INTRODUCCIÓ A L’ANÀLISI GENÈTICA DEL FENOTIP

COMPONENT GENÈTICA VS AMBIENTAL

100% genètic o ambiental es molt difícil de trobar.

● Fenotip multifactorial → caràcters amb part genètica i part ambiental.

○ hi pot haver diferents graus de implicacions ambientals
■ diferents factors poden fer que es manifesti o no el fenotip
● susceptibilidad de la infecció
● avançament de la malaltia (desenvolupament del sistema
inmune).
● edat, dieta, sexe…

Quan es fa un estudi s’han de tenir en compte tots aquests paràmetres.

MALALTIA MONOGENÉTICA
Enfermetats que es veuen afectades només per un gen.

● fenilcetonuria → individus no poden metabolizar la fenilalanina

○ problemes de desenvolupament per causa de l’emmagatzematge de la
fenilalanina que es toxica.
■ el que transforma la fenilalanina a tirosina per secretar no funciona
● fenilalanina hidroxilasa.
■ Si la fenilalanina mitjançant dieta controlada no arriba als nivells de
toxicitat no es presenta cap problema
● evitar carns, peixos, ous i llet, cereals, llegums…

Aquesta malaltia es monogènica, per detectarla es du a terme la prova del taló → per
trobar malalties congènites (desde el naixement) i necessiten una intervenció ràpida.

TIPUS DE FENOTIPS

Segons la component genètica:

● simples →
○ monogènics = implicat només per un gen
■ tenen un locus al genoma que determina el fenotip
 ● complexes →
○ poligènic → intervé més d’un gen en la seva manifestació (2 o més)
■ n’hi ha que contribueixen més o menys
■ hi ha n loci afectat el fenotip

○ multifactorials → s’ha de tenir en compte el que aporta el genotip i l’ambient

(difícil de quantificar).

CARÀCTERS MONOGÈNICS, POLIGÈNICS I MULTIFACTORIALS

MONOGÈNIC

Caràcter monogènic és un sol locus en el genoma que determina la manifestació del

caràcter.
● en aquest cas el factor ambient és poca o nul·la.

● Si al·lel és dominant = una sola copia del locus basta per expressar-se al fenotip (si
es recessiu dues)

○ caràcter monogènic amb gen modificador → un altre gen o locus pot

afectar d’alguna manera en la manifestació del caràcter.

○ Caràcter monogènic en el que component ambiental aecta → com en la

fenilcetonúria on no has de consumir fenilalanina.

○ caràcter monogènic de heterogeneïtat genètica → caràcters que poden

estar mutats per més d’un gen
■ basta un mutat per fer que s'expressi
■ sèrie de loci que determinen un caràcter i si un sol d’ells muta,
apareix sempre en el fenotip.

POLIGÈNIC

Hi ha un nombre n de loci al genoma amb els seus arrels correspondents que participen en
la manifestació.
● és la suma dels efectes dels n loci amb els seus al·lels el que determina l'expressió
del caràcter.
○ no igual que monogènic de heterogeneïtat genètica → caràcter poligènic
necessita tenir mutats tots els gens que hi participen.
CARÀCTER QUALITATIU I QUANTITATIU

● Caràcter qualitatius →
○ variació discreta

● Caràcter quantitatiu →
○ variació continua → sempre podem afegir decimals (alçada, pes… )
○ merístics → nombres enters (nombre d’ous d’una gallina, fills…)
○ llindar → només veiem la manifestació del fenotip a partir d’un cert punt

CARÀCTERS QUALITATIU
Caràcters que fan referència a una qualitat d’un individu, per descriurels hem de donar les
classes de variacions i fenotips:

● descripció qualitativa d’una determinada condició:

○ color → blau, vermell…
○ Forma
○ Estat d’afecció → malalt/sa…

● Segueixen una variació discreta = prenen valors discrets

Solen ser caràcters monogènics (simples) amb classes discretes

CARÀCTERS QUANTITATIUS
Caràcters que fan referència a un valor, segueixen variació continua:
● s’ha de donar el valor mig de la mostra i la variància per tal de poder establir la
variació contínua dels caràcters quantitatius.

● merístics → valor sencer (nombre de persones, animals…)

● llindar → el que dona lloc al caràcter es quantitativa pero

l’expressió es cualitativa.
○ manifestació qualitativa en el fenotip quan aquest
supera el valor umbral

Caràcters definits per múltiples gens, monogenètics + ambient o multifactorials

(poligènics + ambient) amb variació continua.
La complexitat d’un fenotip no té relació amb el tipus de caràcter → nombre de loci implicat
no té res a veure amb si aquest és quantitatiu o qualitatiu.

Un caràcter amb distribució normal en la població esta afectat per factors del medi →
● a més loci que el determinin = més distribucions
○ campana es fa més ample

VARIACIÓ CONTÍNUA I EL NOMBRE DE LOCI

Per mirar que un caràcter estigui determinat per el genotip → agafar individus homozigots y
generar descendència.
● si la variància es redueix = caràcter està determinat pel genotip

ESTUDI DE LA COMPONENT GENÈTICA SEGONS TIPUS DE CARÀCTER

● Monogènic → variació discreta = els genotips mostren un fenotip concret.

○ Es pot fer una conversió de caràcters qualitatius a quantitatius →
estadísticament és més fàcil treballar per classes.

■ caràcter monogènic pot passar a ser

multifactorial i passar a distribució contínua.

■ monogènic + ambient → variació discreta >>

contínua
● no ocurreix sempre igual, hi ha variació
dels fenotips per l’aparició de l’ambient.

transformació caracter simple de fases discretes a un multifactorial de variació continua.

 ● També podem canviar de discreta a continua → poligènic a monogènic

Per a l’estudi d’un caràcter nou s’intenta desxifrar per poder estudiar-lo i canviarlo o
transformarlo en qualitatiu segons la conveniència de l’estudi.
● fenotips més fàcils d’estudiar.

Un caràcter quantitatiu pot ser transformat en qualitatiu segons conveniència de l’estudi.

● exemple alçada:
○ qualitatius → grans, mitjans, petits…
○ quantitatius → 180,190cm…

ANÀLISI GENÈTICA DEL FENOTIP: PREGUNTES

● Quina contribució genètica i ambiental es en la manifestació d’un caràcter?

● Quants loci estan implicats?
● Contribueixen tots de la mateixa forma?
● Els al·lels de cada loci interactuen? Additiva? Epistàtica?
● Podem seleccionar una determinada manifestació del caràcter? Quina serà la
resposta a la selecció?

ÉS GENÈTIC ?

● Agregació familiar → estudi de la segregació del caràcter en famílies que

comparteixen ambient.
○ patrons d’herència mendelià
○ risc de recurrència → si hi ha un fenotip la probabilitat de que el 2n
descendent també el tingui.
■ no component genètic = prevalencia enfermedad
 ● Incidencia relativa (𝝀) → relació entre incidència familiar y la poblacional.
𝑖𝑛𝑐𝑖𝑑è𝑛𝑐𝑖𝑎 𝑒𝑛 𝑓𝑎𝑚í𝑙𝑖𝑒𝑠
𝝀 = 𝑖𝑛𝑐𝑖𝑑è𝑛𝑐𝑖𝑎 𝑒𝑛 𝑙𝑎 𝑝𝑜𝑏𝑙𝑎𝑐𝑖ó

○ iguals = emparentats no té a veure amb la probabilitat d'aparició del fenotip.

○ 𝝀 > més fàcil que aparegui entorn familiar amb el fenotip que no en la
població.
■ discriminant l’ambient compartit i el genoma compartit

○ 𝝀 disminueix a mesura que ens allunyem del parentiu = indicatiu de

component genètica.

● Heretabilitat del caràcter → part de la variació de fenotip que atribuïm al genotip

○ estima de l’heretabilitat
○ coeficient de correlació segons el parentiu
○ Concordança entre bessons

● Estudi de lligament i associació

SEGREGACIÓ DEL CARÀCTER SEGONS MODEL MENDELIÀ

Les proporcions esperades de cada genotip segueixen un patró definit:

● Dominant → 3:1 = risc de recurrència 50%
● Recessiu → 1:3 = risc de recurrència 25%
● Codominant → 1:2:1

La participació de més d’un locus amb independència →

● proporció per 2 loci → 9:3:3:1 (1/16)

● Multifactorial → descens del risc de recurrència en funció del grau de parentiu.

Encreuaments amb drosophila per a obtenir resultats → entrecreuaments amb organisme

model.

ESTUDI DE GENEALOGIES
Estudi dels arbres genealògics de famílies amb els quals estudien els fenotips i genotips
que presenten.
INCIDENCIA RELATIVA
Incidència en les famílies segons la incidència de la població general →
● a menys comparteix ADN amb els familiars = no podem dir que hi ha component
genètic.
𝑖𝑛𝑐𝑖𝑑è𝑛𝑐𝑖𝑎 𝑒𝑛 𝑓𝑎𝑚í𝑙𝑖𝑒𝑠
● 𝝀= 𝑖𝑛𝑐𝑖𝑑è𝑛𝑐𝑖𝑎 𝑒𝑛 𝑙𝑎 𝑝𝑜𝑏𝑙𝑎𝑐𝑖ó

Incidència de llavi leporí

CONCEPTE D’HERETABILITAT

COMPONENT GENÈTICA I HERETABILITAT DEL CARÀCTER

Aquella part del caràcter que estudiem que es transmet de pares a fills → Part del fenotip
que es deu al genotip:
● La variació en la manifestació fenotípica d’un caràcter reflecteix la variació genètica
i la variació ambiental.

○ Variància fenotípica = variància genotípica + Variància ambiental

■ si no te component genètica
● Vg = 0 i Vf=Va (fenotip degut a l’ambient).

■ si no te component ambiental
● Va = 0 i Vf=Vg (només degut a genotip).

La proporció de la variància fenotípica deguda a la variància genètica és l’heretabilitat

deguda del caràcter.

FORMULACIÓ HERETABILITAT
La proporció de la variància fenotípica deguda a la variància genètica = heretabilitat en
𝑉𝑔 2
sentit ampli del caràcter: = 𝐻 → Vf = 0 → H^2 = 0
𝑉𝑓

La component genètica es divideix en:

● component additiva (Vd)
● component d’interacció (Vi)
La heretabilitat en sentit ampli no es pot calcular
Heretabilitat en sentit estricte = si que es por calcular → proporció variància fenotípica
deguda a la variància genètica additiva
𝑉𝑑 2
● variancia additiva dividit la variància fenotípica →
𝑉𝑓
=ℎ (el 2 no és elevat)

ESTIMA DE L’HERETABILITAT D’UN CARÀCTER

ESTUDIS ENTRE BESSONS

● Estudies entre bessons → eina molt útil per a l’investigació genètica:

○ monozigòtics (100%)→ bessons que es formen en un òvul fecundat que s’ha

dividit en dos:
■ tenen exactament el mateix genoma / al·lels + mateix ambient.
● si es dona la mateixa enfermetat en els dos de la mateixa
manera tindrà component genètic

○ dizigòtics (50%) → dos òvuls diferents dos espermes diferents

■ comparteixen tan sols el 50% del seu genoma i 100% el mateix
ambient.

CARÀCTER QUALITATIU I QUANTITATIU EN ESTUDI DE BESSONS

Caràcter qualitatiu → concordança del caràcter: mz (monozigòtics) dz (dizigòtics)

Caràcter quantitatiu →

● coeficient de correlació del caràcter →

● variància del caràcter →

concordança de que el fenotip en els bessons sigui igual o no → monozigòtics O dizigòtics

En els dos casos la heretabilitat es superior al 50% (alta) → el fet de presentar al·lèrgia TÉ
un component genètic que s’hereta.

Generalment els dizigòtics tenen menys concordància que els monozigòtics.

● direm que la concordança es alta o no depenent del que estiguin estudiant.
○ malalties monogèniques (un gen) → en monozigòtics la concordança és
total, en canvi en dizigòtics la concordança és molt menor.
■ en el cas de la grip la concordança és la mateixa, llavors no té
Heretabilitat, depèn de l’ambient.

CARÀCTER QUANTITATIU: COEFICIENT REGRESSIÓ ENTRE BESSONS

Si són molt proporcionals els canvis = molta correlació → la correlació s’expressa amb la r
(equació de la recta)
● a més aleatrois canvis (menys proporcionals) = menor correlació

En la dispersió també hi podem trobar algun component ambiental i no genètic.

● a més a prop del 1 correlació = més concordança = més punts sobre la diagonal.
● En dizigòtics la dispersió és més aleatòria, i en homozigòtics no → genètica és
important.
RESPOSTA A LA SELECCIÓ D’UN CARÀCTER QUANTITATIU

Presenten una distribució de fenotips de la població → Seleccionar un tipus de població

perquè la següent generació es sembli als progenitors ja que volem que segueixi el fenotip
= producció de varies generacions.

X = la mitjana del valor

S = desviació del valor

● Si la mitjana no varia i la desviació tampoc, per molt que agafem els extrems del
fenotip per una nova generació = el fenotip NO té component genètic →
○ X0 = X1 = X2 = X3 i S0 = S1 = S2 = S3

● Si la mitjana varia augmentant i la desviació dels valors cada vegada es menor = el

fenotip TÉ component genètic.
○ X0 < X1 < X2 < X3 i S0 > S1 > S2 > S3
○ cada vegada més homozigots = disminució de la dispersió (la població de
cada vegada coincideix més perquè la variabilitat disminueix)

NO GENÈTIC <<>> GENÈTIC

Resposta la selecció d’un caràcter quantitatiu →

● Si la variació ambiental es manté constant a la variació observada en la població és
atribuïble a una reducció progressiva de la variació genètica
○ En la generació “n” tots els individus seran genèticament idèntics
(homozigots en tots loci implicats al caràcter seleccionat).
ESTIMA HERETABILITAT EN SELECCIÓ ARTIFICIAL

X = mitjana en la població original

Xs = mitjana de progenitors seleccionats
X’ = mitjana de la nova població

La diferència entre X’ - X = R → resposta a la selecció aplicada

Diferencial de selecció → S = (Xs - X)

2
H^2 = R/S (el 2 no es un cuadrat) → 𝑅 = ℎ · 𝑆

La mitjana de la nova població 16,25 (increment de R) + 165 (mitjana normal) = 181,35

(mitjana nova generació).

ESTUDIS DE LLIGAMENT I ASSOCIACIÓ

● Anàlisi de lligament (famílies) → seguiment de cosegregació del caràcter i variants

genètiques en famílies.

● Estudis d'associació → associació entre variants genètiques i caràcters en grups o

poblacions.
○ a menys freqüent la variant genètica = més nombre d’individus de la
població necessitarè

ESTUDIS DE LLIGAMENT

Estudi de variants que segreguen en malalties, quan no sabem la causa d’aquesta

malaltia i per comprovar si existeix en la descendència i també per localitzar quin gen és el
culpable.

Malaltia autosòmica dominant → mirar si es troba en el locus 1 o 2: segregació per

detectar els caràcters.

● co-segregació → quan hi ha presència de l'al·lel hi ha presència de la

malaltia.
○ al·lel vermell del Locus 1 está lligat del locus de la malaltia
■ pot ser no te res a veure (no relació causa) però estan
físicament a prop i ens serveix per rastrejar la malaltia.
● deu estar al cromosoma A i a prop del locus 1
 ● segregació independent → individus sense afectar i afectats
comparteixen el mateix genotip, llavors el locus no està implicat ni
manifesta la malaltia.
○ no co-segreguen en la familia el Locus 2 i la malaltia

ESTUDIS D'ASSOCIACIÓ

Us en patologies rares amb no families sinó individus al alzar → malalties complexes en

que es necessari per estudiar molts d’individus.

● població de casos → individus que presenten el fenotip

● població de Controls → persones sanes, sense el caràcter que estudiem.

Per a que hi hagi conclusions adequades → les dos poblacions han de ser igual en tot
menys en el caràcter estudiat.

Anàlisi de les variants homozigotes i heterozigotes en cada població per determinar si

estan associats a la patología.
● Manhattan plot → comparació de les freqüències al·lèliques entre casos i controls
→ relació entre variant i fenotip d’estudi
○ a més a prop del 0 = més associació → com més amunt a l’eix vertical més
associació variant-fenotip.
○ Hem de tenir en compte els possibles errors del test estadístic.

ESTUDIS DE LLIGAMENT I ASSOCIACIÓ

Busquem una co-sgregació amb l’estudi de lligament → trobem el gen/locus lligant
● amb associació agafem el genoma complet/gen candidat → trobem variant
associada trobem gen/locus associat
○ Amb això trobem una hipòtesi biològica i identifiquem el gen responsable
de la patología