Baltymai membranose

Kam gyvai ląstelei membranose reikia baltymų? Baltymai nėra pagrindinis membranų struktūrinis
vienetas, tačiau baltymai atlieka keletą labai svarbių funkcijų be kurių fosfolipidai vieni netiktų
biologinėms membranoms sudaryti. Ląstelėms reikia apsikeisti medžiagomis ir informacija su išore…
tačiau, labai selektyviu būdu. Proteinai padeda ląstelei sąveikauti su aplinka.

Polipeptidai palaiko membranos struktūrą – neleidžia jai pernelyg išskysti ir taip padeda efektyviai
vykdyti savo funkcijas. Pagal atliekamą funkciją membraniniai baltymai gali būti suskirstyti į kelias
grupes:

1. Transporteriai (nešikliai ir kanalai) – vykdo molekulių pernašą į ląstelę ir iš jos; būtina

efektyviai medžiagų ir informacijos apykaitai vykti.
2. Receptoriai – padeda medžiagoms ir kitoms ląstelėms atpažinti viena kitas;
3. Fermentai – katalizuoja chemines reakcijas (pvz., lipidų sintezę); yra išsidėstę membranos
vidinėje pusėje.
4. „Linkeriai“ – sujungia atskirus baltymus taip sudarydami sąlygas jiems veikti kartu.

Fiziologinėmis sąlygomis lipidai yra skystos agregatinės būsenos, todėl membraną galime sulyginti su
fosfolipidine jūra, kurioja plaukioja baltyminiai “ledkalniai”. Taip pat galime sulyginti su paraleliai
sujungtais rezistoriumi ir kondensatoriumi. Įtampos pokyčiai nevyksta iš karto.

Nors baltymų molekulių membranose yra gerokai mažiau nei fosfolipidų, jos yra daug didesnės ir
sudaro apie 50 % membranos masės.

 Vien tik lipidai membranoje: izoliacinė medžiaga (neuroninės ląstelės).

 Įprastų ląstelių membranose : apie 50% baltymų.
 Energiją perkeičiančiose membranose 75% baltymų (mitochondrijos, chloroplastai).

Skirtingos funkcijos - skirtinga baltymų sudėtis. Kiekvieno individualaus proteino funkcija priklauso
nuo unikalios amino rūgščių sekos ir erdvinės tridimensinės fzikinės struktūros.

Iki 1960-ųjų vidurio buvo galvojama, kad membranų proteinai suformuoja beta klosčių sluoksnį ant
lipidinio bisluoksnio. Vėliau Singer-Nicholson arba Fluid Mosaic modelis. Hidrofobinė sąveika:
globuliniai baltymai įsiterpia į lipdų sluoksnį dėl paviršiuje išsidėsčiusių nepolinių amino rūgščių,
kurios sąveikauja su fosfolipidų riebiųjų rūgščių uodegėlėmis. Biologinėse membranose yra dviejų
rūšių baltymų: integraliniai (membraną perveriantys) ir periferiniai (esantys už membranos).

Integraliniai - paviršiaus receptoriai:

• Adhezijos molekulės
• Transporteriai
• Jonų kanalai

Periferiniai:

• Asocijuoti nekovaletiškai su membrana

• Sąveikauja su integraliniais baltymais arba fosfolipidų galvutės grupėmis
• Gali būti tiek išoriniame, tiek vidiniame bisluoksnyje PM

Monotopiniai baltymai retesni, periferiniai, arba pilnai neperveriantys membranos, gali būti kaip
inkariniai baltymai. Pastarieji –tirpūs globuliniai baltymai, kovalentiškai prisijungę prie riebiųjų acyl,
polyprenyl or glycosylated phosphatidyl inositol (GPI) grupių, kurios įsiterpę į membranas.
Glycosylphosphati dylinositol (GPI)-anchored proteins have been used as markers for rafts. Didžioji
dauguma membranos baltymų 1 ar kelis kartus perveria membraną (alfa spiralės, ašis- membranos
storis). Žinome baltymų tretinės struktūros svarbą, dvi pagrindines tvarkingų baltymų antrinės
struktūros atmainas – α- spiralę ir β-klostę. Neseniai atrasta bestruktūrių arba betvarkių baltymų
klasė. Tačiau adekvačiai membranos proteinų funkcijai reikia ir energetiškai efektyvios
konformacinės dinamikos, kuri galima tik mechaniškai palankioje membranos aplinkoje. Membranos
baltymus žymiai sunkiau kristalizuoti nei tirpius proteinus. Nėra daug membranos baltymų, kurių
žinoma erdvinė struktūra. Dar mažiau pavyzdžių su prisijungusiu ligandu.

Integraliniai proteinai (IP) dar vadinami transmembraniniais proteinais

• Yra ampifatiniai
• Hidrofobinė sritis – nepolinės amino rūgštys, susisukę į spiralę .
• Hidrofilinė dalis – vandeninėje terpėje.

todėl gali įsiterpti į hidrofobinę fosfolipidų sluoksnio dalį, o hidrofilinius galus „iškišti“ už ląstelės ribų.
Tai sudaro sąlygas saveikauti ląstelės vidiniam ir išoriniam paviršiui. Bitopinai proteinai kerta
membraną 1 kartą, atskiria ekstaląstelinę ir citoplazminę dalis. Išorėje gali būti integrinai (adhezijos
faktorius), paviršiniai žymenys, receptoriai. Citoplazminiai - signalų perdavime (tyrosine kinase or
tyrosine kinase aktyvatorius), jungtis su citoskeletu. Politopinai - keletas transmembraninių
segmentų, kiekvienas alfa-spiralė. Spiralės susijungia į truputį palinkusį ryšulį. Kiekviena spiralė
palinkusi, lyg užsirakinusi (20o ar 50o). Visas kompleksas - apie 80o bisluoksnio atžvilgiu. Kanalai,
hormonų receptoriai, G-proteinų valdomi 7 transmembraniniai segmentai. Gali būti jungimasis prie
citoskeleto. Baltymų rūšys:

a) Transmembrane proteins can extend across the bilayer as a single a helix, as multiple a
helices, or as a rolled-up b sheet (called a b barrel).
b) Some membrane proteins are anchored to the cytosolic surface by an amphipathic a helix.
c) Others are attached to either side of the bilayer solely by a covalent attachment to a lipid
molecule (red zigzag lines).
d) Finally, many proteins are attached to the membrane only by relatively weak, noncovalent
interactions with other membrane proteins.

Integraliniai baltymai susiję su lipidiniu bisluoksniu stipriais hidrofobiniais ryšiais. Periferiniai

baltymai susijungę su lipidiniu sluoksniu elektrostatine sąveika. Tiek vidinėje, tiek išorinėje
membranos pusėje. Elektrostatinė sąveika žymiai silpnesnė už hidrofobinę. Todėl periferiniai
baltymai lengviau gali atsiskirti nuo membranos. Periferiniai membranų baltymai neturi hidrofobinių
sričių.

OmpF porin (found in E. coli.) is a non-specific transport channel (beta barrel) that allows for the
passive diffusion of small, polar molecules (600-700 Da in size) through the cell's outer membrane.
Such molecules include water, ions, glucose, and other nutrients as well as waste products.

 E. coli IM porinai sudaro 2 % bendros ląstelės baltymų masės.

 Klasikiniais porinais vadinami trys E. coli gaminami porinai: OmpF, OmpC ir PhoE.
 Jie selektyvūs krūviui ir dydžiui. OmpF ir OmpC teikia pirmenybę katijonams, o PhoE -
anijonams.
 per juos pasyvios pernašos keliu praeina mažos (<600 Da) hidrofilinės molekulės.
 Porinų kanalai paprastai yra gana siauri: pagrindinio E. coli porino skerspjūvio siauriausia
vieta, kartais vadinama plyšiu (kilpele), yra tik 1,08 nm.
Sąveikos su membranomis?

• Membraną veriančios sekos

• Elektrostatinės saveikos (periferiniai)
• Jungtys su lipidais - hidrofobinė sąveika
• Visų šių efektų kombinacija

Baltymai negali būti lengvai pašalinami iš membranos. Reikalingi tam tikri detergentai, kurie
suardytų lipidinį bisluoksnį. Detergents, which are used traditionally to extract and purify membrane
proteins from cells, also remove most protein-associated lipid molecules as they disrupt the
membranes.

Disimetrija: Kiekviena baltymo molekulė pasižymi tam tikru erdviniu kryptingumu, dažnai gali užimti
tam tikrą specifinę fiksuotą membranos vietą. Dažna baltymo funkcija taip pat susijusi su
kryptingumu. Pvz.: signalo perdavimas, pernaša, recepcija, aktyvacija, katalitinės reakcijos centrai.

Membranos viduje: Nepolinės amino rūgštys; Hidrofobinės; Įtvirtina proteiną membranoje.

Membranos išorėje: Polinės amino rūgštys; Hidrofilinės nusitęsia į extraląstelinį skystį ir į citozolį.

Kanalo molekulė turi hidrofobinę išorę, kuri stabilizuoja kanalą membranoje. Kanalų vidinė dalis
būna suformuota hidrofilinių aminorūgščių radikalų.

Periferiniai baltymai ląstelėje reikalingi, kad sudarytų reikiami krūviai. Krūvių skirtumai dažnai
reikalingi įvairioms reakcijoms ir procesams vykti. Taip pat periferiniai baltymai veikia kaip signalinės
molekulės (receptoriaus priimtą signalą pasiunčia toliau į ląstelę).

Membranų proteinai gali laisvai judėti bisluoksnyje, kaip ledkalniai okeane. Kada membranų
proteinai negali judėti? Jie kartais susijungia su citoskeleto baltymais. Periferiniai proteinai mažiau
judrūs, nes būna sustabdomi citoskeleto.

BALTYMŲ JUDĖJIMAS

• Šoninė difuzija ~10-104X lėtesnė nei lipidų (D ~ 10-9 – 1012 cm2 sec-1)
• Sukamoji difuzija(paprastai gana greita)
• Flip-flop difuzija nestebima

(termodinamiškai negalima) - reikia judėti polinėms molekulėms (highly polar/charged mass) per
nepolinę terpę. Šlytis būdinga kietiems kūnams. Todėl lipidinių membranų elastingumą nulemia tik
klampa. Baltymai, susijungę su citoskeletu suformuoja tam tikrą elastinį tinklą, sekundžių skalėje
galintį išlaikyti elastines deformacijas. Jei deformacija trunka minutes, dėl citoskeleto dinamikos
vyksta akomodacija prie naujos formos. Ląstelės deformacijos procese lipidai yra pasyvus
komponentas. Elastinės savybės nulemiamos baltymų savybių.
Studies of membrane proteins have revealed a direct link between the lipid environment and the
structure and function of some of these proteins. Although some of these effects involve specific
chemical interactions between lipids and protein residues, many can be understood in terms of
protein-induced perturbations to the membrane shape. The free-energy cost of such perturbations
can be estimated quantitatively, and measurements of channel gating in model systems of
membrane proteins with their lipid partners are now confirming predictions of simple models.

Barjerinė funkcija užtikrina selektyvią, reguliuojamą, pasyvią ir aktyvią medžiagų pernašą.

Selektyvią - tas kas reikia patenka pro membraną. Reguliuojamą- tada kai reikia, pasikeitus ląstelės
funkcinei būklei. Aktyvi pernaša - medžiaga gali patekti ir iš nedidelės koncentracijos regionų.
Matricinė funkcija - kai reikia, gali susikomponuoti iš atskirų segmentų. Mechaninė funkcija -
atsparumas ir autonomiškumas.

Membrana kaip energetinis barjeras:

• Membrana sudaro energetinį barjerą jonų perėjimui.

• Jonų pompos suformuoja jonų koncentracijos gradientą.
• Koncentracijos gradientas naudojamas kaip energijos šaltinis medžiagų patekimui į ląstelę,
elektrinių signalų generavimui

Born’s equation (1920) - The free energy of transfer of a mole of ion from one dielectric to another:

ATP VAROMI SIURBLIAI (POMPOS): ATP hidrolizės metu Jonai selektyvumo filtre
išsiskiriančią energiją naudoja Na+/K+ ATPase.

BAKTERIORODOPSINAS - Šis baltymas veikia kaip šviesa varomas

siurblys (protoninė pompa). Bakteriorodopsinas išpompuoja H+
jonus iš citozolio prieš koncentracijų gradientą,
naudodamas šviesos energiją. Grįžtant vandeniliui pagal
koncentracijų gradientą per fermentą ATP-sintazę, jo
energija panaudojama ATP sintezei.

Jonų kanalai – ląstelių vožtuvai ir pagrindinių funkcijų

kontrolieriai.

Selektyvumas:

• Fiksuota filtro stuktūra pritaikyta

būtent K + jonams. 26 19
• Kanalo filtras negali susitraukti tiek, 6 pm 0 pm
kad karbonilinė grupė prijungtų Na+ jonus.
• Energijos užtenka tik K + dehidratacijai. Jonai vestibiulyje
Jonų kanalų varstymas (gating):

Tam, kad kanalas galėtų reaguoti į elektrinio lauko pokyčius, sukeltus membranos potencialo
pokyčių, jis privalo turėti elektriškai įkrautą darinį, kuris būtų potencialo sensoriumi ir sukeltų
konformacinius baltymo pokyčius.

• Dažniausiai kanalai nėra atviri nuolat

• Atvira ir uždara būsenos pasiekiamos keičiant konformaciją. (Kanalo struktūra nesikeičia)
• Konformaciniai pokyčiai reguliuojami pagal viduląstelines ir užląstelines sąlygas

K+ kanalo modelis: selektyvumo filtras fiksuotas, vestibiulis atidaromas ir uždaromas.

Channels open in response to a variety of different stimuli. Key mechanisms are voltage gating,
ligand binding-induced gating and mechanical tension in the membrane.

Channel Proteins – Gated: • Usually closed • Often highly Selective (size, charge) • Chemical (e.g.
intracellular messengers) • Temperature • Mechanical/tension • Electric (voltage) signals • Consist
of subunits • Ion channels: e.g. K+, Na+, Ca2+. Leak channels open all time e.g. allow water, ions
movement.

Pernešamos hidrofilinės medžiagos. Kanalo viduje yra hidrofilinių grupių. Kanale gali būti vienas ar
keli aktyvūs jungimosi centrai, kuriuos suformuoja krūvį turinčios grupės. Kai jonas patenka į kanalą,
jam prisijungus prie centro, atsiranda energetinė duobė. Kad patektų į kitą potencialią duobę, jonui
reikia nugalėti tam tikrą energetinį barjerą. Barjerų gali būti keletas, skirtingo dydžio, kuris gali
priklausyti nuo kitų jonų buvimo, arba transmembraninio potencialų skirtumo. Daugelyje kanalų
stebimas įsotinimo efektas, didėjant koncentracijai, pernašos greitis didėja iki tam tikro lygio, nuo
kurio greitis nesikeičia. Blokavimas - kai nuo tam tikro lygio greitis pradeda mažėti.

Biologinių membranų fizikinės savybės:

 Storis 5 nm
 Lipidų molekulės plotas 0.5 nm2
 Lipid Fluidity (skysti), fluid but high viscosity (100 X water, about 1 Poise)
 Diffusion coefficient 10-8 lipid to 10-14 cm2/sec for some proteins
 Stretch (elastic modulus) very little (4% at lysis, tension of 10 mN/m)
 Asymmetry in vivo. Plasma membrane asymmetric (Outside PC and Sphingomyelin; Inside
PE, PS and PI, PIP, PIP2)
 Bending Stiffness 2 x 10-19Nm
 Shear modulus very low
 Membrane Dynamics Endocytosis of an area = plasma membrane/hr

Pažiūrėti video:

1. Membrane proteins
2. Protein gating