Taller GWAS

Nombre: LAURA KATHERINE PARADA FERRO

Entre e la página sniplay (https://sniplay.southgreen.fr/cgi-bin/home.cgi) en tools

vaya a GWAS analysis. Cargue los dos archivos de ejemplos (hapmap y trait). Hay
tres rasgos fenotípicos. Para cada rasgo realice el análisis de GWAS y copie la
imagen del Manhatan Plot. Identifique los 5 SNPs estadísticamente más asociados
a cada carácter. Organice esta información en una tabla e identifique si existe uno
o más SNPs compartidos entre 2 y/o 3 rasgos. Intente dar una explicación a ello.
CARACTER SNP
EarDia 2_195212071
EarDia 8_17001441
EarHT 1_41505016
EarHT 1_245136244
 EarHT 1_286642765
EarHT 4_194749230
EarHT 4_194749287
dpoll 1_188047564
dpoll 1_212244425
dpoll 6_80877074
dpoll 8_134813437

No existen SNPs altamente relacionado que se compartan en cada Caracter

2. Para uno de los SNPs asociados un rasgo identifique los individuos (todos o
alguno de ellos, utilice su criterio para seleccionar el número de individuos y sus
consecuencias) con un alelo y otros con el alelo alternativo (en el archivo hapmap).
Calcule el promedio del valor cuantitativo del rasgo para cada uno de los dos grupos
(información que está en el archivo trait) y si puede realice una prueba estadística
que le permita determinar si son diferentes los promedios. Explique sus resultados.
¿Es lo que esperaría? ¿Coincide con los resultados arrojados en el Manhattan Plot?

Respuesta
RASGO EarDia SNP 2_195212071
rsPZA03640.1
Alelo A/G
# de Individuos 282
Alelo GG: 264
Alelo AA: 11
Prueba t-comparación medias

AA GG
Media -62.97635636 -76.69545307
Varianza 96395.64723 105385.3916
Observaciones 11 264
 Varianza agrupada 105056.097
Diferencia hipotética de 0
las medias
Grados de libertad 273
Estadístico t 0.137545645
P(T<=t) una cola 0.445350453
Valor crítico de t (una 3.77014602
cola)
P(T<=t) dos colas 0.890700905
Valor crítico de t (dos 3.94884775
colas)

Tomando el valor de p de GWAAS p= 0.0001, y al realizar una prueba t student para

comparar dos grupos encontramos que los valores p=0.445 y p=0.890 son mayores
por lo cual podemos deducir que no tenemos pruebas suficientes para decir que las
dos medias de los grupos son diferentes lo cual concuerda con lo esperado ya que
es uno de los el SNP altamente relacionados con el fenotipo lo cual podemos
observar en el Manhattan Plot