Dynamic metabolic flux analysis for polyhydroxyalkanoates production by Burkholderia cepacia

Introduction
Petroleum-derived plastics take more than 120 years to degrade, which is generating a major
environmental problem that is reflected throughout the planet, especially in marine life. An alternative to
this problem is Polyhydroxyalkanoates (PHA), biodegradable plastics that only last months in the
environment.
The production costs of these are up to 15 times more expensive than those derived from petroleum,
these depend mainly on the raw material used for their production, which represents 50% of the final
production cost. Therefore, research is focused on the optimization of the fermentation process to
improve the yields and profitability of the bioprocess on an industrial scale.
Among the tools used to increase the knowledge of the intracellular mechanism are these omics
techniques (metabolomics), which aims to identify and quantify all the objectives of a biological system,
achieving an understanding of the biochemical mechanisms that represent the system. The use of these
biological tools facilitates the understanding of the system and its analysis allows proposing improvement
alternatives for the bioprocess.

Taking this into account, we pose the following research problem.

The lack of knowledge of the cellular dynamics of B. cepacia has not made it possible to improve the yields
of the bioprocess and it’s scaling up at an industrial level.
The following research question arises from this problem.
How can the omics data contribute to the characterization of cell dynamics, during the evolution between
the different phases of the culture?
To answer this question, we set ourselves the following objectives.
Objective General
To deduce the dynamic functioning of the metabolic network of Burkholderia cepacia, through dynamic
metabolic flux analysis and information from other omics, to improve PHA production in fed-batch
fermentation.
Objectives Specifics
• To correlate changes in metabolite concentrations with the distribution of metabolic fluxes
through intracellular knowledge obtained by omics techniques.
• Build and validate a dynamic model in order to predict metabolic behavior during fed-batch
fermentation.
• To optimize the PHA production process, using the dynamic model developed.
To achieve these objectives, we will develop the following methodology.
Methodology
• We will take samples at different culture times and the concentrations of metabolites will be
determined by HPLC-MS.
• We will analyze the changes in metabolic concentrations at each instant of the culture.
• Construction of a dynamic model, based on omics data, capable of predicting the metabolic
behavior during batch fermentation.
• Validation of the proposed model through the use of experimental data obtained from
fermentation with the B. cepacia strain.
Mi nombre es Esteban Alarcón Ortiz, estudiante de doctorado en ingeniería química y realizaré la
presentación del avance de mi proyecto de tesis titulado: Análisis dinámico de flujo metabólico para la
producción de polihidroxialcanoatos (PHAs) a partir de Burkholderia cepacia.

Introducción
Los plásticos derivados del petróleo tardan más de 120 años para degradarse, lo que está generando un
gran problema ambiental que se ve reflejado en todo el planeta, en especial en la vida marina. Una
alternativa a este problema son los Polyhydroxyalkanoates (PHA), plásticos biodegradables que solo
tardan meses en el ambiente.
Los costos de producción de estos son hasta 15 veces más caros que los derivados del petróleo, estos
dependen principalmente de la materia prima utilizada para su producción, que representa un 50% del
costo de producción final. Por lo tanto, las investigaciones se centran en la optimización del proceso
fermentativo para mejorar los rendimientos y la rentabilidad del bioproceso a escala industrial.
Entre las herramientas usadas para aumentar el conocimiento del metabolismo intracelular esta las
técnicas ómicas (metabolómica), que tiene como objetivo identificar y cuantificar todos los metabolitos
de un sistema biológico, permitiendo la comprensión de los mecanismos bioquímicos que representan el
sistema. El uso de estas herramientas facilita la comprensión del sistema biológico y su análisis permite
proponer alternativas de mejora para el bioproceso.

Teniendo en cuenta lo dicho planteamos el siguiente problema de investigación

La falta de conocimiento de la dinámica celular de B. cepacia no ha permitido mejorar los rendimientos
del bioproceso y su escalado a nivel industrial.

Para resolver este problema nos hacemos la siguiente pregunta de investigación

Pregunta de investigación
¿Cómo pueden contribuir los datos ómicos a la caracterización de la dinámica celular, durante la evolución
entre las diferentes fases del cultivo?

Para dar solución a esta pregunta nos planteamos los siguientes objetivos
Objetivo general
Deducir el funcionamiento dinámico de la red metabólica de Burkholderia cepacia, mediante análisis de
flujo metabólico dinámico e información de otras ómicas, para mejorar la producción de PHA en
fermentación discontinua.
Objetivos Específicos
• Correlacionar los cambios en las concentraciones de metabolitos con la distribución de los flujos
metabólicos mediante el conocimiento intracelular obtenido mediante técnicas ómicas.
• Construir y validar un modelo dinámico para predecir el comportamiento metabólico durante la
fermentación discontinua.
• Optimizar el proceso de producción de PHA, utilizando el modelo dinámico desarrollado.
Para alcanzar estos objetivos desarrollaremos la siguiente metodología.
Metodología
Tomaremos muestras en diferentes tiempos de cultivo y se determinaran las concentraciones de
metabolitos por HPLC-MS.
Analizaremos los cambios de las concentraciones metabólicas en cada instante del cultivo.
Construcción de un modelo dinámico, con base en los datos ómicos, capaz de predecir el comportamiento
metabólico durante la fermentación discontinua.
Validación del modelo propuesto mediante el uso de datos experimentales obtenidos de la fermentación
con la cepa B. cepacia.
Mai neim is Esteban Alarcón, a doctoral stiudent in quemical ingeniiring and ail present mai thisis project
entairold: Dainemic merabolic flox enaleses for polyhaidroxyalkanoeits production bai Burkholderia
cepacia.

Introduction
Petroleum-dirraivd plastics teik more than wuan jondre tueni yiers to digreid, wuich is genereiring a
maiyor envairomental problem, especially in marin laif. analternetif to this problem is
polyhydroxyalkanoeits (Pi-eicH-ei), baiodigreidabol plastics thar only last a months in the envaironment.

The prodochion kost of this ar ap tu fiftiin taims mor expensif thar plastics petroleum-dirraivd, this dipend
meinlianth roa matirial yuzd for their prodochion, wuich reprizent fifty percent of the fainal prodochion
kost. Derfor, riserches focus on optimaizin the fermenteichon process tu impruf baiomas concentreichon
and profetabiliti on endastrial skeial.

Amon the tuuls yuzed tu inkris the nolech of the intracelliular mekanizm ar this omics tekniks
(merabolomics), wicheims tu aidentifai and cuantifai oll metabolaits of baiological sistems, elaoing di
anderstending of de baiokemical mecanims that represent de sistams. The ius of this tuuls facilitis de
anderstending of the baiological sistams and its enaleses alaus propousing impruvment olternativs for the
baioprocess.

Beis on the abav, wi propous the folowin riserch problem

The lack of nolech of the celliular dainemics of B. cepacia has not meid it posibol tu impruf the yiels of the
baiprocess and its skiling ap aren endastrial levol.

the folowin riserch question arraices from this problem

Jau can the omics dara kontribiut tu the characterization of cell dainemics, during the evolution bituin the
diferent feis of the kolchur.

To answuer this question, wi serarselvz the folowin obyebtis

Tu Deduc the dainemic foncioning of the medabolic network of b. cepacia, trug dainemic metabolic flox
enaleses end informeichon from orer omics, in orer tu impruv pi-eich-ei in fit batch fermenteichon.
• Tu Correleit chinges in metabolait concentreichon with the distribiuchion of merabolic floxes, trug
the intraceillular nolech obtain bai omics tecniks
• Tu Build end valideit a deinemic model in order tu predict merabolic bejevior during fit batch
fermenteichon.
• Tu Optimaiz di pi-eich-ei prodochion process, iusing the dainemic model developd.

Tu achivis the obyebtis, will divelop the folowin methodology

• Wi will teik sempols at different kolchur taims and de concentreichon of matabolaits will bi
determend bai eich pi el ci em es.
• Wi will enalaiz the cheinch in merabolic concentreichon at ich instent of the kolchur.
• Cunstrochion of a deinamic model, beisd on omics dara, keipabol of predecting the merabolic
bejeivior during batch fermenteichon.
• Valideichon of the propousd model tru te yuzd of experimental dara obtain from fermenteichon
with b. cepacia strein.
•
Fainaly, ai present the references yusd.