PROJECTE DE BIOINFORMÀTICA: Anàlisi informàtic de proteïnes

En aquest projecte científic, utilitzarem mètodes que els científics bioinformàtics i

biotecnològics realitzen diàriament per desxifrar el proteoma humà en els seus esforços per
diagnosticar i tractar malalties o trobar nous biomarcadors.

Objectiu

Utilitzar recursos bioinformàtics basats en web disponibles públicament per cercar

informació sobre un llistat de proteïnes associades a una patologia.

Preguntes

Què és el seminograma? Quins tipus d’anomalies pot presentar?

El seminograma, o espermiograma, és una prova diagnòstica que es realitza al líquid

seminal per a avaluar la seva qualitat i comprovar si existeix un problema d'infertilitat
masculina.

Aquesta prova analitza paràmetres com el volum, la concentració i la morfologia dels

espermatozoides, així com la motilitat i vitalitat d'aquests. Els resultats del seminograma
permeten detectar possibles problemes que poden afectar el procés de fertilització, per la
qual cosa és un examen indispensable per a determinar si hi ha una disfunció reproductiva
masculina.

Un seminograma pot detectar diverses anomalies relacionades con la infertilitat masculina.

Aquestes anomalies poden incloure: quantitat insuficient de semen, disminució de la
concentració d'espermatozoides, percentatge anormalment baix d'espermatozoides
normals, mobilitat reduïda, morfología anormal i presència de leucòcits. Aquests problemes
poden ser causats por diverses malalties, infeccions o trastorns hormonals.

Què és la fragmentació de l’ADN dels espermatozoides? Quines són les seves possibles
causes?

La fragmentació de l'ADN dels espermatozoides és una causa d'infertilitat, ja que la integritat

del material genètic espermàtic és essencial per a la fecundació .

Es tracta de trencaments o lesions en el material genètic de l'espermatozoide, que poden ser

de cadena senzilla o de cadena doble. Aquestes lesions poden disminuir la capacitat de
l'espermatozoide per a fecundar l'òvul, la qual cosa es tradueix en una disminució de la
fertilitat masculina.

La fragmentació de l'ADN espermàtic es pot detectar mitjançant un test específic, el qual

avalua la integritat del material genètic dels espermatozoides.
Les possibles causes de la fragmentació de l'ADN dels espermatozoides poden incloure
malalties inflamatòries, infeccioses, autoimmunitàries, radiació ionitzant, uns certs
medicaments, tabaquisme, estrès crònic i factors relacionats amb la dieta. A més, els
factors ambientals poden contribuir a la fragmentació de l'ADN espermàtic, incloent-hi la
calor, l'exposició a pesticides i la contaminació atmosfèrica.

Què és el proteoma? Quines tècniques hi ha per fer comparació de proteïnes?

El proteoma és el conjunt total de proteïnes contingudes en una cèl·lula. Està compost per
les proteïnes que s'expressen o poden expressar-se a partir del genoma d'una cèl·lula, teixit
o organisme, en un moment i condició donat.

El proteoma és dinàmic, ja que canvia amb el temps, depenent dels factors ambientals,
l'edat i l'estat de salut de l'organisme. L'estudi del proteoma es coneix com a proteòmica i
s'utilitza per a comprendre la funció de les proteïnes en el cos i per a desenvolupar nous
tractaments per a malalties.

Existeixen diverses tècniques per a realitzar comparacions de proteïnes, algunes d’aquestes

són: alineament de seqüències, anàlisi filogenètica, la cerca de dominis, l'anàlisi de similitud,
la cerca d'àcids nucleics homòlegs, la cerca d'homologies de proteïnes, la cerca de patrons
de similitud i la cerca de motius.

● L'alineament de seqüències, per exemple, és una tècnica que s'utilitza per a

determinar la similitud entre dues o més seqüències d'àcids nucleics.

● L'anàlisi filogenètica es fa servir per a reconstruir la història evolutiva d'un conjunt

d'organismes i la cerca de dominis s'usa per a identificar i caracteritzar els dominis i
les famílies de proteïnes.

● L'anàlisi de similitud es fa ús per a identificar les regions de similitud entre dues o

més proteïnes.

● La cerca d'àcids nucleics homòlegs s'empra per a identificar regions de similitud

entre dues o més seqüències d'àcids nucleics.

● Finalment, la cerca de patrons de similitud i la cerca de motius es fan servir per a

identificar les regions de similitud entre dues o més proteïnes.
Procediment experimental

1)
Nom de la proteïna Funció de la proteïna

KLK3_HUMAN Hidrolitza la semenogelina-1 donant lloc a

la liqüefacció del coàgul seminal.

APOE_HUMAN APOE és una apolipoproteïna, una proteïna

associada a partícules de lípids, que
funciona principalment en el transport de
lípids mediat per lipoproteïnes entre òrgans
a través del plasma i els fluids intersticials

CLUS_HUMAN Funciona com a chaperona extracel·lular

que impedeix l'agregació de proteïnes no
natives

ANXA3_HUMAN Inhibidor de la fosfolipasa A2, també

posseeix propietats anticoagulants. També
escinda l'enllaç cíclic de l'inositol 1,2-fosfat
cíclic per formar inositol 1-fosfat.

ALBU_HUMAN Uneix aigua, Ca 2+ , Na + , K + , àcids

grassos, hormones, bilirrubina i fàrmacs
(probable). La seva funció principal és la
regulació de la pressió osmòtica col·loïdal
de la sang (probable).

PTGDS_HUMAN Catalitza la conversió de PGH2 a PGD2,

una prostaglandina implicada en la
contracció/relaxació del múscul llis i un
potent inhibidor de l'agregació plaquetària

PAEP_HUMAN La seva funció princiGlicoproteïna que

regula els passos crítics durant la
fecundació i també té efectes
immunomonomoduladors. S'han identificat
quatre glicoformes, a saber, la
glicodelina-S, -A, -F i -C en teixits
reproductors que difereixen en la
glicosilació i l'activitat biològica. La
glicodelina-A té activitats anticonceptives i
immunosupressores.
La glicodelina-C estimula la unió dels
espermatozoides a la zona pel·lúcida.
La glicodelina-F inhibeix la unió dels
espermatozoides a la zona pel·lúcida i
suprimeix significativament la reacció
acrosoma induïda per la progesterona dels
espermatozoides.
La glicodelina-S al plasma seminal manté
l'estat no capacitat dels espermatozoides
 humans pal és la regulació de la pressió
osmòtica col·loïdal de la sang (probable).

EP3B_HUMAN Possible funció en la maduració dels

espermatozoides.

B2MG_HUMAN Component del complex major

d'histocompatibilitat (MHC) de classe I.
Intervé en la presentació d'antígens
peptídics al sistema immunitari.
M.tuberculosis EsxA o EsxA-EsxB
aplicades de manera exògena (o EsxA
expressada a l'hoste) s'uneixen a B2M i
disminueixen la seva exportació a la
superfície cel·lular (els nivells totals de
proteïnes no canvien), probablement
conduint a defectes en la presentació de
l'antigen de classe I

PPAP_HUMAN Té activitat lipídica fosfatasa i inactiva l'àcid

lisofosfatídic al plasma seminal. (Infecció
microbiana) Forma fibrilles de full beta
amiloide en el semen. Aquestes fibril·les,
anomenades SEVI (potenciador de la
infecció viral derivat del semen) capturen
virions del VIH, els uneixen a les cèl·lules
diana i milloren la infecció

TGM4_HUMAN Associat al procés reproductiu dels

mamífers. Catalitza la reticulació de
proteïnes i la conjugació de poliamines amb
proteïnes específiques del tracte seminal.

APOE_HUMAN Participa en la formació d'una matriu de gel

(coàgul d'esperma) atrapant les secrecions
de les glàndules accessories i els
espermatozoides ejaculats.

SEMG2_HUMAN Hidrolitza N(G),N(G)-dimetil-L-arginina

(ADMA) i N(G)-monometil-L-arginina (MMA)
que actuen com a inhibidors de la NOS. Per
tant, té un paper en la regulació de la
generació d'òxid nítric.

DDAH1_HUMAN Pot tenir un paper en la fusió i maduració

esperma-òvul.

CRIS1_HUMAN Hidrolitza la semenogelina-1 donant lloc a

la liqüefacció del coàgul seminal.
2)
Molecular Function

L'activitat catalítica juga un paper important en la infertilitat masculina.

Estudis han mostrat que uns certs enzims tenen una funció important en la producció i
qualitat dels espermatozoides, i la seva activitat pot estar afectada per diferents factors.

Per exemple, el nivell de l'enzim tioredoxina reductasa C (TRC) s'ha relacionat amb la
fertilitat masculina. Estudis han demostrat que TRC té una funció important en la regulació
de la motilitat espermàtica, la maduració espermàtica i la producció d'espermatozoides.

Per tant, una activitat catalítica anormal pot contribuir a problemes d'infertilitat en homes.

Les proteïnes vinculants (també conegudes com a proteïnes transportadores) són proteïnes
que s'uneixen a altres molècules i les transporten en el cos. En el context de la infertilitat,
existeixen algunes proteïnes vinculants que s'han relacionat amb problemes en la fertilitat
tant en homes com en dones.
Algunes d'elles són:

● Proteïna vinculant del calci (CaBP): La CaBP s'uneix al calci i es troba en els
espermatozoides i en el teixit testicular. S'ha demostrat que els nivells baixos de
CaBP estan associats amb la infertilitat masculina a causa de la disfunció dels
espermatozoides.

● Proteïna vinculant de l'androgen (ABP): La ABP s'uneix a la testosterona i es troba

en l'epidídim, on maduren els espermatozoides. La falta de *ABP pot resultar en una
disminució de la quantitat d'espermatozoides madurs i mòbils, la qual cosa pot
contribuir a la infertilitat.

● Proteïna vinculant del fol·licle (FBP): La FBP s'uneix a l'hormona fol·licle-estimulant

(FSH) i es troba en els fol·licles ovàrics. S'ha demostrat que els nivells baixos de
FBP estan associats amb la infertilitat femenina a causa d'una disminució de la
maduració dels fol·licles ovàrics.

● Proteïna vinculant del factor de creixement similar a la insulina (IGFBP): Les IGFBP
s'uneixen al factor de creixement similar a la insulina (IGF) i es troben en els fluids
corporals i en el teixit reproductiu. Els nivells anormals de IGFBP poden afectar la
regulació del creixement i la diferenciació dels gàmetes, la qual cosa pot contribuir a
la infertilitat.

És important tenir en compte que hi ha molts altres factors que poden contribuir a la
infertilitat, i que el paper exacte d'aquestes proteïnes vinculants en la infertilitat encara no
està completament entès.

Biological Process
La regulació biològica juga un paper important en la infertilitat, ja que els processos
biològics relacionats amb la fertilitat han d'estar ben regulats per a poder tenir èxit.
Això inclou la producció d'òvuls i espermatozoides, l'ovulació i la capacitat dels òvuls
per a ser fertilitzats pels espermatozoides. Si hi ha problemes amb algun d'aquests
processos, la infertilitat pot ocórrer. A més, la regulació biològica també es refereix a
la regulació dels processos hormonals, ja que aquests també poden afectar la
fertilitat.

El procés cel·lular és essencial per a la fertilitat ja que la reproducció sexual implica la unió
d'una cèl·lula reproductiva masculina i femenina per a formar un embrió que es
desenvoluparà en un fetus i, finalment, en un bebè. Qualsevol problema en el procés
cel·lular pot afectar negativament la fertilitat.

Si hi ha problemes amb el metabolisme, com en la síndrome metabòlica o la diabetis, això

pot dificultar la fertilitat. A més, el procés metabòlic també es refereix a la regulació dels
processos hormonals, ja que aquests també poden afectar la fertilitat. Per tant, és important
comprendre el procés metabòlic per a entendre millor la infertilitat.
Cellular Component

Regió extracel·lular

La regió extracelul·lar, que es troba fora de les cèl·lules, també pot estar relacionada amb la
infertilitat.

En les dones, la regió extracelul·lar pot afectar la fertilitat en influir en la qualitat i la quantitat
del moc cervical, una substància viscosa produïda pel coll uterí que ajuda els
espermatozoides a arribar a l'òvul. Si el moc cervical és massa espès o no és present en la
quantitat adequada, els espermatozoides poden tenir dificultats per a arribar a l'òvul i
fertilitzar-lo.

En els homes, la regió extracelul·lar pot afectar la fertilitat en influir en la qualitat i quantitat
del líquid seminal, que és necessari per a transportar els espermatozoides durant
l'ejaculació. Si el líquid seminal és massa espès o no conté suficients nutrients i substàncies
necessàries per als espermatozoides, aquests poden tenir dificultats per a sobreviure i
fertilitzar l'òvul.

En resum, la regió extracelul·lar pot afectar la fertilitat en influir en la qualitat i quantitat de

substàncies necessàries per a la reproducció i en exposar el cos a substàncies tòxiques que
poden afectar la producció i qualitat dels gàmetes.

Espai extracel·lular

En les dones, l'espai extracelul·lar pot estar relacionat amb la fertilitat pel fet que les
hormones reproductives poden afectar la composició del líquid en l'espai extracelul·lar en
l'úter i les trompes de Fal·lopi, la qual cosa pot afectar la supervivència i el moviment dels
espermatozoides i els òvuls.

A més, unes certes afeccions mèdiques, com l'endometriosi i els fibromes uterins, poden
causar canvis en l'espai extracelul·lar i afectar la fertilitat.

En els homes, l'espai extracelul·lar també pot afectar la fertilitat. Per exemple, l'ambient en
l'epidídim, un petit conducte que es troba en la part posterior de cada testicle, pot ser un
factor determinant en la maduració dels espermatozoides. Qualsevol problema en l'ambient
de l'epidídim, com una infecció o un desequilibri hormonal, pot afectar la qualitat dels
espermatozoides i la fertilitat.

En resum, l'espai extracelul·lar pot afectar la fertilitat a causa del seu paper en la composició
de fluids i la maduració dels gàmetes, així com a la seva susceptibilitat a unes certes
afeccions mèdiques que poden interferir amb la reproducció.

Membrana

La membrana cel·lular és una estructura crucial per a la fertilitat ja que controla l'intercanvi
de substàncies entre l'interior i l'exterior de les cèl·lules i també és important per a la
comunicació cel·lular.

En les dones, la membrana cel·lular pot estar relacionada amb la fertilitat perquè les
hormones reproductives, com l'estrogen i la progesterona, poden afectar la composició i la
permeabilitat de la membrana cel·lular de l'òvul i de l'úter.

En els homes, la membrana cel·lular també és important per a la fertilitat perquè controla
l'entrada i sortida de substàncies dels espermatozoides. Qualsevol problema en la
membrana cel·lular dels espermatozoides, com una mutació genètica que afecta la
capacitat dels espermatozoides per a interactuar amb les cèl·lules reproductives femenines,
pot afectar la fertilitat.
3)

Aquest esquema en forma de grafic representa la relació de les diferents proteines que
tenen un paper important en aquest cas. Podem veure que la que te més interacció es
l’albúmina.

Les diferentes interaccions entre proteines estan diferenciades pels colors de cada línea.
Es diferencien en interaccions que sabem, interaccions que pots predir i altres.
.
● Interaccions que sabem

Turquesa: de base de dades seleccionades

Violeta:determinades experimentalment

● Interaccions previstes

Verd:entorn genètic
Vermell:fusions genètiques
Blau:co-ocurrència gènica

● Altres
 Groc: extracció de text
Negre: coexpressió
Gris: homologia proteica

L'albúmina és una proteïna que es troba en la sang i es produeix principalment en el fetge.

És essencial per al manteniment de la pressió osmòtica en els vasos sanguinis i també
transporta hormones, medicaments i altres compostos a través del cos.

En relació a la infertilitat, pot ser un indicador útil de la funció hepàtica i renal, que són
factors importants en la fertilitat. Si hi ha un problema amb la funció hepàtica o renal, pot
haver-hi un desequilibri hormonal que afecti la fertilitat. A més, en alguns casos, els nivells
baixos d'albúmina poden indicar una inflamació crònica o una malaltia *autoinmunitaria, la
qual cosa pot afectar la fertilitat.

En resum, l'albúmina pot ser un indicador útil de la funció hepàtica i renal, i pot ajudar els
metges a detectar possibles problemes que puguin afectar la fertilitat.

4)

Com hem pogut veure en el gràfic, la proteïna més destacable i que té més interaccions
amb unes altres és el dèficit d'albúmina.

L'albúmina és una proteïna que es produeix en el fetge i té moltes funcions importants en el

cos, incloent-hi la regulació de l'equilibri de líquids i la transportació d'hormones i altres
compostos.Una possible forma en què el dèficit d'albúmina pot afectar la fertilitat és a través
de la regulació dels nivells d'hormones reproductives.

L'albúmina pot unir-se i transportar hormones sexuals com l'estradiol i la testosterona en el

cos. Si els nivells d'albúmina són baixos, això pot afectar la quantitat d'hormones sexuals
disponibles per a les cèl·lules reproductives i, per tant, afectar la fertilitat.A més, l'albúmina
també té un paper rellevant en la regulació de l'equilibri de líquids en el cos. Si els nivells
d'albúmina són baixos, això pot provocar edema, que és una acumulació de líquid en els
teixits del cos. L'edema en els òrgans reproductius pot afectar la seva funció i la capacitat de
concebre.

Origen

Els motius de la infertilitat poden ser molt variats, des de problemes físics fins a trastorns
hormonals o immunològics.

Els factors físics que poden causar infertilitat inclouen problemes en els òrgans
reproductius, com a bloquejos o malformacions en els conductes dels òrgans reproductius,
infeccions cròniques, problemes d'ovulació, i anomalies cromosòmiques.
Els trastorns hormonals poden incloure deficiències de la hormona luteïnitzant (LH) i de la
hormona fol·licul-estimulant (FSH). Els factors immunològics poden incloure malalties
autoimmunes, com el síndrome d'anticossos antifol·liculars, que poden desencadenar
respostes immunitàries contra els espermatozoides o els òvuls.

Tractament

El tractament adequat per a la infertilitat depèn de la causa. Alguns tractaments comuns

poden incloure medicaments per a la ovulació, inseminació artificial, fertilització in vitro
(FIV), i cirurgia per a tractar problemes físics.