Iako je u književnost ušao kao romantičar, Zola se u kasnijim djelima ne zadovoljava

metodama realizma. Posljednja trećina devetnaestog stoljeća vrijeme je u kojem vlada sveopće

oduševljenje znanošću, a strast za naukom zahvaća gotovo čitav svijet. Činilo se da nema čuda koje
znanost ne može učiniti, a ljudske mogućnosti dobivaju neviđen zamah. Aktualna
je Darwinova teorija o porijeklu vrsta, Claud Bernardt, fiziolog, objavljuje Uvod u eksperimentalnu
medicinu, a podloga je svemu pozitivizam koji stavlja težište na iskustvo i zadovoljava se
činjenicama. Pod tim utjecajima Zola pokušava i u literaturu uvesti znanstvene metode te razvija
teoriju tzv. eksperimentalnog romana i prvi je teoretičar naturalizma.
Priče Ninoni objavljene su 1864., Klaudijeva ispovijest, koja ima autobiografske elemente, 1865., a
obje je knjige kritika povoljno dočekala. U to vrijeme radi na romanu Thérèse Raquin, a predloženo
mu je da napiše roman-feljton o misterijama Marseillea. Pišući Marseilleske tajne stvorio je svoju
metodu rada: iz bezbrojnih dokumenata kojima je raspolagao uzeo je događaje koje je povezao oko
glavne teme, a taj će princip rada koristiti i pri stvaranju ciklusa Rougon-Macquartovi ili Prirodna i
društvena povijest jedne obitelji pod Drugim carstvom (Les Rougon-Macquart, 1871. - 1893.).
Potreba za stvaranjem romanesknog ciklusa po uzoru na Balzaca javlja se stoga što Zoli nikako nije
odgovaralo prelaziti bez ikakve veze s romana na roman i počinjati svaki put iznova. Osjećajući da
drži svoje veliko djelo na dlanu, u tridesetoj godini stvara rodoslovno stablo Rougon-Macquarta čija
će svaka grana biti jedan roman.