‫סכום העל בביוכימיה (שהעתקתי משירן) מאת עומר לביא ושות'‪...

‬‬

‫מבוא‪:‬‬

‫חשוב‪ -‬דלתון‪,‬‬
‫מדובר בחצי המסה של אטום‬
‫פחמן ‪ -12‬או בעברית‪ ,‬בערך‬
‫המסהה של אטום מימן‪.‬‬

‫החיים‪ :‬מדברים בגדול על‬

‫שמירה על הומיאוסטזיס ועל‬
‫כל האמור בכך‪( ...‬מטבוליזם‪,‬‬
‫פוטוסינתזה‪ ,‬נשימה‪ ,‬תסיסה‬
‫וכו'‪.)...‬‬

‫תיאורית מקור החיים – ‪panspermia‬‬

‫תיאוריה הגורסת כי מקור החיים על כדור הארץ‪ ,‬מקורו בחלל החיצון‪ .‬ישנה הסתמכות על כך‬
‫שב‪ 1984-‬נחת באנטרטיקה מטאורית המכיל מגנטיט (‪ .)Fe3o4‬צורות מגנטית הדומות‬
‫מאוד לצורות הקיימות בבקטריות הקיימות על כדור הארץ נמצאו על מטאור שמקורו במאדים‬
‫וגילו נאמד בכ‪ 3.9-‬מיליארד שנים‪( .‬החיים על פני כדור הארץ מוערכים ב‪ 4.55 -3.5‬מליארד‬
‫שנים ככה שזה נופל בערך באותו זמן פלוס מינוס מיליארד שנים‪ ...‬בקטנה‪.‬‬

‫גבולות החיים‪:‬‬

‫אקסטרימופילים (‪ -)extremophiles‬אורגניזמים החיים בתנאי קיצון (חום‪ ,‬קור‪ ,‬קרינה‪,‬‬

‫חומציות‪ ,‬לחצים גבוהים וכו'‪ .)...‬לרוב יהיה מדובר בחיידקים‪.‬‬

‫קשרים כימיים‪:‬‬

‫קשר כימי הינו אינטראקציה בין מטענים חשמליים של מרכיבי אטומים שלמים או מולקולות‪-‬‬
‫אינטראקציה זו יוצרת זיקה מסוימת בין האטומים או המולקולות‪ .‬הקשרים הללו הם‬
 ‫התורמים לחומרים שונים את מגוון תכונותיהם‪ -‬הם מה שגורם לכך שיהיו בעולם תרכובות‪.‬‬
‫נוכל להפריד את הקשרים הכימיים לקשרים תוך מולקולאריים ולקשרים בין מולקולאריים‪.‬‬

‫קשרים תוך מולקולאריים‪:‬‬

‫קשר קוולנטי‪ :‬הקטליזטור ליצירת קשרים מסוג זה הוא "שאיפת" האטומים להגיע‬ ‫‪‬‬
‫לקונפיגורציה של גז אציל (להשלים ל‪ ) e 8-‬ברמת האנרגיה הגבוהה שלהם‪ .‬קשר‬
‫קוולנטי הוא קשר הנוצר כתוצאה משיתוף ‪ e‬ברמת אנרגיה אחרונה של שני אטומים‪.‬‬
‫האלקטרונים המשותפים ייקראו אלקטרונים מקשרים‪ .‬יכולים להיווצר בין ‪ 1-4‬קשרים‬
‫שכאלו בין אטומים‪ -‬ככל שיהיו יותר זוגות של אלקטרונים מקשרים עוצמת החיבור‬
‫תהיה חזקה יותר‪.‬‬
‫לרוב קשר קוולנטי יהיה לא שוויוני ואטום אחד ימשוך את האלקטרונים חזק יותר‬
‫וייצר לנו מולקולה מקוטבת‪.‬‬
‫דוגמא טובה לקשר יוני הוא המים‪ :‬ישנו קשר קוולנטי בין אטום חמצן ובין שני אטומי‬
‫מימן‪ .‬מכיוון שהאלקטרושליליות של החמצן גבוהה יותר הוא מושך חזק יותר את‬
‫האלקטרונים (הם נמצאים קרוב יותר לגרעינו של החמצן) ולכן יש לנו מולקולה‬
‫מקוטבת‪.‬‬
‫קשר קואורדינטיבי‪ :‬סוג של קשר קוולנטי בו רק אטום‪ /‬מולקולה אחת מוסרת‬
‫אלקטרונים‪ .‬הדבר ייתרחש לרוב בין קטיון למולקולה‪ /‬אטום תורם אלקטרונים‪.‬‬
‫קשרים שכאלה משמשים באתרים פעילים של אנזימים רבים ובקטליזה כימית‬
‫בתעשייה‪.‬‬
‫קשרים בהם לשני האטומים אלקטרושליליות זהה יהיו א‪-‬פולריים מכיוון‬
‫שהאלקטרונים יתחלקו שווה בין שני האטומים‪ .‬קשרים בהם כל אטום הוא בעל‬
‫אלקטרושליליות שונה ייצרו מולקולה קוטבית מכיוון שהאלקטרונים יהיו קרובים יותר‬
‫לאחד האטומים‪ -‬הדבר ייצר בסביבתו דלתא שלילית ובסביבת האטום השני דלתא‬
‫חיובית‪.‬‬

‫קשרים כימיים בין מולקולריים‪:‬‬

‫קשרי מימן‪ :‬קשר אשר נוצר בין שתי מולקולות מקוטבות‪ -‬כלומר כאלה הנושאות‬ ‫‪‬‬
‫מטען חשמלי קבוע וגדול יחסית‪ .‬הקשר שנוצר הינו בין אטום המימן של מולקולה‬
‫אחת ובין אטום עם אלקטרושליליות גבוה של המולקולה השנייה (פלואור‪ ,‬חמצן או‬
‫חנקן ‪ .)-NOF‬כאשר אטומי המימן מקושרים לאחד מאטומי ‪ NOF‬הם יהיו בעלי מטען‬
‫חיובי חלקי מכיוון שהאלקטרונים שלהם נלקחו הרחק מהם‪ .‬מדובר בקשרים החזקים‬
 ‫ביותר בעולם הבין מולקולרי והם האחראים לכך שהמים הינם במצב נוזל בטמפ'‬
‫החדר למרות המסה המולקולרית הנמוכה יחסית שלהם‪ N2( .‬לדוגמא הינו בעל מסה‬
‫מולקולרית גבוהה יותר והוא גז בטמפ' החדר)‪ .‬קשרי מימן משחקים תפקידים‬
‫חשובים מאוד בתהליכים כימיים וביולוגיים‪ -‬לדוגמא הם מאפשרים את קריאתו של‬
‫קוד ה‪.DNA-‬‬
‫קשרי ואן‪-‬דר‪-‬ואלס‪ :‬קשרים בין מולקולריים הנוצרים זמנית בין מולקולות מקוטבות‬ ‫‪‬‬
‫סמוכות בשל תנועה אקראית של האלקטרונים בהן (בעצם משיכה של פלוס למינוס)‪.‬‬
‫חשיבות גודל המולקולות הינה קריטית בקשרים מסוג זה בשל שטח הפנים שעליו‬
‫יכולים להיווצר הקשרים‪ -‬ככל שלמולקולה שטח פנים גדול יותר יוכלו להיווצר על‬
‫פניה יותר קשרי ו‪.‬ד‪.‬ו ‪ .‬לכן חומרים העשויים ממולקולות גדולות יותר יהיו במצב נוזלי‬
‫בטמפ' גבוהות יותר – יש לנו יותר קשרי ו‪.‬ד‪.‬ו בין המולקולות‪ .‬כמו כן מולקולות‬
‫מסועפות יהיו בעלות פחות קשרי ו‪.‬ד‪.‬ו מכיוון שיש פחות שטח פנים בניהן שיכול‬
‫לבוא במגע‪ .‬ככל שיש לנו יותר קשרים נצטרך להכניס יותר אנרגית חום למערכת על‬
‫מנת להפריד בניהם (לדוגמא‪ -‬רגלי השממית עם המלאאא זיפים שיש לה עליהן‬
‫אשר מייצרים קשרי ו‪.‬ד‪.‬ו עם המשטח עליו היא הולכת)‪.‬‬
‫קשרים אלו משחקים תפקיד חשוב בקשר שבין מולקולות הידרופוביות מומסות‪.‬‬
‫קשר מתכתי‪ :‬בעצם מדובר בקשר בין הגרעינים של האטומים‪ -‬קשר בין יונים חיוביים‬ ‫‪‬‬
‫(הפרוטונים)‪ .‬קשר זה נובע משיתוף של כל אלקטרוני הערכיות של כל אחד מן‬
‫האטומים בסריג המתכתי‪ -‬האלקטרונים יכולים לנוע בחופשיות בסריג‪ .‬בסריג מתכתי‬
‫אנו מקבלים בעצם גרעינים מקובעים הנמצאים בתוך "ים אלקטרונים"‪ .‬מכיוון‬
‫שהאלקטרונים יכולים לנוע בחופשיות ניתן לייצר באמצעות חומרים הקשורים‬
‫בקשרים אלו‪ -‬זרם חשמלי‪ -.‬תכלס‪ :‬קשר בין גרעינים חיוביים לאחר שהאטום מסר‬
‫את האלקטרונים שלו ל‪ common-‬של הכפר‪.‬‬
‫קשר יוני‪ -‬קשרי מלח‪ :‬קשר הנוצר בין יונים בעלי מטענים מנוגדים‪ Na .‬ו‪.OH -‬‬ ‫‪‬‬
‫קשרים אלה מאפשרים יצירת סריג יוני מסודר שאנו קוראים לו מלח!!‬
‫מדובר בקשר חזק יותר חזק מן הקשרים הבין מולקולאריים ( מימן‪ ,‬ו‪.‬ד‪.‬ו) אך חלש‬
‫יותר מן הקשרים הקוולנטים‪ .‬הדבר מתבטא בטמפ' ההתכה הגבוהה יחסית של‬
‫המלחים‪ .‬קשר יוני עשוי להתפרק בממסים קוטביים כמו מים לדוגמא‪ .‬המים מצליחים‬
‫להתגבר על הקשרים היוניים ולהפריד את המולקולה‪ .‬עכשיו יש לנו במים יונים‬
‫חופשיים‪( .‬יון הוא כמובן אטום שקיבל או מסר אלקטרון ולכן הוא טעון חשמלית‪.‬‬
‫(חיובי= קטיון‪ ,‬שלילי‪ -‬אניון)‪.‬‬

‫* ככל שהקשרים הבין מולקולריים חזקים יותר כך נצטרך אנרגיה גבוהה יותר על מנת‬
‫להפריד בניהם‪.‬‬
 ‫מים‪:‬‬
‫מהווים חלק ניכר ממסת הגוף של מרבית האורגניזמים‪.‬‬
‫מהווים את מקור החמצן באוויר (פוטוסינתזה)‪.‬‬
‫מהווים ממס לריאקציות ביולוגיות וכימיות רבות‪ -‬בשל קשרי המימן‬
‫שלהם הם מהווים ממס טוב למלחים ולכהלים‪.‬‬

‫פולאריות של המים‪ :‬מכיוון שיש למולקולת המים קצה חיובי וקצה שלילי הם מסוגלים לייצב‬
‫גם קטיונים וגם אניונים‪.‬‬
‫קשרי המימן שוררים בין מולקולות המים גם במצבם הנוזלים וגם במצבם המוצק‪ .‬כל‬
‫מולקולת מים יכולה לייצר עד ‪ 4‬קשרי מימן עם מולקולות מים מסביבה‪ -‬זאת מכיוון שאל‬
‫אטום החמצן יכולים להקשר שני אטומים מימן חיוביים (הרי יש לו מטען ‪ 2-‬ולכל מימן יש‬
‫מטען ‪.)1+‬‬

‫כאמור מים הינם ממס מצוין לחומרים יוניים ופולאריים ועל כן הם הממס העיקרי ביצורים‬
‫חיים‪.‬‬
‫חומרים אשר נמסים במים נקראים הידרופיליים וחומרים אשר לא נמסים במים נקראים‬
‫הידרופוביים ‪ .‬חומרים הידרופוביים מהווים חלק חשוב מאוד בבניית המערכת הביולוגית‬
‫וזאת משום שהם יכולים לייצר יחידה מבנית שאינה מתמוססת במים (ממברנת תא‬
‫לדוגמא‪.)...‬‬

‫קשרי המימן של המים עושים את החומר הנ"ל למגובש ו"דביק"‪ .‬בשל הפולאריות של המים‬
‫המולקולות נוטות "להדבק" לחומרים אחרים ובמיוחד כמובן לחומרים בעלי קבוצות טעונות‬
‫על פניהם‪ -‬דביקות זאת נותנת לחומרים את היכולת להיות רטובים‪.‬‬
‫תכונה זו מאפשרת למים לנוע באופן ספונטני בתוך קפילרות אפילו כנגד כח הכבידה‪-‬‬
‫המולקולות מושכות זו את זו וכך בעצם כל כח הפועל על חלק מעמוד המים פועל על כולו‪.‬‬

‫תכונת הקרח לצוף על פני המים נובעת מכך שהקשרים בין מולקולות המים מרווחים מאוד‪-‬‬
‫כלומר הוא פחות דחוס ממים במצב נוזל‪.‬‬

‫תמיסה היפוטונית‪ :‬ריכוז המומסים בתמיסה נמוך מריכוז המומסים בתא ולכן מין נכנסים אל‬
‫תוך התא‪.‬‬
‫תמיסה היפרטונית‪ :‬ריכוז המומסים בתמיסה גבוה מריכוז המומסים בתוך התא ולכן מים‬
‫יוצאים מן התא החוצה‪.‬‬
‫תמיסה איזוטונית‪ :‬ריכוז המומסים בתמיסה שווה לריכוז המומסים בתוך התא ולכן יהיה לנו‬
‫שטף דיפוזיוני אפס‪.‬‬
 ‫דיסוציאציה של המים‪:‬‬

‫קבוע הפירוק רק קובע את ריכוזיי החומרים‬

‫(מגיבים ותוצרים) בסוף הריאקציה‪ .‬הוא אינו‬
‫מעיד על מהירות הריאקציה‪ .‬כמו כן הוא תלוי‬
‫בלחץ ובטמפרטורה‪.‬‬

‫חומצות ובסיסים‪:‬‬

‫חומצה‪ :‬כל חומר המוסר פרוטונים (‪ .)+H‬חומצה חזקה תהיה חומצה שמתפרקת לחלוטין‬
‫בפאזה מימית‪ .‬חומצה חלשה לא תתפרק לחלוטין בפאזה מימית‪.‬‬
‫הגדרת חוזק החומצה בעצם מתייחס ליכולת שלה לעבור דה‪-‬פרוטונציה‪.‬‬

‫‪( Ka‬קבוע דיסוציאציה) הינו נקודת שיווי המשקל עבור פירוק החומצה‪ .‬כלומר יחס מספרי‬
‫מסוים בין מולקולות חומצה שעברו דה‪-‬פרוטונציה אל מול מולקולות שעוד לא עברו‬
‫דה‪-‬פרוטונציה‪.‬‬
‫נהוג לתאר פירוק חומצות באופן הבא‪:‬‬

‫‪−‬‬
‫‪HA =>  H+ + A‬‬

‫וחישוב ה‪ Ka-‬ייעשה באופן הבא‪:‬‬

‫קבוע הדיסוציאציה הינו מספר גדול מאוד בדרך כלל ולכן נהוג לתארו כ –‪ log‬של ‪ ,Ka‬נתון‬
‫המוכר לנו בשם‪.PKa :‬‬
‫ככל שה‪ PKa-‬גבוה יותר מדובר בחומצה חלשה יותר וככל ש‪ Ka-‬גבוה יותר מדובר בחומצה‬
‫חזקה‪.‬‬

‫בסיסים‪ :‬אותו דבר רק עם ‪.OH‬‬

‫בופר‪ :‬תמיסת מגן היא תמיסה המסוגלת לקלוט פרוטונים‪ /‬יוני ‪ OH‬מבלי שערך ה‪ PH-‬ישתנה‬
‫בצורה קריטית‪ .‬תכונה זו מתרחשת עקב כך שהתמיסה מכילה חומצה‪ /‬בסיס חלש ואת‬
‫המלח המצומד שלה (יהיה חומצה מצומדת‪ /‬בסיס מצומד הפוך לחומצה‪ /‬בסיס חלש)‪.‬‬
 ‫ברגע שהוספנו לתמיסה חומצה חזקה‪ ,‬היא תתפרק ליונים שלה וריכוז יוני ההידרוניום‬
‫בתמיסה יעלה‪ .‬משום שכך‪ ,‬מולקולות הבסיס הטעונות שלילית יגיבו בחיבור עם יוני‬
‫ההידרוניום עד להשבת היחסים המקוריים בתמיסה או עד גמר מולקולות המלח‪.‬‬

‫חומצות גרעין‪:‬‬

‫חומצות הגרעין הן בעצם ה‪ DNA-‬וה‪ .RNA -‬ה‪ DNA-‬נמצא בתוך הגרעין וה‪ RNA-‬נמצא בחלקו‬
‫גם מחוץ לגרעין‪ .‬חומצות הגרעין הן ביופולימרים‪.‬‬
‫ביופולימרים‪ :‬בעצם פולימר ביולוגי!‬

‫שתי חומצות הגרעין המוכרות לכולנו הן ה‪ DNA-‬וה‪ RNA-‬המורכבות יחידות החוזרות על‬
‫עצמן‪ .‬הן מורכבות כל אחת משלושה מרכיבים‪:‬‬

‫קבוצת זרחה (‪ )P‬הנמצאת בתרכובת כימית‪.‬‬ ‫‪.1‬‬

‫סוכר‪ -‬טבעת פנטוז‪ .‬יש לנו שני סוגים של טבעות‬ ‫‪.2‬‬
‫הסוכר בחומצות הגרעין‪:‬‬
‫ב‪ DNA‬יהיה לנו ‪deoxy nucleic acid‬‬
‫ב‪ RNA -‬יהיה לנו ‪ RIbo nucleic Acid‬וההבדל‬
‫הוא כמובן החמצן הנוסף ב‪ RNA-‬על פחמן ‪.2‬‬
‫בסיס חנקני‪ :‬מולקולה בעלת מבנה טבעתי‪ -‬יכולה‬ ‫‪.3‬‬
‫להיות טבעת אחת (פירימידינים) או בעלת שתי‬
‫טבעות (פורינים)‪.‬‬
‫ב‪ DNA-‬יש לנו ‪ 4‬סוגים של ‪4‬‬
‫בסיסים חנקניים‪( A :‬אדנין)‪,‬‬
‫‪( C‬ציטוזין)‪,‬‬
‫‪( T‬טימין)‪,‬‬
‫‪( G‬גואנין)‪.‬‬

‫ב‪ RNA -‬יהיה לנו ‪( U‬אוראציל) במקום‬

‫טימין‪.‬‬
 ‫אופי הקשרים בין המולקולות‪:‬‬
‫בין הסוכר לזרחה‪ :‬קשר פוספואסטרי קוולנטי‪ -‬הזרחה מחוברת לפחמן מספר ‪5‬‬ ‫‪‬‬
‫בסוכר והוא מתחבר לפנטוז הבא ברצף בפחמן מספר ‪.3‬‬
‫בין הסוכר לבסיס החנקני‪ :‬קשר גליקוזידי קוולנטי‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫הקשר בין הבסיסים החנקניים הוא קשר מימן‪.‬‬ ‫‪‬‬

‫קשר קוולנטי הוא קשר חזק מקשר מימן‪ -‬זאת מכיוון שאנו צרכים את הגדילים יציבים מאוד‪.‬‬
‫לעומת זאת אנו צרכים שהקשר בין הגדילים יוכל להיפתח על מנת שנוכל לשעתק את ה‪-‬‬
‫‪.DNA‬‬
‫נוקלאוטיד הוא יחידה של סוכר זרחה ובסיס חנקני‪ .‬שמו של הנוקלאוטיד יהיה עפ"י הבסיס‬
‫החנקני שלו‪.‬‬

‫מבנה ה‪:DNA-‬‬

‫ב‪ DNA-‬תמיד מול אדנין יהיה נוקלאוטיד של תימין (‪)A-T‬‬

‫תמיד מול גואנין יהיה ציטוזין (‪)C-G‬‬
‫כל זוג שכזה יכונו "בסיסים משלימים‪".‬‬

‫מודל ה‪ DNA-‬כסולם‪ :‬עמודי הסולם הם יחידות הזרחה ואילו השלבים של הסולם הם‬
‫הבסיסים החנקניים‪ .‬כל שלב מורכב מפורין אחד ומפירמידין אחד‪ -‬המגיעים כל אחד‬
‫מנוקלאוטיד אחר‪ .‬מכיוון שפורין מורכב ‪ 2‬טבעות של בסיס חנקני ופירמידין מורכב טבעת‬
‫אחת‪ -‬הרי שהרווח בין שני הגדילים יישאר שווה לכל האורך‪.‬‬
 ‫בין אדנין (‪ )A‬לטימין (‪ )T‬יהיו שני קשרי מימן‪.‬‬
‫בין גואנין (‪ )G‬לציטוזין (‪ )C‬יהיו שלושה קשרים‪.‬‬

‫שני הגדילים של ה‪ DNA-‬מלופפים אחד מסביב לשני בצורה אנטי פרללית (אחד הולך‬
‫מלמטה למעלה והשני מלמעלה למטה)‪.‬‬
‫בכל גדיל של ה‪ DNA-‬יש לנו קצה אחד המסתיים בקבוצת זרחה הקשורה לפחמן מספר ‪5‬‬
‫האחרון בטור ובקצה השני הוא מסתיים בסוכר‪ -‬או ליתר דיוק בפחמן ‪.3‬‬

‫נוהגים לקרוא את‬

‫רצף הבסיסים‬
‫מקצה ‪ 5‬לקצה‬
‫‪!!!3‬‬

‫שכפול ה‪ DNA-‬הוא תהליך שמרני למחצה‪ -‬כלומר בכל פעם שנשכפל ‪ DNA‬הוא יהיה מורכב‬
‫מגדיל אחד ישן וגדיל אחד חדש‪.‬‬

‫מ‪ DNA-‬לחלבון‪:‬‬
‫מולקולות חלבון הינן פולימרים ארוכים המורכבים חוליות חוליות‪ -‬חוליות אלו הן חומצות‬
‫אמינו וכל החלבונים בעולם החי מורכבים מכ‪ 20-‬חומצות אמינו בלבד! לחומצות האמינו‬
‫השונות תכונות שונות המשפיעות כמובן על תכונות החלבון אותו הן מרכיבות‪ -‬תכונות‬
‫החלבון יהיו תלויות מכמויות החומצות השונות וסידורן‪.‬‬
 ‫ב‪ DNA-‬אצור המידע למבנה החלבונים ומכאן שבכוח ‪ 4‬הנוקלאוטידים השונים (‪)A,C,T,G‬‬
‫להרכיב את הצפנים לחומצות האמינו השונות‪ .‬הקוד לכל חומצה אמינית נקרא "קודון" והוא‬
‫מורכב רצף‬
‫של ‪ 3‬אותיות‬
‫(אנו יכולים‬
‫להבין כי יש‬
‫לנו ‪4‬‬
‫בשלישית‬
‫צירופים ועל כן‬
‫יש לנו ‪64‬‬
‫מילים מה‬
‫שמהווה הרבה‬
‫יותר ממספיק‬
‫על מנת לייצר ‪ 20‬חומצות אמינו)‪.‬‬
‫רצף של שלושה בסיסים מהווים מילה המייצגת "קודון" המקודד לחומצה אמינית מסוימת‪.‬‬

‫‪:RNA‬‬
‫גם ה‪ RNA-‬הוא חומצת גרעין המורכבת מרצף נוקלאוטידים כאשר כל אחד מהם מורכב‬
‫מסוכר‪ ,‬קבוצת זרחה ובסיס חנקני‪.‬‬
‫הבדלים‪ :‬הסוכר הינו ריבוז (ולא דיאוקסיריבוז כמו ב‪ ,)DNA-‬כמו כן יש לנו בסיס חנקני שונה‬
‫במקום הטימין (‪ )T‬והוא כמובן האוראציל (‪ )U‬הדומה לטימין ולכן תמיד ייקשר לאדנין (‪.)A‬‬
 ‫הבדל נוסף וקריטי הוא צורת המולקולה השלמה‪.‬‬
‫מולקולת ה‪ RNA-‬תורכב לרוב מגדיל אחד (לעומת שני גדילים ב‪ DNA -‬הקשורים בקשרי‬
‫מימן)‪.‬‬
‫למרות זאת גם ב‪ RNA-‬ישנם קטעים המתקפלים ויוצרים חלק דו גדילי‪ .‬הגדיל היחיד מתקפל‬
‫על עצמו ויוצר קטע דו‪-‬גדילי כאשר הבסיסים החנקניים מסתדרים עליו בהתאמה כמו ב‪-‬‬
‫‪ .DNA‬אדנין עם אוראציל וגואנים עם ציטוזין‪.‬‬
 ‫בניית ‪ RNA‬עפ"י דגם ‪ -DNA‬שעתוק (‪:)transcription‬‬

‫מולקולת ה‪ RNA-‬מורכבת על פי דגם ה‪ – DNA-‬באמצעות אנזים הנקרא ‪.RNA polymerase‬‬

‫מולקולת ה‪ DNA-‬נפתחת וה‪ RNA polymerase-‬מייצר גדיל ‪ RNA‬הופכי‪ -‬תהליך שיעתוק‪.‬‬
‫בעצם נוקלאוטידים של ‪ RNA‬נקשרים מעל הנוקלאוטידים של ה‪ DNA-‬וככה נבנית לנו‬
‫מולקולה חד גדילית‪ .‬הפולימראז עושה שיעתוק בצורה חד כיוונית מהקצה של פחמן ‪ 5‬לכיוון‬
‫הקצה של פחמן ‪ .3‬מכיוון שהוא עושה זאת באופן חד כיווני בלבד‪ -‬תהליך השיעתוק בכל‬
‫אחד מן הגדילים מתרחש בכיוון שונה‪.‬‬
‫ה‪ RNA-‬נוצר מקצה ‪ 3‬שלו אל קצה ‪ ,5‬כלומר בכל פעם נוסף לנו בסיס חנקני‪-‬קצה ‪ 3‬חדש‪.‬‬
‫(הוא בעצם כל פעם מחבר את הזרחה אל פחמן ‪ 3‬של הנוקלאוטיד האחרון‪.‬‬

‫איך ה‪-‬‬
‫‪ RNA‬פולימראז יודע היכן להתחיל את השעתוק?‬

‫כאמור מדובר באנזים המייצר רצף נוקלאוטידים חדש על בסיס גדיל ה‪DNA-‬‬
‫לפני כל קטע ‪ DNA‬נמצא רצף המונה כמה עשרות בסיסים (לפחות) המסמן את הנקודה‬
‫ממנה צריך להתחיל את השעתוק‪ .‬רצף זה נקרא בשם המוכר לנו לטובה ‪ .Promotor‬את‬
‫סיום השיעתוק מסמנים שלושה קודונים שונים ‪.UGA, UAA, UAG‬‬

‫טיפוסי ‪ RNA‬שונים‪:‬‬

‫כל טיפוסי ה‪ RNA-‬השונים בנויים מאותן יחידות מבניות (נוקלאוטידים) אולם הרצף שלהן‬
‫שונה‪.‬‬

‫‪ -mRNA‬רנא שליח‪ :‬תפקידו של ה‪-‬רנא השליח הוא בהעברת הרצפי המידע הנמצאים על ה‬
‫‪ DNA‬בגרעין אל הציטופלסמה שם הם יתורגמו לחלבונים בריבוזום‪ .‬הוא מהווה ‪ 5%‬מכמות‬
‫ה‪ RNA-‬בתא‪.‬‬
 ‫‪ -Ribosomal RNA‬רנא ריבוזומלי הוא המרכיב את הריבוזום‪ -‬בעצם אבני הבניין של‬
‫הריבוזום‪ .‬מהווה כ‪ 90%-‬מן ה‪ DNA-‬בתא‪.‬‬

‫)‪ -TRNA (transport RNA‬מדובר בקבוצת מולקולות קטנות‬

‫בעלות מבנה תלת ממדי (הגדיל שלהן מקופל כך שחלק‬
‫מהבסיסים החנקניים שלו מחוברים)‪ .‬במולקולה זו ישנם שני‬
‫אתרים חשובים לעניינינו‪ .‬בצד אחד שלה יש אתר התקשרות‬
‫לחומצה אמינית ובצדה האחר יש רצף של שלושה בסיסים לא‬
‫מזווגים‪ -‬תפקידם להתחבר על ה‪ mRNA-‬שנמצא בתוך‬
‫הריבוזום והם נקראים "אנטי קודון"‪ .‬ה‪ TRNA-‬בעצם מביא את‬
‫החומצות האמיניות אל הריבוזום ושם הוא מתחבר למקומו על‬
‫גבי הרצף שנמצא על ה‪ mRNA-‬וכך נוצר לנו רצף חומצות‬
‫האמינו המוביל לבניית חלבון‪( .‬בערך ‪ (5%‬מן ה‪ RNA-‬בתא‪ .‬ה‪ tRNA-‬ייחודי לכל חומצת‬
‫אמינו‪.‬‬

‫‪ -Micro RNA‬אחראי על בקרה של ביטוי גנים‪ 1% .‬מה‪ RNA-‬בתא‪.‬‬

‫הריבוזום‪:‬‬

‫הריבוזום הוא בית חרושת להרכבת חלבוני התא מחומצות אמינו‪ .‬תהליך זה נקרא "תרגום" (‬
‫‪ )translation‬מכיוון שבריבוזום בעצם נעשית עבודת תרגום משפת הנוקלאוטידים (קודונים)‬
‫אל שפת החלבון‪.‬‬
‫ראשית תהליך התרגום הוא ב‪ mRNA-‬שבעצם מעביר את המידע מן ה‪ DNA-‬שבגרעין אל‬
‫הריבוזום‪ .‬מולקולות ה‪ mRNA-‬עוברות דרך הריבוזום אשר "קורא" את המידע התורשתי‬
‫ביחידות מידע בנות ‪ 3‬נוקלאוטידים (קודונים)‪ -‬כל קודון מכיל את המידע לחומצה אמינית‬
‫אחת בחלבון שעתיד להיווצר‪ .‬מולקולת ‪ tRNA‬מביאה אל הריבוזום את חומצת האמינו‬
‫המתאימה ומחברת אותה אל קודמתה בקשר פפטידי‪ .‬כאשר מגיע קודון סיום על גבי ה‪-‬‬
‫)‪ mRNA (UAA, UGA, UAG‬הריבוזום משחרר את מולקולת ה‪ mRNA-‬ובכך מגיע התהליך אל‬
‫סופו‪.‬‬

‫הריבוזום בנוי משתי יחידות (גדולה וקטנה) עם שלושה אתרים (‪ .)P, A, E‬מורכב מכ‪65%-‬‬
‫רנ"א ריבוזומלי וכ‪ 35% -‬חלבונים ריבוזומליים‪.‬‬

‫תהליך התרגום‪:‬‬
‫התהליך מתחיל כאשר היחידה הקטנה של הריבוזום נקשרת ל‪ mRNA-‬באתר הנקרא ‪RBS‬‬
‫)‪ (ribosom binding site‬ונעה לקראת תחילת הקודונים על ה‪.mRNA-‬‬
 ‫ב‪ tRNA-‬ישנו אנטי קודון המתאים לקודון הנמצא על ה‪ mRNA-‬כאשר מגיע הקודון המתאים‪-‬‬
‫לרוב‪ ,‬תחילת התרגום יהיה במתיונין המקודד ע"י הקודון ‪ .AUG‬כעת היחידה הגדולה של‬
‫הריבוזום "מתיישבת" על היחידה הקטנה שכבר נמצא עליה ‪ mRNA‬ונוצרים לנו אתרים ‪ A‬ו‪-‬‬
‫‪ .P‬ה ‪ tRNA‬הראשון נכנס לאתר ‪ P‬והשני שאחריו נכנס לאתר ‪ .A‬בצורה זו הובאו לנו ‪2‬‬
‫חומצות אמינו הנמצאות כעת אחת ליד השניה ונוצר בינהן קשר פפטידי‪ .‬ה‪ tRNA-‬באתר ‪P‬‬
‫מתנתק מן החומצה האמינית שהייתה קשורה אליו (וכעת קשורה אל החומצה שקשורה ל‬
‫‪ tRNA‬באתר ‪ )A‬ועובר אל תת יחידה‪ E‬ממנה הוא נפלט החוצה‪ .‬במקביל נכנס ‪ tRNA‬חדש אל‬
‫הריבוזום לפי הקודון הבא בתור (מעין סרט נע) ה‪ tRNA-‬הקיים עובר מיחידה ‪ A‬אל יחידה ‪P‬‬
‫ויש מקום להקשרות חדשה עם חומצה אמינית חדשה וכן הלאה‪ ...‬המצב ממשיך עד שנגיע‬
‫ל‪ stop codon-‬על ה‪ .mRNA-‬בשלב זה נכנס פקטור משחרר אל אתר ‪ A‬ותהליך התרגום‬
‫נפסק‪ .‬הריבוזום מתפרק לשתי תת היחידות והחלבון משתחרר בתא‪.‬‬

‫*‪ DNA‬פולימראז הינו אנזים שתפקידו הוא להשלים את ה‪ DNA-‬הנמצא במצב "חדש" לדו‬
‫גדילי‪ -‬לקחת גדיל בודד ולייצר עליו מקטע ‪ DNA‬הופכי חדש‪ -‬לייצר את הגדיל השני‪( .‬כמו‬
‫שעשינו בגנטיקה)‪.‬‬

‫חומצות אמינו‬

‫כפי שאמרנו‪ -‬חומצות אמינו הן אבני הבניין של החלבונים שלנו‪ -‬הן המונומר‪ -‬החלבון הוא‬
‫כמובן פולימר‪.‬‬

‫יש לכל חומצה אמינית מספר חלקים פונקציונלים‪:‬‬

‫אמין‪NH3:‬‬

‫קרבוקסיל‪COOH :‬‬

‫שייר ‪R‬‬
 ‫מימן ‪H‬‬

‫כל החברה האלה קשורים אל פחמן אחד הנקרא‪ -‬פחמן אלפא‪.‬‬

‫קשר פפטידי הינו קשר בין הקצה האמיני של חומצה אחת ובין הקרבוקסיל של החומצה‬
‫שבאה אחריה‪ .‬בעת יצירת קשר פפטידי‪ -‬משתחררת מולקולת מים אחת‪ .‬החנקן בקצה‬
‫שני מימנים ואילו מן הקצה‬ ‫האמיני משחרר‬
‫הקרבוקסילי משתחרר חמצן‬
‫אחד‪.‬‬

‫מטענה של החומצה האמינית (חיובי או שלילי) יהיה מושפע מן ה‪ PH-‬שבסביבתה‪.‬‬

‫‪-‬‬
‫בסביבה בסיסית‪ -‬הקרבוקסיל יכול לעבור דה‪-‬פרוטונציה‪ ,‬לשחרר‪ H‬ולהפוך ל‪COO-‬‬
‫ובסביבה חומצית האמין יכול לעבור פרוטונציה ולקבל ‪ H‬נוסף ולהפוך ל‪. +NH3-‬‬

‫בטווח ‪ PH‬שבין ‪ 9.4 – 2.2‬מרבית חומצות האמינו יהיו עם קבוצת אמין טעונה חיובית (לאחר‬
‫פרוטונציה) וקבוצה קרבוקסילית טעונה שלילית (דה פרוטונציה)‪.‬‬
‫—‬
‫הנקודה בה בדיוק מחצית מן המולקולות של החומצה יהיו עם ‪ COOH‬ומחצית עם ‪COO‬‬
‫נקראת ‪ . PK1‬הנקודה בה בדיוק מחצית מן המולקולות של החומצה יהיו עם ‪ NH2‬ומחצית יהיו‬
‫עם‪ +NH3‬נקראת ‪. PK2‬‬
‫לכל חומצות האמינו ישנה נקודה מסוימת בה סך המטענים במולקולה מאפסים זה את זה‪Pi-‬‬
‫הנקודה האיזואלקטרית‪ .‬במצב בו אין לחומצה האמינית שייר ‪ R‬בעל מטען כלשהו‪ -‬נקודה ‪Pi‬‬
‫תהיה בדיוק בין ‪ PK1‬ל‪.PK2-‬‬
 ‫הקרבוקסיל‪ :‬כאמור יכול להיות‬
‫טעון שלילית ללא פרוטון ויכול‬
‫להיות נייטראלי עם אטום מימן‪.‬‬
‫מה שקובע אם יהיה שלילי או‬
‫בסיסי הוא חומציות הסביבה‪.‬‬
‫מעבר לערך ‪ PH‬מסוים (לרוב ‪2.2‬‬
‫הקרבוקסיל ישחרר את הפרוטון‬
‫שלו ויהפוך טעון שלילית)‪ .‬ערך זה‬
‫‪ PH‬זה מכונה ‪.PKa1‬‬

‫האמין‪ :‬האמין יכול להופיע בצורה של ‪ +NH3‬ויכול להיות פשוט בצורה של ‪ .NH2‬גם כאן מה‬
‫שקובע אם יקבל פרוטון או יתרום אותו הוא ה‪PH-‬‬
‫של הסביבה‪.‬‬
‫לרוב מעל ‪ PH‬של ‪ 9.4‬האמין יהיה קשור לשני‬
‫מימנים (ישחרר פרוטון אל הסביבה על מנת‬
‫להוריד את הבסיסיות) ומתחת לערך זה יהיו‬
‫קשורים לחנקן ‪ 3‬מימנים‪ .‬נקודה זו מכונה ‪.PKa2‬‬

‫ואם נאחד את שני המצבים‪:‬‬

‫(חשוב לזכור את המצב‬

‫צוויטריון)‪.‬‬
‫כמו כן‪ -‬לשים לב שבאיור‬
‫אנו מדברים על חומצות‬
‫אמינו ללא ‪.PKR‬‬

‫שייר ה‪:R-‬‬

‫שייר ה‪ R-‬הוא בעצם‬

‫מה שנותן לחומצה האמינית את התכונות המיוחדות שלה‪.‬‬
‫ישנם שיירים דומים המקנים תכונות דומות ולכן נוכל למיין את חומצות האמינו לפי שיירי ה‪R-‬‬
‫שלהן‪.‬‬
‫קבוצות של חומצות אמינו‪ :‬אליפטיות‪ ,‬הידרוקסיליות‪ ,‬חומציות‪ ,‬בסיסיות‪ ,‬ארומטיות‪ ,‬מכילות‬
 ‫גופרית (כמובן שיש כל מיני שיוכים מכיוון שהשיוך הוא בעיני המתבונן‪.‬‬
‫בהתאם לאופיו של השייר יש לנו חומצות אמיניות עם קבוצה פונקציונלית נוספת (עוד קבוצה‬
‫שיכולה לשחר ולקלוט מימן עפ"י חומציות הסביבה)‪ .‬הנקודה בה הקבוצה הפונקציונלית‬
‫מוסרת‪ /‬מקבלת מימן נקראת ‪ .PKR‬לרוב היא תהיה בין ‪ 2.2-9.4‬למעט חומצות האמינו‬

‫הבסיסיות והחומציות‪.‬‬

‫‪ :PI‬מדובר בנקודה בה מטענה הכולל של המולקולה שווה ל‪ -0-‬כאמור הנקודה האיזואלקטרית‪.‬‬

‫קיים מצב בו מטענה הכולל של המולקולה אכן שווה ל‪ .0-‬יחד עם זאת קיים גם מצב בו הנקודה בה‬
‫המטענים מבטלים זה את זה‪ -‬מדובר בדו קיום רופף בו כל תזוזה עלולה להפר את שיווי המשקל‬
‫העדין‪ .‬מולקולות צוויטריוניות הן מולקולות מן הסוג השני‪.‬‬
‫במולקולה ללא קבוצת ‪R‬פ פונקציונאלית נוכל לחשב את נקודת ה‪ PI-‬באופן הבא‪:‬‬

‫למעשה אנו עושים ממוצע בין ה‪ PK-‬הראשון בו החומצה משחררת מימן מן הקרבוקסיל וה‪ PK-‬השני‬
‫בו החומצה קולטת מימן נוסף אל האמין‪.‬‬

‫כאשר יש לנו חומצה אמינית עם קבוצה פונקציונאלית טעונה נבדוק מתי המטען שלה מתאפס‪ -‬אם‬
‫מדובר בחומצת אמינו חומצית המטען יתאפס בין ‪ PK2‬ובין ‪ -PKR‬זאת משום שב‪ PK2-‬מטען המולקולה‬
‫הוא ‪ 1+‬וה‪ PKR‬הוא שיעביר אותה לרוב להיות טעונה שלילית (מכיוון שהוא ישחרר פרוטון לפני‬
‫הקרבוקסיל) ‪.‬‬
‫אם מדובר בחומצה אמינית בסיסית‪ -‬המטען יתאפס בין ‪ PK1‬ובין ‪ PKR‬מכיוון ששייר ה‪ R-‬ישחרר מימן‬
‫לפני שהאמין יעשה זאת‪( .‬למעט בטירוזין וארגנין בהן ה‪ PKR-‬גבוה מ‬
 ‫‪.)PK2‬‬
‫לכן נחשב את הנקודה האיזואלקטרית בצורה הבאה (בהתאם לשייר ה‪:)R-‬‬

‫‪ -PK‬הוא הנקודה בה ריכוז המולקולות שלא עברו פרוטונציה‪ /‬דה פרוטונציה הוא זהה בתמיסה‪.‬‬
‫נקודה זו מתוארת ע"י ערך ‪.PH‬‬

‫*חומצות אמינו בולעות אור נראה בתחום שבין ‪ 400-700‬נאנומטר‪ .‬כמו כן כל חומצות האמינו בולעות‬
‫גםקרני ‪ UV‬באורך גל של ‪ , 220nm‬למעט חומצות אמינו ארומטיות שבולעות גם אורך גל של‪280nm‬‬
‫בשל קשרים כפולים מצומדים שמגבירים בליעת ‪.UV‬‬

‫כאשר נשרשר את חומצות האמינו אחת לשנייה בקשרים פפטידיים בעצם נאבד את תכונות‬
‫הקרבוקסיל והאמין כקבוצות פונקציונאליות (למעט הקצוות של החלבון)‪ .‬לכן מה שייקבע את תכונות‬
‫החלבון יהיה על פי רוב תכונות שיירי ה‪ R-‬של החומצות‪ .‬בעצם נשאר לנו רק ה‪.PKR-‬‬

‫חומצות אמינו כבופר‪:‬‬

‫מכיוון שיש לחומצות האמינו יכולת פרוטונציה‪ /‬דהפרוטונציה בקבוצות פונקצינאליות שונות (אמין‪,‬‬
‫קרבוקסיל‪ ,‬שייר ‪ .)R‬משום שכך‪ ,‬כאשר נוסיף ‪ +H‬לתמיסה (במדה שהייתה לפני זה נייטרלית) יוכל‬
‫הקרבוקסיל לאסוף אותם ובכך לנטרל את הוספת החומצה על ה‪ -PH-‬זאת כמובן עד שייגמרו לנו‬
‫מולקולות החומצה‬
‫האמינית הטעונות שלילית‪.‬‬
‫במצב הפוך בו אנו‬
‫מוסיפים ‪ -OH‬אל תמיסה‬
‫נייטראלית אז הקצה‬
‫האמיני יכול לשחרר‬
‫פרוטונים וכך לנטרל את‬
‫הוספת הבסיס לתמיסה‪.‬‬
 ‫קצה אמיני משחרר מימנים וממתן עליה בבסיסיות‪.‬‬

‫קצה קרבוקסילי של שייר ‪ R‬משחרר פרוטונים וממתן עלייה בבסיסיות‪.‬‬

‫קצה קרבוקסילי של החומצה משחרר פרוטונים וממתן עלייה בבסיסיות‪.‬‬

 ‫חומצות אמינו אליפטיות‪:‬‬
‫קבוצות ה‪ R-‬הן א‪-‬פולריות ולכן הידרופוביות‪.‬‬
‫השיירים של אלאנין‪ ,‬ואלין‪ ,‬לאוצין ואיזולאוצין נוטים להתקבץ כאשכול בתוך חלבונים וכך‬
‫הם מייצבים את תצורת החלבון‪.‬‬
‫גליצין אמנם אליפטית אך השייר שלה קטן מדי ולכן לא לוקח חלק משמעותי בריאקציות‬
‫הידרופוביות‪ .‬ככל שיהיו לנו יותר יחידות מחומצות אמינו אלה בשרשרת החלבונית היא‬
‫תהיה יותר הידרופובית ופחות פולארית‪.‬‬

‫חומצות אמינו גופריתיות‪:‬‬

‫מתיונין וציסטאין הינן שתי חומצות האמינו היחידות בעלות אטום גופרית‪ .‬יחד עם זאת‪,‬‬
‫הגופרית במתיונין לא באה לידי ביטוי בריאקציות מכיוון שהוא קשור משני צדדיו לפחמנים‪.‬‬
‫בציסטאין ישנו קשר ‪ -SH‬מדובר במולקולה גופריתית פולארית‪.‬‬
‫מכיוון שקשרי ‪ S-H‬הם קשרים לא חזקים במיוחד‪ -‬המולקולה מסוגלת לבצע ריאקציות יחסית‬
‫בקלות‪ .‬לרוב הגופרית בציסטאין תייצר קשרים די‪-‬סולפידים‪ .‬קשרים אלו חשובים מאוד‬
‫ביצירת מבנים חלבוניים שניוניים ושלישוניים ושמירתם‪ .‬שבירה של קשרים די סולפידים‬
‫נעשית בסביבה מחזרת‪.‬‬

‫חומצות אמינו ארומטיות‪:‬‬

‫פניל אלאנין‪ ,‬טירוזין וטריפטופן‪ -‬מולקולות עם שייר ‪ R‬ארומטי‪ .‬מדובר במולקולות‬
‫א‪-‬פולאריות יחסית ולכן הידרופוביות‪ -‬כולן יכולות להשתתף בקשרים הידרופוביים‪.‬‬
‫הקבוצה ההידרוקסילית בטירוזין יכולה לבצע קשרי מימן (חשוב מאוד באנזימים מסוימים)‪.‬‬
‫טירוזין וטריפטופן פולאריות יחסית לפניל‪-‬אלאנין בגלל השיירים שלהן (הידרוקסיל בטירוזין‬
‫ושייר חנקני בטריפטופן)‪.‬‬
‫שלושת המולקולות בולעות קרינת ‪ UV‬באורך גל של ‪( 280nm‬פניל אלאנין בולעת‬
‫משמעותית פחות מן השתיים האחרות)‪ .‬החומצות האמיניות האחרות בולעות אורך גל של‬
‫‪ 220nm‬ועובדה זו משמשת מדענים בזיהוי חלבונים שונים‪.‬‬
‫רק לטירוזין יש ‪ PKR‬והוא גבוה יחסית משום ש‪ -O‬יכול להיות מיוצב ע"י הטבעת הארומתית‪.‬‬

‫חומצות אמינו בעלות קבוצות ‪ R‬פולאריות לא טעונות‪:‬‬

‫קבוצות אלו מסיסות במים בגלל השיירים הפולארים שלהן‪-‬יוצרים קשרי מימן עם המים‪.‬‬
‫הקבוצה כוללת תראונין‪ ,‬סרין‪ ,‬ציסטאין‪ ,‬פרולין‪ ,‬אספרגין וגלוטמין‪ .‬סרין ותראונין מכילות‬
‫קבוצה הידרוקסילית ולכן ישתתפו בקשרי מימן במערכות פולאריות‪.‬‬
‫אספרגין וגלוטמין מכילות קבוצה אמידית וציסטאין מתחמצנת בקלות על מנת לייצר קשרים‬
‫עם מולקולות ציסטאין נוספות‪.‬‬
 ‫חומצות אמינו טעונות חיובית (בסיסיות)‪:‬‬
‫היסטדין‪ ,‬ליזין וארגנין הן חומצות אמינו שב‪ PH=7-‬הן יהיו טעונות חיובית‪ .‬להארגינין ולליזין‬
‫יש בעצם שייר אליפטי (לא טעון)‪ .‬להיסטידין יש שייר ‪ R‬עם ‪ PK‬קרוב מאוד לנייטראלי (‬
‫‪.)7.59‬‬
‫בפעולות אנזימתיות רבות ההיסטדין מתפקד כתורם‪ /‬מקבל פרוטון (כפרה עליו)‪.‬‬

‫חומצות אמינו חומציות (טעונות שלילית)‪:‬‬

‫שתי חומצות אמינו שיש להן מטען שלילי ב‪ PH=7-‬הן אספרטט וגלוטמט‪ .‬לשתיהן קבוצה‬
‫קרבוקסילית ולכן הן יוצרות אינטראקציות פולאריות ואלקטרוסטטיות‪.‬‬

‫*לרוב נראה חומצות פולריות וטעונות בחלק החיצוני בחלבון והידרופוביות בליבה שלו‪.‬‬

‫* חומצות אמינו במומסות במים יהיו לרוב במצב צוויטריון – יון דיפולארי היכול לתפקד גם‬
‫כחומצה (נותן פרוטון) במידה וה‪ PH-‬יורד וגם כבסיס (קולט פרוטון) במידה וה‪ PH‬עולה‪.‬‬

‫חלבונים‬

‫כללי‪ :‬פפטיד‪-‬עד ‪ 40‬חומצות אמינו‪ ,‬מעל ‪ 40‬מדובר בחלבון!‬

‫ישנם פפטידים שאינם מסונתזים ע"י הריבוזום‪ -‬ישנם אנזימים שתפקידם לסנתז פפטידים‬
‫אלו והם נפוצים בבקטריות ובפטריות‪.‬‬

‫פפטידים ציקליים‪ :‬הקצה האמינים והקצה הקרבוקסילי מתחברים‪.‬‬

‫מונומריק‪ :‬שרשרת פפטידית אחת (כמו מיוגלובין)‪.‬‬

‫אוליגומריק‪ :‬מבפר שרשראות פפטידיות יחדיו (כמו המוגלובין)‪.‬‬
‫דימר‪ :‬שתי שרשראות פפטידיות (למשל אינוסלין בו בין שתי השרשראות יש קשרים די‬
‫סולפידים שהם קשרים קוולנטים‪ ).‬ישנו חיידק הנמצא במצב של חלבון בתצורת די מר‪ -‬הוא‬
‫נכנס אל המיג'ור גרוב בדנא ומונע את תהליך שיעתוק הדנא ע"י הרנא‪.‬‬

‫מבנה החלבון (בכללי)‪:‬‬

‫החלבון כאמור בנוי מהמון חומצות אמינו המחוברות בקשרים קוולנטים‪ .‬מכיוון שמתאפשר‬
‫סיבוב חופשי מסביב לכל קשר כזה החלבון יכול להתארגן באינספור קונפורמציות מרחביות‪.‬‬
‫עקרונות‪:‬‬
‫המבנה המרחבי נקבע ע"י המבנה הראשוני שהוא בעצם רצף החומצות האמיניות‪.‬‬
‫תפקוד החלבון תלוי בקיפול תלת ממדי נכון‪.‬‬
‫המבנה התלת ממדי יהיה בנוי ממבנים פשוטים‪ -‬אלפא הליקס‪ /‬בטא שיט‪.‬‬
 ‫מבנה ראשוני‪ :‬רצף חומצות האמינו עצמו בנוי מחומצות אמינו ומקשרים די סולפידים (אם‬
‫יש מספיק ציסטאין)‪ .‬הקונפורמציה בשלב זה נקבעת עקב אילוצים סטריים אשר בסופו של‬
‫דבר ייצרו מבנה שניוני יציב יותר‪.‬‬

‫מבנה שניוני‪ :‬ארגון‬

‫תלת ממדי מקומי (אלפא הליקס‪ /‬בטא שיט)‪ .‬מדובר במבנה יציב יותר של חומצות האמינו‬
‫ולרוב יתקיימו בו חזרות מסויימות‪.‬‬

‫מבנה שלישוני‪ :‬ארגון תלת ממדי שח מבנים שניוניים‪ .‬הוא מיוצר ע"י קשרים קוולנטים‬
‫אשר יכולים להכיל מבנה שניוני אחד או יותר כמעט בכל קומבינציה שתעלה על הדעת‪.‬‬

‫מבנה רביעוני‪ :‬מבנה זה יהיה קיים רק בחלבון עם יותר משרשרת פוליפפטידית אחת! בעצם‬
‫הארגון המרחבי של החלבונים השלישוניים וארגונם לחלבון (לדוגמא‪ -‬המוגלובין)‪.‬‬

‫מבנה ראשוני‪ -‬אז מה הולך שם??‬

‫פחמני האלפא של שתי חומצות אמינו יהיו מחוברים בניהם דרך שלושה קשרים קוולנטים‬
‫ומסודרים בצורה הבאה‪ . Ca----C-----N-----Ca :‬ישנו רזוננס‪ -‬שיתוף חלקי של ‪ 2‬אלקטרונים‬
‫בין החמצן הקרבונילי והחנקן האמידי‪ .‬לחמצן‬
‫מטען שלילי ולחנקן מטען שלילי והדבר יוצר‬
‫די‪-‬פול‪.‬‬
‫באיור הנ"ל ‪ R‬מסמל לנו פחמן אלפא‪.‬‬

‫מתוך כך עולה כי קשר ‪ C----N‬לא יכול‬

‫להסתובב בשל אופי הקשר הכפול החלקי בניהם‪.‬‬
‫מדובר בקשר פלנארי‪ -‬שני החמצנים של הקצוות הקרבוקסיליים של כל שתי מולקולות‬
‫סמוכות יהיו במצב טרנס‪.‬‬
‫בעצם נוצר לנו מצב בו יש לנו פחמן אלפא שיכול להסתובב ומשני צדדיו יש לנו שני משטחים‬
‫יציבים בגלל הקשרים הפפטידיים‪ .‬שייר ה‪ R-‬כמובן יושב על פחמן האלפא ולכן הוא יכול‬
‫להסתובב‪ -‬יכולת סיבוב זו עם שייר ה‪ R-‬יוצרת לנו הפרעות סטריות אל מול‬
‫הקשרים הקשיחים בחלק מן הנקודות‪.‬‬
‫נוכל לבדוק את רמת ההפרעה בכל אחת מן הקונפורמציות האפשריות של שייר ה‪ R-‬אל מול‬
‫המולקולה עצמה ולייצר מפת אנרגיה‪ .‬ככל שההפרעה גדולה יותר‪ ,‬כך האנרגיה גבוהה יותר‬
‫והמולקולה יציבה פחות‪.‬‬

‫מדובר באיור תלת ממדי‪ -‬הוא בעצם סוג‬

‫של גליל (ניתן לראות את המעלות על‬
‫צירים ‪ X‬ו‪.)Y-‬‬

‫החלקים הצהובים הם אנרגיה גבוהה‪-‬‬

‫משמע מצב לא יציב עבור המולקולה‪.‬‬
‫החלקים הכהים ביותר הם המצב היציב‬
‫ביותר‪ .‬אנו יכולים לראות כי המצבים של‬
‫אלפא הליקס ימני ושל בטאשיט פרללי‬
‫ואנטי פרללי הם מעין בורות אנרגטיים‬
‫שכאשר המולקולה מגיעה אליהם‪ -‬הסבירות שתצא מהם נמוכה מאווווד‪ .‬על מנת להגיע אל‬
‫אלפא הליקס שמאלי המולקולה צריכה לעבור שיא אנרגטי ולכן סביר להניח כי לא תגיע‬
‫לשם‪.‬‬
‫והנה תמונה של מה שקורה בשטח‪ -‬רוב החלבונים נמצאים על אלפא הליקס‬
‫ימני ועל בטאשיט‪ ,‬מעט מאוד על אלפא הליקס שמאלי ויש טיפונת באמצע‪.‬‬

‫מבנה שניוני‪:‬‬
‫המבנה השניוני מתאר קונפורמציה תלת ממדית מקומית על גבי הרצף‬
‫הפוליפפטידי‪ .‬חלק מן המבנים השניוניים הם יציבים במיוחד ומצויים במרבית החלבונים אלו‬
‫הם האלפאהליקסים והבטאשיט‪.‬‬

‫אלפא הליקס‪:‬‬

‫זהו המבנה הפשוט ביותר בו יכול להיערך פוליפפטיד על הקשרים הקשיחים והגמישים שבו‪.‬‬
‫אנו יכולים לתאר צורה הליקלית זו כעמוד השדרה של החלבון שסביבו נכרך הפפטיד כמו‬
‫קפיץ כאשר קבוצות ה‪ R-‬פונות החוצה‪.‬‬

‫מרחקו של סבוב שלם של אלפא הליקס הוא ‪ 5.4‬אנגסטרם לאורך השדרה וכל סבוב שכזה‬
‫מכיל בממוצע ‪ 3.6‬שיירי ‪ R‬של חומצות אמינו‪.‬‬
‫הזויות יהיו‪ psi<-45 <50- :‬ו‪( phi =(-60) -‬אפשר להסתכל בדיאגרמה של ההודי למעלה)‪.‬‬
‫מדובר בקונפורמציה המופיעה בקלות מכיוון שהיא עושה שימוש אופטימאלי בקשרי המימן‬
 ‫בליבת המבנה‪ .‬בעצם יש לנו קשר מימן בין אטום המימן שנמצא על החנקן של קבוצה‬
‫פפטידית אחת לחמצן של קבוצה פפטידית הנמצאת במרחק ‪ 3-4‬מקומות ממנה (הרי יש ‪3.6‬‬
‫שיירים בסיבוב)‪ .‬האינטראקציה הזאת היה מה שייצב את מבנה האלפא הליקס או יפר אותו‪.‬‬
‫לדוגמא‪ -‬פרולין אשר אין לה ‪ NH‬בקשר הפפטידי‪ -‬החנקן נמצא על טבעת ולכן אין אפשרות‬
‫לסיבוב בינו ובין פחמן אלפא‪ .‬מה שהדבר ייצר הוא פיתול במבנה ההליקס במקרה בו יש לנו‬
‫על הרצף פרולין‪.‬‬

‫מומנט די‪-‬פול בקשר הפפטידי ייצב את ההליקס‪.‬‬

‫תמיד נמצא אלפא הליקס ימני!!! קיימים מעט מקרים בהם נראה גם סיבוב שמאלי אך הם לא‬
‫יגיעו לכדי ייצור סליל שלם!‬

‫רצף של חומצות אמינו בעלות מטען דומה יערערו את המבנה של ההליקס מכיוון שהמטענים‬
‫דוחים זה את זה‪.‬‬
‫גם רצף של חומצות אמינו הידרופוביות וגדולות יערער את המבנה גם כאן בגלל דחייה‪.‬‬

‫גורמים שישפיעו על ייציבות ההליקס‪:‬‬

‫‪ .1‬דחיות ומשיכות בין שיירי ה‪ R-‬של חומצות אמינו עוקבות ברצף (הטעונות ‪)-/+‬‬

‫‪ .2‬חומצות אמינו גדולות ייצרו אי יציבות בשל הפרעה סטרית‪.‬‬

‫‪ .3‬אינטראקציות בין חומצות אמינו עם מטענים מנוגדים או חומצות אמינו ארומטיות מייצבות‬
‫במרחק ‪ 3-4‬חומצות אמינו‪.‬‬

‫‪.4‬שכיחות גבוהה של גליצין תערער את המבנה‪ -‬מכיוון שהגליצין הוא החומצה בעלת‬
‫הגמישות הקונפורמרית הגבוהה ביותר‪ ,‬הוא מסגל לעצמו מבנה שונה מזה של האלפא‬
‫הליקס‪.‬‬

‫‪ .5‬שכיחות גבוהה של פרולין תערער גם היא את מבנה ההליקס מכיוון שאין לה מימן על‬
‫החנקן המשתתף בקשרים הפפטידיים‪.‬‬

‫‪ .6‬די פול של חומצות אמינו טעונות ייצב את‬

‫המבנה‪.‬‬
 ‫בטא‪-‬שיט'‬

‫מבנה שכיח אף יותר‪.‬‬

‫בקונפורמציה זו הרצפים של חומצות האמינו נערכים זה לצד זה במשטחים‪ .‬קשרי המימן‬
‫נוצרים לנו בין רצפים שכנים (על מישור מקביל) בין חמצן למימן‪.‬‬

‫שיירי ה‪ R-‬במבנה זה בולטות החוצה לשני צידי המשטח בכיוונים מנוגדים‪.‬‬

‫יש לנו שני סוגים של משטחי בטא‪:‬‬

‫חיבור פרללי‪ -‬הרצפים בעצם מקבילים אחד לשני (פחמן אלפא מול פחמן אלפא‪ ,‬אמין מול‬
‫אמין וקרבוניל מול קרבוניל) הדבר יוצר לנו מצב בו קשרי המימן מעט ארוכים יותר מכיוון‬
‫שהמימן שעל החנקן לא נמצא מול חמצן‪ -.‬קשרי מימן בזוית‪.‬‬

‫חיבור אנטי‪-‬פרללי‪ -‬הרצפים הקשורים זה לזה הולכים בכיוונים מנוגדים‪ .‬ז"א פחמן אלפא מול‬
‫פחמן אלפא‪ ,‬אמין מול קרבוניל‪ ,‬קרבוניל מול אמין‪ .‬הקונפורמציה הזו יוצרת קשרי מימן אשר‬
‫יכולים להיות קצרים יותר מכיוון שהמימן שעל החנקן נמצא ממש מול החמצן של חומצת‬
‫האמינו המקבילה‪.‬‬

‫ייתכן צבר של משטחי בטא משני המערכים יחד ומשטחים אלו יורכבו לרוב מ‪2-16‬‬
‫שרשראות מקבילות‪ .‬כאשר קבוצות ה‪ R-‬של החומצות המרכיבות את הרצפים קטנות יחסית‬
‫שרשראות הבטא יוכלו להיערם בצמידות (פחות הפרעה סטרית)‪.‬‬

‫מבנה שלישוני ורביעוני‪:‬‬

 ‫בעצם ארגון החלבון במבנה תלת ממדי הוא במבנה השלישוני‪ .‬חומצות אמינו המרוחקות‬
‫אחת מן השנייה ולא מצויות באותו מקטע של מבנה שניוני יכולות להגיב זו עם זו ולהשפיע‬
‫על המבנה השלישוני של החלבון‪.‬‬

‫מיקום הקפלים והזוויות שלהם ברצף הפוליפפטידי נקבעים על ידי מספר ומיקום השיירים‬
‫גורמי הקיפול של חומצות אמינו כגון סרין‪ ,‬טראונין‪ ,‬פרולין‪ ,‬וגליצין‪.‬‬

‫לרוב הקשרים המחזיקים את המבנה השלישוני יהיו קשרים חלשים יחסית אך לעתים הם‬
‫יהיו גם קשרים קוולנטים או קשרים די‪-‬סולפידים‪.‬‬

‫חלבונים מסוימים מכילים ארבע תת יחידות נפרדות של חלבון‪ -‬סך הארגון שלהן במרחב‬
‫נקרא משנה רביעוני‪.‬‬

‫חלבונים מתחלקים לשני סוגים‪ :‬סיביים (בצורה סיבית) וגלובולריים (עגלגלים יותר)‪.‬‬

‫חלבונים סיביים‪( :‬לדוגמא‪ -‬אלפא קרטין‪ ,‬קולגן‪ ,‬יופיע הרבה בשיערות‪ ,‬נוצות‪ ,‬קשקשי דגים‬
‫וקרניים‪).‬‬

‫*חלבונים סיביים יהיו חזקים וגמישים‪-‬דבר הנובע מן המבנה השניוני שלהם‪.‬‬

‫*לא מסיסים במים‪ -‬שיירים הידרופוביים בולטים אל תוך החלבון וגם החוצה‪.‬‬
‫*יהיו לרוב בעלי צורה אחת של מבנה שניוני (או זה או זה)‪.‬‬
‫*המבנה הראשוני נוטה להיות פשוט יחסית ומורכב ממספר רצפים חוזרים של חומצות אמינו‬
‫מעטות‪.‬‬
‫אלפא קרטין‪:‬‬
‫בנוי משני הליקסים ימניים שמלופפים אחד מסביב לשני בסיבוב שמאלי‪ .‬השיירים פונים‬
‫לאותו כיוון‪.‬‬
‫אופן ליפוף זה מעניק חוזק לרקמות בהן הוא מצוי‪.‬‬
‫שני ההליקסים מיוצבים על ידי קשרים קוולנטים בין השרשראות הפוליפפטידיות ובין‬
‫שרשראות סמוכות בחלבון ועל ידי קשרים הידרופוביים‪.‬‬
‫חומצות אמינו אופייניות‪ :‬ואלין‪ ,‬איזוליאוצין‪ ,‬מתיונין‪ ,‬פנילאלאנין‪ ,‬אלנין‪ ,‬ציסטאין‪.‬‬

‫קולגן‪ -‬מאוד גמיש‪.‬‬

‫בנוי מהליקס שמאלי המכיל ‪ 4‬שיירים בכל סיבוב‪( .‬לא כמו באלפא הליקס המכיל ‪ 3.6‬שיירים‬
‫בממוצע)‪.‬‬
‫מורכב בתצורה הבאה‪ :‬גליצין‪----X---‬פרולין‪.‬‬
‫מחלבון זה מפיקים ג'לטין‪ .‬ליונק טיפוסי יש יותר מ‪ 30-‬גרסאות סטרוקטורליות של קולגן‪.‬‬
 ‫הוא מיוצב על ידי קשרים הידרופוביים ועל ידי קשרים קוולנטים בין בין ההליקסים‪ -‬הקשר‬
‫הקוולנטי הוא כתוצאה מדחיסה של שתי קבוצות ליזין‪.‬‬

‫חלבונים גלובולריים‪:‬‬

‫יכולים להכיל מספר רב מאוד של מבנים שניוניים המקופלים בצורה קומפקטית‪.‬‬

‫חלבונים גדולים יחסית‪.‬‬
‫לרוב החוץ והפנים יהיו מוגדרים היטב‪ -‬השיירים ההידרופיליים בחוץ וההידרופוביים בפנים‪.‬‬
‫במבנים אלו אנו רואים שסגמנטים שונים של הפוליפפטיד מתקפלים אחד על השני‪ .‬צורה זו‬
‫יוצרת את המבנה הקומפקטי יחסית שיופיע לרוב באנזימים‪ ,‬טרנספורטרים וחלבונים קטנים‬
‫אחרים‪.‬‬

‫‪ : Prosthetic group‬חומצה‪ /‬קבוצה פונקציונאלית המתווספת לחומצות האמינו אך אינו‬

‫חומצה אמינית‪ -‬ליצירת חלבון‪ .‬חומצות האמינו נותנות את הסביבה הכימית (החלבון נותן את‬
‫הסביבה הכימית) המתאימה לתפקודה של אותה קבוצה פרוסטטית‪ -‬לדוגמא קבוצת ‪heme‬‬
‫בהמוגלובין שתפקידו לקשור חמצן‪.‬‬

‫*חומצות אמינו המרכיבות את ה‪ DNA sintase‬יהיו בעקר חומצות אמינו בסיסיות וזאת מכיוון‬
‫שה‪ DNA-‬וה‪ RNA-‬שליליים בגלל קבוצת הפוספט‪.‬‬

‫ליפופרוטאינים‪ :‬חלבונים הקושרים שומנים‪.‬‬

‫גליקופרוטאינים‪ :‬חלבונים הקושרים סוכרים‪.‬‬

‫נוקלאופרוטאינים‪ :‬חלבונים הקושרים חומצות גרעין‪.‬‬

‫דה נטורציה של חלבונים‪:‬‬

‫דה‪ -‬נטורציה היא אבדן המבנה השלישוני והשניוני של החלבון‪ .‬לרוב מדובר באירוע בלתי‬
‫הפיך הגורם להשבתת החלבון‪ .‬ישנם חלבונים ספציפיים שבתנאים מסויימים יעברו‬
‫דה‪-‬נטורציה הפיכה‪ -‬כלומר קיצונית פחות המתרחשת ע"י‪:‬‬
‫*מומסים אורגניים או דטרגנטים שמפריעים לקשרים הידרופוביים‪.‬‬

‫* ‪ PH‬קיצוני המפריע לקשרים יוניים ולקשרי המימן‪.‬‬

‫סך הערעור של גורמים מפריעים אלו הוא בקשרים הלא קוולנטיים והוא הפיך כאשר נסיר את‬
‫הגורם הדנטורטיבי והחלבון עובר רה‪-‬נטורציה וחוזר לצורתו ותפקודו המקורי‪.‬‬
 ‫דוגמא לחלבון שעובר רה‪ -‬נטורציה הוא ‪ .RnaseA‬בהתחלה‬
‫החלבון מקופל (במצבו המקורי) באמצעות קשרים‬
‫די‪-‬סולפידים‪.‬‬
‫לאחר מכן מעבירים אותו דה‪-‬נטורציה והקשרים נפתחים‪.‬‬
‫כאשר אנו מסלקים את הגורם הדהנטורטיבי החלבון חוזר‬
‫להיות פעיל‪ -‬ניתן לבדוק זאת על ידי קצב פירוק ה‪RNA-‬‬

‫באמצעות תהליך זה של דה‪-‬נטורציה ורה‪-‬נטורציה הצליחו‬

‫להוכיח כי המבנה השלישוני נקבע על פי המבנה הראשוני‪.‬‬

‫כאשר העברנו את החלבון דה‪-‬נטורציה‪ -‬הקשרים‬

‫הדי‪-‬סולפידים נפתחו והחלבון הפסיק לתפקד‪ .‬בעצם רק‬
‫שברנו פה את המבנה השלישוני והמבנה הראשוני נשאר‪ .‬כאשר הסרנו את ההפרעה‬
‫הקשרים הדי‪-‬סולפידים חזרו למקומות בהם היו קודם לכן וחזרו לתפקד (רה‪-‬נטורציה) וזאת‬
‫למרות שהיו להם המוווון אפשרויות שונות להיקשר חזרה בתצורה לא נכונה‪ .‬בעצם‬
‫באמצעות דה‪-‬נטורציה עדינה הצליחו לשמור על המבנה הראשוני וכך לגלות שכאשר המבנה‬
‫הראשוני נשמר (בחלבונים הספציפיים הללו) יש יכולת לחזור בחזרה למבנה השלישוני‪.‬‬

‫מכאן ניתן להסיק כי המבנה הראשוני הוא שמכתיב את המבנים השניוניים והשלישוניים של‬
‫החלבון ובעצם מכתיב את פעולותיו‪( .‬לחלבונים עם פעילות דומה יהיו לרוב מקטעים דומים‬
‫במבנה הראשוני)‪.‬‬
‫ע"מ לבדוק אם איזור מסוים הוא חיוני לפעילות החלבון‪ ,‬ניתן לעודד מוטציות קטנות ומקומיות‬
‫במבנה הראשוני ולבדוק האם פעילות החלבון נפגעת‪.‬‬

‫הפרדוקס של לוונטל‪:‬‬
‫בגדול יש לנו המון אפשרויות לקיפול כל חלבון ואם התהליך היה קורה באופן אקראי‪ -‬אז היו‬
‫לוקחות שנים רבות עד שכל חלבון היה מתקפל באופן עצמאי לקונפורמציה המרחבית‬
‫האידיאלית שלו‪ -‬אבל במציאות זה קורה מהר מאוד‪ .‬איך זה קורה?? שאל את עצמו‬
‫לוונטל‪...‬‬
‫שני מודלים אפשריים‪:‬‬
‫מה שככל הנראה מתרחש הוא שהחלבון מתחלק להרבה מקטעים על גבי הרצף‬
‫הפוליפפטידי‪ .‬כל מקטע שכזה מתקפל בנפרד לפי הרצף שלו ובכך אנו מקטינים בהרבה את‬
‫הזמן הלוקח לקיפול כלל החלבון מחדש‪.‬‬
‫לכל איזור שכזה המתקפל בעצמו קוראים איזור נוקליאציה (איזורי גיבוש‪ -‬כמו כשמכניסים‬
‫גרגר מלח לתמיסה על מנת שיתגבש עליו עוד מלח)‪.‬‬
‫דרך נוספת לפתור את הפרדוקס של לוונטל היא באמצעות רמות אנרגיה‪.‬‬
‫בעבר השתמשו במודל השמאלי באיור על מנת לתאר את התהליך בתור בור אנרגיה שצריך‬
‫למצוא‪ -‬ברגע שהחלבון מוצא אותו הוא נופל לתוכו ומתקפל במהרה‪.‬‬
‫שיטה זו לא הגיונית כל כך מכיוון שהסיכוי למצוא את החור הוא מאוד מאוד קטן ועל כן סביר‬
‫יותר להניח כי הציור הימני הוא המהימן‬
‫יותר‪ -‬ישנו מעין משפך אנרגטי המכוון‬
‫כל הזמן את החלבון למקום הנכון‪.‬‬

‫כל קיפול שכזה‪ -‬בכיוון הנכון מוריד את‬

‫רמת האנרגיה של המערכת ועוזר לכוון את החלבון‬
‫לקונפורמציה יציבה‪( .‬מעין תהליך שמתגבר)‪.‬‬
‫בדיאגרמה המוצגת ניתן לראות כי ישנם "חורים"‬
‫אנרגטיים אליהם עלול החלבון ליפול (נקודה נמוכה‬
‫שאינה הנמוכה ביותר) והיא אינה מבנה נכון‪ .‬החלבון‬
‫עלול להיתקע בנקודות אלו ואם אנו רוצים מבנה תקין‬
‫נצטרך להוציא אותו משם‪.‬‬

‫כשנסתכל על מידת הקיפול של החלבון אל מול‬

‫טמפרטורה‪ ,‬נוכל לראות כי ב‪ 50-‬מעלות הוא אינו‬
‫מקופל כלל וככל שנקרר אותו‪ -‬אחוזי החלבון‬
‫המקופלים עולים בצורה אקספונינציאלית עד שב‪10-‬‬
‫מעלות הוא מקופל כולו‪.‬‬
‫עקומה סיגמואידית זו מראה לנו כי יש קשר קואופרטיבי‬
‫אדוק בין מידת קיפול החלבון לקצב הקיפול או הפתיחה‬
‫שלו‪( .‬ככל שיש יותר ממנו מקופל הוא יתקפל מהר יותר‬
‫וככל שיש ממנו יותר פתוח הוא יתפרק מהר יותר)‪ .‬אם‬
‫לא היה קשר קואופרטיבי בין איזורי הנוקלאציה‪ -‬היינו‬
‫רואים קו ליניארי המשווה בין פתיחת חלבון‬
‫לטמפרטורה‪.‬‬

‫החלק הפנימי של החלבון (חלק הידרופובי) יהיה‬

‫הראשון שיתקפל חזרה‪.‬‬
 ‫בחלבונים מסיסי מים‪ -‬חומצות האמינו ההידרופוביות (אליפתיות) יפנו את השיירים שלהן‬
‫כלפי פנים החלבון‪ .‬התרמודינמיקה בעצם דוחפת אותם לשם על מנת להוריד את האנרגיה‬
‫של המערכת‪ .‬זאת מכיוון שכאשר השיירים ההידרופוביים יפנו החוצה הם יפריעו למולקולות‬
‫של המים‪ .‬כמו כן השיירים הפולאריים יפנו כמובן כלפי חוץ על מנת להוריד את רמת‬
‫האנרגיה של המערכת‪.‬‬

‫חלבונים צ'פרונים‪:‬‬
‫הצ'פרונים בעצם דואגים שהחלבון החדש שצריך להתקפל לא ייתקע באחת מהמדרגות‬
‫האנרגטיות הלא נכונות בדרך‪.‬‬
‫הם מונעים קיפול לא נכון של החלבון במצבים של טמפרטורות גבוהות‪ -‬הם עוזרים‬
‫לחלבונים שיוצאים מהריבוזום להתקפל כמו שצריך‪.‬‬
‫כאשר הגוף מתחמם בצורה הדרגתית הוא מאיץ ייצור של צ'פרונים וככה הוא מונע‬
‫דה‪-‬נטורציה כללית‪ .‬מספר הצ'פרונים מוגבל‪ ,‬אבל כל אחד מסוגל לטפל במספר רב של‬
‫חלבונים ככה שהכל בסדר‪.‬‬
‫הם אמנם מונעים מצב בו החלבון נתקע בקונפורמציה לא נכונה אבל הם צורכים ‪ ATP‬אז‬
‫חשוב לזכור את זה‪.‬‬

‫צ'פרון ראוי לציון הוא ה‪ .Protein Disulfid isomerase-‬תפקידו הוא לגרום לכך שחלבון שבצע‬
‫קשרים די‪-‬סולפידים לא נכונים יפתח ויתקפל כראוי‪ .‬קשרים די סולפידים הינם קשרים חזקים‬
‫מאוד שניתן לפתוח רק על ידי חיזור‪ .‬הדיסולפיד איזומראז הוא בעל קשרי ‪ SH‬משל עצמו‬
‫שבאמצעותם הוא מחזר את קשרי הדי סולפיד של החלבון ומאפשר לו להקשר מחדש (בעצם‬
‫מוציא אותו מן המינימום האנרגטי הלא נכון שנפל אליו)‪ .‬יכול להיות במצב מחומצן או לא‬
‫מחומצן‪.‬‬

‫‪ KURU‬והפרה המשוגעת נובעים מחלבון היכול להתקפל בקונפורמציה נכונה ולא נכונה‪-‬‬
‫כאשר יש לנו חלבון לא נכון‪ -‬הוא מעודד חלבונים נכונים לשנות קונפורמציה ללא נכון וכשיש‬
‫לנו צבר של חלבונים לא נכונים‪-‬אנו רואים גושים לבנים במוח וזה גורם לאנשים להתנהג‬
‫בצורה מוזרה‪.‬‬

‫עבודה עם חלבונים‪:‬‬

‫ניקוי חלבונים‪:‬‬
‫ניקוי חלבונים הוא הפרדת חלבון ספציפי מתוך חלבונים אחרים ומרכיבים שונים של התא‬
‫(ליפידים חלבונים נוספים‪ ,‬סוכרים ועוד‪.)...‬‬
‫בנוסף להפרדה‪ ,‬נרצה גם לשמור על תכונותיו של החלבון ועל כן לא נשתמש ב ‪ PH‬ו‬
‫וטמפרטורה קיצוניים שיעבירו את החלבון דה‪ -‬נטורציה‪.‬‬
 ‫נרצה לנקות את החלבון על מנת לאפיין את פעילותו‪ ,‬המבנה שלו ותפקודו‪ ,‬גידול נוגדנים‬
‫ועוד‪...‬‬

‫תכונות כימיות בהן נשתמש על מנת לנקות את החלבון‪ :‬מסיסות‪ ,‬צורה‪ ,‬גודל‪ , PI ,‬מטען‪,‬‬
‫קשרים תוך חלבוניים‪.‬‬

‫טכניקה אחת היא שימוש בפנול‪ -‬נשים את החלבון בתוך פנול ונקבל הפרדה לשתי פאזות‪-‬‬
‫נוזל ומשקע‪ .‬תכונה זו מאפשרת לנו לבצע קיטוע מסוים למסיס ולא מסיס‪.‬‬

‫קריטריונים שונים לבצוע פרקציות (מסוגים שונים)‪:‬‬

‫גודל‪.‬‬ ‫‪.1‬‬
‫מידת הידרופוביות‪ -‬שיירים הידרופוביים ייפנו כלפי פנים‪ .‬נוכל להשתמש‬ ‫‪.2‬‬
‫באינטראקציות הידרופוביות שונות בין העמודה והנוזל‪ -‬נוכל למפות לפי מספר‬
‫שיירים הידרופוביים וחלוקתם על פני השטח‪.‬‬
‫מסיסות‪ :‬חלבונים יכולים להיות על כל מקום בטווח שבין לא מסיס לבין מסיס מאוד‪.‬‬ ‫‪.3‬‬
‫התכונה משתנה לפי ‪ PH‬חוזק יוני‪ ,‬פולאריות וטמפ'‪ .‬החלבונים יהיו הכי פחות‬
‫מסיסים בנקודה האיזואלקטרית משום שבנקודה זו המטען שלהם נייטרלי‪.‬‬
‫היקשרות לליגנד ולמתכות‪ -‬מידת אפיניות למולקולות אחרות אותם הם קושרים‪.‬‬ ‫‪.4‬‬

‫השלב הראשון יהיה תמיד ריסוק מכאני של התא והכנת תמיסת הנקראת תמצית גסה‬
‫המכילה את כל האורגנלות והחומרים שיש בתא‪ .‬אם יש צורך נעשה סירכוז ואז נשתמש‬
‫באחת מן השטות מטה על מנת להפריד בצורה ספציפית יותר‪.‬‬

‫שיטות פרפרטיביות‪ :‬שיטות שבהן מופקת כמות גדולה מאוד של חלבון‪ -‬על מנת לייצר‬
‫תרופות ושות'‪...‬‬

‫שיטות אנליטיות‪ :‬יעידו על סוג החלבון‪ ,‬שיטות המיועדות לכמויות קטנות‪.‬‬

‫שיטה זו מאפשרת לבדוק את הרכב החומר אך לא דובר בכמות שיש מה לעשות איתה אחר‬
‫כך‪.‬‬

‫הפרדת חלבונים באלקטרופורזה‪ :‬נדידה של החלבונים על שטח טעון‪ .‬לא משתמשים‬

‫לטיהור כמויות גדולות‪ ,‬הורסת את תכונות החלבון‪.‬‬
‫שיטה המאפשרת להעריך במהירות את מספר החלבונים בתמיסה או את רמת הניקיון של‬
‫חלבון ספציפי‪ ,‬את הנקודה האיזואלקטרית שלו ולהעריך את משקלו המולקולרי‪.‬‬
‫נדידת החלבונים בג'ל (פולימר של פולי אקריל) הינה פונקציה של הגודל והצורה שלהם‪.‬‬
 ‫‪ SDS‬מולקולה הנקשרת לחלבון (ביחס של מולקולת ‪ SDS‬אחת ל‪ 2-‬מולקולות חלבון)‪.‬‬
‫ותורמת ליצירת מטען כולל שלילי וכך לא משנה מה מטען החלבון המקורי‪ -‬כאשר נעביר זרם‬
‫חשמלי דרך הג'ל החלבונים ינועו לכיוון הקטודה (לכיוון הפלוס)‪ .‬בנוסף לכך ה‪ SDS-‬גורם לדה‬
‫נטורציה של החלבון ופורש אותו‪ .‬הדבר מהווה יתרון בכך שנטרלנו את השפעת המבנה‬
‫המרחבי על מדת ההתקדמות של החלבון בג'ל‪.‬‬
‫לאחר שהרצנו את החלבון בג'ל נשטוף עם צבע שנקשר רק לחלבונים ונשווה לסמנים על‬
‫מנת לבדוק את גודלו של החלבון‪.‬‬

‫‪ :IEF‬טכניקה לגילוי ה‪ PI-‬של החלבון‪ .‬מריצים את החלבון בג'ל עם גרדיאנט של ‪ PH‬והוא‬

‫פשוט מפסיק להתקדם בנקודה שבה הוא נייטראלי וזו נקודת ה‪ PI-‬שלו‪ .‬לאחר מכן נצבע‬
‫אותו ונשווה לסמן על מנת להבין מה מיקומו על הג'ל אומר לנו‪.‬‬

‫ג'ל דו ממדי‪ :‬בעצם משתמשים בשתי השיטות יחד‪ .‬בהתחלה מריצים את החלבון על ג'ל עם‬
‫גרדיאנט ‪ PH‬ו כך מפרידים לפי ‪ PI‬ולאחר מכן מריצים אותו עם ‪ SDS‬ומבצעים הפרדה על‬
‫בסיס גודל‪.‬‬

‫ריכוז וניקוי‪:‬‬
‫לאחר ששברנו מכאנית את הרקמה של התא‪ ,‬נרצה להפריד מן התמיסה את החלבונים‪ .‬ניתן‬
‫לעשות זאת על ידי הכנסת אמוניום סולפאט לתמיסה‪ .‬מדובר במלח קל תמס אשר יוצר‬
‫קשרים יוניים עם המים ובכך מונע ממולקולות המים להקשר עם החלבון‪ .‬התוצאה היא‬
‫שהחלבון מתצטבר כמשקע‪.‬‬
‫מכיוון שכל חלבון שוקע בריכוז אמוניום סולפט אחר‪ ,‬אנו יכולים להשתמש בטכניקה זו על‬
‫מנת להפריד חלבונים‪ .‬ראשית נשקיע חלבונים שצרכים ריכוז אמוניום נמוך יותר בתמיסה על‬
‫מנת לשקוע‪ ,‬נוציא אותם ואז נכניס אמוניום סולפאט בריכוז הקריטי לחלבון שאנו מעוניינים‬
‫בו‪ .‬לאחר ההשקעה נוציא אותו‪ ,‬נמיס שוב וננקה בדיאליזה על מנת להיפטר משאריות‬
‫הסולפט‪ .‬מדובר בשיטה יעילה‪ ,‬אך החסרונות הם בכך שאם יש לנו חלבונים עם ריכוז‬
‫השקעה דומה הם לא ינוקו טוב מהתמיסה‪ .‬כמו כן שיטה זו עלולה לפגוע בחלבון‪.‬‬

‫כרומטוגרפיה‪ :‬קיימים שלושה סוגי כרומטוגרפיה עקריים‪-‬‬

‫‪ -Ion exchange chromatography‬מנצלת את המטען הכולל של החלבון על מנת "ללכוד"‬

‫אותו בעמודה‪.‬‬

‫‪-Size exclusion chromatography‬מנצלת את גודל החלבונים‪ .‬מעבירים אותם דרך עמודה‬

‫המכילה כדוריות עם מחילות קטנות מאוד‪ -‬החלבונים הקטנים עוברים והגדולים נשארים‪.‬‬
‫‪ -Affinity chromatography‬מנצלת יחסי היקשרות מסוימים שיש לחלבונים‪ .‬לדוגמא אם אנו‬
‫רוצים לבודד חלבוני ‪ DNA‬נוכל לנצל את התכונה שלהם להיקשר אל ‪ DNA‬וכך נשים בשרף‬
‫העמודה ‪ DNA‬והחלבונים ייקשרו אליו ויישארו שם‪ .‬ניתן לנצל אפיניות של אינספור חלבונים‬
‫נוספים‪.‬‬

‫שיטות לפענוח‪ /‬למידה אודות מבנה של חלבונים‪:‬‬

‫‪ -circular dichroism‬מודד את כמות האור המסובב במבנים כיראליים‪ .‬משיטה זו אנו יכולים‬
‫ללמוד על תכונות שונות של החלבון כגון השפעת טמפ'‬
‫קריסטלוגרפיה ‪ -‬ניקח הרבה חזרות של החלבון ונייצר ממנו גביש‪ ,‬נקרין על הגביש ‪X ray‬‬
‫ונקבל צילום רנטגן שמצביע על הכיוונים של שבירת האור וכו'‪...‬‬

‫כלים ביואינפורמטיים‪ -‬לכל חומצת אמינו יש תכונות מדידות‪ ,‬כשנכניס רצף מסוים למחשב‬
‫הוא יוכל לעשות עבורינו ניבוי של תכונות החלבון העתידי‪.‬‬

‫המוגלובין ומיוגלובין‪:‬‬

‫מיוגלובין‪ -‬תת יחידה אחת שנמצאת בשריר‪ ,‬לא מושפעת ‪ PH‬ולא קושרת פד"ח‪ .‬מכילה‬
‫קבוצת ‪ .heme‬מכיל רצף פפטידי של ‪ 153‬חומצות אמינו‪ 70% .‬מהן מאורגנות באלפא‬
‫הליקס‪.‬‬

‫המוגלובין‪ -‬מצוי בדם‪ ,‬בנוי מ‪ 4-‬תת יחידות וקבוצת ‪ .heme‬שדרת מולקולת ההמוגלובין‬
‫עשויה מ‪ 8-‬סגמנטים של אלפא הליקס‪ .‬הכי ארוך ‪ 23‬ח‪.‬אמינו והכי קצר ‪ 7‬ח‪ .‬אמינו‪.‬‬

‫נעביר את החמצן בהמוגלובין ולא סתם במחזור הדם בגלל המסיסות הנמוכה שלו ובגלל‬
‫שהוא מאוד ריאקטיבי‪.‬‬

‫האפיניות של המיוגלובין לחמצן היא הרבה יותר גבוהה משל ההמוגלובין‪( .‬כדי שישתחרר מן‬
‫ההומגלובין חמצן לרקמות)‪.‬‬
‫כמו כן בהמוגלובין אפקט קואופרטיביות‪.‬‬

‫מצב )‪ -R (relaxed‬מצב אפיניות גבוהה לחמצן‪ -‬יש פחות קשרים בין היחידות ויש חמצן‪.‬‬

‫מצב)‪ -T (tight‬יש יותר תת קשרים בין תת היחידות ולכן לא נקשר חמצן‪.‬‬

‫‪ -BPG‬מייצב את מצב ‪ T‬של התת יחידות‪ .‬בלי חומר זה האפיניות של ההמוגלובין לחמצן‬
‫גבוהה מאוד ואין מה שישחרר את החמצן ממנו‪ .‬מדובר בחומצה הנמצאת בדם ובנוכחותה‬
‫האפיניות של ההמוגלובין לחמצן יורדת‪.‬‬
 ‫התרת הקשרים בין תת היחידות היא המחסום האנרגטי שהמולקולה צריכה לעבור על מנת‬
‫לעבור ממצב ‪ T‬למצב ‪.R‬‬

‫במצב ‪ R‬הברזל בעצם נע‬

‫מעט קדימה מתוך המולקולה‬
‫וחשוף יותר לקשור אליו‬
‫חמצן ולכן האפיניות עולה‪.‬‬

‫מה שגורם להשתחררות‬

‫החמצן ברקמות הוא הריכוז‬
‫הנמוך‪.‬‬

‫למה נעביר את החמצן בהמוגלובין ולא פשוט ב‪??HEME -‬‬

‫‪ Heme‬לא מסיס במים‬ ‫‪.1‬‬

‫ב‪ heme -‬פשוט‪ ,‬הברזל מתחמצן מהר מאוד והופך ל‪ Fe3‬אשר לא יכול לקשור חמצן‪.‬‬ ‫‪.2‬‬
‫עוטפים את הברזל ב‪ heme-‬כדי למנוע חימצון ואת ה‪ heme-‬עוטפים בחלבון ע"מ‬
‫להגדיל את מסיסותות‪.‬‬
‫ב‪ heme-‬חופשי יש קשירה של ‪ CO‬בצורה הרררררבה יותר חזקה מאשר של ‪.O2‬‬ ‫‪.3‬‬

‫‪ -Ka‬קבוע אסוציאציה‬

‫‪ -Kd‬קבוע דסוציאציה‪.‬‬

‫כאשר הרוויה היא חצי (חצי‬

‫מהמולוקולות קשורות לליגנד)‬
‫נדע כי ריכוז הליגנד שווה לקבוע הדיסוציאציה‬
‫וזה מה שיגיד לנו בעצם מהי האפיניות של החלבון‬
‫]‪when   0.5 then K d  [L‬‬
‫לחומר אותו אנו בודקים‪.‬‬

‫קבוע היל‪ :‬קבוע אפיניות‪ .‬עבור המיוגלובין יהיה שווה ל‪( 1-‬ככה)‪.‬‬

‫גם ‪ PH‬משפיע לנו על רמת הקשירה של החמצן להמוגלובין‪ ,‬ככל שהוא נמוך יותר ה‪ Kd-‬גבוה‬

‫‪‬‬
‫יותר‪ .‬הפד"ח מהנשימה התאית מביא לעלייה ברמת החומציות מה שגורם לשחרור מהיר‬
‫יותר של חמצן מן ההמוגלובין‪.‬‬
 ‫מה שמעניין אותנו הוא הדלתא בין החמצן שנקשר בריאות לעומת החמצן שהשתחרר‬
‫ברקמות‪ .‬במצב בו נקשר לנו ‪ CO‬האפיניות של ההמוגלובין כל כך גדולה אליו עד שהוא לא‬
‫משחרר כלום ברקמות ואז באסה גדולה לנו‪ ....‬אין דלתא‪.‬‬

‫אנזימים‬

‫‪ = EA‬אנרגיית אקטיבציה (שפעול)‬

‫תיאורית ההתנגשות‪:‬‬

‫ע"מ שתתרחש ריאקציה צריכים להתמלא ‪ 3‬תנאים‪:‬‬

‫‪ .1‬שהמולקולות יתנגשו‪.‬‬
‫‪ .2‬ההתנגשות צריכה לספק די אנרגיה ע"מ שהתגובה תתרחש (לפחות אנרגית השפעול)‪.‬‬
‫‪ .3‬המולקולות צריכות להתנגש בקונפורמציה כזו שתאפשר את קיום הריאקציה‪.‬‬

‫ברגיל‪ -‬שתי מולקולות קרובות ידחו אחת את השניה בגלל ענני האלקטרונים‪ -‬צריך מספיק‬
‫אנרגיה (לרוב תהיה קינטית מהתנועה שלהן) על מנת לקרב אותן מספיק כדי שיימשכו אחת‬
‫לשנייה ויגיבו‪.‬‬
‫לכן באנרגיה בטמפ' נמוכה אין למולקולות מספיק אנרגיה קינטית להגיב‪ ,‬באנרגיה גבוהה‬
‫יותר יש יותר אנרגיה קינטית ולכן הריאקציות מתרחשות מהר יותר‪.‬‬

‫אחת מן הפעולות שדורשת הרבה אנרגיה בריאקציות כימיות היא פתיחת קשרים תוך‬
‫מולקולוריים קיימים‪ .‬הם קשורים חזק מאוד וצריך הרבה אנרגיה על מנת לשחרר אותם‪-‬‬
‫מחסום אנרגטי‪ ...‬שלב המעבר הוא השלב בו הקשרים נפתחים והאנרגיה במערכת גדולה‬
‫מאוד‪ -‬השלב הזה זכור לנו לטובה בתור שלב מעבר!!‬

‫הדלתא של האנרגיה בין מצב המולקולה הראשוני לבין מצב המעבר היא אנרגית השפעול‬
‫הנדרשת לקיום התהליך‪ .‬אנזימים הם זרז ביולוגי הגורם להורדת אנרגית השפעול ויוצר מצב‬
‫בו הריאקציה יכולה להתרחש בקלות רבה יותר‪.‬‬

‫לאנזימים ספציפיות גדולה‪.‬‬

‫פועלים ב‪ PH-‬נייטרלי ‪ -+‬בסביבה מימית ובטווח טמפ' מצומצם‪.‬‬

‫רוב האנזימים הם חלבונים ומקצתם ‪RNA‬‬

‫סובסטראט ‪ -‬היחידה אליה נקשר האנזים‪ .‬יכולה להיות מולקולה קטנה ויכולה להיות חלבון‬
‫גדול‪.‬‬
 ‫מרבית האנזימים יזרזו ריאקציה ספציפית אך יש כאלה שיזרזו ריאקציה מסוימת ויעכבו‬
‫ריאקציה אחרת‪.‬‬

‫ריכוז תוצר כמעכב פעילות אנזימתית‪ :‬מתרחש במגוון תהליכים‪ ,‬כאשר ריכוז התוצר עולה‪,‬‬
‫הוא נקשר לאנזים באתר שאינו האתר הפעיל ומעכב בצורה לא תחרותית את פעילות‬
‫האנזים‪ .‬כאשר ריכוז התוצר יורד האנזים ממשיך בפעולתו‪.‬‬

‫להלן דוגמא לריאקציה אנזימתית‪:‬‬

‫‪E + S <-> ES <-> EP <-> E+P‬‬

‫באתר הפעיל של האנזים יהיו לרוב מעט חומצות אמינו באופן יחסי‪ -‬על מנת שיוכלו לבוא‬
‫במגע עם הסובסטראט באופן מירבי‪ .‬יכול להיות שבמבנה השלישוני החומצות יהיו קרובות‬
‫מאוד אך במבנה הראשוני הן יהיו רחוקות יחסית אחת מן השניה‪.‬‬
‫כמו כן הקשרים שייצרו עם הסובסטראט יהיו קשרים חלשים יחסית‪ -‬הידרופוביים‪ ,‬מימן‪,‬‬
‫קשרים יוניים‪ .‬אם הקשרים בין הסובסטראט יהיו חזקים מדי אז יהיה צריך הרבה אנרגיה על‬
‫מנת לשחרר את התוצר והתהליך לא יהיה משתלם אנרגטית‪.‬‬
‫האתר הפעיל יהיה לרוב בקע על גבי האנזים וייוצב על ידי מולקולת מים שיוצאת עם קשירת‬
‫הסובסטראט‪.‬‬

‫כיום הסברה היא כי האנזים אינו בעל מבנה יציב לגמרי‪ ,‬ככל הנראה הוא מעדיף לרוב את‬
‫קונפרמציות המעבר של הריאקציה‪ -‬כך התהליך מתרחש מהר יותר‪.‬‬
‫כמו כן האנזים גמיש ויכול לשנות מעט את צורתו על מנת להתאים יותר לקישור סובסטראט‪,‬‬
‫מצב המעבר ולשחרור התוצר‪.‬‬

‫‪ -Km‬השלב בריאקציה בו חצי מכמות האנזים קשורה לסובסטראט‪.‬‬

‫קינטיקה אנזימתית‪:‬‬
‫‪ .1‬קצב הריאקציה‪ -‬בהתחלה יהיה אטי כי לוקח לחומר זמן להתערבב‪.‬‬

‫‪ .2‬קצב פעילות מקסימלי (עליה ליניארית) כל האנזים יהיה קשור‬

‫לסובסטראט ותהיה הגעה למצב רוויה בו כל האנזים קשור‬
‫לסובסטראט‪.‬‬
‫‪ .3‬כל הסובסטראט הפך לתוצר‪ -‬הסובסטראט הוא הגורם המגביל של הריאקציה‪.‬‬

‫הנחות לריאקציה אנזימתית‪:‬‬

‫התהליך הינו בלתי הפיך‪( .‬לא בהכרח נכון)‬ ‫‪.1‬‬

‫התוצר לא נקשר לאנזים‪( .‬לא בהכרח נכון)‬ ‫‪.2‬‬
 ‫השינוי בריכוז קומפלקס ‪ ES‬יהיה קטן בהרבה מהשינוי בריכוז התוצר וזאת מפני‬ ‫‪.3‬‬
‫שברגע שאנזים משתחרר הוא מיד נקשר למולקולת סובסטראט אחרת‪ .‬על כן ‪ES‬‬
‫נשאר קבוע והתוצר גדל‪.‬‬

‫‪ -Vmax‬הינו המדד לאפקטיביות המקסימלית של האנזים‪ .‬מדובר בקצב הפיכת הסובסטראט‬

‫לאנזים והדבר יתרחש בקצב המהיר ביותר רק כאשר כל מולקולת האנזים קשורות‬
‫לסובסטראט‪ -‬כולן בקומפלקס ‪ .ES‬נמדדת ביחידות של ‪mM/min‬‬

‫‪ -Km‬מדד לאפיניות האנזים לסובסטראט (מהווה את היחס בין הגורמים שמפרקים את ‪ES‬‬
‫ובין הגורם שמייצר אותו)‪ .‬מהווה את ריכוז הסובסטראט בחצי ‪ .Vmax‬ככל שהוא נמוך יותר‬
‫כך האפיניות של האנזים לסובסטראט גבוהה יותר‪.‬‬

‫‪ -Kcat‬מדד ליעילות האנזים‪ ,‬מבטא את מספר מולקולות הסוב'‬

‫שמולקולת אנזים אחת יכולה להפוך לתוצר ביחידת זמן נתונה כאשר‬
‫האנזים רווי‪ .‬מבוטא ביחידות של תדירות‪.time /1 -‬‬

‫בכדי להתחיל פעולת אנזים אנו צרכים הרבה יותר סובסטראט מאנזים‪ .‬ה‪Km-‬‬
‫אומר לנו בעצם כמה יותר סובסטראט אנחנו צרכים‪.‬‬
‫מכאליס מנטן‬
‫עקומת מיכאליס מנטן מתארת לנו את קצב הריאקציה עבור אנזים מסוים בריכוז מסוים‪.‬‬
‫העקומה מתארת את קצב הפעילות האנזימתית כפונקציה של ריכוז הסובסטראט‪.‬‬
‫ככל שנכניס יותר סובסטראט המהירות תהיה גבוהה יותר‪ .‬מתוך עקומת מיכאליס מנטן נוכל‬
 ‫להפיק את קבוע מכיאליס מנטן ‪ Km‬אשר מתאר לנו את האפיניות של האנזים לסובסטראט‪.‬‬
‫כמו כן היא מאפשרת לנו להסיק את מהירות הריאקציה המקסימלית ‪ Vmax‬אליה יוכל להגיע‬
‫האנזים בריכוז סובסטראט נתון!‬
‫המהירות המקסימלית תהיה כאשר כל מולקולות האנזים תפוסות ע"י סובסטראט‪ ,‬במצב זה‬
‫קצב הריאקציה מקסימלי ולא ישתנה עם הוספת סובסטראט נוסף‪.‬‬

‫עקומת מיכאליס מנטן מספקת לנו אסימפטוטה של ‪ Vmax‬אך מכיוון שהיא אסימפטוטה‪ -‬אף‬
‫[‪ ]s‬לא יוכל באמת להגיע אליה‪ ,‬אלא רק לשאוף לשם‪ .‬על כן יצרו עבורנו עקומה ליניארית –‬
‫‪.lineweaver burk‬‬

‫בנוסף לכך‪ Km ,‬הינו ערך שגם קשה לפענח מתוך עקומת מיכאליס מנטן‪ -‬הוא מוגדר‬
‫כיחידות הריכוז בו ‪ V0‬שווה למחצית ‪ .Vmax‬על כן העקומה עם השם הארוך באנגלית‬
‫מתאימה גם לפיענוח הנחמדצ'יק הזה‪.‬‬

‫ליניאריזציית ‪:lineweaver Burk‬‬

‫ליניאריזציה זו מציגה ערכים של ‪V0 /1‬‬

‫כפונקציה של ‪ -]S[/1‬מדובר בעצם בהיפוך‬
‫של משוואת מיכאליס מנטן‪.‬‬

‫המרה זו מייצרת עבורנו קו ליניארי‬

‫שמסייע לנו לחזות את ‪ Vmax‬ואת ‪Km‬‬
‫שלא נמדדו בפועל‪.‬‬

‫‪a = Km/Vmax‬‬ ‫שיפוע הגרף‬

‫‪X‬‬ ‫חיתוך עם ציר ה‪-1/Km-‬‬

‫(מבוטא כ ‪]s[/1‬‬

‫‪Y‬‬ ‫חיתוך על ציר ה‪1/ Vmax -‬‬

‫בגדול זו אחלה משוואה‪ ,‬אך יש מספר חסרונות‪:‬‬

‫‪ .1‬בריכוזי סובסטראט נמוכים קשה למדוד באופן מדויק את הקצב אבל ‪ s/1‬יהיה גדול מאוד‬
‫כך שייתכנו אי דיוקים‪.‬‬
‫‪ .2‬בריכוזי סובסטראט גבוהים המהירות תהיה קבועה‪ -‬הדבר לא בא לידי ביטוי בגרף שמציג‬
‫קו ליניארי עולה‪.‬‬

‫מעכבים אנזימתיים‬

‫מולקולות הנקשרות לאנזים ומעכבות את פעילותו‪.‬‬

‫המעכבים נחלקים בגדול לשתי קבוצות‪:‬‬

‫מעכבים בלתי הפיכים‪:‬‬

‫לרוב מדובר במולקולות שיגיבו עם האנזים וישנו אותו מבחינה כימית‪.‬‬
‫השינוי לרוב יתרחש בשיירים קריטיים באתר הפעיל המהווים תפקיד מפתח לפעילות‬
‫האנזימתית‪ .‬לרוב ישנו את האנזים מבחינה קוולנטית ולכן השינוי אינו הפיך‪ .‬בדרך כלל מה‬
‫שקורה הוא שקבוצות אלקטרופיליות מגיבות עם שיירים בעלי קבוצות נוקלאופיליות (סרין‪,‬‬
‫ציסטאין‪ ,‬תראונין ותירוזין)‪.‬‬

‫מעכבים הפיכים‪:‬‬

‫יקשרו בקשרים לא קוולנטים (מימן‪ ,‬הידרופוביים‪ ,‬יוני)‪ ,‬יכולים להקשר הן לאנזים והן‬
‫לקומפלקס ‪ .ES‬בניגוד לסובסטראט ולמעכבים בלתי הפיכים‪ ,‬המעכבים ההפיכים לא עוברים‬
‫לרוב תגובות כימיות עם ההקשרות לאנזים‪.‬‬
‫קיימים ‪ 4‬סוגים של מעכבים הפיכים והם מסווגים לפי ההשפעה שתהיה להעלאת ריכוז‬
‫הסובסטראט על פעולת העכוב‪.‬‬

‫מעכב תחרותי (‪ :)competitive‬הסובסטראט והמעכב נקשרים שניהם לאתר הפעיל‬ ‫‪.1‬‬

‫של האנזים‪ ,‬לכן הם לא יוכלו להיקשר באותה עת‪ -‬לרוב מעכבים אלו יהיו דומים‬
‫במבנה המרחבי שלהם למבנה הסובסטראט‪ .‬מעכבים אלו‬
‫בעצם מתחרים עם הסובסטראט על האתר הפעיל באנזים‪ .‬אם נוסיף עוד אנזים הוא‬
‫ינצח אותם!!‬
‫מעכבים תחרותיים יכולים להקשר אל ‪ E‬אך לא ייקשרו אל ‪ .ES‬עכוב תחרותי יתבטא‬
‫בהגדלת ‪ Km‬מכיוון שהוא משפיע על היקשרות סובסטראט‪ -‬אנזים (כאילו מוריד את‬
‫אפיניות האנזים)‪ .‬יחד עם זאת הוא לא ישפיע על ‪ Vmax‬מכיוון ש‪ Vmax‬מתרחש‬
‫כאשר כל האנזים עסוק ‪ ES‬ומכיוון שהוא לא נקשר ל‪ ES -‬הוא לא יוריד לנו את ‪.Vmax‬‬

‫ניתן לראות כי ‪ Km‬עולה (מתקרב לציר ‪ )Y‬וכי נק החיתוך עם )‪ Y (Vmax‬נשארת זהה‪.‬‬

‫מעכבים ‪ :noncompetitive‬סוג של מעכב המשפיע על פעילות‬ ‫‪.2‬‬

‫האנזים אך לא משפיע על קצב ההיקשרות של האנזים והסובסטראט‪.‬‬

‫משום שכך‪ ,‬מעכב זה אמנם משפיע על ‪ Vmax‬אך לא משפיע על ‪Km‬‬

‫(כי ההיקשרות מתרחשת באותו קצב)‪.‬‬

‫מעכבים ‪ :uncompetitive‬מעכבים אלו נקשרים רק אל קומפלקס ‪ ES‬ולא אל האנזים‬ ‫‪.3‬‬

‫לבדו‪ .‬מכיוון שכך ככל שנוסיף סובסטראט יהיה יותר ‪ ES‬ולכן יהיה גם יותר עכוב‪.‬‬
‫הפיתרון היחיד במקרה זה הוא לדלל את התמיסה וכך לנסות ולהקטין את הסיכוי‬
‫למפגש ‪ES‬עם המעכב הרשע!! במקרה כזה תהיה לנו ירידה גם ב‪ Vmax-‬וגם ב‪.Km -‬‬
‫מעכבים ‪ :Mixed‬המעכב יכול להקשר לאנזים לבדו או ל‪ . ES-‬לרוב השפעת המעכב‬ ‫‪.4‬‬
‫המעורב תהיה השפעה אלוסטרית בעקבות קשירה לאתר שאינו האתר הפעיל‬
‫באנזים‪ .‬היקשרות לאתר זה באנזים גורמת לשינוי בקונפורמציה המרחבית שלו מה‬
‫שמקטין את המשיכה של האנזים לאתר הפעיל‪ .‬מבחינתינו העכוב יתנהג כעיכוב לא‬
‫תחרותי מכיוון ש‬
‫מכיוון שהם מפריעים פעמיים הם גם יגדילו את ‪ Km‬וגם יקטינו את ‪.Vmax‬‬

‫מקדם אלפא‪:‬‬

‫נראה ‪αkm=KM‬‬
‫מקדם המגדיל את ה‪ Km-‬הנראה‪ .‬בעצם ככל שאלפא ריכוז המעכב גדול יותר‪ ,‬אלפא גדול‬
‫יותר וככה האפיניות של האנזים למעכב גדולה יותר‪.‬‬
 ‫] ‪[I‬‬
‫‪α =1+‬‬
‫‪kI‬‬

‫עכוב על ידי תוצר‪:‬‬

‫התוצר עצמו משמש כמעכב‪ .‬דבר זה נפוץ מאוד אך לרוב פשוט לא יהיה לנו מספיק תוצר‪...‬‬
‫לדוגמא‪ -‬אלכוהול בתסיסת שמרים‪.‬‬

‫עכוב על ידי סובסטראט‪:‬‬

‫מתרחש כאשר יש לנו קשירה כפולה של סובסטראט באתר הפעיל‪ ,‬האנזים בעצם "נחנק"‬
‫והתגובה לא יוצאת לפועל‪ .‬נדיר מאוד אבל עלול להתרחש‪...‬‬

‫תחרות סובסטראטים‪:‬‬
‫כאשר יש אנזים המתאים לשני סובסטראטים או יותר‪ -‬כל סובסטראט פועל כמעכב של‬
‫התגובות האחרות‪.‬‬

‫מעכב התאבדותי‪:‬‬

‫מעכב היוצר קשר בלתי הפיך עם האנזים‪ -‬לא ישתחרר ממנו לעולם!!!‬
‫מדובר במעכב לא תחרותי למרות שהוא נקשר לאתר הפעיל וזאת מכיוון שהוא לא יצא משם‬
‫לעולם!!!! לכן גם אם נוסיף סובסטראט זה לא יעזור לנו‪.‬‬
‫ניתן להתיחס במדת מה אל הקישור הראשוני כתחרותי‪ -‬כי אם יהיה לנו המווווון סובסטראט‬
 ‫אז יהיה לו קשה יותר להקשר‪ ,‬אבל מרגע שנקשר שלום וביי!‬
‫מכיוון שאנזים הוא מולקולה קטנה מאוד שלא ניתן לראותה במקרוסקופ‪ -‬אפשר ללמוד על‬
‫דרך פעולתה באמצעות חומרים אלה‪ .‬מוסיפים לתמיסת אנזים חומר שכזה הנקשר לחומצות‬
‫אמינו מסוימות‪ .‬אם הדבר מפסיק את פעילות האנזים אנו יודעים כי חומצות האמינו הללו‬
‫נמצאות באתר הפעיל של האנזים ונוכל למצוא את מיקומן על גבי הרצף החלבוני‪.‬‬

‫סוכרים‬
‫סוכר הוא דרך להחזיק אנרגיה‪ -‬מדובר במולקולות מחומצנות יחסית אשר ניתן לחלק לשלוש‬
‫קבוצות‪:‬‬

‫מונוסכרידים‪( :‬חד סוכר)‪ -‬שרשרת פחמנית המכילה‬

‫יחידת קטוז או אלדוז אחת‪ .‬הנוסחא המבנית של‬
‫סוכרים אלה תהיה ‪ .C6H12O6‬מומוסכרידים עם יותר מ‪4-‬‬
‫פחמנים נוטים להיסגר לטבעת‪ .‬גלוקוז הוא מולקולת‬
‫הסוכר השכיחה ביותר בטבע‪.‬‬

‫אוליגוסכרידים‪( :‬דו סוכרים)‪ -‬שרשרת המכילה מספר‬

‫מועט של יחידות חד סוכר‪ .‬ההרכב הנפוץ ביותר יהיה‬
‫של שתי יחידות סוכר כלומר דו סוכר‪( .‬סוכרוז מורכב‬
‫מיחידת גלוקוז ויחידת פרוקטוז)‪.‬‬

‫פוליסכרידים‪ :‬רב סוכרים‪ -‬פולימרים של ‪ 20‬ומעלה‬

‫סוכרים‪ -‬יכול להגיע גם לאלפים‪.‬‬

‫מונוסכרידים יהיו חסרי צבע ומסיסים במים‪ -‬הם פולאריים‪ .‬כל הקשרים במולקולה הם‬
‫בודדים למעט הקשר של הקבוצה הקרבונילית‪ .‬כאשר המולקולה תיסגר לטבעת לא נראה‬
‫את הקרבוניל‪.‬‬
‫כל פחמן יהיה מחובר לקבוצת הידרוקסיד!!!‬

‫שני סוגים עקריים של חד סוכרים‪:‬‬

‫אלדוזות= כאשר הקשר הכפול לחמצן נמצא בקצה המולקולה!‬

‫קטוזות= קשר כפול לחמצן נמצא על הקשר השני!‬

 ‫לכל סוג של שרשרת סוכרית יש בעצם שני סוגים‪ -‬תצורת הקטוז ותצורת האלדוז‪.‬‬
‫מבחינת נומנקלטורה‪ -‬השם שלהם יהיה הסוג (קטוז‪ /‬אלדוז) מספר הפמחנים וסיומת ‪ose.‬‬
‫)‪.(triose, hexose‬‬

‫כיראליות (פיכס)‪:‬‬

‫לכל חד סוכר יש לפחות פחמן כיראלי אחד‪( .‬אם יש רק אחד נקבל שני סטריאואיזומרים)‪.‬‬
‫מספר הסטריאואיזומרים למולקולת סוכר יהיה לפי הנוסחא ‪ 2n‬כאשר ‪ n‬שווה למספר‬
‫המרכזים הכיראליים‪.‬‬
‫האיזומרים מתחלקים לשתי קבוצות ‪ L‬ו‪ .D-‬רוב הסוכרים בטבע נמצאים בקונפיגורציה ‪.D‬‬

‫איך נדע אם יש לנו ‪ L‬או ‪ ?D‬נבדוק את הפחמן הכיראלי‬

‫הרחוק ביותר מן הקרבוניל‪-‬אם ההידרוקסיד מוצג בצדו‬
‫הימני אז הוא ‪ D‬ואם הוא מוצג בצדו השמאלי הוא יהיה ‪.L‬‬

‫שני איזומרים של מונוסכריד השונים רק בפחמן אחד‬

‫יקראו אפימרים! (גלוקוז ומנוז הם אפימרים)‪.‬‬

‫מרבית המונוסכרידים עם ‪ 5‬פחמנים או יותר ייטו להיסגר למעגל ע"י קשר קוולנטי בין‬
‫הקרבוניל לאחד ההידרוקסידים לאורך השרשרת‪ .‬סגירה זו תורמת לנו עוד פחמן כיראלי‬
‫ויוצרת עוד סטריאואיזומר לאותה מולקולה‪.‬כשזה קורה החלק שהיה מחובר לקרבוניל נשאר‬
‫מחוץ לטבעת באופן אנכי למישור הטבעת‪ .‬ונקבע אם הוא אלפא‬
‫או ביטא בהתאם לכיוון הבליטה שלו‪.‬‬

‫פחמן אנומרי‪ :‬הפחמן היחיד שמקומו שונה בין שני המצבים אלפא‬
‫וביטא מדובר בפחמן שהיה חלק מן הקבוצה הקרבונילית ועל‬
‫החמצן שהיה חלק מן הקבוצה הקרבונילית‪.‬‬

‫קונפיגורצית אלפא‪ :‬ההידרוקסיל על הפחמן האנומרי יהיה מתחת‬

‫למישור הטבעת‪.‬‬
‫קונפיגורצית ביטא‪ :‬ההידרוקסיל על הפחמן האנומרי יהיה מעל למישור הטבעת‪.‬‬

‫מעבר בין שני המצבים יהיה דרך פתיחה של השרשרת ותהליך זה נקרא מוטורוטציה‪.‬‬
 ‫שתי אופציות מרכזיות לסגירת הטבעת המונוסכרידית‪:‬‬

‫‪ -Furan‬טבעת של ‪ 5‬פחמנים‬

‫‪ -Pyran‬טבעת של ‪ 6‬פחמנים‪ -‬יציבה יותר‪.‬‬

‫(בקונפיגורצית ‪ pyran‬יש שתי קונפיגורציות כיסא‪-‬‬
‫‪)ax/eq‬‬
 ‫בטבע יש לנו המון סוגים של הקסוזות‪ -‬פשוטות כמו מנוז‪ ,‬גלוקוז וגלקטוז אבל לעתים ישנה‬
‫החלפה של קבוצת ‪ OH‬עם קבוצה אחרת‪ -‬או שפחמן מתחמצן והופך לקבוצה קרבוקסילית‪.‬‬

‫‪ :Amino sugars ‬חיבור של‬

‫חומצת אמינו (סיומת ‪.)amine‬‬
‫‪ ‬חיבור עם קבוצת פוספט‪-‬‬
‫מדובר בקבוצה יציבה יחסית ב‪PH-‬‬
‫נייטראלי הנושאת מטען שלילי‪ .‬יש‬
‫לקבוצת הפוספט תפקיד חשוב‬
‫בלכידת הסוכר בתוך התא‪.‬‬

‫תכונה נוספת שיש לסוכרים (בשל‬

‫ריכוז החמצנים הגבוה שיש עליהם)‬
‫הוא חיזור מתכות גבוהה‪ .‬לכן יש‬
‫נטייה לאחסן את הסוכרים בצורה‬
‫של רב סוכרים בגוף‪ ,‬ככה יש לנו רק‬
‫שני קצוות מחזרים ואנו מורידים‬
‫משמעותית את הנזק שהם עלולים‬
‫לייצר‪.‬‬

‫קשרים גליקוזידים‬

‫קשר גליקוזידי הוא קשר שנוצר בין הידרוקסיד של פחמן אחד לפחמן האנומרי של מנוסכריד‬
‫אחר‪ .‬מדובר בקשר המחבר בין שתי צורות טבעתיות‪ .‬הקשר יכול להיווצר תמיד בין פחמן‬
‫אנומרי לבין כל אחד מן ההידרוקסידים שעל הסוכר‬
‫השני‪ .‬בתהליך החיבור יוצאת כמו תמיד מולקולת‬
‫מים ולכן המטען הכולל לא משתנה‪.‬‬

‫קשרים גליקוזידיים‪:‬‬ ‫שני סוגים של‬

‫כאשר החמצן הקושר נמצא מאותו‬ ‫קשר אלפא‪:‬‬ ‫‪.1‬‬

‫הפחמנים (שתי המולקולות)‪.‬‬ ‫צד של שני‬
‫כאשר הפחמנים נמצאים משני‬ ‫קשר בטא‪:‬‬ ‫‪.2‬‬
‫מנוגדים של החמצן הקושר‪.‬‬ ‫צדדים‬
‫*נמסר את הטבעת החל מן הפחמן האנומרי‬
‫מזה מאיפה עוד אפשר למספר??‬ ‫מיכוון שבמקור הוא היה הפחמן הקרבונילי‪ -‬וחוץ‬ ‫מחזר‬
 ‫דו סוכרים חשובים ‪:‬‬
‫סוכר לתת‪ :‬גלוקוז ‪ +‬גלוקוז= מלטוז‬ ‫‪‬‬
‫סוכר חלב‪ :‬גלוקוז ‪ +‬גלקטוז= לקטוז‬ ‫‪‬‬
‫סוכר קנה‪ :‬גלוקוז ‪ +‬פרוקטוז = סוכרוז‬ ‫‪‬‬

‫רב סוכרים‪:‬‬

‫מרבית הסוכרים נמצאים בטבע כפוליסכרידים‪ .‬את הפוליסכרידים ניתן להבדיל אחד מן השני‬
‫על פי אורך השרשרת‪ ,‬מדת ההסתעפויות שלה והאם היא מורכבת מיחידה אחת החוזרת על‬
‫עצמה (‪ )homopolysacchrid‬או שמדובר בכמה מונוסכרידים החוזרים על עצמם (‬
‫‪.)heteropolysaccharides‬‬

‫הסיבות לאחסן סוכרים בגוף כפוליסכרידים‪:‬‬

‫קצה מחזר‪ :‬לכל סוכר יש קצה מחזר (מולקולה מאוד מחומצנת) כאשר נחבר את‬ ‫‪‬‬
‫המונוסכרידים יחדיו אנו חושפים בעצם רק את הקצוות המחזרים של שתי‬
‫המולקולות הקיצוניות בקשר‪.‬‬
‫אוסמולריות ‪ :‬מעבר מים בין התאים נועד כדי לאזן את ריכוז המומסים בין שני תאים‪.‬‬ ‫‪‬‬
‫עקרות האוסמולריות עובד על מספר חלקיקים ולא על הנפח שלהם ולכן ברגע‬
‫שנחבר הרבה מונוסכרידים מבחינת מעבר נוזלים יהיה מדובר בחלקיק אחד והתא‬
‫לא יתפוצץ מעודף מים‪.‬‬

‫רב סוכרים משמשים לרוב כחומרי תשמורת בשתי צורות עקריות‪ :‬עמילן וגליקוגן‪.‬‬

‫עמילן מורכב מ‪ 25%-‬עמילוז ו‪ 75%-‬עמילופקטין‪ .‬העמילן נאגר בעמילופלסטים הצמחיים‪.‬‬

‫עמילוז מורכב משרשרות גלוקוז ארוכות ולא מסועפות שמחוברות בקשרי אלפא ‪.1-4‬‬
‫המשקל המולקולרי של השרשרות הללו הינו גדול מאוד‪ .‬לעומתו העמילופקטין הינו מולקולות‬
‫המחוברות בקשרי אלפא ‪ .1-6‬הוא כן מסועף (ישנו סיעוף כל ‪ 20-24‬מונוסכרידים)‪ .‬משקלו‬
‫עוד גדול הרבה יותר משל העמילופקטין‪.‬‬
‫עמילוז נאגר בצורה של טבעת לא מסועפת וקל יותר לפרק אותו‪ -‬לכן הוא מתאים לאגירה‬
‫לטווח קצר!‬
 ‫עמילופקטין נארז בצורה של רצף ארוך וצפוף‪ -‬הוא נארז טוב יותר במרחב אבל קשה לפרק‬
‫אותו (נדרשים לשם כך שני אנזימים ולכן מתאים יותר לאגירה לטווח ארוך‪).‬‬

‫המקבילה האנימלית לסיפור הזה היא גליקוגן‪ .‬מאוחסן העקר בכבד (הפטוציט) ובשרירי‬
‫שלד‪.‬‬
‫גרנולות הגליקוגן הינן קטנות בהרבה מן הגרנולות שבהן‬
‫נארז העמילן בצמח‪ .‬בכל גרנולה יש אנזים האחראי על‬
‫סינתוז הגליקוגן והוא נקרא ‪.glycogenin‬‬
‫הגליקוגן מסועף הרבה יותר מן העמילן‪ -‬ישנו סיעוף כל‬
‫‪ 8-12‬מונוסכרידים‪.‬‬
‫פירוק הגליקוגן מתחיל מן החוץ פנימה‪.‬‬

‫למה זה טוב לאחסן גלוקוז בצורה של גליקוגן??‬

‫מסתבר שבתא הפטוציט מאוחסן גליקוגן בריכוז של ‪ 0.01µM‬אשר שווה ערך לגלוקוז בריכוז‬
‫של ‪ . 0.4M‬מדובר בהפחתה של כמה סדרי גודל והחשיבות היא בעקר באוסמולריות‪.‬‬

‫רב סוכרים בתפקידים מבניים‪:‬‬

‫צלולוז‪ :‬מבנה סיבי‪ ,‬קשיח ובלתי מסיס שנמצא בדופן התאים הצמחיים‪ .‬מדובר במולקולה‬
‫הומוסכרידית הבנויה ‪ 10000-15000‬יחידות חוזרות של גלוקוז שמאורגנות בצורה ישרה‬
‫ולא מסועפת‪ .‬בצלולוז הגלוקוז קשור בקשרי בטא אחד לשני לעומת עמילן וגליקוגן שם‬
‫מדובר בקשרי אלפא‪ .‬מדובר בצלולוז בקשרי בטא ‪ 1-4‬שמעניקים למולקולה תכונות‬
‫פיזיקאליות שונות‪ .‬בין מולקולות הצלולוז ישנם קשרי מימן שמברים אותן יחד‪ .‬קשרי בטא‬
‫הרבה יותר חזקים מאלפא וזה מה שמעניק לצלולוז את הכח שלו‪( .‬בעמילן וגליקוגן נרצה‬
‫יכולת פירוק סבירה כדי שנוכל להשתמש במולקולות בעת הצורך)‪.‬‬

‫ההבדל הזה בין קשרי אלפא לבטא הוא בדיוק הסיבה‬

‫בגינה בע"ח לא יכולים לפרק צלולוז‪ .‬האנזים שיש לנו‬
‫בפה (‪ )a-amilase‬בנוי לפרק קשרי אלפא ע"י הידרוליזה‬
‫(הרי בחיבור גליקוזידי יוצאת מולקולת מים) אך לא יודע‬
‫לפרק קשרי בטא‪.‬‬
‫ישנם יצורים שכן יודעים לפרק קשרי בטא כמו פטריות‬
‫ובקטריות שונות‪ .‬כיטין משמש כסוכר מבני בחרקים ופטריות‪ .‬הכיטין דומה מאוד בצורתו‬
‫לצלולוז אבל יש לו מרכיב חנקני‪-‬‬

‫‪.N-acetylglucosamine‬‬
 ‫מה שמשפיע על קיפול הפוליסכרידים הוא קשרי מימן והפרעות סטריות בין המונוסכרידים‪.‬‬

‫קיפול סוכרים תלת ממדי דומה לקיפול של חלבונים‪ -‬יש לנו קשרי מימן‪ ,‬ו‪.‬ד‪.‬ו וקשרים‬
‫הידרופוביים ‪ /‬קשרים פולאריים לעתים‪.‬‬
‫כמו שאנו יודעים לסוכרים יש הרבה מאוד הידרוקסידים ולכן לקשרי מימן יש תפקיד מרכזי‬
‫מאוד במבנה הסופי של הפוליסכריד‪.‬‬

‫בדיוק כמו בחלבונים יש סיבוב חופשי סביב הפחמן והחמצן הנמצאים‬

‫במרכז הקשר הגליקוזידי‪ ,‬וגם כאן יש מפות אנרגטיות שניתן לראות‬
‫בהן את הזוויות שיתנו יציבות לפוליסכריד (‪.)ΨФ‬‬

‫המבנה היציב ביותר לעמילן וגלוקוז הוא סליל הליקס צפוף‪ .‬קשרי‬
‫האלפא יוצרים זווית בין ההקסוזות והדבר יוצר פולימר מעוקל‪.‬‬
‫הצלולוז לעומת זאת בשל היותו מחובר קשרי בטא נמצא בצורה היציבה ביותר כאשר יש‬
‫זווית של ‪ 180‬מעלות בין מולקולה למולקולה‪ .‬כל קבוצת הידרוקסיד יכולה לייצר קשרי מימן‬
‫עם ההקסוזות השכנות ובצורה זו נוצר לנו משטח כמו בטאשיט' בחלבונים‪ -‬תכלס עובד כמו‬
‫קשר שלמה!‬

‫‪Glycosaminoglycans‬‬

‫הנוזל החוץ תאי שנמצא בין התאים האנימליים הינו דמוי ג'ל המאפשר מעבר חומרים תקין‬
‫בין כל התאים‪...‬‬
‫המטריקס הזה בנוי ממספר פוליסכרידים השייכים לאותה משפחה של פולימרים ישרים‬
‫שמורכבים מחסרות של די‪-‬סכרידים‪.‬‬
‫פוליסכרידים אלהנקראים ‪ .plycosaminoglycans‬הדי סכרידים מורכבים מיחידה אחת של ‪N-‬‬
‫‪ acetylmuramic‬או של ‪ N-acetylglucosamin‬והיחידה השניה היא בד"כ ‪ -uronic acid‬סוכר‬
‫חומצי‪.‬‬
‫לעתים יש בגליקואמינוגליקאן קבוצה גופריתית כלשהי ועל מנת להפחית את המטען השלילי‬
‫שבא יחד עם קבוצה זו‪ -‬הפוליסכרידים יהיו בקונפיגורציה המאורכת בתמיסה‪.‬‬

‫‪Glycoconjugates‬‬

‫שם כללי לסוכרים הקשורים בקשר קוולנטי למרכיב כלשהו‪ .‬סוכרים אלה מעבירים מידע בין‬
‫תאים בגוף ובין תאים בנוזל חוץ תאי‪.‬במרבית המקרים מדובר בסוכר הנקשר בקשר קוולנטי‬
 ‫אל מולקולת חלבון או ליפיד וגורם לה להיות פעילה מבחינה ביולוגית‪ -‬במצב כזה קוראים‬
‫למולקולה החדשה ‪.Glycocojugates‬‬

‫‪ -Proteoglycans‬חלבון המחובר לסוכר ע"י סירין (יש לה קצה הידרוקסילי)‪ ,‬יהיה‬ ‫‪‬‬
‫בנוזל החוץ תאי וברקמת חיבור‪.‬‬
‫‪ -Glycoprotein‬אוליגוסכריד אחד או יותר שנקשרים קוונטית לחלבון‪ .‬נמצא בצדה‬ ‫‪‬‬
‫החיצוני של הממברנה‪ ,‬בנוזל הבין תאי‪ ,‬בדם או באברונים בתוך התא‪.‬‬
‫‪ -Glycolypids‬שומנים ממברנליים שהקצה ההידרופילי שלהם הוא רב סוכר‪-‬‬ ‫‪‬‬
‫משמשים לזיהוי התא‪.‬‬

‫ליפידים‬

‫שומנים ביולוגיים הינם קבוצה גדולה ומגוונת בעלת המאפיין המשותף‪ -‬כולם לא מסיסים‬
‫במים!‬
‫נוסחא כללית ‪CH2‬‬

‫חומצות שומניות מורכבות מפחמן ומימן‪ .‬כמות הפחמנים נעה בין ‪ 4-36‬ומבחינה סיסטמטית‬
‫יצוינו מספר הפחמנים בשרשרת ומספר הקשרים הכפולים‪.‬‬

‫חומצות השומן הינן צורה מצוינת לאחסון אנרגיה‪( -‬מאחסנות יותר אנרגיה מגליקוגן אך‬
‫מתפרקות הרבה יותר לאט‪ ).‬הסיבה לכך ששומן אוגר יותר אנרגיה היא משום שמדובר‬
‫במולקולה לא מחומצנת‪ -‬קל לחמצן אותה (הסוכר כבר מחומצן פעם אחת)‪.‬‬
‫חומצת שומן הינה שרשרת פחמנית ארוכה (כאמור ‪ ,)4-36‬חלקן יהיו ישרות וללא‬
‫התפצלויות ובקצה שלהן יהיה קרבוקסיל‪ .‬הספירה מתחילה בקצה הקרבוקסילי והפחמן‬
‫האחרון הוא פחמן אומגה‪ .‬שמני אומגה הם שמנים שיש להם קשר כפול קרוב לפחמן‬
‫האומגה‪.‬‬

‫נסמן חומצת שומן עם ‪ 18‬פחמנים וקשר כפול אחד בצורה הבאה ‪.18:1‬‬

‫הדלתא (משולש) עם המספר שנמצא בחזקה‪ ,‬מסמל את מקום הקשרים הכפולים‪.‬‬

‫הקשרים הכפולים יהיו עם מינימום שני קשרים בודדים בינהם בחומצות שומן ללא‬
‫הסתעפויות‪.‬‬
‫הגוף תמיד מייצר חומצות שומן בלתי‬
‫רוויות ציס! (החומצות במצב טרנס‬
‫מגיעות מצריכת מזון מן החי או‬
‫מהתחמצנות של שומן צמחי)‪.‬‬

‫תכונות החומצה נקבעות במדה רבה‬

‫ממספר הפחמנים הכפולים שיש בה‪-‬‬
‫ככל שיש יותר פחמנים ופחות‬
‫קשרים כפולים כך החומצה תהיה‬
‫פחות מסיסה במים‪ .‬כמו כן טמפ'‬
‫ההתכה עולה ככל שיש לנו פחות‬
‫קשרים כפולים‪( .‬חומצה עם ‪16‬‬
‫קשרים פחמנים וקשרים כפולים תותך בטמפ' נמוכה יותר מחומצה עם ‪ 16‬פחמנים בלי‬
‫קשרים כפולים)‪ .‬הדבר נובע מכך שהחומצות "ישרות" יותר ויש יותר שטח פנים לקשרי ו‪.‬ד‪.‬ו‪.‬‬

‫הקצה הקרבוקסילי הוא קוטבי והוא האחראי למסיסות המועטה של חומצות שומן קצרות‬
‫במים!!!‬

‫לחומצות השומן תמיד יהיה מספר פחמנים זוגי!!‬

‫טריגליצרידים (נקראים גם טריגליצרול)‪:‬‬

‫מבנה הליפידים הפשוט ביותר‪ -‬בנוי מ‪ 3-‬חומצות שומן המחוברות בקשר‬
‫אסטרי לגליצרול (קשר אסטרי הוא קשר בין חומצה לכהל)‪.‬‬

‫כאשר כל שלושת החומצות המחוברות יהיו מאותו סוג‪ -‬נקרא למולקולה על שמן‪( .‬לדוגמא‪-‬‬
‫טריאולאית)‪ .‬כמובן שרוב המולקולות יהיו מעורבבות אז באסה!!‬

‫אופן הקישור לגליצרול‪:‬‬

‫כאמור מדובר בקשר אסטרי בין הקרבוקסיל של החומצה ואחד ההידרוקסידים של הגליצרול‪-‬‬
‫בזמן הקישור יוצאת לנו מולקולת מים‪ .‬בעצם שני קצוות שהיו קוטביים קודם לכן מאבדים את‬
‫הקיטוב עכשיו ולכן הטריגליצרידים הם הידרופוביים‪.‬‬
‫(כאשר נחמם טריגליצרידים הם יתפרקו חזרה לגליצרול ולחומצת שומן והחומציות הכללית‬
‫עולה (לכן לקנות שמנ"ז מכבישה קרה)‪.‬‬

‫טריגליצרידים בעולם החי‪:‬‬

‫הטריגליצרידים נמצאים בציטוזול בתור טיפות קטנות של שומן אשר בעת הצורך יספקו‬
‫אנרגיה לתא‪ .‬בחולייתנים ישנם תאים מיוחדים האוגרים בתוכן הרבה מאוד טיפות כאלה של‬
 ‫גליצרידים הממלאים כמעט את כל חלל התא‪ -‬אלה הם תאי השומן כמובן (אדיפוציטים)‪.‬‬
‫בנוסף לכך יש הרבה טריגליצרידים בזרעים של צמחים על מנת שישמשו אותם בתהליך‬
‫הנביטה‪.‬‬
‫תאי השומן האנימליים יכילו בתוכם ליפאזות‪ -‬אנזימים המאיצים את התפרקות‬
‫הטריגליצרידים לחומצות שומן על מנת שיוכלו להגיע אל האתרים שם זקוקים לאנרגיה זו‪.‬‬
‫חימצון של טריגליצרידים מפיק פי ‪ 2‬אנרגיה מחמצון של פוליסכרידים‪ .‬בנוסף לכך‪ ,‬בשל‬
‫היותם מולקולת הידרופוביות‪ ,‬הייצור הנושא אותם לא צריך לשאת במשקל המים המטבוליים‬
‫המיותר הכרוך במולקולות סוכר)‪.‬‬

‫שעווה‪ :‬חומר המשמש אורגניזמים רבים‪ :‬דבורים‪ ,‬קוטיקולה בצמחים‪ ,‬ציפורים המושחות בה‬
‫את נוצותיהן‪ ,‬צורת תשמורת עקרית של הפלנקטון‪ .‬השעווה בנויה מאסטרים של חומצות‬
‫שומן אלכוהוליות ארוכות (‪ 14-36‬פחמנים) רוויות ולא רוויות‪ .‬נקודת ההתכה של חומצות‬
‫אלה תהיה גבוהה יותר משל הטריגליצרידים‪.‬‬
‫החומרים המשמשים את הדבורים לשעווה את ליוויתן הזרע ואפילו את האלמוגים הם‪:‬‬
‫‪palmitic Acide & Triacontanol‬‬

‫עוד דוגמאות לשומנים בעולם החי‪:‬‬

‫ויטמינים המיוצרים משומנים‪ -‬בטא‪-‬קרוטן שהופך לויטמין ‪ A‬הקשור לקליטת האור‬ ‫‪.1‬‬
‫בעיניים וויטמין ‪ K‬שחשוב לקרישת הדם‪.‬‬
‫ויטמין ‪ D‬אשר נוצר בעור כאשר קרינת ‪ UV‬שוברת את הקשר בין פחמן ‪9-10‬‬ ‫‪.2‬‬
‫במולקולה ‪ .dehydrocholesterol-7‬ויטמין ‪ D‬מועבר לכבד ושם קבוצה הידרוקסילית‬
‫מתווספת לפחמן ‪ 25‬ומועברת לכליה שם מתבצעת הידרוקילציה של פחמן ‪1‬‬
‫ומתקבל הורמון מסוים‪ .‬הורמון זה מבקר את תהליך המטבוליזם של יוני הסידן‬
‫בכליה במעיים ובעצם‪ .‬אם הוא יהיה לנו בחסר עלולים לחלות במחלת ‪rickets‬‬
‫(רככת) הפוגעת במגוון מערכות בגוף‪.‬‬
‫חומרים שומניים הנותנים צבע לנוצות ציפורים‪.‬‬ ‫‪.3‬‬
 ‫סטרולים‪:‬‬

‫ליפידים מבניים הנמצאים במרבית הממברנות של אאוקריונטים‪ .‬המבנה הבסיסי הוא ‪4‬‬
‫טבעות מוכרות המסודרות במבנה שטוח וקשיח‪ .‬אופן חיבורן לא מאפשר סיבוביות בקשרי‬
‫הפחמן‪.‬‬
‫כולסטרולים נמצאים בין הפוספוליפידים של הממברנה כחומר מייצב אם יש סכנה‬
‫שהממברנה תהפוך נוזלית וכחומר גבישי גמיש במקרים של קור קיצוני בו יש‬
‫חשש לכך שהממברנה תאבד את החדירות שלה‪.‬‬

‫בנוסף על התפקיד המבני‪ ,‬לסטרולים יש גם תפקיד חשוב בתור‬

‫הורמונים וסטרואידים‪.‬‬

‫כולסטרול הוא סוג של סטרול‪ -‬מדובר בסטרול עם קבוצה צדדית הידרופילית שיכולה להיות‬
‫בפשטות ‪ OH‬ויכולה גם להיות מורכבת יותר‪.‬‬
‫למרות הקבוצה הפולארית‪ -‬לכולסטרול ההידרופובי יש קושי להתנייד במערכת הגוף‬
‫המימית‪ .‬הפתרון לכך הוא הליפופרוטאינים‪ -‬חלבון המחובר לשכבה אחת של תאים‪-‬‬
‫מונולייר ותפקידו הוא לשאת שומנים במחזור הדם‪ .‬החלק החלבוני בנוסף לבידוד השומנים‬
‫מן הנוזל גם עוזר בהכוונתם לאיזור המטרה‪.‬‬

‫אנו יכולים לחלק בגס את הליפופרוטאינים לשני סוגים‪:‬‬

‫)‪ -HDL (high density lipoprotein‬מכונה גם הכולסטרול הטוב‪ .‬יש בו הרבה חלבונים‬ ‫‪‬‬
‫ומעט שומנים ותפקידו הוא להעביר שומנים מן העורקים אל הכבד‪.‬‬
‫)‪ -LDL (low density lipoprotein‬מכונה גם כולסטרול רע‪ .‬גופים המכילים מעט חלבון‬ ‫‪‬‬
‫והרבה שומן‪ .‬גופים חלבוניים אלה מובילים שומנים מן הכבד אל איברי המטרה דרך‬
‫העורקים (לפעמים חלק נשאר ומצטבר בעורקים)‪.‬‬
‫ככל שהיחס בין השניים יותר קרוב לאחד לאחד הסיכוי למחלות לב נמוך יותר‪.‬‬
‫‪ 60%‬מן הכולסטרול מיוצר בגוף‪ -‬במצב תקין כמובן‪.‬‬

‫ליפידים מבניים בממברנה‪:‬‬

‫הממברנה היא האאוקריוטית היא דו שכבתית כאשר לכל שכבה צד פולארי וצד אפולרי‪ .‬ישנן‬
‫‪ 5‬אבני בניין מרכזיות לממברנה‪:‬‬

‫פוספוליפידים‪ :‬מתחלקים לגליצרוליפידים ולספינגולופידים‪.‬‬ ‫‪.1‬‬

‫גליקוליפידים המתחלקים לספינגוליפידים וגלקטוליפידים המכילים קבוצת גופרית‬ ‫‪.2‬‬
‫(סולפיד)‪.‬‬
‫ליפידים של ארכיבקטריה‪.‬‬ ‫‪.3‬‬
‫פוספוליפידים‪ :‬הפוספוליפידים הינם בעצם קבוצה הידרופובית שמחוברת אליה קבוצת‬ ‫‪‬‬
‫פוספט‪ .‬אם מדובר במולקולה על בסיס גליצרול יהיה לנו‬
‫גליצרוליפיד ואם מבנה המולקולה הבסיסית יהיה ספינגוזין נקבל‬
‫ספינגוליפיד‪.‬‬
‫קבוצת הפוספט היא קבוצה מאוד קוטבית וניתן לחבר עליה חומצות‬
‫אמינו או סוכרים למניהם‪ .‬כל חיבור של קבוצה נוספת שכזו‪ ,‬כמובן‬
‫ייצר לנו מולקולה עם תכונות אחרות‪.‬‬
‫‪ ‬גליקוליפידים‪ :‬גם כאן עמוד השדרה של המולקולה‬
‫יכול להיות גליצרול או ספינגוזין‪ .‬במקרה הנ"ל אנו נראה‬
‫קבוצה סוכרית שמחוברת ולפעמים קבוצה סולפידית‬
‫(גופרית)‪ .‬כמובן ששאר החיבורים יהיו עם חומצות שומן‪-‬‬
‫בגליצרול ‪ 2‬חומצות שומן ובספינגוזים ‪.1‬‬
‫כמו כן בקבוצה זו יש לנו את הגלקטוליפידים אשר נמצאים‬
‫בממברנה של הטילקואידים ובכלורופלסטים של הצמחים‬
‫והם מהווים ‪ 70-80%‬מכלל הליפידים הממברנלים בצמח‪.‬‬
‫מכיוון שאין לגליקוליפידים קבוצה שלילית חזקה‪ ,‬הם‬
‫יתחברו במקרה הצורך תתחבר אל הסוכר קבוצה פוספטית טעונה‪.‬‬
‫‪ -Archaebacterial ether lipids‬מכיוון שהרבה מן הארכיבקטריה חיים בתנאים קיצוניים‪,‬‬ ‫‪‬‬
‫הם יהיו בעלי ממברנה מיוחדת הבנויה שתי חומצות שומניות ארוכות (‪ 32‬פחמנים)‬
‫המחוברות בשני הקצוות לגליצרול בקשרי אתר‪.‬‬
‫קשרי אתר הינם קשרים יציבים יותר מקשרים אסטרים ולכן מותאמים יותר לתנאים הלא‬
‫יציבים (טמפ'‪ PH /‬חומצי)‪.‬‬
‫הליפידים של הארכיבקטריה ארוכים פי‪ 2‬מפוספוליפיד רגיל ומשתרעים לאורך‬
‫הממברנה‪ .‬בכל אחד מקצוות הממברנה יש קצה פולארי המורכב מגליצרול שמחובר‬
‫לפוספט או לשייר סוכרי‪ .‬מה שמיוחד בליפידים אלו הוא שבניגוד לכל שאר המבנים‬
‫שהוזכרו הקונפיגורציה הסטריאואיזומרית שלהם היא ‪ R‬ולא ‪.S‬‬
 ‫ממברנות ביולוגיות והמעבר דרכן‪:‬‬

‫התכונות האמפיפטיות של הפוספוליפידים גורמים לכך שסביבה מימית הם יסתדרו באופן‬

‫ספונטני בצורה של ממברנה שתקבל את תכונותיה מהרכב הפוספוליפידים ומהחלבונים‬
‫הממברנליים‪.‬‬

‫המודל הנכון של הממברנה נכון לעכשיו הוא מודל הגביש הנוזלי!!‬

‫סידור הליפידים בצורה של ממברנה גורם לעלייה באנטרופיה ולייצוב המערכת‪.‬‬

‫הפוספוליפידים יכולים להיערך בצורה של מיצלה או של ליפוזום‪.‬‬

‫בתוך חלל הליפוזום ניתן להעביר חומרים הידרופיליים (מנגנון המשמש לתרופות רבות)‪.‬‬

‫ממברנה לא חדירה אבל יש עליה חלבונים שיכולים להכניס ולהוציא חומרים מן התא‪.‬‬

‫הרכב הממברנה כמובן נגזר מן האיבר עליו היא מגינה ומן החדירות שהיא נדרשת לה‪.‬‬

‫הרכב השכבה החיצונית של הממברנה אינו זהה להרכב צידה הפנימי של הממברנה‪.‬‬

‫הממברנה מורכבת מהמון חלבונים יחד עם השומנים ובמרבית המקרים יהיו אפילו מעט יותר‬
‫חלבונים בממברנה מאשר שומנים (באחוזים מן השטח הכללי)‪.‬‬

‫לחלבונים הנמצאים בממברנה יש חלק הידרופובי וחלק הידרופילי‪ .‬ע"מ לשחרר אותם‬
‫מהממברנה יש צורך לשחרר את החלק ההידרופובי ולשם כך יש דטרגנט‪ -‬חומר שומני עם‬
‫ראש פולארי‪ .‬הוא ממוסס את הממברנה והופך את הראש ההידרופובי של החלבון‬
‫להידרופילי‬

‫חלבונים אינטגרליים‪ :‬חלבון אמפיפטי‪ .‬חוצה את הממברנה מצד לצד‪ .‬מחובר ע"י כוחות‬
‫הידרופוביים (דטרגנט ישחרר או ממס אורגני)‪ .‬אם לא מנקים עם דטרגנט או ממס אורגני‬
‫עלול לעבור אגרגציה (התלכדות)‪.‬‬

‫חלבונים פריפריאליים‪ :‬לא חוצים ממברנה‪ .‬מחוברים לצד הפולארי של הממברנה (פוספט‬
‫וראשים של חלבונים אינטגרליים) באמצעות קשרים אלקטרוסטטיים‪ .‬קל לשחרר אותם כי‬
‫צריך לשבור קשרי מימן‪ .‬ניתן לעשות זאת עם קרבונט‪ ,‬עם אוריאה‪ ,‬מתכות או ב‪ PH‬גבוה‪.‬‬
‫תפקידם הוא בקיבוע האינטגלים לממברנה‪.‬‬

‫טיפוסי חלבונים אינטגרליים‪:‬‬

‫לרוב חלק החלבון שעובר בתוך הממברנה יהיה באלפא הליקס אך לעתים גם בטאשיט' והוא‬
‫מורכב מבערך ‪ 20‬חומצות אמינו (לרוב יהיו בעקר אליפטיות)‪.‬‬

‫שישה טיפוסי חלבונים שעוברים דרך הממברנה‪:‬‬

‫טיפוסים אחד ושתיים‪ -‬עוברים דרך הממברנה פעם אחת‪ -‬בטיפוס אחד קרבוקסיל‬ ‫‪.1‬‬
‫בפנים ואמין בחוץ ובטיפוס ‪ 2‬אמין בפנים וקרבוקסיל בחוץ‪.‬‬
‫טיפוס ‪ 3‬עובר בממברנה מספר פעמים הלוך ושוב‪.‬‬ ‫‪.2‬‬
‫טיפוס ‪ 4‬מורכב ממספר פוליפפטידים שהתקבצו יחד‪.‬‬ ‫‪.3‬‬
‫טיפוס ‪ 5‬פריפריאלי שקשור לליפיד קוולנטית‪.‬‬ ‫‪.4‬‬
‫טיפוס ‪ 6‬מחובר לליפיד קוולנטית וטרנס ממברנלי‪.‬‬ ‫‪.5‬‬

‫גרף ההידרופוביות של קייט ודוליטל‪:‬‬

‫לכל חומצה אמינית יש ערך הידרופוביות וערך הידרופיליות שממנו נוכל להסיק באופן מלומד‬
‫על החלבון שיתקבל‪ .‬ככל שיהיו לו יותר מקטעים הידרופוביים נוכל לשער שהוא עובר‬
‫בממברנה מספר פעמים‪ .‬אם יש חלק הידרופובי אחד נניח כי עובר רק פעם אחת‪.‬‬

‫תנועה מצד לצד של הממברנה‪ :‬פליפאזות‪ -‬אנזימים שתפקידם הוא להעביר ליפידים מצד‬
‫לצד של הממברנה‪ .‬עושים זאת על מנת להעביר חומרים הנוצרים בתוך התא וצרכים‬
‫להתמקם חיצונית על הממברנה‪ .‬מכיוון שמדובר בליפידים‪ -‬יהיה קשה להעביר ככה סתם‬
‫דרך המדיום ההידרופילי של הממברנה‪ .‬פליפאזות עושות את זה יופי יופי!!‬

‫צמיגות הממברנה‬

‫עלינו לשמור על הממברנה לא צמיגית מדי ולא נוזלית מדי לטובת מעבר תקין של חומרים‪.‬‬
‫הדבר מבוצע גם על ידי כולסטרול וגם על ידי תנועה של ליפידים וחלקיקים על גבי‬
‫הממברנה‪ -‬דיפוזיה לטרלית המתרחשת באופן דיי חופשי!!‬
‫ניתן לווסת את צמיגות הממברנה באמצעות שינוי בהרכב הליפידים‪ .‬שרשראות קצרות‬
‫וקשרים כפולים מגדילים נוזליות ושרשרות ארוכות ורוויות יגדילו צמיגות‪.‬‬
‫כמו כן כולסטרול מונע נוזליות יתר במצב של חום ע"י משיכת הפוספוליפידים‪ -‬כיווץ‬
‫הממברנה‪ .‬ומונע מצב של התגבשות יתר בקור ע"י הרגליים האלה שיש לו‪.‬‬

‫סטרואידים‪ -‬הורמונים על בסיס סטרולים‪ -‬מסוגלים לחדור את ממברנת התא‪ -‬יכולים אפילו‬
‫להיכנס אל תוך הגרעין‪.‬‬

‫מטבוליזם‬
 ‫אנרגיה‪ :‬היכולת לבצע עבודה או שינוי‪ .‬בד"כ קשורה לשינויים כימיים‪.‬‬

‫במערכת סגורה האנרגיה החופשית שזמינה לשימוש הולכת לאבוד עם הזמן ועל כן יש צורך‬
‫בחידושה‪ .‬נצטרך חידוש של אנרגיה על מנת לשמור על אנתרופיה נמוכה!‬

‫מטבוליזם‪ -‬כלל הריאקציות המתרחשות בתא‪ -‬סדרת תהליכים בהם מפיקים אנרגיה‪ ,‬פירוק‬
‫וסינתזה של מולקולות‪.‬‬

‫אנאבוליזם‪ -‬בניית חומרים מורכבים ממולקולות פשוטות‪ -‬דורשת השקעה של אנרגיה!‬

‫קטבוליזם‪ -‬מולקולות מורכבות מתפרקות לחומרים פשוטים ומשתחררת אנרגיה!! (למשל‬

‫הידרוליזה)‪ .‬כל תהליכי הקטבוליזם משחררים ‪ E‬מסוימת‪.‬‬

‫אנתרופיה‪ -‬כאשר היא הולכת וגדלה‪ -‬כמות האנרגיה הזמינה לניצול הולכת וקטנה ותהליכי‬
‫החיים דורשים השקעה של אנרגיה חדשה‪.‬‬

‫דלתא ‪ G‬חיובית‪ -‬האנרגיה החופשית של התוצרים גבוהה יותר משמע נצרכה אנרגיה‪-‬‬
‫ריאקציה אנדותרמית‪.‬‬

‫דלתא ‪ G‬שלילית‪ -‬האנרגיה החופשית של‬

‫התוצרים נמוכה יותר‪ -‬משמע השתחררה‬
‫אנרגיה‪ -‬ריאקציה אקסותרמי‪.‬‬

‫)‪ -ATP (adenine tri-phosphat‬מולקולה‬

‫של אדנין‪ ,‬רק שבמקום קבוצת פוספט‬
‫אחת יש לנו ‪ 3‬קשורות אחת לשנייה‪.‬‬
‫נוטה להתפרק בקלות בהיעדר מחסום‬
‫אנרגטי‪ .‬בנוסף‪ -‬קשור ל‪ ++Mg‬בקשר יוני‬
‫(לא קוולנטי) שמייצב את הפוספט‬
‫השלילי‪ -.‬הקשר של שלושת הפוספטים‬
‫אוצר אנרגיה רבה מאוד מכיוון שהם‬
‫קשורים יחד למרות כוחות הדחייה‬
‫הגדולים שעובדים עליהם (שלושתם‬
‫שליליים מאוד)‪.‬‬

‫הידרוליזה‪ :‬קבוצת פוספט אחת מוחלפת‬

‫על ידי מים וה‪ ATP-‬הופך ל‪ ADP -‬אם התהליך יתרחש שוב המולקולה תהפוך ל‪AMP-‬‬
‫ולבסוף לאדנוזין בלבד‪.‬‬
‫הושקעה אנרגיה על מנת לייצר את הקשרים שבין הפוספטים ועל כן כאשר הקשר משתחרר‪-‬‬
‫יוצאת אנרגיה‪ .‬תשתחרר יותר אנרגיה משחרור‬
‫הפוספט הראשון‪ ,‬פחות משחרור הפוספט השני‬
‫והכי פחות מן השלישי‪.‬‬

‫צימוד ריאקציות‪ -‬על מנת לנצל את האנרגיה המשתחררת מריאקציה אקסרגנית היא תהיה‬
‫צמודה לריאקציה אנדרגונית על מנת לנצל את הריאקציה המשתחררת‪.‬‬

‫חימצון‪ -‬חיזור‪ :‬העברת אלקטרונים בתא גורמת לשחרור אנרגיה שאנזימים רבים משתמשים‬
‫בה‪.‬‬

‫מולקולות עיקריות בתא שמעבירות אלקטרונים‪:‬‬

‫‪ -NAD‬אחת המולקולות העיקריות שתפקידה להעביר אלקטרונים בתא בביולוגיה‪ .‬יש‬ ‫‪‬‬
‫לה בקצה נוקלאוטיד של יכול לעבור חיזור (לא יוכל להיות טעון שלילית)‪ .‬כאשר יהיה‬
‫במצב מחומצן (עם עוד אלקטרונים) נסמן כ‪( +NAD-‬לשים לב שזה לא מטען אלא‬
‫סימון שהוא מחומצן)‪ .‬כאשר הוא מחוזר ייכתב ‪.NADH‬‬
‫ה‪ NAD-‬מעביר שומנים במסלול הגליקוליטי אל המיטוכונדריה‪ -‬משמש כנשא של כח‬
‫מחזר‪( .‬הרי מחמצנים את השומנים‪)...‬‬
‫‪ -NADP‬בגדול כמו ‪ NAD‬אבל עם‬ ‫‪‬‬
‫פוספט‪.‬‬
‫יהיה הבדל בבליעת המולקולה‬
‫המחוזרת‪/‬מחומצנת‪ -‬באורכי גל שבין ‪300-‬‬
‫‪ nm 380‬ה‪ NADH-‬יהיה בעל רמות בליעה‬
‫גבוהות משמעותית מן ה‪ +NAD‬לעומת זאת‬
‫באורכי גל שבין ‪ 240‬ל‪ nm 280-‬לצורה‬
‫המחומצנת יהיו רמות בליעה גבוהות יותר‪.‬‬
‫‪( FAD/FMN‬כנראה די אותו דבר)‪ -‬משמש ככח מחזר (נושא אלקטרונים) על גבי‬ ‫‪‬‬
‫חלבון‪ -‬המולקולה קשורה חזק לחלבון שמשתמש בו לטובת ריאקציות חימזור‪.‬‬
‫הוא משמש פעמים רבות כקואנזים‪.‬‬
 ‫פוטוסינתזה‬
‫שלב אור‪ :‬מים מפורקים לחמצן‪ ,‬פרוטונים ואלקטרונים‪ -.‬נוצר גרדיאנט פרוטונים משני צידי ממברנת‬
‫הטילקואיד והאנזים ‪ ATP‬סינתאז‪ ,‬ממיר את תנועת הפרוטונים דרך הממברנה לאנרגיית ‪.ATP‬‬
‫(ריאקציה תלוית אור)‬
‫שלב החושך‪ :‬נשתמש ב‪ ATP-‬ובכח המחזר (‪ )NADP‬שנוצר בשלב האור בכדי לחזר ‪ CO2‬לסוכר‪.‬‬
‫(ריאקציה שאינה תלויה באור)‬

‫פוטוסינתזה הוא תהליך חימזור קלאסי!!!‬

‫מחזר‪ -‬מוסר אלקטרונים (עובר חימצון)‪.‬‬
‫מחמצן‪ -‬מקבל אלקטרונים (עובר חיזור)‪.‬‬
‫מקור אנרגית השמש הוא בהתכה של ‪ 4‬אטומי מימן לאטום הליום אחד‪ .‬לא כל המסה הופכת להליום‬
‫ו‪ 0.71%-‬ממנה הופך לאנרגיה‪.‬‬
‫מתוך ‪ 700000‬טונות מימן שהופכים לאנרגיה מדי שניה‪ -‬אל כדור הארץ מגיעה ‪1.6X1013kj/sec‬‬
‫(בקטנה)‪ .‬מתוך זה נקלט ‪ 1-2%‬ע"י אורגניזמים פוטוסינטטיים המהווים את הבסיס לשרשרת‬
‫האנרגיה האהובה עלינו מהמבחן הקודם!‬
‫שני סוגים של פוטוסינתזה‪:‬‬
‫‪ -Unoxigenic‬מתבצעת ע"י בקטריות ללא יצירת חמצן‪ .‬מקור ה‪ e-‬הוא בגופרית‪ H2 ,‬או הרכבים‬
‫אורגניים כאלה ואחרים‪.‬‬
‫‪ - Oxigenic‬מתבצעת ע"י ציאנובקטריה‪ ,‬אצות‪ ,‬צמחים וכו'‪ ...‬בתהליך נוצר חמצן‪ .‬מקור האלקטרונים‬
‫הוא מים!!‬

‫הפוטוסינתזה האאוקריוטית מתרחשת בכלורופלסט‪ -‬אברון המוגדר ע"י ממברנה פנימית וחיצונית(ת‪.‬‬
‫אנדוסימביוטית)‪.‬‬
‫הממברנה הפנימית מגדירה את תוך האברון‪ -‬הנוזל של הכלורופלסט נקרא סטרומה והוא מכיל בין‬
‫היתר גם את האנזימים הדרושים לקבוע פחמן‪ .‬בתוך הסטרומה נמצאים הטילקואידים העטופים גם‬
‫הם בממברנות‪ .‬הנוזל הפנימי של הטילקואיד נקרא לומן‪ .‬קבוצת טילקואידים נקראת גראנה!‬

‫ריאקצית האור‪:‬‬
‫התהליך בגדול‪ :‬פוטונים של אור נקלטים בכלורופיל‪ -‬הדבר מערער שני אלקטרונים של כלורופיל והם‬
‫עולים לרמת אנרגיה גבוהה יותר‪ .‬כאשר הם מעוררים הם נקלטים במולקולה מקבלת‪ ,‬והכלורופיל‬
‫"שואב" אלקטרונים במקומם מ‪ 4-‬אטומי מנגן שבתורם שוברים שתי מולקולת מים (תהליך הדורש‬
‫המון אנרגיה) ולוקחים משם שני אלקטרונים שהיו שייכים למימנים‪ .‬בסוף התהליך נוצרות מולקולות‬
‫‪ ATP‬וכמו כן נוצרות לנו מולקולות ‪ NADPH‬הטובות ליצירת תהליכים כימיים אך לא לאחסון ולכן הן‬
‫נעשה בהן שימוש לטובת קיבוע אטומי פחמן לסוכר‪.‬‬
‫כלורופיל‪ :‬נמצא בממברנת הטילקואיד‪ ,‬קולט אורכי גל אדום וכחול (מחזיר את הירוק ולכן הצמחים‬
‫נראים ירוקים)‪.‬‬
 ‫הכלורופיל הוא מולקולת פוריפרין (כמו מולקולת "הם" של ההמוגלובין) אלא שבמרכזו יש מגנזיום‬
‫וכמו כן יש לו זנב הידרופובי‪ phytol -‬שעוזר לו להתמוסס בממברנת הטילקואיד‪.‬‬

‫פוטונים המגיעים מן השמש פוגעים בכלורופיל‪ -‬גורמים לעירור האלקטרונים ברמת האנרגיה הגבוהה‬
‫שלו‪ ,‬הם עולים והופכים להיות כח מחזר ועוברים אל ה‪.phetophytin-‬‬

‫‪ : Action spectrum‬טווח אורך הגל בו מבצעים הצמחים פטוסינתזה‪ .‬פיגמנטים שונים מנצלים קולטים‬
‫אורכי גל שונים‪.‬‬
‫הכלורופיל המרכזי בריאקצית האור הוא כלורופיל ‪ – A‬הוא זה שמתחיל את ריאקציית האור‪ .‬ישנו גם‬
‫כלורופיל ‪ B‬המהווה פיגמנט עוזר‪ .‬לכל אחד מהם קבוצה פונקציונאלית שונה המשפיעה על אורך‬
‫הגל שכל אחד מהם קולט‪.‬‬
‫כמו כן‪ ,‬לצמחים יש עוד פיגמנטים הקולטים אור באורכי גל שונים מן הכלורופיל (קרטנואידים)‪ .‬כאשר‬
‫קרטנואיד מעורער בשל פגיעת אור‪ -‬האנרגיה שלו יכולה לעבור לכלורופיל ‪( .A‬גם לחיידקים‬
‫פוטוסינתטיים יש פיגמנטי עזר לייעול קליטת האור – פיקואריתרין‪ ,‬פיקוציאנין ואלופיקוצין)‪.‬‬
‫גם לקרטנואידים יש זנב ארוך והידרופובי שעוזר לייצב אותם בממברנת הטילקואיד‪ .‬כמו כן הם‬
‫בולעים היטב אורכי גל ב‪ UV-‬בגלל הקשרים הכפולים שבהם‪.‬‬
‫רקע לתהליך‪ :‬מולקולות הפיגמנט מאורגנות בקומפלקס של ‪ 200-300‬מולקולות עם אנזימים‬
‫וחלבונים‪ .‬כל קבוצה שכזו מהווה מערכת אנטנות‪ .light harvesting system-‬זהו בעצם צבר של‬
‫מולקולות כלורופיל וצבעני עזר‪ -‬כל מערכת שכזו מכיל הרבה אנטנות ובכל אנטנה זוג כלורופילים‬
‫מרכזיים‪.‬‬
‫בצמחים האנטנות יכילו הרבה כלורופילים וקרטנואידים והאנטנה משוקעת בתוך הממברנה‪.‬‬
‫בציאנובקטריה האנטנה על פני השטח כולו ומכילה בעקר פיקוביליזומים‪ .‬כמו כן האטנות יכולות‬
‫לשנות את התכונות שלהן בהתאם לסביבה‪ .‬הרבה אור‪ -‬אנטנה קטנה‪ .‬מעט אור‪ -‬אנטנה גדולה‪.‬‬
‫שתי מערכות אור‪ :‬פוטוסיסטם ‪ -1‬יש בה כלורופיל ‪ -A‬אורך גל מיטבי הוא ‪ 700‬ולכן ייקרא ‪700p‬‬
 ‫פוטוסיסטם ‪ -2‬יש בה כלורופיל ‪ -B‬אורך גל מיטבי הוא ‪ 680‬ולכן ייקרא ‪.680p‬‬
‫כאשר פוטון נקלט בכלורופיל או צבען עזר באנטנה‪ ,‬אנרגיית הערעור מועברת ממולקולה למולקולה‬
‫במסלול אקראי עד שהיא מגיעה אל הכלורופילים שבמרכז המערכת‪.‬‬

‫בסך הכל מטרת כל הסיפור היא לייצר גרדיאנט מימנים בתוך הטילקואיד‪.‬‬
‫כאשר הטילקואיד עובר החוצה דרך ה‪ ATP-‬סינתאז הוא גורם לו לשנוי מבני שגורם לקשירת ‪ ADP‬ו‪-‬‬
‫‪ Pi‬ולאחר מכן עוד מעבר פרוטון גורם לשחרור של ‪ .ATP‬סך הכל צריך ‪ 3‬מעבר של ‪ 3‬מימנים על‬
‫מנת לייצר מולקולת ‪ ATP‬אחת! מימנים הם הגורם המגביל שלנו‪.‬‬
‫‪ :Photosystem 2‬בנויה ממבנה חלבוני במרכזו למטה יש שתי יחידות כלורופיל )‪ .a (680p‬מסביב‬
‫המבנה החלבוני מוקף אנטנה הבנויה מכלורופילים שכמעט אינם קשורים זה לזה‪ .‬כאשר פוגעים‬
‫פוטונים באנטנה הם מתחילים לזוז‪ -‬מזיזים אחד את השני עד שלבסוף כל הרזוננס האנרגטי הזה‬
‫מתנקז לשני הכלורופילים המקובעים במרכז המבנה החלבוני‪ -‬מה שמערער את האלקטרונים שלהם‬
‫וגורם להם לעלות מבחינת רמות האנרגיה‪.‬‬
‫האלקטרונים המעורערים עוברים אל ‪( Phetophytin‬מבנה מאוד דומה לכלורופיל אך נמצא במיקום‬
‫אחר) וממנו לפלסטוקינון ‪ .A‬כעת פוטוסיסטם ‪ 2‬נותרה עם מטען חיובי מכיוון שהלכו לה לאבוד ‪2‬‬
‫אלקטרונים‪ .‬האלקטרונים החסרים בכלורופיל יימשכו מאטומי המנגן המקובעים בתחתית הקומפלקס‬
‫החלבוני‪ .‬לאחר שנלקחו מן המנגן ‪ 4‬אלקטרונים‪ -‬מתרחש תהליך נדיר מאוד‪ -‬שבירת מולקולת מים‪-‬‬
‫פוטוליזיס (פירוק באמצעות אור)‪ .‬המים נשברים לאחר חמצונם ל‪ 2 -‬אלקטרונים‪ 2 ,‬מימנים‪ ,‬ואטום‬
‫חמצן‪ .‬התהליך תמיד קורה על ‪ 2‬מולקולת מים (כדי להשלים ‪ )e 4‬ולכן ‪ 2‬אטומי החמצן ישר‬
‫מתחברים ויוצרים לנו ‪ O2. 2‬האלקטרונים נתרמים למנגנים ושני פרוטונים מצטרפים ל"פול" של‬
‫הפרוטונים שיש בלומן‪.‬‬
‫כל התהליך בעצם "טוען" את פלסטוקינון ‪ A‬בשני ‪ .e‬מרגע שחוזר הוא נקרא פלסטוקינול‪.‬‬
‫מתרחשת טעינה של ‪ 2‬פלסטוקינונים באלקטרונים (‪ 2‬כל אחד)‪ .‬כל אחד מן הפלסטוקינונים עובר‬
‫לכיוון הציטוכרום ‪ B6F‬ובדרך נטען ‪ 2‬פרוטונים מן הסטרומה על מנת לייצב עצמו‪.‬‬
‫(בינהם יש מצב ביניים הנקרא סמיקינון שהוא מצב‬
‫המחוזר ע"י ‪ e‬אחד‪ -‬מצב לא יציב)‪.‬‬
‫בציטוכרום ישנם שני אתרי קשיר לקינונים‪ .‬צד סטרומלי‬
‫עם זיקה חזקה לפלסטוקינון וצד לומנלי עם זיקה חזקה‬
‫לפלסטוקינול‪ .‬הפלסטוקינול נקשר לצד הלומנלי ומשחרר‬
‫שם ‪ 2‬פרוטונים ושני אלקטרונים‪.‬‬

‫אחד משני האלקטרונים עובר ממסלול זה להמשך המסע‬

‫‪+‬‬
‫על מנת לשמש לטובת יצירת כח מחזר ‪NADP‬‬
‫והאלקטרון השני יעלה בציטוכרום ויתחבר אל‬
‫הפלסטוקינון שקשור בצד הסטרומלי‪ .‬הפלסטוקינון הנ"ל‬
‫יהפוך לסמיקינון לא יציב עד שיגיע עוד ‪ e‬ואז הוא יהפוך שוב לפלסטוקינול ויקשור שני מימנים מן‬
 ‫הסטרומה ויירד ויקשר שוב בצד הלומנלי של הציטוכרום ‪ .b6f‬הפלסטוקינון ששחרר את ה‪ e-‬בצד‬
‫הלומנלי יחזור שוב אל הפוטוסיטם ויחוזר שנית‪.‬‬
‫אחד האלקטרונים שהשתחררו מן הפלסטוקינול עוברים אל הפלסטוציאנין (חלבון פריפריאלי השט‬
‫על הממברנה) אשר מגיע אל פוטוסיסטם ‪ .1‬בשלב זה הרמה האנרגטית שלהם ירדה משמעותית‬
‫וכעת צריך לטעון אותם מחדש באתר זה ע"י כלורופיל ‪ A‬באורך גל ‪. 700nm‬‬
‫מכאן הם עוברים לפרודיקסין (חלבון קטן עם מרכז של ברזל ומסביבו ציסטאין‪ -‬קשרי הגופרית עוזרים‬
‫לייצב את הברזל)‪ .‬עם הפירודיקסין הם עוברים אל ה‪ FNR (ferridixin NADP reductase)-‬הטוען‬
‫אותם בתוך מולקולת ‪ NADP‬שעכשיו היא ‪ +NADP‬כי היא טעונה באלקטרונים‪ .‬מכיוון שעכשיו ה‪NADP‬‬
‫טעון‪ ,‬הוא יוכל לקשור מימן ולהפוך ל‪ NADPH-‬וזו המולקולה המשמשת אותנו ככח מחזר בשלב‬
‫החושך‪.‬‬

‫ריאקציית החושך‪:‬‬

‫שלב זה מתרחש בסטרומה של הכלורופלסט‪ .‬בסטרומה יש את האנזימים המבצעים את‬

‫התהליך והם עושים שימוש ב‪ ATP-‬וב‪ NADPH-‬שנוצרו בשלב האור‪ .‬ריאקציה זו מתרחשת כל הזמן‪-‬‬
‫לא תלויה באור‪.‬‬

‫מעגל קלווין‪:‬‬

‫‪ 6‬מולקולות של ‪ CO2‬מתחברות עם ‪ 6‬מולקולות של )‪RUBP (riboulose 1,5 phosphate‬‬ ‫‪.1‬‬

‫בעזרת האנזים רוביסקו (יש לו פד"ח גם באתר הפעיל וגם הוא משתמש בו בתור‬
‫סובסטראט) ליצירת ‪ 6‬מולקולות עם ‪ 6‬פחמנים‪ -‬לא יציב בעליל!!!‬
‫המולקולה הלא יציבה מתפרקת ל‪ 12-‬מולקולות עם ‪ 3‬פחמנים ופוספט‪-3 -‬‬ ‫‪.2‬‬
‫‪phosphoglycerate –PGA‬‬
 ‫‪ 12‬מולקולות הפוספוגליצראט עוברות זירחון ע"י ‪( ATP 12‬משלב האור) והופכות ל‪bi-‬‬ ‫‪.3‬‬
‫‪( phosphoglycerate‬פשוט פוספוגליצראט עם ‪ 2‬זרחנים)‪( .BPGA-‬כמובן שגם נשאר לנו‬
‫עכשיו ‪ ADP‬שחוזר לכיוון ה‪ ATP‬סינתאז ע"מ לקבל זרחן נוסף)‪.‬‬
‫כל מולקולת ‪ BPGA‬עוברת חיזור ע"י ‪ NADPH‬והופכת לגליצרואלדהיד ‪glyceraldehyde-3-‬‬ ‫‪.4‬‬
‫‪phosphat- PGAL‬‬
‫‪ 2‬מולקולות ‪ PGAL‬מומרות לסוכר (פרוקורסור לגלוקוז) ועוד ‪ 10‬מולקולות מומרות באמצעות‬ ‫‪.5‬‬
‫‪ ATP 6‬חזרה למולקולות ריבולוז (‪.)RUBP‬‬

‫*תקלה שעלולה להתרחש‪ -‬הרובסקו עלול לחבר בטעות חמצן ל‪ RUBP-‬במקום פד"ח‪ ,‬הדבר ייצר לנו‬
‫מולקולה חסרת שימוש עם שני פחמנים ושלושה חמצנים‪ -‬סתם בזבוז אנרגיה‪ -‬פוטורספירציה!‬

‫בעצם כל מולקולת ‪ PGAL‬הינה חצי ממולקולת סוכר‪ .‬הריאקציה בינהן היא ריאקציה אקסרגונית אשר‬
‫יכולה להוביל ליצירת גלוקוז‪ /‬פרוקטוז‪ /‬סוכרוז‪.‬‬

‫צריך לזכור כי התהליך השני דורש פחמן ופד"ח תופס רק ‪ 0.03%‬מן האוויר ולכן קשה לצמחים‬
‫להשיג אותו‪ .‬כמו כן חילוף הגזים מתבצע בפיוניות ובצמחים סוקולנטיים הדבר בעייתי מכיוון שפתיחת‬
‫פיוניות במהלך היום עלולה לגרום להתייבשות‪ ,‬יחד עם זאת זה הזמן האידיאלי לבצוע השלב השני‬
‫של הריאקציה מכיוון שיש לנו הרבה ‪ ATP‬שמיוצר בצמח‪.‬‬
‫על כן פותח מנגנון נוסף הנקרא ‪.C4‬‬
‫הצמחים הללו מקבעים פד"ח במהלך הלילה בד"כ למולקולות בעלות ‪ 4‬פחמנים אוקסואלוצטט‪,‬‬
‫הדבר מתרחש בתאים שאינם התאים עם הכלורופלסטים‪:‬‬

‫רוביסקו‪:‬‬

‫הגורם המגביל במעגל קלווין‪ -‬איטי מאוד‪ 3 .‬מולקולות בשנייה ולכן יימצא בכמויות גדולות מאוד‪.‬‬
‫מורכב ‪ 16‬תת יחידות‪ 8 ,‬גדולות ו‪ 8-‬קטנות‪( .‬בחיידקים פוטוסינטטיים לא ציאנו‪ ...‬מורכב ‪ 2‬תת‬
‫יחידות גדולה וקטנה)‪.‬‬
 ‫הרוביסקו מורכב כאמור מיחידות גדולות וקטנות‪ .‬היחידה הגדולה מקודדת ע"י הגנום בכלורופלסט‬
‫והקטנה ע"י הגנום הגרעיני של התא‪.‬‬
‫פעילותו של האנזים מצריכה קשירת יון מגנזיום לאתר הפעיל וכוללת גם קשירת פד"ח לליזין המצויה‬
‫באתר הפעיל‪ -‬כך נוצר לנו שם קרבומאט!!‬

‫בקרת הפעילות של הרוביסקו‪:‬‬

‫רמת פד"ח‪ ,‬כאשר יש הרבה פד"ח פעילות הרוביסקו מואטת‪ ,‬יש הרבה פד"ח‪ ,‬לא צריך‬ ‫‪.1‬‬
‫למהר‪.‬‬
‫נוכחות של יוני פוספט ומגנזיום משפיעה גם היא על הרוביסקו‪ -.‬יותר מגנזיום‪ -‬עובד יותר‬ ‫‪.2‬‬
‫מהר‪.‬‬
‫ירידה בריכוז פרוטונים (עליה של ‪ )PH‬תגרום לעלייה בקצב הפעילות‪ -‬זה אומר לו שבקרוב‬ ‫‪.3‬‬
‫יהיה ‪ .ATP‬ככל שהריכוז של הפרוטונים בסטרומה גבוה יותר כך הוא יעבוד לאט יותר‪.‬‬

‫במדה ונקשר אל הרוביסקו ‪ RUBP‬לפני שנקשרו פד"ח ומגנזיום ליצירת קרבומט (עושים לו‬
‫אקטיבציה) הרוביסקו לא יהיה פעיל‪.‬‬

‫בכדי לשחרר אותו מהמצב של האינאקטיבציה צריך אנזים אקטיבאז אשר בכדי לשפעל אותו צריך‬
‫‪.ATP‬‬