Professional Documents
Culture Documents
8.karbonhidrat Metabolizması III PDF
8.karbonhidrat Metabolizması III PDF
Metabolizması-III
Yrd. Doç. Dr. Serkan SAYINER
Yakın Doğu Üniversitesi, Veteriner Fakültesi, Biyokimya Anabilim Dalı
serkan.sayiner@neu.edu.tr
Sitrik asit Siklüsü, Krebs Siklüsü
TCA Döngüsü
▪Sir Hans Adolf KREBS
• Almanya doğumlu beşeri hekim ve
biyokimyacı.
• Sitrik asit döngüsü, üre döngüsü ve
bitkilerde glioksilat döngüsünü ortaya
çıkardı.
• 1953 yılında Nobel Tıp ödülünü aldı.
1900-1981
TCA Döngüsü
▪ Mitokondrial matriks içinde cereyan eder.
▪ Karbonhidrat, lipit ve protein metabolizmalarında yer
alan çeşitli geçitlerin major bütünleşme merkezidir.
▪ Transaminasyon, deaminasyon, glikoneojenezis ve
lipojenezisde rol oynar. Bu olaylar bir çok farklı dokuda
gerçekleşse de hepsinin gerçekleştiği ana organ
karaciğerdir.
▪ TCA döngüsünün aksamasına neden olan herhangi bir
genetik defektin sonu yaşamla bağdaşmamaktadır.
TCA Döngüsü
▪ Genel denklem;
Asetil-KoA + 3 NAD+ + FAD+ GDP + Pi + 2H2O → 2 CO2 + 3 NADH + FADH2 + GTP + KoA.SH
▪ Asetil-KoA kaynakları;
• Anaerobik glikoliz ile elde edilen pirüvat,
• Ketojenik amino asitler,
• Yağ asitleri veya keton cisimcikleridir.
Kaynak: Engelking 2014
• Ekzotermik reaksiyon.
• Irreversibl.
• Yüksek miktarda mitokondrial ATP,
sitrat ve uzun zincirli yağ açil-KoA’
lar enzimi inhibe eder.
• Asetil-KoA ve OAA mitokondria
membranı geçemezken, sitrat geçer
ve sitoplazmada PFK’ yı inhibe eder.
TCA Döngüsü
▪ 2. reaksiyonda akonitaz (akonitat hidrataz) enzimi
görev alır. Enzim yapısında Fe++ bulunur.
▪ Sitrat → İzositrata dönüştürülür.
▪ Dönüşüm iki adımda olur.
1. Cis-akonitat’ a dehidrasyon,
2. Rehidrasyon ile İzositrat oluşumu.
o Reaksiyon irreversibldır.
o Bu sıra fluroasetat ve fluroasetamid tarafından inhibe edilebilir. Bunlar
bitkisel zehirler ve rodentisitlerde bulunur.
o Zehirlenme sonucunda aşırı sitrat akümülasyonu olur.
TCA Döngüsü
▪ 3. reaksiyon,
• İzositrat, isositrat dehidrojenaz (ICD) enzimi
ile dehidrojenizasyona uğrar ve
okzalosüksinat oluşur.
• Daha sonra okzalosüksinat tekrardan aynı
enzimle dekarboksile edilir ve α-Ketoglutarat
(α-KG=) oluşur.
• ICD enzimi, mitokondriada NAD+-spesifikdir.
Bu adımda bir mol NADH üretilir.
• ICD, sitoplazmada NADPH-spesifiktir ve
ruminantlarda adipoz dokuda lipojenezde rol
alır.
TCA Döngüsü
▪ Oksalsüksinatın dekarboksilasyonunda Mn++ veya Mg++
önemli prostetik gruplardır.
▪ Bu reaksiyon ireversibledır ve ATP ile NADH tarafından
allosterik olarak inhibe edilir. ADP ve NAD+ tarafından
aktive edilir.
▪ 8. reaksiyonda,
• Malat dehidrojenaz enzimi tarafından malat → oksalasetat
(OAA) dönüşümü gerçekleşir.
• Reaksiyon reversibldır ve NAD+ gereklidir.
Kaynak: Engelking 2014
Kaynak: Engelking 2014
TCA Döngüsü
▪ 1 mol pirüvatın TCA’ ya girmesi ile
• 3 NADH + 1 FADH2 + 1 GTP/ATP elde edilir.
• NADH ve FADH2 solunum zincirine girer ve 11 ATP üretilir. + 1
GTP/ATP ile toplamda 12 ATP elde edilir.
❖Pirüvatın, asetil-KoA’ ya dönüşümünde de elde edilen NADH
unutulmamalıdır. 3 ATP’de burdan gelir ve toplam 15 ATP olur.
• 1 mol glikozdan 2 mol pirüvat elde edildiğine göre x2 yapılır
ve toplam 30 ATP elde edilir.
• Sitoplazmik glikolizden elde edilen 8 ATP’de dahil edilince
toplam 38 ATP üretilmiş olunur.
TCA Döngüsü
▪ Dış mitokondrial membranda, substratlara,
metabolitlere veya nükleotidlere karşı herhangi bir
geçirgenlik bariyeri bulunmamakta veya çok az
bulunmaktadır.
▪ SÜKSİNİL-KoA
• Porfirin metabolizmasına kaçabilir.
• Porfirinler heme grubu içeren bileşiklerdir.
• Hemoglobin ve sitokromlar önemli örneklerdir.
Kaynak: Engelking 2014
TCA Döngüsündeki Sızıntılar/Kaçaklar
▪ Ara metabolitlerinin yeniden ikame edilmesini sağlayan
sistemler olmasaydı, TCA’ nın ara metabolitlerinin farklı
anabolik reaksiyonlara sızması nedeniyle döngünün
aksaması söz konusu olacaktı.
▪ Bu noktada glikozun bir diğer önemi ortaya
çıkarmaktadır. Anaerob glikoliz sonucu üretilen pirüvat
mitokondrial ortamda fazla asetil-KoA olduğu zaman
karboksile olarak (pirüvat karboksilaz) OAA’ya
dönüşebilir.
• Bu durum özellikle yağların yakıldığı zaman ortaya çıkar.
• Sürekli eksersizde glikoz:yağ yakma oranı 3:6’ dır.
TCA Döngüsündeki Sızıntılar/Kaçaklar
▪ Protein katabolizmasından elde edilen amino asitlerde
transaminasyon ve deaminasyon reaksiyonları ile TCA ara
metabolitlerine dönüştürülebilir.
▪ Genel olarak, esansiyel olmayan amino asitler ile onların
α-ketoasitleri bir denge halinde bulunur
(transaminasyon ile).
• Ör. Ala/pirüvat, Asp/OAA, Glu/ α-KG= gibi.
▪ Bazı durumlarda transaminasyon yetersiz kalabilir.
Direkt dönüşüm yerine önce glutamat ordan da
ketoasidine dönüşebilirler (deaminasyon, glutamat
dehidrojenaz).
• Burda ortaya çıkan NH3 ise karaciğerde üreye çevrilir.
TCA Döngüsündeki Sızıntılar/Kaçaklar
▪ Propionat, TCA ikame moleküllerindedir. Süksinil-KoA’
ya dönüşerek TCA’ ya katılır.
▪ Ruminantlarda çok önemlidir.
▪ Bu dönüşüm için KoA, biotin ve kobalamin gereklidir.
▪ TCA mitokondriaya içinde cereyan etsede bazı
reaksiyonlar sitoplazmada da olabilir.
• Ör. Ekstramitokondrial malat dehidrojenaz Malat mekik
sisteminde görev alarak sitoplazmik NADH’ ın NAD+’a reokside
olmasını sağlar.
• Diğer mitokondrial enzimlerde (ör. akonitaz) sitoplazma içinde
bulunur ama tam olarak görevleri anlaşılamamıştır.
Oksidatif Fosforilasyon
▪ Mitokondrial NADH ve FADH2, enerji zengini moleküllerdir.
Yüksek transfer potansiyeline sahip elektron çiftleri
içerirler.
MALAT
MEKİK
SİSTEMİ
Oksidatif Fosforilasyon
▪ GLİSEROL-3-FOSFAT MEKİK SİSTEMİ
1. Bu sistemde NADH elektronları sitoplazma içinde
Dihidroksiaseton (DHAP)’ a aktarılarak Gliserol-3-fosfat oluşur.
2. Daha sonra Gliserol-3-fosfat dış membranı geçer ve gliserol-3-
dehidrojenazın prostetik FAD grubu tarafından yeniden okside
olarak DHAP oluşur.
3. Dolayısı ile inner membranda FADH2 şekillenir. DHAP yeniden
sitoloze diffüze olur.
o İnsektlerin uçuş kasında, beyinde, kahverengi yağ dokusunda, beyaz kas
dokusunda ve memelilerin karaciğerinde bulunmasına rağmen, diğer
dokularda (örneğin, kalp kası), mitokondriyal gliserol 3-P dehidrojenaz
eksiktir. Bu nedenle, malat mekiğinin, gliserol 3-P mekikten daha evrensel
bir faydaya sahip olduğuna inanılmaktadır.
Kaynak: Engelking 2014
▪ Soğuk stresi;
• Tiroksin salınımına, buda lipolizi tetkiler ve
• Oksidasyon ile fosforilasyonun eşleşmesini engeller
(uncoupling).
Kaynak: Engelking 2014
Glikoneojenezis
▪ Karaciğer ve böbreklerde cereyan eden önemli metabolik
yollardan biridir. Metabolik düzenleyici etkisi vardır.
Cori Döngüsü
Glikoneojenezis
▪ Gliserol
• Beyaz adipoz dokuda gliserol kinaz enzimi olmadığı için lipoliz
sonucunda gliserol artık ürün olarak ortaya çıkar ve başlıca
karaciğerde, az oranda böbreklerde glikoza çevrilir.
• Özellikle kış uykusuna giren hayvanlarda (ayı) önemli glikoz
kaynağıdır. Hayatta kalmak için lipoliz şarttır.
• Gliseroldan glikoz üretimi daha az basamak üzerinden
gerçekleşir ve daha az enerji kullanılır.
• Ayrıca dikarboksilik asit mekik sistemide (DCA) bypass edilir.
Böylece OAA yeniden TCA’ ya girebilir.
Glikoneojenezis
▪ Propionat
• Ruminantlar ve diğer herbivorlarda rumen mikrobiyal
karbonhidrat sindirimi sırasında açığa çıkan uçucu yağ asididir.
• Bu hayvanlarda major hepatik glikoneojenetik yoldur.
• Propionat dışında mikrobiyel sindirim sonucu üretilen diğer
uçucu yağ asitleri (asetat, bütirat) glikoz sentezi için net C
atomları veremez.
o Bazı glikojenik amino asitler (izolöysin, valin, treonin ve metiyonin),
o Tek karbon sayılı zincire sahip yağ asitlerinin terminal 3 karbonları
mitokondrial beta-oksidasyona girer ve
o Timin degradasyonu ile elde edilen β-aminoizobütirat’ da ayrıca
hepatik glikoneojenezise propionil-KoA üzerinden girebilir.
Glikoneojenezis
▪ Propionatın ve bazı amino asitlerin propionil-KoA
üzerinden glikoneojenezise girmesi için,
• Pantotenat (Koenzim A.SH),
• Kobalamin ve
• Biotin gereklidir.
▪ Glikoz-6-fosfataz
• Karaciğer ve böbrekde var. Kasda yok. Glikoz-6-fosfatta yer alan
fosfat grubunu koparır ve oluşan serbest glikoz dolaşıma katılır.
Glikoneojenezisin son adımıdır.
• Glikoneojenezis ile aşırı glikoz-6-fosfat üretimi olduğunda, fazlalık
glikojen sentezine sevk edilebilir. Böylece hücre içi rezervlerin
ikmali yapılır.
Glikoneojenezis
▪ Gliserol kinaz
• ATP ile birlikte gliserolün gliserol-3-fosfata dönüşümünü
katalizler.
• EMP geçidinin tersi reaksiyonlarına katılmasada glikoneojenetik
enzimdir.
• Karaciğer, böbrekler, bağırsak, esmer adipoz doku ve laktasyon
sırasında meme dokusunda bulunur.
• Gliserol-3-P daha sonra dehidrojenaz enzimi ile
dihidroksiasetona (DHAP) dönüşür.
Kaynak: Engelking 2014
Soru 1
▪ Aşağıdaki enzimlerden hangisi elektron transfer
sisteminde (ETS) yer almaz?
a. Sitokrom c oksidaz
b. NADH-KoQ redüktaz
c. Sitokrom c redüktaz
d. HMG-KoA redüktaz
e. Süksinil-KoA redüktaz
Cevap: D
Sorularınız?
serkan.sayiner@neu.edu.tr adresine e-posta gönderiniz.
Kaynaklar
▪ Ası. T, 1999. Tablolarla Biyokimya, Cilt 2
▪ Engelking LR, 2014. Textbook of Veterinary Physiological Chemistry. 3rd
edn. Academic Press.
▪ Eren Meryem. Prof.Dr. Ders Notları (Teşekkürlerimle)
▪ Nelson DL, Cox MM, 2012. Lehninger Principles of Biochemistry. 6th edn.
W.H. Freeman.
▪ Sözbilir Bayşu N, Bayşu N. 2008. Biyokimya. Güneş Tıp Kitapevleri, Ankara
LİPİD METABOLİZMASI
Biyokimya & Klinik Biyokimya ve
Laboratuvar dünyası hakkında daha
fazlası için
www.biyokimya.vet
@biyokimya.vet