Dojrzewanie pre-mRNA (hnRNA ang.

heterogeneous nuclear RNA)

• Tworzenie czapeczki na końcu 5’ transkryptu (ang. capping)

• Składanie pre-mRNA (ang. splicing)

• Poliadenylacja końca 3’transkryptu

• Redagowanie (ang. editing)

 Poliadenylacja końca 3’ mRNA eukariotycznego

Składanie kompleksu
poliadenylującego
Białko PABP

Poliadenylacja

Poliadenylowane
mRNA
 Redagowanie mRNA
procesy powodujące zmianę informacji kodowanej
w cząsteczce mRNA

Funkcje redagowania:

- Tworzenie nowych kodonów start lub stop

- Zmiany w kodowanych aminokwasach

- Zmiana położenia miejsc splicingowych

1. Mechanizm konwersji zasad

deaminacja

aminacja Urydyna cytydyna

2. Mechanizm insercji/delecji nukleotydów

Redagowanie transkryptu apolipoproteiny B

http://www.biology-ages.info/R/RNA_Editing.html
 Ekspresja genów –
dojrzewanie pre-rRNA
i pre-tRNA
 Organizacja rDNA u ssaków

NORs – nucleolar organizing regions

Annual Review of Biochemistry (2018) Sharifi S., Bierhoff H.
 Promotor polimerazy I

Inicjacja transkrypcji
przez polimerazę RNA I

UBF

SL1 ( TBP + TAFIs)

Polimeraza RNA I + RRN3

Subcell Biochem(2012) Goodfellow S.J., Zomerdijk J.

TBP – ang. TATA binding protein

TAFs – ang. TBP associated factors
 Dojrzewanie eukariotycznego pre-rRNA

• Cięcia endo- i egzonukleolityczne

• Dodawanie grup metylowych

• Przekształcenie urydyny w pseudourydynę

• Splicing
Dojrzewanie pre-rRNA
u ssaków

Wiley Interdiscip Rev RNA (2015) Henras A. K. et al.

 Metylacja pre-rRNA Pseudourydylacja pre-rRNA

C/D snoRNA (ang.small nucleolar RNA) ACA snoRNA

Ludzki pre-rRNA podlega 106 metylacjom

i 95 pseudourydynylacjom
Splicing pre-rRNA

www.umcs.lublin.pl
 The Nobel Prize in Chemistry 1989

„for discovery of catalytic properties of RNA”

Thomas R. Cech Sidney Altman

www.umcs.lublin.pl
Promotor polimerazy III

Geny dla 5S rRNA

Geny dla tRNA

Gen dla U6-snRNA

 Inicjacja transkrypcji
przez polimerazę RNA III
 Dojrzewanie pre-tRNA

Modyfikacje chemiczne
nukleotydów
Splicing pre-tRNA
 Czynniki transkrypcyjne zbudowane są z kilku domen

Główne domeny czynników

transkrypcyjnych to:
• domena wiążąca DNA
• domena transaktywacyjna,

Dodatkowe domeny
• dimeryzacyjna
• regulatorowa (wiązania hormonu,
fosforylacji)
• sygnał importu/eksportu jądrowego
 Domena typu helisa-skręt-helisa (HTH)

• Pierwsza zidentyfikowana struktura

wiążąca DNA
• dwie α helisy połączone ostrym skrętem,
pierwsza helisa kontaktuje się
ze szkieletem fosforanowym, druga
dokładnie pasuje do rowka większego

Yesudhas, D.et.al; Genes 2017, 8, 192

DNA w miejscu występowania
specyficznej sekwencji

• wysoce konserwowany motyw wiążący DNA występujący w wielu prokariotycznych

i eukariotycznych białkach wiążących DNA (represor laktozowy, regulatory ekspresji genów
w procesie rozwoju)
 Domena typu palec cynkowy

• palec cynkowy – najpowszechniejsza domena

wiązania DNA u Eukariota,
• składa się z β-kartki, za którą następuje
ostry skręt i α-helisa, atom cynku utrzymują
2 Cys i 2 His (Cys2His2) lub 4-6 Cys (Cys4-6)

W niektórych białkach występują wielokrotne

powtórzenia tej domeny

(TFIIIA – dziewięć klasycznych palców cynkowych (Cys2His2),

receptory hormonów steroidowych - (Cys4-6))
 Białko TBP (ang. TATA-binding Protein)

http://www.wiley.com/college/pratt/0471393878/
student/structure/dna_binding_proteins/index.html

• Wiąże sekwencję TATA w promotorach, jest też niezbędne do inicjacji

transkrypcji z promotorów pozbawionych TATA;
• wchodzi w skład TFIID, ale także ogólnych czynników dla pol I i pol III RNA;
• pojedynczy peptyd z częścią środkową w formie zgiętej β-kartki, obejmującej
DNA niczym siodło, z dwiema helisami po bokach „siodła” i na końcach;
• lekko rozkręca helisę DNA i silnie ją zagina eksponując rowek mniejszy, w którym
się wiąże.
 Dostępność miejsc wiązania
czynników transkrypcyjnych
zależy od struktury chromatyny
 Rodzaje chromatyny

Euchromatyna
luźna, aktywna transkrypcyjnie

Heterochromatyna
skondensowana, brak transkrypcji
Mechanizmy regulujące dostęp do genów

Nature (2010) Dulac C.

• Chromatyna aktywna
• Brak metylacji cytozyn
(białe kółka)
• Acetylacja histonów

• Chromatyna skondensowana
• Metylacja cytozyn
(czerwone kółka)
• Deacetylacja histonów
Modyfikacje potranslacyjne ludzkich histonów rdzeniowych

Int. J. Mol. Sci. (2012), Li S.

Remodelowanie chromatyny – modyfikacja lub zmiana
położenia nukleosomów w procesie zależnym od energii z ATP
Transport między jądrem a cytoplazmą

w komórkach eukariotycznych
Model kompleksu poru jądrowego (NPC ang. nuclear pore complex)
 NPC kręgowców zbudowane jest z ok. 30 różnych
białek zw. nukleoporynami, które występują
w 8 lub 16 (czasem nawet 32) kopiach na NPC

Nukleoporyny (nups) dzielimy na:

• FG – zawierają domeny
bogate w powtórzenia Phe-Gly;
zaangażowane są w translokację
receptorów transportu

• nukleoporyny pozbawione
domen FG; stanowią elementy
strukturalne NPC, zakotwiczają
NPC w błonie jądrowej

Nature Reviews Molecular Cell Biology (2007), A. Köhler & E. Hurt

 Transport przez kompleks poru jądrowego

Transport Transport
pasywny aktywny
Transport aktywny:

RNA/białko rozpoznawane i wiązane

z receptorami transportu

Wiązanie kompleksu transportu z NPC

i translokacja przez kanał centralny

Uwolnienie RNA/białka z kompleksu transportu

Karioferyny – pojedyncza rodzina receptorów transportu:

- importyny
- eksportyny

Rozpoznają bezpośrednio lub pośrednio, z udziałem cząsteczek

adaptorowych, krótki peptyd sygnalny na transportowanym białku,
tj. sygnał lokalizacji jądrowej (NLS – ang. nuclear localization signal,
K-K/R-X-K/R)
lub sygnał eksportu jądrowego (NES – ang. nuclear export signal)
Karioferyny mogą też rozpoznawać motywy nukleotydowe na RNA
Aktywność biologiczna karioferyn zależy od kofaktora
- białka Ran należącego do rodziny białek G
wiążących GTP

RanGEF (Ran-GDP-exchange factor)

Jądro: Ran-GDP Ran-GTP

RanGAP (Ran-GTPase-activating protein)

Cytoplazma: Ran-GTP Ran-GDP
Rola białka Ran w imporcie cząsteczek do jądra
Rola białka Ran w eksporcie cząsteczek z jądra
 Szlaki eksportu RNA

Nature Reviews Molecular Cell Biology (2007), A. Köhler & E. Hurt