Genetyka ogólna i molekularna - wykłady

Od 3 października do 21 listopada – dr hab. Michał Kalita

Katedra Genetyki i Mikrobiologii, pokój 231B lub 206a,
tel. 81 537-59-82, michal.kalita@umcs.pl

MS Teams – zespół
”Genetyka ogólna i molekularna – wykłady – Michał Kalita”
Kod: 1s1qzpy

Od 28 listopada – dr hab. Małgorzata Marczak

Zaliczenie wykładów na podstawie frekwencji –

dozwolone są trzy nieobecności w ciągu semestru.
 Genetyka ogólna i molekularna - wykłady
Końcowa ocena z przedmiotu =
20% oceny końcowej z ćwiczeń + 80% oceny z egzaminu

Egzamin – 60 pytań testowych z jedną odpowiedzią prawidłową.

Czas trwania egzaminu – 60 minut.

Punktacja i oceny z egzaminu:

0 – 31 niedostateczny
31 – 36 dostateczny
37 – 42 dostateczny plus
43 – 48 dobry
49 – 54 dobry plus
55 – 60 bardzo dobry
Aktywność na wykładach mile widziana i premiowana – zadawanie
pytań, udzielanie odpowiedzi, komentarze – plusiki pozwalające
podnieść o 1 lub 2 pkt. wynik egzaminu.
 Genetyka ogólna i molekularna - wykłady

Literatura uzupełniająca dostępna w wersji elektronicznej z poziomu BG UMCS.

Od odkrycia nukleiny (1869) do opisania struktury DNA (1953).
1866 – Ernst Haeckel – jądro komórkowe zawiera czynniki odpowiedzialne za
przekazywanie cech dziedzicznych.

1869 – Friedrich Miescher – izolacja DNA (nazwanego przez niego nukleiną) z jąder
komórkowych leukocytów pochodzących z ropy pobranej z bandaży rannych
żołnierzy.

1871 – publikacja wyników Mieschera z opisem procedury izolacji nukleiny.

1884-1885 – jądro komórkowe zawiera podstawowy materiał dziedziczności

1889 – Robert Altman oddzielił białka od nukleiny komórek drożdży; odbiałczony

materiał nazwał kwasem nukleinowym.

1909 – D-ryboza składnikiem kwasów nukleinowych (Phoebus Levene).

Przełom XIX i XX wieku – izolacja guanozyny, adeniny, adenozyny, tyminy, cytozyny,

uracylu (głównie Kossel i Neumann).
 Phoebus Levene
Wprowadził terminologię: nukleotyd, nukleozyd,
polinukleotyd, kwas rybonukleinowy,
kwas deoksyrybonukleinowy

Hipotetyczny wzór tetranukleotydu (1909) Struktura tetranukleotydu DNA (1935)

From Genes to Genomes (2017) McGraw Hill
Frederick Griffith (1928)

From Genes to Genomes (2017) McGraw Hill

Avery, MacLeod, McCArthy (1944)

From Genes to Genomes (2017) McGraw Hill

Alfred Hershey, Martha Chase (1952)

From Genes to Genomes (2017) McGraw Hill

Chromatografia bibułowa. Rozdział mieszaniny zasad azotowych.
Reguły Chargraffa (1949-1952)

A% = T%
G% = C%
A+G=C+T

Głównie dla dwuniciowych cząsteczek DNA (dsDNA).

Rosalind Franklin, Raymond Gosling – 1952
Technika – krystalografia rentgenowska
Zdjęcie – charakterystyczny wzór dyfrakcji rentgenowskiej

Forma B-DNA
CSH Laboratory. DNA Learning Center. Franklin's X-ray diffraction, explanation of X-ray pattern.
https://www.youtube.com/watch?v=dqMYWldfs_k&t=302s Molecular Biology of the Gene (2014) Pearson Education
CSH Laboratory. DNA Learning Center. Franklin's X-ray diffraction, explanation of X-ray pattern.
Podwójna helisa

https://physicsopenlab.org/2019/10/01/double-helix-optical-diffraction-pattern/
An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard University
An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard University
An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard Univ
Molecular Biology (2019) Academic Press
niekompatybilne A i C Molecular Biology of the Gene (2014) Pearson Education
An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard University
Nieregularności w regularnej strukturze DNA

An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard University

W fizjologicznym pH szkielet DNA jest naładowany ujemnie

An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard University

Ujemny ładunek DNA stabilizuje nić, chroniąc ją przed hydrolizą

An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard University

Warstwowe ułożenie zasad azotowych pełni ważną rolę w stabilizacji dwuniciowej helisy

An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard University

Wiązania wodorowe w mniejszym stopniu stabilizują podwójną helisę,
ale są kluczowe dla specyficzności tworzonych par zasad.

An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard University

Wiązania wodorowe promują specyficzność w tworzeniu par zasad

An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard University

Wpływ temperatury na wiązania wodorowe.

Molecular Biology (2019) Academic Press

W podwójnej helisie występują rowki – duży i mały

An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard University

Grupy chemiczne eksponowane w dużym rowku tworzą unikalną sygnaturę danej pary zasad

An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard University

Przykład oddziaływań pojedynczych aminokwasów (argininy i glutaminy)
z zasadami (guaniną i adeniną) w dużym rowku

An Integrated Introduction to Chemistry and Biology (2018) Harvard University

Molecular Biology of the Gene (2014) Pearson Education
From Genes to Genomes (2017) McGraw Hill
Lehninger Principles of Biochemistry (2017) Freeman
Brown, Genomy (2019) PWN
Zmiana konfiguracji przestrzennej nukleotydów wpływa na konformację podwójnej helisy.

Brown, Genomy (2019) PWN

Charakterystyka różnych form dsDNA

puryny – syn i C3’-endo

pirymidyny – anti i C2’-endo

Brown, Genomy (2019) PWN

 Więcej niekanonicznych struktur DNA
Watson-Crick

anti anti anti anti

Hoogsteen

anti
anti

syn syn

https://dx.doi.org/10.1021/acs.accounts.0c00734
Podaj nazwy ponumerowanych struktur w cząsteczce DNA
Na podstawie poniższych wartości procentowego udziału poszczególnych
zasad azotowych ustal, czy badaną cząsteczką jest DNA lub RNA oraz czy
jest to cząsteczka jedno- lub dwuniciowa.

Cząsteczka kwasu
nukleinowego
%A %G %T %C %U
a. 33 17 33 17 0
b. 33 33 17 17 0
c. 26 24 0 24 26
d. 21 40 21 18 0
e. 15 40 0 30 15
Zidentyfikuj błędy w poniższej strukturze
dinukleotydu zawierającego adeninę i tyminę
jako zasady azotowe.