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1.1. Tema Agua PDF
1.1. Tema Agua PDF
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■ Supramolecular https://ptable.com/?lang=es#Propiedades
complexes are held together by evolutionary origin is based in part on this observed uni-
noncovalent interactions and form a hierarchy of versality of chemical intermediates and transformations,
structures, some visible with the light microscope. often termed “biochemical unity.”
When individual molecules are removed from these Fewer than 30 of the more than 90 naturally occur-
complexes to be studied in vitro, interactions ring chemical elements are essential to organisms. Most
important in the living cell may be lost. of the elements in living matter have relatively low atomic
numbers; only two have atomic numbers above that of se-
lenium, 34 (Fig. 1–12). The four most abundant ele-
1.2 Chemical Foundations Estructuras
ments in living organisms, in terms of percentage of total de Lewis
number of atoms, are hydrogen, oxygen, nitrogen, and
Biochemistry aims to explain biological form and function carbon, which together make up more than 99% of the
in chemical terms. By the late eighteenth century, chemists mass of most cells. They are the lightest elements capable
had concluded that the composition of living matter is of efficiently forming one, two, three, and four bonds, re-
strikingly different from that of the inanimate world. An- spectively; in general, the lightest elements form the
toine-Laurent Lavoisier (1743–1794) noted the relative strongest bonds. The trace elements (Fig. 1–12) repre-
chemical simplicity of the “mineral world” and contrasted sent a miniscule fraction of the weight of the human body,
it with the complexity of the “plant and animal worlds”; the but all are essential to life, usually because they are es-
latter, he knew, were composed of compounds rich in the el- sential to the function of specific proteins, including
ements carbon, oxygen, nitrogen, and phosphorus. many enzymes. The oxygen-transporting capacity of the
During the first half of the twentieth century, paral- hemoglobin molecule, for example, is absolutely depend-
lel biochemical investigations of glucose breakdown in ent on four iron ions that make up only 0.3% of its mass.
yeast and in animal muscle cells revealed remarkable
chemical similarities in these two apparently very differ- Biomolecules Are Compounds of Carbon with a Variety of
ent cell types; the breakdown of glucose in yeast and
Functional Groups
H2 O Regla de Octeto
Agua
O3
Ozono
H2 S
CH3 OH Sulfuro de hidrógeno
NH3
Metanol
Amoniaco
H3PO4
N3 CH3CH2OCH2CH3
Acido fosfórico
Nitrógeno molecular Éter etílico
Estructuras de Lewis
https://www.uv.es/quimicajmol/lewis/index.htm
GRUPOS FUNCIONALES
GRUPOS FUNCIONALES
H O !
O O!
functional O1!
Ester R1 C O R2 Phosphoanhydride R O P! O
O P! O
O
ÉTER
s figure R 1
O R 2
R O P OH
unctional Carbonyl Ether R CR1 H O O
Phosphoryl
Imidazole R C CH O O
use R to Ester C R2 Phosphoanhydride R1 O P O P O
figure (aldehyde) O
may be as
se R to O O HN N O O
t typically O!
may be as
y. When
C!
Anhydride R1 C O C R2 Mixed anhydride O C OO
R P! OH
!
typically O
ÉSTER
hown in functional
a
common
y.1When (two car-
Ester 1R
1
OC O
O R O
2 (carboxylic acid
Phosphoanhydride R and
1
O P H O
O P OO R
2
R , R 2
, and
es. In this figure Anhydride R
boxylic acids) C C R2 Mixed anhydride
phosphoric acid; R C O P OH
own in a O O
ook, we use R to (two car- O (carboxylic
also calledacid
acyland
phosphate)
O O
1
, R2, and O O
boxylic1 acids) 2 phosphoric acid;
uent.” It may beCarbonyl
as R C R Sulfhydryl R S H
also called acyl phosphate)
atom, but typically lar weight.) This collection of molecules
O! includes
Geometría de los enlaces del Carbono
Fuerza de los Enlaces
Puentes de hidrógeno
Enlaces Iónico
El enlace iónico
F • 4.0 H • 2.2
El iónico se forma cuando se unen un
O • 3.5 Mg • 1.3
metal y un no metal (es decir, un
componente con poca electronegatividad Cl • 3.0 Ca • 1.0
con uno con mucha) N • 3.0 Na • 0.9
≥ 1.7
• 2.8 K • 0.8
S
• 2.5
Br
C • 2.5
Enlaces electroquímico: Covalente
d+ d- H-H
H F H F
F-F
!
O H O C
adas para comportarse 0.28 como ± 0.01
donadoresElfuertes. enlace del agua De coneste
otras modo, q+
H no forman enlaces de hidrógeno
moléculas
fuertes
se realiza de estas −
formasy sí los forman los
ácido
! N H O 0.29 ± 0.01 Donador H Aceptor
. En este libro, se Hrepresenta el enlace entre el hidrógeno y el −
!
O C
una líneaN deH puntos (véase
0.29 ± 0.01
la Figura 2.7). Muy importante en las estructuras
− −
de las proteínas y los ácidos
hidrógeno
o es una N comparte
H N algunas
0.31 ± 0.02 propiedades tanto con las inte-
nucleicos
ntes
macióncomo con las no covalentes. En parte, es como una inte-
Relativamente poco frecuente; más
ga entre laN carga
se H S
positiva 0.37
parcial del H ydébil la que
carga negativa del
los anteriores Longitud del enlace de hidrógeno
eno
s.
n la Pero, al a
mismo
Definida tiempo,
como la distancia también
desde el centro se comparten
del átomo donador electrones
hasta el centro del átomo aceptor. Por FIGURA 2.7
ejemplo, en el enlace N !H . . . O!C es la distancia N !O.
enlace covalente) entre el H y el aceptor. Estas dos propiedades El enlace de hidrógeno. La figura muestra
ongitud del enlace de H. La distancia entre el átomo de hidró- un enlace de H ideal que podría existir, por
ejemplo, en !O !H . . . O!. Aunque el
aceptor en un enlace de hidrógeno es bastante más reducida enlace de H es entre H y el aceptor, la longitud
esperar de sus radios de van der Waals. Por ejemplo, la dis- del enlace de H se define como la distancia
Estructura molecular del agua
sino que, además, está admirablemente adecuado para esta finalidad. Para ver res al del agua. ¿Por qué es el agua una sustancia poco corriente? La respuesta la
por qué esto es así, debemos examinar detalladamente las propiedades del agua. encontramos principalmente en la fuerte tendencia de las moléculas de agua a
formar enlaces de hidrógeno con otras moléculas de agua.
ESTRUCTURA Y PROPIEDADES DEL AGUA La disposición electrónica de una única molécula de agua aparece en la
Aunque se tienda a dar por supuestas las propiedades del agua, en realidad se Figura 2.9a. Dos de los seis electrones de los orbitales más externos del átomo
trata de una sustancia muy particular. La Tabla 2.4, que compara el H2O (peso de oxígeno intervienen en los enlaces covalentes con los hidrógenos. Los cuatro
molecular 18) con otros compuestos de peso molecular similar, muestra un electrones restantes están en pares no enlazados, que son excelentes aceptores de
• Incolora
hecho destacable. La mayoría de esos compuestos de peso molecular bajo son enlaces
enlaces
de
de
hidrógeno.
hidrógeno.
En el agua, los grupos ! OH son potentes donadores de
De este modo, cada molécula de agua es simultáneamen-
gases a temperatura ambiente y tienen unos puntos de ebullición muy inferio-
• Inodora
res al del agua. ¿Por qué es el agua una sustancia poco corriente? La respuesta la te un donador de enlace de hidrógeno y un aceptor de enlace de hidrógeno, y
encontramos principalmente en la fuerte tendencia de las moléculas de agua a una muestra de agua es una red dinámica de moléculas unidas por enlaces de H
insípida
formar enlaces de hidrógeno con otras•moléculas de agua.
La disposición electrónica de una única molécula de agua aparece en la
TABLA 2.4 Propiedades del agua en comparación con otros compuestos
Figura 2.9a. Dos de los seis electrones de los orbitales más externos del átomo de bajo peso molecular
de oxígeno intervienen en los enlaces covalentes con los hidrógenos. Los cuatro
electrones restantes están en pares no enlazados, que son excelentes aceptores de Calor de
enlaces de hidrógeno. En el agua, los grupos ! OH son potentes donadores de Peso Punto de Punto de Evaporación
6.23 de
enlaces x 10 23 Moléculas/mol
hidrógeno. De este modo, cada molécula de agua es simultáneamen- Compuesto molecular fusión (°C) ebullición (°C) (kJ/mol)
te623,000,000,000,000,000,000,000
un donador de enlace de hidrógeno y un aceptor de enlace de hidrógeno, y CH4 16.04 "182 "164 8.16
una muestra de agua es una red dinámica de moléculas unidas por enlaces de H NH3 17.03 "78 "33 23.26
H2O 18.02 0 #100 40.71
H2S 34.08 "86 "61 18.66
TABLA 2.4 Propiedades del agua en comparación con otros compuestos
de bajo peso molecular
FIG
Calor de Enl
Peso Punto de Punto de Evaporación Estr
Compuesto molecular fusión (°C) ebullición (°C) (kJ/mol) ind
enl
CH4 16.04 "182 "164 8.16 ace
NH3 17.03 "78 "33 23.26 agu
H2O 18.02 0 #100 40.71 com
H2S 34.08 "86 "61 18.66 per
Pares de electrones mo
no enlazados
Se llama punto de fusión al grado de temperatura en el cual la q
FIGURA 2.9
−
gas
sólido
Líquido
drógeno
ógeno del
de una
Figura 2.8 Esferas de
ces de
nlaces de solvatación
a). Debido a
on enlaces
n en agua Todos los enlaces de hidrógeno Algunos enlaces de hidrógeno
Capas de
internos; hélice intacta con el agua; hélice rota
hidratación
se disuelven con facilidad en agua. La explicación de este hecho reside en la na-
turaleza dipolar de la molécula de agua. Las interacciones de los dipolos del agua
con los cationes y los aniones en una disolución acuosa hacen que los iones se
hidraten; es decir, se rodeen de capas de moléculas de agua denominadas capas
de hidratación (Figura 2.12). La tendencia a disolverse en agua de muchos
compuestos iónicos, como el NaCl, se explica en gran parte por dos factores. En
primer lugar, la formación de las capas de hidratación es energéticamente fa-
vorable. En segundo lugar, la constante dieléctrica elevada del agua apantalla y
isolución.
disolviéndose
sodio y cloro
covalente
dipolares de
ión alrededor
esprende en
as
tabilizan el
CH3 CH3
cas tienen un grupo de cabeza muy hidrófilo, acoplado a una cola hidrófoba, ge-
La tendencia del agua reducir al mínimo su contacto con moléculas
neralmente un hidrocarburo. Cuando se intenta disolverlas en agua, las sus-
Vesícula
Moléculas
anfipáticas Monocapa
Micela
FASE
ACUOSA
Vesícula bicapa
cas tienen un grupo de cabeza muy hidrófilo, acoplado a una cola hidrófoba, ge-
“Flickering clusters” of H2 O Hydrophobic
molecules in bulk phase alkyl group neralmente un hidrocarburo. Cuando se intenta disolverlas en agua, las sus-
Highly ordered H2 O molecules form tancias anfipáticas forman una o varias de las estructuras de la Figura 2.15a. Por
“cages” around the hydrophobic alkyl chains
OCAPÍTULO 2 LA MATRIZ DE LA VIDA: INTERACCIONES DÉBILES EN UN MEDIO ACUOSO
ejemplo, pueden formar una monocapa en la superficie del agua donde sólo los
(a) Clusters of lipid
molecules grupos de cabeza están sumergidos. Por otro lado, si la mezcla se agita enérgi-
Highlychain
FIGURE 2–7 Amphipathic compounds in aqueous solution. (a) Long-
ordered
Grupos H O molecules form O
Only lipid portions camente, se pueden formar micelas (estructuras esféricas formadas por una
fatty acids have2 very hydrophobic alkyl chains, each of which at the edge of
s” around the hydrophobic alkyl chains
hidrófilos +
is surrounded by a layer of highly ordered water molecules. +
(b) By
the cluster force the
de cabeza H3 N CH2 CH2 O P O− ordering of water.
clustering together in micelles, the fatty acid molecules expose the Fewer H2 O molecules
(a)possible hydrophobic surface area to the water, and fewer
smallest O are ordered, and Clusters of lipid Vesícula
water molecules are required in the shell of Oordered water. The energy
entropy is increased. molecules
H2 C CH CH2
gained by freeing immobilized water molecules stabilizes the micelle.
compounds in aqueous solution. −(a) Long- Only lipid portions
O S O
O O− O O O O at the edge of
hydrophobic alkyl chains, each of which
C O C C the clusterSuperficie
force the del líquido
highly ordered Grupos water molecules. (b) By FIGURA 2.15 ordering of water.
les, the fatty hidrófobosacidCHmoleculesCHexpose the CH2 CH2
2 2 Interacciones de las moléculas
Micelles Fewer H2 O molecules
de cola
water, the polar, hydrophilic region interacts favorably
bic surface CH2 the water, CH CH2 CH are ordered, and
with the areasolvent to and tends to dissolve, and fewer
2 but the nonpo- 2 anfipáticas conAllelhydrophobic
agua. (a) Las
CH2 tends CHThe CH2the CH2 groups are entropy is increased.
d in the lar, shell
hydrophobic of ordered
region water.
to avoid 2 contact energy
with estructuras que pueden formarse cuando las
sequestered from
ed water watermolecules CH
(Fig. 2–7a).2 The stabilizes CH
nonpolar regions
the2 micelle. CH
of the mole-
2
CH2
sustancias anfipáticas water; ordered
seHmezclan con el agua Moléculas
cules cluster together to present CH2 the smallestCH2hy- CH2 shell of O
CH2
son una monocapa
2
en la issuperficie del agua,
molecules anfipáticas Monocapa
drophobic area toCHthe aqueous solvent, CHand the polar
CH2 re- CH2 minimized, and
2
gions are arranged to maximize their interaction with
2
una micela y unaentropy vesícula bicapa, una esfera
is further
CH2 CH CH2 CH2 increased. Micela
the solvent (Fig. 2–7b). These stable2 structures of am- hueca que contiene y está rodeada de agua. En
phipathic compounds CH 2
CH
in water, called2 micelles,2 may 2CH CH
CHthousands CH2 CH2 CH2
cada uno de estos casos, los grupos de cabeza Micelles
ophilic contain
regionhundreds interacts
or 2 of molecules.
favorably The forces
that hold the nonpolar CH2 regions of the molecules
CH2 together
CH2 CH2 hidrófilos
(b ) están en contacto con la fase acuosa,
endsare tocalleddissolve, but the nonpo- All hydrophobic
hydrophobicCH3 interactions.
CH2 The strength CH2 of CH2 mientras que las colas hidrófobas se asocian groups are
n tends to avoid
hydrophobic interactions contact
is not due to with the at-
any intrinsic entre ellas. (b) Cuando los fosfolípidos se sequestered from
CH3 CH2 CH2
e nonpolar traction between regions of the
nonpolar moieties. Rather,mole-it results
CH3 CH3 mezclan con agua, las moléculas anfipáticas se water; ordered
to from
res ejemplos the system’s achieving greatest thermodynamic
present the smallest hy- polar regions. Hydrophobic interactions among lipids, shell of FASE
H2 O
ica” de las stability by minimizing
Ion dodecanoato the number of ordered
Dodecilsulfato water
Fosfatidiletanolamina and between lipidsagregan para formar
and proteins, are thepelículas
most impor- parecidas a las moleculesACUOSA
is
aqueous
un grupo demolecules solvent,
required to and
(un ácido surround
graso)
the polar (unre-
hydrophobic
(un detergente) portions of
fosfolípido) tant determinants of membranas
structure inbiológicas. La agitación hace que
biological membranes. minimized, and
maximize
hidrófoba. their interaction with
the solute molecules. Hydrophobic interactions between nonpolar amino Vesícula bicapa
entropy is further
la película se rompa en vesículas.
). These Many biomolecules
stable are amphipathic;of
structures proteins,
am-pig- acids also stabilize the three-dimensional structures of increased.
ments, certain
cas tienen vitamins,
un grupo de cabezaandmuy
thehidrófilo,
sterolsacoplado
and phospho- proteins.
a una cola hidrófoba, ge- (b) Por cortesía de D. W. Deamer y P. B. Armstrong,
in water, called micelles, may Universidad de California, Davis. (a) Estructuras formadas en el agua (b) Formación de vesículas
lipids of membranes
neralmente all have
un hidrocarburo. polar and
Cuando nonpolar
se intenta surface
disolverlas Hydrogen bonding
en agua, las sus- between water and polar solutes
ousands regions. of
tancias molecules.
Structures
anfipáticas composed
forman ofThe
una o variasthese forces
molecules
de las estructuras de laare alsoPor
Figura 2.15a. causes some ordering of water molecules, but the
(b)
regions of by
stabilized
ejemplo, the
pueden molecules
hydrophobic
formar unainteractions
monocapa entogether
laamong the
superficie agua dondeeffect
delnon- sólo losis less significant than with nonpolar solutes. Part
ic interactions. The strength
grupos de cabeza están sumergidos. Por otro lado, si la of
mezcla se agita enérgi-
Propiedades del fisicoquímicas
• Regulador térmico de los organismos vivos
• Tensión superficial
• Capilaridad
Tensión superficial
Dado que las fuerzas intermoleculares de atracción entre moléculas de agua se deben a
los enlaces de hidrógeno y éstos representan una alta energía, la tensión superficial del
agua es mayor que la de muchos otros líquidos.
Esta imagen representa a las moléculas de la superficie y las moléculas que están internas (seno del líquido ). La tensión superficie es una propiedad dl agua que
permite a algunos insectos, como el zapatero (Garris lacustris ), desplazarse por la superficie del agua sin hundirse, a pesar de ser mas denso que el agua .
Capilaridad
Membrana
Moléculas soluto Moléculas semipermeable
solvente
Presión osmótica
membrana
semipermeable
hipertónica hipotónica
FIGURE
FIGURE1 1Touch Touch response
response in in
thethe
Venus
Venus flytrap.
flytrap.AA flyfly
approaching
approaching anan
open
open leaf (a)(a)
leaf is is
trapped
trappedforfor
digestion
digestion
(a)
(a) (b)
(b) byby
thetheplant
plant(b).
(b).