സൈബീരിയയിലെ ടോബ്ലോസ്കിൽ വെർഖ് നീ അരെംസയാനി എന്ന ഗ്രാമത്തിലാണ് ഇദ്ദേഹം ജനിച്ചത്.
ഇവാൻ പാവ്ലോവിച്ച് മെൻഡലിയേവ്, മരിയ ഡിമിട്രിയേവ്ന മെൻഡലിയേവ് എന്നിവരാണ് മാതാപിതാക്കൾ. പാവെൽ മാക്സിമോവിച്ച് സോകോലോവ് എന്നായിരുന്നു ഇദ്ദേഹത്തിന്റെ മുത്തച്ഛന്റെ പേര്. റഷ്യൻ ഓർത്തഡോക് സ് സഭയിലെ ഒരു പാതിരിയായിരുന്നു ഇദ്ദേഹം.] ഇവാനും സഹോദരീസഹോദരന്മാരും ഒരു സെമിനാരിയിലെ പഠനത്തിനിടെ പുതിയ കുടുംബപ്പേര് സ്വീകരിച്ചു. ഓർത്തഡോക് സ് ക്രിസ്ത്യാനിയായാണ് ജനിച്ചതെങ്കിലും ഇദ്ദേഹം പിന്നീട് മതത്തെ തള്ളിക്കളയുകയും ഒരു തരം ഡേയിസം മതമായി സ്വീകരിക്കുകയും ചെയ്തു.
1849-ൽ ദാരിദ്ര്യത്തിലായ മെൻഡലിയേവ് കുടുംബം സെയിന്റ് പീറ്റേഴ്സ്ബർഗിലേയ് ക്ക് താമസം മാറ്റി.
ഇദ്ദേഹം ഇവിടത്തെ മെയിൻ പെഡഗോഗിക്കൽ ഇൻസ് റ്റിറ്റ്യൂട്ടിൽ 1850-ൽ ചേർന്നു. ബിരുദത്തിനു ശേഷം ഇദ്ദേഹത്തിന് ക്ഷയരോഗം പിടിപെടുകയും ഇതിനാൽ 1855-ഓടെ കരിങ്കടലിന്റെ വടക്കേ തീരത്തിനടുത്തുള്ള ക്രിമിയയിലേയ്ക്ക് ഇദ്ദേഹം താമസം മാറി. ഒന്നാം നമ്പർ സിംഫെറോപോൾ ജിംനേഷ്യത്തിൽ ഇദ്ദേഹം ശാസ്ത്രാദ്ധ്യാപകനായി ജോലിയിൽ പ്രവേശിച്ചു. 1857ഓടെ ആരോഗ്യം വീണ്ടെടുത്ത് ഇദ്ദേഹം സെന്റ് പീറ്റേഴ്സ്ബർഗിൽ തിരിച്ചെത്തി.