Питання до курсу «Основи обчислювальної структурної біології»

1. Поняття поверхні потенційної енергії.

Поверхня потенціальної енергії — теоретична модель, яка часто використовується
у квантовій механиці у рамках наближення Борна-Оппенгеймера для моделювання простих
хімічних перетворень (реакцій). Зміна енергії в результаті перетворення зображається у
вигляді поверхні у багатовимірному просторі. При цьому один вимір використовується для
власне відображення потенціальної енергії, а решта вимірів — для опису змін координат
частинок, що реагують між собою. Найбільш ймовірний механізм реакції здійснюється як
пересування по найнижчому шляху на поверхні потенціальної енергії.

Наближення Борна — Оппенгеймера — варіація адіабатичного наближення рівняння

Шредінгера в квантовій механіці, метод аналізу молекулярних систем, що полягає в тому, що в
системі виділяють і окремо описують ядра атомів і електрони, для яких характерні часи зміни
стану сильно розрізняються.
Маса ядра значно перевищує масу електрона, внаслідок чого швидкість руху ядер мала по
відношенню до швидкості руху електронів. В результаті цього ядра
утворюють електростатичне поле, в якому з набагато більшою швидкістю рухаються
електрони, які встигають миттєво підлаштуватися до будь-якої зміни координат ядер. Тому в
наближенні вважають ядра фіксованими і розглядають тільки рух електронів. Мовою квантової
механіки це еквівалентно допущенню, що повна хвильова функція молекули може бути
виражена у вигляді твору електронної та ядерної функцій:

де  — координати електронів, а  — ядер. Наближення Борна-Оппенгеймера є істотним

для квантової хімії. У цьому наближенні повна енергія молекули є сумою електронної енергії,
обчисленої при фіксованій конфігурації ядер, і коливально-обертальної енергії ядер:
2. Квантово-механічні розрахунки, алгоритм оптимізації молекул у
програмному пакеті GAUSSIAN.
Повна оптимізація геометрії молекули є пошук мінімуму повної енергії
за всіма геометричними параметрами. У молекулі, що складається з N
атомів і не має симетрії, число параметрів дорівнює 3N-6 (3N ступенів
свободи мінус трансляції та обертання молекули, як цілого, навколо
трьох осей). У двоатомній та лінійній молекулах число параметрів
дорівнює 3N-5, тому що обертання молекули проводиться по двох
осях. У симетричних молекулах число незалежних параметрів може
бути значно меншим, але не перевищує 3N-6. Це число незалежних
параметрів визначає розмірність простору, де будується поверхню
потенційної енергії. Для вивчення структури та реакційної здатності
велике значення мають стаціонарні точки потенційної поверхні, у яких
перші похідні за енергіями звертаються до нуля.

Тип стаціонарної точки (мінімум, максимум, сідлова точка)

визначається за допомогою других похідних. Діагоналізація матриці
других похідних дає частоти нормальних коливань, знаки яких
визначають тип стаціонарної точки. Якщо частоти всіх нормальних
коливань позитивні, то особлива точка мінімум. Якщо одне зі своїх
значень негативне, то маємо справу з сідловою точкою.

У процесі оптимізації геометрії програма здійснює аналітичне

обчислення сил на атомах (перші похідні енергії за координатами або
градієнтами). Величина градієнта визначає крок зміни відповідної
координати, а знак – напрямок. Сукупність градієнтів характеризує
напрямок (вектор) спуску, відповідно до якого програма визначає нову
геометрію молекули, що відповідає нижчому значенню повної енергії.
Потім весь цикл обчислень повторюється для кожної нової геометрії,
доки сили на атомах і зміни геометричних параметрів і повної енергії
не стануть близькими до нуля.
 Для геометричної оптимізації у рядку специфікації задачі (Route)
пишуть ключове слово Opt. Є три способи оптимізації геометрії:

З використанням декартових координат (Opt=Cartesian)?;

З використанням змінних Z-матриці (Opt=Z-Matrix);

З використанням внутрішніх координат (Opt=Redundant,

використовується за замовчуванням)?
Основними причинами того, що завдання не зійшлося можуть бути:

Невдало задана вихідна геометрія та завдання звалюється не в той

мінімум або взагалі розходиться;

Мінімум енергії дуже пологий – завдання сходиться повільно;

Завдання зациклилося і стрибає між декількома еквівалентними

станами.

Для усунення помилки можуть бути корисними такі рекомендації:

Виправити вихідну геометрію;

Продовжити оптимізацію з отриманої геометрії та при цьому

збільшити кількість кроків оптимізації;

Вибрати інший алгоритм пошуку мінімуму енергії (Opt=EF),

розпочавши розрахунок із положення з мінімальною енергією.
3. Коливальний спектр багатоатомної молекули.
Вібронна спектроскопія — вивчення переходів у молекулах, у
яких коливальні та електронні стани змінюються водночас. У
газовій фазі вібронні переходи супроводжуються також зміною
обертального стану. Вібронні спектри двоатомних молекул
добре вивчені[1]. Спектри випромінювання складніші, ніж спектри
поглинання. Інтенсивності дозволених вібронних переходів
підкоряються принципу Франка-Кондона. Вібронна спектроскопія
може дати інформацію про, наприклад, довжини зв'язків,
електронні збудження стабільних молекул. Її також
застосовували для вивчення нестабільних молекул на
зразок дикарбону C2, у газових розрядах, полум'ї та небесних
об'єктах.
Для багатоатомних молекул серії часто спостерігаються, коли
зміни довжини зв'язку при електромагнінтому збудженні
збігаються зі змінами, що притаманні ″повністю симетричним″
коливанням[18]. Процес аналогічний тому, що відбувається в
резонансній раман-спектроскопії. Наприклад у метаналі
(формальдегіді), H2CO, n → π* перехід означає збудження
електрона з байдужої до утворення зв'язків орбіталі на
антизв'язану пі-орбіталь, що ослабляє і видовжує C-O зв'язок. Це
дає довгу серію коливань з розтягом C-O зв'язку[19][20]. Молекула
бензолу C6H6 дає ще один приклад. Як у газовій, так і рідкій фазі,
смуга 250 нм має серію, що відповідає симетричним дихальним
коливанням[21].
Приклад із неорганічної хімії: іон перманганату Mn4- у водному
розчині має інтенсивний фіолетовий колір завдяки смузі з
переносом заряду ліганд-метал O → Mn, яка займає більшу
частину видимого діапазону[22]. Ця смуга має структуру завдяки
коливанням з розтягом зв'язку Mn-O [23]. Індивідуальні лінії
прекриваються, утворюється широка полоса із деякою
структурою.
Можуть спостерігатися серії, що відповідають не повністю
симетричним коливанням[24].
d-d переходи в атомах, що розміщенні в центральносиметричній
позиції, заборонені в дипольному наближенні правилом Лапорта.
Це стосується октраедничних координаційних сполук перехідних
металів. Спектри багатьох таких комплексів мають почасти
вібронний характер[25]. Те ж правило стосується f-f переходів у
центросиметричних комплексах лантаноїдів та актинідів. У
випадку октаедричного актинідногго хлор-комплексу урану(IV)
 UCl62−, електронний спектр повністю вібронний. При температурі
рідкого гелію, 4K, окремі лінії в спектрі вдалося повністю
розділити, чисто електронний перехід має нульову інтенсивність,
а три сателіти відповідають асиметричним коливанням зв'язку U-
Cl, дві - асиметричним модам зі згинанням Cl-U-Cl[26]. Пізніші
дослідження того ж аніона змогли також пояснити вібронний
перехід з низькочастотними коливаннями ґратки[27].
4. Квантово-механічні розрахунки коливальних частот у
програмному пакеті GAUSSIAN.
freq

Ключове слово цього типу обчислення обчислює силові константи та

результуючу частоту коливань. Також розраховується інтенсивність. За
замовчуванням, силові константи визначаються аналітично, якщо це
можливо (для AM1, PM3, PM3MM, PM6, PDDG, RHF, UHF, MP2, CIS, всіх
методів DFT і CASSCF), шляхом єдиного числового диференціювання для
методів, для яких є лише перші похідні доступні (MP3, MP4(SDQ), CID,
CISD, CCD, CCSD, BD і QCISD), а також за допомогою подвійного
числового диференціювання для тих методів, для яких доступні лише
енергії.

Коливальні частоти обчислюються шляхом визначення другої похідної

енергії відносно декартових ядерних координат, а потім перетворення на
зважені по масі координати. Це перетворення діє тільки в стаціонарній точці!  Таким
чином, для методу, який використовується для визначення частоти ,
немає сенсу обчислювати частоти в будь-якій геометрії, крім стаціонарної
точки.

Наприклад, обчислення частот 6-311G(d) з оптимізованою геометрією 6-

31G(d) дає безглузді результати. Також некоректно обчислювати частоти для
корельованого методу з використанням замороженого ядра в структурі,
оптимізованій для всіх електронів, корельованих, або
навпаки. Рекомендована практика — обчислювати частоти після
попередньої оптимізації геометрії, використовуючи той самий метод. Це
може бути досягнуто автоматично, вказавши Opt і Freq в розділі маршруту
для завдання.

Зауважте також, що метод CPHF (coupled perturbed SCF), який

використовується для визначення аналітичних частот, не має фізичного
значення, якщо існує хвильова функція з нижчою енергією тієї ж кратності
спіну. Використовуйте ключове слово Stable, щоб перевірити стабільність
хвильових функцій Хартрі-Фока та DFT.
 ЗМІНИ РОЗРАХУНУ ЧАСТИ

Додаткові пов’язані властивості також можуть бути обчислені під час

розрахунків частоти, включаючи наступне:

 Коли частоти виконуються аналітично, поляризаційність також

обчислюється автоматично; коли потрібне числове диференціювання (або
запитується з Freq=Numer ), поляризаційність має бути явно запитана за
допомогою ключового слова Polar (наприклад, CCSD Freq Polar ).
 Опція VCD може використовуватися для обчислення інтенсивності
вібраційного кругового дихроїзму (VCD) на додаток до нормального
частотного аналізу на рівнях Хартрі-Фока та DFT [ Cheeseman96a ] .
 Опція ROA обчислює аналітичну інтенсивність раманівської оптичної
активності [ Helgaker94 , Dukor00 , Ruud02a , Barron04 , Thorvaldsen08 , Cheeseman09 ] .
 Інтенсивність передрезонансного раманівського розрахунку можна
обчислити, вказавши один з параметрів раманівського розповсюдження, а
також включивши CPHF=RdFreq в маршрут і вказавши бажану частоту у
вхідному файлі (див. приклади для додаткової інформації).
 Частотно-залежні поляризуючі та гіперполяризуючі можуть бути
обчислені шляхом включення CPHF=RdFreq в маршрут (з урахуванням
їх звичайних обмежень доступності).
 Коливально-обертальна муфта може бути обчислена з допомогою Freq =
VibRot [ Califano76 , Miller80 , Papousek82 , Clabo88 , Page88 , Adamo90 , Miller90 , Page90 , Barone03 ] . Чисель
не диференціювання також може бути виконана уздовж режимів для
обчислення енергій нульових, ангармонічного
частоти [ Califano76 , Miller80 , Papousek82 , Clabo88 , Page88 , Miller90 , Page90 , Barone04 ,Barone05 ] і
ангармонічного муфти колебательно-
обертальніякщо ангармонічного також
визначені [ Adamo90 , Barone94 , Minichino94 , Barone95 , Barone03 ] . Ця опція доступна лише
для методів з аналітичними другими похідними: Hartree-Fock, DFT, CIS і
MP2.
 Існує кілька варіантів виконання аналізу електронного збудження за
допомогою методів Франка-Кондона та/або Герцберга-Теллера (див.
нижче).

Ключове слово Opt=CalcAll вимагає, щоб аналітичні другі похідні

виконувались у кожній точці оптимізації геометрії. Після завершення
запитаної оптимізації вся інформація, необхідна для частотного аналізу,
стане доступною. Тому виконується частотний аналіз, а результати
розрахунку архівуються як частотне завдання.

5. Термодинамічні характеристики. Розрахунок термодинамічних

поправок у програмному пакеті GAUSSIAN.
Для того, щоб Gaussian розрахував всю термохімію, достатньо
вказати параметр freq у вхідному файлі.
 При цьому додатково до електронної енергії будуть розраховані
такі параметри як енергія нульових коливань ZPE, ентропія та
термічні поправки до енергії. З цих чисел нескладно отримати
енергію Гіббса та ентальпію, які теж з'являються у результатах.

За замовчуванням розрахунок йде для температури 298.15

Кельвінів, зі стандартними масами атомів як суміші канонічних
ізотопів.

В результаті серед інших параметрів ми отримаємо висновок

потрібних нам параметрів:
Zero-point correction= 0.139798
(Hartree/Particle)

Thermal correction to Energy= 0.149467

Thermal correction to Enthalpy= 0.150412

Thermal correction to Gibbs Free Energy= 0.105081

Sum of electronic and zero-point Energies= -493.527050

Sum of electronic and thermal Energies= -493.517380

Sum of electronic and thermal Enthalpies= -493.516436

Sum of electronic and thermal Free Energies= -493.561767

Важливо не забувати що ВСІ 8 значень енергії включають ZPE

(навіть сам ZPE!). Бувало е що часом я враховував ZPE двічі.
Термічна поправка (Et) енергії складається з складових частин,
зазначених у наступній таблиці. Ентальпія з енергії виходить
нехитро: H = E + kT. Енергія Гіббса складається з ентальпії та
ентропії: G = H - TS.

Наступні чотири рядки, що відповідають за суми, виходять із

попередніх шляхом додавання електронної енергії до всіх знайдених
значень та поправок. У цьому прикладі електронна енергія дорівнює
 -493.666847632 хартрі.

Трохи нижче можна побачити докладні дані щодо теплоємності та

ентропії. Чомусь все в безглуздих калоріях:

E (Thermal) CV S

KCal/Mol Cal/Mol-Kelvin Cal/Mol-Kelvin

Total 93.792 35.443 95.406

Electronic 0.000 0.000 0.000

Translational 0.889 2.981 40.722

Rotational 0.889 2.981 29.441

Vibrational 92.015 29.482 25.243

Чисельне значення ентропії можна взяти лише звідси.

Щоб не ворушити кожен вихідний файл у пошуках хартрі та

калорій, можна використовувати Quantum Wizard

6. Перехідний стан.
Перехідний стан — проміжний стан у ході хімічної реакції, при якому атоми приймають
певну конфігурацію вздовж координати реакції. Іншими словами, перехідний стан — це
стан хімічної системи проміжний між вихідними речовинами (реагентами) та
продуктами реакції.

Перехідний стан добре ілюструє активований комплекс — ансамбль атомiв, структура якого
вiдповiдає на поверхнi потенцiальної енергiї реакцiї безконечно малій ділянці на самiй
сiдловині, де нові зв'язки вже частково утворились, а відповідні старі — частково розірвались.
Перехідний стан відповідає найвищій енергії вздовж даної координати реакції (хоча і не
обов'язково найвищій енергії на поверхні потенціальної енергії). При цьому приймається
припущення про ідеальну необоротність реакції, при якій система, що прийшла з
конфігурації реагентів у перехідний стан більше не вертається до вихідних речовин, а
перетворюється лише в продукти.[1] Для прикладу нижче показане утворення перехідного стану
під час SN2 реакції бромометану з гідроксид-іоном.

Концепція перехідного стану є важливою в багатьох теоріях швидкості хімічної реакції.

Свій початок ця концепція бере з теорії перехідного стану (що також називається теорією
активованого комплексу), яка вперше була розроблена в 1935 році та призвела до появи
основних концепцій у хімічній кінетиці, що використовуються і дотепер. Зіткнення
між молекулами реагентів можуть як призвести так і не призвести до вдалого
перебігу хімічної реакції. Результат зіткнення залежить від багатьох факторів, таких як
відносна кінетична енергія, відносна орієнтація та внутрішня енергія молекул, що
реагують.
Навіть якщо зіткнення реагентів й призводить до утворення активованого комплексу, це
не обов'язково призводить до утворення продуктів реакції. Навпаки, активований
комплекс може зруйнуватися до вихідних реагентів.

7. Квантово-механічні розрахунки, алгоритм пошуку перехідного

стану у програмному пакеті GAUSSIAN.

Опції QST2 та QST3 використовуються для пошуку перехідних

структур. QST2 вимагає завдання структури вихідних реагентів та
продуктів реакції. QST3 вимагає завдання структури вихідних
реагентів, продуктів реакції та перехідного стану.
 8. Базисні набори. Похибки розрахунків.
Ба́зисний набі́р в теоретичній та обчислювальній хімії — це набір математичних
функцій (називаних базисними функціями), лінійною комбінацією яких конструюється
наближення до молекулярної орбіталі в методах Гартрі—Фока чи функціоналу густини.
Базисні функції можуть являти собою:

 атомні орбіталі, що веде до методу МО ЛКАО та є найпоширенішим вибором

у квантовій хімії. У свою чергу, популярні наближення до атомних орбіталей такі:
o Слейтерівські орбіталі, STO
o Гаусові орбіталі, GTO
 плоскі хвилі, більшою мірою популярні при розрахунках конденсованих фаз,
зокрема, кристалів.
 Валентно розщеплені базисні набори, розроблені свого часу групою Джона Попла,
мають типове позначення X-YZG. Воно означає, що остовні оболонки описані
зконтрактованими X гаусовими, а розщеплена валентна оболонка описана
зконтрактованими Y та Z гаусовими. Звісно, параметризації існують не для всіх можливих
значень X, Y та Z, а для кожного їхнього набору — не для всіх елементів. За такою самою
логікою будується позначення й двічі валентно розщепленого (валентно
триекспоненційного) набору, як-от 6-311G. З метою покращення користувач може додати
поляризаційні функції (спочатку на негідрогенових, потім ще й на гідрогенових атомах;
звичайні позначення * та ** відповідно) та/або дифузні функції (так само окремо,
позначення + та ++). Ось приклади таких позначень (тут важкими названо негідрогенові
атоми):

 3-21G — найменший валентно розщеплений (double-zeta) базисний набір; остов

із 3 гаусіан, дві валентні оболонки з 2 і 1 гаусіани відповідно
 3-21G* — такий самий, із поляризаційними функціями на важких атомах
 3-21G** — такий самий, із поляризаційними функціями на всіх атомах
 6-31G — популярний (double-zeta) базисний набір; остов із 6 гаусіан, дві валентні
оболонки з 3 і 1 гаусіани відповідно
 6-31G** — такий самий, із поляризаційними функціями на всіх атомах; в ньому
було параметризовано популярний функціонал густини B3LYP
 6-31+G* — такий самий, з поляризаційними і дифузними функціями на важких
атомах
 6-31++G** — такий самий, з поляризаційними і дифузними функціями на всіх
атомах
 6-31G(2d,2p) — такий самий, з розщепленими (двохекспоненційними)
поляризаційними функціями на всіх атомах
 6-311G(3df,3pd) — двічі валентно розщеплений (triple-zeta), із двома наборами
поляризаційних функцій на всіх атомах: триекспоненційною d та простою f на
важких і триекспоненційною p та простою d на гідрогенових
Деякі попловські базисні набори параметризовано для сферичних базисних функцій,
більшість — для декартових.
Всі ці набори було розроблено для використання на рівні наближення Гартрі—Фока,
але врахування електронної кореляції (зокрема, за допомогою теорії збурень) покращує
результати. Тим не менше, наразі вони розглядаються як застарілі.

9. Аналіз електронної густини.

Топологічний аналіз розподілу
електронної густини
Аналіз можна уявити як аналіз поверхні якоїсь функції з виявленням та
кількісною характеристикою екстремумів
Електронна щільність - щільність ймовірності виявлення електрона у
цій точці конфігураційного простору.
Для розрахунку шляху проходження реакції (залежність енергії вздовж
шляху реакції) використовується опція IRC. Такий розрахунок
починається в сідловій точці і слід уздовж шляху в обох напрямках із
перехідного стану до оптимізації геометрії молекулярної системи в
кожній точці вздовж шляху. Остаточний розрахунок IRC з'єднує два
мінімуми на поверхні потенційної енергії шляхом, який проходить
 через перехідний стан між ними. Процедура для виконання розрахунків
IRC виконується у наступній послідовності:
• Оптимізація початкової структури переходу (виконується один із
розрахунків TS, QST2, QST3, Path):
• Запуск розрахунку частот для оптимізації структури переходу. Цей
розрахунок необхідно виконати з кількох причин:
• Щоб переконатися, що сідлова точка знайдена правильно;
• визначення нульової енергії для переходу структури;
• Для розрахунку силових констант, необхідних розрахунку IRC.
• Розрахунок IRC (з ключовими словами IRC).
10.Теорія атомів у молекулах: основні типи критичних точок.
11.Теорія атомів у молекулах: молекулярні графи молекул у
рівноважній геометрії.
Молекулярний граф - зв'язний неорієнтований граф, що знаходиться у
взаємно-однозначній відповідності до структурної формули хімічної
сполуки таким чином, що вершинам графа відповідають атоми
молекули, а ребрам графа - хімічні зв'язки між цими атомами. Поняття
 «молекулярний граф» є базовим для комп'ютерної хімії та
хемоінформатики. Як і структурна формула, молекулярний граф є
моделлю молекули, як і будь-яка модель, він відбиває далеко ще не всі
властивості прототипу. На відміну від структурної формули, де завжди
вказується, якого хімічного елементу належить даний атом, вершини
молекулярного графа може бути непоміченими — у разі молекулярний
граф відбиватиме лише структуру, але з склад молекули. Так само
ребра молекулярного графа можуть бути непоміченими - у такому разі
не буде робитися різниця між одинарними та кратними хімічними
зв'язками. У деяких випадках може використовуватися молекулярний
граф, який відображає лише вуглецевий скелет молекули органічної
сполуки. Такий рівень абстрагування зручний обчислювального
рішення широкого кола хімічних завдань.

Природним розширенням молекулярного графа є реакційний граф,

ребра якого відповідають утворенню, розриву та зміни порядку зв'язків
між атомами.
12.Теорія атомів у молекулах: співвідношення Пуанкаре-Хопфа.
 13.Теорія атомів у молекулах: матриця Гессе і її власні значення.
Ранг та сигнатура критичної точки.
Матриця Гесе — квадратна матриця елементами якої є часткові похідні деякої
функції. 

Положения топологической теории, существенные для

рассматриваемых вопросов, следующие. Структура многоэлектронной
системы при ядерной конфигурации R полностью определяется набором и
сортами критических точек ЭП (r,R), точек rc, где градиент ЭП (r,R)
равен нулю. Вторые производные ЭП, вычисленные в этих точках,
составляют действительную симметричную матрицу размером 33
(гессиан). Главные компоненты кривизны ЭП в точке rc (собственные
значения гессиана i) определяют ранг р и признак q критической точки
{p,q}; ранг есть число ненулевых собственных значений, признак-
алгебраическая сумма их знаков. Возможны всего четыре невырожденные
критические точки ЭП: (3, -3), (3, -1), (3, 1), (3, 3).
14. Різниця між молекулярно-динамічними та квантово-механічніми
методами моделювання.

Важливі особливості квантовомеханічної моделі атома:

1) Енергія електронів в атомі квантована (вона може мати лише
певні конкретні значення).
2) Існування квантованих. електронні.енергетичні рівні є прямим
результатом хвилеподібних властивостей електронів і є дозволеними
для хвильових рівнянь Шредінгера,
3) Вся інформація про електрон в атомі міститься в його
орбітальній хвильовій функції .Ψ. а квантова механіка дозволяє
витягти цю інформацію з .Ψ..
4) Шлях електрона ніколи не може бути точно визначений. Тому
ми знаходимо тільки ймовірність електрона в різних точках
простору, навколо атома.
5) Імовірність знаходження електрона в точці всередині атома
 пропорційна квадрату орбітальної хвильової функції, тобто |Ψ|2 в цій
точці. |Ψ|2 відома як щільність ймовірності і завжди є додатною. За
значенням |Ψ|2 в різних точках атома можна передбачити область
навколо ядра, де найімовірніше буде знайдений електрон.
15. Основні фізичні закони на яких ґрунтується молекулярна
динаміка.
Метод молекулярної динаміки (метод МД) - метод, у якому
тимчасова еволюція системи взаємодіючих атомів або частинок
відстежується інтегруванням їх рівнянь руху.
Для опису руху атомів чи частинок застосовується класична
механіка. Закон руху частинок знаходять з допомогою аналітичної
механіки.
Сили міжатомної взаємодії можна у формі класичних потенційних
сил (як градієнт потенційної енергії системи).
Точне знання траєкторій руху частинок системи на великих
проміжках часу не є необхідним отримання результатів
макроскопічного (термодинамічного) характеру.
Набори конфігурацій, одержувані в ході розрахунків методом
молекулярної динаміки, розподілені відповідно до деякої
статистичної функції розподілу, наприклад відповідає
мікроканонічного розподілу.

16.Основні фізичні закони на яких ґрунтуються квантово-механічні

розрахунки у GAUSSIAN.
https://spravochnick.ru/fizika/kvantovaya_mehanika/
zakony_kvantovoy_mehaniki/
Основываясь на фундаментальных законах квантовой механики

1) Енергія електронів в атомі квантована (вона може мати лише

певні конкретні значення).
2) Існування квантованих. електронні.енергетичні рівні є прямим
результатом хвилеподібних властивостей електронів і є дозволеними
для хвильових рівнянь Шредінгера,
3) Вся інформація про електрон в атомі міститься в його
орбітальній хвильовій функції .Ψ. а квантова механіка дозволяє
витягти цю інформацію з .Ψ..
4) Шлях електрона ніколи не може бути точно визначений. Тому
ми знаходимо тільки ймовірність електрона в різних точках
простору, навколо атома.
5) Імовірність знаходження електрона в точці всередині атома
пропорційна квадрату орбітальної хвильової функції, тобто |Ψ|2 в цій
точці. |Ψ|2 відома як щільність ймовірності і завжди є додатною. За
значенням |Ψ|2 в різних точках атома можна передбачити область
навколо ядра, де найімовірніше буде знайдений електрон.
Для опису хімічної системи також необхідний облік множини
фізичних явищ: руху електронів у полі ядер, взаємодії електронів
між собою, релятивістське збільшення маси електронів за рахунок
прискорення поблизу
ядра, квантові ефекти невизначеності положення та імпульсу,
спінові та інші
ефекти. Оскільки одночасний облік цих явищ неможливий,
використовують
ієрархію математичних моделей, які враховують найбільш прості
та важливі
ефекти. Однією з найпоширеніших моделей ізольованої молекули
є нерелятивістське стаціонарне багатоелектронне рівняння
Шредінгера в
наближенні Борна-Опенгеймера:
 Квантово-хімічною моделлю називається спосіб отримання
електронної енергії
молекули та її хвильової функції (матриці щільності), що не
залежить від розміру
системи та молекулярної структури та визначається:
1. Математичною моделлю явища.
2. Теоретичною процедурою розв'язання рівнянь, що відповідають
моделі.
3. Базисом атомних орбіталей.
17. Гібридні квантово-механічні та молекулярно-динамічні методи.

https://postnauka.ru/faq/44655
18. Координати реакції. IRC.
Для розрахунку шляху проходження реакції (залежність енергії
вздовж шляху реакції) використовується опція IRC. Такий
розрахунок починається в сідловій точці і слід уздовж шляху в обох
напрямках із перехідного стану до оптимізації геометрії
молекулярної системи в кожній точці вздовж шляху. Остаточний
розрахунок IRC з'єднує два мінімуми на поверхні потенційної енергії
шляхом, який проходить через перехідний стан між ними. Процедура
для виконання розрахунків IRC виконується у наступній
послідовності:
• Оптимізація початкової структури переходу (виконується один із
розрахунків TS, QST2, QST3, Path):
 • Запуск розрахунку частот для оптимізації структури переходу. Цей
розрахунок необхідно виконати з кількох причин:
• Щоб переконатися, що сідлова точка знайдена правильно;
• визначення нульової енергії для переходу структури;
• Для розрахунку силових констант, необхідних розрахунку IRC.
• Розрахунок IRC (з ключовими словами IRC).
У процесі виконання розрахунку для використання результатів
оптимізації (перший крок) використовуються для запису
%Chk=FileName, і Guess=Read, Geom=AllCheck для читання цих
результатів. IRC розрахунок може використовуватись спільно з
опціями:
Phase = (N1, N2 [, N3 [, N4]]);
Forward слідування по шляху у прямому напрямку;
Reverse слідування по шляху у зворотному напрямку;
MaxPoints=N кількість точок, що розраховуються, уздовж шляху
реакції. Типово N=10;
StepSize=N Розмір кроку в одиницях 0.01 Бор. Типово 10.
%Chk=formp
#T RHF/6-31G(d) Opt=(Path=20,OptReactant,OptProduct) Freq Test

HOCH trans
0,1
O
C,1,AB
H,1,BH6,2,ABH6
H,2,AH0,1,BAH0,3,180.
Variables:
AB=1.29994
AH0=1.09897
BH6=0.95075
BAH0=103.00645
ABH6=109.43666

HCOH cis
0,1
O
C,1,RCO
H,1,RHO,2,HOC
H,2,RCH,1,HCO,3,0.,0
Variables:
RCO=1.29846
RHO=0.95346
RCH=1.10653
HOC=116.13396
HCO=107.08311

TS guess
0 1
O
C,1,R2
H,1,R3,2,A3
H,2,R4,1,A4,3,D4
Variables:
R2=1.3
R3=1.1
R4=0.95
A3=120.
A4=120.1
D4=90.

--Link1--
%Chk=formp
%NoSave
#T RHF/6-31G(d) IRC(RCFC) Guess=Read Geom=AllCheck Test

19. Загальний принцип побудови вхідного файлу для GAUSSIAN.

Утворений вхідний файл, що містить завдання для розрахунку за
допомогою програми GAUSSIAN, має певну структуру, що
складається з ключових слів та порядку їх розташування. На рис.6
наведено приклад такого завдання для розрахунку оптимізації і
частот коливань молекули C2H2

Перші два рядки генеруються при запуску програми і вказують на

кількість оперативної пам'яті, необхідної для розрахунку та кількість
задіяних процесорів. Знак % означає, що це записи після нього не
виконуваними, а інформаційними. Третій рядок містить назву файлу,
що автоматично створюється, з результатами поточних розрахунків
(checkpoint file).
Символи #, #T, #р на початку командного рядка характеризують
різний ступінь обсягу результатів розрахунку на друк. У разі вся
розрахункова інформація видається на друк.
Ключове слово opt вказує, що буде оптимізація геометрії
молекули. Оскільки не вказується специфікація процедури
оптимізації, пошук оптимальної геометрії буде проводитися за
замовчуванням за допомогою процедури BERNY.
freq=noraman вказує на розрахунок частот коливань без
розрахунку інтенсивностей раманівського спектру.
Ключове слово rb3lyp означає, що розрахунок проводитиметься
методом теорії функціоналу щільності з використанням
трипараметричного функціоналу Becke та враховуючи кореляцію
електронів методом Lee, Yang, Parr.
Ключове слово 6-311G вказує використовуваний базис, що
характеризується описом орбіталей кістяка шістьма примітивними
гаусовими функціями, трьома та однією функцією для валентних s-
та р-орбіталей та однією функцією для d-орбіталей, які виконують
роль дифузних функцій.
Наступний набір ключових слів розділений порожнім рядком
після якого йде рядок із заголовком розрахунку, де вказується
зазвичай назва молекули та інша інформація, необхідна для
ідентифікації конкретного розрахунку.
Після порожнього рядка вказується заряд charge та multiplicity
молекули. Мультиплетність точно відповідає мультиплетності
електронного стану: 1-синглет, 2-дублет, 3-триплет тощо.
Далі йде Z-матриця молекули, в якій крім довжин зв'язків також
можуть бути вказані значення кутів між зв'язками. Будь-який набір
 літер може бути певними символами змінних. Якщо будь-які змінні
залишаються постійними у процесі оптимізації, то Z-матриці
наводяться їх чисельні значення. Наприкінці завдання геометрії
наводиться порожній рядок.
Залежно від розрахункового завдання зміст вхідного файлу може
мати різний зміст, у якому змінюються ключові слова мети, методів
розрахунку, кількості інформації, що виводиться і т.д. У кожному
конкретному випадку необхідно користуватися інструкцією для
користувачів GAUSSIAN (Gaussian User's Guide).
20.Теорія атомів у молекулах: водневий зв’язок.
Водне́вий зв'язо́к — різновид хімічного зв'язку, що реалізується за донорно-
акцепторним механізмом між двома ковалентно зв'язаними атомами з великим
значенням електронегативності (О, N, F, а також P[1]) за посередництвом атома
Гідрогену Н.

Водневий зв'язок є прикладом трицентрового чотириелектронного зв'язку.

Прослідковується певна аналогія між водневим та ковалентним зв'язком. Зокрема,
водневий зв'язок є направленим та насичуваним, що вказує на його резонансну природу
(на противагу електростатичній природі йонного зв'язку). Висувається припущення, що йон
H+ завдяки своїм унікальним властивостям (він фактично є єдиною частинкою —
протоном) виступає аналогом електронної пари в класичному ковалентному зв'язку, тільки
з протилежним знаком.
За величиною енергії він на порядок слабший за ковалентний зв'язок. Наприклад, у
рідкій воді енергія розриву водневого зв'язку становить 23 кДж/моль, для порівняння
енергія розриву ковалентного O—H зв'язку — 470 кДж/моль[2].
Розрізняють міжмолекулярний та внутрішньомолекулярний водневі зв'язки. Часто їх
розглядають як частковий випадок координаційного зв'язку, де акцептором електронної
пари виступає протонізований значною мірою атом H, що зв'язується з
електронегативними атомами N, P, O, S, Hal, відомі також інші водневі зв'язки. Наприклад,
C—H…C=C, N—H…N, P—H…P, O—H…O, S—H…S, Hal—H…Hal (галоген). Енергія
дисоціації таких зв'язків змінюється в широких межах CH…O чи OH…C=C (2—20 кДж
моль−1), OH…O (20—40 кДж моль−1), йонний водневий зв'язок(40—190 кДж моль−1).
Типовими довжинами таких зв'язків є: NH…O 1,80 до 2,00 A, OH…O дещо коротший (1,60
до 1,80 A).
В останні роки, крім класичного водневого зв'язку, виділяють слабкий водневий
зв'язок, сильний водневий зв'язок та симетричний водневий зв'язок.
Встановлено, що найсильнішим є лінійний водневий зв'язок — атом H та обидва
акцепторні атоми знаходяться на одній лінії.
Із встановленням наявності водневого зв'язку в структурі речовини пов'язані певні
труднощі, оскільки атом водню важко локалізувати за допомогою
стандартного рентгеноструктурного аналізу через його надзвичайно малу відносну масу.
Існує кілька критеріїв встановлення водневого зв'язку:

1. структурний (за скороченими відстанями між електронегативними атомами та

характерними валентними кутами);
 2. спектроскопічний (за низькочастотним зсувом та уширенням смуг поглинання
в ІЧ спектрах, що відповідають зв'язкам E-H; за уширенням піків в 1H ЯМР
спектрах).

1.Техніки гомологічного порівняльного моделювання.

Гомологічне моделювання, по-перше, базується на знаходженні одного або декількох
відомих структур білків (структур-зразків), первинна структура яких схожа на структуру
студійованого білка, по-друге – на створенні процедури групування (alignment), яка зіставляє
залишки амінокислотної послідовності студійованого білка із залишками у структурі зразка.
Процедура групування і зразки використовуються потім для створення структурної моделі
студійованого білка. У зв’язку з тим, що білкові структури є більш консервативними ніж
структури ДНК, знайдені подібності у первинній структурі білків, як правило, означають суттєві
 подібності у третинній структурі [2]. Якість гомологічної моделі залежить від якості процедури
групування та від самої структури зразка (ступені її подібності до структури студійованого
білка). Гомологічний підхід може бути ускладнений наявністю, по-перше, інделів (indels –
групувальні шпарини, вставки або пропуски), які представляють собою структурну область, яка
присутня в шуканій структурі і відсутня у структурі зразка, і, по-друге – структурних шпарин у
структурі зразка на тій чи іншій ділянці, які виникають внаслідок низької роздільної здатності
експериментального методу (наприклад, рентгенівської кристалографії). Регіони моделі,
сконструйовані без використання зразку, як правило методом циклічного моделювання, є менш
точними. Помилки у розрахунках структури заступних груп і їх розташування також зростають
із зменшенням ступені ідентичності між студійованою структурою і зразком; є припущення, що
різні види конфігурацій цих угрупувань – основна причина низької якості моделі при низьких
ступенях ідентичності конфігурацій [3]
Процедура гомологічного моделювання може бути розбита на чотири етапи: вибір
структури-зразка, групування шуканої структури до структури зразка, побудова моделі та оцінка
її якості [2].
Вибір структури-зразка, процедура групування. Перший вирішальний крок у гомологічному
моделюванні – це знаходження найкращої структуризразка, якщо взагалі така доступна.
Найпростіший спосіб ідентифікації структури-зразка базується на попарних групуваннях
послідовності амінокислот первинної структури студійованого та структур потенційних зразків.
Пошукові методи FASTA, BLAST, та інші, серед яких одночасне групування декількох структур
(наприклад, PSI-BLAST), метод розпізнавання згорток білків (protein threading), тут дуже корисні
[4–7]. окальне та глобальне групування. Обчислювальні підходи до вирівнювання
послідовностей, як правило, поділяють на дві категорії: глобальні та локальні. Розрахунок
глобального вирівнювання – це різновид глобальної оптимізації, яка «змушує» групування
розповсюджуватись на всю довжину послідовності (амінокислот первинної структури). Напроти,
локальні групування виявляють схожі регіони всередині довгих послідовностей, які часто
несхожі загалом. Локальні групування дають завжди більш якісну картину, але можуть бути
більш складними з точки зору розрахунків через необхідність розв’язувати додаткову задачу із
виявлення схожих регіонів Глобальні вирівнювання, які прагнуть знайти пару кожному залишку
в кожній послідовності, найбільш продуктивні, коли послідовності в наборі схожі одна на одну і
приблизно однакової довжини. Типовим прикладом глобального вирівнювання є алгоритм
Нідлмана – Вунча (Needleman – Wunsch), який базується на динамічному програмуванні [8].
Локальні вирівнювання найбільш підходять для несхожих у цілому послідовностей, які, як
очікується, мають схожі регіони. Прикладом методу локального групування може слугувати
алгоритм Сміта – Вотермана (Smith – Waterman) і також базується на динамічному
програмуванні [9]. У випадку достатньо схожих послідовностей немає принципової різниці між
локальним та глобальним вирівнюваннями. Гібридні методи, також відомі як напівглобальні,
намагаються знайти найкраще можливе вирівнювання, що включає у себе початок і кінець однієї
чи іншої послідовності.

3. Оцінка якості моделей білків. Структура та компоненти оціночних

функцій.
 Для оцінки і порівняння теоретичних структурних моделей використовуються
інструменти перевірки якості структури, провідним з яких є MolProbity. 
Оцінка якості отриманих моделей. Перевірка відповідності моделі полягає у виявленні відсутності
якихось неприпустимих значень структурних параметрів (довжин ковалентних зв'язків, двогранних
та торсійних кутів та ін.) [56—61]. Повний аналіз зручно виконувати на серверах, призначених для
цього: PROCHECK, Verify3D, WHAT_CHECK, EVA, Prove та ін.
Вибір функції підрахунку ступені подібності двох послідовностей (біологічних чи статистичних) є
дуже важливим для побудови якісних вирівнювань. Білкові послідовності часто вирівнюються за
допомогою підстановочних матриць, які відображають ймовірності даних «символ-до-сиволу»
замін. Ряд матриць PAM (Point Accepted Mutation matrices – матриці точкових мутацій, уперше
визначені Маргаретою Дейхоф; інколи їх називають матрицями «Дейхов») явно кодують
еволюційні апроксимації щодо частот та ймовірностей мутацій окремих амінокислот [15]. Інший
розповсюджений клас матриць підрахунку, відомий як BLOSUM (Blocks Substitution Matrix –
матриця заміни блоків), кодує ймовірності заміни, отримані емпірично. Варіації обох видів матриць
використовуються для знаходження послідовностей з різним рівнем невідповідності, таким чином,
даючи можливість користувачам BLAST або FASTA обмежити пошуки до більш близьких степеней
відповідності або навпаки розширити пошук для знаходження більш далеких за схожістю
послідовностей [16]. Дуже корисним може бути використання декількох матриць для одного
вирівнювання. Порівнюючи результати, можна визначити регіони, в яких знайдене рішення є
неточним або не єдиним – це регіони де вирівнювання дуже відрізняються в залежності від
використаних матриць оцінки та їх параметрів.

4. Передбачення структури білків методом протягування та методом

конформаційного пошуку.
конформаційний пошук
Методи, що виробляють конформаційний пошук, як правило,
використовують енергетичну функцію, за допомогою якої
характеризують кожну конформацію для фрагмента, що моделюється,
відбираючи найбільш енергетично вигідні варіанти. Для обмеження
простору можливого пошуку використовують або фіксовані зміни для
кутів ср та |/ (наприклад, 15°) (рис. 3.40), або обмежують можливі пари
значень цих кутів на основі карток Рамачандрану, або генерують кути
(р та |/ на основі статистики розподілу їх у структурах PDB
Альтернативні підходи використовують не випадковий перебір
конформацій, а спрямований пошук з елементами молекулярної
динаміки.
Спочатку методи, що оперують бібліотеками фрагментів,
використовували як обмеження для вибору відповідної конформації
координати і орієнтацію в просторі залишків, що оточують область, що
підлягає моделюванню, а також кількість залишків в фрагменті, що
моделюється. Поступово, зі збільшенням кількості просторових
структур в PDB (база даних білкових структур, див. параграф 4.2),
почали розвиватися методи, що використовують класи схожих
петлевих фрагментів (структурних мотивів), враховуючи при
моделюванні подібність послідовностей моделюваного фрагмента та
інформації з бібліотеки структур.
Отже, передбачаючи структуру білка, що не має видимої гомології з
вже розшифрованими білками, можна спробувати взяти, одну за
іншою, всі просторові структури з Банку, накласти (можливо, з
деякими випетлювання, див. Рис.19-12) ланцюг цього білка на кожну з
них, і подивитися, яка з цих просторових структур дасть – для нашого
ланцюга – найбільший енергетичний виграш. При цьому ми повинні
дозволяти ланцюги то йти по скелету структури, то випетлювати або
"скорочувати" наявні в скелеті випетлювання — якщо це збільшує
енергетичний виграш. Такий підхід називають "методом протягування"
(threading method). Він був запропонований нами з Б.А.Ревою
1990 р. і — незалежно, у простішому і зручнішому варіанті — Д.
Айзенбергом та його групою у 1991 р. м. Зараз метод протягування
став дуже популярним методом розпізнавання структур "нових" білків
за їх
аналогії зі "старими".
Загалом робота з протягування нагадує пошук гомології, - тільки
цього разу "вирівнюються"
не дві первинні структури, "нова" та "стара", а "нова" первинна
структура зі "старим" білковим скелетом.
Молекулярний докінг – це метод молекулярного моделювання, метою якого є пошук та
передбачення найбільш вірогідного та достовірного розташування та конформації молекул, що
формують комплекс з білком, по відношенню до молекул протеїну для утворення нових стійких
 сполук.

5. Поверхня потенційної енергії.

Поверхня потенціальної енергії — теоретична модель, яка часто використовується
у квантовій механиці у рамках наближення Борна-Оппенгеймера для моделювання простих
хімічних перетворень (реакцій). Зміна енергії в результаті перетворення зображається у
вигляді поверхні у багатовимірному просторі. При цьому один вимір використовується для
власне відображення потенціальної енергії, а решта вимірів — для опису змін координат
частинок, що реагують між собою. Найбільш ймовірний механізм реакції здійснюється як
пересування по найнижчому шляху на поверхні потенціальної енергії.

6. Наближення Борна-Опенгеймера.

7. Молекулярна і квантова механіка.

Молекулярна механіка — метод розрахунку геометрії та енергетичних характеристик
молекулярних частинок з використанням емпіричних потенціальних функцій, вид яких
взято з класичної механіки і в яких враховуються вандерваальсові сили та
електростатична взаємодія. Застосовується для розрахунків геометрії кон-формерів. В
основі метода лежить припущення про транс-ферабельність в границях подібних
молекулярних структур потенціальних функцій, а також таких геометричних параметрів як
довжини зв’язків та валентні кути. Точність розрахунків залежить від параметризації
силового поля. Такі методи є незастосовними у випадку сильної орбітальної взаємодії чи
інших електронних ефектів.
Молекулярна механіка використовує класичну
механіку для моделювання молекулярних систем. Потенціальна енергія всіх систем у
рамках молекулярної механіки розраховується з використанням силових полів.
Молекулярну механіку можна використовувати для вивчення як малих молекул, так і
великих біологічних систем чи молекулярних агрегатів, що складаються з тисяч та, навіть,
мільйонів атомів.
Методи молекулярної механіки приймають такі припущення:

 кожен атом симулюється як одна окрема частинка;

 кожній частинці присвоюється радіус (зазвичай радіус Ван дер
Ваальса), поляризовність та незмінний заряд (загалом виведений з квантово-
хімічних розрахунків та (або) експерименту)
 зв'язуючі взаємодії розглядаються як "пружини" із рівноважною довжиною рівною
експериментальній чи розрахованій довжині хімічного зв'язку.
Можливі різні варіації цієї схеми. Так, багато моделювань використовують концепцію
так званого "об'єднаного атома", тобто різні групи, такі як вуглеводневі
радикали (наприклад, метил) та метиленова група розглядаються як одна частинка. Більше
того, великі білкові системи зазвичай моделюються використовуючи "намистову" модель, у
якій амінокислоти моделюються двома–чотирма частинками.
Ква́нтова меха́ніка — основоположна фізична теорія, що в описі мікроскопічних
об'єктів розширює, уточнює і поєднує результати класичної механіки і класичної
електродинаміки. Ця теорія є основою для багатьох напрямів фізики та хімії і
охоплює фізику твердого тіла, квантову хімію та фізику елементарних частинок. Термін
«квантова» (від лат. quantum — «скільки») пов'язаний з дискретними порціями, які теорія
надає певним фізичним величинам, наприклад, енергії електромагнітної хвилі.
Квантова механіка (QM; також відома як квантова фізика, квантова теорія, хвильова
механіка або матрична механіка) охоплює теорію квантових полів, і є основоположною
теорією фізики, яка описує природу на найменших масштабах атомів і субатомних
частинок.
Класична фізика, яка існувала до формулювання теорії відносності та квантової
механіки, описує природу на звичайному (макроскопічному) рівні. Більшість теорій
класичної фізики можна одержати з квантової механіки як наближення, котре діє в великих
(макроскопічних) масштабах. Квантова механіка відрізняється від класичної фізики тим,
що енергія, імпульс, імпульс кута та інші величини пов'язаної системи, обмежуються
дискретними значеннями.
Механіка — наука, що описує рух тіл і відповідні фізичні величини, такі як енергія
або імпульс. Розвиток класичної механіки призвів до значних успіхів у розумінні
навколишнього світу, однак вона має свої обмеження. Квантова механіка дає точніші й
правдивіші результати для багатьох явищ. Це стосується як явищ мікроскопічного
масштабу (тут класична механіка не може пояснити навіть існування стабільного атома),
так і деяких макроскопічних явищ, таких як надпровідність, надплинність або
випромінювання абсолютно чорного тіла. Уже впродовж століття існування квантової
механіки її передбачення ніколи не були заперечені експериментом. Квантова механіка
пояснює принаймні три типи явищ, яких класична механіка та класична електродинаміка
не може описати:

1. квантування деяких фізичних величин;

2. існування хвильових властивостей у частинок та корпускулярних
властивостей у випромінювання, тобто корпускулярно-хвильовий дуалізм;
3. існування змішаних квантових станів.

8. Потенціали, що застосовуються в молекулярно-механічних

розрахунках.
В молекулярной динамике межатомные силы вычисляются как
градиент функции потенциальной энергии V, которая зависит от
координат атомов:
 Fi =−∇ V ( r 1 , ... , r N )
.
(2.1)

Поэтому задача моделирования свойств вещества может быть

переформулирована как задача определения потенциальной функции
V(r 1 ,..., rN) для этого вещества.

2.3. Потенциал жёстких сфер

В данной главе рассматриваются полуэмпирические межатомные

потенциалы взаимодействия. Отвлекаясь от природы межатомных сил,
мы рассматриваем только характерные особенности потенциалов
взаимодействия. При решении задач, требующих знания потенциалов
межатомного взаимодействия, широко используются простые модельные
потенциалы с параметрами, которые находятся из эксперимента. Простая
форма потенциала облегчает аналитическое решение задачи. При этом
вид потенциала, как правило, основывается на теоретических
представлениях о наиболее важных силовых вкладах для
рассматриваемого типа взаимодействий. В данной главе мы рассмотрим
наиболее часто применяемые парные потенциалы.
Простейшей моделью атома является жесткая сфера.
Соответственно потенциальная функция для этой модели записывается
в виде [1]

u(r)=¿ {∞ , r<σ,¿¿¿¿
(2.8)

где σ - радиус сферы. Графический вид потенциала (2.8) показан на

рис.2.1 (а).

u u u

а r r
0 0
r -
-u
 a) b) в)

Рис. 2.1. Потенциалы жёстких сфер.

Потенциал жёстких сфер широко используется в тех задачах, где

необходимо только качественное исследование. Так при изучении
механизма образования каскадов смещений атомов, при облучении
твердых тел высокоэнергетическими частицами, применение потенциала
(2.8) позволяет оценить по порядку величины количество смещений
атомов, а также их энергетическое распределение. Несмотря на свою
идеализацию, потенциал (2.8) оказался очень полезен и при
исследовании жидкого состояния. Часто к потенциалу жёстких сфер
добавляется часть, связанная с притяжением. В наиболее простой форме
это прямоугольная яма глубиной -ε и шириной σ (а — 1) (рис. 2.1, б):

u(r)=¿{∞,r<σ,¿{−ε, σ≤r≤aσ,¿ ¿
(2.9)

Преимуществом потенциала (2.9) по сравнению с (2.8) является

наличие двух параметров: а и σ, что увеличивает его гибкость при
подгонке под экспериментальные данные. Другим потенциалом, более
реалистично сочетающим модель жёстких сфер с притяжением,
является так называемый потенциал Сюзерленда (рис. 2.1, в)

u(r)=¿ {∞ , r<σ,¿¿¿¿
(2.10)

где ε - глубина потенциальной ямы на расстоянии r = σ.

2.4. Потенциал Леннарда – Джонса

Наиболее общая математическая форма этого потенциала имеет

вид [1]
 λn λm
u( r )= n
−
r rm
(2.11)

Данный потенциал был предложен Леннардом- Джонсом первоначально

для исследования термодинамических свойств инертных газов, в частности
вириальных коэффициентов [2]. В дальнейшем он широко применялся к
исследованию различных систем. Наиболее часто использовался так
называемый потенциал (12-6), записанный в виде

12 6
u(r )=4 ε⋅[(σ /r ) −(σ /r ) ] ,
(2.12)

где ε - глубина потенциальной ямы, σ — значение r, при котором

u(r )=0 (рис. 2.2).
Точка минимума потенциала отвечает значению координаты r0= 2 1/6σ.
Член, описывающий притяжение, отвечает дисперсионному диполь-
дипольному взаимодействию. Отталкивание также аппроксимируется
степенной функцией. Выбор степени 12 обусловлен математическим
удобством. Крутизна потенциала в области отталкивания определяется
значением производной в точке, где потенциал принимает нулевое значение,
т.е. при r=σ . Для потенциала Леннарда-Джонса значение производной в
этой точке определяется выражением

du(r)
| =−24⋅(ε/σ ).
dr r=σ (2.13)

Вид потенциала (2.12) показан на рис.2.2.

 5

2
u/ε
1

0
0.8 1.0 1.2 1.4 1.6 1.8 2.0 2.2 2.4
-1

-2
r/σ
Рис. 2.2. Межатомный потенциал Леннарда - Джонса.

Потенциал Леннарда-Джонса из-за большего математического удобства

широко применялся в расчетах вириальных коэффициентов,
коэффициентов переноса и во многих других задачах. Степень в первом
слагаемом в выражении (2.12) варьируется в разных задачах в пределах
от п = 12 до п=25.

2.5. Потенциал Морзе

Этот потенциал был предложен Морзе [3] для расчета колебательных

энергетических уровней двухатомных молекул. Морзе полностью
отказался от степенной зависимости в потенциале, так как она не давала
экспериментально наблюдаемую последовательность энергетических
уровней. Потенциал Морзе состоит из двух экспонент

−2α ( r−r ) − α(r−r )

u(r )=ε⋅[ e 0
−2e 0
] .
(2.14)

Потенциал Морзе (2.14) содержит три параметра: α, ε, и r0. Используя

спектроскопические данные, Морзе подобрал параметры потенциала для
большого числа различных молекул.
Значение координаты r при которой потенциал Морзе равен нулю
определяется выражением

σ =r 0 −ln (2 )/α .
 (2.15)

Используя соотношение (2.15) для параметра σ, аналитическое

выражение для потенциала Морзе можно записать в виде

−2 α ( r−σ ) −α ( r−σ )
u(r )=4 ε⋅[ e −e ].
(2.16)

Первая производная в точке r= σ для потенциала Морзе определяется

выражением

du(r)
|r=σ =−4 εα .
dr
(2.18)

Сравнивая выражение (2.18) с выражением (2.13) можно получить связь

параметра α с параметром σ для потенциала Ленарда – Джонса

α =6 / σ . (2.19)

Графический вид потенциала Морзе (2.16) показан на рисунке 2.3.

2
u/ε

0
0.8 1.0 1.2 1.4 1.6 1.8 2.0 2.2
-1

-2
r/σ
Рис. 2.3. Межатомный потенциал Морзе.
 Дальнодействующая часть потенциала Морзе хуже согласуется с
опытными данными, так как в этой области расстояний обратная степенная
зависимость работает лучше экспоненциальной. При г = 0 потенциал Морзе
имеет конечное значение, что также не согласуется с опытом. Тем не менее,
потенциал Морзе вполне удовлетворительно описывает колебательные
энергетические уровни молекул, поскольку для них важна область
расстояний в окрестности минимума.
Потенциал Морзе нашел применение не только в молекулярной
спектроскопии, но и в расчетах кинетических характеристик газов, и
особенно в исследованиях различных кристаллических свойств твердых
тел. Последнее связано с тем, что исследуемые кристаллические свойства
наиболее чувствительны к той области расстояний, где потенциал Морзе
удовлетворительно описывает реальные межатомные взаимодействия.

2.6. Потенциал Букингема

Модельный потенциал, предложенный в 1938г. Букингемом [4],

включает в себя члены с притяжением за счет дисперсионного диполь-
дипольного взаимодействия (~r-6) и диполь-квадрупольного (~r-8). Член с
отталкиванием аппроксимируется экспонентой

λ1 λ2
u( r )= Ae−B r − 6
−
r r8 .
(2.20)

По сравнению с потенциалом Леннарда-Джонса эта форма потенциала

более сложна для математической обработки в связи с наличием
одновременно экспоненциальной и степенной зависимостей, в то же
время она более реалистична физически. Потенциал (2.20) содержит 4
параметра.
Вместо выражения (2.20) часто используют так называемый
модифицированный потенциал Букингема (ехр -6)

u(r )=
ε 6
1−6 /α α{ }
exp[ α(1−r/r 0 )]−( r 0 /r )6 ,

(2.21)

где ε - глубина потенциальной ямы, r 0 — значение координаты при

которой реализуется минимум потенциала.
 Параметр α характеризует крутизну экспоненциального отталкивания.
Этот потенциал получил широкое применение, и он является основным в
методе атом-атомных потенциалов, когда потенциал межмолекулярного
взаимодействия аппроксимируется суммой атом-атомных
взаимодействий.
Недостатком межатомного потенциала Букингема является
нефизическое поведение при малых r . Потенциал имеет ложный
максимум и при r →0 обращается в −∞ . Поскольку r min очень мало, то
простейшим путем, который позволяет ликвидировать этот
недостаток, является введение при r≤r min потенциала жестких сфер. В
большом количестве задач вся область определения потенциала при малых
r несущественна. В таких случаях удобно пользоваться простым
потенциалом (ехр-6). Можно отметить, что отсутствие в выражении (2.21)
−8
члена ~ r , учитывающего диполь-квадрупольное взаимодействие, легко
может быть компенсировано небольшим изменением параметра α.

9. Основні квантово-механічні методи.

В основі сучасної квантової хімії лежить рівняння Шредінгера для
стаціонарних станів. Зазвичай використовують адіабатичне
наближення (наближення Борна-Оппенгеймера), згідно з яким ядра
нерухомі і можна вирішувати рівняння тільки для руху електронів.
Однак навіть у цьому випадку точно вирішити рівняння Шредінгера
можна лише для одноелектронних систем. Тому в квантовохімічних
розрахунках використовують різні наближені методи, найбільш
поширеним є метод самоузгодженого поля (ССП) або метод Хартрі-
Фока.
Один из широко используемых методов последовательных
приближений – метод Хартри-Фока. Он базируется на довольно
естественном приближении, что каждый электрон перемещается в
потенциале, созданном ядром и средним потенциалом всех других
электронов атома. Это приводит к модели независимой частицы, которая
позволяет перейти от многоэлектронной проблемы к проблеме решения
множества взаимосвязанных одноэлектронных уравнений.
Одноэлектронные уравнения вычисляются, пока выбранный
уровень точности не достигнут. Хартри сделал первое вычисление,
основанное на этих идеях, вручную в 1928. Приближение Хартри-Фока -
быстрый и надежный метод для расчета атомных систем, но это - только
первое приближение.
Еще одним приближением является приближение Слейтера при
решении уравнений Хартри-Фока. Начнем рассмотрение с формализма
Хартри, представляя многоэлектронный гамильтониан для атомной
системы как сумму одноэлектронных гамильтонианов:

(1)

где N - число электронов в системе. Каждый электрон независимо

взаимодействует с атомным ядром и для него можно получить решение
независимо от других электронов. Для потенциальной энергии
гамильтониана, берется приближение Борна-Оппенгеймера, когда
игнорируется межъядерные взаимодействия, которые предполагаются
постоянными. Это предположение обосновывается тем, что ядра
совершают медленные колебания в узловых точках, в то время как
электронная подсистема распределена по всей молекуле или кристаллу.
В самой простой форме, можно также предполагать, что электроны
также невзаимодействуют. В этом случае строится гамильтониан Happrox.
без учета электрон-электронного взаимодействия и точная волновая
функция будет иметь вид:

(2)

где индексы 1, 2, 3..., N определяют, в каком квантовом состоянии

находятся одноэлектронные волновые функции. Любая перестановка
одноэлектронных функций, которые можно назвать спин-орбиталями,
будет также приводить к волновым функциям для Happrox..

10.Теорія перехідних станів. Методи пошуку сідлових точок.

Перехідний стан — проміжний стан у ході хімічної реакції, при
якому атоми приймають певну конфігурацію вздовж координати реакції. Іншими словами,
перехідний стан — це стан хімічної системи проміжний між вихідними речовинами
(реагентами) та продуктами реакції.

Перехідний стан добре ілюструє активований комплекс — ансамбль атомiв, структура

якого вiдповiдає на поверхнi потенцiальної енергiї реакцiї безконечно малій ділянці на
самiй сiдловині, де нові зв'язки вже частково утворились, а відповідні старі — частково
розірвались.
Перехідний стан відповідає найвищій енергії вздовж даної координати реакції (хоча і не
обов'язково найвищій енергії на поверхні потенціальної енергії). При цьому приймається
припущення про ідеальну необоротність реакції, при якій система, що прийшла з
конфігурації реагентів у перехідний стан більше не вертається до вихідних речовин, а
перетворюється лише в продукти.[1] Для прикладу нижче показане утворення перехідного
стану під час SN2 реакції бромометану з гідроксид-іоном.

Концепція перехідного стану є важливою в багатьох теоріях швидкості хімічної

реакції. Свій початок ця концепція бере з теорії перехідного стану (що також
називається теорією активованого комплексу), яка вперше була розроблена в 1935 році
та призвела до появи основних концепцій у хімічній кінетиці, що використовуються і
дотепер. Зіткнення між молекулами реагентів можуть як призвести так і не призвести до
вдалого перебігу хімічної реакції. Результат зіткнення залежить від багатьох факторів,
таких як відносна кінетична енергія, відносна орієнтація та внутрішня енергія молекул,
що реагують.
Навіть якщо зіткнення реагентів й призводить до утворення активованого комплексу, це
не обов'язково призводить до утворення продуктів реакції. Навпаки, активований
 комплекс може зруйнуватися до вихідних реагентів.
Тип стаціонарної точки (мінімум, максимум, сідлова точка)
визначається за допомогою других похідних. Діагоналізація матриці
других похідних дає частоти нормальних коливань, знаки яких
визначають тип стаціонарної точки. Якщо частоти всіх нормальних
коливань позитивні, то особлива точка мінімум. Якщо одне зі своїх
значень негативне, то маємо справу з сідловою точкою.
Це в gaussian
11.Білкові домени. Методи визначення доменної архітектури білків.
Білковий домен — елемент третинної структури білків (або «надвторинної», бо є
проміжним станом між вторинною структурою та повною структурою білка), що є
достатньо стабільною і незалежною підструктурою, тобто може самостійно
функціонувати, еволюціонувати і чиє згортання часто проходить незалежно від решти
частин білка.[1] Багато доменів зустрічаються в дуже великій різноманітності
еволюційно пов'язаних білків, що можуть належати до різних функціональних родин
білків. Достатньо часто їм надають окремі назви, оскільки їхня присутність
безпосередньо впливає на біологічні функції, що виконує білок. Домени мають довжину
від приблизно 25-40 амінокислот до 500 амінокислот. Найкоротші домени, такі як
«цинкові пальці» стабілізуються іонами металу або дисульфідними містками. Домени
часто мають окрему функціональність, наприклад, Ca2+-зв'язуючий
домен кальмодуліну або чотири домени глобіну, з яких складений гемоглобін. Оскільки
домени бувають достатньо консервативні і стабільні, з допомогою генної
інженерії можна «пришити» до одного з білків домен, що належав іншому (створивши
таким чином химерний білок). До складу домену зазвичай входить кілька основних
елементів вторинної структури.

Інструмент дослідження простої модульної архітектури (SMART) є

біологічною базою даних, яка використовується для ідентифікації та
аналізу білкових доменів у білкових послідовностях. SMART
використовує моделі Маркова із прихованим профілем, побудовані на
основі множинних зіставлень послідовностей, для виявлення білкових
доменів у білкових послідовностях. Останній випуск SMART містить
1204 моделі предметної області. Дані з SMART були використані при
створенні колекції Conserved Domain Database, а також
розповсюджуються як частина бази даних InterPro. База даних
 знаходиться в Європейській лабораторії молекулярної біології в
Гейдельберзі.
12.Функціональні рухи в біомолекулах. Координовані рухи в білках.
Доменна рухливість

У відповідь на екстремальні зовнішні впливи in vitro (наприклад, підвищення температури)

глобулярний білок може втратити свою впорядковану структуру − стати денатурованим.
Дослідження цього процесу є дуже важливим для з’ясування механізмів стабілізації
структури білка. Але ще цікавішою є можливість зміни структурної форми за фізіологічних
умов − саме в цьому сенсі будемо далі розуміти конформаційну рухливість білка.

Хоча нативна молекула білка − тверде тіло, вона є досить маленькою. Тобто, на
відміну від макроскопічних твердих тіл, молекула білка знаходиться під дією теплового
руху як частин власної молекули, так і оточуючих молекул. Невеличкі конформаційні
зміни, перш за все зміни кутів обертання основного ланцюга та бокових залишків на
перемичках між елементами вторинної структури, можуть зумовити тимчасових взаємних
зсувів ділянок вторинної структури. Але якщо ці структурні блоки залучені до формування
спільного (і щільного) гідрофобного ядра, взаємодія між ними швидко відновить вихідну
конформацію (у випадку, коли немає додаткових факторів, що можуть порушити баланс
вільної енергії). Ще більша рухливість притаманна мультидоменним і субодиничним
білкам: окремі домени (субглобули) можуть деформуватися і, що більш важливо,
рухатися відносно одинодного. Отже, в основі конформаційної рухливості білка лежить
взаємний зсув великих структурних блоків (субодиниць, доменів або елементів вторинної
структури) за рахунок невеликих локальних деформацій. Іноді відбуваються також
локальні перебудови вторинної структури в різних структурних станах білка − руйнування
або утворення спіралей тощо. Найрадикальнішою структурною зміною є утворення
просторової структури у згаданих неструктурованих білках за умов їхньої взаємодії з
іншими молекулами. Зрозуміло, що структурні перебудови змінюють форму робочої
поверхні молекули, тобто впливають на виконання білком своїх функцій.

Припустимо, що організація білка дозволяє існування двох структурних станів − А і В.

Загалом можливо, що обидва стани не розрізняються за величиною вільної енергії − тоді
половину часу білок проводить в одному стані, другу − в іншому. Але, як правило, вільна
енергія одного зі станів (наприклад, А) є нижчою, тоді конформаційна рівновага зсунута саме
до нього (рис. 17, ліворуч).

Як можна перемкнути цю рівновагу на користь стану В (якщо, наприклад, саме він має
виконувати якусь функцію)? Типовий шлях такого перемикання полягає у використанні певної
сполуки (ліганду).

Як ліганд може виступати органічна низькомолекулярна сполука, іон, інший білок −

залежно від конкретної системи. На рис. 17 показано ситуацію, коли ліганд має спорідненість
саме до форми В і немає такої до форми А. Це означає, що вільна енергія знижується при
зв’язуванні ліганду з формою В, але зростає при зв’язуванні з формою А, тобто зв’язування з
А просто не відбувається. Головним є те,що у присутності ліганду здійснюється зміна
балансу вільної енергії:стан В (точніше, комплекс BL) стає переважним − його вільна енергія
є нижчою, ніж вільна енергія стану А.

13.
 14. Рис. 17. Схема структурних переходів у молекулі білка, опосередкованих лігандом. G −
шкала вільної енергії.

+Результатом такої фіксації одного зі структурних станів за рахунок зв’язування з

лігандом є зміна робочої поверхні білка. При цьому робоча поверхня часто розташована
зовсім в іншому місці відносно ділянки зв’язування ліганду. Ліганд (або його відсутність)
виступає лише сигналом, регулятором, який перемикає структурні, а відповідно, і
функціональні стани. Регуляція такого типу отримала назву алостеричної регуляції (від
άλλος − інший).

17. Молекулярна динаміка. Методи та застосування.

Молекуля́рна дина́міка — комп'ютерне моделювання
руху атомів і молекул у газах, рідинах та твердих тілах.
Молекулярна динаміка поділяється на класичну й квантову. В класичній молекулярній
динаміці взаємодія між атомами задається модельними потенціалами. В рамках квантової
молекулярної динаміки для знаходження сил взаємодії атомів і молекул
розв'язується рівняння Шредінгера для електронів.
Можливості молекулярної динаміки обмежені рівнем обчислювальної техніки. В
класичній молекулярній динаміці можна розглянути еволюцію систем сотень тисяч
частинок до часів порядку кількох наносекунд. Такий проміжок часу дозволяє
прослідкувати за встановленням у системі термодинамічної рівноваги, але недостатній,
наприклад, для розгляду процесів дифузії в твердому тілі.
Молекулярна динаміка передбачає кількісне вивчення руху молекулярних систем по
поверхнях потенціальної енергії, де на відміну від кінематики, яка вивчає тільки
властивості руху, враховується природа діючих сил. Чисельний розрахунок руху атомів у
молекулі, або індивідуальних атомів чи молекул у твердому тілі, рідині чи газі
здійснюється згідно з законами руху Ньютона. Сили, що діють на атоми, розраховуються з
використанням силових полів молекулярної механіки. Результатом розрахунку за методом
молекулярної динаміки є траєкторія. Синонім — динаміка реакцій.
У жовтні 2017 з'явився фреймворк OpenFermion Cirq [en], перша платформа з відкритим
кодом для перекладу проблем хімії та матеріалознавства в квантові схеми. OpenFermion -
це бібліотека для моделювання систем взаємодіючих електронів (ферміонів), що
породжують властивості речовини. До OpenFermion розробникам квантових алгоритмів
потрібно було вивчити значну кількість хімії та написати велику кількість коду, щоб
зламати інші коди, щоб скласти навіть найосновніші квантові симуляції.
 Метод молекулярної динаміки, спочатку розроблений у
теоретичній фізиці, набув великого поширення в хімії та, починаючи
з 1970-х років, у біохімії та біофізиці. Він відіграє важливу роль у
визначенні структури білка та уточненні його властивостей (див.
також кристалографію, ЯМР). Взаємодія між об'єктами може бути
описана силовим полем (класична молекулярна динаміка),
квантовохімічною моделлю або змішаною теорією, що містить два
попередніх елементи (QM/MM (quantum mechanics/molecular
mechanics, QMMM (англ.)).

Найбільш популярними пакетами програмного забезпечення для

моделювання динаміки біологічних молекул є: AMBER, CHARMM (і
комерційна версія CHARMm), GROMACS, GROMOS, LAMMPS,
HOOMD-blue та NAMD.