleotidlerdeki azotlu bazlar
 Adenin (A) ve Guanin (G), nükleotidlerde bulunan iki önemli pürin bazıdır.
 Hipoksantin ve Ksantin ise adenin ve guanin metabolizmasında ara ürünlerdir.
 İnsanlar pürin katabolizmasının son ürünü olarak okside bir pürin olan ürik asidi atılıma
uğratırlar.
 Nükleotidlerdeki azotlu bazlar

 Serbest pürinler ve pirimidinler, zayıf olarak

bazik bileşiklerdir; bu yüzden baz olarak
tanımlanırlar.
 Pirimidin bazlarından sitozin hem DNA’da hem
RNA’da bulunduğu halde timin yalnızca
DNA’da, urasil yalnızca RNA’da bulunur.
 Pürin bazlarından adenin ve guanin, hem
DNA’da hem RNA’da bulunurlar.
 Nükleotidlerdeki pentoz şeker

• Nükleotidlerdeki pentozlar, D-riboz ve 2-deoksi-D-Riboz’dur

• DNA’daki nükleotidler 2-deoksi-D-riboz içerir;

• RNA’daki nükleotidler D-riboz içerir.
 Nükleotidlerdeki fosfat

• Nükleotidlerdeki fosfat, fosforik asittir (H3PO4); pentozun 5’ C atomuna ester

bağı ile bağlanır.
 Nükleozidler
Nükleozidler, -N-glikozidik bağ ile pürin veya pirimidine bağlanan (pürinlerde
N9 konumunda, pirimidinlerde N1 konumunda) bir pentozdan (genelde D-riboz
veya 2-deoksi-D-riboz) oluşurlar; içerdikleri azotlu baza göre adlandırılırlar:
• Nükleotidler, bir azotlu baz, bir şeker ve şekerin 5-hidroksil grubuna bağlanmış bir veya
daha çok sayıda fosfat grubu içerirler.
• Nükleotidlerdeki fosfat grupları, şekerden başlamak üzere sırasıyla ,  ve  olarak
adlandırılmaktadır.
• Nükleotidlerin biyosentez ve enerji dönüşümlerinde kullanılan aktif şekilleri, difosfat ve
trifosfat şekilleridir:
 Nükleotidlerin İşlevleri
1) Nükleotidler, DNA ve RNA gibi nükleik asitlerin yapı taşlarıdır.

1000 nt.’lik DNA’da

41000 farklı dizilim olasılığı var.

İnsan diploid DNA’sında ~3.2 x 109 (x2)

nükleotit var .

Pürin ve pirimidin nükleotidleri, DNA ve RNA moleküllerinin monomerik birimleri

olarak görev yapmaktadırlar.

Hem DNA’da hem RNA’da nükleotidler, fosfat köprüleri vasıtasıyla art arda
bağlanmışlardır; özellikle birinci nükleotidin pentozunun 3’-karbonuna bağlı hidroksil grubu
ikinci nükleotidin 5’-karbonuna bağlı fosfat grubuna bir fosfodiester bağı vasıtasıyla
bağlanır.
 Nükleotidlerin İşlevleri
1) Nükleotidler, DNA ve RNA gibi nükleik asitlerin yapı taşlarıdır.

 Böylece, nükleik asitlerin kovalent iskeleti, birbiri ardına gelen fosfat ve pentoz
kalıntılarından oluşur; karakteristik bazlar, iskelete düzenli aralıklarla
eklenmiş yan gruplar durumundadırlar.

21
 Nükleotidlerin İşlevleri
1) Nükleotidler, DNA ve RNA gibi nükleik asitlerin yapı taşlarıdır.

 Fosfat pentoz kalıntılarından

oluşan iskelet hem DNA’da
hem RNA’da hidrofiliktir;
şeker kalıntılarının hidroksil
grupları su ile hidrojen bağları
oluşturur.
 Polar iskeletteki fosfat
grupları, pH 7’de tamamen
iyonize ve negatif yüklüdürler;
fosfat gruplarının negatif
yükleri, genellikle proteinler,
metal iyonları ve poliaminler
üzerindeki pozitif yükler ile
iyonik etkileşim vasıtasıyla
nötralize edilirler. 22
 Nükleotidlerin İşlevleri
2) Nükleotidler, hücrede kimyasal enerjiyi taşırlar. ATP (GTP) kimyasal bağ
enerji molekülüdür ve fosfat aktarırlar.
 Asit anhidrid bağları ile
mononükleotidin pentozuna bağlanan
ilave fosfatlar, adenozin difosfat (ADP)
ve adenozin trifosfat (ATP) gibi
nükleozid di- ve tri-fosfatları
oluştururlar

 Nükleozid trifosfatlar, biyokimyasal

reaksiyonların geniş bir bölümünü
yürütmek için kimyasal enerji
kaynağı olarak kullanılırlar.
 ATP ve diğer nükleozid trifosfatların
hidrolizi, trifosfat yapısının kimyası
nedeniyle enerji veren bir reaksiyondur.
Riboz ve α fosfat arasındaki bağ bir 23
ester bağıdır, α-β ve β-γ bağları
fosforik asit anhidrid bağıdır.
 Nükleotidlerin İşlevleri
3) GTP, CTP ve UTP sırasıyla protein, fosfolipid ve glikojen sentezinde
kullanılırlar.

 ATP ve GTP protein sentezinde rol oynar.

 CTP, fosfolipid sentezinde rol oynar. (CDP-diaçilgliserol, fosfolipid
biyosentezinin öncülüdür)
 UTP, Glikojen sentezinde kullanılır.

UDP-glukoz, glikojen sentezinde glukoz

vericisi olarak kullanılan ara-bileşiktir.
 Nükleotidlerin İşlevleri
4) Koenzim yapısında yer alırlar
Yapılarında adenozin içeren başlıca koenzimler;

 Koenzim A (CoA),

 Nikotinamid Adenin Dinükleotid (NAD+ veya NADH) ve

 Flavin Adenin Dinükleotid (FAD veya FADH2)’dir.

 Vitamin B12’nin aktif formu 5’-deoksiadenozilkobalamin içerir

25
 Nükleotidlerin İşlevleri
5) Bazı nükleotidler hücresel haberleşmede aracıdırlar
 Birinci haberci diye tanımlanan ekstrasellüler uyaranların hücre yüzeyindeki reseptörler ile
karşılıklı etkileşimi, hücre içinde ikinci habercilerin üretimine yol açar; ikinci haberci,
hücre içinde adaptif değişikliklere yol açar ve böylece hücrenin cevabı oluşur.

 cAMP ve cGMP kimyasal haberci olarak fonksiyon görürler.

 cAMP (Cyclic adenosine monophosphate), plazma membranının iç yüzünde bulunan adenilat siklaz
tarafından katalizlenen bir reaksiyonda ATP’den oluşturulur.

 cGMP (Guanozin 3',5'-siklik monofosfat), bir çok hücrede meydana gelir ve düzenleyici
fonksiyonlara sahiptir:

26
 Nükleotidlerin İşlevleri
Nükleotitler metabolik düzenleyici moleküllere dönüştürülebilir.

İkinci haberci moleküller

 cAMP
 cGMP

ppGpp (bakterilerde a.a açlığında

rRNA ve tRNA sentezini
engelleyerek protein sentezini
yavaşlatır)
 Nükleotidlerin İşlevleri
5) Bazı nükleotidler hücresel haberleşmede aracıdırlar

 Adenozin 3‘-fosfat-5‘-fosfosülfat (fosfoadenozin fosfosülfat: PAPS) preteoglikanların

sülfatlanmasında ve ilaç metabolitlerinin sülfatlanrak sülfat konjugatları halinde
atılmasını sağlayan önemli bir fosfat vericisidir.

28
 Nükleotidlerin İşlevleri
6) S-adenozil metiyonin (SAM) metil vericisidir.

29
 Nükleotidlerin İşlevleri
7. Bazı sentetik nükleotit benzerleri, ilaç olarak kullanılır.
Örn; AZT (azidotimidin), DDI (dideoksiinozin) HIV tedavisinde

Deoxycytosine

Ara C Ara A
(Cytarabine) (vidarabine)

antiviral antiviral anticancer antiviral

 Nükleik asitlerin reaksiyonları

 DNA’nın nükleotid dizisi, organizmanın protein moleküllerinin tümünün

sentezinde bilgi kaynağıdır.

 DNA molekülü, sakladığı genetik bilgilerin sonraki nesillere aktarılması için

kendi kopyasını oluşturur (replikasyon)
 Bir protein molekülüne ait olarak DNA’da saklanan genetik bilgi, önce bir RNA
molekülünün sentezi suretiyle kopyalanır veya yazılır (transkripsiyon)
 Transkripsiyonla RNA’ya kopyalanmış olan genetik bilgi daha sonra okunarak
bir protein molekülü haline çevrilir (translasyon)
 Transkripsiyon ve translasyon olaylarının toplamı gen ifadesi (gen
ekspresyonu) olarak adlandırılır.
*Nükleik asitler suyla H- bağı oluşturabilir (Özellikle B-DNA formunda).
*Ancak bazların üst üste yığılması, bu bölgenin suyla etkileşmesini azaltır (daha
hidrofobik).
 Nükleotidlerin nükleik asitleri oluşturmak
üzere polimerleşmesi
 Bir nükleotidin 5' fosfatı ile, diğerinin 3‘ hidroksil grubu arasında fosfodiester
bağları oluşur

 Zincirin bir ucu 5' fosfat grubu ile, diğer ucu da 3’ hidroksil grubu ile sonlanır.
 Nükleotidlerin nükleik asitleri oluşturmak
üzere polimerleşmesi
 Polinükleotidler her zaman 5'-3' yönde sentezlenirler; büyüyen zincirin 3'OH
grubuna serbest nükleotid eklenmektedir.
Watson – Crick Baz Eşleşmesi
(Komplementer = Tümleyici,
tamamlayıcı Baz Eşleşmesi)
Baz eşleşmesinde hangi faktörler rol oynar?
• Bazların kimyasal yapısı
• Büyüklüğü
• Şekli

Baz eşleşmesi ayrıca;

• DNA sentezi
• RNA sentezi ve RNA işlenmesi
• İşlevsel RNA yapılarının oluşumu
• Protein sentezi (mRNA’da kodon-tRNA’da antikodon eşleşmesi)

sırasında da gerçekleşir.
 Bazların 2 yapısal seçeneği

Baz tautomer olasılıkları= H kayması

*Keto ve amino daha stabil ve baskın. Önemi?
DNA, farklı üç boyutlu yapılar oluşturabilir

(Daha çok
Anti formda)
DNA’nin Birincil (Primer) Yapısı
DNA’nin Birincil (Primer) Yapısı
DNA’nin İkincil (Sekoonder) Yapısı
DNA’nin İkincil (Sekoonder) Yapısı
DNA’nin İkincil (Sekoonder) Yapısı
DNA’nin Üçüncül (Tertiary) Yapısı (Polinükleozom)
 Evrimde neden çift sarmal yapı?

• Kendini eşlemesi (DNA sentezi)

(Herbir sarmal kalıptır, diğeri bundan kopyalanır.)
• mRNA’ya kopyalama (RNA sentezi)
• Onarım
• Diğer (sulu ortamda eşleşmiş bazların hidrofobik özelliklerinin
artmasıyla daha kararlı, stabilite …)
 Peptid Nükleik Asitler (PNA)
• Kimyasal yapısı DNA ve RNA’ya benzer.

• Omurgası ise peptid bağlarıyla bağlanmış tekrarlayan N-(2-aminoetil)-glisin

birimlerinden oluşur.

• Birimlere bazlar eklenerek DNA/RNA ile H-bağı oluşturabilmektedir.

 Peptid Nükleik Asitler (PNA)
 Yapay sentezlenebilir,

 Prebiyotik dönemde daha kararlı

PNA/Nükleik asit hibrit sarmalı olarak bulunabileceği hipotezi vardır.

 Günümüzde antisens oligonükleotitler gibi hedefli genlerin ifadesini

engelleme çalışmalarında ümit vericidir.
 XNA (Xeno nucleic acids): A New Genetic Language

Şeker, fosfat ve baz birimleri farklı «sentetik

genetik polimerlerdir.»

Doğal nükleik asitler DNA ve RNA'dan farklı bir

şeker omurgasına sahip sentetik nükleik asit
analoglarıdır.
DNA

Üretimi ve uygulaması üzerine yapılan çalışmalar, These XNAs can be used as alternative information-storing biopolymers.
ksenobiyoloji olarak bilinen bir alan yaratmıştır. TNA, Threose nucleic acid; GNA, glycol nucleic acid; HNA, hexitol
nucleic acid.
 XNA’ların önemi?

- Nükleik asitlerin endo/ekzonükleazlara daha

dirençli olmasını sağlar. Ayrıca;

- pH’ya bağlı parçalanmaya da dayanıklıdır

- Nükleik asit sarmalları arasında özgün bağlanmalar

geliştirebilmektedir.
Sentetik antikorlar
 RNA (RiboNükleik Asit)

• DNA’daki genetik bilgiyi bir fonksiyonel proteine

dönüştürmekte aracı rol oynayan nükleik asittir
• RNA molekülü çift sarmallı değil tek zincir şeklindedir

1. Kodlayıcı RNA
2. Kodlayıcı olmayan RNA’lar
 RNA (RiboNükleik Asit)
DNA’daki genetik bilgiyi bir fonksiyonel proteine dönüştürmekte aracı rol
oynayan nükleik asittir.

• RNA, bazı özellikleri bakımından DNA’dan farklıdır:

1. Molekül ağırlığı, DNA’nın molekül ağırlığından çok daha küçüktür.
2. RNA molekülü, DNA molekülünden daha kısadır. DNA molekülü çok uzun iplik
(6500x18Ao) şeklinde olduğu halde RNA’nın molekülü yumak (200x15Ao)
şeklindedir.
3. RNA molekülündeki pentoz 2'-deoksiriboz değil, ribozdur.
 RNA (RiboNükleik Asit)
• RNA, bazı özellikleri bakımından DNA’dan farklıdır:
4. RNA molekülü timin (T) içermez; timin yerine urasil (U) içerir.
5. RNA molekülünde guanin (G) sayısı sitozin (C) sayısına eşit olmayabilir; aynı şekilde
adenin (A) sayısı urasil (U) sayısına eşit olmayabilir.
6. RNA molekülü çift sarmallı değil tek zincir şeklindedir; RNA tek zinciri bazen firkete
modeli gibi çeşitli modeller oluşturabilir. Firkete yapıdaki RNA’larda molekülün
komplementer baz içeren bölgelerinde çift sarmal yapıya rastlanabilmektedir:
 RNA’ların işlevleri

• Bilgi aktarılması (mRNA)

• Ribozomlarda yapısal (rRNA) ve katalitik rol (peptidil transferaz)
• Bilginin proteine dönüştürülmesi (tRNA)
• Gen ifadesinin denetimi (miRNA, siRNA)
• Diğer RNA’ların işlenmesi (Ribozim, spliceosozom)
• Kalıtsal bilgi molekülü (RNA virüsleri)
RNA’lar sentezlendiklerinde tek sarmaldır: Birincil yapı

Birincil yapı özellikleri DNA’ya benzer. Farkı?

RNA Çeşitleri
RNA Çeşitleri
Ökaryotik RNA tipleri
 1- Kodlayıcı RNA
Haberci RNA (messenger RNA, mRNA)
• Protein sentezi için gerekli genetik mesajı nükleustaki DNA’dan sitoplazmadaki
ribozomlara taşıyan RNA’lardır.
• Protein sentezi için kalıp görevi görür.
• mRNA üzerindeki, her biri bir amino aside uyan üçlü baz gruplarına kodon
denir.
mRNA’nın olgunlaşması
2- Kodlayıcı olmayan RNA’lar
Taşıyıcı (transfer) RNA (tRNA)

• Sekonder yapıları yonca yaprağı şeklinde

olan RNA’dır
• Protein sentezine girecek amino asitleri
sentez yerine taşır.
Ribozomal RNA (rRNA)
miRNA, siRNA….
snRNA, snoRNA….
RNA kendini kopyalayabilir mi?

Hatırlatma

İlk Enzimler = Ribozimler

Özgün RNA dizilimini tanır, fosfodiester bağı
katalizler.

Örn;
*Kendini kesip birleştiren intronlar
*RNAaz P (RNA+proteindir, ancak enzim
etkisi RNA’dan)

*Ribozomun bir parçası olabilir