MARKA GENETIK DAN APLIKASINYA DALAM

BIDANG KEHUTANAN

▪ Pendugaan variasi berdasarkan marka morfologis

▪ Pendugaan variasi berdasarkan marka molekuler
▪ Variasi di dalam dan antar populasi (whitin nad between population)

BW2104 : Genetika Hutan

13 Dosen : Dr. Yayat Hidayat

Pustaka :
White, TL. Adams, W.T, Neale D.B. 2009. Forest Genetics. Cromwell Press Group, Trobridge. UK.

Reiner, F. (2005): Introduction to forest genetics. Institute of Forest Genetics and Forest Tree Breeding, Georg-
August-University Göttingen Büsgenweg 2, D-37077 Göttingen.
2
 Parameter variasi genetik antar populasi
3

1. Jarak genetik : mengukur perbedaan struktur

genetik antar dua populasi pada suatu lokus gen
tertentu
2. Diferensiasi genetik; mengukur jarak genetik antar
dua populasi
3. Pembagian variasi Fst dan Gst
4. Analisis klaster
 Jarak genetik antar 2 populasi
Population X
A1A2 Population Y A1A1
A1A2
A A1A1
A1A1 A11A
A11
A1A1 AA11AA11
A2A2
A1A1

P11 P12 P22 p1 p2

X 0.4 0.4 0.2 0.6 0.4

• Diferensiasi I (jarak genetik di
Y 1.0 0 0 1.0 0 antara 2 populasi (d0):
1
d 0= 0.40
0  d0 =
2
 | xi − yi | 1
 Heterosigositas harapan (He)
Population X
A1A2 Population Y A1A1
A1A2
A A1A1
A1A1 A11A
A11
A1A1 AA11AA11
A2A2
A1A1

P11 P12 P22 p1 p2

• Heterosigositas harapan (He):
X 0.4 0.4 0.2 0.6 0.4
1 −  pi2
Y 1.0 0 0 1.0 0
Pembagian nilai variasi ke dalam dan antar populasi

Genetic differentiation III

Partioning of total variation into within and between populations

1. Compute gene diversities for the single populations and their

average HS.
2. Compute gene diversity HT for the pooled total population.
3. Compute the amount of variation due to differentiation among
populations: DST=HT - HS.
4. Compute the amont of variation among populations relative
DST DST
to that within them:
GST = =
H S + DST H T
 A1A2
Population X
Population Y A1A1
A1A2

A1A1
A1A1 A11AA11
A
A1A1 AA1A
1A
11
A2A2
He=0.48
A1A1
He=0

HS=½(0.48+0)=0.24

HT=1 - (0.82 + 0.22) = 0.32

DST 0.08
DST= 0.32 - 0.24 = 0.08 GST = = = 0.25
H T 0.32
 Variasi Genetik Populasi Pohon Induk Berdasarkan Marka AFLP

Tabel 4.13. Variasi genetik di dalam populasi pohon induk surian

berdasarkan marka AFLP

Rentang
PLP
Populasi n JLP Na Ne He I jarak
(%)
genetik
TBI Sumedang 25 42 60,00 1,6000 1,3570 0,2166 0,3250 0,00 – 0,39

TBI Kendal 25 29 41,43 1,4143 1,2444 0,1501 0,2259 0,00 – 0,12

TBI Tasikmalaya 25 16 22,86 1,2286 1,1413 0,0851 0,1273 0,00 – 0,09
TBS Jatinangor 24 14 20,00 1,2000 1,1179 0,0726 0,1094 0,00 – 0,05
Total 124 49 70,00 1.7000 1.2304 0.1549 0.2556 0,00 – 0,39
 Variasi Genetik Berdasarkan Marka AFLP

Gambar 4.13
Tabel 4.17. Diferensiasi genetik pasangan populasi pohon I
induk surian
Populasi Sumedang Kendal Tasikmalaya II
TBI Sumedang ******
TBI Kendal 0.12259845 ******
TBI Tasikmalaya 0.16966696 0.17877987 ******
TBS Jatinangor 0.18957340 0.17077236 0.05763010

Dendrogram jarak genetik antar populasi

pohon induk

 AMOVA
Tabel 4.20. AMOVA pita (lokus) AFLP dari populasi pohon induk surian di Pulau
Jawa.
Derajat Jumlah Komponen Persentase P-
Sumber variasi
bebas kuadarat varians varians (%) value
Antar populasi 3 0.042099 0.00042 10,2
0,013
Di dalam populasi 95 0.351498 0.00370 89,8
Total 98 0.393597 0.00412
 Variasi Genetik Berdasarkan Marka AFLP

 Struktur fragmen AFLP

0.9
0.759 Gambar 4.15
0.8
0.7
0.6
Nilai GST

0.5
0.340 0.363
0.4
0.298
0.3 0.206 0.220 0.211 0.209
0.2
0.1
0.0
F081 F146 F178 F213
F218 F262 F349
F398
Fragmen AFLP

Gambar 4.16
 Pemilihan pohon tetua potensial

S01
S02
S08

Setelah dianalisis dengan jarak genetik S09

S13
S23
S22
Dendrogram kesamaan K05
S07

(kesamaan genetik) (Gambar 4.14), terdapat 4 S12

S14
S15
genetik antar individu pohon S03
S04

pasangan memiliki kesamaan genetik, yaitu S22 induk seluruh populasi

S25
S10
S20
S21
S06
S18

&K05; S04&S25; T08&T13; K02,K11 &t18; (Gambar 4.14)

K07
K14
K08
K18
K15

setelah dieleminasi diperoleh 22 pohon tetua

K17
K02
K11
K19
K20
T07

potensial T18
J18
J19
K09
K25
T09
K03
T05
T06
T08
T10
T11
T12
T13
T15
T16
Tabel 4.22 J20
J24
Pohon Total Pohon Total S0 1 K13
J01
J11
J10
J15
No. induk skor No. induk skor K04
K10
J04
J13
K12
1 T01 94 12 S03 75 T14
K16
S11
K21
K24
2 J11 87 13 K15 74 T01
T02
T03
J06
T22
3 K04 82 14 S24 74 T25
J02
J03
T23
J14
J16
4 K11 82 15 T20 70 J17
T19
T20
J23
T24
5 J14 79 16 K06 68 K23
J21
T17
T21
J07
6 S22 78 17 S17 67 J08
J09
J12
J05
K22
7 J03 77 18 K22 65 S17
J22
S05
S24
S16
8 T08 77 19 T24 62 K01
T04
K06
S19

9 T17 76 20 K23 62 0.47 0.60 0.74 0.87 1.00

Koefisien kesamaan genetik (SM)
10 S23 76 21 S25 62
11 J25 75 22 T03 60
12