PROJECTE DE BIOINFORMÀTICA: Anàlisi informàtic de proteïnes

En aquest projecte científic, utilitzarem mètodes que els científi cs bioinformàtics i

biotecnològics realitzen diàriament per desxifrar el proteoma humà en els seus esforços per
diagnosticar i tractar malalties o trobar nous biomarcadors.

Objectiu

Utilitzar recursos bioinformàtics basats en web disponibles públicament per cercar

informació sobre un llistat de proteïnes associades a una patologia.

Preguntes

Què és el seminograma? Quins tipus d’anomalies pot presentar?

El seminograma, o espermiograma, és una prova diagnòstica que es realitza al líquid

seminal per a avaluar la seva qualitat i comprovar si existeix un problema d'infertilitat
masculina.

Aquesta prova analitza paràmetres com el volum, la concentració i la morfologia dels

espermatozoides, així com la motilitat i vitalitat d'aquests. Els resultats del seminograma
permeten detectar possibles problemes que poden afectar el procés de fertilització, per la
qual cosa és un examen indispensable per a determinar si hi ha una disfunció reproductiva
masculina.

Un seminograma pot detectar diverses anomalies relacionades con la infertilitat masculina.

Aquestes anomalies poden incloure: quantitat insuficient de semen, disminució de la
concentració d'espermatozoides, percentatge anormalment baix d'espermatozoides
normals, mobilitat reduïda, morfología anormal i presència de leucòcits. Aquests problemes
poden ser causats por diverses malalties, infeccions o trastorns hormonals.

Què és la fragmentació de l’ADN dels espermatozoides? Quines són les seves possibles
causes?

La fragmentació de l'ADN dels espermatozoides és una causa d'infertilitat, ja que la integritat

del material genètic espermàtic és essencial per a la fecundació .

Es tracta de trencaments o lesions en el material genètic de l'espermatozoide, que poden ser

de cadena senzilla o de cadena doble. Aquestes lesions poden disminuir la capacitat de
l'espermatozoide per a fecundar l'òvul, la qual cosa es tradueix en una disminució de la
fertilitat masculina.

La fragmentació de l'ADN espermàtic es pot detectar mitjançant un test específic, el qual

avalua la integritat del material genètic dels espermatozoides.
Les possibles causes de la fragmentació de l'ADN dels espermatozoides poden incloure
malalties inflamatòries, infeccioses, autoimmunitàries, radiació ionitzant, uns certs
medicaments, tabaquisme, estrès crònic i factors relacionats amb la dieta. A més, els
factors ambientals poden contribuir a la fragmentació de l'ADN espermàtic, incloent-hi la
calor, l'exposició a pesticides i la contaminació atmosfèrica.

Què és el proteoma? Quines tècniques hi ha per fer comparació de proteïnes?

El proteoma és el conjunt total de proteïnes contingudes en una cèl·lula. Està compost per
les proteïnes que s'expressen o poden expressar-se a partir del genoma d'una cèl·lula, teixit
o organisme, en un moment i condició donat.

El proteoma és dinàmic, ja que canvia amb el temps, depenent dels factors ambientals,
l'edat i l'estat de salut de l'organisme. L'estudi del proteoma es coneix com a proteòmica i
s'utilitza per a comprendre la funció de les proteïnes en el cos i per a desenvolupar nous
tractaments per a malalties.

Existeixen diverses tècniques per a realitzar comparacions de proteïnes, algunes d’aquestes

són: alineament de seqüències, anàlisi filogenètica, la cerca de dominis, l'anàlisi de similitud,
la cerca d'àcids nucleics homòlegs, la cerca d'homologies de proteïnes, la cerca de patrons
de similitud i la cerca de motius.

● L'alineament de seqüències, per exemple, és una tècnica que s'utilitza per a

determinar la similitud entre dues o més seqüències d'àcids nucleics.

● L'anàlisi filogenètica es fa servir per a reconstruir la història evolutiva d'un conjunt

d'organismes i la cerca de dominis s'usa per a identificar i caracteritzar els dominis i
les famílies de proteïnes.

● L'anàlisi de similitud es fa ús per a identificar les regions de similitud entre dues o

més proteïnes.

● La cerca d'àcids nucleics homòlegs s'empra per a identificar regions de similitud

entre dues o més seqüències d'àcids nucleics.

● Finalment, la cerca de patrons de similitud i la cerca de motius es fan servir per a

identificar les regions de similitud entre dues o més proteïnes.
Procediment experimental

Nom de la proteïna Funció de la proteïna

KLK3_HUMAN Hidrolitza la semenogelina-1 donant lloc a

la liqüefacció del coàgul seminal.

APOE_HUMAN APOE és una apolipoproteïna, una proteïna

associada a partícules de lípids, que
funciona principalment en el transport de
lípids mediat per lipoproteïnes entre òrgans
a través del plasma i els fluids intersticials

CLUS_HUMAN Funciona com a chaperona extracel·lular

que impedeix l'agregació de proteïnes no
natives

ANXA3_HUMAN Inhibidor de la fosfolipasa A2, també

posseeix propietats anticoagulants. També
escinda l'enllaç cíclic de l'inositol 1,2-fosfat
cíclic per formar inositol 1-fosfat.

ALBU_HUMAN Uneix aigua, Ca 2+ , Na + , K + , àcids

grassos, hormones, bilirrubina i fàrmacs
(probable). La seva funció principal és la
regulació de la pressió osmòtica col·loïdal
de la sang (probable).

PTGDS_HUMAN Catalitza la conversió de PGH2 a PGD2,

una prostaglandina implicada en la
contracció/relaxació del múscul llis i un
potent inhibidor de l'agregació plaquetària

PAEP_HUMAN La seva funció princiGlicoproteïna que

regula els passos crítics durant la
fecundació i també té efectes
immunomonomoduladors. S'han identificat
quatre glicoformes, a saber, la
glicodelina-S, -A, -F i -C en teixits
reproductors que difereixen en la
glicosilació i l'activitat biològica. La
glicodelina-A té activitats anticonceptives i
immunosupressores.
La glicodelina-C estimula la unió dels
espermatozoides a la zona pel·lúcida.
La glicodelina-F inhibeix la unió dels
espermatozoides a la zona pel·lúcida i
suprimeix significativament la reacció
acrosoma induïda per la progesterona dels
espermatozoides.
La glicodelina-S al plasma seminal manté
l'estat no capacitat dels espermatozoides
 humans pal és la regulació de la pressió
osmòtica col·loïdal de la sang (probable).

EP3B_HUMAN Possible funció en la maduració dels

espermatozoides.

B2MG_HUMAN Component del complex major

d'histocompatibilitat (MHC) de classe I.
Intervé en la presentació d'antígens
peptídics al sistema immunitari.
M.tuberculosis EsxA o EsxA-EsxB
aplicades de manera exògena (o EsxA
expressada a l'hoste) s'uneixen a B2M i
disminueixen la seva exportació a la
superfície cel·lular (els nivells totals de
proteïnes no canvien), probablement
conduint a defectes en la presentació de
l'antigen de classe I

PPAP_HUMAN Té activitat lipídica fosfatasa i inactiva l'àcid

lisofosfatídic al plasma seminal. (Infecció
microbiana) Forma fibrilles de full beta
amiloide en el semen. Aquestes fibril·les,
anomenades SEVI (potenciador de la
infecció viral derivat del semen) capturen
virions del VIH, els uneixen a les cèl·lules
diana i milloren la infecció

TGM4_HUMAN Associat al procés reproductiu dels

mamífers. Catalitza la reticulació de
proteïnes i la conjugació de poliamines amb
proteïnes específiques del tracte seminal.

APOE_HUMAN Participa en la formació d'una matriu de gel

(coàgul d'esperma) atrapant les secrecions
de les glàndules accessories i els
espermatozoides ejaculats.

SEMG2_HUMAN Hidrolitza N(G),N(G)-dimetil-L-arginina

(ADMA) i N(G)-monometil-L-arginina (MMA)
que actuen com a inhibidors de la NOS. Per
tant, té un paper en la regulació de la
generació d'òxid nítric.

DDAH1_HUMAN Pot tenir un paper en la fusió i maduració

esperma-òvul.

CRIS1_HUMAN Hidrolitza la semenogelina-1 donant lloc a

la liqüefacció del coàgul seminal.
2) CLASSIFICACIÓ FUNCIONAL DE LES PROTEÏNES

MOLECULAR FUNCTION

Com podem veure al gràfic una part de la funció molecular correspon a l’activitat catalítica i
una altra a les proteïnes vinculants, aquests dos factors estan relacionats amb la infertilitat
de la següent manera:
En primer lloc, L'activitat catalítica és la capacitat d'un catalitzador per a augmentar la
velocitat d'una reacció química sense ser consumit en el procés.
Tot i que no existeix una relació directa entre l'activitat catalítica i la infertilitat, alguns
productes químics que actuen com a catalitzadors poden tenir un efecte negatiu en la
fertilitat.
A més, alguns productes químics en el medi ambient, com els pesticides i els disruptors
endocrins, poden actuar com a catalitzadors o interferir amb les reaccions bioquímiques en
el cos humà, la qual cosa també pot tenir un impacte negatiu en la fertilitat.

En segon lloc, les proteïnes vinculants són proteïnes que s'uneixen a altres proteïnes o
molècules per a formar complexos i exercir una varietat de funcions en el cos. En el context
de la infertilitat, existeixen proteïnes vinculants que són importants per al correcte
funcionament del sistema reproductiu.
Per exemple, en els homes, la proteïna vinculant de l'androgen s'uneix a la testosterona,
una hormona sexual masculina, per a transportar-la a través de l'epidídim i el conducte
deferent cap a la uretra, on s'allibera durant l'ejaculació. Si hi ha una deficiència o una
disfunció en la ABP, pot haver-hi una disminució en la quantitat de testosterona disponible
en els espermatozoides, la qual cosa pot afectar la motilitat i la capacitat de fertilització
d'aquests.
En les dones, la proteïna vinculant del fol·licle s'uneix a les hormones del fol·licle, que són
responsables de la maduració i l'alliberament de l'òvul. Si hi ha una deficiència o una
disfunció en la FBP, pot haver-hi un desequilibri hormonal que impedeixi l'ovulació i, per tant,
la fertilitat.
En resum, les proteïnes vinculants són importants per a la fertilitat ja que estan involucrades
en la regulació de les hormones sexuals i el transport d'espermatozoides i òvuls. Qualsevol
disfunció o deficiència en aquestes proteïnes pot portar a problemes de fertilitat en homes i
dones.

BIOLOGICAL PROCESS

En aquest segon gràfic podem veure que els processsos biològics més destacats són el
celular, el metabòlic i la regulació biològica, podem relacionar aquests tres amb la infertilitat
de la següent manera:
- La infertilitat pot tenir moltes causes diferents, i els processos cel·lulars en el cos
humà poden estar involucrats en alguns dels problemes de fertilitat, la producció
d'espermatozoides i òvuls implica una sèrie de processos cel·lulars complexos que
han d'ocórrer correctament perquè la fertilitat sigui possible. Qualsevol problema que
interfereixi amb aquests processos, com a anomalies cromosòmiques o mutacions
genètiques, pot contribuir a la infertilitat. A més, unes certes malalties que afecten el
sistema reproductiu, com l'endometriosi o la malaltia inflamatòria pelviana, poden
danyar els teixits i cèl·lules involucrats en la fertilitat.
En conclusió, la relació entre els processos cel·lulars i la infertilitat pot ser complexa i
multifacètica, i pot implicar una varietat de factors diferents.

- Els processos metabòlics en el cos humà estan involucrats en una àmplia gamma de
funcions fisiològiques, inclosa la producció i regulació hormonal, la resposta
immunològica i la producció d'energia. Com a tal, poden estar relacionats amb la
infertilitat en alguns casos.
 Per exemple, la diabetis, un trastorn metabòlic que afecta la capacitat del cos per a
produir i utilitzar la insulina adequadament, pot tenir un impacte negatiu en la fertilitat
tant en homes com en dones. La diabetis pot contribuir a problemes com la disfunció
erèctil, la disminució de la qualitat del semen i la disminució de l'ovulació.
A més, uns certs medicaments utilitzats per a tractar trastorns metabòlics, com els
esteroides i els inhibidors de la aromatasa, poden tenir un impacte negatiu en la
fertilitat.

- La regulació biològica es refereix als processos que controlen i coordinen les

funcions del cos humà, i aquests processos són essencials per a la fertilitat i la
reproducció, la regulació hormonal és crítica per a la fertilitat. Les hormones
produïdes pel sistema endocrí són importants per al desenvolupament i la maduració
dels òvuls i els espermatozoides. Qualsevol problema amb la producció o la
regulació d'aquestes hormones pot contribuir a la infertilitat.
També és important la regulació immunològica per a la fertilitat, ja que el sistema
immunològic ha de ser capaç de reconèixer i tolerar el teixit reproductiu sense
atacar-lo. Qualsevol problema amb la regulació del sistema immunològic, com en el
cas de malalties autoinmunitaries, pot contribuir a la infertilitat.

CELLULAR COMPONENT

En aquest últim gràfic observem quins són els components celulars que més relació tenen
amb les proteïnes que hem ficat, i en aquest cas són la regió extracelular, l’espai
extracelular i la membrana.
La relació entre la regió extracelul·lar i la infertilitat pot referir-se a diverses situacions en les
quals canvis o problemes en aquesta regió poden contribuir a la infertilitat en homes i
dones, la regió extracelul·lar del tracte reproductiu és crucial per al transport i la
supervivència dels espermatozoides i per a la implantació de l'embrió en l'úter. Si hi ha
problemes a la regió extracelul·lar, com a infeccions o inflamacions cròniques, pot afectar la
qualitat del moc cervical i reduir la mobilitat dels espermatozoides, la qual cosa pot dificultar
la fertilització.
A més, en alguns casos d'infertilitat masculina, s'ha observat que la regió extracelul·lar del
semen pot contenir nivells anormals d'unes certes proteïnes que poden interferir amb la
fertilització.
L'espai extracelul·lar és l'espai que envolta a les cèl·lules en el cos, i exerceix un paper
important en la fertilitat en homes i dones, el del tracte reproductiu és important per a la
supervivència i transport dels espermatozoides i per a la implantació de l'embrió en l'úter. Si
hi ha problemes en l'espai extracelul·lar, com a infeccions o inflamacions cròniques, pot
afectar la qualitat del moc cervical i reduir la mobilitat dels espermatozoides, la qual cosa pot
dificultar la fertilització. A més, unes certes afeccions que afecten l'espai extracelul·lar de
l'úter, com els miomas uterins o pòlips, poden interferir amb la implantació de l'embrió i
provocar infertilitat.
La membrana cel·lular és una estructura clau en la fertilitat tant en homes com dones.
Aquesta envolta a cada cèl·lula en el cos i és responsable de controlar el moviment de
substàncies dins i fora de la cèl·lula, és important per al desenvolupament i la maduració
dels òvuls. Les cèl·lules que envolten a l'òvul, conegudes com a cèl·lules del cumulus, es
comuniquen amb l'òvul a través de la membrana cel·lular i proporcionen nutrients i senyals
per al seu desenvolupament. Si la membrana cel·lular no està funcionant correctament, pot
haver-hi problemes en la comunicació entre les cèl·lules del cumulus i l'òvul, la qual cosa
pot afectar el seu desenvolupament i maduració, la qual cosa al seu torn pot provocar
infertilitat.
A més, la membrana cel·lular de les cèl·lules de l'endometri en l'úter de la dona també és
important per a la implantació de l'embrió. Si la membrana cel·lular no està funcionant
correctament, pot afectar la capacitat de l'embrió per a adherir-se i créixer en l'endometri, la
qual cosa pot provocar infertilitat.

3) INTERACCIONS ENTRE PROTEÏNES

En aquest gràfic podem veure com estàn relacionades totes les proteïnes de la nostra llista
entre elles i podem apreciar que una de les més importants sino la que més és l'albúmina,
primerament entendre els enllaços de diferents colors ens ajudara a comprendre tot el
gràfic:
- El blau cel per als gens relacionats segons les bases de dades seleccionades.
- El rosa per els que s’han relacionat de manera experimental.
- El verd, el taronja i el blau fosc per als que s’ha predit la relació entre ells, segons si9
són gens veïns, fusions o co-ocurrents, en aquest ordre.
- EL negre pels que s’expressen de la mateixa manera.
- El blanc per a les proteÏnes homologades.
- I el groc per l’extracció de textos.

Com he comentat abans la proteïna més important és la albumina ja que és la que més
relacionada està amb totes les altres.
La albumina és una proteïna soluble en aigua que es troba en la sang dels mamífers. És
produïda en el fetge i és la proteïna més abundant en el plasma sanguini, constituint
aproximadament el 60% de les proteïnes plasmàtiques, exerceix moltes funcions importants
en el cos, incloent-hi el manteniment de la pressió osmòtica del plasma sanguini, el
transport d'hormones, vitamines i medicaments en el torrent sanguini, i la regulació del pH
de la sang.

A més, els nivells de albúmina en la sang poden ser utilitzats com un indicador de la funció
hepàtica, ja que el fetge és el principal òrgan que la produeix. Els nivells baixos de albumina
en la sang poden indicar una disfunció hepàtica o una malaltia renal, mentre que els nivells
alts en sang poden ser un indicador de deshidratació o una resposta inflamatòria.

Aquesta proteÏna també s'utilitza en la producció de diversos productes mèdics, com a

sèrum albuminat per al tractament de la deshidratació i la hipovolèmia, i albúmina marcada
amb radioisòtops per a l'avaluació de la funció hepàtica i la detecció de tumors.
No s'ha establert una relació directa entre la albumina i la infertilitat. No obstant això, els
nivells en el cos poden ser indicadors d'una disfunció hepàtica, una malaltia renal o una
resposta inflamatòria, totes les quals poden afectar la fertilitat, la disfunció hepàtica pot
afectar la producció i l'equilibri hormonal necessaris per a l'ovulació i la implantació de
l'embrió. En els homes, la disfunció hepàtica també pot afectar la producció de testosterona
i altres andrògens necessaris per a l'espermatogènesi i la fertilitat.
A més, alguns estudis han trobat una associació entre la inflamació i la infertilitat. La
inflamació crònica pot afectar la qualitat del semen i la funció ovàrica en les dones, i s'ha
relacionat amb una menor taxa d'èxit en els tractaments de fertilitat.

4) Analitzeu i interpreteu els resultats trobats. Quin creieu que seria el possible origen
de la infertilitat i el tractament més adequat?

Amb els resultats obtinguts de tots els gràfics i després d'analitzar-los detingudament podem
arribar a la conclusió de que la infertilitat del pacient es deguda a un deficit d’albumina, un
dèficit d'albúmina es produeix quan els nivells d'aquesta proteïna en la sang són massa
baixos. Això pot ocórrer per diverses raons, com:
 ● Problemes de nutrició: l'albúmina es produeix en el fetge i la seva síntesi requereix
de proteïnes i altres nutrients essencials. Si la dieta és deficient en aquests nutrients,
la producció d'albúmina pot disminuir.

● Malalties del fetge: ja que el fetge és el principal òrgan encarregat de produir

albúmina, qualsevol malaltia que afecti la seva funció pot reduir la producció
d'aquesta proteïna.

● Pèrdua excessiva de proteïnes: algunes condicions mèdiques, com la malaltia renal

o la colitis ulcerosa, poden provocar una pèrdua excessiva de proteïnes, inclosa
l'albúmina, a través de l'orina o la femta.

● Pèrdua de sang: una pèrdua significativa de sang pot reduir els nivells d'albúmina en
la sang, ja que aquesta proteïna es troba en el plasma sanguini.

La infertilitat pot tenir diverses causes i pot afectar tant homes com a dones. Algunes de les
causes comunes d'infertilitat són:

● Problemes en l'ovulació: l'ovulació irregular o la falta d'ovulació poden ser causes

comunes d'infertilitat en les dones. Aquests problemes poden estar relacionats amb
trastorns hormonals, malalties de la tiroides o problemes en els ovaris.
● Problemes en l'esperma: la baixa quantitat o qualitat de l'esperma pot ser una causa
comuna d'infertilitat en els homes. Aquests problemes poden estar relacionats amb
trastorns hormonals, malalties dels testicles, exposició a unes certes substàncies
tòxiques, com el tabac i l'alcohol, o problemes genètics.
● Problemes estructurals en el sistema reproductiu: en homes i dones, els problemes
estructurals en els òrgans reproductius, com les trompes de Fal·lopi bloquejades o
els conductes deferents obstruïts, poden ser una causa d'infertilitat.
● Endometriosi: aquesta malaltia ocorre quan el teixit que normalment es troba en
l'úter creix fora d'aquest, la qual cosa pot causar cicatrius, dolor i problemes de
fertilitat en les dones.
● Edat: l'edat pot ser un factor important en la infertilitat, ja que tant homes com dones
poden experimentar una disminució de la fertilitat a mesura que envelleixen.
● Factors d'estil de vida: el consum de tabac, el consum excessiu d'alcohol, el
sobrepès i l'obesitat, i l'estrès poden afectar la fertilitat tant en homes com en dones.

El tractament de la infertilitat depèn de la causa subjacent i pot variar segons el sexe i l'edat
de la persona afectada. Alguns tractaments comuns inclouen:

● Tractaments hormonals: en dones, els tractaments hormonals poden estimular

l'ovulació i millorar la qualitat de l'òvul. En els homes, els tractaments hormonals
poden ajudar a millorar la producció i la qualitat de l'esperma.

● Cirurgia: en alguns casos, la cirurgia pot ser necessària per a corregir problemes
estructurals en els òrgans reproductius, com les trompes de Fal·lopi bloquejades o
els conductes deferents obstruïts.