Biochemie 1 colleges eiwitten:

Eiwitten zijn heel erg divers ze hebben diverse functies: structuur, katalysatie
Ze worden wel gemaakt uit hetzelfde bouwplan: een lange keten van aminozuren, er zijn 20
verschillende aminozuren.
Elk aminozuur heeft een afkorting deze moet je kennen.
3 letter 1 letter
Aminozuur
afkorting afkorting
Alanine Ala A
Arginine Arg R
Asparagine Asn N
Asparaginezuur Asp D
Cysteïne Cys C
Fenylalanine Phe F
Glutamine Gln Q
Glutaminezuur Glu E
Glycine Gly G
Histidine His H
Isoleucine Ile I
Leucine Leu L
Lysine Lys K
Methionine Met M
Proline Pro P
Serine Ser S
Threonine Thr T
Tryptofaan Trp W
Tyrosine Tyr Y
Valine Val V
Een aminozuur heeft een aminogroep, carboxylgroep en een restgroep. Dit is de zijketen. Een
asymmetrisch C-atoom is een C-atoom dat 4 verschillende groepen om zich heen heeft. Deze heb je
ook in spiegelbeeld. Je kan hem dus op 2 manieren tekenen. Ze zijn dan verschillend want ze zijn
elkaars spiegelbeelden. De L en D vorm heb je bij de L vorm zit de aminogroep links. In eiwitten vindt
je alleen maar de L vorm van aminozuren.

Verschillende groepen van aminozuren:

1. Non polaire alipathic R groeps: glycine heeft geen asymmetrisch C-atoom , alanine. Proline,
valine, leucine. Isoleucine, methionine deze aminozuren zijn niet graag in water want ze zijn
apolair.
2. Aromatische zijketens: phenylalanine, tyrosine, tryptophan
3. Polair de R-groep is ongeladen: serine, threonine, cysteine, asparagine, glutamine
4. Negatief geladen zijketens: aspartaat, glutamaat
5. Positieve zijketens: lysine, arginine, histidine de zuurconstante is rond neutraal PH en kunnen
dus makkelijk een proton opnemen/afstaan
Sommige aminozuren hebben bijzondere eigenschappen:
Cysteine heeft een SH groep
Cys-SH en SH-Cys kunnen aan elkaar worden gezet door middel van een zwavelbrug Cys-S-S-Cys. Hier
komen 2 H+ en 2e- bij vrij.
In Uv straling zijn aminozuren zichtbaar. Aromatische groepen absorberen veel meer straling dan de
andere groepen. Dit wordt gebruikt om de conc te meten. Zoals Tryptofaan en tyrosine. Trytofaan
absorbeert meer licht dan tyrosine.

Zuur en base:
Zwitterion: aminozuur met zowel een positieve en negatieve lading in 1 molecuul. Dit is bij neutrale
PH. Dit komt door de eigenschappen van de aminogroep en de carboxygroep. Bij een lage PH is en
een hoge H+ concentratie. Als je bij een hoge PH dan is de conc van H+ laag. Deze evenwichten
hebben een eigen zuurconstanten de PKa bij de lage PH is dat 2.3 de helft van de zuregroepen zal
negatief zijn en de andere helft neutraal. Bij hoge PH is de PKa 9.6 dan heeft de aminogroep zijn
proton afgegeven en wordt de aminogroep neutraal. Iso-elektrisch punt bij die PH waarde is er
evenveel negatieve als positieve lading.
De aminozuren moeten aan elkaar geregen worden. Je krijgt een h-n-c=o. dit is een amidebinding en
hierbij ontstaat water. Het wordt nu een peptidebinding genoemd. Deze binding is neutraal en de
positieve en negatieve ladingen zijn dus weg. De peptidebinding heeft een N-terminus en een C-
terminus. De N-terminus is het begin.
PKa waardes van zijketens:
Asp=3.6
Glu=4.3
His=6.0
Cys=8.2
Tyr=10.1 (OH neutraal)
Lys=10.5 (NH3+ positief)
Arg=12.5(=positief)’
Oligopeptide: zijn kleine eiwitten van ongeveer 30 aminozuren.
Polypeptide: lange eiwitten langer dan 30 aminozuren. De aminozuren in het eiwit noemen we
aminozuur residuen omdat we een watergroep kwijt zijn geraakt.
De structuren van de eiwitten:
1. De primaire structuur is de aminozuurvolgorde, deze volgorde bepaald hoe het eiwit op
gevouwd wordt.
2. Secundaire structuur: is de alfa-helix of de B-sheet
3. Tertaire structuur: alfa-helix vouwt zich op tot een driedimensionale structuur
4. Quaternaire structuur: bestaat uit losse eenheden(polypeptiden) die samen binden in een
nieuwe vorm. Een subunit: is een polypeptide als onderdeel van een eiwit. Een multisubunit
eiwit bestaat uit meerdere peptideketens.
ab
A2 en B2 hemoglobine bestaat hieruit. Ze zitten gepaard als ba als de onderkant of bovenkant 1
functie heeft dan noem je dat een protomeer: functionele eenheid. Je hebt er in hemoglobine dus 2
zitten.
Er zijn ook modificaties:
Eiwit met een vetzuur: lipo-eiwit
Eiwit met suikergroep: glyco-eiwit
Eiwit met fosfaatgroep: fosfo-eiwit
Eiwit met heem: heemeiwit
Eiwit met metaalionen: metaaleiwitten Cu, Fe, Mn, enz…
Cofactoren: metalen om moeilijke reacties te katalyseren.

Als je 2 aminozuurvolgorde vergelijkt uit verschillende organismen en in beide blijkt hetzelfde

aminozuur op dezelfde plek te zitten: noem je dat een invariant residu, de evolutie heeft er niet mee
geknoeid. Als een groep van de ene groep naar de andere groep overspringt noem je dat een variabel
residu. Binnen dezelfde aminozuurgroep noem je een conservatieve mutatie.
Hoorcollege 2 Eiwitten:
Hoe vouwt de primaire structuur zich op, uiteindelijk tot de tertaire structuur. Hier komen geen
covalente bindingen aan te pas, maar toch wordt die opgevouwen. Dit gebeurd door zwakke
interacties. Hij maakt altijd de zelfde tertaire structuur.
Deze zwakke interacties zijn:
- H-bruggen: DNA wordt ook bij elkaar gehouden door H-bruggen. Ze zijn belangrijk bij
opvouwing van eiwitten maar zijn ze de drijvende kracht? Eiwitten worden gemaakt in de cel
en zijn altijd in de cel. Een eiwit in on gevouwen toestand. Die gaat een H-brug vormen met
de zuurstof uit de peptidebinding. Zuurstof, stikstof en zwavel zijn elektronegatief ze zijn dus
polair. De H-brug is prima stabiel maar je moet ervoor zorgen dat je de H-bruggen niet kwijt
raakt als het eiwit wordt opgevouwen. Want aan de binnenkant van het eiwit zit geen water
dus daar kunnen geen H-bruggen meer gevormd worden. In alle secundaire structuur gaan
polaire groepen die niet meer bij water kunnen met elkaar een H-brug vormen.
De H-bruggen zijn dus eigenlijk een probleem voor het opvouwen.
- Van der waals interacties: atomen willen graag op een bepaalde afstand van elkaar zitten,
want dat is gunstig. Als ze ver van elkaar vandaan zitten kunnen ze niet goed met elkaar
reageren maar als ze te dichtbij komen dan gaan ze met elkaar botsen. Gunstigste plek dan is
er positieve interactie en de energie is dan laag. Dit wordt de vanderwaals afstand genoemd.
Is dit gunstig voor het opvouwen van een eiwit? De atomen gaan op gunstige afstand van
elkaar zitten. Als het eiwit wel opgevouwen zit zitten de atomen dicht op elkaar. In het
midden vinden we dus een dichte pakking van atomen. Dit is dus alleen handig in de
ongevouwen toestand.
- Hydrofobe effect. Heeft te maken met wanorde. Wanorde=entropie. Systeem streeft naar
lage energie en naar hoge wanorde. Bijvoorbeeld het oplossen van zout in water dan zit het
zout overal. Dan is er dus een heleboel wanorde.
Apolair stukje eiwit, is niet polair. Als dit in water komt gaat het water zich ordenen om de
groep heen. Ze vormen een soort laagje een solvatie-laag om het molecuul heen. De
wanorde is niet erg hoog van de watermoleculen. Als je nog zo’n eiwit tekent dan krijgt die
ook een waterlaagje. Als je die 2 dicht genoeg bij elkaar bent dan kunnen de watermoleculen
uit de solvatie-laag eruit. Die solvatie-laag zat dus tussen de twee eiwitten in. Hierdoor
ontstaat er een solvatie-laag die om de twee eiwitten heen zit. Die watermoleculen die
komen er nu uit en ze krijgen meer wanorde en entropie. Dit hydrofobe effect is de drijvende
kracht voor de opvouwing van het eiwit. Het is heel gunstig om apolaire groepen te scheiden
van water, want dan vouwt het water zich op. Binnen in het eiwit zitten vooral de apolaire
residuen. Aan de buitenkant zitten polaire residuen. Hier zitten de neutrale en geladen
polaire residuen. In de binnenkant komt ook geen water door de solvatie-laag.

Vlakje ligt om de peptidebinding. O en N trekken beiden aan de elektronen, hierdoor wilt N ook een
dubbele binding en loopt de dubbele binding dus tussen c en o en tussen c en n. De dubbele binding
is gelokaliseerd over de c=o en de c=n.
Om een dubbele binding kan je niet
draaien. De hoek die niet kan draaien
noem je de omega hoek. Elke
peptidebinding is dus een vlakke binding
en om de c=n binding kan je niet draaien.
Je hebt nog 2 andere bindingen tussen de stikstof en de c alfa. En tussen de c alfa en de volgende
peptidebinding.
Tussen de stikstof en de c alfa kan je wel draaien. Dat noem je de phi hoek. En de binding tussen de
alfa en de c noem je de psi hoek. Om die 2 kan je draaien. Ze kunnen niet alle hoeken aannemen.
Bepaalde hoeken zijn toegestaan en sommige niet want die zorgen voor botsingen. Ramachandran
plot geeft aan welke hoeken zijn toegestaan.
Glysine: is heel klein en kan dus veel meer draaien zonder botsingen te maken.
Door via helix op te vouwen zijn er genoeg H2O moleculen die H-bruggen kunnen vormen. Het is ook
gunstig voor de van der waals interacties. de zijketens steken naar buiten. bij 1 wending zitten 3,6
aminozuurresiduen. 1 A^0 is 0,1 nm. α-helix is altijd rechtsdraaiend. Door de ladingsverdeling van de
H-bruggen ontstaat er ladingsverdeling aan de C-kant en aan de N-kant. Aan de N-kant heb je
positieve lading en aan de C-kant negatieve lading. Het is dus gunstig om negatieve aminozuren
boven te hebben en positieve aminozuren beneden te hebben. Is een helix stabiel? Factoren:
- Stabilisering van de dipool, met + aminozuur aan de C-kant of een – aminozuur aan de N-kant
- Interacties tussen opeenvolgende residuen, 2 negatieve ladingen vlak naast elkaar dus dan is
het niet handig om er een helix van te maken
- Interacties tussen residuen op posities i/i +3 of i/i+4 het ene residu zit dan ongeveer recht
boven het andere residu. Als de ene negatief is en de ander positief stabiliseert dit de helix.
- Aminozuren hebben voorkeur voor helix. Die staan in tabel 4-2. Proline en glycine zitten niet
graag in een helix.

ß-strand
lange keten van polypeptide en zijketens steken om en om omhoog en naar beneden. Een zo’n ding
is niet gestabiliseerd maar een aantal wel dit noem je een beta-sheet. Nu kan je weer H-bruggen
vormen tusssen carbonyl en de overliggende stikstof en stikstof en de overliggende carbonyl. De beta
strands kunnen anti-parallel en parallel liggen. Bij anti-parallel gaat de ene naar rechts en de ander
naar links. Bij parallel liggen de strands allemaal in de zelfde richting. Het idee van de H-bruggen is
hier hetzelfde. Deze zijn niet zo makkelijk met elkaar te verbinden. Je moet dus een loop of een alfa
helix hebben die erop ligt om de strengen met elkaar te kunnen verbinden. Veel beta strands zijn dan
ook antiparallel. Deze sheets zijn niet helemaal vlak, maar er zit vaak een twist in.
Een beta barrel vormt een soort van kokertje.
Er moeten dus alfa helices gekoppeld worden aan beta-
strands hier heb je turns voor nodig. Je hebt een type 1: 4
aminozuren vaak met proline want dit is nuttig bij de beta
sheets. Maakt strakke draaiingen Een type 2: 4
aminozuren met glycine. Hierdoor kan je een scherpe
bocht maken en maakt strakke draaiingen. Proline en
glycine heb je dus wel graag in turns.
Proline is een bijzondere: kan in 2 isomeren voorkomen.
Meeste aminozuren zijn in trans.
Trans: eentje boven en eentje onder
Cis: zitten dezelfde kant op
Proline kan dus ook in de cis vorm voorkomen en dan kan die een andere soort hoek maken.
Beta strands en alfa helices hebben andere hoeken. Die vind je weer in het ramachandran plot.

De tertaire structuur: 2 grote groepen de fibrilaire eiwitten en de globulaire eiwitten

Fibrilaire: globulair
-draadvormig -bolvormig (bolletjes)
-structuur functie -regulator, enzymen functies
-keratine
-collageen
-fibroine

Keratine:
Bestaat uit α helices en de tertaire structuur is ook een α helix. De quaternaire structuur vormt die
coiled coils. 2 in elkaar gedraaide alfa helices die in elkaar draaien en door zwakke interacties bij
elkaar gehouden worden.
Covalente binding is een sterke interactie: 400Kj/mol zwavelbrug 22Kj/mol
Zwakke interacties: 4-30Kj/mol deze houden ook de coiled coil bij elkaar
Keratine vind je in: haar, hoorn, nagels

Collageen:
Eigen type helix, deze is linksdraaiend. Vormt met 3 linksdraaiende een rechtsdraaiende coil. Dit
geeft dus heel vee kracht. Bestaat dus uit een coiled coil van 3 helices maar dit zijn dus geen alfa-
helices. De volgorde Gly-Pro-X herhaalt zich steeds. Er zitten 3 aminozuren per turn. Het is dus heel
strak opgewonden. We vinden dit in: pezen, kraakbeen, bot, hoornvlies

Fibroine:
Bestaat uit lagen van Beta sheets. Er zit veel alanine en glycine in vanwege de kleine zijketens. Deze
kan je goed kwijt tussen de lage beta sheets. Dit geeft een flexibele structuur. Dit vind je dus vooral in
spinnenrag en in zijde.

Verschillende manieren om een eiwit weer te geven. Eiwitten bestaan uit domeinen. In 1 domein
zitten 100-200 aminozuren. Het is wel 1 grote polypeptide keten maar die vouwt zich op als 2
domeinen met een stukje ertussen en dat stukje ertussen wordt de linker genoemd.
Structuur ‘2,5’→ vouwingsmotieven. Dit zit dus tussen de 2 e en 3e structuur. Beta sheet verbinden
door alfa helix→ ß-α-ß-loop. Een andere is de beta-barrel die vouwt zichzelf op tot een kokertje.
Voor de vouwingsmotieven gelden regels:
1. Hoe hou je ze bij elkaar door de hydrofobe contacten in de Beta-alfa-beta sheet of in de alfa-
alfa corner. Door hydrofobe contacten komt de b-sheet in contact met de alfa-helix. De alfa-
 alfa helix bestaat uit 2 helices die tegen elkaar aanliggen en een bepaalde hoek maken en de
hydrofobe contacten zorgen ervoor dat ze in elkaar blijven zitten
2. De alfa helix en beta-sheet zijn in verschillende lagen. Dus het kan niet door elkaar, want dat
is niet stabiel. Want de beta-strands werden door de H-bruggen bij elkaar gehouden en als je
daar een alfa-helix tussen doet kunnen den H-bruggen niet meer gevormd worden
3. Nabije delen vaak samen in een motief. In de primaire structuur. Zullen eerder samen in een
vouwingsmotief komen dan stukken die ver uit elkaar liggen
4. Geen knopen in eiwitten. Door een knoop kan het eiwit niet makkelijk terug vouwen,
5. B-sheets zijn vaak gebogen. Ze zijn twisted. Daardoor krijg je die draaiing.

In de PDB protein data bank zijn ongeveer 100000 eiwitten beschikbaar. Hier kunnen we veel uit
leren. Er zijn classificaties ingebracht, ze zijn dus gerangschikt in allerlei systemen.
Hoorcollege 3 eiwitten:
Aminozuren die in eiwitten in waterige oplossing naar binnen steken zijn apolair. De aminozuren die
naar buiten steken zijn polair.
Membraaneiwitten en membranen en vetlipiden.

Vet zit in vetcellen

De functies van vet is opslag van energie en isolatie

vet wordt ook opgeslagen in de vorm van glycogeen, maar je kan het beter als vet opslaan omdat dit
lichter is dan glycogeen. Doordat glycogeen zwaarder is kost het ook meer energie om het op te
slaan. Hoe komt het dat glycogeen zwaarder is, dat komt omdat glycogeen vooral uit water bestaat
en dat geeft extra gewicht.
Vet kan je watervrij opslaan en heeft een lagere oxidatiegraad.
Glycogeen zet je wel weer makkelijker om in glucose.

Vet bestaat uit 3 staarten en glycerol. Die staarten zijn 3 vetzuren. Hierbij splitst er s H2O af. Het
kunnen 3 verschillende vetzuren zijn. Kunnen ook dezelfde zijn.
Als er alleen maar enkele bindingen in zitten is het verzadigd vet, zitten er dubbele bindingen in is het
onverzadigd. Het kan enkelvoudig onverzadigd zijn dan bestaat het uit 1 dubbele binding. Als het
meervoudig onverzadigd is bestaat het uit meerdere dubbele bindingen.
Van verzadigde vetzuren wordt je dikker.

De structuur: door een dubbele binding krijg je een hoek van 120 graden en deze loopt dus niet meer
recht. Het is makkelijker om de vetzuren te ordenen als het allemaal lange rechten vetzuren zijn.
Hierdoor krijg je makkelijker een vaste stof bij dezelfde temperatuur. Bij veel onverzadigde vetzuren
duurt het dus langer voordat je een vaste stof krijgt. Het smeltpunt van die vetten ligt lager en
daarom zijn deze vetten vaak oliën. Waarom belangrijk? Dit is ook zo in onze membranen. Die
bepalen de vloeibaarheid van je membraan, dit is belangrijk want als je membraan niet meer
vloeibaar is gaat de cel dood. Je moet dus precies de juiste samenstelling hebben.

Membraan lipiden: lipiden betekent vet achtige stof.

Membraanlipiden: vetten:
Glycerol met 2 vetzuren en een polaire groep glycerol met 3 vetzuren, super apolair
de ene kant is apolair en de andere kant polair.
Aan de buitenkant zitten de polaire groepen en aan de binnenkant de apolaire groepen. Hierdoor
krijg je een apolaire laag. Deze membraanlipiden bestaan dus uit 2 delen. Er is door deze apolaire en
polaire groep dus een scheiding tussen de twee compartimenten. Dat is de apolaire laag.
Het bestaat dus uit 3 laagjes: de polaire groepen, de apolaire staarten en dan weer polair. Zo’n laag is
5-8 nm dik.
Algemene structuur: 2 apolaire staarten en 1 polaire groep.
Grote polaire groep en je zou er 1 staart aan hangen krijg je een soort taartpunt. Dit zie je vooral in
zepen. Dit noem je micelle. Ander woord voor zepen is detergentia.
Die zepen trekken vet het water in. Daarom kan je goed je handen wassen met zeep. Omdat ze het
vet van je handen af trekken.
Die membraan lipiden zijn min of meer recht een soort cilinder. Deze blijft dus vlak en je krijgt een
hele lange plaat. Aan de andere kant zet je er nog 1 en dan ontstaat er een bilaag. Dan maak je een
groot plat vlak.
Versicle: maakt contact met zichzelf waardoor er 1 groot afgesloten cel ontstaat.

In biologische membranen vind je veel cholesterol. Dit is de basis voor super veel hormonen. Het
bestaat uit 4 ringen. Er zit een polaire OH-groep aan en de rest is apolair.
Cholesterol nestelt zichzelf in membranen. Het beïnvloed het smelttraject van membranen. Het
maakt het smelttraject langer.
Smelttraject: van vast naar vloeibaarder. De vloeibaarheid moet op het juiste niveau blijven.
Binnen en buiten laag van lipiden hebben een andere samenstelling.

In de lipiden zitten eiwitten:

Sommige zitten vast met een vetzuurstaartje en sommige zitten er dwars doorheen, sommige zitten
verankert. Dit heet het vloeibaar mosaic model

Goed geordend membraan (lage temp), opwarmen, staarten door elkaar want ze krijgen vrijheid, je
houdt nog steeds scheiding tussen de polaire en apolaire groepen.

Diffusie binnen de membranen:

2 soorten van diffusie: flip-flop, laterale diffusie. In de monolaag kan alles makkelijk langs elkaar heen
bewegen. Makkelijk zijwaarts bewegen (lateraal). De lipiden kunnen niet makkelijk van de ene
monolaag naar de andere springen(flip-flop). Dit heeft te maken met het feit dat het om een ander
soort beweging gaat. Het kost heel veel energie om van de ene laag naar de andere laag te komen.
Laterale diffusie heeft een hele lage barrière en de flip-flop heeft een hele hoge barrière.
Dit komt omdat de polaire groep door de apolaire groep heen moet om bij de andere laag te komen.
Dit gaat niet makkelijk.
Om de barrière omlaag te brengen heb je ATP nodig. De flippases brengen iets van de buitenlaag
naar binnenlaag en floppases brengen iets van de binnenlaag naar de buitenlaag.
Omdat er energie wordt gebruikt versnelt het maar aan 1 kant. Omdat het dus gekoppeld wordt aan
ATP.
Cel voorzien van fluorcenten groepen dan kan je met een laser een gatje erin maken het membraan
blijft intact. Dan krijg je een klein gaatje waar het niet meer fluorcent is. Dan kan je kijken hoe snel
dat gaatje opgevuld wordt en dan kan je de snelheid van de bilaterale diffusie bepalen.
Eiwitten onder het membraan die structuren het membraan. Dit proces is dus erg gereguleerd

Deze eiwitten zitten in het membraan. Dat heeft effecten.

Alfa helices kunnen allemaal polaire groepen hebben. Je hebt er ook die aan de ene kant polaire
groepen hebben en aan de andere kant apolaire. Deze eiwitten noemen we amfifatisch.
Wat nou als je helix in membraan stopt. Dan moet die contact maken met de apolaire groepen van
die vetzuren. Dan heb je er een nodig die helemaal hydrofoob/ apolair is. als een helix
Zo’n 20-25 aminozuren lang is dan kan je een membraan van 8nm oversteken.
Er zijn dus verschillende typen eiwitten:
- Eiwitten die helemaal door het membraan heen gaan. Die noemen we polytopic.
- Eiwitten die er maar aan 1 kant doorheen zitten noem je monotopic.
Deze 2 eiwitten vallen onder de integraal membraaneiwitten. Ze zitten echt in het membraan. Ze
maken contact met het apolaire deel.
Als je deze eiwitten eruit wilt halen moet je ze wassen met zeep. J
- Perifeer membraan eiwit plakt aan het membraan, maar het eiwit is gewoon normaal. Los
wassen met een buffer of een zout.
- Amphitropic eiwitten: kunnen ook aan het membraan gebonden worden maar ze komen ook
makkelijk los. Het zijn geen integraal eiwitten.

De integraal eiwitten hebben een helix nodig. Hydrophathy index hoe hydrofoob is het eiwit.
Er wordt gekeken naar de sequentie om hier achter te komen. Stukje van sequentie:SKRILAVLILA
Je maakt een window van 5 aminozuren. 3 apolair en 2 polair. Schuif je window eentje op. Die is
minder polair dus meer hydrofoob dan schuif je weer een leesraam op en kijk je hoeveel apolaire er
inzitten en hoe hydrofober het eiwit dus is. Dat zet je uit in een schema. Aan de aminozuursequentie
kan je dus kijken of het een membraaneiwit is met een helix.
N-term en C-term. Bij een even aantal zitten ze aan dezelfde kant, bij een oneven aantal zitten ze aan
de andere kant.

Beta barrels in membraan

Vind je niet makkelijk in de aminozuurvolgorde.
Beta-strand had ene zijketen omhoog en volgende naar beneden. Binnenin is het polair en de
apolaire zijketens steken naar buiten. Je kan dan nooit een beta barrel identificeren omdat ze elkaar
opheffen.
Aminozuren vinden het fijn om op het randje te zitten tussen apolair en polair. Zoals trypthofaan en
tyrosine die zitten op de randen.

Kaliumkanaal moet kalium en natrium scheiden. Kalium kan goed naar buiten maar natrium niet. Het
kanaal vormt een soort van trechtertje. Water moleculen zullen met hun negatieve kant om natrium
binden. Die waterlaag zit ook bij kalium. Deze laag maakt het dus lastig om ze van elkaar te
onderscheiden
De alfa helix met negatieve kant zit naar beneden. sommige alfa helices gaan maar tot de helft
waardoor er een trechtertje ontstaat. Midden in zit een heel klein kanaaltje. De carbonylgoepen van
het eiwit steken naar buiten. Je wilt alleen het ion hebben dus de watermoleculen moeten eraf. De
watermoleculen worden vervangen door de carbonylgorepen.
Bij natrium lukt het niet om deze watermoleculen eraf te halen want de cabonyl groepen zitten te ver
weg. Hier is geen ATP bij nodig. Kalium gaat beide kanten op dus de cel in en de cel uit. Het hangt af
van de kalium concentratie aan beide kanten van het membraan waar het kalium heen zal gaan.
Hoorcollege 4 eiwitten:
Enzymen zijn biokatalysatoren en versnellen reacties
Ze hebben 4 eigenschappen:
- Geven zeer hoge versnellingen van de reacties
- Ze kunnen specifieke reacties versnellen
- Werken onder milde condities namelijk 37 graden en een ph rond de 7
- Ze zijn vaak regelbaar

Ze hebben een active site, hierin vind de reactie plaats.

De omgeving van de active site is belangrijk om de juiste aminozuren op de juiste plek te krijgen

Wat is een chemische reactie?

Het substraat S wordt omgezet naar product P.
Er is een verschil tussen de energie van S en van P en dat is het verschil tussen de vrije energie van de
reactie. Dit zegt niks over de snelheid. Hoe komt die dan van S naar P. meestal moet het eerst
geactiveerd worden. Er is dus een energie barrière. Je moet naar een toestand die niet makkelijk te
bereiken is. Dit is de overgangstoestand. De activeringsenergie is nodig om over de barrière heen te
komen.

De snelheid van de reactie: v=k*[S] de v staat voor felocity

S1+S2=P
V=k*[S1]*[S2}
K= kboltzman*T delen door h( constante van planck) dit doe je * een e macht van – G delen door R*T
R= gasconstante en T= absolute temp.

Dit is dus de arrhenius vergelijking

Als de G verandert met 5,7 Kj/mol dan gaat de factor k met een factor 10 omhoog of omlaag. Als G
omhoog gaat dan gaat k omlaag. En andersom.
Dit is heel weinig. Kleine veranderingen kunnen veel meer versnellen.

Reactie bij enzym:

S+E→SE→PE→P+E ook in de andere richting.
E kan weer gebruikt worden de activeringsenergie wordt nu minder.
Hoe maakt het enzym de activeringsenergie kleiner?
Moleculen moeten elkaar vinden. ze moeten op de juiste plek met elkaar botsen. Ze botsen maar
zelden op de goede plek. Maar ze botsen wel voortdurend tegen elkaar aan. De meeste botsingen
zijn dus niet effectief en ze moeten ook nog met de juiste kracht binden. Daarom is de
reactiesnelheid laag.
- Ze hebben H-bruggen om zich heen. Die moeten eraf.
- Solvatie: is wat eromheen zit om het molecuul
- Veel bewegingsvrijheid.
Het enzym verwijdert de solvatie en entropie reductie de wanorde moet verwijdert worden.
Je wilt dat het molecuul dus in de juiste conformatie bindt. De kans dat die dan gaat reageren wordt
veel groter. Het enzym helpt dus om de juiste toestand te vinden die nodig is om de reactie plaats te
laten vinden. Dit kost wel energie. De solvatie en wanorde zitten er namelijk niet voor niets.

Zwakke interacties van het enzym met het substraat die compenseren voor het verlies. Ze zorgen
ervoor dat de watermoleculen eraf geduwd worden en dat de bewegingsvrijheid verkleint wordt:
- Van der waals interacties.
- H-bruggen
- Ionische interacties
- Hydrofobe effect
Als de energie tussen de 4-30 Kj.mol zit dan zijn het zwakke interacties. deze interacties helpen dus
om het substraat te binden.
Product moet ook weer uit het enzym kunnen. Gb is de bindingsenergie dit is het verschil tussen
gecatalyseerd en ongecatalyseerd. Het enzym stabiliseert de overgangstoestand. En dus niet het
substraat heel erg.

Elk enzym heeft zijn eigen snelheden. De basis van hoe enzymen werken is de michaelis menten
systeem: E+S→ES→E+P
Wat is het uitgangspunt? We moeten snelheid meten van een reactie. Je meet iets op een
observable. Op tijdstip 0 gooi je het erin dan loopt de reactie en dat gaat steeds langzamer tot het
product gemaakt is. de snelheid willen we weten maar die verandert steeds, dus we nemen alleen de
begin snelheid. De raaklijn aan de activeringsenergie. De rc is dan V0.
V0 dit is de snelheid op tijdstip 0
Reactie nog een keer maar met meer substraat
V02 is de snelheid op tijdstip 0 die is nu anders want er is meer substraat.
Snelheid V0 als functie van [S0]
V0= vmax*[S0] delen door km+ [S0] y=ax/b+x
Vmax en km zijn constanten die specifiek zijn voor het enzym. Km eenheid is molair. Vmax is
molair/sec
[S0] kleiner dan Km. Je mag [S0] verwaarlozen. v0=(vmax/Km) *[S0]
[S0] veel groter dan Km. Dan mag je Km verwaarlozen v0=vmax
Als [S0] dus veel groter is dan ga je naar een rechte lijn toe.
Als de [S0] gelijk is aan de Km dan is de vergelijking v0=0.5Vmax
Km is de waarde waarbij de helft van de maximale snelheid wordt bereikt.
Als de Km heel groot is dan is de binding van het substraat niet heel erg snel
Als Km heel klein is bindt het substraat juist heel erg goed
Km= ook een maat voor de affiniteit van enzym voor S
Vmax=Kcat*[E] (conc enzym)
Kcat is snelheidsconstante van de langzaamste stap.
Kcat/Km= specificiteits constante
Sec-1/ m
Eenheid is m-1s-1
Zegt iets over hoe goed het enzym is.
Orde van 10e8-10e9, als de molair per sec daar tussen zit. is de perfecte katalitische perfectie.
De meeste enzymen zijn niet perfect maar dat hoeft ook niet.

Eiwitten binden veel metalen, enzymen hebben vaak hulp nodig van metaalionen. Organische
moleculen worden ook vaak gebruikt. Deze moet je weten!!! Tabel 6-2
Klassen van enzymen:
1. Oxidereductases: redox reacties
2. Transferases: groepsoverdracht tussen moleculen
3. Hydrolases: hydrolyse met water, splitsing met hulp van water
4. Lyases: maken/breken dubbele bindingen
5. Isomerases: groepsoverdracht binnen molecuul
6. Ligases: maken moeilijke bindingen hier is energie voor nodig(ATP)
Hoorcollege 5 eiwitten:
Km= hoe goed het substraat bindt
Kcat=langzaamste stap hoe snel de reactie verloopt

Enzym regulatie:
- Regulatie: concentratie van stoffen zoveel mogelijk gelijk houden. Dit noem je ook wel
homeostase
- Controle: flux van metabole route. (Flux=hoeveelheid stof door metabole route, hoeveel stop
ik erin en hoeveel komt eruit) hoeveel stop ik erin en hoeveel komt eruit?

Die processen worden veroorzaakt door verandering van enzymactiviteit:

- Hoeveelheid enzym kan aangepast worden:
-transcriptie zorgt voor enzymen
-translatie zorgt voor enzymen
-afbraak van het enzym zelf als van het mRNA dan verandert de hoeveelheid ook

- Activiteit enzym kan aangepast worden

-allosterie ( door klein molecuul te binden aan enzym wordt die actiever)
-covalente modificatie
-regulatie eiwitten
-activatie door proteolyse( knipt stukjes van enzym af waardoor het actief wordt)
-lokalisatie
Tijdschalen van ms tot jaren
- Activiteit wijzigen gaat snel
- Enzym maken lange tijdschaal

Allosterie:
Een enzym met 2 subunits het ene is het C-domein catalitisch en de andere het R-domein dit is het
regel domein. Klein molecuul bindt niet covalent aan het enzym wat daardoor harder of minder hard
gaat werken. Als het aan het R-domein bindt dan kan het C-domein het substraat beter binden en
wordt het dus een beter enzym. Er ontstaat nu een actief enzym-substraat complex
- Multisubunit eiwitten: min 2
- Heterotroop: modulator is ongelijk aan het substraat, het is dus een andere stof
- Homotroop: substraat is de modulator(molecuul)
Hemoglobine hebben we 4 subunits, als zuurstof bindt aan hemoglobine bindt de eerste zuurstof vrij
stevig, daarna binden ze minder goed. Er is dus een negatief effect van het ene substraat op het
volgende substraat. Niet alle zuurstof gaat er tegelijk af. De makkelijkste gaat er eerst af en daarna
de moeilijkere. (voorbeeld homotroop)

Feedback inhibitie: product beperkt de enzym regulatie. Het eerste enzym wordt vaak gereguleerd.
Dus die stap is enzym beperkt. De stappen daarna zijn substraat beperkt. Dit is niet regelbaar. Alleen
de eerste is regelbaar. De concentraties van het substraat wil je laag houden

Covalente modificaties:
Dit kan je aan eiwitten zetten: Fosfaat, AMP, UMP, methylgroepen, enz
Deze vinden na de translatie plaats. Fosfaat groep vooral bij ser-OH en thr-OH en tyr-OH dit reageert
met ATP en de laatste fosfaat wordt er dan opgezet.
Eiwit + ATP eiwit-P + ADP kinases zijn enzymen die ergens met ATP een fosfaat groep
opzetten
Je kan ook van eiwit  eiwit+ fosfaat. De fofatases halen deze fosfaatgroep er weer af.
Fosforylering en defosforylering
Regulatie enzymen hebben vaak S-vormige substraat V0 curves.
K0.5=[S] waarbij snelheid =0.5Vmax
Vmax constantK0.5 verandert
Vmax verandertK0.5 constant

Spieren zijn ook eiwitten.

Myofribil is de kleinste spiereenheid, deze is omgeven door een sacroplasmatisch reticulum. In de
myofribil zie je een patroon. Sacromeer=spiereenheid, loopt van de Z-disk tot de M-line.
Om de Z-disk zie je de I band en om de M-line zie je de A band.
Myofribil:
- Sacroplasmatisch reticulum
- I-band
- A-band
- Z-disk
- M-lijn
Het geheel van dit vormt het sacromeer. Bij samentrekking wordt de sacromeer korter.
Eiwitten in de I-band
- Dunne Filamenten
Bestaan uit actine. We hebben f-actine staat voor fibrilair actine. De lange draden van actine,
die bestaan uit bollen en die heten gactine. Elke bol is een eiwit opzich. In elke bol zit een
ADP maar die doet verder niks. Het heeft niks te maken met het samentrekken van de spier.
2 Factine draden vormen een coiled coil.
Eiwitten in de A-band
- Dikke filamenten
Bestaan uit myosine. Bestaat uit 2 kopjes en een lange staart. De lange staart bestaat uit 2
polypeptide ketens ook weer via coiled coil. De light chains zijn kleine losse eiwitten.
Myosine kan je in stukjes knippen door trypsine. Dan met papaine en dan hou je alleen nog
het enzym over. Een dik filament bestaat uit heleboel myosine delen.

Het enzym kopje van myosine bindt aan actine. Het bindt tussen de bollen van actine.
Actine moet naar myosine toe getrokken worden. Dit kost ATP. Eerst zit het kopje vast maar door de
binding van ATP laat het los de volgende stap is de hydrolyse van ATP dit zorgt ervoor dat het kopje
schuin gaat staan. Dan gaat de fosfaat eruit. Je hebt dan alleen nog ATP het kopje bindt aan de
volgende bol. Het kopje zit nog steeds schuin. Nu komt de power stroke. De ADP laat los en dan trekt
het kopje zich weer recht en trekt het aan zijn staart om recht te komen. Dan wordt er dus kracht
uitgeoefend. Dus als ADP los laat dan komt de energie pas vrij. Het kopje zit vast aan de M-lijn dus
het zal zelf niet bewegen maar trekt de actine naar zich toe.

.,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,,hjuuuuugvtf
bvbggggggggggggggg-Het sacromeer heeft nog een super groot eiwit dit heet titine. Dit is een soort
van liniaal. Die loopt van de Z-disk naar de M-lijn. Titine bestaat uit 27000 aminozuren. het zorgt
ervoor dat het niet te veel uitrekt.
Er is een regulatie eiwit: tropanine tropomyosine complex. Je wilt niet dat je arm de hele tijd
aangespannen is. tropomyosine ligt op de acitine bollen dus myosine kan daar niet binden en trekt er
dus niks samen. Troponine zorgt ervoor dat het opschuift zodat myosine eraan kan binden
Dit gebeurd als er calcium vrij komt. In het sacroplasmatisch reticulum zitten calcium ionen. Er komt
een zenuwimpuls dit verandert de eigenschappen van het reticulum. Dit wordt nu doorlaatbaar voor
het calium. Dit bindt dan aan troponine, daardoor verandert tropomyosine van vorm en verschuift.
Dan kan de gewone myosine binden en de samentrekking begint. Dit moet ook snel weer kunnen
stoppen. Er gaan calcium pompen werken en die pompen het calcium dus weer terug. Troponine zet
het tropomyosine weer terug en de reactie stopt dan weer.