Kod i kod mnogih drughi operativnih sistema, Linux posjeduje dva moda (tipa) za izvođenje programa, od

kojih ovisi koja prava i privilegije u sistemu određeni programi imaju. Korisnički programi se izvode u
korisničkom modusu (user mode) a sam kernel i njegovi moduli u kernelskom modusu (kernel mode).
Takva podjela ima prednost da korisnički program ne može izazvati pad cijelog sistema.

Gotovo cijeli kernel je programiran u programskom jeziku C. Samo veoma kritični djelovi su pisani u
asembleru. Cijeli Linux sistem je jako dobro prilagođen programiranju u C, ne samo jer je C i koncipiran
kao programski jezik za unix-slične sisteme. Kao kompajler se uglavnom koristi gcc koji omogućava i
jednostavno portiranje sistema za druge arhitekture, zbog čega Linux i jeste toliko rasprostanjen na
različitim arhitekurama.
Za više o ovome pogledajte članak programski jezik C ili gcc.

Za Linux danas postoji veliki broj programa, od kojeg se najveći broj izdaje pod GPL-licencom. Nemoguće
bi bilo napraviti kompletnu listu programa. Ipak, neki programi su toliko rasprostranjeni, da se smatraju
glavnim repertoarom na Linux-sistemima.

 bash, "bourne again shell" je jedan od komandnih interpretera (shell) na Linuxu.

 mc ili "Midnight Commander", se koristi za izlistavanje, sortiranje, traženje, kopiranje, prikazivanje
fajlova itd.
 gcc je kompajler za programski jezik C i C++
Za Linux postoji mnogo editora, koji slijede različite paradigme.

 Vim i Emacs su najpoznatiji i najbolji editori za Linux, iako su portirani (prebačeni) na gotove sve
sisteme.
Uredske aplikacije

 Thunderbird, KMail (mail klijenti)
 Mozilla, Firefox, Opera (internet pregledači)
 Ximian Evolution, PHP
 OpenOffice (uredski alati: uređivanje teksta, tablica, prezentacije, baza)
 GIMP
Grafički sistemi (X-window)

 GNOME
 KDE
Aplikacije za servere

 Apache
 PHP
 Perl
 mySQL, postgreSQL (baze podataka)
 Postfix, Courier, Horde
 proFTPd, vsFTP