ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI

TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC

ĐỖ THU PHƯƠNG

NGHIÊN CỨU TÁC DỤNG ỨC CHẾ CÁC ĐÍCH

PHÂN TỬ VIRUS SARS-CoV-2 CỦA CÁC HỢP
CHẤT CÓ TRONG CÂY CAM THẢO
(Glycyrrhiza glabra L.) BẰNG PHƯƠNG PHÁP IN
SILICO.

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH DƯỢC HỌC

 ĐẠI HỌC QUỐC GIA HÀ NỘI
TRƯỜNG ĐẠI HỌC Y DƯỢC

Người thực hiện: ĐỖ THU PHƯƠNG

NGHIÊN CỨU TÁC DỤNG ỨC CHẾ CÁC ĐÍCH

PHÂN TỬ VIRUS SARS-CoV-2 CỦA CÁC HỢP
CHẤT CÓ TRONG CÂY CAM THẢO
(Glycyrrhiza glabra L.) BẰNG PHƯƠNG PHÁP IN
SILICO.

KHÓA LUẬN TỐT NGHIỆP ĐẠI HỌC NGÀNH DƯỢC HỌC

Khóa : QH.2017.Y
Người hướng dẫn : PGS.TS. VŨ MẠNH HÙNG
THS. NGUYỄN THỊ THÚY
 LỜI CẢM ƠN
Trước hết, em xin tỏ lòng biết ơn sâu sắc và chân thành cảm ơn tới thầy
PGS.TS. Vũ Mạnh Hùng công tác tại Học viện Quân y, cô ThS. Nguyễn Thị
Thúy công tác tại trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội đã tận tình
hướng dẫn, chỉ bảo nhiệt tình em từ những ngày đầu nhận khóa luận.
Em cũng bày tỏ sự biết ơn tới PGS.TS. Bùi Thanh Tùng công tác tại trường
Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội, bạn Tạ Thị Thu Hằng, sinh viên lớp
K62 Dược học, Trường Đại học Y Dược, Đại học Quốc gia Hà Nội cũng như các
bạn cùng khóa đã nhiệt tình hỗ trợ em trong suốt quá trình thực hiện đề tài.
Bên cạnh đó, em xin chân thành cảm ơn các thầy cô công tác tại Trường Đại
học Y Dược – Đại học Quốc gia Hà Nội đã giúp đỡ, tạo điều kiện để em được học
tập, nghiên cứu, rèn luyện tại Trường suốt 5 năm học vừa qua.
Sau cùng, em xin gửi lời cảm ơn sâu sắc tới gia đình, anh chị em và bạn bè
luôn sát cánh, ủng hộ động viên em trong suốt thời gian khóa luận cũng như quá
trình học tập 5 năm tại trường.
Tuy đã rất cố gắng nhưng vì kiến thức và kinh nghiệm thực tiễn còn giới hạn,
em khó tránh khỏi những thiếu sót. Em kính mong nhận được sự chỉ dẫn và đóng
góp của các thầy, cô để khóa luận của em được hoàn thiện hơn.
Em xin chân thành cảm ơn.
Hà Nội, ngày…tháng…năm 2022
Sinh viên
 DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT

ACE2 Angiotensin-Converting Enzyme Men chuyển angiotensin 2

2
ACE Angiotensin-Converting Enzyme Men chuyển angiotensin
ADMET absorption, distribution, Hấp thu, phân bố, chuyển hóa,
metabolism, excretion, and thải trừ và độc tính
toxicity
Ala Alanine
Arg Arginine
Asn Asparagine
Asp Aspartic Acid
COVID-19 Corona virus disease 2019 Bệnh do virus corona 2019
CSDL Cơ sở dữ liệu
Cys Cysteine
DNA Deoxyribonucleic acid
FDA Food and Drug Administration Cục quản lý Thực phẩm và
Dược phẩm Hoa Kỳ
GA Glycyrrhetinic acid
GABAA Gamma aminobutyric
acid subtype A
GL
Gln Glutamine
Glu Glutamic Acid
HBA Hydro bond acceptor Nhóm nhận liên kết hydro
HBD Hydro bond donor Nhóm cho liên kết hydro
His Histidine
HIV Human immunodeficiency virus Virus gây suy giảm miễn dịch
ở người
IL-1β Interleukin - 1β
IL-6 Interleukin - 6
LD50 Lethal dose 50% Liều gây chết trung bình
Leu Leucine
Lys Lysine
M pro Main protease
Met Methionine
MW Molecular weight Trọng lượng phân tử
NMR Nuclear Magnetic Resonance Cộng hưởng từ hạt nhân
NF-kB Nuclear Factor-kappa B Yếu Tố Nhân kappa B
nsp Non-structure protein Protein phi cấu trúc
ORF Open reading frame Khung đọc mở
PL pro Papain-like protease
Pro Proline
RAAS Renin – Angiotensin – Hệ thống Renin – Angiotensin
Aldosterone system – Aldosterone
RdRp RNA-dependent RNA polymerase RNA polymerase phụ thuộc
RNA
RMSD Root mean square deviation Độ lệch bình phương trung
bình gốc
RNA Ribonucleic Acid
Ro5 Rules of 5 Bộ quy tắc 5
ROS reactive oxygen species Gốc oxy hóa hoạt động
RT-PCR Real-time Polymerase Chain Phản ứng chuỗi polymerase
Reaction thời gian thực
SARS- Severe acute respiratory syndrome Virus corona gây hội chứng hô
CoV-2 coronavirus 2 hấp cấp tính nặng 2
SBVS Structure-based virtual screening Sàng lọc ảo dựa trên cấu trúc
Ser Serine
S-protein Spike protein Protein gai
Thr Threonine
TMPRSS2 Transmembrane serine protease 2 Protease serine xuyên màng
loại 2
TNFα Tumor necrosis factor α Yếu tố hoại tử khối u alpha
Tyr Tyrosine
Val Valine
Who World Health Organization Tổ chức y tế thế giới
 DANH MỤC HÌNH
Hình 1.1. Biểu diễn liên kết của MLN-4760 và ACE2 .............................................11
Hình 1.2. Biểu diễn liên kết của ML188 với Main protease tại vị trí hoạt động .....12
Hình 2.1. Cấu trúc 3D của các đích phân tử được tải về từ CSDL Protein Data
Bank: A. Cấu trúc của ACE2 (mã pdb: 1r4l); B. Cấu trúc của Spike protein (mã
pdb: 6m0j); C.Main protease (mã pdb: 7l0d); C. Cấu trúc của RdRp (mã pdb:
7bv2) ..........................................................................................................................25
Hình 2.2. Các bước thực hiện dự đoán các đặc điểm giống thuốc và thông số
ADMET......................................................................................................................30
Hình 3.1. Minh họa quá trình in silico .....................................................................31
Hình 3.2. RMSD của MLN-4760 đồng kết tinh trước và sau khi re-dock ................32
Hình 3.3. Minh họa hai chiều các tương tác của MLN-4760 và ACE2 tại vị trí hoạt
động ...........................................................................................................................32
Hình 3.4. RMSD của ML188 đồng kết tinh trước và sau khi re-dock ......................33
Hình 3.5. Minh họa hai chiều các tương tác ML188 và Main protease tại vị trí hoạt
động ...........................................................................................................................33
Hình 3.6. RMSD của Remdesivir monophosphat đồng kết tinh trước và sau khi re-
dock ...........................................................................................................................34
Hình 3.7. Minh họa hai chiều các tương tác Remdesivir monophosphat và RdRp tại
vị trí hoạt động ..........................................................................................................34
Hình 3.8. Minh họa hai chiều các tương tác của Withanoside X và Spike protein..35
Hình 3.9.Tương tác của 18β -Glycyrrhetinic acid với các đích: A.ACE2; B. Spike
protein; C.Main protease; D. RdRp. .........................................................................48
Hình 3.10. Tương tác của Shinpterocarpin với các đích: A.ACE2; B. Spike protein;
C.Main protease; D. RdRp ........................................................................................49
Hình 3.11. Tương tác của Wistin với các đích: A.ACE2; B. Spike protein; C.Main
protease; D. RdRp .....................................................................................................50
Hình 3.12. Tương tác của Xambioona với các đích: A.ACE2; B. Spike protein;
C.Main protease; D. RdRp ........................................................................................51
 DANH MỤC BẢNG
Bảng 1.1. Tổng hợp nguyên tắc điều trị người bệnh COVID-19 [2] .........................6
Bảng 3.1. Kết quả docking của các hợp chất có trong cây Cam thảo với các đích
phân tử.......................................................................................................................36
Bảng 3.2. Kết quả các thông số của các hợp chất đáp ứng quy tắc Ro5 .................38
Bảng 3.3. Kết quả phân tích đặc tính hấp thu, phân bố và chuyển hóa ...................41
Bảng 3.4. Kết quả phân tích các đặc tính thải trừ và độc tính .................................42
Bảng 3.5. Kết quả phân tích mô phỏng docking của 18β -Glycyrrhetinic acid,
Shinpterocarpin, Wistin, Xambioona với các đích: ACE2, Spike protein, Main
protease và RdRp. .....................................................................................................44
 MỤC LỤC
DANH MỤC KÝ HIỆU VÀ CHỮ VIẾT TẮT
DANH MỤC HÌNH
DANH MỤC BẢNG
ĐẶT VẤN ĐỀ ............................................................................................................1
Chương 1. TỔNG QUAN ........................................................................................3
1.1 Tổng quan về bệnh COVID-19 .....................................................................3
1.1.1 Tổng quan về virus SARS-CoV-2 ..........................................................3
1.1.2 Triệu chứng và chẩn đoán nhiễm COVID-19.........................................4
1.1.3 Vaccine và thuốc được sử dụng trong điều trị COVID-19 .....................4
1.1.4 Phác đồ điều trị COVID-19 của Bộ Y tế ................................................6
1.1.5 Các đích phân tử virus SARS-CoV-2 .....................................................8
1.1.6 Trung tâm hoạt động của các đích phân tử ...........................................10
1.2 Tổng quan về cây cam thảo .........................................................................13
1.2.1 Giới thiệu chung ...................................................................................13
1.2.2 Đặc điểm thực vật .................................................................................14
1.2.3 Thành phần hóa học ..............................................................................14
1.2.4 Tác dụng ...............................................................................................16
1.2.5 Tác dụng kháng virus của Cam thảo.....................................................18
1.3 Tổng quan về nghiên cứu in silico...............................................................19
1.3.1 Docking phân tử ....................................................................................20
1.3.2 Quy trình docking .................................................................................21
1.3.3 Quy tắc Lipinski về các hợp chất giống thuốc......................................22
1.3.4 Dự đoán ADMET các thông số dược động học và độc tính.................23
Chương 2. NGUYÊN LIỆU, THIẾT BỊ, PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU ...25
2.1 Nguyên liệu và thiết bị.................................................................................25
2.2 Nội dung nghiên cứu ...................................................................................26
2.3 Phương pháp nghiên cứu .............................................................................26
2.3.1 Sàng lọc bằng docking phân tử .............................................................26
2.3.2 Nghiên cứu các đặc điểm giống thuốc ..................................................29
2.3.3 Nghiên cứu các đặc tính dược động học và độc tính (ADMET) ..........29
Chương 3. KẾT QUẢ ............................................................................................31
3.1 Mô phỏng protein docking ..........................................................................31
3.1.1 Đánh giá quy trình docking ACE2 (pdb: 1r4l) .....................................31
3.1.2 Đánh giá quy trình docking Main protease (pdb: 7l0d) ........................32
3.1.3 Đánh giá quy trình docking RdRp (pdb: 7bv2) ....................................33
3.2 Tìm kiếm các hợp chất tiềm năng từ kết quả docking.................................35
3.3 Sàng lọc các hợp chất giống thuốc. .............................................................38
3.4 Dự đoán các thông số ADMET ...................................................................40
Chương 4. BÀN LUẬN ..........................................................................................52
4.1 Về phương pháp ..........................................................................................52
4.2 Về kết quả sàng lọc ảo: ................................................................................54
4.2.1 18β-Glycyrrhetinic acid (ID: 9897771) ................................................54
4.2.2 Shinpterocarpin (ID: 10336244) ...........................................................55
KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ ................................................................................57
TÀI LIỆU THAM KHẢO
PHỤ LỤC
 ĐẶT VẤN ĐỀ
Hội chứng hô hấp cấp tính (COVID-19) do virus SARS-CoV-2 gây ra trong
những năm gần đây đã trở thành một đại dịch lớn ảnh hưởng đến toàn cầu. Hội
chứng này lần đầu được phát hiện ở Vũ Hán vào cuối tháng 12 năm 2019 do một
loại Coronavirus mới gây ra (SARS-CoV-2). Theo thống kê của tổ chức y tế thế
giới (WHO) cho đến ngày 1 tháng 4 năm 2022 đã có khoảng 487 triệu người xác
nhận nhiễm COVID-19 và đã có hơn 6,1 triệu trường hợp tử vong. Tại Việt Nam
cho đến ngày 5 tháng 4 năm 2022 đã có gần 10 triệu ca nhiễm và hơn 42 nghìn ca tử
vong.Trong suốt ba năm nay việc đẩy nhanh nghiên cứu và sản xuất Vaccine
SARS-CoV-2 đã đạt được nhiều kết quả tốt. Nhiều loại vaccine đã được ra đời giúp
cơ thể phát triển khả năng miễn dịch chống lại virus SARS-CoV-2 mà không cần
nhiễm bệnh, từ đó giảm nhẹ các triệu chứng khi mắc bệnh, giảm số ca trở nặng
cũng như tỷ lệ tử vong. Số liệu thống kê vào ngày 22 tháng 3 năm 2022 Việt Nam
đã có 82,1% dân số tiêm ít nhất 1 liều; 79,9% dân số đã tiêm đủ liều và có 46,7% đã
tiêm mũi tăng cường.
SARS-CoV-2 lây truyền qua các giọt bắn và các giọt có chứa virus. Những
bệnh nhân có triệu chứng và không có triệu chứng là nguồn lây nhiễm chính. Virus
cũng có thể lây lan qua tiếp xúc gián tiếp khi chạm vào mắt mũi hoặc miệng bằng
tay có virus trên đó. Các biểu hiện COVID-19 ở người được mô tả là kết hợp nhiều
hệ thống cơ thể với mức độ khởi phát và mức độ nghiệm trọng khác nhau. Các triệu
chứng phổ biến nhất là sốt và ho. COVID-19 được chia thành ba cấp độ tùy theo
mức độ bệnh: nhẹ, nặng và nguy kịch. Ngoài bệnh về hô hấp, COVID-19 có thể gây
tổn thương nhiều cơ quan như: tổn thương cơ tim, biến chứng loạn nhịp tim, các
biến chứng thần kinh, các triệu chứng tiêu hóa, tổn thương gan, biến chứng tăng
đông máu, suy đa chức năng cơ quan… đã được báo cáo. Người cao tuổi và bệnh
nhân mắc các bệnh nền là nhóm người có nguy cơ có tiên lượng xấu hơn [69].
Mặc dù hiện nay đã có nhiều loại vaccine được phát triển và sử dụng nhưng
các triệu chứng biểu hiện khi bị bệnh cũng như các triệu chứng kéo dài sau khi mắc
bệnh vẫn gây ảnh hưởng rất nhiều đến người bệnh. Do đó việc phát triển các loại
thuốc điều trị SARS-CoV-2 là điều rất cần thiết. Tuy nhiên, việc phát triển thuốc
mới tốn rất nhiều thời gian cũng như chi phí. Các mô hình in silico giúp tiết kiệm cả
thời gian cũng như chi phí so với các mô hình thực nghiệm. Vì vậy việc sử dụng in
silico rất có ích trong việc nghiên cứu thuốc điều trị COVID-19, giúp đẩy nhanh
khả năng nghiên cứu một thuốc ra thị trường.

1
 Men chuyển angiotensin 2 của tế bào chủ là thụ thể quan trọng để virus
SARS-CoV-2 xâm nhập vào cơ thể thông qua việc tạo liên kết với spike protein.
Sau khi vào cơ thể RNA sẽ được dịch mã tạo ra các protein sao chép của virus, các
protein này được phân cắt thông qua các protease của vật chủ và virus. Main
protease là một trong số các protease có vai trò quan trọng giúp phân cắt các
polyprotein thành các protein phi cấu trúc. Đặc biệt là nsp12 hay còn được gọi là
RNA polymerase phụ thuộc RNA (RdRp). Đây là một enzyme quan trọng đối với
vòng đời RNA của virus vì nó tham gia vào quá trình phiên mã và dịch mã của bộ
gen SARS-CoV-2. Do đó ACE2, Spike protein, Main protease và RdRp đã trở
thành mục tiêu nghiên cứu tiềm năng các thuốc để điều trị COVID-19 [63].
Trên cơ sở đó đề tài “Nghiên cứu tác dụng ức chế các đích phân tử virus
SARS-CoV-2 của các hợp chất có trong cây cam thảo (Glycyrrhiza glabra L.)”
được tiến hành với hai mục tiêu chính:

 Sàng lọc các hợp chất có trong cây cam thảo (Glycyrrhiza glabra L.)
có tác dụng ức chế các đích phân tử của virus SARS-CoV-2 bao gồm:
ACE2, Spike protein, Main protease và RNA-dependent RNA
polymerase.
 Nghiên cứu các đặc điểm giống thuốc và tính toán các thông số dược
động học và độc tính của các hợp chất tốt nhất thu được sau sàng lọc.

2
 Chương 1. TỔNG QUAN
1.1 Tổng quan về bệnh COVID-19
1.1.1 Tổng quan về virus SARS-CoV-2
Hội chứng hô hấp cấp tính (COVID-19) do virus SARS-CoV-2 gây ra. Đây
là virus RNA sợi dương thuộc họ Coronaviridae, phân họ Coronavirinae và bộ
Nidovirales [16]. Cấu tạo của SARS-Cov-2 gồm một RNA sợi đơn dương. RNA
của SARS-COV-2 có độ dài khoảng 29.9 kb, đây là virus có bộ gen lớn nhất trong
các loài virus RNA. Bộ gen bao gồm các vùng 5’UTR, khung đọc mở và cuối cùng
là đuôi poly A. Hai phần đầu của cấu trúc bộ gen là các khung đọc mở mã hóa cho
mười sáu protein phi cấu trúc. Phần cuối của bộ gen mã hóa các protein cấu trúc
gồm protein gai, protein vỏ, protein màng, protein nucleocapsid. RNA được bao
ngoài bởi một lớp capsid được tạo thành từ protein nucleocapsid. Bao ngoài lớp
capsid này là một lớp bao khác được liên kết bởi ba protein cấu trúc: protein màng,
protein gai và protein vỏ [69].
Quá trình xâm nhập vào cơ thể người của SARS-CoV-2 thông qua hai cơ chế
là cơ chế hòa màng hoặc cơ chế thực bào trong đó cơ chế hòa màng là cơ chế chính
giúp SARS-CoV-2 xâm nhập vào cơ thể. Protein Spike có trên bề mặt tế bào chính
là chìa khóa giúp virus xâm nhập vào tế bào thông qua thụ thể enzyme chuyển đổi
angiotensin 2. Sau khi spike protein liên kết với thụ thể ACE2 trên bề mặt tế bào,
spike protein sẽ thay đổi hình dạng, cấu trúc không gian và làm lộ ra vị trí cắt
S1/S2. Lúc này TMPRSS2 – một serine protease trên màng tế bào chủ sẽ cắt protein
S thành 2 tiểu đơn vị S1 và S2. Các peptid dung hợp có trên tiểu đơn vị S2 sẽ giúp
hòa màng virus và màng của tế bào vật chủ và giải phóng bộ gen virus vào tế bào.
Ngoài ra SARS-CoV-2 còn xâm nhập vào tế bào vật chủ thông qua con đường thực
bào. Khi không có sự hiện diện của các protease ngoại bào và protease màng, virus
không thể hòa màng của chúng và màng tế bào chủ với nhau, chúng đi vào tế bào
chất bằng các bong bóng làm bằng tế bào chủ (endosome). Trong endosome,
cathepsin L một loại enzyme hoạt động ở pH thấp có trong tế bào chủ đã phân cắt
protein S tại vị trí S2’ và quá trình hòa màng diễn ra từ đó giúp giải phóng bộ gen
của virus vào tế bào vật chủ. Sau khi RNA của virus được giải phóng chúng sẽ sử
dụng ribosome của cơ thể vật chủ để dịch mã thành các protein sao chép. Khung
đọc mở 1a và 1b (ORF1a/b) được dịch mã thành các polyprotein. Các polyprotein
này sau đó được phân cắt nhờ các protease của tế bào vật chủ và virus thành các
protein phi cấu trúc, bao gồm RNA polymerase phụ thuộc RNA và helicase, để xúc

3
tác sự sao chép bộ gen của virus và tổng hợp protein. ORFs còn lại mã hóa cho các
protein phụ và cấu trúc. Sau khi lắp ráp thêm, các virion trưởng thành được vận
chuyển đến bề mặt tế bào trong các túi và được giải phóng bằng quá trình xuất bào
[51, 63].
1.1.2 Triệu chứng và chẩn đoán nhiễm COVID-19
Theo tổ chức y tế thế giới (WHO), các triệu chứng của COVID-19 rất đa
dạng. Những trường hợp nhẹ thường bị sốt, ho, mệt mỏi. Trường hợp trung bình có
thể khó thở hoặc viêm phổi nhẹ. Trong khi trường hợp nặng có thể bị viêm phổi
nặng, suy các cơ quan khác và có thể tử vong. Những người từ 60 tuổi trở lên,
người mang thai và những người có các vấn đề y tế tiềm ẩn như huyết áp, các vấn
đề về tim phổi, tiểu đường, béo phì hoặc ung thư có nguy cơ mắc bệnh nặng cao
hơn. Tuy nhiên, bất kỳ ai cũng có thể bị bệnh COVID-19 và trở thành bệnh nặng
hoặc tử vong ở mọi lứa tuổi [50].
Để xác định virus SARS-CoV-2 có thể thực hiện qua ba phương pháp: nuôi
cấy virus, xét nghiệm miễn dịch học và thử nghiệm kiểm tra axit nucleic. Việc nuôi
cấy virus SARS-CoV-2 rất hữu ích để phân lập và xác định đặc tính của virus;
nhưng về cơ bản, việc nuôi cấy tế bào để phân lập virus không được khuyến khích
cho mục đích chẩn đoán. Xét nghiệm miễn dịch học bao gồm xét nghiệm kháng
nguyên và kháng thể. Việc xét nghiệm kháng thể thường không được sử dụng trong
chẩn đoán nhiễm COVID-19 mà thường được dùng để đánh giá khả năng đáp ứng
miễn dịch của những người đã từng nhiễm SARS-CoV-2 hoặc đã được tiêm
vaccine. Đối với xét nghiệm kháng nguyên, đây là xét nghiệm miễn dịch phát hiện
sự hiện diện của một kháng nguyên virus cụ thể, cho biết được tình trạng nhiễm
virus hiện tại. Các xét nghiệm kháng nguyên cho kết quả nhanh chóng và có thể dễ
thực hiện tại điểm y tế hoặc tại nhà, tuy nhiên xét nghiệm kháng nguyên thường
kém nhạy hơn so với thử nghiệm kiểm tra axit nucleic. Xét nghiệm axit nucleic có
thể kiểm tra sự xuất hiện của vật chất di truyền của virus với lượng rất nhỏ thông
qua việc khuếch đại, tạo ra nhiều bản sao của vật chất di truyền. Việc kiểm tra
khuếch đại axit nucleic có thể sử dụng nhiều phương pháp khác nhau như: RT-PCR
hoặc khuếch đại đẳng nhiệt [6, 28].
1.1.3 Vaccine và thuốc được sử dụng trong điều trị COVID-19
Veklury (remdesivir) là thuốc kháng virus đầu tiên được FDA chấp thuận
vào ngày 22 tháng 10 năm 2020. Thuốc được sử dụng cho bệnh nhân người lớn, trẻ

4
em từ 12 tuổi trở lên và nặng ít nhất 40kg để điều trị COVID-19 cần nhập viện. Đối
với nhóm đối tượng bệnh nhi nhập viện có cân nặng từ 3,5 đến dưới 40kg hoặc
bệnh nhi dưới 12 tuổi nặng ít nhất 3,5kg tính an toàn và hiệu quả của thuốc vẫn
đang được đánh giá [44]. Remdesivir là một tiền chất tương tự adenosine nucleotide
được dùng theo đường tĩnh mạch. Sau khi vào cơ thể thuốc được chuyển thành chất
chuyển hóa nucleoside triphosphate có hoạt tính được tích hợp vào chuỗi RNA của
virus mới sinh trong tế bào vật chủ. Thuốc làm chấm dứt quá trình tổng hợp RNA
của virus bằng cách ức chế enzyme RNA polymerase phụ thuộc RNA (RdRp) [22].
Kháng thể đơn dòng cũng được nhiều nhà khoa học nghiên cứu để điều trị
SARS-CoV-2. Cho đến hiện nay đã có 3 sản phẩm kháng thể đơn dòng chống
SARS-CoV-2 được cấp Giấy phép sử dụng khẩn cấp từ Cơ quan Quản lý Thực
phẩm và Dược phẩm (FDA) để điều trị COVID-19 mức độ nhẹ đến trung bình ở
những bệnh nhân không nhập viện và đã được xét nghiệm chẩn đoán mắc SARS-
CoV-2 và có dấu hiệu nhiễm trùng có nguy cơ cáo tiến triển thành bệnh nặng
và/hoặc nhập viện. Kháng thể bamlanivimab được dùng kết hợp với kháng thể
etesevimab được chỉ định để dự phòng sau phơi nhiễm đối với COVID-19 ở người
lớn và bệnh nhi (12 tuổi trở lên và nặng ít nhất 40kg) có nguy cơ tiến triển thành
COVID-19 nặng kể cả nhập viện hoặc tử vong. Đây là những kháng thể đơn dòng
trung hòa liên kết với các epitopes khác nhau nhưng chồng lên nhau của S protein
RBD (receptor-binding domain) của SARS-CoV-2. Việc sử dụng Casirivimab kết
hợp với Imdevimab cũng đã được FDA cấp giấy phép sử dụng khẩn cấp. Đây là các
kháng thể đơn dòng tái tổ hợp của người liên kết với các epitopes không thay đổi
của spike protein RBD của SARS-CoV-2. Kháng thể đơn dòng sotrovimab được
xác định vào năm 2003 từ 1 người sống sót sau SARS-CoV cũng cho thấy hiệu quả
điều trị SARS-CoV-2 khi nó nhằm mục tiêu vào một epitope trong RDB của spike
protein được bảo tồn giữa SARS-CoV và SARS-CoV-2 [33, 46].
Trước diễn biến phức tạp của đại dịch SARS-CoV-2 việc nghiên cứu và phát
triển vaccine sớm là một điều rất cần thiết. Tổ chức y tế thế giới cho đến nay đã cấp
phép khẩn cấp cho bảy loại vaccine để sử dụng để phòng ngừa covid. Trong đó có
hai loại vaccine thuộc loại mRNA là vaccine Pfizer-BioNtech và Moderna; ba loại
vaccine sử dụng công nghệ vector tái tổ hợp là AstraZeneca, COVISHIELD (Viện
huyết thanh của Ấn Độ), Janssen (Johnson & Johnson) và hai vaccine là vaccine
virus bất hoạt là Sinopharm và Sinovac [49]. Tuy nhiên trong số bảy loại vaccine
này thì cho đến nay mới có một loại được FDA chấp thuận và hai loại vaccine được

5
phê duyệt giấy phép sử dụng khẩn cấp. Vaccine COVID-19 đầu tiên được FDA phê
duyệt là vào ngày 23 tháng 8 năm 2021. Vaccine này được biết đến với tên Vaccine
Pfizer-BioNTech COVID-19 và hiện bán dưới tên thương mại Comirnaty để phòng
ngừa bệnh COVID-19 ở những người từ 16 tuổi trở lên. Đối với những người từ 12
tuổi trở lên vaccine được sử dụng theo ủy quyền sử dụng khẩn cấp. Việc sử dụng
liều thứ ba ở những người bị suy giảm miễn dịch nhất định và dùng một liều tăng
cường duy nhất ở những người: 65 tuổi trở lên; 18 đến 64 tuổi có nguy cơ cao bị
COVID-19 nghiêm trọng và 18 đến 64 tuổi mà thường xuyên phải tiếp xúc với
SARS-CoV-2 thường xuyên hoặc nghề nghiệp khiến họ có nguy cơ cao mắc các
biến chứng nghiêm trọng của COVID-19 cũng được cấp phép khẩn cấp. Vaccine
Moderna COVID-19 là vaccine thứ hai được cấp phép sử dụng khẩn cấp EUA để
phòng ngừa COVID-19 ở những người từ 18 tuổi trở lên. Vaccine thứ ba được FDA
cấp giấy phép sử dụng khẩn cấp là Vaccine Janssen COVID-19 hay còn gọi là
Vaccine Johnson & Johnson. Vaccine này cũng được cấp phép sử dụng khẩn cấp
cho đối tượng từ 18 tuổi trở lên [45]. Tại Việt Nam Bộ Y tế đã cấp phép sử dụng
đối với 8 loại vaccine COVID-19 bao gồm: AstraZeneca, Gam-COVID-Vac
(SputnikV), COVID-19 vaccine Janssen (Johnson & Johnson), Spikevax (COVID-
19 vaccine Moderna), Comirnaty (Pfizer – BioNTech), Vero Cell (China National
Biotec Group (CNBG)/ Sinopharm), Hayat-Vax và Abdala [1].

1.1.4 Phác đồ điều trị COVID-19 của Bộ Y tế

Ngày 28/1/2022, Bộ Y tế ra Quyết định 250/QĐ-BYT về việc ban hành

“Hướng dẫn chẩn đoán và điều trị COVID-19”. Trong văn bản này Bộ Y tế đã cập
nhật thêm nhóm F0 không triệu chứng vào phân loại mức độ bệnh COVID-19, bên
cạnh 4 nhóm nhẹ, trung bình, nặng và nguy kịch đã có trước đó. Về nguyên tắc điều
trị của 5 nhóm bệnh được tổng hợp trong bảng dưới đây.
Bảng 1.1. Tổng hợp nguyên tắc điều trị người bệnh COVID-19 [2]
Chẩn đoán Người Nhẹ Trung bình Nặng Nguy kịch
Phân loại nhiễm
mức độ không triệu
chứng
SpO2 - SpO2 94- - SpO2 < - Người
> 96% 96% 94% bệnh suy
Nhịp - Nhịp thở - Nhịp thở hô cần đặt
thở < 20-25 > 25 nội khí
20 lần/ lần/phút lần/phút quản thông
phút

6
 - Tổn thương - Tổn khí xâm
trên XQ < thương nhập hoặc
50% trên - Người
- Hoặc người XQ > 50%. bệnh có
bệnh COVID- sốc hoặc
19 mức độ - Người
nhẹ có bệnh bệnh có
lý nền, coi suy đa
như mức độ tạng.
trung bình.
Thuốc kháng Không Có Có Không (trừ Không
virus1. Remdesivir
có dùng)
Kháng thể Không (trừ Có Có Không Không
kháng virus2. Casirivimab
600mg +
Imdevimab
600mg có
dùng)
Coriticoid Không Không Có3 Có4 Có5
Thuốc ức chế Không Không Xem xét Có Không
Interleukin-6
(Tocilizumab
)
Thuốc chống Không Dự Liều dự Điều trị Dự phòng
đông phòng phòng tăng nếu kèm
nếu có cường theo giảm
nguy đông.
cơ Điều trị
nếu không
có giảm
đông.
Xử trí hô hấp Không Xét Oxy kính, HFNC/NI Thở máy
thở mặt nạ giản V xâm nhập
oxy đơn Hoặc thở
kính mặt nạ
nếu có có túi
yếu tố
nguy
cơ
Kháng sinh Không Không Cân nhắc Có Có
ECMO Không Không Không Chưa Khi có chỉ
định
Chống sốc - - - - Có

7
 Điều trị bệnh Nếu có
nền
Dinh dưỡng Có
Vật lý trị liệu Có
Tâm lý liệu Có
pháp
Đối với người bệnh nhiễm COVID-19 không triệu chứng hoặc mức độ nhẹ có thể
điều trị tại nhà hoặc các cơ sở thu dung điều trị COVID-19 tùy theo tình hình tại
từng địa phương.
1
Thuốc kháng virus: Favipiravir; Nirmatrelvir kết hợp với Ritonavir; Molnupiravir,
Remdesivir.
2
Kháng thể kháng virus: Casirivimab 600 mg + Imdevimab 600 mg; Bamlanivimab
700 mg + Etesevimab 1400 mg; Sotrovimab.
3
Dexamethason 6mg hoặc methylpresnisolon 32mg/ngày x 7-10 ngày.
4
Dexamethason (6-12mg) hoặc methylprednisolon 1-2mg/kg x 5 ngày sau giảm ½
liều x 5 ngày.
5
Dexamethason (12-20mg) hoặc methylprednisolon 2-3mg/kg x 5 ngày sau giảm ½
liều x 5 ngày.
1.1.5 Các đích phân tử virus SARS-CoV-2
ACE2 lần đầu tiên được xác định vào năm 2000 như là một chất tương đồng
với thụ thể ACE. Nó hoạt động như một carboxypeptidase thủy phân liên kết
peptide ở đầu tận cùng carboxyl của protein hoặc peptide. Các nghiên cứu đã cho
thấy ACE2 có xuất hiện ở các mô ruột non, tinh hoàn, thận, cơ tim, ruột kết và
tuyến giáp. Ở phổi có rất ít ACE2, chủ yếu giới hạn ở một phần nhỏ tế bào mô phế
nang loại II. Trong điều kiện bình thường ACE2 có vai trò trong việc cân bằng hệ
thống renin – angiotensin - aldosterone (RAAS), là chất điều chỉnh quan trọng
lượng máu và sức đề kháng của hệ thống mạch máu góp phần vào quá trình tái hấp
thu natri, viêm và xơ hóa, ngăn ngừa tác động bất lợi có thể có do sự tích tụ của
angiotensin II. Khi ACE tạo angiotensin II từ angiotensin I, ACE2 liên kết với các
thụ thể Mas tạo ra angiotensin (1-7) từ angiotensin II, hệ quả làm dịch chuyển cân
bằng từ tác dụng co mạch gây ra bởi angiotensin II sang giãn mạch do kích hoạt thụ
thể Mas trên các mạch máu đó. Khi có sự xâm nhập của virus SARS-CoV-2, S-
protein của virus liên kết với thụ thể dẫn đến gây ra sự tích tụ angiotensin II có thể
gây co mạch, stress oxy hóa. Hơn nữa angiotensin II thúc đẩy rối loạn chức năng
nội mô thông qua kích hoạt cyclooxygenase-2, tạo ra các prostaglandin hoạt mạch
và các gốc oxy hóa hoạt động. Việc sản xuất quá mức ROS có liên quan đến tăng

8
huyết áp, xơ vữa động mạch và có thể gây ra hiện tượng apoptosis. Các cơ chế viêm
khác được kích hoạt bởi sự tích tụ AngII cũng có thể liên quan đến việc kích hoạt
yếu tố hạt nhân NF-kB và phiên mã của các cytokine tiền viêm IL-6, IL-1β, và
TNFα. Do đó, việc kích hoạt đáp ứng miễn dịch do nhiễm trùng kết hợp với mức độ
angiotensin II cao có thể dẫn đến tình trạng tăng viêm ở giai đoạn muộn của bệnh
nhân nhiễm SARS-CoV-2 [39].
Spike protein (S protein) là yếu tố quan trọng cho việc virus SARS-CoV-2
xâm nhập vào tế bào vật chủ thông qua thụ thể ACE2 vì vậy nó là một mục tiêu
kháng virus rất hấp dẫn đang được nhiều nhà khoa học nghiên cứu. Cấu tạo spike
protein gồm 2 tiểu đơn vị chức năng, bao gồm S1 và S2. Cấu trúc tiểu đơn vị S1 bao
gồm miền đầu N (NTD), miền đầu C (CTD) và miền liên kết thụ thể (RDB). Chức
năng của miền S1 là gắn với thụ thể trên tế bào vật chủ. Tiểu đơn vị cấu trúc S2
chứa peptide dung hợp (FP), heptad lặp lại 1 (HR1), chuỗi xoắn trung tâm (CH),
miền kết nối (CD), heptad lặp lại 2 (HR2), miền xuyên màng (TM) và đuôi tế bào
chất (CT). Khác với tiểu đơn vị S1, tiểu đơn vị S2 có tác dụng chính là hòa màng,
hợp nhất tế bào màng của virus và tế bào màng của vật chủ thông qua những thay
đổi cấu trúc không gian. Vị trí phần cắt giữa tiểu đơn vị S1 và S2 được gọi là vị trí
phân cắt S1/S2 protease. Đối với tất cả các coronavirus, các protease của vật chủ
phân cắt glycoprotein S tại vị trí S2’ để kích hoạt các protein quan trọng để hợp
nhất màng của tế bào thông qua những thay đổi cấu trúc không thể đảo ngược [32,
69].
Main protease hay còn được gọi là 3C-like protease, non structure protein 5
là một protease cysteine có vai trò quan trọng trong việc phân cắt polyprotein do đó
được coi là một mục tiêu hấp dẫn để nghiên cứu thuốc điều trị SARS-COV-2. Sau
khi xâm nhập vào vật chủ, RNA của SARS-COV-2 dịch mã thành hai polyprotein
1a và 1b. Hai polyprotein này sau đó được phân cắt thành 16 protein phi cấu trúc
nhờ vào hai protease là papain-like protease và M pro. Trong đó PL pro phân cắt
protein của nsp 1-3 và M pro phân cắt tất cả các điểm nối phía dưới của nsp4. M pro
là một homodimer cấu tạo bởi hai protomer. Mỗi protomer bao gồm ba miền: miền
I (gốc 8-101), miền II (gốc 102-184), miền III (gốc 201-303). Miền II được kết nối
với miền III thông qua một vùng lặp dài hơn (các gốc 184-200). Miền III được đặc
trưng bởi một cụm năm vòng xoắn α [47].
RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) hay còn được gọi là non structure
protein 12 (nsp12) là một thành phần cốt lõi của phức hợp sao chép và phiên mã của

9
virus, đồng thời xử lý quá trình sao chép và phiên mã của RNA virus. RdRp cùng
với nsp7 và nsp8 tạo thành phức hợp để sao chép và phiên mã hệ gen RNA của
virus, trong khi đó nsp12 cho thấy xúc tác hạn chế hoặc không có. Do đó, nsp12-
nsp7-nsp8 được định nghĩa là thành phần cốt lõi tối thiểu để sao chép RNA của
virus [15].
1.1.6 Trung tâm hoạt động của các đích phân tử
Enzyme chuyển angiotensine 2
Enzyme chuyển angiotensine 2 có vai trò rất quan trọng trong quá trình xâm
nhập của virus SARS-CoV-2 vào cơ thể. Năm 2002, Dales và các cộng sự trong
một thiết kế các hợp chất ức chế ACE2 đã phát triển được hợp chất 16 hay chính là
MLN-4760 có giá trị IC50 là 0,44nM. Điều này cho thấy MLN-4760 là một chất ức
chế phân tử nhỏ có tính chọn lọc cao và mạnh của thụ thể ACE2 [7]. MLN-4760 tạo
ra các tương tác liên kết chính bên trong vị trí hoạt động và cung cấp thông tin chi
tiết về hoạt động của các gốc liên quan đến xúc tác và tính đặc hiệu của cơ chất.
MLN-4760 có hai nhóm carboxylat, một trong số đó liên kết với nguyên tử kẽm
bằng cách thay thế phân tử nước liên kết có trong cấu trúc ACE2. Quả cầu phối hợp
kẽm (His374, His378 và Glu402) là một tập hợp con của 21 gốc ACE2 nằm trong
4,5 Å của chất ức chế liên kết và tạo nên phần lớn hơn của vị trí hoạt động. Nhóm
phelonic của Tyr515 tạo liên kết H cho nhóm cacboxylat liên kết với kẽm của chất
ức chế. Bên cạnh quả cầu phối trí kẽm và dư lượng đóng góp liên kết H tiềm năng,
có thêm 11 gốc ACE2 tạo liên hệ chặt chẽ (<4.5 Å) với MLN-4760. Các gốc này ko
góp phần tương tác liên kết H trực tiếp với chất ức chế, nhưng tạo ra các tương tác
tĩnh điện và van der Waals quan trọng với MLN-4760. Các gốc này cung cấp tính
đặc hiệu của chất ức chế cũng như cơ chất, liên kết [43].

10
 Hình 1.1. Biểu diễn liên kết của MLN-4760 và ACE2
Main protease
Để thiết kế các chất ức chế Main protease việc phân tích về trung tâm hoạt
động là cần thiết. ML188 là một chất ức chế không cộng hóa trị được thiết kế để
nhắm vào mục tiêu SARS-CoV-1 M pro với IC50 là 1,5 ± 0,3 µM và EC50 là 12,9 ±
0,7 µM [14]. ML188 tinh khiết chưa được thử nghiệm chống lại SARS-CoV-2 M pro
nhưng racemic ML188 ức chế với IC50 là 3,14 µM, trong khi đó racemic ML188
chống lại SARS-CoV-1 M pro với IC50 là 4,8 ± 0,8 µM [14, 53]. Điều này cho thấy
ML188 cho thấy khả năng ức chế SARS-CoV-2 M pro mạnh hơn. Main protease bao
gồm ba vùng chức năng: miền I, II và III. Vị trí hoạt động của main protease nằm ở
khe giữa hai miền I và II. Main protease chứa hai gốc xúc tác His41 và Cys145 và
vị trí liên kết bao gồm các túi S1’-S1-S2-S4 bao gồm một số acid amin như His41,
Ser46, Met49, Tyr54, Phe140, Leu141, Asn142 , Glu143, Cys145, His163, His164,
Met165, Glu166, Leu167, His172, Phe185, Asp187, Gln189, Tyr190, Ala191 và
Gln192. Trong bước đầu của phản ứng thủy phân, Cys145 đóng vai trò là
nucleophile; phản ứng này chủ yếu được hỗ trợ bởi gốc His41 hoạt động như một
chất xúc tác bazo [3].

11
 Vị trí hoạt động của Main protease
với gốc xúc tác có màu vàng
Hình 1.2. Biểu diễn liên kết của ML188
với Main protease tại vị trí hoạt động

RdRp được tải về từ Protein Data Bank với mã pdb là 7bv2. Đây là cấu trúc
của phức hợp nsp12-nsp7-nsp8 liên kết với RNA khuôn mẫu và dạng triphosphate
của Remdesivir. Remdesivir là thuốc kháng virus đầu tiên được FDA chấp thuận.
Remdesivir là một tiền chất tương tự nucleotide, được chuyển hóa trong tế bào để
tạo thành nucleoside triphosphate có hoạt tính dược lý. Bằng cách hoạt động như
một chất tương tự adenosine triphosphate (ATP), remdesivir triphosphate cạnh
tranh với chất nền ATP tự nhiên để tích hợp vào chuỗi RNA virus mới sinh bởi
RdRp [22]. Vị trí hoạt động của nsp12 RdRp bao gồm bảy motif được bảo tồn (từ A
đến G). Các motif A, B, C và D là miền phụ của bàn tay, với trình tự SDD (gốc từ
759 đến 761) trong motif C tạo thành trung tâm hoạt động. Cả Asp760 và Asp761
đều tham gia vào sự phối trí của hai ion magie ở tâm xúc tác. Các motif F và G nằm
trong miền phụ ngón tay; chúng tương tác với RNA sợ khuôn mẫu và hướng sợi này
vào vị trí hoạt động. Motif F cũng tương tác với RNA sợi mồi, với các chuỗi bên
của Lys545 và Arg555 tiếp xúc và do đó ổn định nucleotide vào đúng vị trí để xúc
tác. Remdesivir monophosphate (RMP) nằm ở trung tâm của vị trí hoạt động của
xúc tác. Là một chất tương tự ATP, RMP hình thành các tương tác xếp chồng bazo
với một bazo của sợi bổ sung và hai liên kết hydro với bazo uridine từ sợi khuôn.
Ngoài ra, RMP hình thành các tương tác với chuỗi bên từ Lys545 và Arg555. Gần
RMP liên kết là hai ion magie và một pyrophosphate. Cả hai ion magie đều tương
tác với đường trục photphat diester và là một phần của vị trí hoạt động xúc tác.

12
Pyrophosphat nằm ở cổng của kênh xâm nhập nucleotide đến vị trí hoạt động và có
thể ngăn chặn sự xâm nhập của nucleotide triphosphate vào phía hoạt động [52].

Biểu diễn liên kết của Remdesivir

monophosphat và RdRp tại vị trí hoạt Các motif RdRp được bảo tồn (A đến
động G) tại vị trí hoạt động

1.2 Tổng quan về cây cam thảo

1.2.1 Giới thiệu chung
Cam thảo có tên khoa học là Glycyrrhiza glabra L. hay còn có tên đồng
nghĩa khác là: Glycyrrhiza brachycarpa Boiss., Glycyrrhiza
glabra var. caduca X.Y. Li, Glycyrrhiza glabra var. glabra, Glycyrrhiza
glabra subsp. glandulifera (Waldst. & Kit.) Ponert, Glycyrrhiza
glabra var. glandulifera (Waldst. & Kit.) Regel & Herder, Glycyrrhiza
glabra var. glandulifera (Waldst. & Kit.) Boiss., Glycyrrhiza
glabra var. glandulosa X.Y. Li, Glycyrrhiza glabra var. laxifoliolata X.Y.
Li, Glycyrrhiza glabra var. typica L., Glycyrrhiza glabra var. violacea (Boiss. &
Noe) Boiss., Glycyrrhiza glandulifera Waldst. & Kit., Glycyrrhiza
hirsuta Pall., Glycyrrhiza pallida Boiss. & Noe, Glycyrrhiza
pallida Boiss., Glycyrrhiza violacea Boiss. & Noe [24].
Phân giới thực vật của cây cam thảo Glycyrrhiza glabra L. [10].
Giới: Thực vật
Ngành: Magnoliophyta
Lớp: Magnoliophyta
Bộ: Fabales

13
 Họ: Họ đậu Fabaceae
Chi: Glycyrrhiza
Loài: Glycyrrhiza glabra L.
1.2.2 Đặc điểm thực vật
Glycyrrhiza glabra có nguồn gốc từ Âu-Á, ở trung và tây nam châu Á và khu
vực Địa Trung Hải. Ba giống G. Glabra đã được báo cáo; cam thảo Tây Ban Nha
và Ý là giống G.glabra var. Typica; cam thảo Nga là G. glabra var. Glandulifera;
cam thảo Ba Tư và Thổ Nhĩ Kỳ là G. glabra var. Violacea. Các quốc gia sản xuất
cam thảo bao gồm Iran, Afghanistan, Trung Quốc, Pakistan, Iraq, Azerbaijan,
Uzbekistan, Turkmenistan và Thổ Nhĩ Kỳ [24]. Tại Việt Nam không trồng được cây
cam thảo mà chủ yếu nhập khẩu từ Trung Quốc.
Cam thảo phát triển tốt ở khí hậu ôn đới, ấm áp và cận nhiệt đới. Nó phát
triển tốt nhất trong đất có nhiều vôi, thoát nước tốt, phân trộn, tơi xốp và có nhiều
ánh sáng. Cam thảo không bị sương giá vì nó không hoạt động vào mùa đông và
điều này thực sự có lợi bởi trong thời kỳ lạnh gây ra sự chuyển dịch các đặc tính
đến các thân rễ dưới đất. Chúng dễ dàng được trồng từ các bộ phận hoặc giâm rễ
[24].
Glycyrrhiza Glabra là loại cây thân thảo sống lâu năm. Thân cây cao từ 0,5
đến 1,5m và hóa gỗ ở gốc. Lá cây mọc hình lông chim dài từ 7-15cm với 9-17 lá
chét. Lá chét có hình trứng thuôn dài, hình mác hoặc hình elip với kích thước 1,7–
4,0 x 0,8–2,0 cm. Các nốt sần, tuyến tính, 1–2 mm. Cụm hoa mở, mọc thành chùm,
có nhiều hoa. Hoa dài 0,8–1,2 cm. Đài hoa hình chuông có kích thước 5–7
mm; tràng hoa màu tím hoặc xanh trắng nhạt, có kích thước 9–12 m. Quả thuôn dài,
dẹt, nhẵn hoặc có lông thưa, dài 2–3 cm, chứa 2–8 hạt màu xanh đậm, nhẵn, ngang
2 mm [24].
1.2.3 Thành phần hóa học
Trong những năm qua các thành phần hóa học của cam thảo đã được nghiên
cứu rộng rãi. Một số lượng lớn các hợp chất sinh học đã được phân lập, chủ yếu là
các triterpenes, saponin (chịu trách nhiệm cho vị ngọt), flavonoid (màu vàng của
cam thảo). Hàm lượng của các hợp chất này có thể thay đổi đáng kể do nguồn địa
lý, cách thu hoạch, chế biến, điều này gây ảnh hưởng đến tác dụng chữa bệnh của
cam thảo.

14
 Saponin là thành phần đặc trưng của cam thảo, có vị ngọt và đã được nghiên
cứu là đem đến nhiều hoạt tính sinh học. Glycyrrhizin, một hợp chất saponon
triterpenoid là hợp chất hoạt tính chính của cam thảo đã được báo cao là ngọt hơn
đường gấp 50 lần. Nó là một hỗn hợp muối kali và canxi của axit glycyrrhizic (còn
được gọi là glycyrrhizic hoặc axit glycyrrhizinic, và một glycoside của axit
glycyrrhetinic. Các triterpen khác có mặt là axit liquirtic, glycyrretol, glabrolide,
isoglaborlide và licorice acid [54]. Hai saponin glabranin-A và glabranin-B cũng
đã được phân lập từ cam thảo. Cả hai đều là glycoside của axit glycyrrhetic [24].
Cho đến nay đã có nhiều hợp chất saponin đã được phân lập từ G. glabra như:
glycyrrhizin, uralsaponin B, licorice-saponin B2, C2, G2,H2, J2, K2; 18α-
glycyrrhizic acid, Apioglycyrrhizin,… [65]
Màu vàng đặc trưng của cam thảo được tạo nên từ thành phần hóa học
flavonoid có trong cây. Người ta đã báo cáo rằng có hơn 300 flavonoid đã được tìm
thấy trong các loài Glycyrrhiza khác nhau. Trong số đó các loại flavonoid thường
được sử dụng là flavanones, chalcones, isoflavanes, flavones, và isoflavones [31].
Trong rễ cây của G. glabra một số hợp chất flavonoid đã được phân lập và xác
định cấu trúc như licoagrodin; licochalcone C; licoagrochalcone B, C, D; kanzonol
Y;…[66]
Một số hợp chất coumarin cũng đã được phân lập từ cam thảo và có thử
nghiệm cho thấy chúng có hoạt tính sinh học. Ở loài G. glabra một số hợp chất
coumarin đã được biết đến bao gồm: liqcoumarin, glabrocoumarone A và B,
diabarin, umbelliferone, glycyrin, glycocoumarin, licofuranocoumarin,
licopyranocoumarin và glabrocoumarin [54].
Năm 2005 Daniela M. Biondi, Concetta Rocco, and Giuseppe Ruberto đã
phân lập được bốn hợp chất dihydrostilbene bao gồm dihydro-3,5-dihydroxy-4′-
acetoxy-5′-isopentenylstilbene, dihydro-3,3 ′, 4′-trihydroxy5-O-isopentenyl-6-
isopentenylstilbene, dihydro-3,5,3 ′ - trihydroxy-4′-methoxystilbene và dihydro-
3,3′-dihydroxy5beta-dO-glucopyranosyloxy-4′-methoxystilbene [57].
Ngoài ra trong G. glabra còn chứa tinh dầu và các hợp chất khác. Các chất
chuyển hóa thứ cấp khác như axit béo, phenol, guaiacol, asparagin, glucose,
sucrose, tinh bột, polysaccharid và sterol. Trong tinh dầu của G. glabra cũng có
nhiều hợp chất được tìm thấy như α-pinen, β-pinen, octanol, γ-terpinene, stragole,
isofenchon, β-caryophyllene, citronellyl acetate, caryophyllene oxide, và geranyl
hexanolate [31].

15
1.2.4 Tác dụng
Một trong những tác dụng của G. glabra được nhắc đến nhiều là tác dụng
chống oxy hóa của cây. Nhiều nghiên cứu đã chỉ ra rằng flavonoid có trong cây
cam thảo có hiệu quả trong việc chống lại gốc tự do. Một số flavonoid đã được phân
lập từ cây được chứng minh là có hiệu quả trong việc chống oxy hóa [4, 48]. Các
hợp chất phenolic này có hiệu quả trong bảo vệ các tổn thương sinh học chống lại
stress oxy hóa, có khả năng ức chế sự khỏe phát của tổn thương da. Vào năm 2015
Castangia và cộng sự đã nghiên cứu chiết xuất rễ cam thảo và thấy rằng nó có giá trị
trong các sản phẩm mỹ phẩm vì nó chống lại tác dụng stress oxy hóa, duy trì cân
bằng nội môi của da [5].
Tác dụng chống viêm của G. glabra và việc sử dụng nó trong điều trị viêm
nhiễm đã được ghi nhận từ thời xa xưa. Các nhà khoa học đã nghiên cứu và thấy
rằng thành phần glycyrrhizin được chiết xuất từ G. glabra có tác dụng ức chế các
yếu tố gây viêm cũng như thúc đẩy việc chữa lành vết loét dạ dày và miệng. Tác
dụng chống viêm của glycyrrhizin được mô tả tương tự như tác dụng của
glucocorticoid và mineralocorticoid [17].
Tác dụng chống ho và long đờm của cam thảo đã được báo cáo bời nhiều
tác giả khác nhau. Bột và chiết xuất từ cam thảo được cho là rất hữu hiệu trong việc
điều trị viêm họng, ho và viêm phế quản. Điều này được cho do trong cam thảo có
chứa thành phần Glycyrrhizin có tác dụng giúp đẩy lùi tắc nghẽn đường hô hấp trên
và tăng tốc độ bài tiết chất nhầy ở khí quản [40]. Tương tự như vậy liquiritin
apioside được chiết xuất từ cam thảo được báo cáo là có khả năng ức chế capsaicin,
một hợp chất gây ho [18].
Việc điều trị loét dạ dày, tá tràng bằng G. glabra đã được báo cáo từ những
năm 1970. Việc sử dụng này được cho là có liên quan đến hợp chất saponin có tác
dụng chống viêm có trong cây. Hợp chất chịu trách nhiệm chính cho tác dụng này là
glycyrrhizin, nó giúp thúc đẩy bài tiết chất nhầy dạ dày, nâng cao nồng độ
prostaglandin trong đường tiêu hóa [35].
Các chất chuyển hóa thứ cấp như: saponin, alkaloid và flavonoid có trong
cây cam thảo được cho là có tính kháng khuẩn. Đặc biệt là các chất glabridin,
glabrol, glabrene, hispaglabridin A, hispaglabridin B, 40 ‐ methylglabridin, và 3 ‐
hydroxyglabrol đã được báo cáo là có hoạt động kháng khuẩn. Cơ chế hoạt động
của các chất này có thể là giảm biểu hiện gen của vi khuẩn, ức chế sự phát triển của

16
vi khuẩn và giảm sản xuất độc tố vi khuẩn. Hoạt động chống nấm của cam thảo
cũng đã được nghiên cứu. Các hợp chất isoflavonoid có trong cây được cho là thành
phần có tác dụng chống lại các loại nấm như Shigella, Salmonella, E. Coli….[35]
G. glabra có chứa các thành phần glycyrrhizin và axit 18β ‐ glycyrrhetic có
tác động tốt lên gan, giúp bảo vệ gan. Hoạt động ức chế gốc tự do và quá trình
peroxy hóa lipid của các chất này đã được báo cáo rộng rãi. Axit glycyrrhizin được
báo cáo là chất chống viêm và bảo vệ tế bào gan còn glycyrrhizin có tác dụng làm
giảm đáng kể các aminotransferase huyết thanh và cải thiện mô học gan khi so sánh
với giả dược. Việc sử dụng glycyrrhizin lâu dài có tác động ngăn ngừa sự phát triển
của ung thư biểu mô tế bào gan trong điều trị viêm gan C mãn tính. Nó cũng điều
chỉnh quá trình vận chuyển nội bào và ngăn chặn virus viêm gan B (HBV). Ngoài ra
nó còn kích thích tăng hoạt động của CYP1A1 và glutathione‐ S ‐transferase từ đó
ngăn ngừa quá trình oxy hóa và tổn thương tế bào gan do aflatoxin gây ra, góp phần
vào hoạt động chống ung thư bằng cách vô hiệu hóa chuyển hóa của độc tố gan
[35].
Các nghiên cứu khác nhau cho thấy chiết xuất của G. glabra có tiềm năng
trong hoạt động chống ung thư. Hoạt động này là do các hợp chất axit 18β ‐
glycyrrhetinic và glycyrrhizic gây ra quá trình chuyển đổi tính thấm của ty thể, dẫn
đến quá trình apoptosis của các tế bào khối u. G. glabra đã được chứng minh có tác
dụng độc hại với tế bào SiHa của dòng tế bào cổ tử cung và tử cung của con người.
Nó cũng đã được báo cáo là có tác dụng ức chế in vivo đối với sự phát triển của tế
bào u cổ trướng Ehrlich với kết quả là giảm tương ứng về số lượng tế bào, trọng
lượng cơ thể và thể tích cổ trướng. V. Sharma, Agrawal, & Shrivastava vào năm
2014 đã nghiên cứu và thấy rằng chiết xuất từ rễ cây G. glabra cũng thể hiện khả
năng chống gây đột biến bằng cách ngăn chặn sự hình thành vi nhân và quang sai
nhiễm sắc thể trong tế bào tủy xương của chuột bạch tạng. Glycyrrhizin và axit
glycyrrhetinic có tác dụng hiệu quả trong điều trị ung thư dạ dày, Glycyrrhizin có
tác dụng điều trị ung thư phổi bằng cách ngăn chặn thromboxane A2, 18β ‐
glycyrrhetinic acid có hoạt tính kháng u trong ung thư vú, buồng trứng, khối u dạ
dày và bệnh bạch cầu. Trong ung thư gan, hợp chất này ức chế sự tăng sinh của tế
bào HepG2 mà không ảnh hưởng đến dòng tế bào bình thường. Licochalcone A có
trong cam thảo có tác dụng ức chế sự phát triển của tế bào ung thư dạ dày phụ thuộc
vào liều lượng. Isoliquiritigenin ức chế sự phát triển các tế bào khối u vú và tuyến

17
tiền liệt. Nó cũng có tác dụng ngăn chặn di căn phổi ở chuột và các tế bào u gan ở
người [35].
Ảnh hưởng của G. glabra đối với học tập và trí nhớ đã được nghiên cứu trên
động vật và cho thấy cam thảo có tiềm năng bảo vệ thần kinh. Những phát hiện
này cho thấy vai trò bảo vệ thần kinh có thể có của cam thảo trong việc ngăn ngừa,
điều trị các bệnh thoái hóa thần kinh. Vai trò bảo vệ của G. glabra có thể là do đặc
tính chống oxy hóa và chống viêm của nó dẫn đến giảm tổn thương não và cải thiện
chức năng của thần kinh và trí nhớ. G. glabra hoạt động như một chất điều biến các
thụ thể Gamma aminobutyric acid. Thụ thể GABAA là mục tiêu của thuốc gây mê,
an thần, giải lo âu và chống co giật. Do đó G. glabra có thể gây ra tác dụng an thần
và giải lo âu [35].
Hoạt động chống trầm cảm cũng là một tiềm năng của G. glabra và đã được
nghiên cứu trên chuột cho thấy cam thảo tạo ra tác dụng chống trầm cảm đáng kể.
Cơ chế chính xác của cam thảo để tạo ra tác dụng này đến nay vẫn chưa được hiểu
hoàn toàn. Tuy nhiên người ta cho rằng chiết xuất của cam thảo là trung gian làm
gia tăng mức độ norepinephrine và dopamine trong não mà không qua trung gian
của hệ thống serotonergic vì khi cho chất ức chế tổng hợp serotonin thì không làm
giảm tác dụng chống trầm cảm của cam thảo [8].
Các hợp chất licochalcone A, axit 18β ‐ glycyrrhetinic và glabridin có trong
cam thảo có hoạt tính chống sốt rét. Licochalcone A đã được đánh giá có tác dụng
ức chế sự phát triển in vitro của các chủng Plasmodium falciparum nhạy cảm với
chloroquine và kháng chloroquine. Glabridin cũng cho thấy hoạt động in vitro
chống lại ký sinh trùng này, nó gây ra stress oxy hóa bằng cách tạo ra các oxy và
nito phản ứng từ đó có thể gây ra apoptosis ở ký sinh trùng [35].
Cam thảo có vị ngọt do đó nó được sử dụng làm chất tạo hương vị thực phẩm
và đồ uống, trong các bài thuốc đông y cam thảo là hợp chất có tác dụng dẫn các vị
thuốc chính đến đích tác dụng. Ngoài ra cam thảo cũng có nhiều tác dụng khác như
kích thích mọc tóc, chống dị ứng, ức chế thrombin, giảm kích thước huyết khối,
giảm mỡ máu, hạ đường huyết, làm sáng da, bảo vệ da khỏi tác hại của tia cực
tím,…
1.2.5 Tác dụng kháng virus của Cam thảo
Cam thảo đã được mô tả về tác dụng kháng virus lần đầu tiên cách đây hơn
40 năm bởi Pompei và các cộng sự và glycyrrhizin đã được quan sát là có tác động

18
ức chế sự phát triển và tế bào học của một số virus DNA và RNA. Kể từ đó nhiều
nghiên cứu đã báo cáo rằng glycyrrhizin và axit glycyrrhetinic có tác động kháng
virus thuộc các họ khác nhau. Cam thảo cho thấy có tác động lên ba loài virus thuộc
họ Hepadnaviridae là viêm gan A, viêm gan B và viêm gan C. Nó cũng cho thấy có
tác động kháng ba loài virus thuộc họ Herpesviridae gây bệnh cho con người là
Herpes simplex, Epstein-Barr, Varicella-zoster và một loài gây bệnh cho động vật là
Pseudorabies. Đối với họ Paramyxoviridae đã có nghiên cứu cho thấy G. glabra có
tác dụng ức chế virus gây bệnh Newcastle trên động vật và virus gây bệnh hợp bào
hô hấp ở con người. Ngoài ra nó còn tác động lên nhiều virus thuộc các họ khác như
virus gây bệnh viêm não Nhật Bản, bệnh sốt xuất huyết thuộc họ Flaviviridae; cúm
A thuộc họ Orthomyxoviridae, virus HIV thuộc họ Retroviridae,…[62]. Hai thành
phần triterpenoids của G. glabra chịu trách nhiệm cho hoạt động kháng virus đã
được báo cáo: glycyrrhizin và 18β ‐ glycyrrhetinic acid. Các hợp chất này ức chế sự
biểu hiện và sao chép gen của virus, làm giảm lực bám dính, ứng suất và giảm liên
kết protein HMGB1 với DNA. Ngoài ra chúng còn ngăn chặn sự suy thoái của
enzyme IκB. Enzyme liên quan đến sự lan truyền phản ứng của tế bào đối với phản
ứng viêm, kích hoạt sự tăng sinh tế bào lympho T và ngăn chặn quá trình chết rụng
của tế bào chủ từ đó tăng cường hoạt động của chúng. Một nghiên cứu khác cũng
cho thấy Glycyrrhizin có tác dụng cản trở sự nhân lên của virus cúm A H5N1 [35].
Năm 2003 Cinatl và cộng sự đã đánh giá hoạt tính chống virus SARS-CoV của G.
glabra. Hợp chất Glycyrrhizin có trong cam thảo cho thấy có ảnh hưởng đến các
con đường tín hiệu như protein kinase C, casein kinase II và các yếu tố phiên mã, cụ
thể là protein hoạt hóa 1 và yếu tố nhân κB. Ngoài ra glycyrrhizin và axit 18β ‐
glycyrrhetinic còn điều chỉnh sự biểu hiện của tổng hợp oxit nitric cảm ứng và sản
xuất oxit nitric trong đại thực bào, oxit nitric được giải phóng ức chế sự nhân lên
của virus [60]. Điều này cũng đã mở ra cơ hội nghiên cứu các hợp chất hóa học có
trong cây G. glabra có tiềm năng ức chế virus SARS-CoV-2 gây ra đại dịch trong
những năm gần đây.
1.3 Tổng quan về nghiên cứu in silico
“In silico” là một thuật ngữ hiện đại thường được sử dụng để chỉ thí nghiệm
được thực hiện bằng máy tính và hoặc thông qua mô phỏng máy tính. Trong lĩnh
vực dược học in silico là một lĩnh vực đang phát triển nhanh chóng trên toàn cầu
bao gồm sự phát triển của kỹ thuật sử dụng phần mềm để thu thập, phân tích và tích
hợp dữ liệu sinh học và y tế từ nhiều nguồn đa dạng. Cụ thể hơn, nó xác định việc

19
sử dụng thông tin này trong việc tạo ra các mô hình tính toán hoặc mô phỏng có thể
được sử dụng để đưa ra dự đoán, đề xuất giả thuyết và cuối cùng cung cấp những
khám phá hoặc tiến bộ trong y học và trị liệu. Một trong các ứng dụng nổi bật đang
được các nhà khoa học sử dụng đó là sàng lọc các ứng viên có tiềm năng trở thành
thuốc [9].
Sàng lọc ảo dựa trên cấu trúc được sử dụng như một phương pháp tính toán
trong chiến dịch khám phá thuốc giai đoạn đầu nhằm tìm kiếm thư viện hợp chất
hóa học cho các phân tử hoạt tính sinh học mới chống lại một mục tiêu thuốc nhất
định. SBVS sử dụng cấu trúc ba chiều (3D) của mục tiêu sinh học, thu được từ mô
hình tia X, NMR hoặc tính toán, để gắn một tập hợp các hợp chất hóa học vào vị trí
liên kết và chọn một tập hợp con của các hợp chất này dựa trên liên kết được dự
đoán điểm để đánh giá sinh học thêm bằng các thử nghiệm in vitro, in vivo,…[23].
1.3.1 Docking phân tử
Docking phân tử là một loại mô hình tin sinh học dự đoán liên kết của một
phân tử với một phân tử thứ hai. Ngày nay Docking phân tử được sử dụng rộng rãi
để hiểu hơn về các tương tác giữa các phân tử thuốc đối với việc thiết kế và khám
phá thuốc hợp lý cũng như trong nghiên cứu cơ học cách liên kết của phối tử và thụ
thể chủ yếu theo kiểu cộng hóa trị để tạo thành một phức hợp ổn định có hiệu quả
tiềm năng và tính đặc hiệu hơn. Mục tiêu chính của việc kết nối phân tử là đạt được
phức hợp phối tử - thụ thể với cấu trúc tối ưu hóa và năng lượng liên kết là thấp
nhất [61].
Việc dự đoán về cấu trúc phức hợp phối tử - thụ thể là mục đích của việc
docking phân tử được thực hiện bằng cách sử dụng các phương pháp tính toán.
Docking có thể đạt được thông qua hai bước có liên quan đến nhau: đầu tiên bằng
cách lấy mẫu sự phù hợp của phối tử trong vị trí hoạt động của protein; sau đó xếp
hạng sự phù hợp này thông qua một chức năng cho điểm.
Có một số lượng lớn các chế độ liên kết có thể giữa hai phân tử. Do đó để
tiết kiệm thời gian cũng như chi phí các thuật toán lấy mẫu khác nhau đã được phát
triển và sử dụng rộng rãi trong các phần mềm docking phân tử như: thuật toán so
khớp (matching algorithms: MA) dựa trên hình dạng phân tử ánh xạ một phối tử
vào vị trí hoạt động của protein về đặc điểm hình dạng và thông tin hóa học; các
phương pháp xây dựng tăng dần (Incremental construction: IC) đưa phối tử vào một
vị trí hoạt động theo kiểu phân mảnh và gia tăng; các phương pháp ngẫu nhiên tìm

20
kiếm không gian tuân thủ bằng cách sửa đổi ngẫu nhiên một cấu trúc phối tử hoặc
một tập hợp các phối tử, trong đó Monte Carlo (MC) tạo ra các tư thế của phối tử
thông qua chuyển động quay liên kết, tịnh tiến thân cứng hoặc quay và thuật toán di
truyền (Genetic algorithm: GA) là hai thuật toán điển hình thuộc loại phương pháp
ngẫu nhiên;…. [29]
Chức năng tính điểm được phát triển để xác định chính xác sự tương tác giữa
protein và phối tử trong một thời gian tính toán hợp lý. Các chức năng cho điểm
được chia thành các chức năng cho điểm dựa trên trường lực, thực nghiệm và dựa
trên kiến thức. Các chức năng cho điểm dựa trên trường lực đánh giá năng lượng
liên kết bằng cách tính tổng các tương tác không liên kết (tĩnh điện và Van der
Waals). Phần mở rộng của các chức năng cho điểm dựa trên trường lực xem xét các
liên kết hydro, solvat hóa và entropi. Các chức năng tính điểm dựa trên trường lực
có vấn đề là tốc độ tính toán chậm. Trong các hàm cho điểm thực nghiệm, năng
lượng liên kết phân hủy thành một số năng lượng chẳng hạn như liên kết hydro,
tương tác ion, hiệu ứng kỵ nước và entropy liên kết. Mỗi thành phần được nhân với
một hệ số và sau đó cộng lại để cho điểm cuối cùng. Các hàm cho điểm theo kinh
nghiệm có các thuật ngữ năng lượng tương đối đơn giản để đánh giá. Ngoài ra, mỗi
thuật ngữ trong các chức năng tính điểm theo kinh nghiệm có thể được xử lý theo
cách khác nhau bằng phần mềm khác nhau và số lượng các thuật ngữ được bao gồm
cũng khác nhay. Các hàm tính điểm dựa trên kiến thức sử dụng phân tích thống kê
cấu trúc tinh thể phức hợp phối tử - protein để thu được tần số tiếp xúc giữa các
nguyên tử và/hoặc khoảng cách giữa các phối tử và protein. Chúng dựa trên giả
định rằng một tương tác càng thuận lợi thì tần số xuất hiện càng lớn. Tính điểm
đồng thuận là một chiến lược gần đây kết hợp một số điểm số khác nhau để đánh
giá chức năng gắn kết cấu trúc [29].Các hàm tính điểm có số lượng các tham số hóa
lý càng lớn thì độ chính xác càng cao tuy nhiên đi cùng sẽ là thời gian tính toán dài.
Do đó các hàm tính điểm hiệu quả nên đưa ra sự cân bằng giữa độ chính xác và thời
gian thực hiện.
1.3.2 Quy trình docking
Quá trình docking được thực hiện thông qua ba bước: chuẩn bị cấu tử, chuẩn
bị protein, mô phỏng docking.
Chuẩn bị cấu tử: Các cấu trúc phân tử có thể được lấy từ các hệ thống dữ
liệu có sẵn như Pubchem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/ ), ZinC
(https://zinc.docking.org/),... Đối với các hợp chất không có sẵn cấu trúc có thể

21
được xây dựng bởi các phần mềm như ChemDraw, Chemsketch… Các cấu trúc 3D
sau khi được tải về sẽ được gắn hydro, gắn trường lực, xây dựng file pdbqt bằng các
phần mềm chuyên dụng để chuẩn bị cho chương trình mô phỏng docking.
Chuẩn bị protein: Cấu trúc 3D của protein thường được lấy từ ngân hàng dữ
liệu protein (protein data bank: https://www.rcsb.org/ ). Đối với các cấu trúc protein
chưa có sẵn có thể xây dựng cấu trúc 3D theo phương pháp mô phỏng tính tương
đồng (homology modeling). Cấu trúc 3D của protein sau khi có được sẽ cần loại
nước và các cấu tử (nếu có), thêm hydro, gắn trường lực và xây dựng file pdbqt
bằng các phần mềm chuyên dụng để chuẩn bị cho chương trình mô phỏng docking.
Mô phỏng docking: Trước khi tiến hành mô phỏng docking cần khoang
vùng tìm kiếm (grid box) cho thuật toán. Kích thước của vùng grid box cần phù
hợp, không nên quá lớn gây nên quá lớn vì sẽ gây tốn kém thời gian và độ lặp lại
không cao và cũng không nên quá nhỏ vì như vậy phần mềm chỉ tìm kiếm được một
vùng rất nhỏ, không có ý nghĩa. Vị trí của vùng tìm kiếm thường sẽ đặt ở trung tâm
hoạt động của protein. Sau khi đã tiến hành xác định được vị trí và kích thước của
vùng tìm kiếm phần mềm sẽ tiến hành tìm kiếm vị trí và cấu dạng cấu tử phù hợp
với năng lượng thấp nhất. Kết quả các cấu dạng cùng với các tương tác của nó với
protein có thể được phân tích bằng các phần mềm chuyên dụng như: MOE,
Discovery studio, Pymol,…. [30]
1.3.3 Quy tắc Lipinski về các hợp chất giống thuốc
Việc nghiên cứu phát triển các thuốc đã nhiều lần thất bại trong các thử
nghiệm lâm sàng bởi không đạt chỉ tiêu về hiệu quả và độc tính dẫn đến việc tốn
kém thời gian và chi phí. Vào năm 1997, Christopher Lipinski và các cộng sự đã
đưa ra bộ quy tắc số 5 (Rules of 5- Ro5) về các hợp chất giống thuốc, theo đó các
loại thuốc dùng đường uống thường có đặc tính hóa lý và cấu trúc trong một phạm
vi giá trị nhất định. Theo trang web http://www.scfbio-iitd.res.in/ quy tắc 5 của
Lipinski giúp dự phân biệt giữa các phân tử giống thuốc và không giống thuốc.
Phân tử có xác suất thành công cao hơn khi tuân thủ 2 hoặc nhiều quy tắc sau:

 Khối lượng phân tử nhỏ hơn 500 Dalton.

 Tính ưa mỡ cao (được biểu thị bằng chỉ số LogP - hệ số phân bố
octanol/nước nhỏ hơn 5).
 Có ít hơn 5 gốc cho liên kết hydro.
 Có ít hơn 10 gốc nhận liên kết hydro.

22
  Độ khúc xạ mol phải nằm trong khoảng 40-130.
Các hợp chất đường uống sẽ có xác suất thành công cao hơn khi tuân thủ 2
hoặc nhiều hơn các thông số trên do các thông số lý hóa này liên quan đến khả năng
hòa tan trong nước, tính thấm qua màng ảnh hưởng đến sinh khả dụng đường uống.
Do đó một chất không vượt qua quy tắc Ro5 có nguy cơ gặp vấn đề khi sử dụng
đường uống. Tuy nhiên các hợp chất thông qua các tiêu chí của quy tắc Ro5 cũng
không đảm bảo nó sẽ trở thành thuốc [26].
1.3.4 Dự đoán ADMET các thông số dược động học và độc tính
Đặc tính ADMET của một hợp chất liên quan đến sự hấp thu, phân bố,
chuyển hóa, thải trừ và độc tính có vai trò quan trọng trong việc phát hiện và phát
triển thuốc mới. Phát hiện và phát triển thuốc là một nỗ lực rất phức tạp và tốn kém,
bao gồm lựa chọn bệnh, xác định và xác nhận mục tiêu, khám phá và tối ưu hóa quy
trình, thử nghiệm tiền lâm sàng và lâm sàng. Với sự phát triển của các phương pháp
in silico trong những năm gần đây, số lượng các phân tử thuốc mới được Cơ quan
Quản lý Thực phẩm và Dược phẩm Hoa Kỳ chấp thuận đã tăng lên rõ ràng. Tuy
nhiên, vẫn có rất nhiều ứng cử viên thuốc không trở thành thuốc. Thiếu hiệu quả và
an toàn là hai nguyên nhân chính dẫn đến thất bại của thuốc, có nghĩa là các đặc
tính hấp thụ, phân phối, chuyển hóa, bài tiết và độc tính (ADMET) của hóa chất
đóng vai trò quan trọng trong mọi giai đoạn phát hiện và phát triển thuốc [11].
Để khắc phục điều này nhiều công cụ dự đoán ADMET đã được ra đời để
tìm ra các phân tử hiệu quả với các đặc tính ADMET tốt hơn. Một số các công cụ
thương mại như CASE ULTRA, DEREK, META-PC, METEOR, PAS, GUSAR,...
có sẵn trên thị trường để dự đoán nhanh thông qua hồ sơ ADMET. Bên cạnh đó còn
có nhiều công cụ truy cập mở như ADMETlab, admetSAR, pkCSM,
SwissADME,… được các nhà nghiên cứu khá ưa chuộng vì dự đoán nhanh, tiết
kiệm và thuận tiện [19].
Công cụ trực tuyến pkCSM (Predicting Small-Molecule Pharmacokinetic
and Toxicity Properties Using Graph-Based Signatures) là một công cụ dự đoán
ADMET bằng cách sử dụng các đồ thị của các đặc tính để phát triển mô hình dự
đoán. Đây là nền tảng tích hợp có thể nhanh chóng đánh giá các đặc tính dược động
học và độc tính chính cần thiết cho hợp chất giống thuốc và sinh khả dụng chỉ bằng
cách cung cấp phân tử đầu vào dưới dạng SMILES. Các thành phần chính của
pkCSM được đề cập đến các đặc tính phân tử như: dấu vân tay độc tố, tính ưa béo

23
(log P), trọng lượng phân tử, diện tích bề mặt, số lượng liên kết quay được,… Nền
tảng pkCSM để dự đoán thuộc tính ADMET có thể được chia thành hai nhóm mô
hình dự đoán cao: 14 mô hình hồi quy nhằm dự đoán định lượng số lượng đặc tính
dược động học hoặc độc tính và 16 mô hình phân loại, phân loại kết quả thành hai
lớp. Đặc biệt pkCSM có hơn thể xử lý các tập dữ liệu lớn, một yêu cầu quan trọng
đối với ứng dụng trong sàng lọc các hợp chất [19, 67].

24
 Chương 2. NGUYÊN LIỆU, THIẾT BỊ, PHƯƠNG PHÁP NGHIÊN CỨU
2.1 Nguyên liệu và thiết bị
Cấu trúc protein: Cấu trúc tinh thể tia X của các đích phân tử ACE2, Spike
protein, Main protease, RdRp được tải về từ ngân hàng dữ liệu protein (Protein Data
Bank- https://www.rcsb.org/ ) với mã pdb lần lượt là 1R4L, 6M0J, 7L0D và 7BV2.

Hình 2.1. Cấu trúc 3D của các đích phân tử được tải về từ CSDL Protein Data
Bank: A. Cấu trúc của ACE2 (mã pdb: 1r4l); B. Cấu trúc của Spike protein (mã
pdb: 6m0j); C.Main protease (mã pdb: 7l0d); C. Cấu trúc của RdRp (mã pdb:
7bv2)

25
 Cấu trúc phối tử: Các hợp chất có trong cây Cam thảo (Glycyrrhiza glabra
L.) được tải về từ cơ sở dữ liệu Pubchem (https://pubchem.ncbi.nlm.nih.gov/). Đây
là cơ sở dữ liệu lớn nhất thế giới có thể truy cập thông tin miễn phí của các hợp chất
hóa học, duy trì bởi Trung tâm Thông tin Công nghệ sinh học Quốc gia, thuộc Thư
viện Y khoa Quốc gia Hoa Kỳ.
Thiết bị sử dụng: Máy tính Dell Inspiron 3558 – Hệ điều hành Windows 10.
Phần mềm: Các phần mềm và công cụ sử dụng trong nghiên cứu được mua
hoặc tải từ các nhà phát triển (trang web) bao gồm:
- MGL tools 1.5.6 (https://ccsb.scripps.edu/mgltools/ )
- Autodock Vina 4.2 (https://vina.scripps.edu/ )
- UCSF Chimera 1.14 (https://www.cgl.ucsf.edu/ )
- Avogadro 1.2.0 (http://avogadro.cc/ )
- Discovery Studio 2020 Client (https://discover.3ds.com/)
- Công cụ online pkCSM (http://biosig.unimelb.edu.au/pkcsm/ )
- Microsoft Office 2013.
- Chemdraw 19.0
2.2 Nội dung nghiên cứu
Bước 1: Sàng lọc các hợp chất có trong cây Cam thảo (Glycyrrhiza glabra
L.) được tải về từ cơ sở dữ liệu Pubchem có khả năng ức chế đích phân tử Main
protease, RdRp, ACE2 bằng phương pháp docking phân tử.
Bước 2: Nghiên cứu đặc điểm giống thuốc của các hợp chất có kết quả sàng
lọc docking phân tử tốt nhất, thông qua các thông số hóa lý của hợp chất.
Bước 3: Nghiên cứu các đặc tính dược động học và độc tính của các hợp chất
thỏa mãn các tiêu chí về đặc điểm giống thuốc, từ đó chọn ra các hợp chất tiềm
năng có thể phát triển thành thuốc.
2.3 Phương pháp nghiên cứu
2.3.1 Sàng lọc bằng docking phân tử
Re-dock

26
 Re-dock MLN-4760: Trong phức hợp của ACE2 (pdb: 1R4L) có chứa sẵn
ligand đồng kết tinh là MLN-4760. MLN-4760 là một ức chế mạnh tạo ra các tương
tác liên kết chính bên trong vị trí hoạt động. Vì vậy redock MLN-4760 là cách để
thẩm định tính hợp lý của quy trình docking. Nếu sự sai khác về vị trí MLN-4760
trong tinh thể ACE2 và sau khi re-dock là không đáng kể (RMSD <1.5 Å) thì có thể
kết luận tính phù hợp của quy trình docking đã thực hiện. Ngoài ra điểm số docking
của ligand đồng kết tinh còn được sử dụng làm cơ sở để lựa chọn các chất có tác
dụng ức chế ACE2.
Re-dock ML188: Trong phức hợp main protease (pdb: 7L0D) chứa ligand
đống kết tinh là ML188. ML188 là một chất ức chế không cộng hóa trị được thiết
kế nhắm mục tiểu SARS-CoV-1. Trong nghiên cứu hiện tại, các nhà khoa học phát
hiện ra rằng ML188 ức chế SARS-CoV-2 Mpro ở 2,5 µM, mạnh hơn so với SARS-
CoV-1 Mpro. Vì vậy re-dock ML188 là cách để thẩm định tính hợp lý của quy trình
docking. Nếu sự sai khác về vị trí của ML188 trong tinh thể Mpro và sau khi re-dock
là không đáng kể (RMSD < 1.5 Å) thì có thể kết luận tính phù hợp của quy trình
docking đã thực hiện. Ngoài ra điểm số docking của ligand đồng kết tinh còn được
sử dụng làm cơ sở để lựa chọn các chất có tác dụng ức chế Mpro.
Re-dock Remdesivir monophosphat: Đại dịch do Coronavirus 2019 (COVID-
19) gây hội chứng hô hấp cấp tính nghiêm trọng đã trở thành cuộc khủng hoảng
toàn câu. Sự nhân lên của SARS-CoV-2 cần có enzyme RNA-dependent RNA
polymerase, một mục tiêu của thuốc kháng virus Remdesivir. Trong phức hợp
RdRp (pdb: 7BV2) có chứa ligand đồng kết tinh là Remdesivir monophosphat. Do
đó re-dock Remdesivir monophosphat là cách để thẩm định tính hợp lý của quy
trình. Nếu sự sai khác về vị trí Remdesivir monophosphat trong tinh thể RdRp và
sau khi re-dock là không đáng kể (RMSD <1.5 Å) thì có thể kết luận tính phù hợp
của quy trình docking đã thực hiện. Ngoài ra điểm số docking của ligand đồng kết
tinh còn được sử dụng làm cơ sở để lựa chọn các chất có tác dụng ức chế RdRp.
Thực hiện re-dock qua các bước sau:
Bước 1: Tách ligand đồng kết tinh của protein, xây dựng file pdbqt.
Bước 2: Chuẩn bị protein.
Bước 3: Tiến hành dock ligand đã tách ra vào protein bằng phần mềm
Autodock.

27
 Bước 4: Biểu diễn phức hợp protein-ligand sau khi dock bằng phần mềm
Discovery studio, tiến hành loại bỏ protein và các phần tử khác, chỉ giữ lại cấu hình
ligand có kết quả tốt nhất.
Bước 5: Tính toán RMSD giữa ligand đồng kết tinh khi được tách ra và sau
khi thực hiện re-dock bằng phần mềm Chimera.
Chuẩn bị protein
Cấu trúc của ACE2, Spike protein, Main protease và RdRp được tải về từ
Protein Data Bank với mã pdb lần lượt là 1R4L, 6M0J, 7L0D và 7BV2. Các cấu
trúc này sau đó được loại bỏ các phân tử nước, ligand và các phân tử nền (bằng
phần mềm Discovery Studio 2020 Client), thêm hydro, tối ưu hóa các hydro phân
cực, gắn trường lực Kollman và xây dựng file pdbqt (bằng phần mềm Autodock
Tools 1.5.6).
Chuẩn bị ligand
Các ligand sau khi được tải về từ cơ sở dữ liệu Pubchem, được tối ưu hóa
năng lượng bằng phần mềm Avogadro sử dụng phương pháp Gradient liên hợp
(Conjugate Gradients) và chuyển thành định dạng file pdbqt bằng phần mềm
Autodock Tools.
Mô phỏng docking
Tiến hành docking bằng phần mềm Autodock với kích thước hộp tìm kiếm
(grid box) của 1r4l là 30x30x30 Å tại tọa độ là x= 45.27, y= 8.21 và z= 32.65 và
khoảng cách giữa các ô lưới là 0.375 Å [64]; của 6m0j là 40x40x40 Å tại tọa độ là
x= -37.872, y= 28.878, z= 2.979, khoảng cách giữa các ô lưới là 1 Å [56];của 7l0d
là 60x40x60 Å, khoảng cách giữa các ô lưới là 0,775 Å, tọa độ trục là x= 11,701, y=
-17,509 và z= 16,43 [68];của 7bv2 là 25x25x25 Å tại tọa độ là x= 91.776, y= 91.56
và z= 104.863 và khoảng cách giữa các ô lưới là 1Å [55, 58].
Phần mềm Autodock được sử dụng để tìm ra cấu hình liên kết tốt nhất bằng
cách sử dụng các đánh giá năng lượng tự do liên kết ∆G và số lượng tương tác vật
lý. Kết quả docking được đánh giá thông qua 3 tiêu chí là điểm số docking, khả
năng tương tác và RMSD (độ lệch bình phương trung bình gốc).
Trong mô phỏng docking, năng lượng liên kết càng thấp càng được cho là
càng gần với trạng thái tự nhiên của phức hợp. Hàm tính điểm của thuật toán
docking là phương trình có các tham số cùng với hệ số tuân theo một lý thuyết xác

28
định. Các năng lượng được tính toán là đặc tính năng lượng nội tại của phối tử,
năng lượng tự do xoắn và năng lượng liên kết giữa các phân tử gồm năng lượng liên
kết Van der Walls, năng lượng liên kết hydro, năng lượng desolvat và năng lượng
tĩnh điện. Mỗi loại tương tác đều được gán cho một miền giá trị, kết quả cuối cùng
phản ánh khả năng tương tác mạnh hay yếu của phối tử với protein.
Quy trình docking này được sử dụng để sàng lọc các hợp chất có trong cây
Cam thảo (Glycyrrhiza glabra L.) sau khi kết quả re-dock cho thấy tính hợp lý của
quy trình. Kết quả protein docking sẽ được lựa chọn dựa trên các tiêu chí sau:
1. Điểm số docking thấp hơn kết quả re-dock của ligand đồng kết tinh.
2. Cấu dạng có RMSD thấp nhất.
3. Tạo liên kết tốt với các axit amin tại vị trí hoạt động.
Biểu diễn liên kết
Phân tích kết quả bằng phần mềm Discovery Studio tìm tương tác của các
phối tử với cấu trúc của protein. Đây là công cụ cho hình ảnh trực quan 2D và 3D
về các tương tác giữa phối tử và các axit amin ở trung tâm hoạt động của protein.
2.3.2 Nghiên cứu các đặc điểm giống thuốc
Quy tắc Lipinski 5 được sử dụng để so sánh giữa các hợp chất có đặc tính
giống thuốc và không giống thuốc sau khi quá trình docking cho thấy khả năng liên
kết của phối tử tốt hơn ligand đồng kết tinh. Hợp chất được chọn khi tuân thủ ít nhất
2 trong 5 quy tắc dưới đây:
 Khối lượng phân tử nhỏ hơn 500 Dalton.
 Tính ưa mỡ cao (được biểu thị bằng chỉ số LogP - hệ số phân bố
octanol/nước nhỏ hơn 5).
 Có ít hơn 5 gốc cho liên kết hydro.
 Có ít hơn 10 gốc nhận liên kết hydro.
 Độ khúc xạ mol phải nằm trong khoảng 40-130.
Công cụ trực tuyến http://www.scfbio-
iitd.res.in/software/drugdesign/lipinski.jsp được sử dụng để đánh giá quy tắc
Lipinski 5. Tệp cấu trúc của các chất được tải về từ cơ sở dữ liệu Pubchem và giá trị
pH đầu vào được đặt ở 7. Sau khi lựa chọn được các hợp chất giống thuốc, tiếp tục
tiến hành phân tích các thông số dược động học và độc tính để cho ra kết quả cuối
cùng.
2.3.3 Nghiên cứu các đặc tính dược động học và độc tính (ADMET)

29
 Sử dụng công cụ trực tuyến pkCSM để dự đoán các đặc tính dược động học
và độc tính với dữ liệu đầu vào là công thức SMILES của các phối tử lấy từ
Pubchem. Kết quả thu được là các thông số về hấp thu (tính tan trong nước, tính
thấm qua màng CaCO2, hấp thu ở ruột), phân bố (thể tích phân bố VDss, tính thấm
qua hàng rào máu não và hệ thần kinh trung ương,…), chuyển hóa (cơ chất
CYP2D6, CYP3A4,…), thải trừ ở thận và độc tính (độc tính AMES, độc tính
gan,…). Các bước tiến hành:
 Bước 1: Nhập công thức SMILES của hợp chất.
 Bước 2: Lựa chọn ADMET để dự đoán các đặc điểm giống thuốc, các
thông số về dược động học và độc tính.

Hình 2.2. Các bước thực hiện dự đoán các đặc điểm giống thuốc và thông số
ADMET

30
 Chương 3. KẾT QUẢ

Hình 3.1. Minh họa quá trình in silico

3.1 Mô phỏng protein docking
Trước khi sàng lọc các hợp chất, phối tử đồng kết tinh được re-dock lại vào
vị trí hoạt động của mục tiêu để xác định độ lệch bình phương trung bình gốc
(RMSD) từ đó đánh giá tính phù hợp của các thông số docking. Đánh giá sự tương
đồng về cấu dạng, xác định giá trị RMSD bằng phần mềm Chimera thu được sự
chồng khít về cấu trúc của phối tử đồng kết tinh thể trước và sau khi dock với giá trị
RMSD < 1.5 Å chứng tỏ kết quả docking phân tử vào mục tiêu là đáng tin cậy.
3.1.1 Đánh giá quy trình docking ACE2 (pdb: 1r4l)
Phối tử MLN-4760 trước và sau khi re-dock lại vào vị trí hoạt động của
ACE2 có RMSD là 0.734 Å < 1.5 Å. Điều này chứng tỏ kết quả docking phân tử
vào mục tiêu là đáng tin cậy.

31
 Hình 3.2. RMSD của MLN-4760 đồng kết tinh trước và sau khi re-dock
Kết quả docking MLN-4760 cho năng lượng liên kết ∆G = -8,9 kCal/mol.
MLN-4760 tạo liên kết hydro với axit amin Tyr515, Pro346, Arg273; liên kết cầu
muối với Arg273, Arg518, Arg514, Zn803, liên kết π-sigma với Tyr510, liên kết π-
π T-shaped với His374, liên kết π-alkyl, alkyl với Met360, Pro346, His345... Điểm
số docking -8,9 kCal/mol được dùng làm cơ sở để sàng lọc các hợp chất tiềm năng.

Hình 3.3. Minh họa hai chiều các tương tác của MLN-4760 và ACE2 tại vị trí hoạt
động
3.1.2 Đánh giá quy trình docking Main protease (pdb: 7l0d)

32
 Phối tử ML188 trước và sau khi re-dock lại vào vị trí hoạt động của Main
protease có RMSD là 1.351 Å < 1.5 Å chứng tỏ kết quả docking phân tử vào mục
tiêu là đáng tin cậy.

Hình 3.4. RMSD của ML188 đồng kết tinh trước và sau khi re-dock
Kết quả docking ML188 cho năng lượng liên kết ∆G = -7,0 kCal/mol.
ML188 tạo liên kết hydro với axit amin Thr111, liên kết π-anion với Asp295, liên
kết π-alkyl với Val303, Arg298 và liên kết π-donor hydrogend bond với Asn151,
Gln110, Thr292. Điểm số docking -7,0 kCal/mol được dùng làm cơ sở để sàng lọc
các hợp chất tiềm năng.

Hình 3.5. Minh họa hai chiều các tương tác ML188 và Main protease tại vị trí hoạt
động
3.1.3 Đánh giá quy trình docking RdRp (pdb: 7bv2)

33
 Phối tử Remdesivir monophosphat trước và sau khi re-dock lại vào vị trí hoạt
động của RdRp có RMSD là 1.278 Å < 1.5 Å do đó kết quả docking phân tử vào
mục tiêu là đáng tin cậy.

Hình 3.6. RMSD của Remdesivir monophosphat đồng kết tinh trước và sau khi re-
dock
Kết quả docking Remdesivir monophosphat cho năng lượng liên kết ∆G = -
6,5 kCal/mol. Remdesivir tạo liên kết hydro với axit amin Thr687, Ala688, Ala685,
Arg569 và liên kết unfavorable Donor-Donor với Val560. Điểm số docking -6.5
kCal/mol được dùng làm cơ sở để sàng lọc các hợp chất tiềm năng.

Hình 3.7. Minh họa hai chiều các tương tác Remdesivir monophosphat và RdRp tại
vị trí hoạt động

34
3.2 Tìm kiếm các hợp chất tiềm năng từ kết quả docking
Tiến hành docking 58 hợp chất có trong cây cam thảo vào vị trí hoạt động
của các đích phân tử: ACE2, Spike protein, Main protease, RdRp. MLN-4760 là
một chất ức chế phân tử nhỏ có tính chọn lọc cao và mạnh của thụ thể ACE2 với giá
trị IC50 là 0,44nM [7]. Withanoside X đã được báo cáo bởi Chikhale và cộng sự
vào năm 2020 là có năng lượng liên kết tốt với với mục tiêu RBD của Spike protein
hơn các thuốc đối chiếu (hydroxychloroquine, lopinavir và remdesivir) [59]. Minh
họa hai chiều tương tác của Withanoside X và spike protein được biểu diễn bởi
Hình .Remdesivir là một chất ức chế RdRp và là thuốc đầu tiên được FDA chất
thuận. Do đó trong nghiên cứu này năng lượng liên kết của MLN-4760 (-8.9
kCal/mol); Withanoside X (-7.3 kCal/mol) và Remdesivir monophosphat (-6.5
kCal/mol) được sử dụng làm chứng dương. Đối với đích main protease, năng lượng
liên kết của ligand đồng kết tinh ML188 (-7.0 kCal/mol) sau khi re-dock được sử
dụng đối chiếu.

Hình 3.8. Minh họa hai chiều các tương tác của Withanoside X và Spike protein

35
Bảng 3.1. Kết quả docking của các hợp chất có trong cây Cam thảo với các đích
phân tử.

STT Tên hợp chất Năng lượng (kCal/mol)

ACE2 Spike Main RdRp
protein protease
1 18α-Glycyrrhetinic acid -8.7 -7.5 -8.4 -8.0
2 18β-Glycyrrhetinic acid -9.5 -7.6 -9.1 -7.7
3 Apioglycyrrhizin -8.6 -7.4 -8.6 -8.3
4 Araboglycyrrhizin -9.4 -7.3 -8.8 -8.7
5 Axit glycyrrhizic -8.9 -8.7 -9.5 -8.9
6 Calycosin 7-O-Glucoside -9.8 -6.9 -7.9 -7.1
7 Echinatin -7.9 -6.4 -6.6 -6.5
8 Gancaonin L -9.3 -7.0 -8.2 -7.0
9 Glabrene -10.5 -7.0 -9.0 -6.7
10 Glabridin -9.5 -6.9 -8.7 -7.2
11 Glabrocoumarin -9.9 -7.2 -9.2 -6.8
12 Glabrocoumarone A -10.0 -6.8 -8.4 -8.0
13 Glabrol -10.0 -7.6 -8.6 -6.9
14 Glabrone -10.0 -6.8 -8.6 -6.9
15 Glycycoumarin -9.1 -6.9 -7.6 -6.7
16 Glycyrdione A -9.0 -7.0 -8.2 -6.4
17 Glycyrin -8.9 -6.3 -8.0 -6.6
18 Glyinflanin B -9.9 -6.9 -8.5 -6.9
19 Glyinflanin H -9.4 -6.9 -8.6 -7.6
20 Hispaglabridin A -10.3 -6.9 -10.0 -6.8
21 Hispaglabridin B -10.8 -7.2 -9.5 -7.5
22 Isoschaftoside -10.1 -7.4 -7.6 -8.0

36
23 Isotachioside -7.4 -6.3 -6.5 -5.9

24 Kanzonol W -10.2 -7.3 -9.5 -7.1

25 Kanzonol X -9.8 -7.2 -9.0 -6.6
26 Kanzonol Y -8.9 -6.5 -9.4 -6.4

27 Licoagroaurone -10.3 -6.8 -8.0 -6.9

28 Licoagrochalcone B -9.4 -7.0 -8.1 -6.7
29 Licoagrochalcone C -9.0 -6.6 -7.9 -6.4

30 Licoagrochalcone D -9.5 -6.7 -7.9 -6.6

31 Licoagrodin -9.0 -8.4 -9.3 -8.6
32 Licoagroside A -9.9 -7.4 -8.0 -6.8
33 Licoagroside B -9.2 -6.8 -7.7 -6.5
34 Licochalcone C -8.5 -6.5 -7.8 -6.3
35 Licofuranocoumarin -9.4 -6.8 -7.8 -6.8
36 Licopyranocoumarin -9.4 -6.8 -8.1 -6.8
37 Licoricesaponin B2 -9.4 -7.4 -7.7 -8.9
38 Licoricesaponin C2 -6.8 -7.8 -8.0 -8.1
39 Licoricesaponin G2 -8.1 -6.5 -8.1 -7.9
40 Licoricesaponin H2 -8.0 -7.4 -8.4 -8.3
41 Licoricesaponin K2 -8.9 -8.0 -8.1 -7.7
42 Macedonoside A -8.2 -7.4 -8.6 -8.3
43 Morachalcone A -9.6 -6.8 -7.9 -6.8
44 Ononin -10.1 -6.9 -8.2 -7.8
45 4'-O-Methylglabridin -9.6 -6.9 -8.5 -7.0
46 3'-Hydroxy-4'-O- -9.7 -6.7 -8.3 -7.4
metylglabridin

47 Afrormosin 7-O- (6 '' - -9.7 -7.2 -7.7 -6.4

malonylglucoside)

37
 48 Dihydro-3,5,3'-trihydroxy- -8.2 -5.8 -7.3 -6.5
4'-methoxystilbene
49 Dihydro-3,5-dihydroxy-4'- -8.6 -6.1 -7.7 -6.0
acetoxy-5'-
isopentenylstilbene
50 Shinpterocarpin -10.1 -7.4 -9.0 -6.9
51 Tachioside -7.6 -5.9 -6.8 -7.0
52 Umbelliferone -6.7 -5.5 -5.7 -5.7

53 Uralsaponin B -9.8 -7.4 -10.2 -7.9

54 Uralsaponin A -8.3 -7.3 -8.4 -8.1
55 Uralsaponin V -7.6 -7.5 -7.8 -8.3
56 Vicenin-2 -10.4 -7.3 -7.0 -7.8
57 Wistin -9.6 -7.3 -7.6 -6.9
58 Xambioona -11.7 -7.9 -9.8 -8.4
59 MLN-4760 -8.9

60 Withanoside X -7.3

61 ML188 -7.0
62 Remdesivir -6.5

3.3 Sàng lọc các hợp chất giống thuốc.

Sử dụng công cụ trực tuyến pkCSM để tính toán các thông số trong quy tắc 5
Lipinski. Bảng 3.2 trình bày kết quả các hợp chất đáp ứng ít nhất 2 tiêu chí của quy
tắc.
Bảng 3.2. Kết quả các thông số của các hợp chất đáp ứng quy tắc Ro5

STT Tên hợp chất Phân tử Số nhóm Số nhóm LogP Độ

khối cho liên nhận liên (<5) khúc xạ
(<500) kết kết mol
hydrogen hydrogen (nằm
(HBD) (HBA) trong
(<5) (<10)

38
 khoảng
40-130)
1 18α-Glycyrrhetinic 470 2 4 6.412 133.071
acid
2 18β-Glycyrrhetinic 470 2 4 6.412 133.071
acid

3 Calycosin 7-O- 446 5 10 0.196 108.431

Glucoside

4 Gancaonin L 354 4 6 3.634 95.613

5 Glabrene 322 2 4 4.215 93.321

6 Glabridin 324 2 4 4.000 91.894

7 Glabrocoumarin 336 2 5 3.741 93.461

8 Glabrocoumarone A 308 2 4 4.6952 88.721

9 Glabrol 392 2 4 5.821 114.80

10 Glabrone 336 2 5 3.898 92.89

11 Glycycoumarin 368 3 6 3.780 101.071

12 Glycyrdione A 408 3 5 5.276 117.426

13 Glycyrin 382 2 6 4.083 105.958

14 Glyinflanin B 338 2 5 3.737 93.232

15 Glyinflanin H 308 2 4 4.695 88.721

16 Hispaglabridin A 392 2 4 5.509 115.029

17 Hispaglabridin B 390 1 4 5.479 113.970

18 Kanzonol W 336 2 5 3.741 93.461

19 Kanzonol X 394 3 4 5.539 116.088

20 Kanzonol Y 410 4 5 4.607 118.189
21 Licoagroaurone 338 3 5 3.928 93.948

22 Licoagrochalcone B 336 1 4 4.481 98.206

39
 23 Licoagrochalcone C 354 3 5 4.216 100.929

24 Licoagrochalcone D 354 2 5 3.371 98.883

25 Licoagrodin 728 4 9 9.189 202.621
26 Licoagroside A 492 6 12 -0.09 116.648

27 Licoagroside B 432 5 12 -1.725 94.567

28 Licofuranocoumarin 384 3 7 2.640 100.689

29 Licopyranocoumarin 384 3 7 2.642 100.711

30 Morachalcone A 340 4 5 3.914 96.042

31 Ononin 430 4 9 0.490 106.766

32 4'-O- 338 1 4 4.303 96.781

Methylglabridin

33 3'-Hydroxy-4'-O- 354 2 5 4.009 98.446

methylglabridin

34 Afrormosin 7-O- (6 546 4 13 0.524 129.444

'' -
malonylglucoside)

35 Dihydro-3,5,3'- 260 3 4 3.317 73.223

trihydroxy-4'-
methoxystilbene

36 Shinpterocarpin 322 1 4 4.186 89.894

37 Wistin 460 4 10 0.498 113.318

38 Xambioona 388 0 4 5.761 112.682

3.4 Dự đoán các thông số ADMET

Phân tích ADMET trên 5 thông số chính về dược động học và độc tính bao
gồm: Hấp thu, phân bố, chuyển hóa và thải trừ. Kết quả được trình bày ở Bảng 3.3
và Bảng 3.4.

40
 Bảng 3.3. Kết quả phân tích đặc tính hấp thu, phân bố và chuyển hóa

Tên hợp chất Hấp thu Phân bố Chuyển hóa

Caco2 HIA BBB CNS VDss CYP2 CYP3A
D6 4
18α- 0.51 99.92 0.101 -1.349 -1.333 Không Không
Glycyrrhetinic 8
acid
18β- 0.51 99.92 0.101 -1.349 -1.333 Không Không
Glycyrrhetinic 8
acid
Glyinflanin B 1.189 91.05 -0.132 -2.138 0,221 Không Có
6
Licoagroaurone 1.009 91.42 -0.844 -2.038 0.467 Không Không
2
Licoagroside B -0.357 22.53 -1.487 -3.799 -0.543 Không Không
5

4'-O- 1.279 95.30 -0.136 -1.812 0.33 Không Có

Methylglabridin 5

Afrormosin 7- -0.715 36.20 -1.728 -4.069 -0.728 Không Không

O- (6 '' - 6
malonylglucosid
e)

Dihydro-3,5,3'- 0.755 89.05 -0.883 -2.265 -0.054 Không Không

trihydroxy-4'- 5
methoxystilbene

Shinpterocarpin 1.335 96.18 0,239 -1,87 0.385 Không Có

3
Wistin 0,127 56.97 -1.478 -3,784 -0.651 Không Không
1

Xambioona 1.734 96.58 0.385 -1.581 0.432 Không Có

41
Chú thích: Caco2: tính thấm qua màng Caco2 (log Papp trong 10 cm/s); HIA: hấp
thu ở ruột (%); BBB: thấm qua hàng rào máu não (logBB); CNS: thấm qua hệ thần
kinh trung ướng (log PS); VDss: thể tích phân bố trong cơ thể người (log L/kg);
CYP2D6: khả năng ức chế CYP2D6; CYP3D4: khả năng ức chế CYP3D4.
Bảng 3.4. Kết quả phân tích các đặc tính thải trừ và độc tính
Tên hợp chất Thải trừ Độc tính
Clr. OCT2 AMES HERG LD50 Gan Da
18α- -0.114 Không Không Không 2.514 Không Không
Glycyrrhetinic
acid

18β- -0.114 Không Không Không 2.514 Không Không

Glycyrrhetinic
acid
Glyinflanin B 0.111 Không Không Không 1.684 Không Không
Licoagroaurone -0.083 Không Không Không 2.2 Không Không

Licoagroside B 0.831 Không Không Không 2.325 Không Không

4'-O- 0.181 Không Không Không 2.549 Không Không

Methylglabridin

Afrormosin 7-O- 0.298 Không Không Không 2.605 Không Không

(6 '' -
malonylglucoside)

Dihydro-3,5,3'- 0.248 Không Không Không 2.505 Không Không

trihydroxy-4'-
methoxystilbene

Shinpterocarpin 0,106 Không Không Không 2.717 Không Không

Wistin 0,162 Không Không Không 2,695 Không Không

Xambioona 0,034 Không Không Không 2,93 Không Không

Chú thích: Clr: Thanh thải toàn phần (log mL/phút/kg); OCT2: cơ chất OCT2 ở
thận; hERG: khả năng ức chế kênh kali ở tim; LD50: độc tính cấp tính ở chuột
(mol/kg).

42
 Có 11 hợp chất được chọn ra với tiêu chí ưu tiên là không có độc tính và
nhìn chung có tính khả thi nghiên cứu sâu hơn trở thành thuốc. Khả năng hấp thu
của các hợp chất được phân tích dựa vào các thông số về tính thấm qua màng Caco2
và khả năng hấp thu ở ruột. Tính thấm qua màng Caco2 là tiêu chuẩn được sử dụng
rộng rãi trong đánh giá tính thẩm thấu của dược phẩm, với giá trị >0.9 (log Papp
trong 10 cm/s) được coi là tính thấm cao [67]. Bảng 3.3 cho thấy có 5 hợp chất
thấm tốt qua màng Caco2 là Glyinflanin B, Licoagroaurone, 4'-O-Methylglabridin,
Shinpterocarpin và Xambioona. Giá trị hấp thụ của một chất qua ruột người (HIA)
<30% thì chất đó được coi là chất hấp thụ kém [67]. Các hợp chất có trong bảng đều
có giá trị hấp thu >30% trừ Licoagroside B có giá trị hấp thu là 22.535%. Thể tích
phân bố của thuốc trong cơ thể người (VDss) được coi là thấp nếu <-0.15 và cao
nếu >0.45 [67]. Có 5 chất có thể tích phân bố trong cơ thể thấp là 18α-
Glycyrrhetinic acid, 18β-Glycyrrhetinic acid, Licoagroside B, Afrormosin 7-O- (6 ''
- malonylglucoside) và Wistin. Hai thông số tính thấm qua hàng rào máu não
(BBB) và hệ thần kinh trung ương (CNS) có tính quan trọng khi đánh giá tính an
toàn đối với hệ thần kinh của dược chất. Đối với một hợp chất, logBB> 0.3 được coi
là dễ dàng vượt qua hàng rào máu não trong khi các phân tử với logBB <-1 được
coi là phân phối kém đến não. Trừ Xambioona có khả năng qua hàng rào máu não
dễ dàng, các chất còn lại đều không thấm hoặc ít thấm qua hàng rào máu não. Các
hợp chất có logPS> -2 được coi là xâm nhập vào hệ thần kinh trung ương (CNS),
còn các hợp chất logPS <-3 được coi là không thể xâm nhập vào hệ thần kinh trung
ương. Các hợp chất 18α-Glycyrrhetinic acid, 18β-Glycyrrhetinic acid, 4'-O-
Methylglabridin, Shinpterocarpin và Xambioona có khả năng xâm nhập vào hệ thần
kinh trung ương. Các chất còn lại không có hoặc có ít khả năng xâm nhập vào hệ
thần kinh trung ương. Licoagroside B, Afrormosin 7-O- (6 '' - malonylglucoside),
Wistin được coi là an toàn đối với hệ thần kinh khi không thấm qua hàng rào máu
não và không thể xâm nhập vào hệ thần kinh trung ương.
Hệ cytochrome P450 là hệ enzyme quan trọng trong quá trình chuyển hóa
thuốc ở gan. Hai kiểu hình chính của cytochrome P450 là CYP3A4 VÀ CYP2D6.
Glyinflanin B, 4'-O-Methylglabridin, Shinpterocarpin và Xambioona được dự đoán
ức chế CYP3A4, vì vậy có khả năng sẽ làm tăng sinh khả dụng của các chất bị
chuyển hóa bởi enzyme CYP3A4 nếu được sử dụng cùng nhau. Thuốc thải trừ qua
thận phụ thuộc vào khối lượng phân tử và tính ưa nước của hợp chất hữu. Tất cả các
chất đều không phải cơ chất của OCT2 (chất vận chuyển cation hữu cơ 2), đóng vai
trò quan trọng trong quá trình đào thải các dạng ion hóa của thuốc và các hợp chất

43
nội sinh ở thận khi nó chiết xuất các chất từ máu vào tế bào ống thận như là bước
đầu tiên của quá trình thải trừ. Giá trị độ thanh thải toàn phần được trình bày trong
Bảng 3.4. Đối với độc tính, tất cả các chất được chọn đều không có khả năng gây ra
các độc tính trên tim (ức chế hERG), nguy cơ ung thư (độc tính AMES), độc tính
gan và kích ứng da.
Sau khi phân tích kết quả ADMET, có 4 hợp chất không có độc tính, có đặc
tính dược động học có khả năng nghiên cứu thành thuốc và có điểm số tương tác tốt
với cả 4 đích là 18β-Glycyrrhetinic acid, Shinpterocarpin, Wistin, Xambioona.
Xambioona cho thấy năng lượng liên kết tốt hơn đối với cả 4 đích ACE2 và spike
protein, main protease, RdRp hơn ba chất còn lại với năng lượng liên kết lần lượt là
-11.7 kCal/mol; -7.9 kCal/mol; -9.8 kCal/mol và -8.4 kCal/mol . Kết quả phân tích
mô phỏng được thể hiện bởi Bảng 3.5.
Bảng 3.5. Kết quả phân tích mô phỏng docking của 18β -Glycyrrhetinic acid,
Shinpterocarpin, Wistin, Xambioona với các đích: ACE2, Spike protein, Main
protease và RdRp.

Hợp Đích tác Năng Axit amin tạo liên kết

chất dụng lượng liên
kết
(kCal/mol)

ACE2 -9.5 Liên kết hydro: Glu375.

Liên kết Van der Waals: Thrr347, His374, Zn803,
Arg518, Phe274, Asp269, Asn277, Ala153,
Asn149, Glu150, Lys363, Asp367, Asp368,
18β -Glycyrrhetinic acid

Met360, His345, Arg273, Thr371, Pro346,

His505, Tyr515.
Spike -7.6 Liên kết hydro: Asn501, Thr500, Gly502.
protein Liên kết Van der Waals: Ser494, Tyr453, Tyr495,
Gly496, Arg403, Tyr505.
Main -9.1 Liên kết hydro: Asn
protease Liên kết Van der Waals: Val297, Val303, Arg298,
Phe305, Phe294, Phe8, Ile152, Asp153, Cys160,
Ser158, Ile106, Val104, Gln110.
RdRp -7.7 Liên kết Unfavorable Acceptor-Acceptor: Ala685.

44
 Liên kết Van der Waals: Asn496, Thr565, Lys500,
Ser501, Gln541, Asn543, Gly559, Ala558,
Val557, Ser682, Gly683, Arg569, Tyr689,
Leu576.
ACE2 -10.1 Liên kết π-π Stacked: Phe274.
Liên kết π-Alkyl: Phe274.
Liên kết π-Anion: Asp367.
Liên kết Van der Waals: Leu503, Trp271, Asp269,
Thr276, Leu370, Thr445, Glu406, Arg518,
Thr371, His345, Arg273.
Spike -7.4 Liên kết C – H: Gln498, Gly496.
protein Liên kết π-π T-shaped: Tyr505.
Liên kết π-Alkyl: Tyr505.
Shinpterocarpin

Liên kết π-π Stacked: Tyr505.

Liên kết Van der Waals: Tyr453, Tyr495, Asn501,
Gly502.
Main -9.0 Liên kết hydro: Thr292.
protease Liên kết π-π T-shaped, π-π T-shaped, π-Sigma:
Phe294.
Liên kết π-Alkyl: Arg298, Phe294.
Liên kết Van der Waals: Val303, Asp295, Phe8,
Asn151, Gln110, Pro293, Ile249.
RdRp -6.9 Liên kết hydro: Asn543, Ser501.
Liên kết π-Alkyl: Val557, Lys500.
Liên kết Van der Waals: Ala558, Gly683, Gly559,
Val560, Ala502, Ala512, Ile562, Thr565, Arg569.

45
 ACE2 -9.6 Liên kết hydro: Glu406, Thr371, Asp367, Arg273.
Liên kết π-π Stacked, π-π T-shaped: His374,
Phe274, His505.
Liên kết alkyl: Pro346.
Liên kết π-Anion: Glu375.
Liên kết Unfavorable Donor-Donor: Arg518.
Liên kết C-H, π-Donor Hydrogen Bond: Tyr515,
Pro346, Thr371.
Liên kết Van der Waals: Zn803, His378, Ala348,
His345, Thr347, Tyr510, Phe504, Thr276,
Leu370, Ser409, Thr445
Spike -7.3 Liên kết hydro: Gly496, Gln498
protein Liên kết π-π Stacked: Tyr453
Wistin

Liên kết Alkyl, π-Alkyl: Lys417.

Liên kết C-H: Tyr505, Lys417, Arg403.
Liên kết hydro: Gly496, Gln498
Liên kết Van der Waals: Leu455, Tyr449, Gln493,
Ser494, Asn501, Phe497, Tyr495, Glu406.
Main -7.6 Liên kết hydro: Glu240.
protease Liên kết π-π Stacked, π-Alkyl: Phe294.
Liên kết π-Donor Hydrogen Bond: Gln110.
Liên kết Van der Waals: Thr292, Pro293, Val202,
Gly109, Ile200, Pro108, Pro132, His246, Gln107.
RdRp -6.9 Liên kết hydro: Asp618, Glu811, Ser814.
Liên kết Alkyl, π-Alkyl: Lys545, Ala547, Arg555.
Liên kết Van der Waals: Ala550, Ile548, Ser549,
Ala554, Arg553, Asp760, Asp761, Cys813.
ACE2 -11.7 Liên kết π-π Stacked: Phe274.
Liên kết π-Alkyl: Ala153.
Xambioona

Liên kết π-Cation: Lys363.

Liên kết Van der Waals: Asn149, Asp269,
Trp271, Thr276, Thr445, Arg518, Glu406,
Leu370, Thr371, Asp367, Thr365, Asn154,
Glu150, Asn277.

46
Spike -7.9 Liên kết hydro: Tyr453, Gly496
protein Liên kết π-π Stacked: Tyr453
Liên kết π-Alkyl: Lys417, Leu455
Liên kết Van der Waals: Phe456, Tyr495, Ser494,
Tyr449, Arg403, Glu406.
Main -9.8 Liên kết π-π Stacked: Phe294.
protease Liên kết π-Alkyl: Ile249.
Liên kết C-H, π-Donor Hydrogen Bond: Gln110,
Pro293.
Liên kết Van der Waals: Asp245, Asn151, Phe8,
Asp295, Thr292, Asn203, Val202, His246.
RdRp -8.4 Liên kết hydro: Tyr689
Liên kết π-Alkyl: Leu576, Ala685.
Liên kết Van der Waals: Ile589, Ala688, Gly683,
Gly559, Val560, Lys500, Ser501, Thr565,
Arg569, Gln573.

47
Hình 3.9.Tương tác của 18β -Glycyrrhetinic acid với các đích: A.ACE2; B. Spike
protein; C.Main protease; D. RdRp.

48
Hình 3.10. Tương tác của Shinpterocarpin với các đích: A.ACE2; B. Spike protein;
C.Main protease; D. RdRp

49
Hình 3.11. Tương tác của Wistin với các đích: A.ACE2; B. Spike protein; C.Main
protease; D. RdRp

50
Hình 3.12. Tương tác của Xambioona với các đích: A.ACE2; B. Spike protein;
C.Main protease; D. RdRp

51
 Chương 4. BÀN LUẬN
4.1 Về phương pháp
Kỹ thuật sàng lọc ảo
Kỹ thuật sàng lọc ảo in silico trong lĩnh vực dược học là một lĩnh vực đang
phát triển nhanh chóng trên toàn cầu bao gồm sự phát triển của các kỹ thuật sử dụng
phần mềm để thu thập, phân tích và tích hợp dữ liệu sinh học và y tế từ nhiều nguồn
đa dạng. Các mô hình in silico được sử dụng thường xuyên trong việc khám phá và
tối ưu hóa các phân tử mới có ái lực với mục tiêu, làm rõ các đặc tính hấp thụ, phân
bố, chuyển hóa, bài tiết và độc tính cũng như đặc tính hóa lý. Điều này đã làm tăng
khả năng thành công, rút ngắn thời gian, công sức cũng như chi phí để nghiên cứu
một thuốc mới đưa ra thị trường.
Tuy nhiên bên cạnh đó in silico vẫn còn mặt nhược điểm. Kỹ thuật ngày càng
phát triển cùng với đó là nhiều chương trình, phần mềm ra đời; mỗi phần mềm có
một thuật toán riêng nên kết quả có thể khác nhau. Cơ chất và protein đều có thể thay
đổi cấu dạng do đó việc khác nhau giữa nghiên cứu và thực tế cần xác định thông qua
các kỹ thuật in silico, in vitro, in vivo.
Sàng lọc các đặc tính giống thuốc
Quy tắc Ro5 là quy tắc được sử dụng rộng rãi hiện nay như các tiêu chuẩn sớm
để đánh giá một hợp chất trong quá trình nghiên cứu và phát triển thành thuốc. Quy
tắc này có thể được thiết lập nhanh chóng, dễ dàng và không tốn kém. Tuy nhiên Ro5
chỉ áp dụng cho các hợp chất theo đường tiêu hóa, được hấp thu theo cơ chế bị động,
không áp dụng cho các cơ chất của các chất vận chuyển và hợp chất tự nhiên. Nhiều
hợp chất như kháng sinh, kháng nấm, vitamin và một số glycosides tim mạch không
thỏa mãn Ro5. Các hợp chất thỏa mãn tất cả các quy tắc không nhất thiết sẽ là thuốc
tốt. Việc đánh giá Ro5 qua các phần mềm khác nhau sẽ có sự sai lệch do đó có thể
ảnh hưởng đến kết quả sàng lọc.
Dự đoán các thông số ADMET.
Các thông số dược động học cũng như độc tính của các chất có trong bài được
đánh giá thông qua công cụ pkCSM dựa trên cấu trúc. Khả năng hấp thu của chất
được đánh giá thông qua hai thông số là tính thấm qua màng Caco2 và khả năng hấp
thu ở ruột. Dòng tế bào Caco2 là tế bào ung thư biểu mô tuyến ruột kết ở người. Các
tế bào đơn lớp Caco2 được sử dụng rộng rãi như mô hình in vitro của niêm mạc ruột
người để dự đoán sự hấp thu của các loại thuốc uống. Đối với mô hình dự đoán

52
pkCSM, độ thấm Caco2 cao nếu giá trị dự đoán > 0,9. Ruột bình thường là vị trí hấp
thụ thuốc qua đường uống. Phương pháp này được xây dựng để dự đoán tử lệ các hợp
chất đã được hấp thụ qua ruột non của con người. Đối với một hợp chất nhất định, độ
hấp thụ nhỏ hơn 30% được coi là chất hấp thụ kém. Thể tích phân bố ở trạng thái ổn
định (VDss) càng cao thì càng có nhiều thuốc được phân phối trong mô hơn là huyết
tương. Nó có thể bị ảnh hưởng bởi suy thận và mất nước. Vdss được coi là thấp nếu
dưới 0,71 L/kg (log VDss <-0,15) và cao nếu trên 2,81 L/kg (logVDss>0,45). Não
được bảo vệ khỏi các hợp chất ngoại sinh bởi hàng rào máu não (BBB). Khả năng đi
qua hàng rào máu não cả một loại thuốc là một thông số quan trọng cần xem xét để
giúp giảm tác dụng phụ và độc tính hoặc để cải thiện hiệu quả các loại thuốc có hoạt
tính dược lý trong não. Đối với một hợp chất nhất định, logBB> 0,3 được coi là dễ
dàng vượt qua hàng rào máu não trong khi các phân tử có logBB <-1 được phân phối
đến não kém. Việc đo tính thẩm thấu của thuốc qua hàng rào máu não có thể khó
khăn với các yếu tố gây nhiễu. Việc đo logPS là phép đo trực tiếp hơn. Các hợp chất
có logPS >-2 được coi là xâm nhập vào hệ thần kinh trung ương (CNS), trong khi
những hợp chất có logPS <-3 được coi là không thể xâm nhập vào CNS. Cytochrome
P450 là một loại enzyme giải độc quan trọng trong cơ thể, chủ yếu được tìm thấy ở
gan. CYP450 chịu trách nhiệm chuyển hóa nhiều loại chất, do đó nhiều loại thuốc bị
vô hiệu hóa bởi CYP450 và một số loại thuốc có thể được kích hoạt bởi nó. Do đó
cần phải xác định các chất có ức chế hệ enzyme này hay không để xác định khả năng
ảnh hưởng đến dược động học của các chất dùng kèm.
Độ thanh thải thuốc toàn phần là tổng của độ thanh thải ở gan (chuyển hóa ở
gan và độ thanh thải của mật) và độ thanh thải của thận (bài tiết qua thận). Tổng độ
thanh thải dự đoán của một hợp chất được tính bằng log (ml/phút/kg). Chất vận
chuyển Cation hữu cơ 2 đóng vai trò quan trọng trong việc thải bỏ các thuốc và các
hợp chất nội sinh ở thận. Việc đánh giả khả năng được vận chuyển bởi OCT2 không
chỉ liên quan đến việc thải trừ mà còn cả những chống chỉ định tiềm ẩn. Việc đánh
giá độc tính của một chất cũng rất quan trọng trong việc sàng lọc. Độc tính AMES là
một phương pháp được sử dụng rộng rãi để đánh giá khả năng gây đột biến của các
hợp chất bằng cách sử dụng vi khuẩn. Xét nghiệm dương tính cho thấy hợp chất này
có thể gây đột biến và do đó có thể hoạt động như chất gây ung thư. Sự ức chế các
kênh kali được mã hóa bởi gen hERG là nguyên nhân chính dẫn đến sự phát triển của
hội chứng QT dài – dẫn đến rối loạn nhịp thất gây tử vong. Việc ức chế các kênh
hERG đã dẫn đến việc thu hồi nhiều chất khỏi thị trường do đó cần tránh các chất có
khả năng ức chế hERG. Liều gây độc cấp tính cho chuột đường uống (LD50) là lượng

53
hợp chất được sử dụng cùng lúc và gây ra cái chết của 50% nhóm động vật thử
nghiệm. Tổn thương gan do thuốc là mối quan tâm lớn về an toàn đối với việc phát
triển thuốc. Một hợp chất được phân loại là gây độc cho gan nếu nó có ít nhất một
biến cố bệnh lý hoặc sinh lý gan có liên quan chặt chẽ đến chức năng bình thường
của gan bị phá vỡ.
4.2 Về kết quả sàng lọc ảo:
Trong nghiên cứu này, sau khi sàng lọc ảo 58 hợp chất có trong cây cam thảo
tác dụng lên các đích: ACE2, Spike protein, Main protease, RdRp thu được nhiều
hợp chất cho thấy khả năng gắn tốt hơn các chất chứng. Tuy nhiên sau khi sàng lọc
các tiêu chí của một dược chất đường uống chỉ có 38 hợp chất đáp ứng và 4 trong số
đó cho thấy kết quả tối ưu, không có độc tính và giá trị điểm tương tác tốt với cả 4
đích.
4.2.1 18β-Glycyrrhetinic acid (ID: 9897771)
Glycyrrhizin (hay còn được gọi là glycyrrhizic acid hay glycyrrhizinic acid)
và Glycyrrhetinic acid là những thành phần hóa học quan trọng nhất của cây cam
thảo, thuộc nhóm triterpenoit. Trong số tất cả các saponin trong cây cam thảo,
Glycyrrhizin là chất có số lượng lớn nhất (chiếm hơn 2%). Trong tự nhiên, cây cam
thảo có chất lượng cao có thể chứa tới 7% lượng chất này. Glycyrrhetinic acid (GA)
là sản phẩm aglycone của quá trình thủy phân glycyrrhizin trong ruột bởi
glucoronidase của vi khuẩn. Đây cũng là chất sở hữu nhiều đặc tính dược lý đặc biệt
là tác dụng kháng virus. Ngoài được tìm thấy ở loài Glycyrrhiza glabra, 18β-
Glycyrrhetinic acid là cũng đã được tìm thấy trong nhiều loài thực vật đặc biệt là
những cây thuộc họ đậu Fabaceae, chi Glycyrrhiza như loài Glycyrrhiza Inflata,
Glycyrrhiza uralensis,…[13].
Đã có nhiều nghiên cứu chỉ ra rằng GA có nhiều tác dụng tốt đối với sức
khỏe như cải thiện bệnh loét dạ dày, tá tràng; cảm ứng quá trình apoptosis ở tế bào
ung thư biểu mô vú MCF-7 ở người, cải thiện tình trạng da, giảm viêm,… và đặc
biệt là tác dụng kháng khuẩn, kháng virus [35]. GA cho thấy tác dụng kháng khuẩn
tốt đối với Staphylococcus aureus và 18β-Glycyrrhetinic acid cũng đã được nghiên
cứu là có tác dụng ức chế sự sống sót của tụ cầu vàng kháng methicillin và làm
giảm sự biểu hiện của gen [27, 34]. Virus Epstein-Barr, còn được gọi là virus
Herpes 4 ở người, là một trong những loại virus phổ biến nhất ở người. Trong một
nghiên cứu kiểm tra tác dụng của 15 dẫn chất của glycyrrhizin chống lại sử lây

54
nhiễm virus Epstein-Barr, 18β-glycyrrhetinic acid (18β-GA hay GA) cho thấy hoạt
tính chống lại EBV gấp 7.5 lần so với glycyrrhizin [25]. Trong một nghiên cứu trên
mô hình lây nhiễm virus viêm gan chuột (murine hepatitis virus) GA cho thấy tác
dụng ức chế sự kích hoạt các phản ứng viêm gan không chỉ bằng cách ngăn chặn
hoạt động cytokine của protein nhóm 1 di động cao (high-mobility group box 1) và
ngăn chặn hoạt động của HMGB1 cytokine, mà còn thông qua trục điều hòa miễn
dịch HMGB1 – TLR4 gây ra bởi virus xảy ra trong cơn bão cytokine. Nghiên cứu
này cung cấp một chiến lược liệu pháp mới để điều trị viêm gan virus cấp tính trên
lâm sàng [41]. Rotavirus là nguyên nhân phổ biến nhất của viêm dạ dày ruột cấp
tính do virus ở trẻ em dưới 5 tuổi. Trong môi trường nuôi cấy, GA có hoạt tính
kháng virus đáng kể chống lại sự nhân lên của Rotavirrus [12].
18β-Glycyrrhetinic acid có khả năng thấm tốt qua ruột người (99.928%), tính
thấm qua màng Caco2 là 0.51 log Papp trong 10cm/s. Hợp chất này không gây ra
độc tính trên gan, tim nhưng có khả năng thấm một phần qua hàng rào máu não và
xâm nhập vào hệ thần kinh trung ương do đó cần có nghiên cứu sâu hơn để đánh giá
tác động của nó lên não bộ và hệ thần kinh trung ương.
4.2.2 Shinpterocarpin (ID: 10336244)
Shinpterocarpin là một flavonoid đã được phân lập từ nhiều loài cây trong
thiên nhiên như Glycyrrhiza glabra, Erythrina sacleuxii, Erythrina latissima,…Đã
có nghiên cứu cho thấy Shinpterocarpin có lợi trong điều trị rối loạn căng thẳng sau
sang chấn [37]. Đồng thời chất này cũng thể hiện hoạt tính liên kết thụ thể kích hoạt
chất tăng sinh peroxisome gamma (PPAR- γ: Peroxisome proliferator-activated
receptors- γ) đáng kể [21]. PPAR-γ có tác dụng điều chỉnh sự biệt hóa tế bào mỡ,
lưu trữ axit béo, chuyển hóa glucose và là mục tiêu của các loại thuốc điều trị đái
tháo đường, ngoài ra PPAR-γ còn làm tăng cường biểu hiện của một số gen mã hóa
protein liên quan đến chuyển hóa glucose và lipid. Tuy nhiên đối với tác dụng
kháng khuẩn, kháng virus chưa có một nghiên cứu cụ thể nào.
Shinpterocarpin cho thấy khả năng hấp thu tốt (96.183% qua ruột người và
tính thấm màng Caco2 là 1.335 log Papp trong 10cm/s). Hợp chất này không gây ra
độc tính trên gan, tim nhưng có khả năng thấm một phần qua hàng rào máu não và
xâm nhập vào hệ thần kinh trung ương do đó cần có nghiên cứu sâu hơn để đánh giá
tác động của nó lên thần kinh trung ương. Wistin (ID: 10095770)

55
 Wistin là một hợp chất flavonoid tự nhiên được tìm thấy trong nhiều loài
thuộc họ đậu Fabaceae như Glycyrrhiza glabra, Baptisia australis,
Ammopiptanthus mongolicus,… Wistin đã được đánh giá là chất chủ vận của thụ thể
PPARγ [38]. Tiếp sau nghiên cứu này Wistin tiếp tục được đánh giá tác dụng trên
thụ thể PPAR- α và kết quả cho thấy nó là chất chủ vận của thụ thể này. PPARα chủ
yếu ảnh hưởng đến chuyển hóa axit béo và sự hoạt hóa của nó làm giảm mức lipid.
Hơn nữa, Wistin ức chế sự tích tụ triglyceride tế bào trong tế bào gan theo cách phụ
thuộc vào liều lượng. Do đó tác dụng của Wistin trên PPARα có thể được quan tâm
trong việc cải thiện các rối loạn liên quan đến chuyển hóa [42].
Wistin cho thấy tính thấm qua màng Caco2 chưa được tối ưu (1.335 log Papp
trong 10cm/s), hấp thu 56.971% qua ruột người. Hợp chất này không gây ra độc
tính trên gan, tim, da và không thấm qua hàng rào máu não cũng như hệ thần kinh
trung ương, tuy nhiên thể tích phân bố thuốc trong cơ thể còn thấp (VDss = -0.651).
Xambioona (ID: 14769500)
Xambioona là một flavonoid đã được phân lập từ nhiều loài họ đậu
Fabaceae như Glycyrrhiza glabra, Calopogonium mucunoides, Euchresta
formosana. Xambioona cho thấy khả năng bảo vệ gan chống lại carbon tetrachloride
và acetaminophen gây ra tổn thương tế bào HepG2 [20].
Xambioona cho thấy khả năng hấp thu tốt (96.58% thuốc được hấp thu qua
đường ruột và tính thấm qua màng Caco2 là 1.734 log Papp trong 10cm/s. Hợp chất
này không gây độc trên gan, da và tim nhưng thấm tốt qua hàng rào máu não và hệ
thần kinh trung ương do đó cần có các nghiên cứu sâu hơn để đánh giá nguy cơ gây
độc trên thần kinh trung ương.

56
 KẾT LUẬN VÀ KIẾN NGHỊ
Kết luận:
Từ những kết quả đạt được sau một thời gian nghiên cứu, chúng tôi rút ra
những kết luận sau:
1. Từ 58 hợp chất có trong cây cam thảo được tải về từ thư viện hóa học
Pubchem, có 52 hợp chất có khả năng liên kết tốt tại vị trí hoạt động
của ít nhất hai trong bốn đích phân tử: enzyme chuyển angiotensin 2,
spike protein, main protease và DNA polymerase phụ thuộc RNA.
2. Trong 52 hợp chất, có 38 hợp chất cho thấy các đặc tính giống thuốc
thỏa mãn quy tắc 5 Lipinski. Sau đó sàng lọc được 4 hợp chất có các
đặc tính dược động học và độc tính tốt là: 18β-Glycyrrhetinic acid
(9897771), Shinpterocarpin (10336244), Wistin (ID: 10095770) và
Xambioona (ID: 14769500). Phân tích tương tác của các hợp chất này
với các đích phân tử định hướng điều trị SARS-CoV-2.
Kiến nghị
Kết luận của nghiên cứu này được đưa ra dựa trên kết quả của quá trình sàng
lọc ảo in silico, dưới sự hỗ trợ của các phần mềm nên có thể còn nhiều hạn chết như
sai số trong quá trình và sự khác biệt với thực nghiệm. Do đó để tiếp tục phát triển
các kết quả nghiên cứu của khóa luận đồng thời tăng tính ứng dụng cho nghiên cứu,
chúng tôi đề xuất:
1. Tiến hành nghiên cứu thêm về các chất đã sàng lọc được trên mô hình
in vitro, in vivo nhằm thử hoạt tính, tính an toàn ở các nồng độ hoặc
nghiên cứu cải thiện khả năng hấp thu, phân bố của hợp chất.
2. Tiếp tục áp dụng mô hình sàng lọc in silico cho các nghiên cứu phát
triển các hợp chất có trong các dược liệu khác, đối với các đích khác.

57
 TÀI LIỆU THAM KHẢO
TIẾNG VIỆT
1. Bộ Y Tế (2021), Toàn bộ thông tin về 8 loại vaccine COVID-19 đã được Việt
Nam cấp phép sử dụng, 30/11/2021, accessed, from https://moh.gov.vn/.
2. Bộ Y Tế (2022), Hướng dẫn chẩn đoán và điều trị COVID-19.

TIẾNG ANH
3. Bhowmick, S., et al. (2021), "Structure-based identification of SARS-CoV-2
main protease inhibitors from anti-viral specific chemical libraries: an
exhaustive computational screening approach", Mol Divers. 25(3), pp. 1979-
1997.
4. Biondi, D. M., Rocco, C., and Ruberto, G. (2003), "New dihydrostilbene
derivatives from the leaves of Glycyrrhiza glabra and evaluation of their
antioxidant activity", J Nat Prod. 66(4), pp. 477-80.
5. Castangia, I., et al. (2015), "Delivery of liquorice extract by liposomes and
hyalurosomes to protect the skin against oxidative stress injuries",
Carbohydr Polym. 134, pp. 657-63.
6. Centers for Disease Control and Prevention (2021), Information for
Laboratories about Coronavirus (COVID-19), accessed.
7. Dales, N. A., et al. (2002), "Substrate-based design of the first class of
angiotensin-converting enzyme-related carboxypeptidase (ACE2)
inhibitors", J Am Chem Soc. 124(40), pp. 11852-3.
8. Dhingra, D. and Sharma, A. (2006), "Antidepressant-like activity of
Glycyrrhiza glabra L. in mouse models of immobility tests", Prog
Neuropsychopharmacol Biol Psychiatry. 30(3), pp. 449-54.
9. Ekins, S., Mestres, J., and Testa, B. (2007), "In silico pharmacology for drug
discovery: methods for virtual ligand screening and profiling", Br J
Pharmacol. 152(1), pp. 9-20.
10. El-Saber Batiha, G., et al. (2020), "Traditional Uses, Bioactive Chemical
Constituents, and Pharmacological and Toxicological Activities of
Glycyrrhiza glabra L. (Fabaceae)", Biomolecules. 10(3).
11. Guan, L., et al. (2019), "ADMET-score - a comprehensive scoring function
for evaluation of chemical drug-likeness", Medchemcomm. 10(1), pp. 148-
157.
12. Hardy, M. E., et al. (2012), "18beta-glycyrrhetinic acid inhibits rotavirus
replication in culture", Virol J. 9, p. 96.
13. Huan, C., et al. (2021), "Research Progress on the Antiviral Activity of
Glycyrrhizin and its Derivatives in Liquorice", Front Pharmacol. 12, p.
680674.
14. Jacobs, J., et al. (2013), "Discovery, synthesis, and structure-based
optimization of a series of N-(tert-butyl)-2-(N-arylamido)-2-(pyridin-3-yl)
acetamides (ML188) as potent noncovalent small molecule inhibitors of the
severe acute respiratory syndrome coronavirus (SARS-CoV) 3CL protease",
J Med Chem. 56(2), pp. 534-46.
15. Jiang, Y., Yin, W., and Xu, H. E. (2021), "RNA-dependent RNA
polymerase: Structure, mechanism, and drug discovery for COVID-19",
Biochem Biophys Res Commun. 538, pp. 47-53.
16. Kadam, S. B., et al. (2021), "SARS-CoV-2, the pandemic coronavirus:
Molecular and structural insights", J Basic Microbiol. 61(3), pp. 180-202.
17. Kageyama, Y., Suzuki, H., and Saruta, T. (1994), "Role of glucocorticoid in
the development of glycyrrhizin-induced hypertension", Clin Exp Hypertens.
16(6), pp. 761-78.
18. Kamei, J., et al. (2003), "Antitussive principles of Glycyrrhizae radix, a main
component of the Kampo preparations Bakumondo-to (Mai-men-dong-
tang)", Eur J Pharmacol. 469(1-3), pp. 159-63.
19. Kar, S. and Leszczynski, J. (2020), "Open access in silico tools to predict the
ADMET profiling of drug candidates", Expert Opin Drug Discov. 15(12),
pp. 1473-1487.
20. Kuang, Y., et al. (2017), "Screening of hepatoprotective compounds from
licorice against carbon tetrachloride and acetaminophen induced HepG2 cells
injury", Phytomedicine. 34, pp. 59-66.
21. Kuroda, M., et al. (2010), "Phenolics from Glycyrrhiza glabra roots and their
PPAR-gamma ligand-binding activity", Bioorg Med Chem. 18(2), pp. 962-
70.
22. Lamb, Y. N. (2020), "Remdesivir: First Approval", Drugs. 80(13), pp. 1355-
1363.
23. Li, Q. and Shah, S. (2017), "Structure-Based Virtual Screening", Methods
Mol Biol. 1558, pp. 111-124.
24. Lim, T. K. (2016), "Glycyrrhiza glabra", Edible Medicinal and Non-
Medicinal Plants, Springer, Dordrecht, pp. 354–457.
25. Lin, J. C., et al. (2008), "Inhibitory effects of some derivatives of
glycyrrhizic acid against Epstein-Barr virus infection: structure-activity
relationships", Antiviral Res. 79(1), pp. 6-11.
26. Lipinski, C. A., et al. (2001), "Experimental and computational approaches
to estimate solubility and permeability in drug discovery and development
settings", Adv Drug Deliv Rev. 46(1-3), pp. 3-26.
27. Long, D. R., et al. (2013), "18beta-Glycyrrhetinic acid inhibits methicillin-
resistant Staphylococcus aureus survival and attenuates virulence gene
expression", Antimicrob Agents Chemother. 57(1), pp. 241-7.
28. Mathuria, J. P., Yadav, R., and Rajkumar (2020), "Laboratory diagnosis of
SARS-CoV-2 - A review of current methods", J Infect Public Health. 13(7),
pp. 901-905.
29. Meng, X. Y., et al. (2011), "Molecular docking: a powerful approach for
structure-based drug discovery", Curr Comput Aided Drug Des. 7(2), pp.
146-57.
30. Morris, G. M. and Lim-Wilby, M. (2008), "Molecular docking", Methods
Mol Biol. 443, pp. 365-82.
31. Munir Ozturk, Khalid Rehman Hakeem Editors (2019), "Phytochemical
Constituents and Pharmacological Effects of Licorice: A Review", Plant and
Human Health, Volume 3, Springer, Dordrecht, pp. 1-21.
32. Naqvi, A. A. T., et al. (2020), "Insights into SARS-CoV-2 genome, structure,
evolution, pathogenesis and therapies: Structural genomics approach",
Biochim Biophys Acta Mol Basis Dis. 1866(10), p. 165878.
33. National Institutes of Health (2021), Coronavirus Disease 2019 (COVID-19)
Treatment Guidelines, accessed 31/10/2022, from
https://www.covid19treatmentguidelines.nih.gov/.
34. Oyama, K., et al. (2016), "Antibacterial Effects of Glycyrrhetinic Acid and
Its Derivatives on Staphylococcus aureus", PLoS One. 11(11), p. e0165831.
35. Pastorino, G., et al. (2018), "Liquorice (Glycyrrhiza glabra): A
phytochemical and pharmacological review", Phytother Res. 32(12), pp.
2323-2339.
36. Patwardhan, Bhushan, et al. (2020), "Ayurveda rasayana in prophylaxis of
COVID-19". 118(8), pp. 1158-60.
37. Qiu, Z. K., et al. (2021), "A network pharmacology study with molecular
docking to investigate the possibility of licorice against posttraumatic stress
disorder", Metab Brain Dis. 36(7), pp. 1763-1777.
38. Sanada, M., et al. (2016), "4',6-dimethoxyisoflavone-7-O-beta-D-
glucopyranoside (wistin) is a peroxisome proliferator-activated receptor
gamma (PPARgamma) agonist that stimulates adipocyte differentiation",
Anim Sci J. 87(11), pp. 1347-1351.
39. Scialo, F., et al. (2020), "ACE2: The Major Cell Entry Receptor for SARS-
CoV-2", Lung. 198(6), pp. 867-877.
40. Sharma, Varsha, Katiyar, Akshay, and Agrawal, RC %J Sweeteners (2018),
"Glycyrrhiza glabra: chemistry and pharmacological activity", p. 87.
41. Shi, X., et al. (2020), "Glycyrrhetinic acid alleviates hepatic inflammation
injury in viral hepatitis disease via a HMGB1-TLR4 signaling pathway", Int
Immunopharmacol. 84, p. 106578.
42. Suzuki, M., et al. (2018), "4',6-Dimethoxyisoflavone-7-O-beta-D-
glucopyranoside (wistin) is a peroxisome proliferator-activated receptor
alpha (PPARalpha) agonist in mouse hepatocytes", Mol Cell Biochem.
446(1-2), pp. 35-41.
43. Towler, P., et al. (2004), "ACE2 X-ray structures reveal a large hinge-
bending motion important for inhibitor binding and catalysis", J Biol Chem.
279(17), pp. 17996-8007.
44. U.S. Food and Drug Administration (2020), FDA Approves First Treatment
for COVID-19, accessed 27/10/2021.
45. U.S. Food and Drug Administration (2021), COVID-19 Vaccines, accessed-
27/10/2021.
46. U.S. Food and Drug Administration (2021), FDA Authorizes Monoclonal
Antibodies for Treatment of COVID-19, accessed 31/10/2021, from
https://www.fda.gov/.
47. Ullrich, S. and Nitsche, C. (2020), "The SARS-CoV-2 main protease as drug
target", Bioorg Med Chem Lett. 30(17), p. 127377.
48. Vaya, J., Belinky, P. A., and Aviram, M. (1997), "Antioxidant constituents
from licorice roots: isolation, structure elucidation and antioxidative capacity
toward LDL oxidation", Free Radic Biol Med. 23(2), pp. 302-13.
49. World Health Organization (2021), COVID-19 vaccines, accessed
30/10/2021, from https://www.who.int/.
50. World Health Organization (2021), COVID-19: symptoms and severity,
accessed 2/11/2021 from https://www.who.int/.
51. Xiu, S., et al. (2020), "Inhibitors of SARS-CoV-2 Entry: Current and Future
Opportunities", J Med Chem. 63(21), pp. 12256-12274.
52. Yin, W., et al. (2020), "Structural basis for inhibition of the RNA-dependent
RNA polymerase from SARS-CoV-2 by remdesivir", Science. 368(6498),
pp. 1499-1504.
53. Zaidman, D., et al. (2021), "An automatic pipeline for the design of
irreversible derivatives identifies a potent SARS-CoV-2 M(pro) inhibitor",
Cell Chem Biol. 28(12), pp. 1795-1806 e5.
54. Asl, M. N. and Hosseinzadeh, H. (2008), "Review of pharmacological effects
of Glycyrrhiza sp. and its bioactive compounds", Phytother Res. 22(6), pp.
709-24.
55. Azam, F. (2021), "Elucidation of Teicoplanin Interactions with Drug Targets
Related to COVID-19", Antibiotics (Basel). 10(7).
56. Behera, S. K., et al. (2021), "Drug repurposing for identification of potential
inhibitors against SARS-CoV-2 spike receptor-binding domain: An in silico
approach", Indian J Med Res. 153(1 & 2), pp. 132-143.
57. Biondi, D. M., Rocco, C., and Ruberto, G. (2005), "Dihydrostilbene
derivatives from Glycyrrhiza glabra leaves", J Nat Prod. 68(7), pp. 1099-
102.
58. Celik, I., Erol, M., and Duzgun, Z. (2022), "In silico evaluation of potential
inhibitory activity of remdesivir, favipiravir, ribavirin and galidesivir active
forms on SARS-CoV-2 RNA polymerase", Mol Divers. 26(1), pp. 279-292.
59. Chikhale, R. V., et al. (2021), "Sars-cov-2 host entry and replication
inhibitors from Indian ginseng: an in-silico approach", J Biomol Struct Dyn.
39(12), pp. 4510-4521.
60. Cinatl, J., et al. (2003), "Glycyrrhizin, an active component of liquorice
roots, and replication of SARS-associated coronavirus", Lancet. 361(9374),
pp. 2045-6.
61. Dar, Ayaz Mahmood and Mir, Shafia %J J Anal Bioanal Tech (2017),
"Molecular docking: approaches, types, applications and basic challenges".
8(2), pp. 1-3.
62. Diomede, L., et al. (2021), "Can Antiviral Activity of Licorice Help Fight
COVID-19 Infection?", Biomolecules. 11(6).
63. Harrison, A. G., Lin, T., and Wang, P. (2020), "Mechanisms of SARS-CoV-
2 Transmission and Pathogenesis", Trends Immunol. 41(12), pp. 1100-1115.
64. Joshi, T., et al. (2020), "In silico screening of natural compounds against
COVID-19 by targeting Mpro and ACE2 using molecular docking", Eur Rev
Med Pharmacol Sci. 24(8), pp. 4529-4536.
65. Li, F., et al. (2020), "Review of Constituents and Biological Activities of
Triterpene Saponins from Glycyrrhizae Radix et Rhizoma and Its
Solubilization Characteristics", Molecules. 25(17).
66. Li, W., Asada, Y., and Yoshikawa, T. (2000), "Flavonoid constituents from
Glycyrrhiza glabra hairy root cultures", Phytochemistry. 55(5), pp. 447-56.
67. Pires, D. E., Blundell, T. L., and Ascher, D. B. (2015), "pkCSM: Predicting
Small-Molecule Pharmacokinetic and Toxicity Properties Using Graph-
Based Signatures", J Med Chem. 58(9), pp. 4066-72.
68. Tumskiy, R. S. and Tumskaia, A. V. (2021), "Multistep rational molecular
design and combined docking for discovery of novel classes of inhibitors of
SARS-CoV-2 main protease 3CLpro", Chem Phys Lett. 780, p. 138894.
69. Wang, M. Y., et al. (2020), "SARS-CoV-2: Structure, Biology, and
Structure-Based Therapeutics Development", Front Cell Infect Microbiol.
10, p. 587269.
 PHỤ LỤC
Phụ lục 1. Cấu trúc của 58 hợp chất có trong cây Cam thảo được sử dụng nghiên
cứu trong bài.
STT Pubchem Tên hợp chất Cấu trúc hóa học
ID

1 73398 18α-Glycyrrhetinic
acid

2 9897771 18β-Glycyrrhetinic
acid

3 195343 Apioglycyrrhizin
4 195342 Araboglycyrrhizin

5 14982 Axit glycyrrhizic

6 5318267 Calycosin 7-O-

Glucoside

7 6442675 Echinatin

8 14604077 Gancaonin L
9 480774 Glabrene

10 124052 Glabridin

11 11427657 Glabrocoumarin

12 10542808 Glabrocoumarone
A
13 11596309 Glabrol

14 5317652 Glabrone

15 5317756 Glycycoumarin

16 15742118 Glycyrdione A

17 480787 Glycyrin
18 480799 Glyinflanin B

19 15233562 Glyinflanin H

20 442774 Hispaglabridin A

21 15228661 Hispaglabridin B
22 3084995 Isoschaftoside

23 15098566 Isotachioside

24 15380912 Kanzonol W

25 10046166 Kanzonol X
26 10001604 Kanzonol Y

27 12069327 Licoagroaurone

28 5318989 Licoagrochalcone
B

29 5318990 Licoagrochalcone
C

30 5318991 Licoagrochalcone
D
31 637141 Licoagrodin

32 73357140 Licoagroside A

33 22297602 Licoagroside B

34 9840805 Licochalcone C

35 5319001 Licofuranocoumari
n
36 122851 Licopyranocoumari
n

37 12990122 Licorice Saponin

2 B2

38 452864 Licoricesaponin C2

39 14891565 Licoricesaponin
G2

40 12889143 Licorice Saponin

H2

41 73157182 Licoricesaponin
K2

42 12223131 Macedenosin A
7
43 9862769 Morachalcone A

44 442813 Ononin

45 5319664 4'-O-
Methylglabridin

46 15228662 3'-Hydroxy-4'-O-
metylglabridin

47 44257246 Afrormosin 7-O- (6

'' -
malonylglucoside)
48 12973791 Dihydro-3,5,3'-
7 trihydroxy-4'-
methoxystilbene

49 12973791 Dihydro-3,5-
9 dihydroxy-4'-
acetoxy-5'-
isopentenylstilbene

50 10336244 Shinpterocarpin
51 11962143 Tachioside

52 5281426 Umbelliferone

53 163744 Uralsaponin B

54 128229 Uralsaponin A

55 86278364 Uralsaponin V
56 442664 Vicenin-2

57 10095770 Wistin

58 14769500 Xambioona