Glikobiologija

Bioorganska kemija
Ključni karbohidratni gradniki, ki so pomembni pri gradnji oligosaharidov v višjih organizmih.

O
O OH O OH O OH O OH
HO HO HO HO

HO OH HO OH HO OH HO OH
OH OH OH OH
β-D-glukoza α-D-manoza β-D-galaktoza β-D-glukuronska k.
(Glc) (Man) (Gal) (GlcA)

O OH O OH
HO HO

HO NHAc HO NHAc
OH OH
β-N-acetil-D-glukozamin β-N-acetil-D-galaktozamin
(GlcNAc) (GalNAc)

OH OH HO
O OH OH
Me O OH O O
CO2H OH

HO OH OH
HO OH AcHN HO OH
OH OH OH
β-D-ksiloza β-L-fukoza β-N-acetil-D-neuraminska k. β-D-riboza
(Xyl) (Fuc) (Neu5Ac) (Rib)
Bioorganska kemija
Oštevilčevanje in deskriptorji za monosaharide. Deskriptorji nam podajo število oglikovih atomov in velikost obroča monosaharida.

furanoze piranoze

5 O O O

pentoze
O 5 1
4 1
O 3 2 4 32
O O
O O O

6
O O O

heksoze
6 O 1 5
O 1
O 5 2
4 3 O 4 3 2
O O
O O O

Za običajne glikanske gradnike je D in L konfiguracija določena na osnovi stereogenega centra (R ali S), ki je najbolj oddaljen od acetalnega ali ketalnega
C atoma.
OH OH
(R) (S) (R) OH
O OH O OH O OH O
HO HO CO2H
(R)
OH
HO OH HO OH HO OH AcHN
OH OH OH OH
D-glukoza L-glukoza D-ksiloza N-acetil-D-neuraminska k.
Bioorganska kemija
a in b konfiguracije temeljijo na Fischer projekciji. Anomerni a in b konfiguraciji sta določeni na osnovi relativne orientacije anomerne hidroksi skupine
in substituenta na stereocentru, ki je najbolj oddaljen od anomernega ogljikovega atoma.

O β OH O α OH Me O β OH
HO HO

HO OH HO OH HO OH
OH OH OH

β-D-glukoza α-D-glukoza β-L-fukoza

HO HO
O OH O O
OH OH HO Me
OH OH OH OH OH
OH OH OH

HO HO
HO HO HO
O O O

HO HO HO HO HO Me
OH HO
OH OH
Bioorganska kemija
Polarni in stereoelektronski vpliv na relativno stabilnost a in b konfiguracije na anomernem ogljikovem atomu.
Aksialni in ekvatorialni konformeri metoksicikloheksana imajo podobni dipolni moment, ki znaša 1.2–1.3 D. Drugače je pri 2-alkoksi tetrahidropiranskih
derivatih, ki imajo precej drugačen dipolni moment v posameznem konformeru.

vzporedna dipola nasprotna dipola

1.86 D 0.32 D

O O
OMe
OMe

Stereoelektronski vpliv – aksialni anomer ima dobro poravnano eno od donirajočih n orbital prostega elektronekega para na kisikovem atomu s s*
orbitalo anomernega heteroatomnega substituenta (antiperiplanarna orientacija n orbitale z s* nevezno C–O orbitalo).

vpliv se pozna tudi v relativnih dolžinah vezi anomerov

n-orbitale n-orbitala O krajša vez
O O
O
OMe σ* C—O orbitala daljša vez OAr
σ* C—O orbitala OAr
OMe
Bioorganska kemija
Različno heteroatom-substituirani analogi imajo različno tendenco po aksialni legi funkcionalne skupine na anomernem ogljikovem atomu.

v CHCl3 O O O O
Et NHMe
OMe F
ek./ak. > 99:1 92:8 22:78 1:99

Anomerni vpliv se pozna tudi pri reaktivnosti substratov.

O O
OAr
OAr
počasna
pretvorba hitra
pretvorba
O
Bioorganska kemija
Večina aldehidov in ketonov ima izraženo tendenco po tvorbi hidratov v vodnem mediju. Prisotnost acilnih skupin in elektronsko privlačnih skupin, ki se
nahajajo ob karbonilu povečajo tendenco tvorbe ustreznega hidrata.
O HO OH
+ H 2O
R1 R1 R1 R1

O O
O Me O OH O O
Me Me
Me Me O Me O H H F3C CF3

Keq = 0.008 0.6 1 2.31 2300 1.2•106

Pri reakcijah ketonov in aldehidov z alkoholi nastanejo hemiketali in hemiacetali. V primeru primerne razporeditve karbonilne in alkoholne funkcionalne
skupine znotraj molekule pride do ugodne tvorbe cikličnih hemiacetalov.

Velikost obroča Cilkična oblika (%)

4 <1
O OH OH O

5 89
H2O/dioksan

94 % 6% 6 94

>6 ≤ 20
Bioorganska kemija
Večina naravnih ogljikovih hidratov ima številne hidroksilne skupine, ki teoretično lahko tvorijo različno velike obročne sisteme. Med možnimi cikličnimi
oblikami vedno prevladuje ena od njih. Npr. D-glukoza lahko teoretično obstaja v petčlenski furanozni, šestčlenski piranozni obliki in v sedemčlenskem
obroču. V praksi v vodnem mediju prevladuje glukopiranozna oblika.

HO H O OH O OH
O HO
HO OH
HO OH HO OH
HO OH OH HO OH

Laboratorijsko cepitev glikozidne vezi poteka pod kislimi reakcijskimi pogoji in vključuje ionizacijo izstopajoče skupine in tvorbo karbokationskega
intermediata.
oksokarbenium
ion
O O

OR1 :OH2
H O

OH
O O

OR1 :OH2
H oksonijev
ion
Bioorganska kemija
Pri zamenjavi substituenta na glikozidnem mestu imamo lahko sodelovanje sosednje skupine pri odcepu izstopajoče skupine. Kinetika reakcije sledi
kinetiki prvega reda. v = k[R– X].
Encimi, ki hidrolizirajo in tvorijo b-GlcNAc in b-GalNAc derivate, favorizirajo takšen način poteka reakcije.

Nu
O X počasna O
O stopnja O
N N
H H
O Nu
O
Nu N
počasna
O X stopnja O H
O O

N N
H H
Bioorganska kemija
Encimatska hidroliza glikozidne vezi vključuje SN1-podoben SN2 mehanizem. Encimsko katalizirana hidoliza glikozidne vezi je lahko 1017-krat večja od
hidrolize v ozadju, ki poteka pod nevtralnimi pogoji. H
O O
OR1 + R OH

Nu
Nu

H
OR1
δ+ δ+
O

Nu—

Substratno popačenje igra pomembno vlogo pri glikozilhidrolaznih encimih. Protoniranje anomernega substituenta signifikantno poveča anomerni vpliv.
O O
OR1
OH

O
H + R OH
O
OR1 OH2

H δ+
H OR1
OR
O
O δ+
H
OH2
:OH2
Bioorganska kemija
Substratno popačenje igra pomembno vlogo pri glikozilhidrolaznih encimih. Kot primer; a-glikozidaza I gliv kvasovk je invertirajoča a-glikozilhidrolaza,
ki hidrolizira glikozilne preostanke iz Glc3Man9GlcNAc2 oligosaharida, ki je pripet na številne novosintetizirane proteine. Ca2+ ioni v razredu I a1–2
manozidaze (PDB 1FO2), ki je tudi invertirajoči encim, tvorijo popačen substratni kompleks s hkratno koordinacijo vode, ki jo pozicionirajo na
anomerni ogljikov atom za hidrolizo. Encim se veže na substrat, ki je v obliki konformacije zvite kadi kot Ca2+ kompleks. V substratno-encimski vezavi
dva glutamatna preostanka omogočata ključni proton transfer.

O
En En O
En O
O— 2+ O—
Ca
H OH
Ca2+ HO OH
OH OH2 HO OH H OH
OH OH 2+ O
H Ca OH
O O
HO O
OR OR OH
H OH OH
H
HO
HOR
H H 2O
OH
O O— O O—
H
En En O O—

En
Bioorganska kemija
Raziskave glikozilhidrolaz so pokazale, da glikozilhidrolaze popačijo konformacijo b-glikozidov v obliko, ki usmeri anomerno izstopajočo skupino v
psevdo-aksialno lego. Piranozni kisikov prosti elektronski par je tako poravnan z izstopajočo skupino, kar ošibi glikozidno vez za cepitev.
Lizocimska hidroliza polisaharidov vključuje dvojno inverzijo s tvorbo kovalentnega intermediata.

O
O Glu O
O—
Glu O Glu
O O
Glu HO
H NHAc H NHAc O— H
HO HO O HO HO O HO
O O H O
O O O O O O
O OH O OH O OH O OH
—O —O AcHN
O O O
NHAc O AcHN O AcHN
CO2H
Asp Asp CO2H O O —O
CO2H CO2H O
Asp
Asp
Bioorganska kemija
Pri invertirajočih (a ⇢ b) glikoziltransferazah se reakcija prične s sodelovanjem bazičnega asparaginskega ali glutaminskega aminokislinskega preostanka,
ki pomaga pri deprotanociji glikozilnega akceptorja. Sledi SN2 podoben nukleofilni napad na C1 atom sladkornega preostanka nukleotidnega sladkornega
donorja. Donorski sladkorni preostanek posledično tvori oksokarbenium-podobno prehodno stanje med nukleotidom in glikozilnim akceptorjem.
Mehanizem GT–A invertirajočih encimov vključuje sodeluje M2+ ionov, ki imajo vlogo Lewis kisline in hkrati iniciirajo stopenjsko vezavo substratov v
aktivno mesto encima (vezavi donorja UDP-Glc sledi vezava akceptorja).

Asp/Glu
O [oksokarbenium intermediat]
—O
HO
O
H OR Glu/Asp
HO
O O O O
O O OR
HO H δ— HO
OH N HO O NDP—OH
O HO
(α) O O O δ+ O
P P N O HO O OR
O O— O— O O HO O
δ— OH
HO O NDP (β)
Mn2+ OH
HO O H
O O
O
Glu/Asp
O Glu/Asp
Bioorganska kemija
Mehanizem ohranjajočih glikoziltransferaz je še vedno nedorečen. Iz nedavnih študij je mogoče razbrati, da gre za dvojno inverzijo, ki vključuje SN2
zamenjavo s karboksilatnim preostankom (glutamat/aspartat) v aktivnem mestu encima kar vodi do kovalentnega intermediata, ki je nato podvržen
naslednji SN2 reakciji z glikozilakceptorjem, ki je aktiviran s karboksilatnim aminokislinskim preostankom.

HO
Asp/Glu
Glu/Asp
HO
O —O O O HO
H O O Glu/Asp HO
HO HO
OH N
O O O
(α) O O O HO
P P N O HO O O
O — — O OH HO
O O (α)
OH
O
Mn2+ H
O O
HO O H NDP—OH O
O O O OR
O OR
Glu/Asp O Glu/Asp
O Glu/Asp
Bioorganska kemija
Glikobiologija
Interakcija patogenov s celico.
Bioorganska kemija
Glikobiologija
Interakcija patogenov s celico.
Bioorganska kemija
Glikobiologija
Glikozilhidrolaza v primeru virusa gripe. Vloga hemaglutinina in neuraminidaze pri virusnih okužbah.

oseltamivir
Bioorganska kemija
Predlagan mehanizem cepitve sialične kisline z virusnim encimom neuraminidazo.

Tir Tir O Tir

O O
Asp
Asp Asp
—O O —O
OH
OH H H HO H H
HO O H 2N O O
N OH
OH CO2 —
Arg H 2N HO H
+H AcHN OH H 2N
AcHN 2N O NH N
O CO2— HO O
- ROH +H
2N CO2 —
+H Arg
OR Arg 2N
HO
HO AcHN
H HO H OH
O O— HO
H
Glu O
O O Glu Glu
O
oseltamivir
Bioorganska kemija
Zdravila so tarče za izločanje iz organizma z glukuronidiranjem. Jetra so bogata z UDP-glukuroniziltransferazami (UGTs), ki prenašajo b-D-glukuronsko
kislino na različne akceptorje. Med drugim so hidroksilne in karboksilne funkcionalne skupine najobičajnejši akceptorji za tovrstne encime. Nekateri
endogeni alkoholi kot je estradiol, testosteron, žolčne kisline in retinojska kislina so dobri substrati. Glukuronidacija je eden od glavnih mehanizmov za
izločanje številnih zdravil. Kot primer, fenone hidroksi skupine morfina in acetaminofena (paracetamola) ter karboksilne skupine aspirina, ibuprofena in
naproksena so podvržene glukuronizaciji, ki nato pristanejo v urinu.

HO CO2— HO CO2—
O O
+ HO NHAc
HO HO
HO HO O
O
UDP
NHAc
Bioorganska kemija
Neencimska glikozilacija – ima dva škodljiva vpliva in sicer:
1. modifikacija ustvari iminogenske strukture na proteinih, kar ima za posledico nezaželjen iminski odziv,
2. tovrstna glikozilacija lahko povzroči nezaželjene križne povezave proteinov.

Lys
Lys Lys Lys Lys Lys
Lys NH2
O OH OH NH OH NH NH NH NH
HO NH2 HO HO HO HO

HO OH Amadori HO O O O O
reakcija OH O O
OH OH

Amadori reakcija

Lys
Lys
Lys Lys Lys
NH2
HO NH
O OH OH N NH NH
OH OH OH OH OH OH OH OH
- H 2O
OH OH
OH OH O
OH OH OH OH
OH OH OH OH OH OH