Lecture 8 The genome of cell Dr.

Raheem AL-Abedi

Introduction
A genome is all the genetic information of an organism. It consists of
nucleotide sequences of DNA (or RNA in RNA viruses).
‫ وهو يتألف من تسلسل النوكليوتيدات من الحمض النووي )أو الحمض النووي‬.‫لجينوم هو كل المعلومات الوراثية للكائن الحي‬
‫)الريبي في فيروسات الحمض النووي الريبي‬
The nuclear genome includes protein-coding genes and non-coding genes,
other functional regions of the genome such as regulatory sequences (non-
coding DNA),
‫ ومناطق وظيفية أخرى من الجينوم مثل التسلسﻼت التنظيمية‬،‫يتضمن الجينوم النووي جينات مشفرة للبروتين وجينات غير مشفرة‬
‫))الحمض النووي غير المشفر‬،
and often a substantial fraction of 'junk' DNA with no evident function. Almost
all eukaryotes have mitochondria and a small mitochondrial genome. Algae
and plants also contain chloroplasts with a chloroplast genome.

‫ تحتوي جميع حقيقيات النوى تقريبا على‬.‫وغالبا ما يكون جزءا كبيرا من الحمض النووي "غير المرغوب فيه" بدون وظيفة واضحة‬
‫ تحتوي الطحالب والنباتات أيضا على بﻼستيدات خضراء مع جينوم البﻼستيدة الخضراء‬.‫ميتوكوندريا وجينوم صغير للميتوكوندريا‬

The study of the genome is called genomics. The term genome was created in
1920 by Hans Winkler, professor of botany at the University of Hamburg.

‫ أستاذ علم النبات في جامعة‬، ‫ من قبل هانز وينكلر‬1920 ‫ تم إنشاء مصطلح الجينوم في عام‬.‫تسمى دراسة الجينوم علم الجينوم‬
‫هامبورغ‬.

It's very difficult to come up with a precise definition of "genome." It usually

refers to the DNA (or sometimes RNA) molecules that carry the genetic
information in an organism but sometimes it is difficult to decide which
molecules to include in the definition; for example
(‫ يشير عادة إلى جزيئات الحمض النووي )أو أحيانا الحمض النووي الريبي‬."‫من الصعب جدا التوصل إلى تعريف دقيق ل "الجينوم‬
‫التي تحمل المعلومات الوراثية في الكائن الحي ولكن في بعض اﻷحيان يكون من الصعب تحديد الجزيئات التي يجب تضمينها في‬
‫التعريف ؛ على سبيل المثال‬,

bacteria usually have one or two large DNA molecules (chromosomes) that
contain all of the essential genetic material but they also contain smaller
extrachromosomal plasmid molecules that carry important genetic
information.
‫تحتوي البكتيريا عادة على واحد أو اثنين من جزيئات الحمض النووي الكبيرة )الكروموسومات( التي تحتوي على جميع المواد‬
‫الوراثية اﻷساسية ولكنها تحتوي أيضا على جزيئات بﻼزميد أصغر خارج الكروموسومات تحمل معلومات وراثية مهمة‬

The definition of 'genome' that's commonly used in the scientific literature is

usually restricted to the large chromosomal DNA molecules in bacteria.

Eukaryotic genomes are even more difficult to define because almost all
eukaryotic species contain nuclear chromosomes plus extra DNA molecules in
the mitochondria.
‫يصعب تحديد جينومات حقيقية النواة؛ ﻷن جميع أنواع حقيقية النواة تقريبا تحتوي على كروموسومات نووية باﻹضافة إلى جزيئات‬
 DNA ‫إضافية في الميتوكوندريا‬

In addition, algae and plants have chloroplast DNA. Most textbooks make a
distinction between the nuclear genome and the organelle (mitochondria and
chloroplast) genomes so when they speak of, say
‫ تميز معظم الكتب المدرسية بين الجينوم‬.‫ تحتوي الطحالب والنباتات على الحمض النووي للبﻼستيدات الخضراء‬، ‫باﻹضافة إلى ذلك‬
‫ قل‬، ‫ لذلك عندما يتحدثون عن‬، (‫النووي وجينومات العضيات )الميتوكوندريا والبﻼستيدات الخضراء‬
the human genome, they are only referring to the genetic material in the
nucleus.[ This is the most common use of 'genome' in the scientific literature.
"‫ ]هذا هو اﻻستخدام اﻷكثر شيوعا ل "الجينوم‬.‫ فهي تشير فقط إلى المادة الوراثية في النواة‬، ‫الجينوم البشري‬
‫في اﻷدبيات العلمية‬
Most eukaryotes are diploid, meaning that there are two copies of each
chromosome in the nucleus but the 'genome' refers to only one copy of each
chromosome.
‫ مما يعني أن هناك نسختين من كل كروموسوم في النواة ولكن "الجينوم" يشير إلى‬، ‫معظم حقيقيات النوى ثنائية الصيغة الصبغية‬
‫نسخة واحدة فقط من كل كروموسوم‬.
Some eukaryotes have distinctive sex chromosomes such as the X and Y
chromosomes of mammals so the technical definition of the genome must
include both copies of the sex chromosomes.
‫ تحتوي بعض حقيقيات النوى على كروموسومات جنسية مميزة مثل الكروموسومين‬X ‫و‬Y ‫للثدييات؛ لذا يجب أن يتضمن التعريف‬
‫الفني للجينوم نسختي الكروموسومات الجنسية‬
When referring to the standard reference genome of humans, for example, it
consists of one copy of each of the 22 autosomes plus one X chromosome
and one Y chromosome
.‫ فإنه يتكون من‬، ‫ على سبيل المثال‬، ‫عند اﻹشارة إلى الجينوم المرجعي القياسي للبشر‬
‫ باﻹضافة إلى كروموسوم‬22 ‫ نسخة واحدة من كل من الكروموسومات الجسمية ال‬X ‫ واحد وكروموسوم‬Y ‫واحد‬
 A genome sequence is the complete list of the nucleotides Adenine, cytosine,
، ‫ السيتوزين‬، ‫تسلسل الجينوم هو القائمة الكاملة للنيوكليوتيدات اﻷدينين‬
Guanine and thymine (A, C, G, and T for DNA genomes) that make up all the
chromosomes of an individual or a species. Within a species, the vast majority
of nucleotides are identical between individuals,
‫( لجوانين والثايمين‬A ‫ و‬C ‫ و‬G ‫ و‬T ، ‫ داخل النوع‬.‫لجينومات الحمض النووي( التي تشكل جميع كروموسومات الفرد أو النوع‬
‫تكون الغالبية العظمى من النيوكليوتيدات متطابقة بين اﻷفراد‬
but sequencing multiple individuals is necessary to understand the genetic
diversity. In human cells, the mean components of genome are DNA and
histones protein.
‫ المكونات المتوسطة للجينوم هي‬، ‫ في الخﻼيا البشرية‬.‫لكن تسلسل عدة أفراد ضروري لفهم التنوع الجيني‬
‫الحمض النووي وبروتين الهستونات‬
DNA structure
‫تركيب‬

DNA composed of four nucleotides (A, C, G, T), these nucleotides are varies
from species to another but it should contain the same number of A, T, and G,
C base.

‫( يتكون الحمض النووي من أربعة نيوكليوتيدات‬A ،C ،G ،T) ‫ تختلف هذه النيوكليوتيدات من نوع إلى آخر ولكن يجب أن‬،
‫ تحتوي على نفس العدد من قاعدة‬A ‫ و‬T ‫ و‬G ‫ و‬C.

Each nucleotide monomer consists of a nitrogenous base, the sugar

deoxyribose and a phosphate group.
‫يتكون كل مونومر نيوكليوتيد من قاعدة نيتروجينية وسكر ديوكسي ريبوز ومجموعة فوسفات‬
 DNA Replication
The replication of a DNA molecule begins at particular sites called
origins of replication,

‫( يبدأ تضاعف جزيء الحمض النووي‬DNA) ‫في مواقع معينة تسمى أصول التضاعف‬
،short stretches of DNA having a specific sequence of nucleotides. The
E. coli chromosome, like many other bacterial chromosomes,

‫ كروموسوم اﻹشريكية‬.‫متدادات قصيرة من الحمض النووي لها تسلسل محدد من النيوكليوتيدات‬

‫ مثل العديد من الكروموسومات البكتيرية اﻷخرى‬،‫القولونية‬

is circular and has a single origin. Proteins that initiate DNA

replication recognize this sequence and attach to the DNA,

‫ تتعرف البروتينات التي تبدأ تضاعف الحمض النووي‬.‫( دائري وله أصل واحد‬DNA) ‫على‬
‫( هذا التتابع وترتبط بالحمض النووي‬DNA)

separating the two strands and opening up a replication "bubble."

Replication of DNA then proceeds in both directions until the entire
molecule is copied (Figure 16.12a).
 ‫فصل الشريطين وفتح "فقاعة" تكرارية‪ .‬ثم يستمر تكرار الحمض النووي في كﻼ اﻻتجاهين‬
‫‪).‬حتى يتم نسخ الجزيء بأكمله )الشكل ‪ 16.12‬أ‬

‫‪In contrast to a bacterial chromosome, a eukaryotic chromosome‬‬

‫‪may have hundreds or even a few thousand replication origins. Multiple‬‬
‫‪replication bubbles form and eventually fuse,‬‬

‫على عكس الكروموسوم البكتيري ‪ ،‬قد يكون للكروموسوم حقيقي النواة مئات أو حتى بضعة‬
‫آﻻف من أصول التضاعف‪ .‬تتشكل فقاعات النسخ المتماثل المتعددة وتندمج في النهاية ‪،‬‬

‫‪thus speeding up the copying of the very long DNA molecules‬‬

‫‪(Figure 16.12b). As in bacteria, eukaryotic DNA replication proceeds in‬‬
‫‪both directions from each origin.‬‬

‫وبالتالي تسريع نسخ جزيئات الحمض النووي الطويلة جدا )الشكل ‪ 16.12‬ب(‪ .‬كما هو الحال في البكتيريا ‪ ،‬يستمر تكرار الحمض النووي‬
‫أصل‬ ‫كل‬ ‫من‬ ‫اﻻتجاهين‬ ‫كﻼ‬ ‫في‬ ‫النواة‬ ‫حقيقي‬
 At each end of a replication bubble is a replication fork, a Y-
shaped region where the parental strands of DNA are being unwound.
Several kinds of proteins participate in the unwinding (Figure 16.13).
‫ وهي منطقة على شكل حرف‬، ‫ في كل طرف من فقاعة النسخ توجد شوكة تضاعف‬Y ‫حيث يتم‬
16.13 ‫ تشارك عدة أنواع من البروتينات في الفك )الشكل‬.‫)فك الخيوط اﻷبوية من الحمض النووي‬.
Helicases are enzymes that untwist the double helix at the
replication forks,
، ‫اللولبيات هي إنزيمات تقوم بفك اللولب المزدوج عند شوكات النسخ المتماثل‬
separating the two parental strands and making them available as
template strands. After the parental strands separate,
 ‫ بعد انفصال خيوط الوالدين‬.‫فصل الخيطين اﻷبويين وإتاحتهما كخيوط قالب‬
singlestrand binding proteins bind to the unpaired DNA strands
‫ترتبط بروتينات الربط أحادية الشريط بخيوط الحمض النووي غير المزاوجة‬

keeping them fromre-pairing. The untwisting of the double helix

causes tighter twisting and strain ahead of the replication fork
‫ يؤدي فك اللولب المزدوج إلى التواء وإجهاد أكثر إحكاما قبل شوكة النسخ‬.‫منعهم من إعادة اﻻقتران‬
‫المتماثل‬
. Topoisomerase helps relieve this strain by breaking, swiveling, and
rejoining DNA strands.
‫يساعد توبويزوميراز على تخفيف هذه السﻼلة عن طريق كسر خيوط الحمض النووي وتدويرها وإعادة‬
‫اﻻنضمام إليها‬

The unwound sections of parental DNA strands are now available

to serve as templates for the synthesis of new complementary DNA
strands.
‫تتوفر اﻵن اﻷجزاء غير المفككة من خيوط الحمض النووي اﻷبوي لتكون بمثابة قوالب لتخليق‬
‫خيوط الحمض النووي التكميلية الجديدة‬.
However, the enzymes that synthesize DNA cannot initiate the
synthesis of a polynucleotide; they can only add nucleotides to the end
of an already existing chain that is base-paired with the template strand.
‫ فإن اﻹنزيمات التي توليف الحمض النووي ﻻ يمكن أن تبدأ تخليق‬، ‫ومع ذلك‬
polynucleotide. ‫يمكنهم فقط إضافة النيوكليوتيدات إلى نهاية سلسلة موجودة بالفعل مقترنة بالقاعدة‬
‫مع شريط القالب‬
The initial nucleotide chain that is produced during DNA synthesis
is actually a short stretch of RNA, not DNA
‫سلسلة النيوكليوتيدات اﻷولية التي يتم إنتاجها أثناء تخليق الحمض النووي هي في الواقع امتداد‬
‫ وليس الحمض النووي‬، ‫قصير من الحمض النووي الريبوزي‬
. This RNA chain is called a primer and is synthesized by the
enzyme primase (see Figure 16.13). Primase starts a complementary
RNA chain from a single RNA nucleotide
, ‫تسمى سلسلة الحمض النووي الريبي هذه برايمر ويتم تصنيعها بواسطة إنزيم بريماز )انظر‬
‫ يبدأ البريماز سلسلة‬.(16.13 ‫ الشكل‬RNA ‫ تكميلية من نيوكليوتيد‬RNA ‫واحد‬
 Synthesizing a New DNA Strand
‫ تخليق شريط‬DNA ‫جديد‬

Enzymes called DNA polymerases catalyze the synthesis of new

DNA by adding nucleotides to a preexisting chain. In E.

‫( تحفز إنزيمات تسمى بوليميراز الحمض النووي تخليق الحمض النووي‬DNA) ‫الجديد عن‬
‫ في‬.‫ طريق إضافة النيوكليوتيدات إلى سلسلة موجودة مسبقا‬E.

coli, there are several different DNA polymerases, but two appear
to play the major roles in DNA replication: DNA polymerase Ill and DNA
polymerase I.

‫ ولكن يبدو أن اثنين‬، ‫ هناك العديد من بوليميراز الحمض النووي المختلفة‬، ‫اﻹشريكية القولونية‬
‫ إنزيم بلمرة الحمض النووي‬:‫ يلعبان اﻷدوار الرئيسية في تضاعف الحمض النووي‬Ill ‫وإنزيم بلمرة‬
‫ الحمض النووي‬I

Thesituation in eukaryotes is more complicated, with at least 11

different DNA polymerases discovered so far; however, the general
principles arethe same

‫ بوليميراز‬11 ‫ حيث تم اكتشاف ما ﻻ يقل عن‬، ‫ الوضع في حقيقيات النوى أكثر تعقيدا‬DNA
‫ فإن المبادئ العامة هي نفسها‬، ‫ ومع ذلك‬.‫مختلف حتى اﻵن‬
Most DNA polymerases require a primer and a DNA template strand,
along which complementary DNA nucleotides line up. In E.
‫( تتطلب معظم إنزيمات بلمرة الحمض النووي‬DNA) ‫تمهيدا وشريطا من قالب الحمض النووي‬
(DNA) ‫ في‬.‫ حيث تصطف نيوكليوتيدات الحمض النووي المكملة‬، E
coli, DNA polymerase Ill (abbreviated DNA pol Ill) adds a DNA
nucleotide to the RNA primer and then continues adding DNA
nucleotides
,‫ بوليميراز الحمض النووي‬، ‫ القولونية‬Ill (‫ اختصار‬DNA pol Ill) ‫يضيف نيوكليوتيد الحمض‬
‫النووي إلى التمهيدي للحمض النووي الريبي ثم يستمر في إضافة نيوكليوتيدات الحمض النووي‬

complementary to the parental DNA template strand, to the growing end

of the new DNA strand.
‫ إلى النهاية المتنامية لشريط الحمض النووي الجديد‬، ‫مكمل لشريط قالب الحمض النووي اﻷبوي‬
.
The rate of elongation is about 500 nucleotides per second in bacteria
and 50 per second in human cells.
‫ في الثانية في الخﻼيا البشرية‬50 ‫ نيوكليوتيد في الثانية في البكتيريا و‬500 ‫معدل اﻻستطالة حوالي‬.
Each nucleotide added to a growing DNA strand comes from a
nucleoside triphosphate, which is a nucleoside (a sugar and a base) with
three phosphate groups.
‫ تأتي كل نيوكليوتيدة تضاف إلى شريط‬DNA ‫ وهو‬، ‫المتنامي من ثﻼثي فوسفات النيوكليوزيد‬
‫نيوكليوزيد )سكر وقاعدة( مع ثﻼث مجموعات فوسفات‬