BIOCHEMIE OVERZICHT

Inleiding en chemische concepten

 Centrale dogma
 Evolutie en ontwikkeling (divergentie en convergentie)
 Zuren, basen, pH en pOH
 Henderson-Hasselbalch vergelijking
 S- en R-configuraties (Inleiding organische chemie)
 Ladingen/polariteit, H-bruggen, S-S verbindingen
Peptiden en eiwitten

 Toepassing voorgaande chemische concepten op afzonderlijke en groepen van

aminozuren
 L en D configuraties (Biochemisch)
 Herkennen van chemische structuur van aminozuren in pH neutrale (pH 7) toestand
 Speciale eigenschappen van aminozuren (polariteit, zuurgraad, etc.  zie
samenvatting) en consequenties hiervan
 Leren van namen met afkortingen (zowel 3- als 1-letter)
 Conformaties en ramachandran plot
 Secundaire structuren (alpha-helix, beta-sheet, beta-turn)
 Super-secundaire structuren (beta barrel, coiled coil)
 Tertiaire structuren (hydrofobe effect en uitzonderingen hierop + motivatie)
 Eiwitdomeinen
 Quaternaire structuren (voorbeeld: hemoglobine)
Eiwitvouwing

 Eiwitvouwing, mechanismes en connectie met urea

 Ribosomen
 Chaperone eiwitten (HSP70 + GroES)
 Ziektes (alzheimer, Creutzfeldt-Jakob)
 Zwavelbruggen
 Eiwitmodificatie
Scheidingsmethoden

 Soorten methodes met bijbehorende grondslag

 Analysemethoden (structuur, functie en kwantiteit)
Enzymen

 Algemene kennis over functie

 Terminologie (holo-, apo-, en co-enzymen)
 Cofactoren
Reactiekinetiek

 Michaelis-Menten
 Gibbs-vrije energie (= Thermodynamica, geen kinetiek)
 Reguleringsmechanismen
  Lineweaver-Burk plots
Mechanismen

 Uitleggen en (chemisch) tekenen van de volgende mechanismes (ook verschillen en

overeenkomsten) (Veel punten op tentamen)
o Serine protease
o Cysteine protease
o Metalloprotease
o Aspartyl protease
o Carbonic-anhydrase
 Relevante termen: Katalytische triade, Oxyanion gat, tweestaps-reactie,
selectiviteitspockets
 S1-pockets en chymotrypsine, trypsine en elastase
DNA & RNA
o Tekenen van A, C, G, T en U, eventueel in combinatie met (1, 2 of 3) fosfaatgroepen
en ribose in oxy- of deoxy-vorm.
o Enzym-DNA interacties: restrictie-enzymen en symmetrie
o Methylering in bacteriën
o ATP en energie
o A, B en Z-vormen van DNA
o Tw, Wr en Lk nummers
o Supercoiling en topo-isomerases (tekenen van topo-isomerase werking)
o Werking van DNA polymerase
o Proofreading
o Correctie van fouten

DNA-techniek
o DNA polymerase  synthese DNA
o Restrictie enzymen
o Blotting
o Sequencing
o Uitleg en tekenen van Sanger-sequencing
o Chemische DNA-synthese (+ tekenen)
o PCR
o Plasmiden (experiment 1)

Eukaryotisch DNA
o Intronen en exonen

Analyse
o Analyse van DNA-technieken (fluorescentie, antibiotica-resistentie)

RNA
o Soorten RNA en functies
o RNA-synthese, correctie en terminatie (verschillen met DNA)
o Verschillen prokaryoten en eukaryoten
 o RNA-polymerase soorten en functies
o Processing en splicing

Eiwitsynthese
o Ribosomen en active sites (EPA)
o Initiatie, elongatie en terminatie
o tRNA synthese

Membranen en transport
o ER membraan
o Biomembranen
o Prokaryoten (gram-positief en negatief)

Lipiden
o Glycerol
o Sfingosines
o Glycolipiden
o Cholesterol
o Connectie membranen en soorten membraanvorming

Membranen en eiwitten
o Soorten membraaneiwitten
o LDL
o Transport door membranen (actief en passief)
o Kanalen
o Regulatie van kanaaleiwitten
o Ionconcentraties en ladingen
o Signaaltransductie via membraaneiwitten (GPCRs, GTP, GDP, cyclisch AMP)
o EGF

Metabolisme
o Productie van ATP
o Energiestromen