Povijest je Zolu upamtila po njegovom angažmanu u aferi Dreyfus,

koja je uzdrmala najvišu francusku političku i vojnu elitu. Kapetan

Alfred Dreyfus bio je židovski francuski vojni časnik koji je lažno
optužen za špijunažu u korist Njemačke i osuđen na robiju na
zloglasnom Đavoljem otoku u Francuskoj Gvajani. Zola je došao u
posjed dokumenata i dokaza koji su potvrđivali Dreyfusovu nevinost,
međutim zbog antisemitskih motiva vlast je odbila osloboditi
Dreyfusa čak i nakon što se pokazalo da je za izdaju odgovoran jedan
drugi časnik. Zola je 1898. godine napisao otvoreno pismo
predsjedniku republike Félixu Faureu pod
naslovom Optužujem!  (J’Accuse), koje je objavljeno na naslovnoj
stranici novina L’Aurore, čiji je vlasnik i urednik bio kasniji francuski
premijer Georges Clemenceau. U njemu je francuski politički vojni
vrh otvoreno optužio za opstruiranje pravde i antisemitizam.
Uslijedila je haranga konzervativnih snaga: Zola je optužen za klevetu
i uvredu, što doduše i jest bila njegova namjera jer se tako nadao
javnosti predstaviti dokaze u tome slučaju. Osuđen je na godinu dana
zatvora, pa ne želeći u zatvor odlazi u Englesku, odakle se ubrzo vraća
nakon što je oslobođen odgovornosti. Dreyfus je najprije 1900. godine
pomilovan, a 1906. godine potpuno rehabilitiran. Afera je jedan od
primjernih slučajeva u kojemu je ugledni intelektualac i pisac
oblikovao javno mišljenje, a njegov poklik J’Accuse često se citirao u
sličnim situacijama i postao je simbolom otpora moći.